조심 2021중3104 (2021.11.01)

OOO서장이 2020.10.14. 청구법인에게 한 2018사업연도 법인세 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 당초 2018사업연도 귀속으로 신청한

「조세특례제한법」제10조

의 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상액 중 AAA에 대한 인건비OOO를 제외한 금액을 동 세액공제 대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1975.9.20. 설립되어 합성수지 및 재생수지(스펀지, 매트리스 등) 제조업을 영위하고 있는 사업자로, 2008.3.24. 연구개발 전담부서를 등록하고 2017.5.31. 기업부설연구소를 인증받았으며, 2018사업연도 법인세 신고시 연구전담인력 인건비 OOO원과 연구재료비 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점연구인력개발비”라 한다)에 대하여 연구.인력개발비 세액공제 OOO원을 신청하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2018사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점연구인력개발비를 부당하게 계상하여 법인세를 신고한 것으로 보아 2020.10.14. 2018사업연도 법인세 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO원을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.31. 이의신청을 거쳐 2021.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「조세특례제한법」에서 인정하는 전담부서에서 전문적인 식견과 지식을 보유한 인력이 제품의 사용과정에서 초래될 수 있는 다양한 문제점들을 사전에 예측하고 그간의 누적된 연구결과와 반복 테스트 과정을 거쳐 거래처에서 요구하는 공정과 상황에 부합하는 제품을 개발해 내는 과정을 생산과정의 일환으로만 보아 과세한 처분은 부당하다.

(가) 청구법인의 연구소는 시험발포 업무 외에 개발한 제품의 품질 검사 업무(물성시험), 원재료(신제품 개발용) 품질 검수업무 및 판매제품 품질 업무 등을 수행하고 있는데 처분청은 청구법인의 영업부 제품개발 협조요청 공문을 근거로 단순히 거래처의 제품개발 요청에 따른 시험발포과정이라고 보아 이 건 처분을 하였는바, 영업부에서 협조요청이 오면 전부 시험발포를 하는 것이 아니고 연구소에서 기존제품의 유무 검토에 따라 기존 제품이면 생산부서로 이관하고 신제품 관련이라면 연구소에서 연구를 거쳐 시험발포를 하고 있다. 2018년 청구법인의 연구소는 103건의 시험발포를 하였는데 이 중 3건OOO만이 영업부에서 요청한 건이고 “2018년 업체별 시험생산 종합” 자료 상 업체명이 기재되어 있으나 이는 청구법인의 개발 예정 신제품 내용을 업체에 홍보하고 업체에서 시장성 검토 후 시험생산을 요청한 것으로 이 같은 시험생산의 요청도 결국 청구법인의 연구과정을 통하여 이루어진 것이다. 또한, OOO학회에서도 우레탄 제품은 제품 개발에 있어 약간의 변경이 있더라도 신제품 개발을 위한 연구활동으로 보아야 한다는 의견을 제시하고 있다.

(나) 청구법인은 단순히 양산하는 제품의 물성시험을 하는 것이 아니라 양산 제품의 전 단계까지 연구결과의 오류를 예방하기 위하여 가장 이슈가 된 시험제품에 대한 물성 테스트를 하는 것으로서 개발한 제품의 물성관리 및 스펙의 유지관리의 책임은 연구소에 있기 때문에 연구개발과정의 일환으로 보아야 한다. 또한, 연구소에서 이루어지는 원료 검수는 구매부서에서 이루어지는 원료 검수(제품 개발 후 양산하는 제품에 대한 검수)와는 다르게 신제품 개발에 적합한 원료 성분인지를 탐색하고 체크하는 과정이고 매출처에서 유해물질이 포함되지 않았다는 품질보증을 요청(영업부를 통해서 전달됨)하는 경우 공인기관에 의뢰하여 인증을 받는 업무를 연구소에서 맡고 있으므로 친환경 인증여부 및 성분 검사서 등을 회신하고 있는 것으로 이는 연구과정과 결과에 대해 책임을 지는 것이며 당연히 연구활동의 일환에 해당하는 것이다.

