조심 2022서7159 (2023.01.18)

OOO서장이 2022.7.12. 청구인에게 한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.12.28. OOO 외 1필지의 토지 및 건물(이하 각각 “쟁점토지”, “쟁점건물”이라 하고 이를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)과 이에 연접한 3필지의 부동산을 함께 양도한 후, 쟁점건물의 가액을 매매계약서상 거래가액인 OOO원(공급가액)으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 및 2018년 제2기 부가가치세를 신고.납부하였다.

나. OOO서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.4.12.부터 2021.5.11.까지 위 부동산 양도소득세에 대한 세무조사를 실시한 후,

「소득세법」 제100조

제2항 및 제3항에 따라 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 2021.5.26. 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분하여 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액을 계산하고 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액ㆍ경정하였다.

다. 청구인은 2021.5.24. 처분청에 2018년 제2기 부가가치세와 관련하여 위 양도소득세 감액경정의 내용과 같이 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 하고 OOO원을 수정신고ㆍ납부하였다가, 2022.5.31. 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 매매계약서상의 거래가액을 적용하여야 한다는 이유로 위 수정신고세액에 대하여 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.7.12. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산의 토지 및 건물 가액은 매매계약서에 명확히 구분되어 있으므로 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다.

(가) 청구인은 쟁점부동산을 특수관계가 없는 제3자에게 양도하였고, 매매계약서에 쟁점토지와 쟁점건물의 실지거래가액이 명확히 구분ㆍ기재되어 있다.

(나) 시가란 특수관계가 없는 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격이나, 실지거래가액이란 거래 당사자 간의 합의에 의한 가액이다.

(다)

「부가가치세법」 제29조

제9항 단서규정은 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우에 그 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로, 당사자 간에 적법ㆍ유효하게 성립된 매매계약에 대하여 그 계약내용에 허위가 있다거나 통상의 거래관행에 벗어나 합리적인 가액 구분이라 볼 수 없는 경우가 아니라면 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우로 볼 수 없다(조심 2021서1532, 2021.8.23.).

(2) 처분청은 쟁점토지 및 쟁점건물의 거래가액이 기준시가로 계산한 가액과 30%이상 차이가 난다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였으나 이는 위법하다.

(가) 조사청은 이 건 세무조사 결과

「소득세법」 제100조

제3항에 따라 양도차익을 재산정하여 감액경정하였고, 처분청도

「소득세법」 제100조

제3항 규정에 따라 토지 및 건물의 거래가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30%이상 차이가 있어 가액구분이 불분명한 경우로 보아 경정청구를 거부하였음이 경정청구 처리결과통지서에서 확인된다.

(나) 2018.12.31. 개정된 「부가가치세법」(이하 “개정 후 「부가가치세법」”이라 한다) 제29조 제9항은

「소득세법」 제100조

제3항의 규정과 유사하게 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 실지거래가액을 기준시가로 안분한 가액과 30%이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 경우로 본다고 규정하고 있으나, 이는 2019.1.1. 이후 과세기간에 적용할 수 있고, 쟁점부동산은 그 전에 양도된 것이어서 적용할 수 없다.

(다) 청구인은 관련 법령을 오인하여 부가가치세를 수정신고한 것이므로 매매계약서에 따른 쟁점토지와 쟁점건물의 실지거래가액이 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 2018.12.31. 개정 전 「부가가치세법」(이하 “개정 전 「부가가치세법」”이라 한다) 제29조 제9항 단서규정에 따라 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 이 건 경정청구를 거부하였다.

(가) 청구인은 처분청이 개정 후 「부가가치세법」을 소급적용하였다고 주장하나, 처분청은 개정 전 「부가가치세법」 규정에 따라 가액구분이 불분명한 경우로 판단하였다.

(나) 개정 전

「부가가치세법」 제29조

제9항 단서에 규정된 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’란 구분기재가 되어 있는 경우라 하더라도 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액, 사회통념 등에 비추어 합당하다고 인정되지 않는 경우를 포함하는 것이며, 이 경우 국세청 기준시가 등에 따라 계산한 가액을 공급가액으로 할 수 있다(조심 2021서2234, 조심 2010구3276 등).

(다) 매수인이 장차 지상건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매 당사자들이 매매계약서에 건물가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액으로 기재한 경우 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 되는바, 가액구분이 불분명한 경우라 함은 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 봄이 타당하고(의정부지방법원 2021.12.7. 선고 2020구합14781 판결), 가액구분이 불분명한 경우로 인정하기 위해서는 매매가격의 결정경위, 매매가격상 토지와 건물 등의 가액비율, 회계장부의 기재, 통상적인 거래가격 등 제반사정을 고려하여야 한다(광주지방법원 2021.7.8. 선고 2020구합14519 판결).

(라) 쟁점토지는 청구인이 취득한 후 양도하기까지 기준시가의 경우 184% 상승한데 비해 거래가액은 418% 상승하였고, 취득 당시 기준시가는 거래가액의 91% 정도였으나, 양도 당시 기준시가는 거래가액의 약 50%에 불과한 것으로 나타나는바, 쟁점토지의 거래가액을 높게 평가하였음을 알 수 있으며, 쟁점건물의 경우 취득 후 양도하기까지 기준시가가 약 18.5% 상승하였음에도 이에 대한 반영이 충분히 반영되지 아니하였다.

