조심 2019중0194 (2019.05.21)

OOO세무서장이 2018.10.17. 청구법인에게 한 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.7.8. 재단법인 OOO과 OOO을 통합하여 설립된 비영리내국법인으로, 국제공인시험 인증기관으로서 OOO을 수행하고 있고, 2013년 중소기업청(現중소벤처기업부)의 OOO 추가지원사업 주관기관모집 공고OOO시 관련 사업계획서를 제출하여 당해 사업의 전담기관(관리기관)으로 최종 선정된 이후 현재까지 계속해서 사업을 수행하고 있다.

나. 중소기업청의 OOO 추가지원사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)은 OOO를 지원하는 사업으로, 중소기업청은 2013년 약 1,100개 업체를 선정하여 지원규모 OOO원을 주관기관인 청구법인에 정부출연금 방식으로 지급한 이래, 매년 새롭게 지원규모와 지원 대상 업체 수를 정하고 공고를 통해 지원대상업체로부터 신청을 받고 업체를 선정하여 지원하는 방식으로 사업을 진행하고 있고, OOO을 추가 시행하면서 역시 청구법인을 주관(관리)기관으로 하여 동일한 방식으로 사업을 진행하고 있으며, 쟁점사업의 정부출연금 세부내역은 아래와 같다.

다. 청구법인은 쟁점사업을 수행하면서 위와 같이 2013년부터 2015년까지 OOO원의 정부출연금(정부출연금 중 간접사업비 및 위탁관리비 OOO원을 이하 “쟁점출연금”이라 한다)을 수령하였으나, 쟁점출연금이 용역의 공급과 직접 관련 없는 국고보조금 등에 해당되어 부가가치세 과세대상이 아니라고 보아 부가가치세 과세표준(공급가액)에서 제외하여 부가가치세 신고를 하였고, 정부출연금 중 직접사업비 부분에 대해서는 익금 제외, 쟁점출연금(간접사업비와 위탁관리비) 부분에 대해서는 실제 발생한 경비(손금)와 동일한 금액만큼 매출(익금)으로 인식하여 법인세 신고를 하였다.

라. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.2.22.～2018.6.29. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점사업으로 수령한 정부출연금 중 간접사업비 및 위탁관리비 명목으로 수령한 쟁점출연금에 대하여 「부가가치세법」제29조 제5항 제4호에서 규정하는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금이 아니고, 「법인세법」상 익금에 해당한다고 보아 쟁점출연금의 수령시점에 익금 산입하여 과세하도록 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2018.10.17. 청구법인에게 ＜별지＞와 같이 OOO원을 각 경정.고지(환급)하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점사업은 청구법인의 수익사업에 해당하지 아니하므로 「법인세법」상 과세소득에서 제외된다.

(가) 「법인세법 시행령」제2조 제1항 단서에서 연구개발업을 비영리법인의 과세대상인 수익사업에서 제외하고 있는바, 청구법인이 중소기업청과 체결한 협약서, 중소기업청이 고시한 해외규격인증획득지원사업 운영요령 및 청구법인의 정관에 기재된 사업 목적에 비추어 볼 때, 쟁점사업을 연구개발업의 일종으로 보아야 하므로 쟁점사업은 비영리법인인 청구법인의 각 사업연도 소득을 구성하는 수익사업에 해당하지 아니한다.

비영리법인의 수익사업을 판단하는 기준을 종합해 보면 법인이 대가를 수수한 사실 자체로 수익성이 있다고 단정할 것은 아니고, 영리법인이 영위하는 유사 사업과 경쟁관계 여부, 비과세가 조세회피수단으로 악용될 가능성 및 사업자체의 수익성이나 수익 목적성 여부를 종합적으로 고려하여 수익사업 여부를 판단해야 하는 것인바, 청구법인의 쟁점사업은 그 성격상 공익적 목적을 가진 사업으로 일반적으로 영리법인이 운영기관(관리기관)의 역할을 하는 것이 아니라 청구법인과 같은 비영리법인이 운영기관을 맡아 사업을 운영하는 것이 대부분이다. 따라서 쟁점사업은 애초에 영리법인과의 경쟁관계에 있지 아니하여 판례가 말하는 조세부담의 형평성 문제에서 자유로울 뿐 아니라 경쟁의 공정성 문제가 제기될 여지는 없다. 뿐만 아니라 영리법인의 경우 쟁점사업이나 이와 유사한 사업을 운영하지 않으므로 쟁점사업이 비과세된다 하여도 영리법인에 의해 조세회피수단으로 악용되는 가능성도 적다.

