조심 2022서6484 (2023.05.23)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 사업 등을 영위하다가 2018년 6월경 지주회사로 전환되면서 중공업·건설 부문이 분할되어 AAA 주식회사가 설립되었다.

나. 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)는 OOO 715 대지 1121.6㎡ 외 3필지(이하 “쟁점사업부지”라 한다)에서 지하 6층∼지상 18층 규모의 오피스빌딩(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 분양하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 시행하면서 2008.4.28. 청구법인과 쟁점건물의 신축공사 도급계약[공사대금 OOO원(공급가액) 규모로 이하 “쟁점도급계약”이라 한다]을 체결하였고, 이후 2008.8.25. 쟁점도급계약의 공사대금을 OOO원(공급가액)으로 변경하였으며, 2010.2.26. 건물공사 층수를 지하 6층∼지상 18층에서 지하 7층∼지상 18층으로 변경하였다.

다. 청구법인과 BBB, CCC 주식회사(이하 “CCC”이라 한다)는 2008.4.29. 쟁점건물과 쟁점사업부지를 신탁재산으로 하는 관리형 토지신탁계약(이하 “쟁점신탁계약”이라 한다)을 체결하였는데, 쟁점신탁계약에서 BBB는 위탁자 겸 수익자로, CCC은 수탁자로, DDD 유한회사(PF대출금 대주)는 1순위 우선수익자로, 청구법인은 2순위 우선수익자로 각 정하였고, BBB는 2008.4.30. 쟁점사업부지에 관하여 CCC 앞으로 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었으며, 이후 BBB는 쟁점사업 시행을 위하여 2008.5.29. DDD 유한회사로부터 OOO원을 대출받았고, 청구법인은 위 대출금채무에 관하여 연대보증을 하였다.

라. 이후, BBB가 자금경색을 이유로 대출금 채무를 상환하지 못하자, BBB, 청구법인, CCC은 2009.12.7. ① 쟁점신탁계약의 수익자를 BBB에서 청구법인으로 변경하는 신탁변경계약을 체결하였고, ② BBB는 사업권을 포함하여 쟁점사업에 관한 모든 권한을 청구법인에게 이전하며, 청구법인은 언제든지 수탁사에게 사업권 및 토지소유권의 이전을 요구할 수 있다는 내용 등이 담긴 사업권 이전 등에 관한 합의(신탁변경계약과 합하여 이하 “쟁점합의 등”이라 한다)를 하였다.

마. 청구법인은 자신이 BBB에게 쟁점건물 신축공사용역을 공급하였음을 전제로 아래 ＜표1＞과 같이 BBB에게 세금계산서를 발행하였고, 과세기간별로 부가가치세를 신고·납부하였다.

＜표1＞ 청구법인의 쟁점건물 신축공사 관련 세금계산서 발행 내역

ㅇㅇㅇ

바. 청구법인은 2012년 6월경 쟁점건물 신축공사를 완료하였고, 쟁점건물의 소유자(수탁자)인 CCC은 2012.6.5. EEE 주식회사에게 쟁점건물과 사업부지를 OOO원에 매각하기로 하는 계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 체결하였는데, 당시 청구법인은 쟁점신탁계약상의 수익자 겸 쟁점건물의 시공사로서 쟁점매매계약에 참여하여 매도인에 갈음하여 하자담보책임 등의 각종 의무를 부담하기로 약정하는 한편, 쟁점합의 등에 따라 청구법인이 쟁점사업을 실질적으로 수행한 주체로서 쟁점건물을 공급한 자에 해당한다고 보아 2012.6.5. 위 매매대금 중 쟁점건물분에 해당하는 OOO원에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 세금계산서를 발행한 후, 관련 부가가치세 OOO원(이하 “쟁점부가가치세”라 한다)를 신고·납부하였다.

＜표2＞ 쟁점건물 매각관련 세금계산서 발행 내역

ㅇㅇㅇ

사. BBB의 법인 사업장 관할 관서인 OOO서장은 2012년 8월경 BBB에 대한 부가가치세 현지확인조사를 실시하여 2009.12.7.자 쟁점합의 등으로 인해 쟁점사업의 실질적 통제권이 BBB에서 청구법인으로 이전되었고, 2009.12.7. 이후부터는 청구법인이 사업의 주체가 되어 쟁점건물 신축공사용역을 자가공급한 것으로 보아(청구법인이 BBB에게 신축공사용역을 공급한 것이 아님) 2012.12.18. 쟁점건물 신축공사용역과 관련된 BBB의 2010년 제1기∼2012년 제1기 부가가치세 과세기간의 매입세액 공제분을 부인하여 부가가치세 합계 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였으며, 이에 따라 청구법인은 2013년 1월경 처분청에 2011년 제1기∼2012년 제1기 부가가치세 과세기간의 매출세액 과다신고·납부분에 대한 경정청구를 제기하여 2013년 5월경 부가가치세 합계 OOO원(환급가산금 포함)을 환급받았다.

아. 한편, BBB는 2012.12.18.자 OOO서장의 부가가치세 부과처분에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2014.10.6. 쟁점합의 등 이후에도 쟁점건물이 매각된 2012.6.5.까지 BBB가 여전히 쟁점사업의 사업주체 지위를 유지한 것으로 보이는 이상, BBB가 수취한 세금계산서상 매입세액을 불공제하여 과세한 것은 부당하다는 취지로 BBB가 수취한 세금계산서상 매입세액을 공제하는 것으로 과세표준 및 세액을 경정한다는 결정(조심 OOO, 2014.10.6.)을 하였으며, 처분청은 위 조세심판결정에 따라 청구법인이 경정청구를 통하여 환급받은 부가가치세가 추징대상이라고 판단한 후, 2015.8.26. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제1기분 OOO원, 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

자. 한편, 청구법인은 위 2015.8.26.자 부가가치세 부과처분에 대하여 감사원 심사청구를 거쳐 2018.11.20. OOO행정법원에 항고소송을 제기하였는바, 법원은 ‘청구법인이 쟁점합의 등 이후에도 시공사 지위에서 쟁점사업의 사업권자인 BBB에게 건설용역을 공급하고 대가를 수령한 것으로 보인다’고 판단하여 2020.3.26. 청구법인의 청구를 기각(OOO행정법원 2020.3.26. 선고 OOO 판결)하였고, OOO고등법원도 ‘쟁점합의 등 이후에도 BBB의 시행사 지위가 소멸하는 것으로 보기 어렵고, 쟁점사업의 이익과 손실이 종국적으로 BBB에게 귀속되는 관계로 판단된다’는 이유로 청구법인의 항소를 기각(OOO고등법원 2021.4.30. 선고 OOO 판결)하였으며, 2021.9.30. 대법원은 항소심 판결을 확정(대법원 2021.9.30. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)하였다.

차. 청구법인은 쟁점판결에 따라 ‘청구법인은 쟁점사업의 시공사일 뿐 쟁점건물의 공급자가 아니었다’는 사실이 확정되었고 이는「국세기본법」(이하 “국기법”이라 한다) 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하며, 2021.12.29. 처분청에 청구법인이 쟁점건물의 공급자임을 전제로 신고·납부한 2012년 제1기 부가가치세 OOO원(쟁점부가가치세)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.3.2. 경정청구를 거부통지 하였다.

카. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 주장하는 내용과 관련하여 전제된 사실은 다음과 같다.

부가가치세 납세의무자는 재화 또는 용역을 공급한 사업자이므로 쟁점건물의 매각에 따른 쟁점부가가치세의 납세의무자는 쟁점건물을 공급한 사업자, 즉 쟁점건물을 매각한 BBB인바, 이러한 사실은 쟁점건물 매각 당시 BBB가 시행사 지위를 유지하고 있었던 사실이 쟁점판결에 의하여 확정되었으므로 청구법인이 시행사 지위에서 신고·납부한 쟁점부가가치세는 잘못된 세금에 해당한다.

청구법인은 쟁점매매계약이 체결된 2012.6.5. 당시 쟁점합의 등에 따라 청구법인이 쟁점사업을 실질적으로 수행한 주체로서 쟁점건물의 공급자에 해당한다고 생각하여 쟁점부가가치세를 신고·납부하였고, OOO서장은 2012년 8월경 BBB가 청구법인으로부터 수취한 매입세금계산서상 매입세액을 불공제하여 BBB에게 2010년 제1기분~2012년 제1기분 부가가치세 합계 OOO원을 부과하였는데, 이는 쟁점합의 등에 따라 쟁점사업의 실질적 통제권이 BBB로부터 청구법인에게 이전되어 청구법인이 쟁점사업의 주체가 된 이상, 청구법인이 수행한 쟁점건물의 신축공사용역은 쟁점사업을 시행한 사업주체인 청구법인에게 공급한 것이어서 결국 자가공급에 해당한다는 판단을 한 데 따른 것이었다.

그러나, 쟁점판결에서는 청구법인이 사업주체로서 쟁점사업을 수행하였다는 주장이 받아들여지지 않았는바, ‘쟁점합의 등 이후에도 BBB의 시행사 지위가 소멸하는 것으로 보기 어렵고, 쟁점사업의 이익과 손실은 종국적으로 BBB에게 귀속되었다”고 판결하였고, 이에 따르면 청구법인은 쟁점사업의 시행사나 사업 주체가 아니고 단지 BBB에게 쟁점건물 신축공사용역을 공급한 시공사일 뿐이어서 쟁점건물의 공급자가 될 수 없다는 결론에 이르게 되면, 동 판결에 따라 ‘청구법인은 쟁점사업의 시공사일 뿐 쟁점건물의 공급자가 아니었다’는 사실이 확정되었다고 보아야 한다.

형평의 관점에서 보면, 청구법인은 쟁점건물의 신축공사용역을 BBB에게 공급한 시공사이면서 쟁점건물을 매각한 공급자라는 서로 모순되는 지위에서 부가가치세를 이중으로 부담한 셈이 되었는바, 이러한 점에 비추어 보더라도 쟁점부가가치세가 환급되어야 한다는 결론은 너무나 당연한 것이고, 다만 청구법인이 어떤 절차와 방법으로 잘못 납부한 쟁점부가가가치세를 환급받을 수 있는지와 관련하여 쟁점판결의 확정이

국기법 제45조의2

제2항에서 정한 어떠한 후발적 경정청구사유에 해당하는지 여부만이 다툼이 된다 할 것이다.

(2) (쟁점① 관련) 쟁점판결의 확정은

국기법 제45조의2

제2항 제1호 또는 제5호의 후발적 경정청구사유에 해당하므로 청구인이 경정청구한 쟁점부가가치세는 환급되어야 한다.

(가) 쟁점판결의 확정은

국기법 제45조의2

제2항 제1호의 후발적 경정청구사유에 해당한다.

1) 과세관청은 납세자의 ‘과세표준 및 세액’의 신고내용에 오류·탈루가 있는 경우 부과제척기간 내에서는 이를 언제든지 경정할 수 있는데, 국기법에서는 이에 대응하여 경정청구 제도를 두어 납세자에게도 객관적으로 존재하는 적법한 과세표준이나 세액을 초과하거나 환급세액이 과소한 경우(

국기법 제45조의2

제1항) 또는 법정신고기한이 경과한 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 인하여 최초로 신고한 과세표준과 세액 등 산정기초에 변동이 생긴 경우(같은 조 제2항) 납세자에게 유리한 조세채무의 변경을 청구할 수 있는 법적 권한을 부여하고 있는바, 일반적으로 제1항의 경정청구를 ‘통상적 경정청구’(또는 감액경정청구)라고 하고, 이 사건에서 문제되는 제2항의 경정청구를 ‘후발적 경정청구’라고 하며, 후발적 경정청구제도는 통상적 경정청구기간이 경과한 후 당초 신고나 부과처분 당시에 예측하기 어려웠던 감액사유가 발생한 경우에 납세자에게 그 시정을 요구할 수 있는 법적 권리를 보장하기 위하여 도입된 것이다.

국기법 제45조의2

제2항 제1호는 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’를 후발적 경정청구 사유로 규정하고 있는데, 여기서 ① ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미하고(대법원 2006.1.26. 선고 2005두7006 판결, 대법원 2017.9.7. 선고 2017두41740 판결 등), ② ‘판결’이란 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 또는 행위에 관한 소송에 대한 것으로서 그로 말미암아 당해 거래 또는 행위의 법률효과 내지 법적 의미에 관하여 직접적인 영향을 미치는 것을 말한다 할 것이다(조심 2014중1794, 2014.11.10.).

2) 이 건을 보면, 쟁점판결에서 청구법인이 쟁점사업의 시행사나 사업 주체가 아니고 단지 BBB에게 쟁점건물의 신축공사용역을 공급한 시공사에 불과하다는 사실이 확정되었는바, 이는 쟁점부가가치세의 전제사실을 무너뜨리는 것으로, 즉 쟁점판결의 확정에 의하여 쟁점부가가치세 신고·납부의 근거가 된 거래 또는 행위가 당초 신고한 것과는 다른 내용으로 확정된 것이어서 쟁점판결의 확정사실은 청구법인이 당초 신고·납부한 쟁점부가가치세와 관련하여

국기법 제45조의2

제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당한다 할 것이다.

