조심 2019서4562 (2020.12.21)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1962년경 어업인과 수산물가공업자의 경제적.사회적.문화적 지위의 향상과 어업 및 수산물가공업의 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물 가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 설립된 법인으로, 1963년경 수산업의 특수성을 감안하여 자금공급 업무를 담당하고자 신용사업부문을 신설하였고, 2016년 12월경에는 개정된「수산업협동조합법」에 따라 신용사업 부문을 물적분할하여 OOO은행을 설립하였다. 청구법인은 2017～2018사업연도 법인세 신고 시 사업구조개편과 관련하여 OOO(이하 “OOO”라 한다)으로부터 수령한 국고보조금 OOO원(2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원, 이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 「법인세법」제18조 제6호에 따라 공제기간이 경과한 이월결손금에 보전.충당하고, 동 상당액을 익금불산입하였다. 나. 처분청은 2019.5.15.부터 2019.8.4.까지 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시한 결과, 청구법인이 법인세 신고 시 익금불산입한 쟁점 보조금은 「법인세법」제18조 제6호에 해당되지 않는 것으로 보아 동 보조금을 각 사업연도 익금에 산입하여 2019.8.26. 청구법인에게 법인세 2017사업연도분 OOO원 및 2018사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점보조금은 경제적 대가관계가 없이 지급된 것이고, 실비변상 또는 손실보상의 성격을 가진 것도 아니므로 「법인세법」제18조 제6호의 ‘무상으로 받은 자산의 가액’에 해당한다. (가) 쟁점보조금은 청구법인의 사업구조개편을 위하여 OOO가 아무런 반대급부 없이 지급하여 준 것이고, 청구법인은 쟁점보조금을 지급받은 것과 관련하여 OOO에 어떠한 대가적 의미의 반대급부를 지급하거나 재산적 출연 또는 용역을 대신하여 제공한 바가 없다. (나) 처분청이 ‘경제적 대가관계가 있는 경우 자산수증이익으로 인정되지 않는다’면서 인용한 OOO행정법원 2019.9.17. 선고 2018구합86818 판결은 금융기관에 대한 이차보전금 사안으로, 청구법인의 사안과는 사실관계 및 구조가 완전히 다르다. OOO행정법원은 은행이 지방자치단체로부터 중소기업 등에 대한 저금리 대출에 따른 이차보전금을 수령한 사안에서, 중소기업 등이 이차보전금의 지급을 지방자치단체에 신청하면, 해당 지방자치단체의 심사에 의해 중소기업 등에게 저금리 대출이 이루어지는 것이고, 동 이차보전금은 지급절차를 단축하여 해당 지방자치단체가 은행에 지급한 것에 불과하여 은행이 아닌 중소기업 등에게 저금리 융자를 지원한 것으로 보아야 한다는 점 등을 이유로, 해당 은행이 이차보전금을 ‘무상으로 받은 것’이라 볼 수 없다는 취지로 판시한 것이다. 한편 쟁점보조금의 경우 청구법인이 사업구조개편에 필요한 자금을 조달하는 과정에서 수산금융채권을 발행함에 따라 지출되는 이자비용(연 1.87%)을 OOO로부터 재정적인 지원을 받은 것으로, OOO가 동 채권에 투자한 투자자들에게 그 대가로서 이자 상당액을 지급한 것은 아니다. (다) 처분청은 청구법인이 국가가 필요로 하는 사업을 대신 수행함에 따라 소요된 비용에 대한 실비변상 및 손실보상 차원에서 쟁점보조금을 지급받은 것이기 때문에 이를 ‘무상으로 받은 자산’으로 볼 수 없다는 의견과 그 근거로 관련 심판결정례 등을 제시하고 있으나(조심 2018서729, 2018.5.30. 참조), 청구법인은 쟁점보조금과 관련하여 국가의 사업을 대신 수행한 바가 없다. (라) 처분청은 청구법인이 단지 비영리법인이라는 점, 헌법상 국가는 어업의 보호ㆍ육성의무가 있다는 점만을 감안하여 국가가 청구법인에게 그 수행 대가로 쟁점보조금을 지급한 것이라고 주장하나, 이는 보조금 지급의 본질, 즉 공익사업의 지원이라는 보조금 지급의 목적성을 대가성과 혼동한 것이다. 