조심 2020중0865 (2021.03.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 2019년 종합부동산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 소유하고 있는 OOO토지 등 271건 1,277,301.42㎡를 종합합산과세대상으로, 같은 리 OOO 토지 등 664건 137,985㎡를 별도합산과세대상으로 하여, 2019.11.22. 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세 OOO을 결정·고지하였으며, 그 과정에서

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항 및 제2항 (2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것, 이하 “개정 시행령 규정”이라 한다) 산식에 따라 종합부동산세액에서 ‘공제할 재산세액’을 산정하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「종합부동산세법」에서 재산세를 공제하도록 한 취지

「종합부동산세법」 제12조

에서는 재산세의 납세의무자를 종합부동산세의 납세의무자로, 제13조에서는 재산세가 과세되는 종합합산과세대상인 토지 및 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 종합부동산세의 과세물건으로 규정하고 있다. 그 결과 종합부동산세와 재산세는 동일 납세의무자의 동일한 과세물건에 대해 두 가지 조세가 부과되는 이중과세의 위험이 있다.

(가) 이중과세에 따른 토지초과이득세에 대한 헌법불합치 결정

과거 헌법재판소는 토지초과이득세에 대한 위헌소원 사건에서 아래와 같이

「토지초과이득세법」 제26조

제1항 및 제4항으로 인해 토지초과이득세가 양도소득세에서 완전하게 공제되지를 못하고 그 결과 부분적으로 이중과세가 이루어진다고 판단하여 헌법불합치 결정을 한 바가 있다.

OOO

(나) 2004년 「종합부동산세법」 도입 당시 이중과세 문제에 대한 국회에서의 논의

종합부동산세와 재산세의 이중과세 문제는 2004년 하반기 종합부동산세 도입을 위한 논의 단계부터 제기되었던 쟁점으로, 당시 국회 재정경제위원회 OOO 전문위원은 종합부동산세법안 검토보고서 13페이지 마지막 문단에서 “국가와 지방자치단체는 이 법에 규정한 것을 제외하고는 과세물건이 중복되는 여하한 명칭의 세법도 제정하지 못한다”고 규정하고 있는 「국세와 지방세의 조정등에 관한 법률」 제4조에 근거한 이중과세의 주장에 대해 이는 종합부동산세와 재산세만의 문제는 아니며 다른 세목에 대한 검토결과 과세물건이 중복되는 것은 보편적 현상으로서 이중과세가 문제될 것은 아니라고 검토하였으나, 제14페이지 위에서 셋째 문단에서 「토지초과이득세에 대하여 “토지초과이득세액을 양도소득세액에서 전부 공제해주지 아니하고 일부만 공제하는 것은 이중과세에 해당된다”는 헌법재판소의 헌법불합치 결정 선고를 참고로 하여 공제 등의 제도적 장치를 강구하고 있는 종합부동산세법안은 타당함.」 이라는 검토결과를 국회 재정경제위원회에 제출하였다. 위 검토보고서의 내용에 비춰볼 때, 2004년 하반기 국회에서 「종합부동산세법」의 도입을 논의할 때부터 국회는 토지초과이득세와 관련하여 이중과세 문제가 완전하게 해소되지 못하고 부분적인 이중과세 문제를 야기한데 대해 헌법재판소가 헌법불합치 결정을 하였음을 인식하고 있었으며, 이러한 이중과세 문제가 종합부동산세법에서는 발생하지 않도록 완전한 이중과세 해소를 위한 제도적 장치로서 재산세 공제를 규정하였다는 사실을 분명하게 알 수 있다.

(다) 이중과세 관련 「종합부동산세법」의 위헌성에 대한 헌법재판소의 판단

또한 「종합부동산세법」의 이중과세 문제에 관한 위헌소원 판결(2008.11.13. 2006헌바112, 2007헌바71ㆍ88ㆍ94, 2008헌바3ㆍ62, 2008헌가12(병합))에서 헌법재판소는 아래와 같이 「종합부동산세법」은 종합부동산세의 세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하게 하였으므로 이중과세의 문제는 생기지 않는다고 판단한 바 있으며, 이로써 당시 위헌심판 대상이었던 「종합부동산세법」에서 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 대해 부과된 재산세액을 공제하는 경우 이중과세 되는 부분이 생기지 않는다는 사실과 함께 재산세 공제제도의 의의는 완전한 이중과세 방지에 있음이 분명해졌다.