(다) 주문자 의뢰 제품은 업종의 특성상 기존 일반 제품의 단순 재생산 과정과는 상당한 차이가 있어 생산과정으로 보기에는 무리가 있고 주문자 의뢰 제품관련 업무는 연구소 전체 업무의 3% 정도에 불과하며 동일한 제품이라도 사용용도에 따라 고려해야 하는 요인들이 다양한 전문적인 과정이므로 생산에 종사하는 직원들이 수행할 수 없다. 즉, 안료나 첨가제의 미세한 변화에도 제품 물성에 커다란 변화를 초래하고 심각한 영향이 수반될 수 있으므로 연구개발실에서 사전에 충분한 Lab Test와 양산 Test를 거쳐야 하고 개발과정에서 예기치 못한 문제점으로 인해 의뢰자가 사용 도중 당사의 제품으로 인해 심각한 손실을 보게 되는 경우 손해배상까지 해야 할 수도 있는 문제가 발생할 수 있고 생산부서에서는 이에 대한 대응방안을 찾을 수 없으며 이는 연구를 통해서만 가능한 것인바, 청구법인의 연구소(전담부서)에서 수행하는 연구활동 내용은 ‘일상적인 품질테스트’ 또는 ‘조사(survey)ㆍ탐사활동’이 아니다.

(2) 처분청은 청구법인의 물성시험일지로 근거로 양산제품에 대한 품질검사를 수행한다고 주장하나, 소기업의 특성 상 각종 시험설비를 생산부와 연구소에서 각각 이중으로 보유할 수가 없어 양산부서의 요청이 있을 경우 양산 제품에 대하여 일부 품질 검사를 하는 경우가 있으나, 이는 연구소 본연의 업무가 아니고 연구소 요원 5명 중 AAA만이 이를 일부 수행한 사실이 있을 뿐이며 직원 관리 및 통솔차원에서 형식적으로 계.과장이 일부 품질검사 업무에 대하여 결재하였다 하여 관리자까지 연구전담을 하지 않았다는 것은 부당하다.

(가) 검수일보상의 성적서 번호는 청구법인에 원료를 납품하는 회사에서 보내온 성적서 번호이며 검수일보는 당사의 구매부서에서 ERP에 입력하여 관리하는데 입고검수서는 구매팀의 III가 담당하고 있고 연구소에서 보관한 서류는 연구소에서 작성하는 서류가 아니라, 신제품 개발 시 원료의 특성을 참조하기 위하여 구매팀에서 ERP에 입력한 자료를 출력하여 보관한 것일 뿐이다.

(나) 연구소에서 작성한 공문에 따른 품질보증 업무도 1년 동안 총 12건에 불과하고 문서내용도 연구용 시험설비 구매나 환경유해물질 사용여부 등에 대한 기술적 검토가 필요한 일부에 한정되고 있는바, 상기와 같이 연구소 직원들은 모두 신제품 개발을 전담하고 있으나 중소기업의 한계로 연구소 직원 중 AAA의 경우 전체 업무 중 개발업무 차원의 일부 물성시험 업무를 수행하였을 뿐이고 순수 연구업무 이외의 업무를 수행하는 것이 확인되는 경우 특정인의 인건비를 부인하는 것은 있을 수 있으나, 연구소 전체 직원의 인건비를 부인하는 것은 부당하다.

(다) 기업부설연구소가 대표이사의 직속부서로 되어 있음을 처분청에서도 확인하였음에도 연구소 직원의 인건비를 노무비로 분류하여 배분하였다는 이유만으로 생산부 소속으로 보는 것은 단순히 형식상의 계정과목(제조간접비 내 경상개발비 계정) 분류 착오에 불과하며 이를 이유로 연구업무를 하지 않았다는 것은 실질과세원칙에 반하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」에서 연구개발이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창의적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 하는바, 이 때 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업 생산 활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 그것이 기존에 이미 상용화.사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였다거나, 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것으로는 부족하고, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 하는 것(서울행정법원 2017.7.13. 선고 2016구합56905 판결, 참조)이다.

