조심 2021서2234 (2021.06.29)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인 OOO(청구인 및 5인을 합하여, 이하 “청구인등”이라 한다)과 OOO 소재 토지 1,952㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 12,956㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지 및 쟁점건물을 합하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 ‘OOO’이라는 상호로 예식장업을 운영하다가 2016.8.2. 재단법인 OOO(이하 “매수인”이라 한다)에 쟁점부동산을 양도하면서 양도소득세는

「소득세법」 제100조

제2항 및 제3항에 따라 쟁점토지와 쟁점건물을 구분 기장한 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 기준시가로 안분계산한 금액으로 신고·납부하였고, 부가가치세는 「부가가치세법」(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항 본문에 따라 실지거래가액(쟁점토지: OOO원)으로 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인등이 신고한 부가가치세의 쟁점건물가액이 기준시가 및 매수인으로부터 제출받은 감정평가서상의 감정가액 등에 현저히 미달하므로

「부가가치세법」제29조

제9항 단서에 따라 쟁점부동산을 ‘토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우’에 해당한다고 보아 기준시가로 안분계산한 금액(쟁점토지: OOO원)으로 쟁점건물에 대한 공급가액을 산정하여, 2020.12.11. 청구인등에 2016년 제2기분 부가가치세 OOO원의 납세고지서를 발송하였다. 청구인은 2021.5.28. 납세고지서를 수령하였으나 다른 연대납세의무자들이 2020.12.14. 납세고지서를 수령한 것을 알고 있었기에 청구인등은 2020.12.22. 위 부가가치세를 납부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산 가액은 매수인이 요구한 금액을 그대로 수용하여 결정된 것이다.

청구인등은 쟁점부동산을 오래 전부터 매도하려고 하였으나, ① 청구인등의 쟁점부동산에 대한 지분은 59.98%이며, 나머지 40.02%는 다른 사람들이 지분을 소유하고 있기 때문에 쟁점부동산을 재건축하는데 제약이 있는 점, ② 쟁점건물 전용면적은 예식업에 특화되어 다른 용도로 사용하기에도 제한적인 점, ③ 이 외에도 쟁점건물이 노후화된 점 등 여러 요인에 의해 쟁점부동산을 매도하지 못하고 있었다.

그러다 부동산컨설팅 및 경영자문을 주업으로 하는 주식회사 OOO(이하 “자문회사”라 한다)로부터 부동산 매각 자문을 받아, 미국에서 창시된 종교 OOO의 한국 재단인 재단법인 OOO와 쟁점부동산 매매 협상을 진행하게 되었다.

청구인등은 자문회사와의 자문계약에 따라 자문회사를 배제하고 매수인과 직접 협상을 할 수 없었으며, 모든 내용은 자문회사를 통해 매수인과 협상하였다.

또한 매수인은 OOO사무소를 통해 부동산 매매계약을 검토하고, 전문가의 의견을 듣고 부동산 매매계약서(국문, 영문)를 작성하였다.

당시 청구인등은 예식사업의 불투명성 등에 의해 수년 전부터 매각을 시도하였으나 성사되지 못한 관계로 쟁점부동산의 매매가액 및 세금이 문제보다 빨리 매각해야 한다고 생각이 앞섰다. 이에 매수인 측이 요구한 쟁점부동산 금액을 그대로 수용한 것이다.

(2) 청구인등은 「소득세법」 및 「부가가치세법」 규정에 따라 각각 양도소득세 및 부가가치세를 신고·납부하였다.

처분청은 청구인이 신고한 양도소득세의 쟁점건물가액과 부가가치세의 쟁점건물가액의 차이만큼 부가가치세 과소가 발생되었다는 의견이나, 이는 청구인등이 의도적으로 다른 방법에 따라 쟁점부동산가액을 계산·신고하여 발생한 것이 아니다.

청구인등은 양도소득세의 경우

「소득세법」 제100조

제3항(토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다) 및 같은 조 제2항의 규정을 준수하여 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 양도소득세를 신고·납부하였고, 부가가치세의 경우 「부가가치세법」(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항 본문에 따라 실지거래가액으로 신고·납부하였다. 하지만 처분청은 개정된 「부가가치세법」(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조 제9항에 따라 부가가치세를 결정·고지하였다.

