서울행정법원-2016-구합-56905 (2017.07.13)

사 건

2016구합56905 법인세부과처분등취소

원 고

주식회사○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2017. 06. 01.

판 결 선 고

2017. 07. 13.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 00. 00. 원고에게 한 2009 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2010사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2011 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2012 사업연도 법인세 0,000,000,000원의 부과처분 및 2013 사업연도 법인세 0,000,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001년 4월경 지주회사인 주식회사 AAA로부터 분할되어 설립된 법인으로 석유화학사업, 정보소재사업 등을 목적사업으로 하고 있다.

나. 원고 산하의 연구개발(R&D) 조직으로는 선행기술을 연구하는 CCC원(000연구소, 0000소재연구소, 0000연구소)와 선행기술을 바탕으로 제품화, 적용기술 개발 및 고객에게 차별화된 솔루션을 제공하는 TS&D(Technical Service&Development)를 수행하는 BBB가 있는데, CCC원과 BBB는 모두 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2015. 1. 20. 법률 제13007호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법’이라 한다) 소정의 기업부설연구소로 신고하여 인정받았다.

다. 원고는 2010년부터 2013년까지 법인세 신고를 하면서 CCC원장과 BBB장의 인건비 및 BBB 연구원의 인건비와 재료비를 구 조세특례제한법(2014.1. 1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 대상으로 보아 법인세를 공제받았고, 2009년분은 당초 법인세 신고시에는 세액공제 대상에 포함시키지 않았으나 2013년경 경정청구를 하여 해당 세액을 환급받았다.

라. 피고는 2014. 12. 12. 원고에게, BBB의 연구원은 연구활동 외 영업 및 A/S 등 다른 업무를 수행하므로 연구개발업무를 전담한다고 볼 수 없고, BBB장과 CCC원장은 행정, 인사, 총무 등 연구 이외의 업무까지도 모두 총괄하는 기관장이므로 연구개발업무를 전담한다고 볼 수 없다는 이유로, BBB 연구원의 인건비와 재료비 및 BBB장과 CCC원장의 인건비는 모두 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 [별표 6]의 연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용에 해당하지 않는다고 보아 해당 부분의 연구․인력개발비 세액공제를 부인하고 이에 따라 2009 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2010 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2011 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2012 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2013 사업연도 법인세 0,000,000,000원 합계 0,000,000,000원을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2015.00.00. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015.00. 00. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제3호증, 제8, 9호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 구 조세특례제한법은 일정한 요건을 갖춘 기업부설연구소나 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구원의 인건비, 재료비를 법인세 공제 대상으로 규정하고 있는바, BBB는 과학기술진흥협회장으로부터 2001년 00월경 기업부설연구소로 인정받아 엄격한 사후관리를 받고 있는 연구소로서 2014년 00월경 실시된 현장확인에서도 연구개발을 전담하고 있다는 점을 확인받았다. 또한 피고가 영업이나 A/S(고객서비스)에 해당한다고 문제삼고 있는 활동 역시 실질적으로는 신제품 개발의 연장선상에서 이루어지는 것으로서, 불특정 다수의 소비자들에게 판매되는 표준화된 제품이 아니라, 다른 산업재나 소비재 생산의 원재료로 사용되는 중간재를 생산하는 석유화학업종의 특성상, BBB가 개발한 소재와 기술이 고객의 공정에 최적으로 구현되도록 하기 위하여는 고객과의 협업이 필수적이고, 따라서 고객에 대한 기술지원이나 교육 등은 해당 소재 및 기술을 개발한 연구소에서 수행할 수밖에 없는 연구개발활동 본연의 업무이거나 적어도 그에 필수적으로 수반되는 활동이다. 원고는 이와 같은 석유화학제품의 특성을 고려하여 석유화학사업부문의 연구개발조직을 기초소재 및 원천기술을 연구개발하는 ‘석유화학연구소’와 제품 및 응용기술을 연구개발하는‘BBB’로 나누었고, BBB는 순수한 학술적 연구활동뿐 아니라 산업기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 연구활동도 하고 있다. 그럼에도 피고는 석유화학제품의 중간재로서의 특성과 BBB의 업무 내용을 오인하고, ‘전담’이나 ‘연구개발활동’의 의미를 자의적으로 좁게 해석하여 BBB 연구원의 인건비와 재료비에 관한 세액공제를 부인한 잘못이 있다.