「부가가치세법」상 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금의 경우 이를 과세표준에서 제외하도록 규정하고 있고, 조세심판원은 “보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 취지는 보조금의 교부대상이 되는 사업에 대하여 부가가치세를 비과세함으로써 재정지원의 목적을 효과적으로 달성하고 또한 정부 또는 공공단체가 재화 또는 용역을 직접 공급받지 않으면서 특정한 사업을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급하는 경우 당해 보조금은 직접적인 대가 관계가 없는 것이다”는 취지로 결정(조심 2019중194, 2019.5.21.)하고 있다. 만약 처분청 의견과 같이, 국가의 보조금 지급을 전부 대가관계가 있는 것(공익적 목적을 수행함에 따른 대가로 지급받는다는 의미에서)이라고 한다면, 국고보조금을 용역의 제공과 직접적인 대가 관계가 없다고 보아 부가가치세 과세표준에서 제외한다는 관련 법규정 및 심판결정례와 부합하지 않을 뿐더러, 비영리법인인 청구법인이 그 간 의 용역을 수행하고 대가를 지급받는, 일종의 수익사업을 수행하였다고 볼 수 있으므로 비영리법인에 대한 과세체계 자체를 뒤흔드는 주장이 아닐 수 없다. 아울러 법원도 국가 등이 사업의 조성 또는 재정상의 원조를 목적으로 보조금이 지급되는 경우 재화 또는 용역의 공급대가가 아니므로 부가가치세 과세표준에 포함시키지 않는다는 취지로 판시(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결 등 다수 참조)하고 있다. 따라서 이 건 쟁점보조금은 국가가 어업 발전을 위한 재정상의 원조를 목적으로 청구법인에게 지급한 것이므로 그에 대한 무상성(무상으로 받은 자산의 가액)이 인정되어야 한다. (2) 쟁점보조금이 무상으로 받은 자산의 가액에 해당하는지 여부는 해당 자산에 대하여 대가성이 있는 반대급부가 존재하는지 여부를 기준으로 판단되어야 하는 것으로, 회계상 이익의 발생 여부를 그 판단의 기준으로 삼을 수는 없는 것이다. (가) 「법인세법」제15조 제1항은 “익금이란 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입”이라고 규정하고 있는바, 이는 법인의 순자산을 증가시키는 거래인지 여부를 가지고 익금인지 여부를 판단하는 것이지, 회계상 이익으로 계상되었는지 여부를 가지고 익금 여부를 판단하는 것이 아님을 알 수 있다. 청구법인이 쟁점보조금을 OOO로부터 지급받지 않았다면, 쟁점보조금 상당액만큼 순자산이 감소하였을 것이므로, 쟁점보조금은 분명 청구법인의 순자산 증가에 기여한 것이다. (나) 처분청은 세무상 이월결손금의 보전에 충당된 금액은 자산수증이익 또는 채무면제이익을 기업회계기준에 따라 특별이익으로 계상한 법인이 자본금과 적립금조정명세서 상 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하고 세무조정 시 익금불산입을 하여야 한다는 의견이나, 법원은 “자산수증이익 등이 발생한 당해 연도에 이월결손금의 보전에 충당한다는 주장을 하지 않은 경우라도 과거에 발생한 이월결손금의 보전에 충당할 수 있으며, 당초 특별이익으로 계상하였다거나 자본금과 적립금 조정명세서에 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다”는 취지로 판시(대법원 2012.11.29. 선고 2012두16121 판결)하고 있다. (3) 청구법인이 OOO에게 법적 권리인 쟁점보조금에 대한 청구권을 가지고 있고 OOO는 그의 보조금 지급의무를 가지고 있지 아니하므로, 쟁점보조금은 OOO가 청구법인에게 지급한 단순 국고보조금에 해당한다. 「보조금관리에 관한 법률」에 의하면 “보조금이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금, 부담금, 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금을 말한다”고 규정하고 있다. 