(가) 청구법인은 OOO 학회의 의견에 따라 우레탄 제품은 제품 개발에 있어 약간의 변경이 있더라도 신제품 개발을 위한 연구활동으로 해석되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 기존제품OOO에 특정 물성이 추가될 경우OOO, 특정 색깔이 추가될 경우OOO, 또 다른 특성이 추가될 경우OOO에 각각 거래처 요청에 따라 제품 개발이 수시로 이루어지고 있고 이러한 제품개발은 기존의 메모리 폼에 쿨젤 첨가, 원적외선 Polyol 첨가, 다양한 종류의 Polyol을 배합 등 원료배합 비율을 조절함으로써 개발되는 것으로서 기존에 이미 상용화?사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완 또는 변형하고 약간의 효율성이나 편리함을 더한 정도인바, 이는 특정 거래처의 요구에 맞추기 위한 영업전략에 해당되어 「조세특례제한법」상의 연구?인력개발비 세액공제 대상인 연구활동에 포함된다 할 수 없다.

(나) 청구법인은 우레탄 제품의 특성상 안료나 첨가제의 미세한 변화에도 제품물성(기준 밀도, 경도, 반발탄성, 인장강도, 인열강도, 신장율, 반복압축, 영구압축, 압축지수, 기포경, 연소율)에 커다란 영향이 있으며 제품 자체의 유해성 유무, 타 제품과의 화학적 반응에 따른 유해성 유무 등을 수시로 전문 연구 인력들이 테스트(시험 테스트, 양산제품 테스트)하기 때문에 이는 연구활동에 해당된다고 주장하나, 첨가제의 변화에 따라 생산되는 제품의 물성에 영향이 있는 것은 화학제품의 특성상 당연한 결과이며, 거래처에서 요구하는 물성 기준치에 적합한 제품을 생산하기 위하여 연구소 직원들이 수차례 계속적?반복적으로 원료배합 비율을 조절하는 방법으로 제품 개발을 하고 있어, 이는 「조세특례제한법」에서 정의하는 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이라 볼 수 없다. 또한, 청구법인이 생산하는 우레탄폼과 같은 석유화학제품은 원료?생산품?판매제품 등 제조 전 과정에서 환경?인체 등에 대한 유해성 검사는 필수적인 것으로 청구법인 제품의 제품에만 해당된다 할 수 없고 더욱이 유해성 검사업무는 청구법인에서 실시하지 아니하고 외부 전문 검사기관에 검사의뢰 하고 있는바, 특정 거래처에서 요구하는 제품을 제조하기 위해서는 수차례 테스트와 시행착오를 거쳐 제품을 개발할 수 있지만 그 과정이 ‘연구활동’이 될 수는 없다.

(다) 청구법인의 연구소 직원들이 수행한 신제품개발 및 시험발포 업무는 생산공정과 연구활동이 뚜렷이 구분되지 않고(조심 2015중2163, 2016.10.6. 참조) 연구활동과 관련한 연구조사활동표, 연구원 개별 성과평가 등이 없으며(조심 2015부3732, 2015.11.2. 참조) 기술적 진전 또는 새로운 제품으로 볼 수 없는 개별 고객 수요에 따른 맞춤형 제품 개발에 해당되고(서울고등법원 2018.1.9. 선고 2017누62718, 판결 참조) 기존에 상용화?사업화된 기술 범위 내에서 다소 보완·변형, 특정 소비자의 기호 충족 정도로 획기적인 차별성이 부재(조심 2018중3462, 2019.1.24. 참조)하여 기존 기술 범위 내에서 매출처 요구 기준에 부합한 제품을 생산하기 위한 활동으로 제품 생산?판매와 관련된 일상적인 품질시험 업무이지 「조세특례제한법」에서 규정하는 ‘연구개발활동’에 해당하지 않는다.