쟁점출연금은 쟁점사업을 수행하면서 필수불가결하게 발생하게 되는 실비변상적 성격의 간접비이고, 청구법인이 쟁점출연금을 통해 이익이나 수익을 얻는 것은 아니다.

또한, 청구법인은 쟁점사업의 효율적인 수행을 통해 수출중소기업진흥, 무역장벽해소, 수출촉진이라는 공익적 목적을 달성하려는 것으로 것으로 수익을 목적으로 하거나 이를 통하여 실제 수익이 창출되고 있지 아니하고, 법인등기부등본에도 각 산업분야의 시험ㆍ평가ㆍ인증과 연구 개발 등을 수행하는 비영리내국법인으로서 조직과 운영에 있어서 주무관청 및 기타 정부기관의 감독과 통제를 받는 등 공익적 성격이 강조되어 있다.

결론적으로, 청구법인의 쟁점사업은 수익사업의 판단근거인 영리법인과의 경쟁가능성, 비과세될 경우 영리법인의 조세회피수단으로 악용여부 및 수익성, 수익목적성이 존재하지 않아 수익사업에 해당하지 않고, 쟁점출연금 역시 비영리내국법인인 청구법인의 각 사업연도의 소득을 구성하지 못하므로 처분청이 일반적인 국고보조금으로 보아 손익귀속시기에 익금 및 손금산입 조정에 대한 법인세 과세대상으로 봄은 부당하다.

(나) 처분청은 쟁점출연금이 실비변상적 성격의 출연금이므로 수익사업에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장에 대하여 「부가가치세법 시행령」제45조 제1호의 규정은 「부가가치세법」에 한하여 적용되는 것이고 이를 「법인세법」에 차용할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 유권해석(국세청 서면법령해석 법인2016-5039, 2017.5.29.)에 근거하여 손익의 전부 또는 일부가 비영리내국법인에 귀속되지 않으므로 수익사업에 해당하지 않는다고 주장하는 것이지 일정 요건을 갖춘 사업자의 실비변상적 용역에 대하여 면세한다는 「부가가치세법 시행령」제45조 제1호의 규정을 「법인세법」에 적용하자는 취지의 주장이 아니며, 처분청의 제시한 유권해석(법인세과-784, 2009.7.13.)에서도 수탁사업의 손익이 위탁자에게 귀속되는 경우 해당 손익은 법인세 납세의무가 없는 것이라고 해석하고 있다.

(다) 쟁점출연금을 익금에 포함하여 과세하는 경우 이월되는 쟁점출연금은 직접사업비로만 이월하여 사용되므로 손금에 산입할 수 없게 되는 바, 이월하는 사업비는 법인에 귀속되는 소득이 아님에도 법인세가 과세되는 불합리함이 발생한다.

처분청은 이월 사용을 과세의 근거로 보았으나, 쟁점사업의 운영지침에 따르면 쟁점출연금인 간접사업비와 위탁사업비 중 미사용잔액의 경우 이월하여 사용할 경우 직접사업비로만 사용 가능하도록 하고 있고, 2016년, 2017년 중소기업청장의 승인을 얻어 직접사업비로 이월하여 사용한 사실이 확인되는바, 쟁점출연금은 전체 사업기간 동안 결국 과세대상에 해당하는 금액은 직접비로 이월되는 금액인데 처분청의 주장대로 쟁점출연금 수령시 익금, 지출시 손금에 산입하여야 한다면 지출에 해당하지 않는 직접사업비로의 이월액은 손금에 산입할 수 없게 되며 청구법인은 귀속된 소득이 없음에도 불구하고 이월액에 대한 법인세를 납부하여야 하는 불합리함이 발생한다. 따라서 쟁점출연금인 간접사업비와 위탁관리비 역시 직접사업비와 같이 법인세법상 익금에 해당하지 않는 것으로 보아야 합리적이다.