최근 선고된 OOO고등법원 판결[OOO고등법원 2021.1.29. 선고 2019누35536 판결(대법원 2021.6.30. 선고 2021두35414 판결, 심리불속행기각) 대법원에서 심리불속행 기각 확정]에서는 조합이 토지에 신축한 건물을 분양하거나 임대하면서 수분양자들과 사이에 토지사용계약을 체결하고 토지사용료를 선납받았는데, 조합이 사업자등록을 하지 않고 조합원들이 공동사업자로서 사업자등록을 하였으며, 조합은 조합원들이 조합의 공동사업자임을 전제로 조합원들 전원을 연대납세의무자로 하여 선수임대료를 임대기간과 분양면적으로 안분하여 계산한 금액에 대해 부가가치세를 신고·납부한 사안에서, 조합원들이 경정되어야 한다고 주장하는 부가가치세는 토지나 건물에 관하여 재화나 용역을 공급하는 사업자로서 부가가치세 납부의무가 있는 주체가 조합원들인 것으로 보아 그들에게 부과된 것으로서 ‘이 사건 토지나 건물에 관하여 재화나 용역을 공급하는 거래 또는 행위에 관한 소송’에서 그러한 거래 또는 행위의 주체를 조합원들로 볼 수 없다는 판결이 확정된다면, 이는 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 근거가 된 거래 또는 행위 등이 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 것이므로, 그 판결은 조합원들이 경정되어야 한다고 주장하는 부가가치세에 관하여

국기법 제45조의2

제2항 제1호가 후발적 경정청구 사유로 규정한 ‘판결’에 해당한다고 판단하였다.

위 고등법원 판결 사안에서는 선수임대료에 대한 반환의무를 부담하는 자가 선수임대료에 관한 부가가치세 납세의무도 부담한 것으로 나오는데, 관련 민사판결을 통해 조합원들에게 선수임대료에 대한 반환의무가 없다는 점이 확정됨으로써 조합원이 아닌 조합이 부가가치세 납세의무자라는 점이 확정되었고, 선수임대료 반환의무자와 부가가치세 납세의무자를 다르게 판단하는 것은 논리적으로 모순되는 상황에서 법원은 조합원들이 납세의무자임을 전제로 이루어진 부가가치세 신고·납부분과 관련하여 부당이득반환 확정판결을

국기법 제45조의2

제2항 제1호의 후발적 경정청구사유로 인정하였다.

이 건 역시 동일한 논리구조를 취하고 있는바, 즉 이 건에서도 확정된 쟁점판결은 ‘청구법인이 쟁점사업의 시행사나 사업 주체가 아니어서 쟁점건물의 공급자가 될 수 없다는 사실’을 확정하였고, 이러한 판단은 청구법인이 쟁점사업의 시행사임을 전제로 쟁점건물의 매각에 관한 쟁점부가가치세를 신고·납부한 것과 정면으로 모순되므로, 따라서 쟁점판결의 확정은

국기법 제45조의2

제2항 제1호에 규정하는 후발적 경정청구사유에 해당하는 것이다.

(나) 쟁점판결의 확정은

국기법 제45조의2

제2항 제5호의 후발적 경정청구사유에 해당한다.

1)

국기법 제45조의2

제2항 제5호는 “제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때”를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조의2는 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우(제1호), 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우(제2호), 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우(제3호)를 규정하면서 제4호에서 “제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우”라는 포괄적인 후발적 경정청구 규정을 두고 있다.

후발적 경정청구사유에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는, ① 과세처분 이후에 발생한 후발적 사유를 이유로 하여 항고소송에서 당해 과세처분을 다투는 것은 원칙적으로 불가능하고, ② 따라서 이러한 경우 납세자 구제방법으로 경정청구제도나 그 밖의 개별적 구제방법을 마련하는 것이 법체계상 요청된다고 볼 수 있으며, ③ 이와 같은 개별적 구제방법이 마련된 이상 다른 구제수단을 이용하는 것은 원칙적으로 허용되지 않는다고 볼 여지가 있는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 구체적인 후발적 경정청구사유의 의미는 다소 유연하게 해석할 필요가 있는바, 이러한 견지에서 보면,

국기법 시행령 제25조의2

제4호의 ‘제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우’에는 위 시행령 조항 제1호 내지 제3호 뿐만 아니라,

국세기본법 제45조의2

제2항 각호에 준하는 사유도 포함된다고 보아야 한다.

헌법재판소도 “후발적 사유의 발생에 기초한 납세자의 경정청구권은 법률상 명문의 규정이 있는지 여부에 따라 좌우되는 것이 아니라, 조세법률주의 및 재산권을 보장하고 있는 헌법 정신에 비추어 볼 때 조리상 당연히 인정되는 것이고,

국기법 제45조의2

의 후발적 사유에 의한 경정제도는 위와 같은 조리상의 법리를 확인한 것이므로, 국기법상의 후발적 사유에 의한 경정청구제도는 납세자의 경정청구권을 창설적으로 부여하는 것이 아니라 조리상 당연히 인정되는 권리에 관하여 그 요건과 내용, 절차 등을 보다 분명히 규정함으로써 경정청구권의 행사를 용이하게 보장하기 위한 것으로 보아야 한다.”라고 판시하면서, 후발적 경정청구를 보다 넓게 허용해야 할 필요가 있다는 점을 강조한 바 있다(헌법재판소 2000.2.24. 선고 97헌마13·245 결정).

2)

국기법 제45조의2

제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2에 규정하는 후발적 경정청구 사유를 살펴보면, ① 당초 신고나 결정 당시에는 특별한 하자가 없었지만 최초의 신고·결정을 유지할 수 없게 된 사유가 사후적으로 새롭게 발생하거나, ② 당초 신고·결정 당시 불분명하였던 사실관계 등이 사후적으로 객관적인 절차에 의하여 확정된 경우를 후발적 경정청구 사유로 제시하고 있는 것을 확인할 수 있는바, 이러한 취지에서

국기법 제45조의2

제2항 제1호에서 후발적 경정청구 사유의 하나로 ‘판결의 확정’을 규정하고 있는 것 또한 판결이 법원의 재판과정을 거친 결론으로서 사실관계의 인정에 객관성을 담보하기 때문으로 이해할 수 있다.

그렇다면 설령

국기법 제45조의2

제2항 제1호에서 후발적 경정청구 사유로 규정하고 있는 ‘판결의 확정’에 해당하지는 않더라도, 해당 처분의 위법사유가 실체법적 사유로서 당사자 사이에 투명하게 다투어졌고, 판결 이유에서 실체적 진실을 담은 사실관계 및 그에 따른 판단이 명확하게 드러난 조세행정소송에서의 확정판결이라면, 그러한 확정 판결의 취지에 따른 후발적 경정청구 또한 적법한 후발적 경정청구에 해당한다고 보아야 한다.

이 건에 있어 쟁점부가가치세는 쟁점건물을 공급하는 사업자로서 부가가치세 납부의무가 있는 주체가 청구법인임을 전제로 신고·납부되었는바, 쟁점판결에서는 쟁점사업의 구체적인 내용과 쟁점합의 등의 효력, 쟁점사업의 이익과 손실이 종국적으로 귀속되는 시행사가 BBB인지 청구법인인지 여부가 직접적으로 다투어졌고, 청구법인은 쟁점사업의 시행사나 사업 주체가 아니고 단지 BBB에게 쟁점건물의 신축공사용역을 공급한 시공사일 뿐이어서 쟁점건물의 공급자가 될 수 없다는 사실이 법원의 판결이라는 객관적인 절차에 의하여 확정되었으므로, 결국 쟁점판결의 확정은

국기법 제45조의2

제2항 제5호에 따른 후발적 경정청구 사유에 포함된다 할 것이다.

