조심 2020부2341 (2021.03.29)

제1항은 분리과세대상에 전·답·과수원이 포함된다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제102조 제1항은 구체적으로 전ㆍ답ㆍ과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 과세기준일 현재 실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지는 분리과세대상으로 분류하고 있다.

(나) 쟁점토지는 사권 제한으로 인해 다른 용도로 활용되지 못하고 나대지 상태에 있었는데, 어느 순간부터 주변인들이 무단으로 쟁점토지를 텃밭 등 농지로 활용하게 되었다. 무단 경작이라 하더라도 법적으로는 경작물의 경작자를 보호하고 있으므로 토지소유자라고 하더라도 쟁점토지에서 농사를 짓는 사람들을 함부로 배척할 수 없습니다. 이 때문에 쟁점토지는 과거부터 현재까지 사실상 농지로 이용되고 있다.

(다)

「지방세법 시행령」 제119조

는 재산세 과세대상 물건이 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상 현황에 따라 재산세를 부과하도록 규정하고 있으므로 사실상 농지인 쟁점토지는 분리과세대상으로 분류되어야 한다.

(라)

「종합부동산세법」 제11조

는 종합합산과세대상과 별도합산과세대상 토지에 종합부동산세를 부과하고 있으며, 분리과세대상 토지에는 종합부동산세를 비과세하고 있다. 따라서 쟁점토지는 종합부동산세가 비과세 되어야 한다.

(2) (예비적 청구) 쟁점토지는

제1항에 따른 사권 제한토지로서 재산세 감면대상이므로 종합부동산세를 부과함에 있어서도 이를 준용하여야 한다.

(가)

는 도시계획 등으로 재산권 행사가 불가한 사권 제한토지 등에 대한 세제지원을 규정하고 있다. 그 중 제1항은 장기간 미집행된 도시ㆍ군계획시설에 대한 재산세를 감면하도록 규정하고 있다.

(나)

「종합부동산세법」 제6조

제1항은 「지방세특례제한법」에 의한 재산세 감면규정은 종합부동산세 부과함에 있어서 준용한다고 규정하고 있다. 따라서 쟁점토지의 재산세에 대하여

제1항에 따른 감면규정이 적용된다면, 쟁점토지의 종합부동산세도 감면이 적용되어야 할 것이다.

(다) 쟁점토지는 1999.2.2. OOO 고시 제1999-15호에서 종합의료시설로 지정된 이후, 현재까지 10년 이상 종합의료시설로 지형도면 고시되어 있는 상태이다. 또한 쟁점토지는 지형도면 고시 이후에 종합의료시설으로 이용하기 위한 실질적인 절차가 10년 이상 진행되지 않은 미집행 토지이므로 사권 제한토지 감면 대상이다.

(3) (예비적 청구) 쟁점토지 중 경감비율토지는 분리과세대상으로 과세대상 분류되어야 하고, 이에 따라 종합부동산세가 비과세되어야 한다.

(가) 토지의 과세대상 분류를 규정하는

의 내용을 보면, 제1항 제1호 나목은 ‘이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’는 종합합산대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 한편 같은 항 제2호에서는 별도합산과세대상을 규정하면서, 제1호 나목의 경감비율토지는 별도합산대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나)

제1항은 토지를 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상으로 분류하고 있으므로, 경감비율토지는 이 중 어느 하나에 포섭되어야 한다. 그런데

제1항 제1호 및 제2호에 따르면 경감비율토지는 종합합산과세대상·별도합산과세대상에 해당하지 않으므로 분리과세대상에 해당한다.

(다) 대법원은 사권 제한토지 감면을 적용받는 토지의 과세대상분류가 쟁점이 된 사안에서, 감면을 받는 토지 중 경감비율토지는 분리과세대상임을 명확하게 하였다.

(4) (예비적 청구)

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

(이하 “이 건 시행령 규정”이라 한다)에 따라 재산세액을 공제한 쟁점토지의 종합부동산세 과세처분은 위법하므로, 그 재산세액 공제액을 다시 산정해야 한다.

(가)

제3항, 제6항은 종합부동산세액에서 공제대상 재산세 전부를 공제하도록 하되 다만 산정방법 등 기술적 사항을 시행령에 위임하고 있다. 그런데, 이 건 시행령 규정은 재산세의 공정시장가액비율 및 종합부동산세법의 공정시장가액비율을 모두 적용하여 재산세를 과소공제하고 있으므로 위임입법의 범위를 벗어났다.

(나) 서울고등법원은 2019.4.3. 이 건 시행령 규정이 위임입법의 범위를 벗어나서 위법하고, 이에 근거한 처분도 위법하다고 판단한 바 있다.

