조심 2014광2802 (2015.08.18)

OOO세무서장이 2014.2.14. 청구법인에게 한 2005～2012사업연도 법인세의 경정청구 거부처분은 1. 2005～2009사업연도 법인세의 각 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 이를 각하한다. 2. 2010～2012사업연도 법인세의 각 경정청구 거부처분은 청구법인이 OOO로부터 2003.3.21. 이자율 20%로 차입한 후순위차입금 OOO만원 및 2003.28. 이자율 15%로 차입한 운영자금후순위차입금 OOO만원에 대한 적정이자율을 12.64%로, 2004.10.24. 이자율 10%로 차입한 선순위차입금 OOO억원에 대한 적정이자율을 9.92%로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가.청구법인은 2000.11.30. 완공된 OOO(이하 OOO라 한다)의 이용료 수금 및 교통량 관리를 포함한 운영 및 유지.관리를 하는 OOO(이하 OOO라 한다)로부터 OOO관리운영권을 인수할 목적으로 2003.1.15. OOO[2002.12.12. 설립되어 OOO등록된 사회기반시설 투융자회사로서 주주가 국내 연기금 및 보험사를 포함한 기관투자자와 일반투자자로 구성(2010년 12월말 현재 국내 기관투자자 및 개인투자자의 비중은 76%, 그 중 개인투자자의 비중은 15%임)되어 있는 국내법인이며, 이하 OOO라 한다]가 100% 출자하여 설립된 법인으로서 2003.1.30. OOO관리운영권 및 관련 자산.부채를 인수하는 양수도계약을 체결하고, 2003.3.28. 해당 자산 및 권리를 인수한 후 OOO로부터 아래 ＜표1＞과 같이 2004.10.24. 이자율 10%의 선순위차입금 OOO억원(이하 “쟁점선순위차입금”이라 한다), 2003.3.21. 이자율 20%의 후순위차입금 OOO만원(이하 “쟁점후순위차입금”이라 한다), 2003.3.28. 이자율 15%의 운영자금후순위차입금 OOO만원(이하 “쟁점운영자금차입금”이라 한다) 합계 OOO만원(이하 “쟁점차입금”이라 한다)을 각 차입하였고, 이에 대한 액면이자 및 연체이자 비용을 아래 ＜표2＞와 같이 2005～2009사업연도에는 전액 손금으로, 2010～2012사업연도에는 당좌대출이자율 초과 이자비용에 대하여 손금불산입하여 각 사업연도 법인세 신고를 하였다. 나.한편, 처분청은 관련법령에서 시가로 규정한 당좌대출이자율이 2005～2008사업연도에는 9%, 2009사업연도에는 8.5%임에도 청구법인이 특수관계자인 OOO로부터 차입한 쟁점차입금에 대해 OOO에게 시가보다 높은 이자를 지급하였다 하여 「법인세법」 상 부당행위계산 부인 규정을 적용, 적정이자 초과지급금액에 대해 아래 ＜표3＞과 같이 손금불산입하고, 2011.8.26. 청구법인에게 2005～2009사업연도 법인세 과세표준을 각 경정.고지(이하 “당초 경정”이라 한다)하였고(이월결손금 감액경정으로 납부세액은 없음), 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.23. 심판청구를 제기하였으며, 우리 원이 2013.5.15. 쟁점차입금에 대한 이자율이 적정한지 여부를 재조사하여 결정하도록 하자, 처분청은 2013.8.2. OOO은행차입금 이자율 7.25%를 기준으로 일부 프리미엄을 가산하는 방식으로 이자율의 시가를 쟁점선순위차입금 9.92%, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금 12.64%로 보아, 동 이자율 초과분에 대해서만 손금불산입하여 아래 ＜표3＞와 같이 2005～2009사업연도 법인세 과세표준을 경정.고지(이하 “재조사 경정”이라 한다)하였다(이월결손금 증액경정으로 법인세 납부세액은 없음). 다. 청구법인은 2013.12.17. 쟁점차입금에 대한 이자비용은 「법인세법」 상 부당행위계산부인 규정 적용대상이 아니므로, 앞 ＜표2＞.＜표3＞의 손금불산입액을 손금산입하여 아래 ＜표4＞와 같이 2005～2012사업연도 법인세 과세표준을 각 경정하고, 2012사업연도 법인세 OOO환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 재조사 경정 또는 청구법인의 당초 신고내용 등이 적정하다고 보아, 2014.2.14. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.13. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 법인세 과세표준 결정이나 손금불산입 처분은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 바로 과세처분의 효력이 발생하는 것이 아니라서 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로(대법원 2002.11.26. 선고 2001두2652 판결, 같은 뜻임), 2005～2009사업연도에 대한 재조사 경정은 법인세 고지세액이 없이 법인세 과세표준을 경정한 것에 불과하여 적법한 소송물이 될 수 없고, 이에 대한 불복은 각하대상이다. 이에 따라 청구법인은 결손금 금액을 다투기 위해서는 결손금을 증액하여 달라는 경정청구를 한 후 처분청이 거부하면 그 거부처분의 취소를 구하여야 하는 것이다(대법원 2009.7.23. 선고 2007두21297 판결, 같은 뜻임). 또한, 결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것이므로 종전 사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었더라도 그 후 사업연도의 과세표준 등을 산출함에 있어서는 종전 사업연도에 공제 가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 사업연도에 공제할 결손금을 계산하여야 하는바(대법원 2013.2.28.선고 2012두24009 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 2005～2009사업연도에 대해 직접 결손금 증액을 청구하지 않더라도 정당하게 증액된 결손금을 추후 사업연도의 이월결손금으로 사용할 수 있으므로 2010.2011 사업연도에 남아 있는 2005 ～ 2009사업연도의 결손금의 금액을 증액하는 청구를 인정함이 타당하므로 이 건은 본안심리 대상이다. (2) 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하려는 경우에는 당해 거래행위가 특수관계자 간에 이루어져야 하고, 당해 거래행위의 가격 등이 시가에 비하여 높거나 낮아야 하며, 당해 거래행위는 조세의 부담을 부당히 감소시켜야 하는바(구체적으로 건전한 사회통념에 비추어 ‘경제적 합리성’을 결여한 비정상적인 경우를 말함), 다음과 같은 이유로 쟁점차입금의 이자비용은 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 않는다. (가) 「법인세법 시행령」은 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 기획재정부령이 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 하고 가중평균이자율의 적용이 불가능한 경우로서 대여한 날로부터 해당 사업연도 종료일까지의 기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 등 일정한 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 규정하고 있으나, 특수관계자간 금전의 대여에 있어 당좌대출이자율이라는 획일적인 기준으로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다. 쟁점선순위차입금의 경우만 보더라도 차입기간이 19.75년의 장기 대출이어서 당좌대출과는 비교할 수 없을 뿐만 아니라, 특히 쟁점후순위차입금의 경우에는 선순위 차입금과 비교하여 지급조건이 제한적이고 차입기간이 더 긴 장기의 대출이어서 미지급의 위험이 높은 특성을 가지고 있다. 따라서 이를 전혀 고려하지 않은 채, 초단기 대출에 적용되는 당좌대출이자율 8.5%(2012년 6.9%)를 획일적으로 그 이자의 시가로 보아 과세함이 부당하다. (나)「법인세법」 상 부당행위계산부인 규정이 적용되기 위해서는 처분청이 쟁점차입금 이자율이 시가에 비하여 높다는 사실이 입증되어야 하고, 시가는 ‘특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 의미하므로, 처분청으로서는 특수관계가 없는 자 간에 쟁점차입금과 동일한 조건으로 차입할 경우의 이자율이 얼마인지를 입증하여야 한다(관련 사건인 OOO판결에서도 ‘시가’에 대한 입증책임이 처분청에 있다고 확인하였음). 