조심 2022서6976 (2022.10.25)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2021년 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 현재 종합부동산세 과세물건(주택 44건, 종합합산 과세대상토지 129건 및 별도합산 과세대상토지 236건, 이하 “쟁점과세물건”이라 한다)을 소유한 법인이다. 나. 처분청은 쟁점과세물건과 관련하여 2021.11.25. 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 포함)을 결정·고지하였으며, 동 세액은 종합부동산세액에서 ‘공제할 재산세액’을 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항, 제2항(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것, 이하 “개정시행령규정”이라 한다) 산식에 따라 산정된 것이다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.21. 이의신청을 거쳐 2022.7.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청이 이 건 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 산정한 방식은 ‘공정시장가액비율’을 중복 적용하여 종합부동산세 공정시장가액비율을 초과하는 과세대상에 대하여는 재산세 공제를 통한 이중과세 조정을 제한한 것이다. 「종합부동산세법」제9조 제3항 및 같은 법 제14조 제3항·제6항은 주택·토지분 과세표준에 대하여 해당 주택·토지의 재산세로 부과된 세액을 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있어 입법자가 ‘납세자가 재산세로 납부한 세액 전체를 공제한다’는 뜻을 분명히 밝혔음에도, 처분청의 방식에 따르게 되면 재산세 공정시장가액비율과 종합부동산세 공정시장가액비율이 동시에 적용되어 재산세 중 일부가 이중으로 과세되는 문제가 있다. (2) 이러한 문제와 관련하여 청구법인은 과거 처분청에 대한 경정청구와 행정소송(대법원 2015.7.9. 선고 2012두23563 판결, 서울고등법원 2015.11.25. 선고 2015누1436 판결)을 통해 이중과세된 세액을 환급받은바 있음에도, 처분청은 개정시행령규정을 근거로 종전과 동일하게 공제할 재산세액을 산정하였다. 개정시행령규정 개정은 종전 공제할 재산세액의 산정근거가 된 「종합부동산세 시행규칙」 별표에 명시된 산식을 반영한 것에 불과하여 여전히 공정시장가액비율이 중복 적용되어 이중과세 문제가 발생하므로, 위 대법원 판결 및 「종합부동산세법」의 입법취지에 배치되고 개정시행령규정과 관련한 최근 고등법원 판결(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결)에 비추어 보아도 이 건 부과처분은 이중과세 부분 없이 공제할 재산세액을 산정하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 개정시행령규정이 기납부한 재산세액을 전액 공제하지 못함에 따라 이중과세 문제가 발생한다고 주장하나, 헌법재판소 결정 등에 비추어 이중과세가 발생하였다고 하여 일률적으로 해당 규정을 위헌으로 볼 수 없고 이중과세에 대하여 어떤 조정규정을 둘 것인지, 어떻게 조정할 것인지는 입법형성적 재량이 인정된다고 할 것이다. 이에 과세물건마다 개별적으로 부과되는 재산세와 달리 과세물건을 모두 합산하여 부과되는 종합부동산세는 재산세와 그 과세대상 및 누진세율, 공정시장가액비율 등이 서로 달라, 이중과세 부분을 정확하게 특정하여 산술적으로 완벽하게 계산하는 것이 불가능하고 이를 완전히 해소할 수도 없어 개정시행령규정에 따라 공제되는 재산세액을 산출할 수밖에 없다 할 것이다. (2) 종합부동산세 과세체계에 비추어 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 종합부동산세 과세표준에 산입된 금액 중 재산세가 과세된 부분에 대한 것을 의미하는 것으로, 재산세가 과세되었으나 종합부동산세 과세표준에 포함되지 않았다면 그 부분은 공제되는 재산세액에 해당하지 않는다고 할 것이다. 개정시행령규정에 따른 계산식은 쟁점과세물건에 대한 재산세와 종합부동산세의 이중과세로 인한 문제를 해결할 수 있는 방법 중 입법자가 선택할 수 있는 합리적인 조정모형이므로 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제8조(과세표준)① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. ④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조(과세표준) ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조(세율 및 세액) ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액( 「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. ⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다. 1. 2019년 : 100분의 85 2. 2020년 : 100분의 90 3. 2021년 : 100분의 95 ② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 100을 말하되, 2019년부터 2021년까지 납세의무가 성립하는 종합부동산세에 대해서는 다음 각 호의 연도별 비율을 말한다. 1. 2019년 : 100분의 85 2. 2020년 : 100분의 90 3. 2021년 : 100분의 95 제4조의2(주택분 종합부동산에의 재산세 공제) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