(다) 이 건 종합부동산세 과세처분은 위법한 시행령에 근거하여 재산세를 과소공제 하였으므로 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율(재산세 토지에 대한 공정시장가액비율인 70%)을 적용하여 공제되는 재산세액을 다시 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지가 분리과세대상 토지 및 사권 제한토지 감면대상 토지에 해당하여 종합부동산세가 비과세·감면되는지 여부

(가) 충청북도 청주시장은 「지방세법」 106조 제1항 제1호 내지 3호에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하여 재산세를 부과하였고, 이에 청구인은 쟁점토지가

제1항에 따른 감면이 적용되며 경감비율토지 부분은 분리과세 대상토지에 해당한다는 내용으로 이의신청을 하였으나 기각결정되었다.

(나)

「종합부동산세법」 제6조

제1항과 제2항은 「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」 및

「지방세특례제한법」 제4조

에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 비과세·감면에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제21조에서 국토해양부장관은

「지방세법」 제115조

제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 재산세 납세의무자별로 재산세 과세대상이 되는 주택 또는 토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 과세표준과 세액을 재계산하며 매 반기별로 해당 반기의 종료일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다고 규정하고 있으므로, 청주시장의 재산세 부과처분을 근거로 한 종합부동산세 부과처분은 정당하다.

(2) 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하도록 한 이 건 시행령 규정이 상위 법령을 위반하여 무효인지 여부

(가) 이 건 시행령 규정은

제3항 및 제7항에 따라 재산세액 공제금액 계산식을 규정한 것이므로 상위법에서 위임한 범위를 벗어난 위법한 규정이라고 볼 수 없다.

(나)

제3항은 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액을 토지분 종합합산세액에서 공제하도록 규정하고, 같은 법 제14조 제7항은 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있는바, 동 규정은 토지분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 재산세로 부과된 세액을 토지분 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있으므로, 이에 따르면 종합부동산세액에서 공제되어야 할 재산세는 청구인의 주장과 같이 ‘과세대상 토지에 관하여 부과된 재산세 전액’이 아니라, 토지분 과세표준 금액에 대하여 부과된 재산세만이 공제대상이므로, 공제대상금액을 계산하기 위해서는 납세의무자에게 부과된 토지의 재산세 합계금액 중 종합부동산세 과세표준 금액에 대응하여 부과된 재산세액만을 공제대상으로 특정하여야 한다.

(다) 이를 구하는 산식은 종합합산과세대상 토지분 재산세로 부과된 재산세(A) ÷ 종합합산과세대상 토지분을 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액(B) × 종합합산과세대상 토지분의 종합부동산세 과세표준금액에 관하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액(C)이 될 것이며, 종합부동산세의 과세표준은 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액에서 OOO을 공제한 금액에 공정시장가액 비율을 곱한 금액(

「종합부동산세법」제13조

제1항)으로 이에 관한 재산세 상당액를 구하기 위해서는 위 과세표준 금액에 재산세 공정시장가액비율과 재산세율을 곱하면 되는 것이다. 그렇다면 위 산식의 (C)부분은 이 건 시행령 규정 산식의 분자 부분인 [(종합합산과세대상 토지의 공시가격 합산금액 - OOO) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 표준재산세율]과 동일하게 되므로, 이 건 시행령 규정은

3항 및 제7항에서 시행령에 위임하고 있는 정확한 내용의 산식을 규정하고 있는 것으로 볼 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① (주위적 청구) 쟁점토지는 사실상 농지로서 분리과세대상이므로 종합부동산세가 비과세되어야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 쟁점토지는

제1항에 따른 사권 제한토지로서 재산세 감면대상이므로 종합부동산세를 부과함에 있어서도 이를 준용하여야 한다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구) 쟁점토지 중 재산세 감면비율 상당의 토지는 분리과세대상이므로 종합부동산세가 비과세되어야 한다는 청구주장의 당부

④ (예비적 청구) 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

4. "토지"라 함은

「지방세법」 제104조

제1호에 따른 토지를 말한다.

6. "토지분 재산세"라 함은

「지방세법」 제105조

및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.

제5조(과세구분 및 세액) ① 종합부동산세는 주택에 대한 종합부동산세와 토지에 대한 종합부동산세의 세액을 합한 금액을 그 세액으로 한다.

② 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 제14조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 토지분 종합합산세액과 같은 조 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 토지분 별도합산세액을 합한 금액으로 한다.

제6조(비과세 등) ① 「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.

②

「지방세특례제한법」 제4조

에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 재산세의 감면규정을 준용하는 경우 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

④ 제1항 및 제2항의 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과할 때 제1항 및 제2항 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여

제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

OOO③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액을 계산할 때 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년 : 100분의 85

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다.