(다) 청구법인이 쟁점①과 관련하여 2022.11.10. 제출한 추가항변서의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 2022.11.10. 제출 추가항변서 주요 내용

ㅇㅇㅇ

(3) (쟁점② 관련) 쟁점판결에서는 쟁점사업의 이익과 손실이 종국적으로 BBB에게 귀속되는 관계로 볼 수 있다고 판단하였는바, 청구법인은 신탁재산인 쟁점건물과 부지의 처분으로 발생한 이익과 비용을 최종적으로 귀속받는 수익자에 해당하지 않으므로 처분청이 제시한 대법원 판례(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결, 이하 “변경 전 판례”라 한다)에 따르더라도 쟁점건물 매각에 따른 부가가치세 납세의무자가 될 수 없고, 설령 납세의무자로 보는 경우에도 쟁점신탁계약에 따라 발생한 이익 OOO원(쟁점건물 매각) 중 청구법인에게 귀속된 금원은 2순위 우선수익자 지위로 받은 OOO원에 불과하므로 동 금액의 범위로 납세의무를 제한하여야 하고, 나머지 세액은 환급하여야 한다.

(가) 처분청은 2017.5.18. 변경된 판례(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결, 이하 “변경 후 판례”라 한다)에 따라 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자가 수탁자로 바뀌기 전에는 타익신탁에서 수익자가 부가가치세 납세의무자에 해당하였는데, 쟁점합의 등으로 수익자가 BBB에서 청구법인으로 변경되었으므로, 청구법인이 수익자로서 쟁점건물의 공급에 따른 쟁점부가가치세를 납부한 것은 정당하고, 쟁점판결은 BBB가 시행사 지위를 유지하여 청구법인이 쟁점건물 신축공사용역을 자가공급한 것으로 볼 수 없다는 취지일 뿐 청구법인이 수익자라는 사실은 변함이 없다는 의견이나, 이는 타익신탁에서 수익자를 부가가치세 납세의무자로 인정하였던 변경 전 판례와 이른바 ‘실질적 통제권’을 근거로 수익자에게 부가가치세 납세의무를 인정하였던 당시 과세실무의 취지를 제대로 이해하지 못한 데서 비롯된 것으로 타당하지 아니하다.

청구법인은 쟁점합의 등에 따라 실질적 통제권이 청구법인에게 이전되었고, 신탁재산인 쟁점건물과 부지의 처분으로 발생한 이익과 비용이 청구법인에게 귀속된다는 전제에서 쟁점부가가치세를 신고·납부하였으나, 쟁점판결에 의해 쟁점부가가치세 신고·납부의 근거가 된 쟁점합의 등에도 불구하고 변경 전 수익자인 BBB에게 쟁점건물과 부지의 처분으로 발생한 이익과 비용이 귀속된다는 점이 확정되었으므로, 이는

국기법 제45조의2

제2항 제1호의 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’ 또는 같은 항 제5호 ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때’ 및 같은 법 시행령 제25조의2 제4호 ‘제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우’로서 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것이다.

또한, 처분청은 판례의 변경이 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않으므로 청구법인의 부가가치세 납세의무에는 영향이 없다고 하면서 마치 청구법인이 위 대법원 전원합의체 판결에 따라 부가가치세 환급을 구하는 것처럼 주장하나 청구법인이 후발적 경정청구의 근거로 삼는 것은 위 대법원 전원합의체 판결이 아니라, 쟁점합의 등의 효력과 쟁점사업으로 인한 이익과 비용의 종국적인 귀속자가 누구인지를 판단한 쟁점판결이므로 이는 처분청이 청구법인의 주장을 오해한 데 따른 것이다.

(나) 타익신탁에서 ‘수익자’를 부가가치세 납세의무자로 인정하였던 변경 전 판례의 취지는 위탁자와 수익자가 동일한 자익신탁의 경우에는 위탁자가 부가가치세 납세의무자이지만, 위탁자와 수익자가 다른 타익신탁의 경우에는 신탁재산의 관리·처분·개발에 따른 수익은 모두 수익자에게 귀속되므로, 부가가치세는 그 수익을 향유하는 ‘수익자’에게 부과되어야 한다는 것이고,

국기법 제14조

제1항의 실질과세원칙은「부가가치세법」에도 적용되므로 과세의 대상이 되는 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 경우에는 사실상 귀속되는 자에 대하여「부가가치세법」을 적용하여야 하는데, 타익신탁의 경우에는 이익이 수익자에게 귀속되므로 실질과세원칙상 수익자를 납세의무자로 보아야 한다는 것이었는바, 이에 대하여 ① 타익신탁에서 수익자는 신탁업무의 처리와 관련된 법률행위의 당사자가 아닌 점, ② 부가가치세는 재화나 용역의 공급이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 삼아 사업자의 손익 여부와 무관하게 부과되는 거래세인데 수익자는 수익권의 한도 내에서 수익을 우선적으로 지급받는 것에 불과하므로 그 수익의 귀속에 대하여 소득세나 법인세 등을 부담하는 경우가 있을 뿐「부가가치세법」상 납세의무자가 될 수는 없는 점, ③ 수익자가 부가가치세 납세의무자가 되려면 재화를 공급한 사실이 있어야 하고 수익자가 재화의 공급자가 되려면 위탁자로부터 재화를 취득해야 하는데 그런 사실이 없으므로 수익자는 재화의 공급자가 될 수 없다는 등의 비판이 있어 대법원은 2017.5.18. 변경 후 판례로 부가가치세 납세의무자를 수익자에서 수탁자로 변경하였다.

변경 전 판례에서 타익신탁의 경우 부가가치세 납세의무자를 수익자로 인정하였던 이유는 “신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 수익자에게 귀속되어 실질적으로는 수익자의 계산에 의한 것으로 된다는 점”에 있었는바, 변경 전 판례에 따라 수익자가 부가가치세 납세의무자로 인정되기 위해서는 수익자가 신탁사업으로 인한 수익의 실질적인 귀속자라는 점이 인정되어야 하고, 반면 명목상·형식상의 수익자일 뿐 실질적으로는 신탁으로 인한 이익과 비용이 수익자에게 최종적으로 귀속되지 않았다면 변경 전 판례에 따르더라도 그 수익자에게 신탁재산의 처분으로 인한 부가가치세를 과세할 수는 없다.