그런데 처분청은 쟁점차입금에 대한 시가에 대한 입증없이 당좌대출이자율을 시가로 보아 부당행위계산부인 규정의 적용 대상에 해당한다는 주장만을 반복하고 있다. (다) 위 ‘경제적 합리성’은 당해 거래의 일부만을 떼어 내어 판단할 것이 아니라 거래 전체를 기준으로 판단하여야 하므로(대법원 2006.5.11. 선고 2004두7993 ; 대법원 2006.1.13. 선고 2003두13267 ; 대법원 1997.5.28. 서고 95누18697 등 참조), 청구법인이 주주인 OOO에게 시가 보다 높은 이자를 지급함으로써 부당하게 이익을 분여한 것인지는 쟁점차입금 뿐만 아니라 청구법인 주주들의 지분투자 및 선후순위대출을 청구법인에 대한 하나의 자금투자 방법으로 보고 약정이자율의 적정성이 검토되어야 한다. 그런데 OOO민간투자사업 실시협약서(이하 “실시협약서”라 한다) 제38조에는 전체 사업기간 동안의 사업수익률은 9.34%로 나타나, 동 사업수익률은 청구법인이 OOO사업의 전체 운영기간 동안 얻게 되는 실질수익률로서 위 사업수익률을 산정할 때는 후순위차입금 이자비용은 포함되어 있지 않았다. 즉, 청구법인의 주주들이 쟁점차입금에 대한 이자로 받던 배당으로 받던 전체 민자사업 운영기간 동안 얻게 되는 수익률은 9.34%에 불과하고, 동 수익률은 당초 추정통행량을 기준으로 하여 산정된 것으로서 실제 통행량이 추정 통행량의 100%일 때 사업수익률이 9.34%이고, 통행량 미달로 보조금을 지급받고 있지만 추정통행량의 85%의 수준까지만 보조금을 지급받고 있으므로 실질수익률은 더 낮아졌다. 위와 같이, 실시협약서상 전체 사업기간 동안의 사업수익률은 9.34%에도 미치지 못하므로 쟁점차입금의 이자만을 떼어내어 경제적 합리성이 없다고 판단할 수는 없다. (라) 청구법인은 감사원 지적에 따라 처분청이 쟁점차입금 이자율이 과도하다고 하자 위 이자율이 적절한 것인지 확인하기 위하여 우선 ① OOO회계법인에게 쟁점선순위차입금에 대해 부당행위계산부인 규정이 적용되는지 분석을 의뢰하였고, OOO회계법인은 쟁점선순위차입금 재조달 당시의 변동금리를 고정금리로 변경하고 금융약정상 차주의 제반 준수사항을 완화하는 것을 반영하여 적정 이자율 수준을 분석한 결과 금리수준은 8.87%～10.45% 또는 8.64%～10.22%의 범위이므로 쟁점선순위이자율은 적정한 수준이고 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다고 판단하였으며, 나아가 ② OOO회계법인 및 OOO회계법인에게 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금에 대해 부당행위계산부인 규정이 적용되는지 분석을 의뢰하였고, 위 두 회계법인은 모두 「국제조세조정에 관한 법률」 규정에 따라 비교대상 거래를 선정하고, 발행 형태의 차이, 이자지급순위, 만기 등에 대한 차이 등의 조정을 거쳐 시가 범위를 산정한 결과 13.7%～30.2%(OOO회계법인 산정) 또는 16.5%～31.5%(OOO회계법인)를 쟁점후순위이자율의 적정이자율 범위로 산출하였고, 이에 따라 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금 거래에 대해 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다고 판단하였다 (3) 민간투자사업의 특수성과 쟁점차입금의 담보, 만기위험 및 쟁점후순위차입금의 지급제한조건 등 위험도를 고려할 때, OOO은행 선순위 차입금의 이자율과는 본질적인 차이가 커서 처분청이 재조사 경정시 쟁점차입금 이자율의 시가로 본 이자율(9.92%, 12.64%)은 쟁점차입금 이자율의 시가가 될 수 없다. (가) OOO관리 및 운영사업은 여타의 민간투자사업과 마찬가지로 민간투자법령과 주무관청과 체결한 실시협약상의 규율과 제약을 받는 사업으로 ① 사업기간이 28년으로 정해져 있으며, ② 「민간투자법」 제14조 에 따라 청구법인은 주무관청이 인정한 사업 이외에 다른 사업을 영위할 수 없다는 특성이 있어 동 사업은 무려 28년이 넘는 장기간 동안 OOO사업이라는 단일 사업에만 거액의 자금을 투자하여야 하는 상당히 위험한 투자이다. 