OOO

상기 국회에서의 논의와 제정된 법률의 내용 및 헌법재판소의 판결 등에 비춰 볼 때, 2005.1.5 법률 제7328호로 제정된

「종합부동산세법」 제14조

제1항 및 제2항 각 본문 후단에서 재산세를 종합부동산세에서 공제하도록 규정한 취지는 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제하여 줌으로써 이중과세로 인한 실질적 조세법률주의에 대한 위배와 그에 따른 위헌성 시비를 차단하는데 있다.

(2) 개정연혁 및 취지상 「종합부동산세법」은 중복 과세되는 재산세 전부를 공제하려는 것이다.

(가) 「종합부동산세법」 개정 연혁 및 취지

1) [법률 제7836호, 2005.12.31., 일부개정] 개정이유

현행 종합부동산세는 세부담 수준이 낮아 국민들이 느끼는 현실과 차이가 있고, 여러 채의 주택이나 비사업용 토지를 보유하는 경우에도 부담으로 작용하지 아니하고 있어 부동산 보유에 상응하도록 보유세를 강화함으로써 과세 형평을 높이고 부동산 가격의 안정을 도모하려는 것이다.

2) [법률 제9273호, 2008.12.26., 일부개정] 개정이유

헌법재판소의 위헌결정(2008.11.13. 2006헌바112 등)에 따라 주택분 및 종합합산대상 토지분 종합부동산세 과세방식을 세대별 합산 방식에서 개인별 합산방식으로 변경하고, 주거 목적의 1주택 장기 보유자 등을 우대하도록 입법개선을 요구한 헌법재판소 결정의 취지에 따라 1주택 장기보유자 및 고령자에 대한 세액공제제도를 마련하며, 납세자의 세부담을 완화하기 위하여 과세기준금액, 과세표준의 구간 및 세율과 세부담 상한액을 조정하고, 법률에서 정하던 연도별 과표적용률을 대통령령에서 공정시장가액비율로 정하도록 하는 한편, 분납제도를 개선하여 납세자의 편의를 높이는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것이다.

(나) 대법원 판결로 확인된 2008년말 개정 「종합부동산세법」의 재산세 공제 관련 법리

대법원도 2008년말 개정 「종합부동산세법」(법률 제9273호, 2008.12.26.)이 시행된 후 과세관청이 종합부동산세를 과세처분 할 때 공제할 재산세액을 과소하게 계산하여 종합부동산세와 그에 대한 농어촌특별세가 과다하게 부과처분 되었다는 이유로 다수의 납세자가 제기한 조세소송 사건(2012두2986, 2015.6.23.; 2012두23334, 2015.6.23.)에서 “재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된 「종합부동산세법」은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다. (중간 생략). 이러한 「지방세법」, 「종합부동산세법」 및 「종합부동산세법 시행령」 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소ㆍ변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.“고 설시한 다음, 「종합부동산세법 시행규칙」의 서식 규정에 대하여, “법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 한다. 따라서 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없다. 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다. 앞서 본 바와 같이 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 이 사건 시행령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이유만으로 이 사건 각 처분이 적법하다고 볼 수는 없다.” 고 설시하여 공제할 재산세액의 계산방법에 관해 구체적으로 기술하고 있는 시행규칙의 법원성을 배척한 후, 「지방세법」, 「종합부동산세법」 및 「종합부동산세법 시행령」 등 관련 법령의 개정 경위와 취지 등에 비춰볼 때, ‘(공시가격-과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분이 종합부동산세와 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당하므로 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다고 그 법리를 확인해주었다. 그 이후 다수의 대법원 판례(2012두7073, 2015.6.24.; 2012두23563, 2015.7.9. 등)에서 동일한 판결이 그 뒤를 따라 선고되었다. 또한, 최근 대법원은 전원합의체 판결(2017다242409, 2018.7.19.)에서 “원심은, 이 사건 각 부과처분 중 2015년 귀속분에 관하여 그 처분이 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 등이 선고된 이후인 2015.11.16. 이루어졌는바, 그 당시에는 이 사건 시행령 산식에 관한 법리가 위 대법원 판결 등을 통하여 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없었다는 이유로, 2015년 귀속분 중 정당세액을 초과하는 부분에 대한 부과처분의 하자가 명백하여 당연무효라고 판단하였다. 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이 부분 판단에 환송판결의 기속력, 과세처분의 당연무효에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.”라고 대법관 전원의 일치된 의견으로 판결하였다. 따라서 「종합부동산세법」은 당초 제정 후 재산세 공제와 관련하여 2005년말과 2008년말에 이루어진 2차례의 개정만 있었을 뿐 그 이후 현재까지 「종합부동산세법」의 개정이 없었던 점을 감안하면, 앞서 살펴본 바와 같이 다수의 대법원 판결로 확인된 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제해야 한다는 법리는 2019년 귀속 종합부동산세 납세의무 성립일 현재까지도 계속 유지되고 있다고 할 것이다. 즉, 2019년 귀속 종합부동산세에서 차감하는 공제할 재산세액 또한 2015년 이전 귀속분과 동일하게 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식을 적용하여 산정하는 것이 「종합부동산세법」의 취지 및 개정연혁에도 부합한다.