2) BBB장과 CCC원장은 각 연구소의 연구전담요원으로 등록되었을 뿐아니라, 각 연구소의 전체 연구개발과제들을 기획, 감독, 검토하는 업무를 맡고 있는 바, 이는 연구개발 업무 그 자체이거나 적어도 연구전담요원의 연구개발을 직접적으로 지원하는 업무에 해당하므로, 이들의 인건비 역시 연구개발 세액공제 대상에 포함되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 0000사업 부문에 2개의 연구개발조직을 두고 있는데, 하나는 기초소재 및 원천기술을 연구하는 ‘석유화학연구소’이고, 다른 하나는 기초소재를 고객에게 판매 가능한 형태의 제품으로 만들고 응용기술을 연구하는 BBB이다. BBB의 2013. 00. 00. 기준 직원 수는 00명으로서, 연구보조원 00명, 관리직원 00명, 연구전담요원 00명으로 분류되고 있는데, 그 중 박사학위 소지자는 15명, 석사학위 소지자는 00명, 학사학위 소지자는 00명이다. BBB는 2009년부터 2013년까지 4년 동안 00건의 특허를 출원하여 그 중 00건의 특허등록을 마쳤고, 국책연구과제 00건을 수행하였다.

2) BBB 소속 연구원들의 업무로는 ① S00-00(소재․신제품 개발 업무 및 개발된 제품을 고객의 공정에 적합하도록 제품의 물성을 충족시키고 개선하는 업무), ② C&C(C00&C00, 고객의 불만에 대한 원인분석 및 해결책을 도출하는 업무로서 필요시 소재․제품 개발로 나아감), ③ S00(고객의 수요를 파악하고 원고의 제품개발 및 고객의 공정을 개선하는 업무)이 있다.

BBB 소속 연구원들은 ① S00-00 업무를 수행함에 있어 고객의 요구사항에 따른 맞춤형서비스를 제공하기 위하여 영업부서 직원과 함께 출장상담을 다녔고, 고객이 원하는 신제품을 개발하여 양산까지 긴밀히 협조하는 작업을 하였으며, ②C&C 업무를 수행함에 있어서는 고객의 불만이나 불편사항을 처리하고, 고객의 요구에 따라 기존제품의 품질을 개선하여 제안하거나 심도 깊은 연구가 필요한 경우 이를 연구과제로 삼기도 하였으며, ③ 고객으로부터 의뢰받아 수행한 S000 과제 가운데는 부품의 플라스틱화를 통한 원가절감, 친환경 제품 제공을 통한 인지도 및 경쟁력 강화, 공동마케팅 및 품질개선을 통한 고객 사업확대 지원, 고객 성장․시장개척 지원 등 신제품이나 신기술의 연구개발과는 무관하게 고객의 개별영업을 위한 것들도 다수 포함되어 있다.

3) BBB의 연구원들은 원고 소속 사업부의 영업팀 및 고객에게도 교육서비스를 제공하고 있는데, 영업팀 직원들을 상대로 한 ‘Sales Tech S000’ 과정은 영업팀 직원의 제품지식 함양 및 고객대응능력 향상을 위하여 교육서비스를 제공하는 것이고, 고객을 상대로 한 교육제공은 제품사용과정에서의 불만을 줄이고, 고객의 매출증가에 도움을 주기 위하여 사전 또는 사후에 기술교육을 제공하기 위한 것이다. BBB 연구원들의 이러한 활동은 매출 실적에 포함되어 성과평가에 반영되고, 그밖에도 영업이익, 신제품 시장개척, 기존제품 시장확대, 프리미엄 제품 매출확대, 고객외부만족도 등의 항목을 평가 기준으로 한다. 2013년 조직 성과평가서에 의하면, BBB의 특성지표는 ‘Global Top Tier 고객 확보, 신용도 및 신규고객 개척, 기존시장 확대 및 유지’ 등을 주요기준으로 하고 있어 ‘신제품 매출액, 주요 프로젝트 성과창출, 특허확보’ 등을 주요기준으로 하는 석유화학연구소와 차이가 있다.