또한, 직접사업비의 경우 세무조사 당시 과세사실판단자문신청과정을 통하여 법인세법상 익금에 해당되지 아니하는 것으로 보아 과세대상이 아닌 것으로 결정되었고, 그렇다면 간접사업비도 동일한 쟁점출연금에 포함된 금액으로 쟁점사업에 사용하기 위하여 예산 계획에 따라 구분 및 수령하여 지출하는 금액이므로 「법인세법」상 익금에 해당하지 않아야 하며, 그렇지 않을 경우 동일한 출연금에 대하여 출연금을 구분하여 세무상 다르게 인식해야 하는 비정상적인 상황이 발생하게 된다. 그러므로 간접사업비도 직접사업비와 동일하게 과세대상이 아닌 것으로 봐야 할 것이고, 간접사업비가 이월되는 경우 직접사업비로만 사용가능한 상황과 모순이 발생하지 아니한다.

(라) 쟁점출연금을 수익사업으로 인한 것으로 보더라도 「조세특례제한법」제10조의2 등에서 규정하는 과세특례대상에 해당하여 각 사업연도 소득을 구성하지 않는 것이다.

쟁점출연금은 「중소기업기술혁신촉진법」에 따른 쟁점사업의 시행으로 인한 정부출연금임이 사업시행공고문 및 관련 법령에 따라 확인되는바, 청구법인의 쟁점사업은 수익사업도 아니며 설령 수익사업에 해당한다고 하여도 쟁점출연금이 「조세특례제한법」제10조의2에서 열거하고 있는 익금불산입 특례대상 출연금에 해당하는 이상 각사업연도 소득을 구성하지 않는 것은 동일하다.

또한, 처분청은 청구법인이 관련비용 발생시점에 비용과 동일한 금액만큼 매출로 처리하고 있어 청구법인 역시 이를 수익사업으로 명백히 인식하고 있다는 의견이나, 위와 같이 쟁점출연금은 「조세특례제한법」 제10조의2 등에서 규정하는 「중소기업기술혁신촉진법」에 따른 출연금으로 기존의 다른 출연금과 같이 「조세특례제한법」제10조의2 제2항 제1호에서 정하는 바에 따라 익금에 산입하기 위해 매출로 인식한 것일 뿐이며 이러한 회계처리 자체만으로는 청구법인이 쟁점출연금을 수익사업으로 인지하고 있었다고 볼 수는 없다.

(2) 쟁점출연금은 「부가가치세법」제29조 제5항 제4호의 ‘용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금’ 등에 해당하므로 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.

(가) 현행 「부가가치세법」에서는 사업자인 법인격이 없는 사단, 재단 그 밖의 단체가 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재산적 가치가 있는 역무를 제공하는 경우 해당 용역의 공급에 대하여 부가세를 거래징수하고 신고·납부하도록 규정하고 있으나, 같은 법 제29조 제5항 제4호에서 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”의 경우에는 과세표준에서 제외하도록 규정하고 있고, 다수의 유권해석(국세청 서면3팀-592, 2008.3.20., 서면3팀-2030, 2007.7.23.)에서 재화 또는 용역의 공급과 직접적으로 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하는지는 사업수행에 대한 계약관계, 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자에 해당하는지 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는 사항으로 해석하고 있는바, 쟁점출연금의 경우 모두 예산범위 내에서 지급함을 원칙으로 하고 있고, 쟁점사업 운영요령에서 역시 사업이 종료되는 시점을 기준으로 정부출연금을 정산하여야 하고 그 정산 결과에 따라 잔액 및 이자수익 등이 발생하는 경우 국고로 반납하도록 하고 있으며, 실제 청구법인은 쟁점출연금의 집행 후 사업비잔액에 대하여 직접사업비로 이월한 사실은 있으나 이를 청구법인의 소득으로 귀속시킨 사실은 없다.

