대법원-2012-두-16121 (2012.11.29)

사 건

2012두16121 경정거부처분취소

원고, 상고인

AAA광통신 주식회사

피고, 피상고인

서광주세무서장

원 심 판 결

광주고등법원 2012. 6. 14. 선고 2011누1916 판결

판 결 선 고

2012. 11. 29.

주 문

원심판결을 파기하고, 사건을 광주고등법원에 환송한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우 그 초과금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사ㆍ결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 등 참조). 그리고 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사ㆍ확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이고(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), 이는 과세표준신고서에 기재된 결손금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 결손금액에 미달하는 때에 해당한다고 하여 감액경정청구를 하는 경우에도 마찬가지이다.

2. 원심이 인정한 사실관계 및 기록에 의하면, 원고는 2006 사업연도에 정부출연금 000원을 수령하고 한국산업기술평가원으로부터 000원의 상환의무를 면제받았음을 이유로 합계 000원의 자산수증이익 및 채무면제이익을 손익계산서에 특별이익으로 계상하고, 2006 사업연도 법인세를 신고하면서 위 금액을 익금에 포함시킨 사실, 원고는 2010. 3. 31. 피고에게 위 금액을 1999 사업연도부터 2001 사업연도에 발생한 이월결손금 중 위 금액에 해당하는 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 기재한 자본금과적립금조정명세서를 제출하면서, 위 금액이 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제18조 제8호에 의하여 익금에 불산입되어야 함을 이유로, 원고의 2006 사업연도 결손금을 당초 신고한 000원에서 000원으로 증액하여 줄 것을 요구하는 내용의 이 사건 경정청구를 한 사실을 알 수 있다. 원심은 이러한 사실관계를 토대로, 자산수증이익과 채무면제이익(이하 ‘자산수증이익 등’)이 발생한 경우 그것이 발생한 당해 연도에 이를 특별이익으로 계상한 후, 그 금액을 자본금과적립금조정명세서에 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하지도 아니하고 세무조정계산서에 익금에 불산입하지도 아니한 내국법인은 추후 자산수증이익 등을 이월결손금의 보전에 충당하였다면서 이를 익금에 산입하지 아니하기로 하는 내용의 신고조정 및 그에 따라 결손금의 증액을 구하는 경정청구를 할 수는 없다고 보아, 피고가 같은 이유에서 원고의 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.

3. 그러나 위 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 다른 특별한 사정이 없는 한 원고가 2006 사업연도 법인세 신고 당시 2006 사업연도에 발생한 자산수증이익 등 합계 1,045,308,000원을 이월결손금의 보전에 충당한다는 주장을 하지 아니하였다고 하더라도 원고는 위 금액을 1999 사업연도부터 2001 사업연도에 발생한 이월결손금 중 위 금액에 해당하는 이월결손금의 보전에 충당할 수 있다고 할 것인데, 이와 같은 충당을 전제로 할 경우 원고의 2006 사업연도 과세표준신고서에 기재된 결손금액은 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 결손금액에 미달하는 때에 해당하게 된다고 봄이 타당하다. 따라서 피고는 원고의 이 사건 경정청구를 거부할 수 없다고 할 것이고, 이는 원고가 이 사건 자산수증이익 등에 관하여 그의 선택에 따라 그것이 발생한 당해 연도에 이를 특별이익으로 계상하였다거나 그 금액을 자본금과적립금조정명세서에 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 그럼에도 원심이 위와 같은 이유를 들어 원고의 이 사건 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 데에는 자산수증이익 등의 익금불산입에 관한 법리를 오해한 잘못이 있고, 이러한 잘못은 판결에 영향을 미쳤다고 할 것이다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 이에 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.