(3) 개정 시행령 규정의 법률 및 헌법 위배

앞서 살펴본 바와 같이 2015년 6월 이후 다수의 대법원 판례에서 종합부동산세와 재산세가 중복으로 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제하는 것이 「종합부동산세법」 및 그 시행령의 취지에 부합한다고 판결하자 기획재정부는 그 동안 과세당국이 과세처분의 근거로 삼아왔던 「종합부동산세법 시행규칙」 별지서식에서 기술하고 있던 산식을 2015년 11월말 개정 시행령(대통령령 제26670호, 2015.11.30.)에 직접 규정하였다. 그러나 2015년 6월 대법원 판결 이후 「종합부동산세법」의 개정은 없었기에 종합부동산세와 재산세가 중복으로 과세되는 부분에 대한 재산세 전부를 공제하려는 법률의 취지에는 변함이 없다. 이중과세의 위헌성에 관하여, 앞서 살펴본 토지초과이득세에 대한 위헌판결(92헌바49,52(병합), 1994.7.29.)에서 헌법재판소는 양도소득세에서 그 예납적 성격을 가진 토지초과이득세를 세액공제가 아닌 필요경비로 인정함으로써 중복하여 과세된 부분이 발생하여 이중과세에 해당하기 때문에 조세법률주의상의 실질과세의 원칙에 반하여 헌법에 위배된다고 판시하였다. 또한 법률의 위임의 근거가 없어 무효였던 법규명령이 법 개정으로 위임의 근거가 부여되었으나 여전히 그 법규명령이 법률에 위배되어 무효인지를 다투는 사건에 대해 대법원 전원합의체 판결에서는 아래와 같이 법규명령이 개정된 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하는 내용의 해석규정이어서 위임의 한계를 벗어난 것으로 인정될 경우에는 그 법규명령은 여전히 무효라고 판시한 바 있다.

OOO

특히, 개정 시행령 규정에 따라 공제할 재산세액을 계산하여 2016년 귀속분 종합부동산세를 과세한 처분에 대해 다툰 조세소송에서 서울고등법원은 아래와 같이 재산세 중 일부에 대해 공제를 제한하여 종합부동산세와 재산세를 중복으로 과세하도록 규정한 개정 시행령 규정은 법률의 위임 범위를 벗어나 무효이고 그에 따른 처분청의 과세처분은 위법하다고 판시하였다.

OOO

상기의 내용을 종합하여 볼 때, 개정 시행령 규정은 종합부동산세와 재산세가 중복하여 과세되는 부분에 대한 재산세가 전부 공제되는 것을 금지함으로써 중복하여 과세되는 부분이 발생하게 되고 이는 이중과세에 해당하는 바, 법률의 취지에 위배되고 법률에서 공제할 재산세액의 계산방식을 시행령에 위임하였을 뿐인데도 불구하고 법률에서 규정한 내용을 함부로 유추·확장하여 일부분 중복과세가 가능하다고 해석한 규정이어서 위임의 한계를 벗어난 것일 뿐만 아니라 조세법률주의에 반하여 헌법에 위배되어 무효라고 할 것이다.