(나) 처분청은 쟁점출연금이 중소기업청과의 위.수탁협의에 따른 위탁용역의 제공대가에 해당하고 그러한 이상 부가가치세 과세표준에서 제외되는 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하지 않는다는 유권해석(기획재정부 부가가치세과-441, 2017.8.31.)을 근거로 하여 과세하였으나, 해당 유권해석의 사업비의 경우 소요경비 등을 보전할 목적으로 지급받은 것인지 아니면 실제 해당 용역 등을 수행하는 대가로 보조금을 지급받은 것인지 대한 사실관계가 명확하지 아니하므로 이 건 직접 적용하기 어렵고, 오히려 청구법인이 제시한 “소요 경비를 보전하는 목적으로 지급받는 출연금이 부가세 과세표준에 포함되는지에 대해 관련 유권해석에 따르면, “문화재단이 지방자치단체와 체결한 기념관 관리운영위탁계약에 따라 해당 기념관을 관리ㆍ운영하면서 소요되는 제세공과금등 관리유지비와 운영비를 보전할 목적으로 지방자치단체로부터 예산 범위 내에서 위탁운영보조금을 지급받는 경우 해당 보조금은 「부가가치세법」제29조 제5항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것”이라는 해석(국세청 사전법령해석 부가2016-28, 2016.2.23.)과 “쟁점보조금의 산출근거는 적정한 손실보전액이 어느 정도인지를 판단하기 위한 것일 뿐 청구인이 제공하는 관리·운영용역에 대한 개별적·직접적인 반대급부로 볼 수 없어 청구법인이 용역을 제공하고 그 대가로 받은 것이 아니므로「부가가치세법」제29조 제5항 제4호의 규정에 의하여 과세표준에 포함하지 아니함에도 처분청이 쟁점보조금을 부가가치세 과세표준에 포함하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.”고 결정한 심판례(조심 2016전276, 2016.7.19.)가 청구법인의 사실관계와 더욱 유사하므로 쟁점출연금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 것이 타당하다.

(다) 아울러, 쟁점출연금은 “수출여건을 갖추고도 해외정보 및 전문 인력부족으로 인해 수출대상국에서 요구하는 해외 규격인증을 획득하지 못하는 중소기업을 위해 해외 인증획득비용의 일부를 지원하여 무역상 기술장벽 해소 및 수출을 촉진하기 위해 지원하는 쟁점출연금으로 즉, 수출사업을 촉진시키기 위해 정책적으로 지원하는 지원금으로 보아야 할 것이다.

이와 관련한 서울고등법원 2011.7.28. 선고 2010누41248 판결에서는 「부가가치세법」 제29조 제5항 제4호에서 국고보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 취지에 대하여 “보조금의 교부대상이 되는 보조사업에 대하여 부가가치세를 비과세함으로써 재정지원의 목적을 효과적으로 달성하고 또한 정부 또는 공공단체가 재화나 용역을 직접 공급받지 않으면서 특정한 사업을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급하는 경우 당해 보조금은 재화 또는 용역의 공급과는 직접적인 대가관계가 없기 때문”으로 판시하고 있고, 쟁점출연금도 법의 취지를 고려하였을 때 청구법인이 중소기업청에 재화나 용역을 직접 공급하는 것이 아니며 특정한 사업OOO을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급받는 경우에 해당하고, 쟁점출연금은 재화 또는 용역의 공급과 직접적인 대가관계가 없는 것이 명백하므로 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다.