이 건 쟁점보조금 교부 시 교부조건에 위반하여 보조금을 사용할 경우 OOO의 보조금 교부결정이 취소될 수도 있다는 점에서, OOO가 청구법인에게 재정적 지원 차원에서 쟁점보조금을 무상으로, 즉 반대급부를 받지 않고 지급한 것으로, 법적 의무를 지는 채무부담행위로 볼 수 없는 것이다. (4) 「법인세법」제18조 제6호는 자산수증이익 중 이월결손금 보전에 충당한 금액에 대하여는 익금에 산입하지 않는다고 규정하고 있고 이를 적용하기 위하여는 자산이 무상으로 받은 자산인지 여부를 판단하면 되는 것으로, 해당 자산의 사용처ㆍ지출용도가 정해져 있는지 여부와는 전혀 관련성이 없는 것이다. (가) 처분청은 여객자동차운수업을 영위하는 법인이「여객자동차 운수사업법」에 의해 지급받는 유가보조금(기준법령법인-42, 2017.5. 24.) 및 내국법인이 OOO와 약정을 체결하고 전력사용량을 절감함에 따라 해당 공사로부터 지급받는 지원금(기준법령법인-212, 2015.12.28.)은 교부 당시 지출용도에 대하여 특별히 지정하는 바가 없고 법인이 그 사용처를 자율적으로 결정할 수 있었으므로「법인세법」상 무상으로 받은 자산의 가액에 해당한다는 의견이나, 동 해석 상 어디에도 동 보조금의 지출용도 여부를 자산수증이익의 판단기준으로 적용하였다는 내용이 없다. 즉 대가관계 없이 지급받은 것으로 보아 무상으로 받은 자산의 가액이라고 판단한 것이다. (나) 법원은 무상으로 받은 자산에 대하여 지출 용도가 제한되어 있었던 사안에서도, 무상으로 받은 자산의 가액에 해당한다는 취지로 판시(대법원 2004.10.28. 선고 2003두384 판결 참조)한 바가 있다. (5) 청구법인은 쟁점보조금을 선 집행한 이자비용과 상계처리한 후, 동 금액 상당액을 다시 자유로이 사용함으로써 그에 따른 실질적인 재무구조개선의 효과가 있었던 것이다. (6)「법인세법」상 재무구조개선에 사용한다는 의미는 이월결손금의 보전에 충당하는 행위를 의미하는데, 처분청은 쟁점보조금이 자산수증이익에 해당하지 아니하므로 이월결손금 보전에 충당할 수 없다고 보아 이 건 과세처분을 하였다가, 이월결손금 보전에 충당하는 행위(재무구조개선)를 하지 않았다는 이유로 「법인세법」제18조 를 적용할 수 없다는 취지로 변경하였는바, 이는 자가당착적이고 모순된 주장이 아닐 수 없고, 자본금과 적립금 조정명세서 상 공제기간이 경과한 이월결손금에 보전.충당하였음에도 익금불산입 대상이 아니라고 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 「법인세법」제18조 는 포괄적인 조세특례에 해당되는 규정으로 그 입법 취지에 맞게 자산수증이익 중 이월결손금을 보전하는 데에 충당하여 회사의 재무구조를 개선시킨 금액에 한정하여 엄격하게 익금불산입 규정을 적용하여야 하는 것이다. (가) 「법인세법」제18조 의 입법취지는 기업의 순자산 증가를 가져오는 자산수증이익을 세법상 공제기간이 지난 이월결손금에 보전시켜 자본을 충실화함으로써 기업의 재무구조개선을 지원하기 위함에 있다 (2019년 세법개정안 문답자료, 기획재정부, 2019.7.25. 121p. 참조). (나) 납세의무자인 내국법인에게 보통의 익금항목과 같이 과세표준에서 공제하는 방법으로는 더 이상 조세경감 효과를 볼 수 없게 된 결손금에 관하여 자산수증이익에서 공제하도록 함으로써 증여를 통한 내국법인의 재무구조개선을 지원하려는 취지에서 특혜를 부여한 것이다(OOO행정법원 2019.9.17. 선고 2018구합86818 판결 참조). (2) 「법인세법」제18조 를 적용받기 위하여는 경제적 대가관계가 없는 금전(무상으로 받은 자산의 가액) 등을 수령하여 법인의 순자산 증가에 기여하여야 하나, 쟁점보조금은 이를 충족하지 않았다. (가) 무상으로 받은 자산의 가액은 법인 순자산의 증가를 가져오기 때문에 당연히「법인세법」상 익금에 해당한다고 할 것이고, 이와 같은 점을 고려할 때 국고보조금은 무상으로 받은 자산의 가액에 포함된다. 여기서 무상으로 받은 자산의 가액이란 법문 그대로 타인으로부터 대가관계(반대급부)가 수반됨이 없이 증여 또는 유증 등에 의하여 취득한 자산의 가액을 의미한다고 보는 것이 확장해석과 유추해석을 금지하고 있는 조세법의 해석원칙에 합치하는 것이다. 다만 국고보조금의 형식을 취하고 있다 하더라도, 경제적 대가관계가 있는 용역제공의 성격(OOO행정법원 2019.9. 17. 