따라서 개정 시행령 규정에서 종합부동산세와 재산세가 이중과세되는 부분은 모법과 헌법에 위배되어 무효이며, 2019년 귀속 종합부동산세를 산출할 때에도 공제할 재산세액을 개정 시행령 규정의 산식에 따라 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식을 적용하여 계산할 것이 아니라 법률에 따라 2015년 이전 귀속분과 동일하게 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식을 적용하여 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 주장은 대법원 2015.6.23 선고 2012두2986 판결과 2015.6.24 선고 2012두7073 판결 내용을 형식적으로 이해하고 「종합부동산세법」의 개정취지, 위임입법의 범위 등을 정확히 파악하지 못함에 기인한 것이다.

(2) 「종합부동산세법 시행령」의 개정 배경과 입법취지

(가) 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되기 전의

「종합부동산세법」

과 개정된 후의

「종합부동산세법」

, 구

「종합부동산세법 시행령」

(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것)과 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된

「종합부동산세법 시행령」

및 이에 대한 시행규칙을 정리하면 아래와 같다.

OOO

(나) 위 그림에서 확인할 수 있는 바와 같이 입법자는 종합부동산세를 적게 부과하고자 법 개정을 통하여 종합부동산세 과세표준을 축소하였고, 이에 따라 종합부동산세 부과시 공제되어야 하는 재산세액 계산식 규정도 개정하였다.

(다) 이에 따라 과세관청은 위와 같은 일련의 법령 개정에 대한 입법자의 의사를 “종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’ 역시 축소되어야 한다.”는 것으로 이해하였다.

(라) 그런데 이에 대해 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 규정한 구

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

, 제5조의3 제1항 및 제2항의 2009년도 개정 취지(입법자의 의사)에 관하여 “종전 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 제산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.”고 판단하였다.

(마) 위와 같은 대법원 판결에 대하여 입법자는 2015.11.30. 대통령령 제26670호로

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

를 개정함으로써 종전의 의사가 “종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’ 역시 축소되어야 한다.”는 것이었음을 분명히 하였는데, 그 개정의 내용은 다음과 같다.

(바) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 이전의 것이며, 이하 ‘구 「종합부동산세법 시행령」’이라고 한다) 제4조의2의 ‘주택분 과세표준’을 ‘[(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - OOO) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」 제109조

제2호에 따른 공정시장가액비율] ×

「지방세법」 제111조

제1항 제3호에 따른 표준세율’로 개정하였다.

(사) 또한 위와 마찬가지로 구

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항의 ‘종합합산과세대상인 토지분 과세표준’을 ‘[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - OOO) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율] ×

「지방세법」제111조

제1항 제1호 가목에 따른 표준세율’로, 제2항의 ‘별도합산과세대상인 토지분 과세표준’을 ‘[(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - OOO) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율] ×

「지방세법」제111조

제1항 제1호 나목에 따른 표준세율’로 각 개정하였다.

(아) 상기와 같이 「종합부동산세법 시행령」 개정을 통해 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 공제 산식을 명확히 하여 법집행의 안정성과 예측가능성을 통한 납세자의 재산권 침해의 소지를 제거하였다. 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 종합부동산세에서 기납부 재산세액으로 공제하여 줌으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것이다.

(3) 종합부동산세와 재산세가 중복부과되는 영역의 이해

(가) 대법원은 종합부동산세 부과시 공제되어야 하는 재산세액 계산식 규정과 관련하여 ‘(공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.고 판시하고 있다(2015.6.23. 선고 2012두2986 판결). 그런데 위와 같이 대법원이 종합부동산세와 재산세가 중복되는 영역을 이해하는 것이 타당한지, 특히 종합부동산세 과세표준 중에 재산세가 부과되지 않는 부분이 존재할 수 있는지 살펴볼 필요가 있다. 그 이유는 청구법인 역시 이러한 대법원 판결과 같이 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역을 이해하고 있고, 대법원 판결과 같이 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 특정될 수 있다면, 개정 시행령 규정이 ‘종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역에서의 재산세액을 구하는 방식’을 취하지 않고, ‘전체 재산세액에서 일정한 비율에 해당하는 재산세액만을 공제하는 방식’을 취한 것 자체가 위법하다고 볼 수 있기 때문이다.

(나) 대법원 판결이 전제하고 있는 중복 부과 영역 ‘(공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’부분이 무엇인지 아래 그림을 통해 살펴보도록 하겠다.

우선 주택의 공시가격을 OOO, 과세기준금액을 OOO, 종합부동산세 공정시장가액비율을 80%, 재산세 공정시장가액비율을 60%로 가정해 보겠다. 대법원 판결은 종합부동산세 납세의무자가 단 한 개의 부동산만을 가지고 있다는 가정 하에, 재산세가 부과되는 영역을 아래 그림과 같이 이해한 것으로 볼 수 있다.