현재도 OOO일방적인 OOO등 운영설비의 추가 설치 요구 등으로 인해 실시협약 상의 운영비용을 초과할 가능성이 매우 높으며, 향후에도 예기치 못한 사정이 발생할 경우 운영비용이 예상치 못하게 증가할 위험이 있다. 특히, 본 건 사업은 민간투자사업자 시설관리운영권을 보유하는 OOO방식으로서, 시설관리운영권을 정부에 임대하고 정부로부터 안정적으로 임대료를 지급받는 OOO방식과는 달리 원칙적으로 운영 위험을 모두 사업시행자가 부담하므로 통행량이 예상보다 미치지 못하거나, 각종 사회 경제 환경의 변화로 초기 투자 당시 예상할 수 없는 사유가 발생하여 초기 투자비용을 회수하지 못하는 위험이 있다. 한편, OOO추정통행료 수입의 85%에 미달하는 경우에는 미달하는 금액을 보조금으로 지급하기로 하였으나, 이는 극도로 위험한 장기투자인 민간투자사업의 위험을 완화하지 않으면 투자자를 구할 수 없기 때문에 정부나 지방자치단체에서 최소운영수입보장을 약속하는 것뿐이고, 최소운영수입보장에도 불구하고 여전히 높은 투자위험이 존재한다. 최소수입보장은 투자 수익을 보장하는 것이 아니라 이용료 수입을 정부에서 일부 보전해주는 제도이므로 건설위험 및 운영기간 중 시설물 유지보수 비용이나 금융비용 등의 증가 등을 모두 사업자가 부담하여야 할 뿐만 아니라, OOO재정 수준이 열악하여 약정대로 보조금을 지급하기 어렵다고 하면서 아래 ＜표5＞.＜표6＞과 같이 청구법인에게 지급하는 보조금의 축소를 제의하거나 일방적으로 지급을 연장하였다. 따라서, 이 건 OOO사업은 차입금 전액을 변제하지 못할 수도 있는 상당한 위험이 수반되는 사업이므로 쟁점선순위차입금이라고 하더라도 OOO은행 선순위 차입금에 비해 선순위가 가지는 특성(담보 확보, 후순위 지급제한 요건)이 없는 실질적인 중순위차입금에 해당하였으므로 이를 약정된 상환시기에 원리금을 변제받지 못할 위험이 상존해 있었고, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금의 경우에는 이자의 지급조건에 엄격한 제한이 있고, 선순위 차입금을 모두 상환하였을 때 비로소 변제받을 수 있으며, 적절한 담보를 제공받지 못하는 등 선순위 차입금에 비해 더더욱 채무불이행의 위험이 훨씬 높을 수밖에 없다. (나) OOO은행 선순위 차입금과 쟁점차입금은 이자율 산정에 중요한 요소에 있어 그 본질적인 차이가 너무 크므로 이러한 경우 쟁점차입금 이자의 시가를 금융기관으로부터의 차입금인 OOO은행 선순위 차입금의 이자율에서 적절히 조정하는 방법으로 산정할 수는 없다. 1) 대법원 역시 이자율 산정에 있어 중요한 요소들에 있어 본질적인 차이가 있는 경우 이자율을 조정하는 방법으로는 합리적으로 이자율을 산정할 수 없다고 판단(대법원 2012.9.13. 선고 2010두6144 참조)한 바가 있으므로 선순위이자율을 조정하는 방식으로 후순위 이자율의 시가를 산정함은 부당하다. 2) 쟁점선순위차입금은 OOO은행 선순위 차입금에 비하여 후순위 대출원리금 지급제한 조건(예를 들어, 선순위 원리금 상환을 위한 예금 적립 규정, 일정 현금 비율 유지 조건, 일정 부채 비율 유지 조건 등)이 삭제됨으로 인해 대주 입장에서는 더 높은 위험을 부담하게 되었고, OOO은행 선순위 차입금은 변동금리로 결정되어 차입기간이 장기임에도 불구하고 이자율 변동위험으로부터 위험을 헷지할 수 있지만, 쟁점선순위차입금은 고정금리이므로 차입기간의 장기에 따른 이자율 변동위험에 노출될 수 밖에 없으며, 쟁점선순위차입금의 차입 당시에는 OOO실시협약상 최소수입보장 지급의무를 일방적으로 지연하여 청구법인의 재정위험이 OOO은행 선순위 차입금 차입 당시에 비해 현저히 높아져서 쟁점선순위차입금과 OOO은행 선순위 차입금 간에는 비교가능성이 높다고 할 수 없으므로, OOO은행 선순위 차입금은 쟁점 선순위 차입금의 비교대상거래가 될 수 없다. 3) 다음으로, 쟁점후순위차입금과 쟁점운영자금차입금은 OOO은행 선순위 차입금에 비하여 그 변제요건이 엄격히 제한되어 높은 투자위험을 부담하고, 최초상환일부터 10년간 분할하여 상환되는 OOO은행 선순위 차입금과 달리 원금이 20년이 넘는 기간 동안 전혀 변제받을 수 없어 채무불이행의 위험이 훨씬 크며, 담보가 제공되는 OOO은행 선순위 차입금과 달리 담보가 제공되어 있지 않거나 매우 불충분한 담보가 제공되고, 