(3) 지방세법 제110조(과세표준) ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지 2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (4) 지방세법 시행령 제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70 2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세를 부과함에 있어서, 개정시행령규정에 따라 아래 ＜표1＞과 같이, 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 OOO원을 “[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율] × 재산세 공정가액비율 × 재산세율”의 방법으로 산정하였다. ＜표1＞ 처분청이 산정한 재산세 공제액 ㆍㆍㆍ (2) 이에 청구법인은 개정시행령규정이 아니라 아래 ＜표2＞와 같이 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 방법으로 산정하여야 하고 그러할 경우 공제할 재산세액은 OOO원이고 종합부동산세는 OOO원이라는 취지로 심판청구를 제기하였다. ＜표2＞ 청구법인 주장에 따른 재산세 공제액 ㆍㆍㆍ (3) 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 및 제5조의3(개정시행령규정)의 개정경위는 다음과 같다. (가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제세액의 계산식을 “[주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액]”으로 정하고 있었고, 같은 법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식에는 “[(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율)]”로 되어 있었다. (나) 과세관청과 납세의무자는 위 규정에 따라 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 계산하였으며, 그러던 중 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 부분이 시행규칙 별지에 기재된 산식과 같은 내용을 의미하는 것인지, 아니면 “[(주택 등의 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율)]”을 의미하는지 여부에 관하여 다툼이 있었고, 대법원은 2015.6.23. 선고 2012두2968 판결 등에서 후자를 의미한다는 법리를 선언하였다. (다) 이에, 정부(기획재정부)는 2015.11.30. 위 시행령 산식 중 분자에 기재된 부분을 아래와 같이 개정하였으며, 「2015 간추린 개정세법」에 의하면 그 개정 취지는 ‘종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다 공제를 방지하기 위하여 그 계산식을 명확히 한 것’이라고 되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 것은 위법하다고 주장하나, 「종합부동산세법」은 공정시장가액비율이 반영된 과세표준 금액을 기준으로 하여, 그에 관하여 부과된 재산세액을 공제하도록 규정하고 있는바(제8조, 제9조 및 제13조, 제14조), 이에 따라 “(공시가격 합산금액 - 과세기준금액) × (1 - 공정시장가액비율)”에 관하여 납부된 재산세액이 공제되지 않게 되는 것이지, 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 「종합부동산세법 시행령」 제4조의2 및 제5조의3 규정의 산식으로 인하여 재산세 일부가 공제되지 않는 것은 아니며, 법률 조항이 유효한 이상, 그 위임 취지에 따른 내용을 규정한 개정시행령규정을 위법하다고 할 수는 없고, 더욱이 정부는 대법원 판결 이후에 위와 같이 재산세 공제액 산식을 개정하면서, 그 개정 이유를 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것이라고 밝힘으로써, 공정시장가액비율을 반영한 과세표준 제도에 따라 공정시장가액비율만큼 종합부동산세 과세표준이 줄어듦과 동시에 해당 과세표준에 대하여 공제되는 재산세액 역시 줄어들도록 하려는 것임을 분명히 하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 개정시행령규정에 따라 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 ‘[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율] × 재산세 공정가액비율 × 재산세율’의 방법으로 산정하여 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서3853, 2019.3.12. 등, 같은 뜻임). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.