또한, 처분청은 “결산상 이익의 발생여부에 따라 실비 여부를 판단한다면 매년 과세여부가 납세자의 결산상 이익 발생여부에 따라 달라지게 되어 조세법률관계의 안정성을 해하게 되므로 타당하지 않다”는 심판례(조심 2016중1523, 2017.8.9.)에 근거하여 사업자의 이익, 손실여부는 부가가치세 과세여부와 무관하다는 주장이나, 해당 심판례는 실제 지출된 경비 이외의 기타의 명목으로 수수료를 지급받은 경우이고, 청구법인은 실제 지출 경비에 대하여 중소기업청으로부터 이를 보전받은 경우에 해당하여 다른 사실관계에 따른 심판례를 이 건에 적용할 수는 없다.

(라) 청구법인이 공익법인 등에 해당하는지 여부는 재화 또는 용역의 공급이 「부가가치세법 시행령」제45조 1호에 따른 면세대상 공급에 해당하는지 여부를 가리는데 있어서는 판단기준이 될 수 있으나, 청구법인이 주장하는 「부가가치세법」제29조 제5항 제4호의 과세표준에서 제외되는 국고보조금 등에 해당하는 지 여부를 가리는데 있어서는 공급자가 공익법인 등에 해당하는지를 전제하지 않으므로 청구법인이 「부가가치세법 시행령」제45조 등에서 정하는 공익법인 등에 해당하지 않을지라도 쟁점출연금이 위탁용역의 대가가 아닌 실비변상적 성격의 출연금임을 주장할 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점출연금은 「법인세법」상 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익이므로 익금에 해당한다.

(가) 정부출연금 등의 명목으로 받은 금원은 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 사업연도에 전액 익금산입 대상이다.

「법인세법」제15조에 의하면 “익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.”라고 규정하고 있는 바, 청구법인이 수령한 쟁점출연금은 「법인세법」상 익금에서 제외하는 자본 또는 출자의 납입 등에 해당하지 않고, 청구법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익이므로 전액 익금 산입 대상이다.

또한, 상환의무 여부, 특정비용 보전 목적 등에 따라 달리 처리하도록 규정하고 있는 기업회계기준과는 다르게 「법인세법」에서는 정부출연금 등 명목으로 받은 금원은 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지 받은 사업연도에 전액 익금 산입하도록 하고 있다(국세청 법인 서면2팀-1497, 2005.9.20. 참조).

이는 수령한 정부출연금 등이 「법인세법」에서 정한 ‘자본 또는 출자의 납입 및 익금 불산입 항목으로 제외되는 것’에 포함되지 않고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이므로 「법인세법」제15조 및 「같은 법 시행령」제11조 규정에 따른 익금에 해당되기 때문이다.

다만, 「법인세법」제36조에서 특별히 규정하고 있는 ‘보조금관리에 관한 법률, 지방재정법, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률’에 따라 지급받은 보조금 등의 자산에 한해서는 일시상각충당금을 설정하여 차기 이후의 비용을 미리 손금으로 인정함으로써 법인세 부담을 일정기간 이연시키는 제도가 있을 뿐이다.

그 밖에 「조세특례제한법」제10조의2에서는 연구개발 등을 목적으로 ‘기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률’에 따라 지급받은 출연금 등의 자산에 대해서는 출연금 수령시점에서 과세하지 아니하고 추후 당해 출연금이 손비 인정되는 시점에서 당해 비용과 상계할 수 있도록 규정하고 있다.

상기 법령에서 특별히 규정하지 않은 출연금이나 보조금 등의 자산에 대해서는 모두 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 보아 수령시 전액 익금으로 처리하고, 지출시 전액 손금으로 처리하여야 함이 마땅하다.

(나) 쟁점출연금은 「법인세법」제3조의 규정에 따른 수익사업과 관련된 소득으로서 전액 익금에 해당한다.