(라) 청구법인은 주문자 의뢰 제품관련 업무는 연구소 전체업무의 3% 정도라고 주장하나, 2018년 발포실에서 총 4,005회 발포가 있었고, 3,882회는 양산제품에 대한 발포이며, 시험발포는 123회로 총 103개 품목이고 이 중 96개 품목(93.2%)은 OOO 외 25개 업체로부터 개발요청을 받은 것이며, 자체개발에 의한 시험발포는 6.8%에 불과하다. 또한, 청구법인의 연구소 연구 성과를 살펴보면 2008.3.24. 연구개발 전담부서로 등록, 2017.5.31.에는 기업부설 연구소 인증받았으나, 전담부서 등록이후 조사종결일까지 특허신청 및 등록내역이 없고 청구법인은 자산총액 2조원에 상당하는 BBB㈜에 소속된 계열 법인으로 청구법인의 연구소 소속 직원은 연 1∼2회 모 기업 연구소에서 개최하는 교육 등에 참석하고 있을 뿐이다. OOO학회 누리집OOO 자료에 따르면 OOO학회는 매년 정기적으로 학술발표대회를 개최하고 있는데 CCC㈜ 소속 연구원들이 연구결과를 발표하였으나 청구법인의 발표 자료는 없는 사실로 볼 때 청구법인의 연구소는 연구활동이 객관적으로 나타지 않고 있다.

(2) 미래창조과학부고시(미래창조과학부고시 제2013-94호, 2013.8.14.)에 의하면 연구전담요원이란 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자로 규정되어 있는바,

(가) 청구법인의 연구소 소속 직원은 시험발포 업무 외에 ① 생산 제품에 대한 품질 검사 업무, ② 원재료에 대한 품질 검수 업무, ③ 판매 제품에 대한 품질 보증 업무 등을 추가적 수행하였는데 이는 사실상 품질관리 부서(중소기업 등에서 원재료검수, 제품검수(QC), 제품보증, A/S등을 수행하는 업무부서)의 업무에 해당되어 이를 연구개발과제를 직접 수행하는 것이라고 보기 어렵다.

(나) 청구법인은 기존 양산제품에 대한 품질검사는 연구소 소속 직원이 수행하지 않는다고 주장하나, 청구법인이 작성한 물성시험일지에 따르면 기존 양산 제품에 대한 품질검사도 연구소 소속 직원이 수행하였으며 시험발포로 생산된 제품보다 훨씬 더 많은 양의 품질검사(2018.12.12.∼12.31. 기간동안 총 63회 시험일지를 작성하였고 기존 제품 분 57회, 시험발포 분 6회 실시)를 수행하였다.

(다) 청구법인은 연구소에서 이루어지는 원료검수는 신제품 개발에 적합한 원료의 성분인지 여부를 탐색하고 체크하는 과정이라고 주장하나, 청구법인이 작성한 원료시험성적을 보면, 청구법인은 시험발포에 소요되는 원재료를 별도로 구분하여 구매하지 않고 일괄 구매한 원재료 중 일부를 시험발포에 사용하고 있으며, 제품 생산에 소요되는 모든 원재료에 대한 품질검사를 연구소 소속 직원이 수행하였다.

(라) 청구법인은 판매 제품에 대한 품질 보증업무도 연구과정에 책임을 지는 것으로 당연히 연구활동의 일환이라고 주장하나, 청구법인의 연구소에서 작성된 공문에 따르면 유해물질 포함 여부 등 매출거래처에서 요구하는 다양한 요청 사항에 대한 답변이 주를 이루며, 이는 매출 제품에 대한 사후 서비스(A/S) 또는 SC(고객만족, customer satisfaction)에 해당하는 업무로 연구행정, 연구지원 사무 등 연구관리업무와 관련 없는 일반 영업활동이다.