4) BBB의 2013년 기준 경비 지출내역은 인건비(61.36%), 연구 경비(22.78%), 운영경비(15.86%)로 구성되는데, BBB의 연구원들은 외부출장이나 외부통화가 많기 때문에 위 운영경비의 1/3 이상을 차지하는 5.87% 상당 금액(1,913,054,000원)은 출장비 등 여비․교통비로 사용되었고, 1.12% 상당 금액(364,232,000원)은 통신비로 사용되었다. 또한 BBB의 2009년부터 2013년까지의 교제비 지출액 합계 614,943,000원 가운데 5% 상당인 32,559,000원(2009년 9,814,000원, 2010년 8,289,000원, 2011년 6,714,000원, 2012년 5,389,000원, 2013년 2,353,000원)은 고객방문(식사, 선물등) 비용으로 지출되었다. 그 외에도 ‘정보수집을 위한 접대, 경쟁력 강화를 위한 관계 개선, 업무개선을 위한 교류시 접대, 기업PR 관련 업무 협의 접대, 매출증진을 위한 거래선 접대, 신규 거래선 확보를 위한 접대‘등 명목으로 BBB의 교제비가 지출되었다.

5) 원고가 제작한 BBB 소개자료(을 제32호증)에는 “Solution Partner BBB”라는 기치 아래 BBB의 역할은 “고객가치창조”로, 하는 일은 “소재개발(고객 맞춤형 제품), 시장개발(고객 Needs에 부합하는 용도 개발, S00-00 활동을 통한 고객 상품개발 지원), 기술서비스(제품 설계, 고객 경영성과 향상, 고객의 근본적 문제해결 지원), 교육활동(플라스틱 가공과정 전반에 대한 교육, 기술실습교육), 정보제공(Trouble shooting 사례 등), Solution Partner 활동(고객이 원하는 소재/시장 개발, 고객의 고민을 해결하는 기술지원, 고객의 기술력 향상을 위한 교육)”으로 기재되어 있다.

6) 원고는 2009년분 법인세를 신고할 때에는 BBB의 연구개발비 세액공제를 신청하지 않았는데, 당시 작성된 원고의 내부 문서에는 “연구소 인건비용 계산시 BBB는 제외함(연구활동보다는 영업 Ts 성격이 강함)”이라고 기재되어있다. 원고는 2010년부터 BBB에 관하여도 연구개발비 공제를 신청하였는데, 그 무렵 작성된 원고의 내부서류에는 “BBB의 경우 연구활동이 아닌 단순한 A/S활동으로 간주될 여지가 일부 있으므로, 조사시를 대비하여 모든 활동이 연구활동을 위한 준비단계로 인정될 수 있도록 관련서류 보완토록 함”이라고 기재되어 있다.

7) BBB를 소개하는 언론기사로는 “연구원들 역시 스스로를 ‘000 연구원’이 아닌 현장을 누비는 ‘00니컬 000’라고 부른다", "연구개발(R&D)과 영업의 중간자", ”한해 센터가 수행하는 대고객 서비스 사례는 320여건에 달한다. 연구원당 연간 2건의 토털 솔루션 서비스 제공이 목표다“ 등의 내용이 보도되었다.