비영리법인은 「법인세법」에서 열거한 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 납세의무가 있으므로 지급받은 출연금 등이 수익사업의 소득에 해당하지 않는 경우 익금에 해당되지 않으나, 청구법인은 수령한 정부출연금 중 쟁점출연금(간접사업비와 위탁관리비)에 대하여 계산서를 발행하고 관련 비용 발생 시점에 비용과 동일한 금액만큼 매출로 처리하고 있어 청구법인도 이를 명백히 수익사업으로 인식하고 있다.

법인세와는 과세 목적과 방법을 달리하는 「부가가치세법 시행령」제45조에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역’에 한하여 부가가치세를 면제한다는 규정이 있으나, 이는 어디까지나 부가가치세에 한한 것이고 법인세 과세대상 여부를 판단할 때 이를 그대로 차용할 수 있는 법적 근거는 어디에도 없으며, 더구나 청구법인은 상기 규정에서 정하는 단체(공익법인 등)에 해당하지도 아니한데, 쟁점출연금이 실비변상적 성격이라는 이유를 들어 수익사업이 아니므로 법인세 과세대상이 아니라는 주장을 펴고 있는 것은 모순이다.

청구법인이 근거로 들고 있는 판례(대법원 2003두12455 판결 및 서울행정법원 2001구16605 판결)은 ‘대출금리가 조달금리보다 낮게 책정됨에 따라 매년 거액의 이차손실이 계속 발행하고 있고, 대출금리를 주무관청의 승인을 얻어 이루어지는 등’ 수익이 발생하기가 원천적으로 불가능하여 이러한 이차손실을 보전하기 위하여 수령한 정부출연금에 대한 극히 특수한 사례로서 이 건에 직접 적용하기는 어렵다.

청구법인은 쟁점출연금이 실비변상적 성격으로 이익이나 수익과는 무관한 것이라고 주장하나, 쟁점출연금을 수령하여 기존 직원의 인건비 등을 지급하는 그 자체만으로도 수익이 발생했다고 볼 수 있는 것이고, 사업비 잔액의 반납 여부가 법인세 과세대상인지 여부를 판단하는 요건이 될 수도 없으며, 청구법인 주장과는 달리 사업 수행 직후 변경(2014년초)된 ‘사업운영지침’(청구법인이 제시한 기존의 지침은 폐지)에 따르면 ‘정산결과 잔액 및 이자수익 등이 발생하였을 경우에는 중소기업청장의 승인을 얻어 다음연도 사업에 이월하여 사용할 수 있다.’라고 되어 있을 뿐 특별히 반납에 대한 규정을 두고 있지도 아니하고, 참고로 ‘사업완료 및 정산보고서’에 따르면 OOO원씩 모두 잔액이 남아 승인을 얻어 타 사업연도 직접사업비로 이월하였음이 확인된다.

따라서 청구법인이 수령한 쟁점출연금은 「법인세법」제3조 규정 등에 따른 수익사업과 관련된 소득으로서 전액 익금에 해당한다.

(2) 쟁점출연금은 「부가가치세법」상 과세대상에 해당한다.

(가) 청구법인은, 쟁점출연금은 「부가가치세법」제29조 제5항 제4호 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금’이므로 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점출연금은 청구법인이 쟁점사업의 주관기관으로서 해외규격인증획득 세부계획수립 및 집행, 인증획득사업 과제에 대한 협약체결, 출연금 관리 및 지급, 과제의 진도관리 및 점검, 인증획득사업을 위한 동향분석 등의 용역을 중소기업청으로부터 위탁받아 이를 직접 수행하고 수령한 정부출연금이므로 「부가가치세법」상 과세표준에서 제외하도록 규정하고 있는 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금’에 해당하지 않는다.

(나) 판례나 예규에서 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금 등으로 인정한 사례들은 주로 보조금 수혜자의 행위에 대한 반대급부로서가 아니고 손실보전금 등 무상으로 포괄적으로 지원하는 형태의 경우들이 대부분인데 이는 개별적 조건없이 국가정책상의 목적 등으로 수혜자에게 지원하는 경우이어서 거래관계를 원인으로 하는 대가성이 없다고 보고 있다.