OOO

이에 반하여 종합부동산세가 부과되는 영역은 아래 그림과 같이 과세기준금액OOO을 초과하는 어떠한 특정한 영역에 대하여만 종합부동산세가 부과된다고 이해한 것으로 보인다.

OOO

위와 같은 일련의 그림들을 살펴보면, ① 대법원이 이해한 것처럼 종합부동산세 과세표준 중 재산세가 부과되지 않는 영역이라는 것이 존재하고, ② 종합부동산세 과세표준이 축소되는 사정은 이중과세 문제를 해결하기 위한 재산세액 계산에 있어서 고려할 요소가 아니므로, ③ 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2015.3.6. 기획재정부령 제469호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항에 따른 별지 제3호 서식(이하 ‘개정 후 「종합부동산세법 시행규칙」’이라고 한다)에 따라 ‘공제되어야 하는 재산세액 계산식’ 중 ‘분자’ 부분에 ‘종합부동산세 공정시장가액비율(80%)’을 추가로 곱하게 되면, 아래 그림과 같이 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역이 변동되지 않음에도 공제되는 재산세액이 줄어들기 때문에 과세관청의 주장이 부당하다고 보일 수 있다.

OOO

그러나 대법원 판결과 같이 종합부동산세와 재산세 중복 부과 영역을 이해하는 것은 타당하다고 볼 수 없다(이하 참고).

(다) 과세표준에 대한 공정시장가액비율과 과세기준금액을 자의적으로 구분한 문제점

대법원 판결은 결국 과세표준을 축소하고자 하는 점에서 동일한 ① 공정시장가액비율과 ② 과세기준금액의 의미를 합리적인 이유나 근거 없이 구분하여 이해하고 있다고 평가할 수 있다. 앞에서 살펴본 바와 같이 대법원 판결은 공정시장가액비율과 과세기준금액을 반영한 종합부동산세 부과 영역을 아래 그림과 같이 이해하였다.

OOO

그러나 대법원 판결이 재산세 부과 영역을 이해하고 있는 것과 같은 방식으로 일관되게 종합부동산세 부과 영역을 그림으로 표현하면, 아래 그림과 같은 방식으로 표현하는 것이 타당하다.

OOO

이에 따라 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역은, 아래 그림처럼 ① 오히려 종합부동산세의 과세표준에 따라 달라질 뿐만 아니라 종합부동산세 과세표준에서 재산세가 부과되지 않는 영역이라는 것이 존재할 수 없고, ② 대법원 판결이 옳다고 한 ‘구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항에 따른 별지 제3호 서식(이하 ’개정 전 「종합부동산세법 시행규칙」이라 한다) 산식의 분자’ 부분의 산출 값과 중복 부과 영역의 면적 값이 일치하지 않음을 확인할 수 있다.

OOO

＜중복부과 영역과 개정전 시행규칙상 분자 부분과의 불일치＞

종합부동산세의 과세표준은 OOO이고, 재산세 과세표준은 OOO이어서 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역은 OOO이지만, 대법원 판결이 타당하다고 한 재산세 계산 방식에 따르면, OOO이 된다. 나아가 종합부동산세와 재산세의 과세표준에 공정시장가액비율을 적용하여 그 부과되는 영역을 일종의 공유 지분(비율)처럼 파악할 경우에는 아래 그림처럼 나타낼 수도 있다(공정시장가액비율을 색깔의 투명도로 나타냄).

OOO

이에 따라 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역(과세표준)을 그림으로 나타내면, 아래 그림과 같이 ‘(공시가격-과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’이라는 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 ‘재산세 공정시장가액비율’을 곱하여 재산세가 부과되는 영역(과세표준)을 나타낼 수 있다. 이 그림을 살펴보면, 대법원 판결이 전제하고 있는 중복부과 영역 [(공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 부분]이라는 것은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세가 부과된 영역이 아님을 확인할 수 있다.

OOO

한편 ‘1개의 부동산에서 과세표준 구간별로 재산세와 종합부동산세가 부과된다.’고 가정하면, 재산세 부과 영역과 종합부동산세 부과 영역은 아래 그림과 같이 표현할 수 있다.