1. 2019년 : 100분의 85

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ①법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

OOO

(3) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

제107조(납세의무자) ① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

1. 공유재산인 경우 : 그 지분에 해당하는 부분(지분의 표시가 없는 경우에는 지분이 균등한 것으로 본다)에 대해서는 그 지분권자

(4) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 전ㆍ답ㆍ과수원

가. 전ㆍ답ㆍ과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 과세기준일 현재 실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(읍ㆍ면 지역은 제외한다)의 도시지역의 농지는 개발제한구역과 녹지지역(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조제1호에 따른 도시지역 중 같은 법 제36조 제1항 제1호 각 목의 구분에 따른 세부 용도지역이 지정되지 않은 지역을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 있는 것으로 한정한다.

제119조(재산세의 현황부과) 재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상 현황에 따라 재산세를 부과한다.

(5) 지방세특례제한법

제84조(사권 제한토지 등에 대한 감면) ① 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 도시ㆍ군계획시설로서 같은 법 제32조에 따라 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기간 미집행된 토지, 지상건축물,

「지방세법」 제104조

제3호에 따른 주택(각각 그 해당 부분으로 한정한다)에 대해서는 2021년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감하고,

「지방세법」 제112조

에 따라 부과되는 세액을 면제한다.

② 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30조 및 제32조에 따라 도시ㆍ군관리계획의 결정 및 도시ㆍ군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2021년 12월 31일까지 경감한다.

③

「철도안전법」 제45조

에 따라 건축 등이 제한된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2021년 12월 31일까지 경감한다.

(6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "도시ㆍ군계획"이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군(광역시의 관할 구역에 있는 군은 제외한다. 이하 같다)의 관할 구역에 대하여 수립하는 공간구조와 발전방향에 대한 계획으로서 도시ㆍ군기본계획과 도시ㆍ군관리계획으로 구분한다.

3. "도시ㆍ군기본계획"이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 관할 구역에 대하여 기본적인 공간구조와 장기발전방향을 제시하는 종합계획으로서 도시ㆍ군관리계획 수립의 지침이 되는 계획을 말한다.

4. "도시ㆍ군관리계획"이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 개발ㆍ정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지 이용, 교통, 환경, 경관, 안전, 산업, 정보통신, 보건, 복지, 안보, 문화 등에 관한 다음 각 목의 계획을 말한다.

가. 용도지역ㆍ용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획

나. 개발제한구역, 도시자연공원구역, 시가화조정구역(市街化調整區域), 수산자원보호구역의 지정 또는 변경에 관한 계획

다. 기반시설의 설치ㆍ정비 또는 개량에 관한 계획

라. 도시개발사업이나 정비사업에 관한 계획

마. 지구단위계획구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 지구단위계획

바. 입지규제최소구역의 지정 또는 변경에 관한 계획과 입지규제최소구역계획

5. "지구단위계획"이란 도시ㆍ군계획 수립 대상지역의 일부에 대하여 토지 이용을 합리화하고 그 기능을 증진시키며 미관을 개선하고 양호한 환경을 확보하며, 그 지역을 체계적ㆍ계획적으로 관리하기 위하여 수립하는 도시ㆍ군관리계획을 말한다.

6. "기반시설"이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

가. 도로ㆍ철도ㆍ항만ㆍ공항ㆍ주차장 등 교통시설

나. 광장ㆍ공원ㆍ녹지 등 공간시설

다. 유통업무설비, 수도ㆍ전기ㆍ가스공급설비, 방송ㆍ통신시설, 공동구 등 유통ㆍ공급시설

라. 학교ㆍ공공청사ㆍ문화시설 및 공공필요성이 인정되는 체육시설 등 공공ㆍ문화체육시설

마. 하천ㆍ유수지(遊水池)ㆍ방화설비 등 방재시설

바. 장사시설 등 보건위생시설

사. 하수도, 폐기물처리 및 재활용시설, 빗물저장 및 이용시설 등 환경기초시설

7. "도시ㆍ군계획시설"이란 기반시설 중 도시ㆍ군관리계획으로 결정된 시설을 말한다.

13. "공공시설"이란 도로ㆍ공원ㆍ철도ㆍ수도, 그 밖에 대통령령으로 정하는 공공용 시설을 말한다.

(7) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제21조(다른 법령에 따른 인ㆍ허가등의 의제 등) ① 산업단지지정권자 또는 해양수산부장관(이하 "실시계획승인권자"라 한다)이 제17조, 제17조의2, 제18조, 제18조의2 및 제19조에 따른 실시계획의 승인 또는 변경승인을 할 때 다음 각 호의 허가ㆍ결정ㆍ인가ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ승인ㆍ해제 또는 처분 등(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정, 같은 법 제56조에 따른 개발행위의 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시ㆍ군계획시설사업 시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 및

「도시개발법」 제11조

에 따른 사업시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO도지사는 1999.2.12. OOO 일원 9,442,607㎡를 OOO과학지방산업단지 개발계획구역으로 지정·고시하였으며(OOO 고시 제1999-15호), 동 계획에 따라 쟁점토지는 종합의료시설 부지로 결정되었다.