(마) 청구법인은 상장법인으로 매월 결산을 하고 있고 제품별 원가관리를 위하여 제품별 원료투입명세서, 직접노무비 배분 명세 등 제조원가를 전산으로 관리하고 결산하여 회계에 반영하고 있는바, 2018년 노무비 직접배분 명세서를 보면 기업부설 연구소 직원인 DDD 외 4인은 ‘발포실’ 소속으로 되어 있고 직접노무비로 계상하여 연구인력개발비 세액공제를 받은 사실이 있으며 청구법인의 기업부설연구소는 독립된 기관임에도 내부 개발의뢰 품신서류 등에 연구소 직원이 생산부 소속으로 명시되어 연구소 직원들이 연구업무만을 전담하였다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점연구인력개발비가

「조세특례제한법」제10조

에 따른 연구.인력개발비 세액공제 대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3.제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(2) 조세특례제한법 시행령

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

별표 6(연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용)

1. 연구개발

가. 자체연구개발

1)연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비.

2)전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(

「문화산업진흥 기본법」 제2조

제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

3)전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제22조제1호에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제7조(연구.인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원

특별법」 제18조

제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5."연구개발활동"이란 과학기술 분야 또는 서비스 분야(별표 1의 유흥 등 관련분야는 제외한다)의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

6."연구시설"이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다.

7."연구전담요원"이란 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

8."연구보조원"이란 연구전담요원의 지시에 따라 실험ㆍ검사 및 측정 등 연구보조업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

9."연구관리직원"이란 연구행정, 연구지원 사무 등 연구관리업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 현황은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 1975.9.20. 개업하여 침대 매트리스, 자동차 시트 등에 사용되는 스펀지(연질 폴리우레탄폼)를 제조?판매하고 있고, 지주회사 BBB㈜에 소속된 CCC(주) 그룹(회장 EEE) 계열 법인으로 청구법인의 사업자현황, 법인세 신고내역 및 재무현황은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞ 청구법인의 사업자현황내역

OOO

＜표2＞ 법인세 신고내역 및 재무현황

OOO

(나) 청구법인이 계상한 연구인력개발비 세액공제 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 연구인력개발비 세액공제 내역

OOO

(다) 청구법인 연구소의 연구전담인력 인건비 현황은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 연구전담인력 인건비 현황

OOO

(2) 처분청이 조사과정에서 확인하여 제출한 심리자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2008.3.24. 연구개발 전담부서를 등록하였고 2017.5.31. 기업부설연구소를 인증받았으며 청구법인의 조직도 상 기업부설연구소가 있고 직원 5명이 근무하고 있는바, 직원 현황 및 담당업무는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 연구소 직원 현황 및 담당업무

OOO

(나) 청구법인의 영업 및 제품생산, 연구개발, 시험발포, 신제품개발업무 내용은 다음과 같다.

1) 청구법인은 합성수지 제품(침대 매트리스, 자동차 시트용 스펀지)이 주문되면 POLYOL 등 석유화학제품 원료를 배합한 후 교반과 발포과정을 거쳐 스펀지를 생산?재단하여 매출처에 납품하고 있는바, 그 흐름은 아래와 같다.

＜ 청구법인의 제품생산 과정 ＞

OOO

＜ 제조 공정 ＞

OOO

2) 처분청은 청구법인의 매출거래처에서 기존 납품된 제품에 특정 색상?경도?기능(색상변경, 메모리성 경도하향, 난연제품 변경요청, 유해물질 미검출 제품 등)을 추가하는 제품을 요청하는 경우 영업부는 생산부에 제품개발 의뢰서 발송하고 기존제품에 색상.경도 등 변화가 있는 경우 원료배합 테스트 과정 등을 거친 후 시험발포를 통해 매출처 요구에 부합하는 제품을 생산하는 것을 확인하였는데 그 과정은 아래와 같다.