당시

「소득세법」 제100조

제3항이 없었다면, 청구인등은 쟁점부동산 매매계약서에 구분 기재된 매매가액으로 양도소득세를 신고했을 것이다. 또한 「부가가치세법」(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조 제9항(실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다)이 부가가치세 신고 당시 있었다면 해당 규정에 따라 기준시가에 따라 안분계산한 금액으로 신고하여 부가가치세의 쟁점건물가액과 양도소득세의 쟁점건물가액의 차이가 발생하지 않았을 것이다.

청구인은 「소득세법」 및 「부가가치세법」 규정에 따라 각각 양도소득세 및 부가가치세를 신고하였으므로 신고된 양도소득세와 부가가치세상의 쟁점건물가액의 차이를 근거로 쟁점부동산에 대한 토지의 가액과 건물 가액의 구분이 불분명한 경우로 판단한 것은 잘못된 판단이다.

(3) 청구인등은 쟁점건물가액을 낮춰서 거래할 이유가 없다.

부가가치세는 매수인으로부터 받아 청구인등이 대신 납부하는 것이기 때문에 청구인등이 쟁점건물가액을 낮게 하여 부동산 매매계약서를 체결할 필요가 없다. 만약 청구인등이 쟁점건물에 대해 실제거래가액보다 더 높은 가액을 요구하였다면 매매거래는 성사될 수 없었을 것이다.

청구인등은 예식업의 불황으로 매각을 못하게 된다면 쟁점부동산을 담보로 OOO은행에 대출받은 OOO원의 대출이자도 감당할 수 없는 상태가 되고 이로 인해 은행으로부터 대출 원금 상환 요구에 직면하게 되어 쟁점부동산 가격을 더 낮추어 매각을 해야 하는 상황까지 갈 수 있었다.

위와 같은 이유로 청구인등은 쟁점부동산 가액뿐만 아니라 부동산 거래로 인하여 발생되는 세금에 대하여 유·불리를 고려할 사항이 아니었으며, 쟁점부동산 매매가격을 더 좋은 조건으로 협상할 상황도 아니었다.

처분청은 매수인이 비영리법인으로 매입세액 공제대상이 아니기에 청구인등이 부가가치세를 회피할 소지가 있었다고 예단하고 있으나, 매수인은 비영리법인이지만 건물의 사용용도에 따라 매입세액 공제대상인 경우도 있으며, 당시 쟁점건물은 사용용도가 각각 달랐기 때문에 쟁점건물 매입분에 대한 부가가치세 중 일부 금액은 매입세액 공제대상이 아니었고, 일부 금액은 매입세액 공제대상인 것으로 알고 있다. 매수인이 매입세액 공제 대상이 아닌 비영리법인이라는 이유만으로 청구인등이 부가가치세 회피의 소지가 있다고 판단하는 것은 잘못된 판단이다.

또한 청구인등이 부가가치세 회피 의도가 없었다는 것은 청구인등과 자문회사와 맺은 부동산매각 자문용역비 계약서(이하 “자문계약서”라 한다)의 계약 내용을 살펴봐도 알 수 있다. 자문계약서 제3조 자문용역비의 산정의 내용을 보면 ‘용역비 및 산식은 건물부가세를 제외한 매각금액에 대하여 3.272%로 계산하여 지급’하게 되어 있어 청구인등이 쟁점건물가액을 굳이 낮추어 자문회사에 용역비를 더 지급할 이유가 없다.