8) 원고에 대하여 2014년경 실시된 세무조사 과정에서 BBB의 직원들은, ‘BBB는 영업 목표를 달성할 수 있도록 기술지원을 하는 기관으로서, 고객사의 제품을 양산단계까지 기술지원하고, 그 후 문제가 생기면 문제해결을 해주는 Before Service, After Service가 BBB의 존재목적이며, 고객들은 영업적 내용과 기술적 내용을 모두 궁금해 하는 경우가 많아 BBB의 연구원이 영업팀 직원과 함께 출장을 가서 가격협상과 기술설명을 동시에 진행하는 경우가 자주 있다’는 취지로 진술하였다.

9) BBB장의 주요 업무로는 ① 연구개발 과제 선정 공유회(연 4회), ② 중장기 계획 검토(연 1회), ③ 과제 검토(연 2회), ④ 연구개발 결과 공유회(연 2회), ⑤ 성과관리(수시)가 있고, CCC원장의 주요 업무로는 ① 연구개발 전략회의(연 1회), ② 중장기 계획 검토(연 1회), ③ 과제 검토-전체 과제 관리(연 2회), 전략 과제관리(8개 프로그램, 연 31회), 상시 과제 검토를 통한 방향 협의, ④ 조직목표합의 반영 및 점검(연 4회)이 있다. BBB장과 CCC원장은 연구전담요원으로 등록되어 있고, 2009년부터 2013년까지 신청인이 인건비 공제를 신청한 내역은 다음과 같다.

BBB장 인건비 (원) CCC원장 인건비 (원)

2009년 593,996,490 1,070,405,130

2010년 373,149,369 613,292,192

2011년 339,356,215 0

2012년 831,824,695 1,275,737,730

2013년 354,414,132 0

합계 2,492,740,901 2,959,435,052

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제7호증, 제9호증 내지 제18호증, 제23호증 내지 제25호증, 제54호증 내지 제73호증, 을 제2호증 내지 제10호증, 제28호증 내지 제40호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 DDD의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 먼저, BBB 연구원들이 수행하는 업무가 구 조세특례제한법 제9조 제5항 전단의 “연구개발” 개념에 포섭되는지 여부에 관하여 본다.

가) 구 조세특례제한법 제9조 제5항은 “연구개발”은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고, 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항은 제1항의 연구개발에는 ① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동이 포함되지 않는다고 규정하고 있다. 한편 구 기초연구법 시행령(2013. 12. 24. 대통령령 제25016호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제5호는 "연구개발활동"이란 과학기술 분야 또는 특정지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다고 규정하고 있다.

나) 위 관계　 법령의 규정내용에 비추어 보면 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하고 있는 “연구개발”이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’,‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창의적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다. 이 때 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 그것이 기존에 이미 상용화․사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였다거나, 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것으로는 부족하고, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 할 것이다.

그런데 앞서 인정한 사실들을 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, BBB 연구원들이 수행한 S00-00, C&C(C000&C000), S000 제공업무 중의 상당부분은 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하는 “연구개발”의 범위에 포함된다고 볼 수 없다.

① BBB 연구원들의 S00-00 업무는 고객과의 상담을 통해 고객이 보유한 기계의 특수성이나 고객이 원하는 특징을 반영하여 기존의 기술이나 제품을 다소 변형․보완한 기술이나 제품을 제공함으로써 구매를 촉진하기 위한 활동이다. 이러한개별 고객의 수요에 따른 맞춤형 제품의 연구․생산은 기술적 진전 혹은 새로운 제품의 개발이라고 보기 어렵다.