＜ 영업부의 제품개발 의뢰에 대한 연구소의 제품 개발과정 ＞

OOO

3) 처분청은 청구법인이 2018년 1개년 동안 발포실에서 총 4,005회 발포가 있었고 이 중 3,882회는 양산제품에 대한 발포이며 123회(3.1%)는 시험발포이며, 시험발포는 103개 품목에 대한 시험발포(2018년 청구법인이 시험발포 한 103개의 일부 리스트 제출)로 이 중 97개 품목(94.2%)은 OOO 외 25개 업체로부터 개발요청을 받아 기존 제품의 물성에 특정 색상?경도?기능을 추가하기 위한 시험발포이고, 6개 품목(5.8%)은 자체 시험에 의한 발포인바, 청구법인의 시험발포 및 제품생산 발포현황은 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 시험발포 및 제품생산 발포현황

4) 청구법인은 2018년 동안 총 10건의 신제품 개발 완료 보고가 있었고, 이 중 6건은 자체개발 계획, 4건은 영업부 요청에 의한 제품 개발로 자체개발 계획에 의한 6건은 특정 매출처(납품 예상처)를 겨냥한 맞춤형 제품 생산으로 기존의 메모리 폼에 쿨젤 첨가, 원적외선 Polyol 첨가, 다양한 종류의 Polyol 배합 등 원료배합 비율을 조절하는 방법에 의한 제품 개발로 영업부 요청에 의한 개발과 차이점은 없는 것으로 처분청은 조사한 것으로 나타나는바, 청구법인의 신제품 개발 완료 보고서 목록은 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 신제품 개발 완료 보고서 목록

OOO

(다) 조사청은 청구법인의 연구소 소속 직원들이 시험발포 업무 외에 양산 제품에 대한 품질검사 업무.원료 품질 검수 업무.판매제품 품질보증 업무 등을 수행하고 있는 것으로 확인한바, 그 상세내용은 아래와 같고 이에 대한 증빙으로 청구법인의 물성시험일지를 제출하였고 물성일지는 연구소 직원 AAA가 기안하였고 FFF(과장보), GGG(과장)가 결재한 것으로 나타나며 청구법인의 연구소가 판매제품 품질 보증 업무 등을 수행하였다는 증빙으로 청구법인이 매출처에 보낸 공문을 제출하였다.

OOO

(라) 처분청은 청구법인의 연구소 직원이 동시에 생산부 소속 직원이라는 관련 증빙으로 청구법인의 노무비 직접 배분 명세서와 연구소 직원인 GGG가 작성한 ‘개발의뢰서’ 및 연구소 소속 직원의 업무에 대해서 생산부 임원(공장장 HHH 상무)이 결재한 자료를 아래와 같이 제출하였다.

＜ 청구법인의 노무비 직접 배분 명세서 ＞

OOO

＜ GGG이 작성한 개발의뢰서 및 결재 자료 ＞

OOO

(3) 청구법인에서 제출한 심리자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 우레탄 제품 특성상 그 제조과정에 사소한 변경이 있다고 하더라도 신제품 개발을 위한 연구활동으로 해석하여야 한다는 주장에 대한 근거로, OOO학회장의 의견서를 아래와 같이 제출하였다.

＜ OOO학회 의견서 ＞

OOO

(나) 청구법인은 2018년에 103건의 시험발포를 하였고 영업부에서 의뢰한 것은 22건이나 연구소에서 기존제품의 유무에 따라 기존제품이면 생산부서로 이관하고 신제품이면 연구소에서 연구를 거쳐 시험발포하는데 이 중 자료 3건OOO만이 영업부 의뢰한 시험발포 건이라고 주장하며 ＜표8＞과 같이 ‘영업부 제품개발 협조요청 공문목록’ 및 ‘2018년도 업체별 시험생산 종합’ 자료를 제출(시험발포 103건 : 재료비 합계 OOO원)하였는데 동 자료를 살펴보면 일자, 제품명, 업체명, 재료비가 각각 기재되어 있고 비고란에 영업부 요청은 별도 표시가 되어 있는 것으로 나타나난다.