선고 2018구합86818 판결, 금융기관 이차보전금)이거나, 실제 지출된 비용에 대한 실비변상 및 손실보상적 성격(조심 2018서749, 2018.5.30., 항공운송사업자 경비보조금)인 경우에는 「법인세법」제18조 를 적용할 수 없는 것이다. (나) 쟁점보조금의 수령 형태, 사용 목적, 사용 방식 등을 종합적으로 감안할 때, 쟁점보조금은 법인의 순자산 증가에 기여하지 못하였다. 사업개편에 관한 주무부처인 OOO의 청구법인에 대한 보조금 교부결정통지서에 의하면, 쟁점보조금은 이미 집행된 관련 채권의 기간경과분 이자를 일할계산하여 분기별로 지급되고 있다. 쟁점보조금의 교부조건을 보면, 쟁점보조금은 보조사업의 목적인 OOO사업구조개편과 관련한 자본조달에 필요한 채권발행 이자비용에만 사용하여야 하고, 그 외 용도로 사용 시 보조금 교부결정의 전부 또는 일부가 취소될 수 있으며, 사업의 내용변경 및 경비의 배분 변경 시에도 주무부처의 승인이 필요함을 명시하고 있다. 또한 수령한 보조금과 관련한 잔여이익(이미 교부된 보조금으로 인하여 발생한 이자수익 등)이 발생하는 경우 그 금액을 즉시 반납해야 할 것으로 명시하고 있다. 쟁점보조금은 그 교부조건에 맞게 해당 이자비용에 전액 사용되어야 하고, 잔여이익이 발생 시 청구법인에게 귀속될 수 없으며, 즉시 반납되어야 한다. 쟁점보조금은 실제 발생한 이자비용에 전액 충당해야 하는 사용용도가 제한된 실비변상적 보조금이고, 그 수령 형태, 사용 목적, 사용방식 등을 고려할 때, 법인의 내부에 잔존이 가능한 이익이 발생할 수 없으므로, 법인 내의 순자산을 증가시키는 이익(소득금액)이 남아 있지 않는다. 기업회계기준은 보조금이 특정의 비용을 보전할 목적으로 지급되는 경우 수익으로 계상하지 않고 특정의 비용과 상계처리하도록 규정(일반회계기준 17장 OOO)하고 있고, 청구법인도 실제로 쟁점보조금을 자산수증이익 등 수익(특별이익)으로 계상하지 않고, 기집행 된 이자비용과 상계처리를 하였다. 결국 법인의 담세력에 기여하는 순자산의 증가로 남아있는 것이 불가능하고, 실제 남아있지 않은 쟁점보조금을 자산수증이익이라고 단정할 수 없다. (다) 쟁점보조금은 국가에게 요구할 수 있는 청구권에 기인하여 수령한 금액으로, 경제적 대가관계가 없는 것으로 보기는 어렵다. 헌법 제123조 는 국가는 어업의 보호ㆍ육성의무가 있다고, 「수산업협동조합법」제9조 제1항은 국가는 청구법인의 공익적 사업에 필요한 경비를 보조할 수 있다고 각 규정하고 있다. 청구법인의 쟁점보조금 신청내용에 의하면, 쟁점보조금은 위 법령을 근거로 청구법인의 원활한 사업구조 개편을 통해 어업 및 어촌의 지속가능한 발전과 청구법인의 공익적 기능을 증진하기 위하여 지급신청된 것으로 기재되어 있다. 청구법인은 국가가 필요로 하는 사업을 수행하고 있고, 쟁점보조금은 청구법인이 해당 사업을 원활히 추진하도록 국가가 지급한 것으로 경제적 대가관계가 없는 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다. 또한, 쟁점보조금은 청구법인에서 신용사업 부문을 분할하여 청구법인의 수익성을 증가시켜 어촌경제 전반의 경쟁력을 높이려는 국가의 정책적 목적을 위하여 2016년 12월경 개정된「수산업협동조합법」에 따라, 정부 예산을 편성하여 쟁점보조금 교부가 결정된 것으로, 국가(OOO)는 쟁점보조금을 지급해야 할 채무를 부담한다고 할 것이고, 청구법인은 사전에 약정된 이자비용을 정부에 요구할 수 있는 일종의 청구권이 발생한 것이다. (3) 「법인세법」제18조 를 적용받기 위하여는 실질적인 재무구조개선의 효과가 있어야 하나, 쟁점보조금은 이를 충족하지 않았다. (가) “보전(補塡)”의 사전적 의미는 “부족한 부분을 보태어 채움”이며, “결손금 보전”이란 부채 총액이 자산 총액을 초과한 자본잠식 상태의 기업이 부족한 자본을 회복시키는 것을 의미한다. 일반적으로 상법상ㆍ회계상 기업이 결손을 보전하는 방법은 자본금 감소를 통한 결손 보전( 「상법」제438조 ), 법정준비금 사용을 통한 결손 보전( 「상법」제460조 ), 당기순이익 발생에 따른 잉여금 처분을 통한 결손 보전 등이 있다. 세무상 “이월결손금의 보전에 충당된 금액”은 자산수증이익 또는 채무면제이익을 기업회계기준에 따라 특별이익으로 계상한 법인이 자본금과 적립금조정명세서 상 동 금액을 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하고 세무조정으로 익금불산입한 경우 등이 포함된다(법인세법 기본통칙 18-18...2 참조). 