실시협약이 해지되어 청구법인이 운영기간 중간에 OOO관리운영권을 반환하여야 경우에 선순위 차입금과 달리 원금도 제대로 상환받지 못하는 발생하는 위험을 부담하게 되므로, OOO은행 선순위 차입금은 쟁점 선순위 차입금의 비교대상거래가 될 수 없다. (다) 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금 이자율의 시가가 12.64%라면 청구법인이 동일한 조건으로 시중은행으로부터 차입할 수 있어야 하나, 만기가 수 십년 후인 2024년 내지 2026년에야 원금을 지급받을 수 있고, 선순위담보권도 제공받지 못하며, 인적 담보도 없는 차입금을 대출받을 수 없으므로 이를 시가로 보기 어렵다. (라) 후순위차입금의 이자율은 아래 ＜표7＞과 같이 각 민간투자사업의 특성에 따라 다양하게 결정되므로 당사자들이 합의한 이자율을 시가로 존중하여야 하고, 가사 다른 민간투자사업의 이자율이 비교대상이 될 수 있다고 하더라도 처분청이 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금 이자율에 대한 시가로 제시한 12.64%는 다른 여러 민간투자사업에서의 후순위 차입금 이자율과 비교할 때 지나치게 낮은 수치이다. 따라서, OOO은행 선순위 차입금과 쟁점차입금은 이자율을 결정하는 요소에서 본질적으로 다르므로 처분청이 산정한 방식인 OOO은행 선순위 차입금의 이자율에서 일정한 프리미엄을 더하는 방식으로는 쟁점차입금 이자율의 시가를 산정할 수 없다. 따라서 재조사 경정시 적용한 이자율은 시가가 아니므로 이를 전제로 한 이 건 거부처분은 위법하다. (마) 가사, 부당행위계산부인 규정이 적용된다고 하더라도 처분청이 재조사 경정시 산정한 쟁점차입금 이자율 시가(9.92%, 12.64%)는 2010～2012사업연도에도 적용되어 동 이자율 시가에 해당하는 이자비용까지는 적어도 손금으로 인정되어야 하나, 지금은 당좌대출이자율에 해당하는 이자비용까지만 손금 인정된 상태이다. 「법인세법 시행령」 제88조 제2항에서는 그 행위 당시를 기준으로 특수관계인 간의 거래에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용한다고 규정하고 있고, 조세심판원도 1999년 산정한 적정 임차료를 그 이후 사업연도에도 적용해야 함에도 불구하고 새로 시가를 산정한 처분은 잘못이라고 결정한 바 있다(국심 2004전4427, 2005.11.1. 참조). 또한, 아래 ＜표8＞과 같이 다른 민자사업에서도 재조사 대상 사업연도 이후 사업연도에 대한 경정청구시 해당 처분청은 재조사 경정시 산정된 차입금 이자율 시가에 해당하는 이자비용까지는 손금으로 인정하였다. OOO2011사업연도에 대해서 액면이자율 16%까지 손금 인정을 구하는 소송을 진행하고 있는바, 설령 최종 납세자 패소하더라도 재조사 시가인 13.41%에 해당하는 이자비용까지 손금 인정되었다는 점은 변함이 없다. 당초 처분청이 당좌대출이자율을 시가로 보아 과세한 처분이 합리적이지 않으므로 쟁점차입금 이자율의 적정성 여부를 재조사하라는 조세심판원 결정의 취지를 보더라도 당좌대출이자율을 시가로 보는 것은 타당하지 않다. (4) 「법인세법」 상 원칙적으로 순자산을 감소시키는 거래로 인해 발생한 비용은 손금에 해당하고, ‘법인세법 기본통칙 21-0...2’ 역시 이와 같은 입장에서 연체이자와 같이 사계약상의 의무불이행으로 인하여 과하는 지체상금의 경우 손금에 해당함을 인정하고 있다. 한편, 「법인세법」 제52조 의 부당행위계산부인 규정은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 그런데, 앞서 설명드린 바와 같이 쟁점차입금에 대한 연체이자가 발생한 근본적인 이유는 OOO청구법인에게 지급하기로 하였던 최소수입보장에 따른 보조금 지급을 일방적으로 지연하였기 때문에 2005사업연도 말부터 연체가 발생되기 시작하여 그 이후로도 연체 발생이 지속적으로 반복되고 있고, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금의 이자도 선순위 지급제한 조건 등에 의하여 지속적으로 연체가 발생하게 되었으므로, 이는 경제적 합리성을 무시한 거래 행위로 볼 수 없음은 지극히 당연하다. 