② C&C활동의 경우 기본적으로 제품의 고장이나 불량 등으로 인한 불만사항을 해결한다는 점에서는 통상의 A/S업무와 크게 다를 것이 없다. 다만 객관적인 고장으로 인한 수리 뿐 아니라 고객의 주관적인 불편감이나 불만사항까지도 상담하여 해결하여 주고, 깊이 있는 연구가 필요한 경우에는 자체적인 연구활동으로까지도 연결될 수 있다는 점에서 차이가 있으나, 고객의 불만해결이 항상 연구활동이나 새로운 소재․제품의 개발로 연결되는 것이 아니고 오히려 그와 같은 경우가 특별한 경우인 것으로 보이므로, C&C활동 역시 통상적으로 연구개발의 범주에 포함된다고 할 수 없다. 또한 원고가 수행한 S000 과제 중 ‘부품의 플라스틱화를 통한 원가절감’,‘친환경 제품 제공을 통한 인지도 및 경쟁력 강화’, ‘공동마케팅 및 품질개선을 통한 고객 사업확대 지원’, ‘고객 성장․시장개척 지원’ 등은 개별고객의 영업활동에 도움을 주기 위한 목적을 가질 뿐 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동이라고 보기 어렵다.

③ BBB의 연구원이 영업사원과 함께 고객을 방문하여 고객에게 제품설명 및 교육을 제공하는 업무나 내부적으로 원고의 영업사원들을 교육하는 업무는 그 자체로 연구개발활동으로 볼 수 없고, 전문가가 계약체결 전 단계에서부터 고객과 접촉하여 전문적인 내용을 설명․협상하고 고객의 수요를 파악함으로써 신규거래의 개시나 기존고객과의 거래확대를 목적으로 한 영업활동을 지원하는 행위는 고도의 영업전략으로 평가되기도 하는바, 이는 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항의 시장조사 및 판촉활동이나 반복적인 정보수집 활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사․분석하는 활동에 해당할 여지도 있다. BBB의 운영경비는 전체 경비지출의 15.86%를 차지하고, 그 중에서도 BBB 연구원들의 출장비, 통신비, 교제비 등의 합계가 전체 경비지출의 약 7%에 이르는바, 앞서 본 바와 같이 연구개발활동으로 보기 어려운 고객과의 만남이나 전화상담이 BBB 연구원들의 업무 중 중요한 부분을 차지하고 있다.

④ BBB는 조직의 성과를 평가하는 기준으로 원고 산하의 다른 기업부설연구소에 속하는 석유화학연구소와 달리 연구성과창출, 특허확보 등이 아닌 고객확보, 신규시장 개척, 기존시장 확대 및 유지 등을 들고 있고, 자체적으로 제작한 BBB 소개자료에도 객관적인 기술의 진전을 위한 창의적인 활동을 목적으로 하는 것이 아니라 개별고객으로부터 의뢰받은 기술이나 제품의 개발 및 연구에 주안점을 두고 고객의 수요를 만족시키는 것이 목적임을 분명히 하고 있다. 이처럼 BBB가 연구 활동과 영업을 접목시킨 기관으로서 그 소속 연구원이 수행하는 업무 역시 마찬가지의 성격을 갖는다는 점은 대내외적으로 이미 널리 인식되어 있었다.

⑤ 과학기술진흥협회장이 구 기초연구법에 기초하여 2014년 4월경 실시한 BBB 현지확인결과, 소속 연구원의 ‘연구개발활동 수행내역 확인’ 및 ‘연구원의 연구개발 전담여부’ 항목에서 ‘이상없음’ 평가를 받았다고 하더라도, 그 결과에 법원이 기속되는 것은 아니고, 현지확인은 주로 BBB가 제시하는 자료에 기초하여 단시간 내에 이루어지는 것이므로 물적시설이나 인적구성 등 형식적 요건에 주안점을 두었을 것이며, ‘연구개발’이나 ‘전담여부’의 판단을 위한 관계법령의 해석에 다소 어려움이 있을 수 있기 때문으로 보인다.

⑥ 다만 원고의 주장과 같이 BBB의 연구원이 고객을 만나 상담하고, 고객의 요구사항을 반영한 제품을 만드는 과정에서 얻은 아이디어를 계기로 하여, 특정 고객의 수요를 충족시킬 뿐 아니라 객관적으로 과학적 또는 기술적 진전으로 평가될 만한 창의적인 연구개발활동을 수행할 가능성이 있는 것은 사실이고, 그 동안 BBB가 출원․등록한 다수의 특허 및 신제품을 개발을 수반한 s000의 제공 등이 그 대표적인 사례에 해당한다. 이러한 경우 연구원들이 수행한 해당 연구업무는 연구개발의 범위에 포함될 수 있을 것이다.