또한, 변경 전 판례 당시의 과세실무에 있어 수익자를 부가가치세 납세의무자로 인정하였던 취지는 타익신탁에서 수익자를 납세의무자로 보기 위한 전제로 위탁자로부터 수익자에게 이른바 ‘실질적 통제권’의 이전이 있다고 하여 별도의 재화의 공급이 있었다고 보았던 것인바, 쟁점신탁계약은 당초 위탁자(BBB)와 수익자(BBB)가 같은 자익신탁이었으나, 쟁점합의 등에 따라 수익자가 청구법인으로 변경되었고, 청구법인은 위와 같은 과세실무에 따라 청구법인이 BBB로부터 쟁점사업에 관한 실질적 통제권을 이전받아 쟁점사업의 주체가 되었으며, 그에 따라 청구법인이 쟁점건물의 공급자가 된다고 판단하였기 때문에 당초 쟁점부가가치세를 신고·납부하였던 것이고, OOO서장도 2012년경 BBB에 대한 부가가치세 현지확인조사를 실시하여, 쟁점합의 등에 의해 신탁원본 및 신탁수익의 수익자가 BBB에서 청구법인으로 변경됨에 따라 쟁점사업의 주체가 청구법인으로 변경된 것으로 보아 쟁점사업과 관련하여 BBB가 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제하였던 것이다

결국, 변경 전 판례와 당시 과세실무의 취지에 의하면, 청구법인이 쟁점건물 매각에 따른 부가가치세 납세의무자가 되기 위해서는 청구법인이 쟁점신탁계약의 수익자로서 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용을 최종적으로 귀속받는 경우에 해당하거나, BBB로부터 실질적 통제권을 이전받아 쟁점사업에 대한 실질적 통제권을 가지고 있는 경우여야 하는데, 쟁점판결에서 쟁점합의 등으로 신탁원본 및 신탁수익의 수익자가 BBB에서 청구법인으로 변경된 사정에도 불구하고, 청구법인은 단순히 쟁점건물의 시공사에 불과하고, 쟁점사업의 이익과 손실은 종국적으로 BBB에게 귀속된다고 판단하였으므로 청구법인은 신탁재산인 쟁점건물과 부지의 처분으로 발생한 이익과 비용을 최종적으로 귀속받는 수익자에 해당한다거나 신탁재산인 쟁점건물을 처분할 수 있는 실질적 통제권을 보유하였던 것으로 볼 수도 없어 변경 전 판례에 따르더라도 쟁점건물 매각에 따른 부가가치세 납세의무자가 될 수 없다.

(다) 쟁점신탁계약은 위탁자인 BBB가 자기의 계산으로 사업자금을 조달하고 쟁점사업부지를 수탁자인 CCC에 신탁하여 수탁자 명의로 쟁점건물을 신축·분양하여 수익을 얻는 것을 목적으로 하고, DDD 유한회사와 청구법인은 단순히 PF대출금 대주와 시공사로서 BBB에 대한 대출채권 및 공사대금채권을 변제받기 위해 쟁점신탁계약의 제1, 2순위 우선수익권자로 각각 참여하였을 뿐인바, DDD 유한회사와 청구법인에게 있어 쟁점신탁계약은 BBB에 대한 채권을 보전하기 위한 담보신탁적인 성격을 가지는 것이다.

국세청 심사결정례에서는 이 건과 같이 OOO은행이 위탁자인 사업 시행자에 대한 대출금 채권을 보전하기 위해 수익권증서를 교부받은 경우, 이는 담보채권의 범위 내에서 신탁부동산의 분양대금을 수령한 것에 불과하므로 신탁재산에 대한 실질적 통제권을 행사하지 아니한 것으로 봄이 타당하다고 판단하였고(국세청 심사부가2008-0109, 2008.9.9.), 조세심판결정례에서도 우선수익자가 위탁자에 대한 채권을 담보하기 위해 우선수익권의 범위 내에서 신탁이익을 정산받은 경우에는 우선수익자에게 실질적 통제권이 이전되었다고 볼 수 없다는 이유로 수익자에게 부가가치세 납세의무가 없다고 판단(조심 2011중0948, 2011.8.31., 조심 2011서3161, 2012.4.3., 조심 2012중2498, 2012.12.28. 등 참조)하였는바, 이 건에 있어 쟁점판결에 의하여 청구법인이 단순한 시공사일 뿐 쟁점사업의 시행사가 아니고, 쟁점사업으로 인한 이익과 비용의 최종적인 귀속주체도 아니며, 신탁재산을 처분할 실질적 통제권을 갖지 못하였음이 확정된 이상, 청구법인이 납부한 쟁점부가가치세는 환급되어야 한다.

설령, 청구법인에게 부가가치세 납세의무가 있는 것으로 보더라도 그 범위는 청구법인의 우선수익권이 미치는 금액의 범위 내로 제한되어야 하는바, 수탁자인 CCC이 2012.6.5. 쟁점건물과 대지를 EEE에 OOO원에 매각한 후, 그 매각대금 중 OOO원을 1순위 우선수익자인 DDD 유한회사에, 나머지 OOO원을 2순위 우선수익자인 청구법인에게 지급하였으므로 쟁점신탁계약에 따라 발생한 이익 OOO원 중 청구법인에게 귀속된 금원은 OOO원에 불과하므로(이는 쟁점건물 신축공사 도급금액인 OOO원보다 약 OOO원 많음), 쟁점부가가치세 중 우선수익권이 미치는 범위 밖의 금액은 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (쟁점① 관련) 쟁점판결은 후발적 경정청구 사유 관련 판결에 해당하지 하니하므로 이 건 경정청구는 정당하지 아니하다.

일반적으로 납세의무의 성립에 필요한 물적 요소로 일정한 물건·행위·사실 등을 과세대상이라고 하는데, ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위’는 사실상 개별 세법에서 말하는 과세대상으로서 거래 또는 행위를 말하고, 여기에서 거래·행위는 과세요건을 구성하는 유형 중 대표적인 것을 예시한 것이라고 해석하여야 하므로, 거래 또는 행위는 과세대상으로서 과세표준을 산출하는 데 납세의무자의 대내적 관계에 있어서 회계처리의 근거가 되는 것을 의미하며, ‘계산 근거가 된 거래 또는 행위’란 소송법적으로 표현하면 소송에 의해서 특정된 요건사실이 되는 사법상의 법률관계를 말하고, 이를 조세법률관계에 관한 조세실체법상의 내용과 관련지어 해석하면 과세요건과 관련된 사실을 의미하는바, 바꿔 말하면 과세요건사실이 바로 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위를 구성하는 사실이다.

국기법 제45조의2

제2항 제1호 법문의 ‘그에 관한 소송’에서 ‘그’란 말할 것도 없이 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등을 말하고, 앞에서 언급한 과세요건사실과 소송은 밀접한 관련이 있다고 보고 해석하여야 하는바, 소송이란 원고가 피고를 상대방으로 하여 법원에 대하여 특정한 청구의 당부에 관해 심판을 요구하는 행위로, 소송에서는 권리의 발생·변경·소멸이라는 법률효과의 판단에 직접 필요한 요건사실 내지 주요사실을 당사자가 법원에 주장하여야 재판의 기초로 삼게 되고, 원고가 소송에 의해 사실관계를 특정하여 청구하는 심판의 대상을 소송물이라 하는데, 법원은 원고가 청구하는 소송물에 대하여 판결할 뿐이고, 따라서 ‘그에 관한 소송’은 전체적으로 법원이 심판의 대상으로 삼은 소송물을 의미하는 것이고, 재판의 결과인 판결은 소송물에 대한 판단이 된다.