청구법인이 제시하고 있는 심판례(조심 2016전0276, 2016.7.19.) 역시 ‘쟁점보조금은 공익사업의 운영과정에서 발생한 누적된 손실을 공단으로부터 보전받은 금액에 대한 것’으로 관련 법인이 제공하는 용역에 대한 개별적·직접적인 반대급부로 볼 수가 없는 사례에 관한 것이나, 청구법인의 경우 중소기업청으로부터 주관사 역할을 위탁받아 그 사업의 대행용역을 제공하는 경우로서, 청구법인이 쟁점사업의 실무를 직접 수행하면서 보조금을 지급받아 쟁점사업을 위한 정보 및 수요조사, 컨설팅, 현장지원, 인건비, 재료비 등으로 사용한 것으로 이는 대행용역을 제공하고 받은 대가로서 부가가치세 과세표준에서 제외되지 않는 것이 타당하다(서울행정법원 2010구합1613, 2010.10.1. 참조).

(다) 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대해 부과하는 거래세로서 사업자의 이익이나 손실 여부와 무관한 것(대법원 2008.9.25. 선고 2008두11211 판결)인바, 재화나 용역의 공급시점에 과세대상인지 여부를 판단하여야 하는 것이고, 결산상 이익의 발생 여부에 따라 실비 여부를 판단한다면 매년 납세자의 결산상 이익 발생 여부에 따라 과세 여부가 달라지게 되어 조세 법률관계의 안정성을 해하게 되므로 타당하지 아니하다.

(라) 따라서 「부가가치세법」상으로 공익법인 등이 공급하는 재화 또는 용역에 한해서만 실비 또는 무상으로 공급하는지에 따라 면세 여부가 결정되는 것이며, 청구법인의 경우 「부가가치세법 시행령」제45조와 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 등에서 정하고 있는 ‘공익법인 등’에 해당하지 않으므로, 보조금의 실비변상적 성격을 주장하는 것은 ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금’인지 여부를 판단함에 있어 아무런 관련이 없는 내용이라 할 것이고, 쟁점출연금은 「부가가치세법」에서 정하고 있는 면세대상이거나 과세표준에서 제외할 수 있는 금액이 아니므로 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점출연금이 「법인세법」상 익금에 해당하는지 여부

② 쟁점출연금이 「부가가치세법」상 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 등에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(신주인수권) 또는 출자지분(출자지분)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(대가)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(순자산)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

③ 법 제3조 제3항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「소득세법」제46조 제1항에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제2조 제1항 제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권등의 매매익을 제외한다.

제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 참작하여 기획재정부령이 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 부가가치세법

제3조【납세의무자】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가·지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단·재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

2. 재화를 수입하는 자

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

(4) 부가가치세법 시행령

제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

(5) 조세특례제한법

제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】① 내국인이 2018년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

(6) 조세특례제한법 시행령

제9조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】① 법 제10조의2제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

1. 「산업기술혁신 촉진법」

2. 「정보통신산업 진흥법」

3. 「중소기업기술혁신 촉진법」

4. 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 법률로서 기획재정부령이 정하는 법률

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면, 청구법인은 정부출연금 수령시 직접사업비에 대해서는 수령시 전액 선수금으로 계상하고 지원대상 업체에게 지급될 때 선수금에서 상계하는 형식으로 회계처리하고 별도의 익금산입 세무조정을 하거나 계산서를 발행하지 아니하였고, 쟁점출연금(간접사업비와 위탁관리비)에 대하여만 중소기업청을 대상으로 계산서를 발행하고 실제 관련 비용이 발생한 시점에 비용과 동일한 금액을 매출로 회계처리함으로서 회계상 손익으로 인식하지 않고 있으며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 2010.7.8. OOO과 OOO을 통합하여 설립된 비영리법인으로, OOO을 수행하는 국제공인시험 인증기관인바, 국세청 대내포털시스템 및 인터넷 홈페이지 등에 수록된 기본사항은 다음과 같다.