내국법인이 실제 이익잉여금의 처분을 통해 이월결손금을 보전하는 절차를 취하지 않더라도, 적어도 기업회계기준에 따라 특별이익 등으로 손익계산서에 계상하여 실질적으로 당기순이익을 증가시키는 재무구조개선의 효과가 있어야만 「법인세법」제18조 를 적용할 수 있는 것이다. (나) 쟁점보조금은 이미 지출된 이자비용과 상계처리되어 실질적인 재무구조개선의 효과가 없었다. 청구법인은 기업회계기준에 따라 회계처리를 하면서 쟁점보조금을 자산수증이익 등 수익(특별이익)으로 계상하지 않고, 이미 집행된 이자비용과 직접 상계처리를 하였다. 「법인세법」제18조 는 증여 등을 통한 내국법인의 재무구조개선을 지원하기 위하여 자산수증이익 또는 채무면제이익 중 이월결손금 보전(재무구조개선)에 사용된 금액에 대하여 법인세를 과세하지 않는 특례규정이다. 쟁점보조금은 청구법인의 결손금을 줄이는 등 재무구조개선에 사용하도록 지급한 것이 아니고, 특정 비용에 사용하도록 지급된 보조금으로, 실제 특정 이자비용 지출에 사용되었다. 따라서 청구법인은 쟁점보조금을 수령하여 재무구조를 사실상 개선시킨 사실이 없다. (다) 쟁점보조금은 이월결손금 보전에 충당이 불가능하다. 위 해석(기준법령법인-42, 2017.5.24., 기준법령법인-212, 2015.12. 28.) 상 보조금은 쟁점보조금과 달리 보조금 수령자가 지출용도를 자유롭게 결정할 수 있으므로, 법인의 선택에 따라 이월결손금 보전에 충당할 수 있을 것이나, 지출의 용도가 정해진 쟁점보조금은 이를 이월결손금 보전에 사용하는 것이 불가능하다고 보는 것이 타당하다. 재무구조개선을 지원하기 위한 「법인세법」제18조 의 입법취지는, 자산수증이익을 이월결손금 보전에 사용하기 위해서는 결손을 보전할 수 있는 법인의 순자산이 잔존하고 있어야 하나, 쟁점보조금은 기간경과분 이자비용에 대해 사후에 청구하는 구조로 지급받은 자산(현금)을 이미 집행한 이자비용에 대체하고 나면 이월결손금 보전에 사용 가능한 잔여 이익이 실질적으로 발생할 수가 없으므로, 이를 이월결손금 보전에 사용하였다는 것은 논리적으로 타당하지 않다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 OOO으로부터 지급받은 쟁점보조금이 「법인세법」제18조 제6호의 ‘무상으로 받은 자산의 가액’으로, 이월결손금 보전에 충당하였으므로 익금불산입 대상이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법(2018.12.31. 법률 제16096호로 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다. ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제18조(평가이익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액 (2) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호 일부개정된 것) 제18조(평가이익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액(제36조에 따른 국고보조금 등은 제외한다)과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액 제36조(국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입) ① 내국법인이「보조금 관리에 관한 법률」,「지방재정법」, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등 상당액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. ② 국고보조금등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득하거나 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사업용자산을 취득하거나 개량하려는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금등의 금액을 제1항을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 