국기법 규정에서 ‘소송에 대한 판결’이라고만 규정할 뿐 더 이상 구체적 내용이 없어 여러 가지 판결이 전부 다 해당되는지 판결의 범위가 논란이 되고 있고, 특히 행정소송, 형사소송의 판결은 배제되어야 하는지 여부가 논란이 되고 있는바, 형사소송의 판결이 후발적 경정청구 사유가 될 수 있는 지에 관하여 최근 선고된 대법원 판결(대법원 2020.1.9. 선고 2018두61888 판결)의 내용을 보면, 형사사건의 재판절차에서 납세의무의 존부나 범위에 관한 판단을 기초로 판결이 확정되었다 하더라도, ① 형사소송은 국가 형벌권의 존부 및 적정한 처벌범위를 확정하는 것을 목적으로 하는 것으로서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관해 발생한 분쟁의 해결을 목적으로 하는 소송이라고 보기 어렵고, 형사사건의 확정판결만으로는 사법상 거래 또는 행위가 무효로 되거나 취소되지도 아니하는 점, ② 조세포탈죄의 성립 여부 및 범칙소득금액을 확정하기 위한 형사소송절차라고 하더라도 과세절차와는 그 목적이 다르고, 그 확정을 위한 절차도 별도로 규정되어 서로 상이하며, 형사소송절차에서는 대립 당사자 사이에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위의 취소 또는 무효 여부에 관하여 항변, 재항변 등 공격·방어방법의 제출을 통하여 이를 확정하는 절차가 마련되어 있지도 아니한 점, ③ 형사소송절차에는 엄격한 증거법칙 하에서 증거능력이 제한되고 무죄추정의 원칙이 적용되고, 법관으로 하여금 합리적 의심이 없을 정도로 공소사실이 진실한 것이라는 확신을 가지게 할 수 있는 정도의 증명력을 가진 증거에 의하여만 유죄의 인정을 할 수 있으므로 형사소송에서의 무죄 판결은 그러한 증명이 없다는 의미일 뿐이지 공소사실의 부존재가 증명되었다는 의미가 아닌 점(대법원 2006.9.14. 선고 2006다27055 판결) 등에서 특별한 사정이 없는 한 관세법에서 말하는 후발적 경정청구사유인 판결에 해당한다고 볼 수 없다고 판시하였다.

또한, 행정소송은 행정행위의 효력을 소송대상으로 하기 때문에

국기법 제45조의2

제2항 제1호에서 말하는 법원의 판결 등에 행정소송에서의 판결은 원칙적으로 포함되지 않는다고 보아야 하나, 과세물건이 사법상의 거래행위가 아니라 행정행위인 경우가 있다면, 예컨대 면허세의 경우에는 그 면허의 취소를 구하는 행정소송에서 그 면허를 취소하는 판결이 선고된 경우에는 후발적 경정청구사유에 해당할 수 있다 할 것이다.

조세부과처분 취소소송에서의 판결이나 경정청구 등에 대한 거부처분 취소소송에 관한 판결과 같은 조세 취소소송 판결이

국기법 제45조의2

제2항 제1호 소정의 판결에 포함되는지 여부에 관하여도 견해의 대립이 있을 수 있지만, 조세 취소소송 판결에서는 판결의 대상이 되는 당해 처분이 과세요건으로 삼은 거래 또는 소득의 존부나 범위만을 직접적으로 판단할 뿐이지 그것이 다른 처분이나 신고에서의 과세요건이 되는지 여부에 대하여는 직접적으로 판단하지 아니하는데, 물론 간접적이거나 반사적으로 당해 처분의 과세요건에 해당하기 때문에 다른 처분의 과세요건이 되지 않는다는 식으로 판결 이유가 설시될 수 있겠지만 그것이 직접적인 판단의 대상이 된 것은 아니라 할 것이고, 같은 취지에서 대법원 판결(대법원 2008.7.24. 선고 2006두10023 판결)도 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금의 귀속시기만을 달리 본 과세권자의 손금 귀속방법이 위법하다는 이유로 어느 과세기간의 부과처분을 취소한 확정판결은 그 다음 과세기간의 법인세와 관련하여

국기법 제45조의2

제2항 제1호, 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다고 판시하였는데, 그 이유는

국기법 제45조의2

제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’가 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미하므로, 위의 사례는 여기에 해당하지 않았기 때문일 것이다.

그러므로 조세부과처분 취소소송에서의 판결(쟁점판결)이

국기법 제45조의2

제2항 제1호, 제5호에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당함을 전제로 한 청구법인의 이 건 경정청구는 그 전제에서부터 타당하지 아니하다.

(2) (쟁점② 관련) 청구인은 쟁점부가가치세의 납세의무자는 쟁점건물의 공급자가 되어야 한다고 하면서 자신이 쟁점판결에 의하여 쟁점건물의 공급자임을 인정받지 못하였으므로 쟁점부가가치세의 납세의무자가 아니라고 주장하나, 청구법인은 신탁부동산인 쟁점건물의 처분과 관련하여 변경 전 판례에 따라 수익자로서 쟁점건물분의 부가가치세를 납부한 것이지 쟁점건물의 공급자(위탁자)로서 부가가치세를 납부한 것이 아니므로 쟁점판결에서 신탁부동산(쟁점건물) 처분에 관하여 청구법인의 ‘수익자’ 지위를 부정하는 사실이 있지 않은 한, 쟁점판결로 확정된 사실은 후발적 경정청구 사유인 “최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때”에 해당하지 아니한다 할 것이다.

(가) 신탁은 신탁을 설정하는 자(위탁자)와 신탁을 인수하는 자(수탁자) 간의 신임관계에 따라 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고, 수탁자로 하여금 일정한 자(수익자)의 이익 또는 특정한 목적을 위하여 그 재산의 관리·처분·운용·개발·그 밖에 신탁 목적 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말하는바, 현행 세법은 기본적으로 신탁재산에 대한 사법상의 소유권은 수탁자에게 있다고 하더라도, 신탁재산에서 생기는 소득 및 신탁거래에 따른 경제적인 효과를 실제로 누리거나 누릴 자는 수익자 내지 위탁자라는 신탁도관이론에 기초하여, 신탁재산에 귀속되는 소득에 대한 납세의무자를 위탁자 내지 수익자로 정하고 있고, 구체적으로는

「법인세법」제5조

제1항,

「소득세법」제2조의 2

제6항에서 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 ‘신탁의 이익을 받을 수익자(수익자가 특정되지 않거나 존재하지 않을 경우 신탁의 위탁자 또는 그 상속인)에게 귀속’되는 것으로 규정하여, 신탁은 도관에 불과할 뿐 독립한 과세단위가 아니라는 수익자 과세원칙을 선언하고 있다.

또한「법인세법」은「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」의 적용을 받는 신탁회사가 수탁한 신탁재산에 귀속되는 수입과 지출은 그 법인에 귀속되는 수입과 지출로 보지 아니한다고 규정하여, 신탁재산에서 발생한 소득은 수탁자에게 귀속되지 않는다는 점을 명문으로 규정하고 있는데, 수많은 사람들의 투자로 이루어지는 투자신탁 등의 경우에는 신탁을 투시하여 신탁재산의 투자수익을 바로 수익자에게 과세하는 것은 사실상 불가능하므로 이 경우에는 신탁재산에 귀속되는 소득이 발생한 시점에 수탁자에 대해 과세하지 않고, 위와 같은 신탁재산에 귀속되는 소득이 수익자에게 분배되는 시점에 이를 배당소득으로 과세하도록 하여 신탁재산에 귀속되는 소득은 사실상 과세이연의 효과를 누리게 되는 것이다.