나아가, 쟁점차입금의 연체이자율을 살펴보면, ① 쟁점선순위차입금의 경우 15%, ② 쟁점후순위차입금의 경우 20%, ③ 쟁점운영자금차입금의 경우 15%로 15% 내지 20%의 수준이고, 연체이자율의 경우 채무불이행 위험의 증가뿐만 아니라 사계약상 의무불이행에 대한 손해배상의 성격도 아울러 갖고 있기 때문에 일반적인 차입이자율에 비하여 상대적으로 높은 것은 당연하다. 또한, 카드사의 연체이자율은 이보다 더 높은 21% 내지 29.9%에서 형성되고 있다. 따라서, 청구법인이 액면이자 지급을 연체하여 발생한 연체이자를 지급한 것은 결코 부당행위계산부인 규정의 적용 대상이 될 수 없음이 명백하며, 오히려 만약 청구법인이 연체이자를 지급하지 아니하였다면 처분청은 이를 문제삼아 부당행위계산부인 규정의 적용대상이라고 주장하였을 것인바, 이와 같은 점을 고려할 때 연체이자는 모두 손금으로 인정되어야 한다. 현재 소송 진행 중인 OOO사건의 경우 OOO1심에서 승소하여 연체이자를 포함한 이자비용 모두에 대하여 손금 인정을 받았으며 현재 2심 진행 중에 있다. 가사, 쟁점차입금의 연체이자 지급이 부당행위계산부인의 대상에 해당하더라도 적어도 재조사 경정 결정에서 시가로 인정한 각 차입금 이자율(9.92%, 12.64%) 또는 당좌대출이자율에 상당하는 연체이자는 손금으로 인정되어야 하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 당초 경정(2005～2009사업연도 결손금 감액 경정)에 대하여 이미 심판청구를 제기하여 재조사경정을 받았으나, 「국세기본법」 상 불복청구기간 90일 이내에 불복을 제기하거나 같은 법 제45조의2 제1항 단서에 따라 경정청구를 제기하지 않았으므로, 2005～2009사업연도에 대한 경정청구에 대하여는 본안심리 대상이 아니다. (2) 청구인은 민간투자사업은 단일 사업에 대한 장기 투자로 인해 채무불이행의 위험이 높고, OOO보조금으로는 이러한 위험을 완전히 제거 할 수 없으므로 이에 따른 위험도를 반영하여 결정된 것으로 이는 적정한 시가에 해당하고, 이러한 시가로 차입은 경제적 합리성이 있으므로 부당행위계산부인 규정이 적용 될 수 없다고 주장하나, OOO민간투자사업은 추정수입(통행료는 법인세 등 세금을 내기로 하고 결정)과 추정비용을 계산하여 실시협약서 제38조에 따른 수익률 9.34%를 보장받도록 설계되었고, 실제수입이 추정 통행량수입에 미달하는 경우 그 차액의 대부분(85%)을 최소보장수입금으로 보전 받아 사업의 위험성이 없는데도 7.25% 수준의 변동금리인 OOO은행 선순위차입금 OOO억원을 10%의 고정금리로 차환하고, 자본금을 감자한 대가로 높은 이자율의 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금으로 전환한 것은 청구법인이 자본금과 차입금을 임의로 변경하여 대주가 된 OOO에게 추가로 이자를 지급함으로써 스스로 재무 상태를 악화시켜 법인세 부담을 부당하게 감소시킬 목적 외에는 경제적 합리성이 결여되어 「법인세법」제5조 부당행위계산의 부인규정을 적용하여야 한다. (3) 재조사 결정시 2004년 10월 차입된 쟁점선순위차입금의 금리를 결정하기 위한 기준이자율로 7.25%를 사용하였으나, 아래 ＜표8＞과 같이 7.25%는 2003년 1월 OOO은행과의 차입약정에 따라 결정된 이자율로서, 2003년 약정일 현재의 AA- 3년만기 회사채이자율에 1.8%의 가산금리를 가산한 이자율로서, 이후 3년간 적용되는 것으로 약정되어 있다. 앞의 ＜표8＞에서 확인할 수 있듯이 금리는 하락추세를 보이고 있고, 당초 OOO은행 선순위차입금 OOO억원을 OOO차환 처리한 시점인 2014년 10월 금리는 2003년 1월 대비 1.29% 하락한 상태로 OOO은행 선순위 차입금 이자율 7.25%를 기준이자율로 사용한 것은 타당하지 아니하다. 따라서, 모든 차입금을 대주주인 OOO로부터 차입한 청구법인의 입장에서는 정부로부터 일정 수입금액을 보장받고, 원리금 상환을 위한 재원은 충분함으로 회사고유위험 이자율을 반영할 필요가 없다 할 것임으로 아래 ＜표9＞와 같이 기준이자율은 7.25%가 아닌 5.81%, 후순위·운영자금이자율은 7.25%를 시가로 봄이 타당하나, 당시 당좌대출이자율이 위 적정이자율 시가보다 높아 위 청구법인이 특수관계자인 OOO로부터 빌린 쟁점차입금에 적용할 이자율은 「법인세법 시행령」제89조 및 같은 법 시행규칙에 따른 당좌대출이자율로 보아야 하므로, 당초 경정 또는 청구법인의 당초 신고가 정당하다. (4) OOO재정지원금 지급자료 조회에 대한 회신(도로과-1954, 2014.02.28)에는 아래 ＜표10＞과 같이 재정지원금(OOO로부터 재정보조금을 익년도 말일까지 수령)이 지급되었음을 알 수 있다. 