(4) 처분청 의견에 대한 반박

처분청은 청구인등이 신고한 쟁점건물가액이 기준시가나 장부가액에 현저히 미달하고, 매수인으로부터 제출받은 감정평가서의 감정가액도 기준시가와 유사하기 때문에 쟁점부동산은 ‘토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우’에 해당되며, 쟁점건물가액은 기준시가 대비 44.4%, 장부가액에 대비 44.8%, 매수인로부터 제출받은 감정평가서의 감정가액 대비 42.7% 정도밖에 되지 않아 실지거래가액으로 보기 어렵다고 판단하고 있다. 그러나 부동산 거래시 매매가액 결정은 기준시가 및 감정가액도 참고하지만 당시 경제 분위기, 부동산 시장상황 및 거래당사자의 상황에 따라 복합적으로 판단되어 결정된다.

청구인등은 계속된 예식장업 불황으로 직원 임금 및 은행 대출이자도 감당하기 어려운 상태였기에 쟁점부동산 매각시 기존 예식 예약 건에 대한 위약금 등으로 수억원을 지급하는 문제가 발생함에도 자문회사를 통해 매수인에게 매도하였다.

청구인등이 처분청에서 주장하는 기준시가나 장부가액, 매수인으로부터 제출받은 감정평가서의 감정가액에 의한 금액을 매수인에게 요구하였다면 쟁점부동산은 매각되지 못했을 것이다. 또한 처분청이 매수인으로부터 제출받은 감정평가서는 매매당시 청구인등이 확인할 수도 없는 것이었다. 즉 매수인이 감정한 감정평가서를 청구인등에게 제시한 적이 없었기에 이를 근거로 매매가격 협상을 할 수 없었다.

청구인등은 쟁점부동산 매각시 자문회사의 자문을 받아서 쟁점토지의 경우 개별공시지가 기준일 2015.1.1.자의 OOO원/㎡을 적용하였다. 만약 쟁점건물 또한 쟁점토지와 마찬가지로 개별공시지가 또는 장부가액을 적용하여 쟁점부동산 매각이 성사되었다면 지금과 같은 문제가 발생하지 않았겠지만, 쟁점부동산 매매시 청구인등이 가격을 협상할 상황이 아니었기에 매수인이 제시한 건물가액을 수용한 것이다.

처분청은 실거래가액은 당사자 간의 의사 합치만을 의미하진 않는다고 하나, 이 의견에 따르면 모든 부동산의 거래에 대하여 처분청으로부터 매매가격에 대해 사전승인을 받고 거래를 해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 처분청이 2018.12.31.에 개정된

「부가가치세법」 제29조

제9항 제2호를 소급적용하여 이 건 처분을 하였다고 주장하나, 처분청은 쟁점부동산의 양도가 「부가가치세법」(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항 단서의 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”로 보아, 같은 법 시행령 제64조 제1호에 따라 “공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액”으로 공급가액을 산정한 것이다.

실지거래가액이란 구분표시된 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우의 가액으로 단순히 당사자 간의 의사 합치된 가액을 의미하지 않는다. 토지와 건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지와 건물의 공급가액 등을 종합적으로 고려하여 결정된 감정평가액이나 국세청이 고시한 기준시가보다 당사자 간의 거래가액이 항상 합리적이라고 볼 수 없으므로 매매거래가액이 자의적으로 결정된 경우에 대해서는 토지와 건물의 가액이 불분명한 경우로 보는 것이 타당하다.

청구인등이 신고한 부가가치세의 쟁점건물가액이 기준시가나 장부가액에 현저히 미달하고, 처분청이 매수인으로부터 제출받은 감정평가서의 감정가액이 기준시가와 유사한 점을 고려하면 쟁점부동산은 ‘토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우’에 해당한다. 즉, 쟁점건물가액은 기준시가 대비 44.4%, 장부가액에 대비 44.8%에 불과하고, 매수인으로부터 제출받은 감정평가서상의 감정가액에 비해서도 42.7%밖에 되지 않아 현저한 차이가 난다.

(2) 청구인은 부가가치세는 매수인으로부터 받아 대신 납부하기에 부가가치세를 낮출 이유가 없다고 주장하나, 매수인은 매입세액공제대상이 아닌 비영리법인으로 부가가치세 회피의 소지가 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (직권심리) 심판청구 후 부가가치세 부과처분을 받은 경우 본안심리대상에 해당하는지 여부

② 일괄양도된 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가 비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①과 관련하여, 다음과 같은 사실관계가 확인된다.