(나) 앞에서 언급한 바와 같이 현행「법인세법」및「소득세법」은 ‘신탁도관이론’에 기초하여, 신탁재산에서 발생한 이익에 대하여는 위탁자 또는 수익자를 납세의무자로 취급하고, 수탁자인 신탁회사에 대해서는 신탁소득에 대한 납세의무를 지우지 않는다는 점을 명문으로 규정하고 있으나, 부가가치세의 경우 재화 또는 용역의 거래에 대하여 부과되는 거래세로 소득에 대하여 과세하는 법인세, 소득세와는 그 체계를 달리하고, 신탁재산의 거래 과정, 즉 신탁을 설정하며, 이후 신탁법률관계가 종료되거나 신탁재산을 처분하는 과정 등에서 부가가치세 과세 문제가 발생하게 됨에도「부가가치세법」에서는 신탁재산의 공급을 과세대상 거래로 볼 것인지, 납세의무자는 누가 될 것인지 등에 관하여 아무런 명문의 규정을 두고 있지 않아 그 과세상 취급여부에 대하여 학계 및 실무에서 오랫동안 논란이 되어 왔다.

부동산 신탁에 있어서 부가가치세 과세 여부가 문제될 수 있는 경우로는 ① 신탁의 설정(신탁계약)에 의한 위탁자에서 수탁자로의 신탁재산의 이전 및 신탁의 종료에 따른 신탁재산의 위탁자 또는 수익자로의 귀속, ② 위탁자가 타인을 수익자로 지정하거나 위탁자 또는 수익자가 제3자에게 수익권을 양도한 경우, ③ 신탁재산을 취득하거나 신탁재산을 처분, 임대하는 경우가 있을 수 있는데, 세법상 신탁재산의 성격을 어떻게 정의하는지 여부에 따라 위 각 경우별로 부가가치세 과세여부 및 부가가치세의 납세의무자가 달라질 수 있다.

종전에 대법원은 신탁재산의 관리·처분 등으로 인하여 발생한 이익과 비용이 누구에게 속하는지 여부를 기준으로 ‘자익신탁’과 ‘타익신탁’을 구분하여 부가가치세의 납세의무자를 달리 판단하였는바, 먼저 ‘자익신탁’과 관련하여 대법원은 신탁재산의 처분으로 인한 부가가치세 납세의무자에 관하여, 신탁법률관계에서 수탁자가 신탁재산을 관리·처분하면서 재화 등을 공급하거나 공급받게 되는 경우 수탁자 자신이 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리하게 되는 것이나, 그 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용은 위탁자에게 최종적으로 귀속하게 되어 실질적으로는 위탁자의 계산에 의한 것이라는 점에서 「신탁법」에 의한 신탁은

「부가가치세법」제10조

제7항 소정의 위탁매매와 유사하므로, 신탁업무를 처리함에 있어서의 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁매매의 경우와 같이 원칙적으로 ‘위탁자’라고 보았는데(대법원 2003.4.25. 선고 99다59290 판결 등 참조), 이 건의 쟁점판결에서 청구법인을 쟁점사업의 사업주체로 볼 수 없다고 판시한 내용은 ‘자익신탁’인 경우에 한하여 의미가 있을 수 있다 할 것이다(청구법인이 쟁점사업의 사업주체가 아니라면 부동산 신탁의 위탁자로 볼 수 없다는 것과 같기 때문이다).

이와 달리 신탁법률관계에서 위탁자 이외의 수익자가 지정되어 신탁의 수익이 우선적으로 수익자에게 귀속하게 되어 있는 ‘타익신탁’의 경우에는, 그 ‘우선수익권이 미치는 범위 내’에서는 신탁재산의 관리·처분 등으로 발생한 이익과 비용도 최종적으로 위탁자가 아닌 수익자에게 귀속되어 실질적으로는 수익자의 계산에 의한 것으로 되므로, 이 경우에는 사업자 및 이에 따른 부가가치세 납세의무자는 ‘수익자’가 된다고 보았는바(대법원 2006.1.13. 선고 2005두2254 판결, 대법원 2008.12.24. 선고 2006두8372 판결 등 참조), 이와 같이 종전 대법원의 입장은「법인세법」및「소득세법」에서 기본적으로 취하고 있는 ‘신탁도관이론’의 주된 논거, 즉 신탁재산의 관리·처분으로 발생한 이익과 비용의 최종적인 귀속자는 위탁자와 수익자에 해당한다는 점을 기본적인 전제로 하고 있었고, 다만「부가가치세법」의 경우 신탁법률관계에서 재화 또는 용역의 공급자를 위탁자 내지는 수익자로 본다는 명문의 규정은 없으나, 신탁법률관계에서의 위탁자와 수탁자는 위탁매매와 그 법률관계가 유사하므로

「부가가치세법」제10조

제7항의 위탁매매의 특칙을 유추 적용하여 부가가치세의 납세의무자를 위탁자로 볼 수 있다는 것이다.

이후, 대법원은 위탁자를 부가가치세 납세의무자로 볼 수 없다는 종전의 입장은 그대로 유지하면서도 ①「부가가치세법」은 재화 또는 용역의 공급이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않으므로, 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하는 점, ② 재화의 공급으로서의 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는「부가가치세법」에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미하는 점, ③ 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리·처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속 주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 하는 점, ④ 세금계산서 발급ㆍ교부 등을 필수적으로 수반하는 다단계 거래세인 부가가치세의 특성을 고려할 때, 신탁재산 처분에 따른 공급의 주체 및 납세의무자를 수탁자로 보아야 거래당사자를 쉽게 인식할 수 있고, 과세의 계기나 공급가액의 산정 등에서도 혼란을 방지할 수 있는 점 등을 들어 신탁부동산의 공급에 따른 부가가치세의 납세의무자는 ‘수탁자’에 해당한다고 판시하여, 종래 ‘타익신탁’의 경우 신탁부동산의 공급에 따른 납세의무자는 ‘수익자’로 보아야 한다는 기존 대법원 판례를 변경 후 판례(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결)의 내용으로 변경하였다.

(다) 청구법인은 ‘타익신탁의 수익자’ 지위에서 부가가치세를 납부한 것이므로 쟁점부가가치세의 납세의무자에 해당한다.