OOO

과세표준 구간별로 종합부동산세와 재산세가 부과된다고 볼 경우, ① 대법원 판결과 같이 종합부동산세 과세표준이 축소되는 것과 무관하게 종합부동산세와 재산세가 중복으로 부과되는 영역에는 변함이 없지만, ② 위 파기환송 판결이 타당하다고 한 ‘개정 전 종합부동산세법 시행규칙 산식의 분자’ 부분의 산출 값과 그 중복 부과 영역이 일치하지 않는다. 즉 중복 부과 영역의 면적은 OOO밖에 되지 않음에도 대법원 판결이 타당하다고 한 ‘개정 전 「종합부동산세법 시행규칙」 산식의 분자’ 부분의 산출 값은 OOO이나 되므로, 중복되지 않는 OOO 상당의 종합부동산세 과세표준에 부과된 재산세마저 공제된다는 문제가 발생하게 된다. 오히려 ‘개정 후 「종합부동산세법 시행규칙」 산식의 분자’ 부분의 산출 값이 OOO이므로, 위와 같이 중복 부과 영역을 이해하는 것이 더 타당해 보인다. 따라서 대법원 판결이 중복 부과 영역을 과세표준 구간별로 판단하지는 않았음이 분명하고, 과세표준에 대한 공정시장가액 비율과 과세기준금액의 의미를 합리적인 이유나 근거 없이 구분하여 중복 부과 영역을 오해하고 있다고 해석할 수밖에 없다.

(라) 대법원은 시행령 규정의 산정방식 자체가 위법하다고 판시하지 않았으므로, 시행령 규정은 대법원의 판결과 배치되는 것이 아니다. 대법원이 위법하다고 판단한 부분은 ‘공제되는 재산세액의 산정방식 자체’가 아니라 ‘당시 시행규칙이 시행령 규정을 따르지 않았다는 점’이다. 대법원 판결에서 문제가 되었던 부분은, 그 당시 구 「종합부동산세법 시행령」상 ‘분자’ 부분의 내용이 ‘과세기준금액을 초과하는 분’에서 ‘과세표준’으로 변경된 것에 따른 해석이었다. 이에 대하여 대법원은 ‘종전 시행령 산식에서 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.’고 판시하였을 뿐, 공제되는 재산세액의 범위를 축소하면 안 된다고 판시한 것이 아니다. 당시 변경된 시행령 규정을 위와 같이 해석한 대법원은 당시 시행규칙이 ‘법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 것’이라고 판단하고, 시행령의 내용과 달리 규정된 시행규칙을 적법하지 않다고 판시하였던 것이다. 물론 대법원이 당시 변경된 시행령 규정의 내용을 해석하는 과정에서 ‘대법원이 생각하는 바람직한 재산세액 산정방식’이 무엇인지 언급하기는 하였다. 그러나 입법자는 대법원이 제시한 산정방식을 따르지 않고 입법권을 행사할 수 있으므로, 입법자가 대법원이 제시한 ‘재산세액 산정방식’보다 공제되는 재산세액을 축소시켰더라도 그 자체를 위법한 것으로 볼 수는 없다.

또한 위에서 살펴본 바와 같이 대법원은 ‘종전 시행령 규정에 관하여 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 해석할 수는 없다.’는 것이었고, ‘종전 시행령 규정이 절대로 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하여서는 안 된다.’고 판시한 것이 전혀 아니다. 이러한 이유로 입법자는 ‘공제되는 재산세액의 범위를 축소’해야겠다는 자신의 의사를 시행령 규정에 명확히 표명한 것이므로 대법원 판결에 배치되는 것이 아니라 오히려 대법원 판결에 따라 자신의 의사를 분명히 한 것으로 봄이 타당하다.

(4) 개정 시행령 규정이 법률이 정한 위임입법의 한계를 벗어났다고 볼 수는 없다.

「종합부동산세법」은 ‘종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 재산세로 부과된 세액은 공제하여야 하는데, 위 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고 규정하고 있다. 이와 관련하여 「종합부동산세법」이 대통령령에 위임한 부분이 무엇인지 살펴볼 필요가 있는데, 먼저 공제되는 재산세액의 범위까지 위임한 것으로 볼 수 있는지가 문제된다. 그런데 입법자가 ① 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 공제한다고만 하였지, ‘전부’ 공제하여야 한다고 규정하지 않은 점, ② 대통령령으로 위임한 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항’에는 그 공제의 범위도 포함되어 있다고 해석하는 것이 합목적적 해석에 부합하고, 포괄위임입법금지원칙에 반한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, ‘공제의 구체적 범위’까지도 대통령령에 위임하였다고 보는 것이 타당하다.