(가) 처분청은 청구인에 대하여 과세예고통지를 하였고, 2020.12.7. 과세예고통지서를 수령한 청구인은 2020.12.9. 조기결정신청서를 제출하였으며, 처분청은 2020.12.14.등에 2016년 제2기분 부가가치세 OOO원을 경정고지하였고, 청구인등은 2020.12.22. 위 부가가치세를 납부하였다.

(나) 처분청은 발송된 납세고지서가 청구인등 중 청구인에게만 4차례 폐문부재로 미송달되었으나, 다른 연대납세의무자들의 납세고지서 수령이 확인되고 고지금액 전액이 납부되었기에, 청구인등 모두에게 납세고지서가 송달된 것으로 간주하고 국세청 전산망에 송달완료 처리하였다.

(다) 청구인은 이 심판청구의 항변서를 통해 납세고지서가 청구인에게 송달되지 아니하였으나, 다른 연대납세의무자들이 납세고지서를 수령한 것을 알고 있었고, 이에 따라 고지금액 전액을 납부하였다고 진술하였다.

(라) 처분청은 2021.5.28. 청구인에게 직접 납세고지서를 교부송달하였다.

(2) 쟁점②와 관련하여, 다음과 같은 사실관계가 확인된다.

(가) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

1) 사업자등록증에 따르면, 청구인등은 OOO를 대표로 하여 1997.9.20. OOO이란 상호로 예식장 사업을 하였다.

2) 청구인등은 매수인과 2016.6.17. 쟁점부동산 매매계약을 체결하였고, 해당 매매계약서에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

가) 매매대금은 OOO이며, 쟁점건물에 대한 부가가치세 OOO원은 별도로 기재되어 있다. 매도인별 매매대금 등은 아래 ＜표1＞과 같다.

나) 쟁점부동산 매매계약서 국문본에 따르면, 청구인등은 매수인에게 ‘쟁점부동산과 관련된 제세금의 부과, 원천징수 및 납부에 관한 모든 법령은 준수되었으며, 쟁점부동산과 관련하여 지불하지 않았거나 지체된 세금은 없으며, 매도인들의 납세의무 또는 책임 기타 쟁점부동산과 관련하여 계속 중이거나 그럴 우려가 있는 감사, 청구, 조사등이 없다’는 내용을 진술하고 보증하며[제6조 (h)항], 세금과 비용 관련하여 ‘계약이 예정하고 있는 본건 거래, 취득, 이전, 소유 등과 관련된 모든 세금과 공적 부과금은 한국의 세법과 이와 관련된 다른 규정에 의해 해당 세금 및 부과금의 납부책임이 있는 것으로 지정된 당사자가 이를 부담하며, 매수인과 매도인들은 각각 자신의 변호사, 회계사 기타 다른 전문가의 보수 및 비용을 각각 지급한다(제7조)’고 규정되어 있다.

다) 청구인등은 잔금과 부가가치세를 2016.8.2. 매수인에게 지급하기로 하였다.

3) 쟁점부동산 등기사항전부증명서에 따르면, 2016.6.17.자 매매를 등기원인으로 2016.8.2. 등기가 접수되어 매수인에게 소유권이전등기되었다. 등기사항전부증명서상 거래가액은 위 ＜표1＞의 매매가액과 동일하다.

4) 청구인등이 자문회사와 2016.2.1. 체결한 자문계약서에 따르면, 용역의 범위에 ‘매수인과 구속력 있는 계약 체결을 위한 업무 지원(법률 및 세무관련 자문업무 포함)’이 있으며(제2조), 자문용역비는 건물부가세를 제외한 매각금액의 3.272%로 산정된다(제3조)고 약정하고 있다.