(2) 청구인은 1999.6.26. 산업단지 개발사업의 시행자인 OOO와 사이에 쟁점토지에 대한 분양계약을 체결하고, 2008.7.17. 쟁점토지에 대한 소유권을 취득하였으며(산업단지 개발사업은 2002.7.4. 준공되었음), 쟁점토지는 현재까지 착공 등 종합의료시설 건립을 위한 실질적인 집행절차가 진행되지 않고 있다.

(3) OOO구청장은 2019년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구인이 소유하고 있는 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세를 부과하였고, 처분청은 이에 따라 청구인에게 종합부동산세를 부과하면서, 이 건 시행령 규정(

「종합부동산세법 시행령」 제5조의3

) 산식인 ‘[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 85%] × 재산세 공정가액비율 70% × 재산세율’을 적용하여 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정하였다.

(4) 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액에 관하여 규정한 이 건 시행령 규정의 개정 경위는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제세액의 계산식을 [주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액]으로 정하고 있었고, 같은 법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식에는 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율)]로 되어 있었다.

(나) 과세관청과 납세의무자는 위 규정에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산하였으며, 그러던 중 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 부분이 시행규칙 별지에 기재된 산식과 같은 내용을 의미하는 것인지, 아니면 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율)]을 의미하는지 여부에 관하여 다툼이 있었고, 대법원은 2015.6.23. 선고 2012두2968 판결 등에서 후자를 의미한다는 법리를 선언하였다.

(다) 이에, 정부(기획재정부)는 2015.11.30. 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 부분을 아래와 같이 개정하였으며, 「2015 간추린 개정세법」에 의하면 그 개정 취지는 ‘종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다 공제를 방지하기 위하여 그 계산식을 명확히 한 것’이라고 되어 있다.

OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 사실상 농지로서 분리과세대상이므로 종합부동산세가 비과세되어야 한다고 주장하나, 토지에 대한 종합부동산세는

제1항에 따라 재산세가 종합합산이나 별도합산으로 분류되어 과세되는 토지를 과세대상으로 삼고 있는데 쟁점토지는 종합합산과세대상으로 구분되어 재산세가 부과된 점, 농지는 그 현황이 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지를 의미한다고 할 것인데 쟁점토지는 산업단지 내 도시계획시설 부지로서 언제든지 당초 용도대로의 사용이 가능하므로 인근 주민들이 일시적으로 쟁점토지를 텃밭 등으로 사용하였다고 하더라도 이는 잠정적인 토지이용에 불과한 점 등을 감안하면 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2020부2333, 2021.1.11. 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가

제1항에 따른 사권 제한토지로서 재산세 감면대상이므로 종합부동산세를 부과함에 있어서도 이를 준용하여야 한다고 주장하나,

제1항은 도시계획시설 결정으로 말미암아 당해 토지의 이용가능성이 배제되거나 또는 토지소유자가 종래 허용된 용도대로 사용할 수 없는 경우 그 부담을 완화하기 위하여 재산세 등을 감면하도록 한 것으로서, 동 규정 소정의 ‘장기간 미집행’은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의하여 집행계획 수립, 실시계획 인가 단계까지 나아가지 않고, 도시계획시설 결정 및 고시만 이루어져 토지소유자의 소유권이 제한되고 있는 상태를 의미한다고 할 것인데, 산업단지 개발사업은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시관리계획에 해당하고, OOO과학지방산업단지는 2002.7.4. 개발이 완료되었으므로 청구인의 경우 그 이후 자신의 의사에 따라 언제든지 쟁점토지에 종합의료시설을 건립할 수 있음에도 아무런 행정절차를 밟고 있지 않을 뿐이므로 이 주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 그 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 중 재산세 감면비율 상당의 토지는 분리과세대상이므로 종합부동산세가 비과세되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 쟁점토지는 재산세 감면대상인 사권제한토지 등에 해당한다고 볼 수 없고, 「지방세법」에서 분리과세대상 토지를 규정한 이유는 국가 등의 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세 할 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 분리과세함으로써 종합합산과세 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로 그 대상은

제1항 제3호에서 규정한 토지로 한정된다고 봄이 타당하므로(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결 참고) 이 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 시행령 규정에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정하여 종합부동산세를 부과한 처분은 위법하다고 주장하나, 정부는 대법원 판결 이후인 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 재산세 공제액 산식을 개정하면서, 그 개정 이유를 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것이라고 밝힘으로써, 공정시장가액비율을 반영한 과세표준 제도에 따라 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있는바, 이 건 시행령 규정은