개정 시행령 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세를 최대한 전부 공제해 주려고 하였는바, 「종합부동산세법」에 따라 가급적 종합부동산세 과세표준 금액 전체에 대하여 부과된 재산세액을 공제하기 위하여, 전체 재산세액 중 ‘재산세 과세표준에서 종합부동산세 과세표준이 차지하는 비율’만큼의 재산세액을 종합부동산세액에서 공제해 주고자 하였는데, 이는 합리적인 범위 내에서 비례원칙에 따라 이중과세의 문제를 조정하고자 한 것이므로 무효라고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

개정 시행령 규정 산식에 따라 공제되는 재산세액을 산정하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법(2016.3.2. 법률 제14050호로 개정된 것)

제13조[과세표준] ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조[세율 및 세액] ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것)

제2조의4[공정시장가액비율] ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년 : 100분의 85

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년 : 100분의 85

제5조의3[토지분 종합부동산세의 재산세 공제] ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액× [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액-5억원)×제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율×

「지방세법시행령」 제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율]×

「지방세법」제111조

제1항 제1호 가목에 따른 표준세율/ 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

OOO② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액×(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액-80억원)×제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율×

「지방세법시행령」 제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율]×

「지방세법」 제111조

제1항 제1호 나목에 따른 표준세율/별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

OOO

(3) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것)

제110조[과세표준] ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

(4) 지방세법 시행령(2016.4.26. 대통령령 제27102호로 개정된 것)

제109조[공정시장가액비율] 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 처분청이 개정 시행령 규정(

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

제1항 및 제2항) 산식에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 ‘[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 85%] × 재산세 공정가액비율 70% × 재산세율’의 방법으로 산정하여 2019년 귀속 종합부동산세를 부과하자, 종합부동산세와 재산세가 이중과세되는 부분은 위법하므로 공제되는 재산세액을 개정 시행령 규정이 아니라 법률에 따라 2015년 이전 귀속분과 동일하게 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 방법으로 산정하여야 한다는 취지로 심판청구를 제기하였다(정당세액 초과분: 종합부동산세 OOO, 농어촌특별세 OOO).

(2) 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 관련 규정의 개정경위는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제세액의 계산식을 [주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액]으로 정하고 있었고, 같은 법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식에는 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율)]로 되어 있었다.

(나) 과세관청과 납세의무자는 위 규정에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산하였으며, 그러던 중 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 부분이 시행규칙 별지에 기재된 산식과 같은 내용을 의미하는 것인지, 아니면 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율)]을 의미하는지 여부에 관하여 다툼이 있었고, 대법원은 2015.6.23. 선고 2012두2968 판결 등에서 후자를 의미한다는 법리를 선언하였다.

(다) 이에, 정부(기획재정부)는 2015.11.30. 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 부분을 아래와 같이 개정하였으며, 「2015 간추린 개정세법」에 의하면 그 개정 취지는 ‘종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다 공제를 방지하기 위하여 그 계산식을 명확히 한 것’이라고 되어 있다.

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」은 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 하여, 그에 관하여 부과된 재산세액을 공제하도록 규정하고 있으므로(제13조 및 제14조), 이에 따라 (공시가격 합산금액 - 과세기준금액) × (1 - 공정시장가액비율)에 관하여 납부된 재산세액이 공제되지 않게 되는 것이지, 개정 시행령 규정의 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니므로 동 법률 조항에 대하여 위헌 여부를 주장할 수 있음은 별론으로 하더라도, 법률 조항이 유효한 이상, 그 위임 취지에 따른 내용을 규정한 개정 시행령 규정을 위법하다고 할 수는 없고, 더욱이 정부는 대법원 판결 이후인 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 위와 같이 재산세 공제액 산식을 개정하면서, 그 개정 이유를 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것이라고 밝힘으로써, 공정시장가액비율을 반영한 과세표준 제도에 따라 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있는 점 등을 감안하면, 처분청이 개정 시행령 규정의 산식에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정하여 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서3853, 2019.3.12. 등, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.