5) 청구인등은 쟁점부동산을 2016.8.2. 양도하면서 매매계약서상의 쟁점건물가액(OOO원)을 공급가액으로 보아 전자세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고한 반면, 양도소득세는 기준시가에 따라 안분계산하여 신고·납부하였다. 청구인등은 부가가치세 및 양도소득세 납부시 세무법인 다정의 자문을 받고 신고·납부하였고, 세무법인 다정도 2020년 9월경 사실해명서를 통해 매매계약서상의 가액이 실제거래가액이므로 이에 따라 부가가치세를 신고하였고, 양도소득세만

「소득세법」 제100조

제3항에 따라 기준시가로 안분하여 신고하였다는 내용의 서면을 작성·제출하였다.

(나) 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

1) 청구인등이 부가가치세 신고상 기재한 쟁점건물가액은 아래 ＜표2＞와 같이 기준시가 대비 44.4%, 매수인으로부터 제출받은 감정평가서의 감정가액 대비 42.7%, 장부가액에 대비 44.8%에 해당하는 금액이다.

2) 매수인이 제출한 감정평가서에 따르면, ㈜OOO감정평가법인은 2015.12.28. 쟁점부동산을 OOO원에 평가하였다. 감정평가서에 따른 쟁점부동산의 가액은 아래 ＜표3＞과 같다.

3) 이 건과 관련하여 OOO국세청 과세사실판단자문위원회는 ‘쟁점건물가액은 기준시가나 장부가액 대비 현저한 차이가 나므로 실지거래가액으로 보기 어렵고 기준시가로 안분계산함이 타당하다’고 의결하였다(2020.12.1., 안건번호 : 자문 2020-180-87).

4) 매수인이 쟁점부동산 매입과 관련하여 부가가치세를 신고한 내역은 없다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2020.12.11. 발송된 납세고지서를 폐문부재의 사유로 송달받지 못하였으나, 청구인은 2020.12.7. 과세예고통지서를 수령하고 2020.12.9. 조기결정신청서를 제출한 점, 다른 연대납세의무자들이 2020.12.14. 납세고지서를 수령한 것을 통해 이 건 처분 내역을 알고 있었고, 이에 따라 2020.12.22. 고지된 세액 전액을 납부한 점, 심판청구 중인 2021.5.28. 처분청이 직접 청구인에게 납세고지서를 교부송달한 점, 청구인과 처분청 간 송달의 효력에 대해서 별도의 다툼이 없는 점 등에 비추어 이 건은 불복청구 후에 처분이 있는 경우로서 그 하자가 치유된 것으로 보아야 할 것(국심 2002서286, 2002.5.22. 외 다수 같은 뜻임)이므로 이 건 심판청구 당시에는 처분이 없었다 하더라도 심판청구 후에 납세고지를 하였으므로 적법한 청구로 보아 본안심리하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2008부1579, 2008.12.11., 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액은 거래당사자들이 자유의사에 따라 적법.유효하게 체결된 가액인데 처분청이 이를 부인하고 기준시가로 안분하여 과세하는 것은 부당하다고 주장하나,

「부가가치세법」제29조

는 토지와 건물의 가액이 매매계약서 등에 구분 기재가 있더라도 그 구분 표시된 가액이 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 의하여 안분계산한 가액을 공급가액으로 할 수 있다는 것이 취지인바(조심 2018서472, 2018.3.28., 같은 뜻임), 청구인이 주장하는 쟁점건물의 실지거래가액은 기준시가의 44.4%, 장부가액의 44.8%, 매수인으로부터 제출받은 감정평가서의 감정가액의 42.7%에 불과하며, 기준시가·감정가액·장부가액 대비 약 OOO원 작은 점, 또한 쟁점부동산 매매계약서상 쟁점건물가액은 총매매대금의 7.8%를 차지하나, 이는 기준시가에 따른 쟁점건물가액 비율(17.8%), 감정평가에 따른 쟁점건물가액 비율(18.5%) 및 장부가액에 따른 쟁점건물가액 비율(41.7%)과 상당한 차이가 나며 그 차이에 대한 합리적인 사유가 있어 보이지 않는 점, 청구인은 매수인이 일부 매입세액공제를 받았을 것이라고 주장하나, 매수인이 쟁점부동산 매입과 관련하여 부가가치세를 신고한 내역이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가 비율로 안분계산하여 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.