(마) 결국 청구인은 토지의 공급에 관하여는 부가가치세가 과세되지 않는다는 점을 이용하여 이를 회피할 목적으로 임의적ㆍ자의적으로 쟁점건물의 가액을 낮게 평가한 것이다.

(2) 청구인은 쟁점부동산을 양수한 법인이 부가가치세를 환급받을 수 없는 점을 고려하여 당사자 간 협의로 쟁점건물의 가액을 낮게 설정한 것이다.

(가) 쟁점부동산을 양수한 법인은 사업장이 일본 도쿄에 소재하는 외국법인으로, 쟁점부동산 거래 전후로 국내에 사업자등록번호가 없었기 때문에 쟁점건물의 양수에 대한 부가가치세를 공제받을 수 없었는바, 부가가치세 부담을 회피하고자 쟁점토지의 가액을 높게 설정하고, 쟁점건물의 가액을 낮게 설정한 것으로 볼 수 있다.

(나) 「부가가치세법」상 토지 및 건물의 가액구분이 불분명하여 기준시가에 따라 계산한 가액에 비래하여 토지 및 건물의 가액을 안분계산하는 것은 단지 당사자 간의 자의적인 구분에 따라 부가가치세가 부족하게 징수될 수 있기 때문에 그 부분만큼 재계산하여 납부하여야 한다는 것으로, 세법에서 규정하고 있는 부당행위계산부인과 같은 이치이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것)

제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

부 칙

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제53조의2 제1항의 개정규정은 2019년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것)

제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한

「소득세법」 제99조

에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(4) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것)

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점토지를 2002.10.21. 취득한 후 그 지상에 2012.8.22. 쟁점건물을 신축하여 2012.9.1.부터 OOO이라는 상호로 숙박업을 영위하였으며, 2016.12.7., 2018.12.28. 쟁점부동산에 연접한 OOO 외 2 필지의 부동산을 추가로 취득하였다.

＜표1＞ 청구인의 부동산 취득내역

ㅇㅇㅇ

(2) 청구인은 2018.12.28. 위 부동산을 일괄하여 일본 법인 AAA 주식회사에 OOO원에 양도하였는바, 매매계약서상의 거래가액 및 총 양도가액을 기준시가로 안분계산한 가액은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 매매거래가액 및 기준시가로 안분계산한 가액

ㅇㅇㅇ

(3) 일반건축물대장에 의하면 쟁점건물은 2012.8.22. 신축(사용승인일)되었고, 이 건 양수법인이 2018.12.28. 취득한 후 2019.11.27. 말소되었으며, 이 건 양수법인은 2020.1.10. OOO 신축에 대한 건축허가를 받아 2021.4.5. 사용승인받은 것으로 확인된다.

(4) 처분청은 쟁점부동산의 매매계약서상 거래가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 등 통상의 거래관행보다 현저히 낮다며 아래 ＜표3＞과 같이 가액비교사례를 제시하였는바, 쟁점건물의 양도 당시 기준시가는 취득 당시에 비해 18.5% 상승하였음에도 거래가액은 취득가액보다 감소한 것으로 평가하였고, 쟁점토지의 경우 기준시가 상승률(184%)에 비해 거래가액을 현저히 높게 평가(상승률 418.3%)하여 쟁점건물의 가액을 낮게 평가하였다는 의견이다.

＜표3＞ 쟁점건물 및 쟁점토지의 기준시가 및 거래가액 비교

ㅇㅇㅇ

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 매매계약서상 토지.건물의 거래가액이 통상적인 경우와 현저히 차이가 있으므로 개정 전

「부가가치세법」 제29조

제9항 단서에서 정하고 있는 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다는 의견이나,

「부가가치세법」제29조

제9항의 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 약정된 금액을 의미하는 것이고, 세금계산서, 매매계약서, 장부 등의 증명자료에 건물의 가액과 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 기재가 허위라거나 내용에 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 같은 항 단서의 “토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인바(대법원 2014.3.14. 선고 2013두25450 판결, 같은 뜻임), 이 건의 경우 특수관계 없는 거래당사자 간에 체결한 매매계약서에 토지가액, 건물가액 등이 명확히 구분 기재되어 있는 점, 쟁점건물의 거래가액(OOO원)은 총 양도가액을 기준시가로 안분계산한 금액에 비해 상대적으로 낮은 수준으로 산정되었기는 하나, 기준시가의 130%에 해당하고, 취득가액(OOO원) 및 사용연수(6년) 등을 고려할 때 현저히 저평가되었다고 보기 어려운 점, 이 건 양수법인이 쟁점건물을 양수한 후 사용.수익한 사정이 확인되지 아니하고 곧바로 철거하여 호텔건물을 신축한 것으로 보이므로 양수법인의 입장에서는 쟁점건물의 재산적 가치가 높다고 보기 어려운바, 상대적으로 낮은 가액으로 산정하는 것이 통상적인 거래관행에 반한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 경우로 보아 청구인의 부가가치세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.