허가 또는 인가의 지연 등 대통령령으로 정하는 사유로 국고보조금등을 기한 내에 사용하지 못한 경우에는 해당 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도의 종료일을 그 기한으로 본다. ③ 제2항에 따라 국고보조금등 상당액을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한 내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 이 경우 그 금액은 합병법인등이 제2항에 따라 손금에 산입한 것으로 본다. ④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 국고보조금등을 금전 외의 자산으로 받아 사업에 사용한 경우에는 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 것으로 본다. ⑤ 제1항과 제2항을 적용하려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국고보조금등과 국고보조금등으로 취득한 사업용자산의 명세서(제2항의 경우에는 국고보조금등의 사용계획서)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑥ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙(2019.12.31. 법률 제16833호) 제11조(평가이익 등의 익금불산입에 관한 경과조치) 2010년 1월 1일 전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금에 대해서는 제18조 제6호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (3) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제18조(이월결손금) ① 법 제18조 제6호에서 "대통령령으로 정하는 이월결손금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의3 제2항 및 제46조의3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액 2. 법 제60조의 규정에 의하여 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 아니하였으나 다음 각 목의 1에 해당하는 결손금 중 법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금에 해당하는 것 가.「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금으로서 법원이 확인한 것 다.「기업구조조정촉진법」에 의한 기업개선계획의 이행을 위한 약정이 체결된 법인으로서 금융채권자협의회가 의결한 결손금 (4) 보조금 관리에 관한 법률 제18조(보조금의 교부 조건) ① 중앙관서의 장은 보조금의 교부를 결정할 때 법령과 예산에서 정하는 보조금의 교부 목적을 달성하는 데에 필요한 조건을 붙일 수 있다. ② 중앙관서의 장은 보조금의 교부를 결정할 때 보조사업이 완료된 때에 그 보조사업자에게 상당한 수익이 발생하는 경우에는 그 보조금의 교부 목적에 위배되지 아니하는 범위에서 이미 교부한 보조금의 전부 또는 일부에 해당하는 금액을 국가에 반환하게 하는 조건을 붙일 수 있다. 제30조(법령 위반 등에 따른 교부 결정의 취소) ① 중앙관서의 장은 보조사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 보조금 교부 결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있다. 1. 보조금을 다른 용도에 사용한 경우 2. 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분을 위반한 경우 3. 