상기와 같이 통행료 수입으로 이자비용을 감당할 수 없는 운영구조임에도 고율 및 3개월 후급으로 이자지급을 하도록 하는 불합리한 대출 약정으로 특수관계자인 OOO이자를 지연 지급하므로 매년 수익은 나는데, 이자비용 때문에 결손이 나고 못 갚은 이자는 연체이자가 되어 점점 이자규모가 커지므로 사실상 지자체에서 보전금으로 흑자이나 OOO이자비용 내느라 적자재정으로 법인세비용은 안내는 내부거래로 발생하는 연체이자를 손금으로 인정하기는 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 2005～2009사업연도에 대한 각 경정청구 거부처분이 본안심리 대상인지 여부 ② 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점차입금 이자율을 부인할 수 있는지 여부 ③ 쟁점차입금의 적정이자율을 OOO은행 차입금 이자율에서 위험요소를 가산한 이자율로 볼 수 있는지 여부 ④ 쟁점차입금에 대한 연체이자가 손금불산입 대상인지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 2005～2009사업연도에 대하여 「법인세법」 상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 당좌대출이자율(2005～2008사업연도 9%, 2009사업연도 8.5%)을 초과하는 쟁점차입금 이자비용에 대하여 손금불산입하는 당초 경정을 2011.8.26. 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.23. 심판청구를 제기하였으며, 우리 원은 결손금 감액경정을 본안심리 대상으로 보아 2013.5.15. 쟁점차입금에 대한 이자율이 적정한지 여부를 재조사하여 과세표준 및 세액을 결정하도록 결정하였다. (나) 처분청은 이에 따라 2013.8.2. OOO은행차입금의 이자율 7.25%를 기준으로 일부 프리미엄을 가산하는 방식으로 쟁점차입금 이자율의 시가를 쟁점선순위차입금 9.92%, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금 12.64%로 보아, 동 이자율 초과분에 대해서만 손금불산입하는 재조사 경정을 하여 통지하였다. (다) 청구법인은 위 재조사결정통지일인 2013.8.2.로부터 90일이 되는 2013.10.31.까지 심판청구를 제기하지 않고 있다가, 2013.12.17. 2005～2012사업연도 법인세 경정청구를 하고 2014.5.13. 이 건 심판청구를 제기하였다. (라) 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있으나 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 경정을 청구하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제68조 제1항에 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있다. (마) 따라서, 청구법인이 이 건 재조사결정통지서를 송달받은 날인 2013.8.2.로부터 147일이 경과한 2013.12.17. 제기한 이 건 경정청구, 284일이 경과한 2014.5.13. 제기한 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다 (2) 다음으로, 쟁점②.쟁점③.쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제시한 실시협약서(2000.12.29.)의 주요내용은 아래 ＜표11＞과 같다. (나) 청구법인이 제출한 OOO청구법인이 실시협약서와 관련하여 작성한 합의서(2004.10.16.)의 주요내용은 아래 ＜표12＞와 같다. (다) 청구법인은 2005～2009사업연도 재조사 경정과 관련하여 쟁점차입금의 적정이자율(쟁점선순위차입금 9.92%, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금 12.64%)의 산정내역은 아래 ＜표13＞과 같다. (라) 처분청은 청구법인이 2013.12.17. 