조심 2021서2155 (2021.06.15)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 처분청은 2020년 종합부동산세 과세기준일(2020.6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 과세대상 물건(주택 7건, 종합합산토지 712건 및 별도합산토지 217건)에 대하여, 2020.11.25. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정·고지하였다가, 2020.12.2. 관할 지방자치단체의 “토지분 재산세 부과현황 변동자료”에 따라 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 감액경정하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

및 제5조의3 규정에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세에 다시 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 재산세액만을 공제하는 경우에는 공제할 재산세액이 축소되는바, 이는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 등의 취지에도 어긋나므로 정당한 세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인 주장은 대법원 판결내용을 형식적으로 이해하고 「종합부동산세법」 개정취지, 위임입법 법위 등을 정확하게 파악하지 못함에 기인한 것이다.

(2) 「종합부동산세법 시행령」의 개정 배경과 입법취지

(가) 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 「종합부동산세법」과 개정된 후의 「종합부동산세법」, 구 「종합부동산세법 시행령」(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것)과 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 「종합부동산세법 시행령」 및 이에 대한 시행규칙을 정리하면 아래와 같다.

(나) 위 그림에서 확인할 수 있는 바와 같이 입법자는 종합부동산세를 적게 부과하고자 법 개정을 통하여 종합부동산세 과세표준을 축소하였고, 이에 따라 종합부동산세 부과시 공제되어야 하는 재산세액 계산식 규정도 개정하였다. 이에 따라 과세관청은 위와 같은 일련의 법령 개정에 대한 입법자의 의사를 “종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’ 역시 축소되어야 한다.”는 것으로 이해하였다.

(다) 그런데 이에 대해 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 규정한 구

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

, 제5조의3 제1항 및 제2항의 2009년도 개정 취지(입법자의 의사)에 관하여 “종전 시행령 산식의 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준’으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 제산세액을 공제하려는 기본 취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.”고 판단하였다.

(라) 위와 같은 대법원 판결에 대하여 입법자는 2015.11.30. 대통령령 제26670호로

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

및제5조의3를 개정함으로써 종전의 의사가 “종합부동산세 과세표준이 줄어든 ‘비율’만큼 공제되어야 하는 재산세액의 ‘비율’ 역시 축소되어야 한다.”는 것이었음을 분명히 하였다. 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 종합부동산세에서 기납부 재산세액으로 공제하여 줌으로써 종합부동산세 과세기준 초과금액에 대한 재산세 과세표준 구간을 명확히하여 재산세액의 과다공제 방지를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것이다.

(3) 종합부동산세와 재산세가 중복부과되는 영역의 이해

(가) 대법원은 종합부동산세 부과시 공제되어야 하는 재산세액 계산식 규정과 관련하여 ‘(공시가격-과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당하고, 더불어 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다고 판시하였으나(2015.6.23. 선고 2012두2986 판결), 이와 같이 종합부동산세와 재산세 중복 부과 영역을 이해하는 것은 타당하지 않다.

(나) 또한 대법원이 위법하다고 판단한 부분은 ‘공제되는 재산세액의 산정방식 자체’가 아니라 ‘당시 시행규칙이 시행령 규정을 따르지 않았다는 점’이다. 대법원 판결에서 문제가 되었던 부분은, 그 당시 구 「종합부동산세법 시행령」상 ‘분자’ 부분의 내용이 ‘과세기준금액을 초과하는 분’에서 ‘과세표준’으로 변경된 것에 따른 해석이었다. 이에 대하여 대법원은 ‘종전 시행령 산식에서 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.’고 판시하였을 뿐, 공제되는 재산세액의 범위를 축소하면 안 된다고 판시한 것이 아니다. 당시 변경된 시행령 규정을 위와 같이 해석한 대법원은 당시 시행규칙이 ‘법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 것’이라고 판단하고, 시행령의 내용과 달리 규정된 시행규칙을 적법하지 않다고 판시하였던 것이다. 물론 대법원이 당시 변경된 시행령 규정의 내용을 해석하는 과정에서 ‘대법원이 생각하는 바람직한 재산세액 산정방식’이 무엇인지 언급하기는 하였다. 그러나 입법자는 대법원이 제시한 산정방식을 따르지 않고 입법권을 행사할 수 있으므로, 입법자가 대법원이 제시한 ‘재산세액 산정방식’보다 공제되는 재산세액을 축소시켰더라도 그 자체를 위법한 것으로 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

및 제5조의3 산식에 따라 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 ‘[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율] × 재산세 공정가액비율 × 재산세율’의 방법으로 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제8조[과세표준] ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제9조[세율 및 세액] ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제13조[과세표준] ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

제14조[세율 및 세액] ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(

「지방세법」 제111조

제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제4조의2[주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산] ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(납세의무자별로 주택의 공시 가격을 합산한 금액 - 6억원)} × 제2조의4 제1항의 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」 제109조

제2호에 따른 재산세 공정시장가액비율 } ×

「지방세법」 제111조

제1항에 따른 표준세율 / 전체 재산세 표준세액

제5조의3[토지분 종합부동산세의 재산세 공제] ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액-5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」 제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율] ×

「지방세법」 제111조

제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 / 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × (법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 ×

「지방세법 시행령」 제109조

제1호에 따른 공정시장가액비율] ×

「지방세법」 제111조

제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 / 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법

제110조[과세표준] ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세를 부과함에 있어서,

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

및 제5조의3 산식에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 ‘[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율] × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 방법으로 산정하였다.

(2)

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

및 제5조의3 규정의 개정경위는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제세액의 계산식을 [주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액]으로 정하고 있었고, 같은 법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식에는 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율)]로 되어 있었다.

(나) 과세관청과 납세의무자는 위 규정에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산하였으며, 그러던 중 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 부분이 시행규칙 별지에 기재된 산식과 같은 내용을 의미하는 것인지, 아니면 [(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율)]을 의미하는지 여부에 관하여 다툼이 있었고, 대법원은 2015.6.23. 선고 2012두2968 판결 등에서 후자를 의미한다는 법리를 선언하였다.

(다) 이에, 정부(기획재정부)는 2015.11.30. 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 부분을 아래와 같이 개정하였으며, 「2015 간추린 개정세법」에 의하면 그 개정 취지는 ‘종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다 공제를 방지하기 위하여 그 계산식을 명확히 한 것’이라고 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「종합부동산세법」은 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 하여, 그에 관하여 부과된 재산세액을 공제하도록 규정하고 있으므로(제8조, 제9조 및 제13조, 제14조), 이에 따라 (공시가격 합산금액 - 과세기준금액) × (1 - 공정시장가액비율)에 관하여 납부된 재산세액이 공제되지 않게 되는 것이지, 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

및 제5조의3 규정의 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니므로 동 법률 조항에 대하여 위헌 여부를 주장할 수 있음은 별론으로 하더라도, 법률 조항이 유효한 이상, 그 위임 취지에 따른 내용을 규정한 개정 시행령 규정을 위법하다고 할 수는 없고, 더욱이 정부는 대법원 판결 이후에 위와 같이 재산세 공제액 산식을 개정하면서, 그 개정 이유를 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것이라고 밝힘으로써, 공정시장가액비율을 반영한 과세표준 제도에 따라 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있는 점 등을 감안하면, 처분청이 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된

「종합부동산세법 시행령」 제4조의2

및 제5조의3 규정의 산식에 따라 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 ‘[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율] × 재산세 공정가액비율 × 재산세율’의 방법으로 산정하여 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서3853, 2019.3.12. 등, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.