(3) 청구법인 법인등기부등본의 목적란에 기재되어 있는 내용은 아래와 같다.

(4) 중소기업청장이 OOO 공고OOO한 ‘OOO주관기관 모집공고’ 및 쟁점사업 관련하여 청구법인이 중소기업청에 제출한 ‘사업추진 계획서’의 주요 내용은 아래와 같다.

(5) 쟁점사업과 관련하여 청구법인과 중소기업청 간에 작성된 ‘기본 협약서’의 주요 내용은 아래와 같다.

(6) 청구법인이 제시한 ‘OOO에 목적 및 쟁점출연금의 잔액에 대하여 아래와 같이 기재되어 있다.

(7) 조사청이 제시한 ‘OOO 사업운영지침’(2014년 1월)에는 쟁점사업의 추진절차, 추진체계 및 사업비의 정산 등에 대해 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

(8) 처분청이 제시한 ‘OOO년 쟁점사업 사업완료 및 정산보고서’ 및 시행 공문에 의하면 사업비 정산결과 OOO원의 쟁점출연금 잔액이 발생한 것으로 나타나고, 이를 타 사업연도의 직접사업비로 이월하여 사용하고자 중소기업청장에게 승인요청한 것으로 확인된다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 하는바(대법원 2005.9.9. 선고 2003두12455 판결 같은 뜻임), 쟁점사업은 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 연구개발업으로 볼 수 있고, 쟁점사업은 영리법인과의 경쟁가능성이 희박하며, 비과세시 영리법인의 조세회피수단으로 악용여부 및 수익성, 수익목적성이 존재하지 아니하여 수익사업에 해당하지 않는 것으로 보이는 점, 쟁점출연금을 수익사업으로 인한 것으로 보더라도 「조세특례제한법」제10조의2에서 규정하는 「중소기업기술혁신 촉진법」에 따른 연구개발출연금으로서 과세특례대상에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점출연금을 비용(손금)발생시점에 동일한 금액을 매출(익금)로 회계처리하였다고 하여 그 자체만으로 「법인세법」상 익금으로 인식하였다고 보기는 어렵고, 위 「조세특례제한법」상 특례적용을 받기 위한 회계처리로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점출연금을 「법인세법」상 익금으로 보아 수령한 사업연도에 익금 산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「부가가치세법」 제29조 제5항 제4호에서 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”의 경우에는 과세표준에서 제외하도록 규정하고 있는바, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금 또는 공공보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금 또는 공공보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 또는 공공보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것으로 해석되고(대법원 2001.10.9. 선고 2000두369 판결 참조), 이 같은 보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 취지는 보조금의 교부대상이 되는 보조사업에 대하여 부가가치세를 비과세함으로써 재정지원의 목적을 효과적으로 달성하고 또한 정부 또는 공공단체가 재화나 용역을 직접 공급받지 않으면서 특정한 사업을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급하는 경우 당해 보조금은 재화 또는 용역의 공급과는 직접적인 대가관계가 없기 때문이라 할 것이다.

쟁점출연금의 경우 청구법인이 중소기업청에 재화나 용역을 직접 공급하는 것이 아니며 특정한 사업OOO을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급받는 경우에 해당하는 점, 쟁점출연금은 모두 예산범위 내에서 지급함을 원칙으로 하고 있고 청구법인이 실제 쟁점출연금의 집행 후 사업비 잔액에 대하여 직접사업비로 이월한 사실 등을 감안할 때 쟁점출연금은 실제 지출 경비에 대하여 중소기업청으로부터 이를 보전받는 성격으로 볼 수 있고, 쟁점사업과 관련한 용역제공에 대한 개별적.직접적인 반대급부로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점출연금은 「부가가치세법」제29조 제5항 제4호에서 규정하는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 등에 해당한다 할 것이므로 처분청이 쟁점출연금을 공급가액(과세표준)에 포함하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.