제기한 2005～2012사업연도 법인세 경정청구를 2014.2.14. 거부처분하였는바, 이와 관련한 검토보고서는 아래 ＜표14＞와 같다. (마) OOO등록된 청구법인의 연도별 손익계산서 및 현금흐름표 주요현황은 아래 ＜표15＞.＜표16＞과 같다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 「법인세법」의 부당행위계산부인이란 경제인의 입장에서 볼 때, 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는바(대법원 2006.5.11.선고 2004두7993 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 2003.1.30. OOO은행으로부터 선순위차입금 OOO억원을 AA- 3년 만기 회사채 이자율에 1.8%의 가산금리을 적용한 변동금리인 7.25%로 차입하였고, 이후 AA- 회사채 이자율이 하락하는 상태였음에도 OOO은행 선순위차입금을 상환하고 특수관계자인 OOO로부터 이자율 10%인 쟁점선순위차입금, 이자율 15%인 쟁점운영자금차입금, 이자율 20%인 쟁점후순위차입금을 차입한 점, 청구법인과 OOO간에 작성한 실시협약서 제38조에 사업수익률은 세후 실질사업수익률로서 9.34%로 정하고 있고, 제44조에는 OOO민간투자사업기본계획이 정하는 바에 따라 보장기준통행료 수입을 보장하기로 하고 있는 점, 청구법인은 2010～2012사업연도에 손익계산서상 영업이익이 계속하여 발생하였음에도 쟁점차입금 이자비용으로 인하여 당기순손실이 발생한 점 등에 비추어 쟁점차입금에 대한 이자비용은 「법인세법」 제52조 제1항에서 규정한 부당행위계산부인의 대상으로 판단된다. (사) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 「법인세법 시행령」 제88조 제2항에서 부당행위계산부인의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 대하여 적용한다고 규정하고 있는바, 2003사업연도에 차입된 쟁점차입금의 이자비용 손금불산입과 관련하여 처분청은 앞 ＜표13＞과 같이 2005～2009사업연도에는 OOO은행차입금 이자율을 기준이자율로 하여 위험프리미엄 등을 가산한 이자율을 적정이자율(쟁점선순위차입금의 9.92%, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금 12.64%)로 산정하여 재조사 경정을 한 점, 2010～2012사업연도는 재조사 경정과 달리 당좌대출이자율을 쟁점차입금의 적정이자율로 보는 것이 합리적이지 않은 점, OOO은행 차입금과 쟁점차입금과는 원리금 상환 및 담보제공 순위의 차이가 있는 외에는 동일한 유형의 자금차용 거래로 위험프리미엄을 가산하여 적정이자율을 산정하는 것은 당좌대출이자율보다 합리적으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점선순위차입금의 적정이자율은 9.92%, 쟁점후순위차입금 및 쟁점운영자금차입금의 적정이자율은 12.64%로 보아 「법인세법」 상 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. (아) 쟁점④에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점차입금에 대한 연체이자가 OOO청구법인에게 지급하기로 하는 보조금 지급을 지연하여 불가피하게 발생하였다고 주장하나, 앞에서 본 바와 같이 청구법인은 특수관계인인 OOO로부터 고율로 쟁점차입금을 차입하였고, 연체이자율도 15～20%로 고율인 점, 청구법인의 손익계산서상 수입금액이 2010사업연도 OOO만원(정부보조금 OOO만원 포함), 2011사업연도 OOO만원(정부보조금 OOO만원 포함), 2012사업연도 OOO만원이고, 영업이익이 2010사업연도 OOO만원, 2011사업연도 OOO만원, 2012사업연도 OOO만원 상당으로 쟁점차입금에 대한 이자비용을 상환할 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호. 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.