＜표8＞ 영업부 제품개발 협조요청 공문목록(22건 중 일부내역)

OOO

(다) 청구법인은 연구소에서 원재료에 대한 입고검수를 하지 않는 다는 증빙으로 검수입고서를 제출하였는바, 검수일자는 2018.9.1. 검수자는 III로 III는 연구소 직원이 아닌 것으로 나타난다.

(라) 이 건 심판청구 단계에서 청구법인은 특허신청 및 등록내역 2건을 제출하였고 그 일부 내역은 아래와 같다.

OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 연구소에서 행하는 시험발포과정은 과학적 진전 등이 있는 연구개발로 보기 어렵고, 연구소 직원들은 연구업무 이외에 다른 업무를 겸직하고 있어 쟁점연구인력개발비 세액공제를 부인한 처분이 타당하다는 의견이나, 청구법인은 폴리우레탄폼을 제조.판매하는 사업자로 2008.3.24. 연구개발 전담부서를 등록하고 2017.5.31. 기업부설연구소를 인증받은 점, 청구법인이 생산하는 대부분의 제품은 소재의 고객별, 용도별 변용이 불가피한 석유화학제품에 해당하는 것으로 보이고 동 제품들은 첨가제의 미세한 변화에도 물성에 변화를 초래하여 제품의 양산화에 영향을 미치는 것으로 보이며 이러한 제품을 생산하기 위하여 필수적으로 수반되는 시험발포는 사전에 여러 가지 화학제품을 배합하여 충분한 테스트를 거치는 과정으로 이는 체계적이고 창의적인 활동으로서의 연구개발에 해당하는 것으로 보이는 점, OOO학회에서도 우레탄 제품은 다양한 원료와 첨가제가 사용되어 인체에 영향을 미치므로 이는 단순 생산활동의 연장이 아닌 연구활동으로 보아야 한다고 의견을 제시하고 있는 점, 청구법인이 제출한 2018년도 업체별 시험생산한 리스트를 살펴보면 영업부에서 의뢰하여 시험생산한 건은 103건 중 3건에 불과한 것으로 보이고 동 리스트에 업체명이 기재되어 있으나 연구소에서 자체개발한 신제품을 업체에서 시장성 검토 후 시험생산한 것으로 이는 청구법인의 연구를 토대로 이루어진 것으로 보이는 점, 청구법인은 시험발포 업무 외에 물성시험 및 원재료 품질 검수 업무 품질 보증 업무 등을 수행하고 있으나, 양산제품을 물성시험 하는 것이 아닌 그 전 단계에서 시험제품에 대한 물성시험을 하는 것으로 이는 연구개발과정의 하나로 보이고 청구법인 제출한 원재료 검수보고서 상 검수자는 연구소직원이 아닌 것으로 나타나 원료의 검수는 구매부서에서 전담한다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구법인이 제출한 자료 상 일부 품질 보증 업무도 판매제품에 대하여 유해물질이 포함되지 않았다는 내용 등으로 이는 연구과정 결과에 파생되는 업무로 연구활동의 일환으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구인력개발비에 대한 세액공제를 부인하고 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

다만, 청구법인의 기업부설연구소 소속 AAA가 작성한 문서 등을 살펴보면 일부 양산제품에 대한 품질 검사를 수행한 것으로 나타나고 청구법인도 심판청구단계에서 이를 인정하는 취지로 진술하였는바, 양산제품에 대한 품질 검사 업무까지 연구활동의 일환에 해당한다고 보기 어려우므로 쟁점연구인력개발비 중 AAA의 인건비는 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.