거짓 신청이나 그 밖의 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 2016년 정부예산 설명자료에 의하면, 청구법인은 글로벌 자본 규제인 바젤Ⅲ 도입, 자본조달 제약에 따른 성장한계 등으로 위기를 겪고 있었고, 이러한 상황이 지속될 경우 영세 어업인 사업 및 가계 도산으로 인하여 서민금융 활성화를 저해할 것이 예상되는 상황이었으며, 이와 같은 상황을 타개하기 위하여 신용사업 부문을 100% 자회사로 분리하는 OOO의 사업구조개편을 추진하면서 소요 자본금 조달에 따른 정부의 재정지원을 요청하였다. (나) 쟁점보조금 교부신청 및 교부결정서에 의하면, OOO는 청구법인의 사업구조개편이 원활히 수행될 수 있도록 부족한 자본 OOO원을 ‘채권발행 비용보전’ 방식으로 채택하고 다음과 같이 쟁점보조금 교부결정을 하였다. OOO (다) 2017∼2018사업연도에 교부된 쟁점보조금은 총 OOO원이고, 쟁점보조금의 지급조건은 다음과 같다. OOO (2) 이자비용 지출 및 보조금 수령 회계전표에 의하면, 청구법인은 수산금융채권과 관련한 이자비용을 선(先) 지출하여 손비로 계상하였고, 쟁점보조금을 지급받은 후 동 이자비용과 상계처리를 한 것으로 나타난다. (3) 자본금과 적립금조정명세서에 의하면, 청구법인은 쟁점보조금 상당액을 다음과 같이 공제기간이 경과한 이월결손금에 보전(충당)하고, 세무조정시 이를 익금불산입한 것으로 확인된다. (4) 청구법인은 다음과 같이 항변자료를 제시하면서 쟁점보조금은 자산수증이익으로 이월결손금 보전에 충당하였으므로 익금불산입 대상이라고 주장한다. (가) 처분청은 법인세법 기본통칙 18-18-2를 근거로, 기업회계기준에 따라 특별이익 등으로 손익계산서에 계상하여 실질적으로 당기순이익을 증가시키는 재무구조의 개선효과가 있어야 한다고 주장하나, 동 규칙은 법원판결(대법원 2012.11.29. 선고 2012두16121 판결) 이후로 삭제되었다. OOO (나) 위 집행기준은 자산수증이익이나 채무면제이익의 순자산 증가(익금)가 발생하면 이월결손금 보전에 충당할 수 있다는 의미이고, 회계상 이익이 발생하여야만 이월결손금의 보전에 충당할 수 있다고 보는 것은 타당하지 않다. 1) 조세심판원은 소멸시효 완성으로「법인세법」상 익금에 산입하는 휴면공제금이 같은 법 시행령 제11조 제6호의 채무면제이익에 해당하므로 이를 기한경과로 사용하지 못한 이월결손금 보전에 충당하여 각 사업연도의 소득금액 계산 시 익금불산입할 수 있다는 취지로 결정(조심 2013전3833, 2014.11.11.)하였다. 2) 국세청 과세기준자문은 내국법인이 온실가스 감축설비 취득목적의 보조금을 지급받아 자산을 취득하고 기계장치로 회계처리한 사례에서, 해당 국고보조금은 「법인세법」제18조 의 무상으로 받은 자산의 가액에 해당하므로 이월결손금의 보전에 충당할 수 있다고 해석(기준-2016-법령해석법인-0047, 2016.11.21.)하였는바, 온실가스 감축설비의 취득이라는 국고보조금의 사용용도가 정해져 있었던 사례였다는 점에서, 사용용도가 정해져 있는 경우에는 자산수증이익으로 볼 수 없다는 처분청 의견을 받아들이기 어렵다. (다) 쟁점보조금은 재무구조개선의 지원이라는 「법인세법」제18조 제6호의 취지에 부합한다. 1) 글로벌 금융위기 이후 금융감독원은 국내 은행부문의 건전성을 강화하기 위하여 2013년 12월경부터 바젤 III규제를 단계적으로 도입하였고, 청구법인은 기존의 협동조합 형태의 신용사업 체제로는 이러한 자본규제를 충족시키기 어려운 점을 고려하여 OOO은행 설립 등 사업구조개편을 시행하게 되었다. 2) 청구법인의 사업구조개편은 신용사업 부문의 재무건전성을 강화하기 위한 것이고, OOO는 이러한 재무건전성 강화를 위한 사업에 재정적 지원을 한 것이므로 ‘재무구조개선의 지원’이라는 「법인세법」제18조 의 입법취지에 부합한다. (5) 처분청은 위 추가항변에 대하여 다음과 같이 답변한다. (가) 청구법인이 제시한 대법원 2012.11.29. 선고 2012두16121 판결은 당초 원고가 자산수증이익 및 채무면제이익을 손익계산서에 특별이익으로 계상한 후, 해당 사업연도 법인세 신고 시 이를 익금에 포함하였으나, 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 기재한 자본금과적립금조정명세서를 법인세 정기신고 이후 경정청구를 통해 제출한 사안으로, 해당 사건의 쟁점은 “자산수증이익을 손익계산서상 특별이익 등으로 계상하였는지 여부”가 아니라 “당초 자산수증이익을 이월결손금 보전에 충당한다는 뜻을 표시하지 않았던 법인세 신고 이후 경정청구를 통해 이월결손금 보전에 충당할 수 있는지 여부”를 다투었던 것이고, 법원은 당초 신고시 이월결손금의 보전에 충당한다는 주장을 하지 아니하였다고 하더라도 추후 경정청구를 통해 이월결손금 보전에 충당할 수 있다고 판단한 것이다. 