BBB, 청구법인, CCC은 2008.4.29. 쟁점신탁계약을 체결하였는데, 위 쟁점신탁계약은 BBB를 위탁자 겸 수익자로, CCC을 수탁자로, DDD 유한회사(PF대출금 대주)를 1순위 우선수익자, 청구법인을 ‘2순위 우선수익자’로 각 정하였고, BBB는 2008.4.30. 쟁점사업부지에 관하여 CCC 앞으로 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었고, 쟁점사업 시행을 위하여 2008.5.29. DDD 유한회사로부터 OOO원을 대출받았으며, 청구법인은 위 대출금채무에 관하여 연대보증을 하였는데, BBB가 자금부족으로 대출금채무를 상환하지 못하게 되자, BBB, 청구법인, CCC은 2009.12.7. 쟁점합의 등을 체결하였고, 청구법인이 2012년 6월경 쟁점건물 신축공사를 완료하자 신탁업자로서 쟁점건물의 소유자(수탁자)인 CCC은 2012.6.5. EEE 주식회사에게 쟁점건물과 쟁점사업부지를 OOO 원에 매도하여, 그중 OOO원은 1순위 우선수익자인 DDD 유한회사에 지급하고, 나머지 OOO원은 2순위 우선수익자인 청구법인에게 지급하였다.

이때 쟁점신탁계약에 따라 2순위 우선수익자이자, 쟁점합의 등에 따라 BBB가 보유하고 있던 수익자의 지위마저 이전받은 청구법인은 신탁부동산인 쟁점건물의 처분에 관하여 부가가치세 납세의무자로서 부가가치세를 납부하였던 것이지 쟁점건물의 공급자(위탁자)로서 부가가치세를 납부한 것이 아니었다.

쟁점판결에서는 “원고인 청구법인이 쟁점합의 등 이후에도 시공사 지위에서 이 사건 사업권자인 BBB에게 건축용역을 공급하고 대가를 수령한 것으로 봄이 타당하고, 원고인 청구법인의 주장과 같이 원고인 청구법인이 쟁점사업의 실질적 귀속주체로서 자기 사업을 위하여 건축용역을 자가공급한 경우에 해당한다고 보기 어렵다.”고 판시하였는바, 쟁점판결은 BBB와 청구법인 사이에 체결된 공사도급계약 역시 부가가치세 과세대상이라고 판시한 것일 뿐, 청구법인이 보유하던 신탁부동산(쟁점건물)의 ‘수익자’의 지위를 부정한 것이 아니므로 쟁점판결에 따라 쟁점부가가치세의 납세의무자 지위에 변경이 있었다고 보기 어렵다.

(3) (기타 처분청 의견) 후발적 경정청구 사유가 있다는 청구법인의 주장은, 사실 쟁점판결을 근거로 했다기보다는 ‘타익신탁’의 경우 신탁부동산의 공급에 따른 부가가치세의 납세의무자를 ‘수익자’에서 ‘수탁자’로 보아야 한다는 변경 후 판례(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결)을 근거로 하고 있다고 보는 것이 맞는바, 변경 후 판례에서 신탁부동산의 처분과 관련된 부가가치세 납세의무자가 수익자가 아닌 수탁자라고 하였는데, 이는 법령에 대한 해석이 신고·결정 또는 경정 당시와 달라진 것으로, 즉 대법원 판례가 변경된 것으로 이는 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2014.11.27. 선고 2012두28254 판결 참조).

후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던 후발적 사유를 이유로 하는 것이므로 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 거래 또는 행위의 존재 여부나 그 법률효과가 달라지는 경우 등의 사유는

국기법 제45조의2

제2항 제5호,

국세기본법 시행령 제25조의2

제4호가 정한 후발적 사유에 포함될 수 있지만, 법령에 대한 해석이 신고·결정 또는 경정 당시와 달라진 사유는 여기에 포함되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점판결이

국세기본법 제45조의2

제2항 제1호 또는 제5호에서 정한 후발적 경정청구 사유 관련 판결에 해당하는지 여부

② 쟁점판결이 국세기본법상 후발적 경정청구 사유 관련 판결에 해당한다 하더라도, 청구법인이 타익신탁의 우선수익자이므로 변경 전 판례에 따라 쟁점부가가치세의 실질적 납세의무자로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)

국세기본법 제45조의2

(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2)

국세기본법 시행령 제25조의2

(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

(3)

부가가치세법 제7조

(용역의 공급) ② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다.

(가) 처분청은 쟁점판결이 BBB와 청구법인 사이에 체결된 공사도급계약 역시 부가가치세 과세대상이라고 판시한 것일 뿐, 청구법인이 보유하던 신탁부동산(쟁점건물)의 ‘수익자’의 지위를 부정한 것이 아니므로 쟁점판결에 따라 쟁점부가가치세의 납세의무자 지위에 변경이 있었다고 보기 어렵다는 의견을 제시하며, 아래 ＜그림＞의 쟁점판결 주요 결정이유 도해도를 제시하였다.

＜그림＞ 쟁점판결 주요 결정이유 도해

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(나) 청구법인은 쟁점판결에 따라 청구법인이 쟁점사업의 시공사일 뿐 쟁점건물의 공급자가 아니었다는 사실이 확정되었고, 즉 쟁점부가가치세의 납세의무자 변경이 있었으므로 이는

국기법 제45조의2

제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하며, 관련 증빙으로 아래 ＜표3＞의 쟁점판결 관련 판결서 주요내용[OOO고등법원 2021.4.30. 선고 OOO 판결, 대법원 2021.9.30. OOO 판결(심리불속행 기각)과 아래 ＜표4＞의 쟁점신탁계약서상 각 계약자의 당초 지위 관련 내용을 제시하였다.

＜표3＞ 쟁점판결 관련 판결서 주요내용(BB는 BBB, AA는 청구법인)

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＜표4＞ 쟁점신탁계약서상 당초 지위 관련 내용

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점판결의 확정이

국기법 제45조의2

제2항 제1호 또는 제5호의 후발적 경정청구사유인 판결에 해당하므로 청구인이 경정청구한 쟁점부가가치세를 환급하여야 한다고 주장하나,

국기법 제45조의2

제2항 제1호 법문의 ‘그에 관한 소송에 대한 판결’은 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 직접적인 소송에 대한 판결을 말한다 할 것인데, 쟁점판결은 쟁점부가가치세의 과세표준 및 세액의 산정기초가 되는 쟁점건물 등 양도행위나 수익의 실질적 귀속 주체가 누구인지 여부와 관련된 것이 아닌 쟁점건물 신축공사용역이 자가공급에 해당하는지 여부와 쟁점합의 등에 따른 쟁점사업의 실질적 귀속주체 변경 여부(시행자 지위 변경), 쟁점사업의 이익과 손실의 종국적 귀속 주체 판단 등에 관한 것이어서 쟁점판결을

국기법 제45조의2

제2항 제1호에서 언급하는 판결로 보기는 어려운 점, 쟁점판결이

국기법 제45조의2

제2항 제5호의 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 같은 법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호에 규정하는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우, 부득이한 사유 등으로 계약이 해제되가나 취소된 경우, 장부의 압수 등 부득이한 사유가 소멸한 경우 등에도 해당하지 아니하므로

국기법 제45조의2

제2항 제5호에 해당한다고 보기 어려운 점 등에서 쟁점판결의 확정이

국기법 제45조의2

제2항 제1호 또는 제5호 관련 후발적 경정청구사유에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점②는 심리실익이 없어 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.