따라서 자산수증이익을 이월결손금 보전에 충당하려면 해당 자산수증이익을 손익계산서에 특별이익 등으로 계상하여 법인세 신고 시 이를 익금에 포함하여야 한다는 처분청의 주장은 타당한 것이며(법인세법 기본통칙 18-18...2, 같은 뜻임), 청구법인이 제시한 대법원 판결을 배척한 사실은 없다. (나) 일반적으로 국고보조금은 공익사업 수행을 지원하기 위하여 지급하는 것으로 특정 기업의 결손을 보전하기 위한 목적이 아니고, 지출목적이 정해지지 않는 국고보조금이라면 국고보조금을 수령한 기업이 자유롭게 해당 국고보조금을 이월결손금 보전 등에 사용할 수 없는 것인바, “OOO 사업구조개편 지원” 사업의 쟁점보조금은 지출목적이 “채권발행 이자비용 지원”으로 정해져 있어 임의로 이월결손금 보전에 사용할 수 없는 것이다. (다) 「법인세법」제13조 제1항에 이월결손금은 차감할 소득금액이 존재하는 경우에만 공제할 수 있도록 규정되어 있고, 이월결손금을 차감할 소득금액이 존재하는 경우에만 공제하는 이유는 소득금액이 “OOO”인 상태에서 이월결손금을 공제하면 새로운 결손금을 창출해 주는 결과가 초래되기 때문이며, 이러한 이유로 이월결손금은 각 사업연도의 소득의 범위 내에서 차감하여야 하는 것이고, 이와 동일한 논리로 「법인세법」제18조 제6호의 익금불산입 특례규정도 익금불산입할 “익금에 산입한 금액”이 존재하는 경우에만 적용할 수 있는 것이다. 한편 청구법인은 쟁점보조금을 그 정해진 목적에 따라 이미 지출한 이자비용과 상계하는 회계처리를 하여 결산서 상 “익금에 산입한 금액”이 존재하지 아니함에도 익금에 산입한 금액이 있었고, 그 금액을 이월결손금 보전에 충당하였다고 주장하고 있다. (라) 「법인세법」제18조 제6호의 입법취지는 자산수증이익 또는 채무면제이익과 관련된 법인세 부담을 감면시켜 주는 기능만 하여야 하는데, 청구법인의 경우 쟁점보조금에 대한 법인세를 부담하지 않은 상태에서 쟁점보조금 상당액 만큼 익금불산입 세무조정을 추가로 인정할 경우 쟁점보조금과 무관한 타 사업소득에 대한 법인세 부담을 감면받는 결과가 되어 이중적인 혜택을 누리게 되는 것이다. (6) 기획재정부는 2019년도 세법 개정 시 국고보조금 등과 관련한 세법규정의 합리화를 이유로 익금불산입하는 자산수증이익에 국고보조금을 제외한 것으로 확인된다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보조금이 무상으로 받은 자산의 가액으로 이월결손금 보전에 충당하였으므로 익금불산입하여야 한다고 주장하나, 「법인세법」제18조 제6호의 입법취지 등을 감안할 때 익금불산입 대상은 자산수증이익 중 이월결손금을 보전하는 데에 충당하여 회사의 재무구조를 개선시킨 금액에 한하여 엄격히 적용하여야 하는 점(조심 2018서749, 2018.5.30. 같은 뜻임), 일반적으로 국고보조금은 공익사업의 수행을 지원하기 위해 지급하는 것으로 특정 기업의 결손을 보전하기 위함이 아니고, 지출 목적이 정해지지 않은 보조금이라면 자유롭게 결손 보전에도 사용할 수 있으나, 이 건 쟁점보조금은 청구법인의 사업구조개편 시 채권발행 이자비용에만 지출하도록 규정되어 있어 임의로 공제기간이 지난 이월결손금 보전에 충당할 수 없는 것으로 보이는 점, 법인의 소득금액이 존재한 경우 이월결손금 공제가 가능하고 익금에 산입한 금액이 존재한 경우 「법인세법」제18조 제6호의 익금불산입 특례규정을 적용할 수 있으나, 쟁점보조금은 정해진 지출 목적에 따라 청구법인이 이미 지출한 이자비용과 직접 상계처리를 한 점, 쟁점보조금과 직접 관련한 법인세의 부담이 없음에도 청구주장이 받아들여질 경우 국가로부터 보조금을 받는 동시에 다른 사업소득금액에 대한 법인세의 절감이라는 이중적인 혜택을 누리는 결과가 초래되는 점, 청구법인이 쟁점보조금을 지급받음으로써 실질적인 재무구조개선의 효과가 있었다고 인정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구구장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.