2) 다음으로, 1)항에서 본 바와 같이 BBB 연구원들이 연구개발 업무뿐만아니라 그 외의 업무까지 병행하여 수행한 경우 그 인건비 및 BBB의 재료비가 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 법인세 공제대상에 해당하는지 여부에 관하여 본다.

가) 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 그 각 호에서 정한 금액을 해당과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 및 [별표 6] 제1호 가목은 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 1)항에서 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 ‘연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ’전담부서등‘이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비‘를, 2)항에서 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비를 열거하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항은 위 ’기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서‘의 하나로 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 규정하고 있으며, 제7조 제3항은 위 ’기획재정부령으로 정하는 자‘란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있다.

그리고 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 전단은 ‘구 기초연구법 제14조 제1항제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다.’고 규정하고, 같은 시행령 제17조 제1항은 ‘제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다'고 규정하고 있다.

나아가 구 기초연구법 시행령 제16조 제1항 전단의 위임을 받아 세부기준을 정한구 기초연구법 시행규칙(2013. 12. 30. 미래창조과학부령 제13호로 일부개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호는 “연구기자재”란 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구, 장치 및 재료로서 연구공간에 위치하는 것을 말한다고 규정하고, 같은 규칙 제3조 제3항은 제1항과 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소의 신고에 필요한 사항은 미래창조과학부장관이 따로 정하여 고시한다고 규정하고 있다. 이에 따라 ‘기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령’(미래창조과학부고시 제2013-94호, 2013. 8. 14., 폐지제정) 제2조 제2항 제1호 내지 제3호는 “연구소․전담부서의 직원”이라 함은 ① 연구전담요원(연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자), ② 연구보조원(연구전담요원의 지시에 따라 실험·검사 및 측정 등의 업무에 종사하는 자로서 연구개발과제의 수행을 보조하는 업무이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자), ③ 연구관리직원(연구소·전담부서 및 영리연구법인에 근무하는 연구전담요원 및 연구보조원을 제외한 자로서 연구행정, 연구지원 사무 등 연구관리업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자)을 말한다고 규정하고 있다.

나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

구 조세특례제한법 제10조에서 규정하고 있는 연구개발비 세액공제 제도는 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 취지가 있으므로, 위 관계 법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제의 대상으로 삼아야 할 것이다.앞서 살핀 관계 법령의 내용을 종합하여 보면, 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원이나 연구보조원으로서 인건비 세액공제 대상이 되기 위해서는 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 이를 보조하는 연구업무에 종사하면서 그 외에 다른 업무를 겸하지 않아야 하고, 재료비 세액공제 대상이 되는 연구기자재란 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 한다.

다) 그런데 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, BBB의 연구원들은 모두 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 본연의 연구업무 이외에도 고객과의 상담 및 고객으로부터 의뢰받은 연구활동과 수리 등 서비스 제공 업무를 상당 부분 겸하고 있으므로,구 조세특례제한법 제10조의 인건비 세액공제 대상이 되지 아니하고, BBB의 연구원들이 사용한 재료 역시 연구전담요원 등이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이라고 볼 수 없어 마찬가지이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① BBB의 업무 가운데 고객과의 상담이나 방문, 단순한 맞춤형 제품개발의뢰나 불만접수, 제품 수리 등의 업무는 구 조세특례제한법 제9조 제5항 등이 규정하고 있는 순수한 연구개발 업무와 분리할 수 있는 것이고, 위와 같은 활동이 원고의 기술발전 및 신제품개발에 간접적으로 도움이 될 수 있다고 하더라도, 그 자체를 연구개발의 범주에 넣을 수 없을뿐더러 그러한 업무를 필연적으로 연구전담요원이 수행하여야 할 필요도 없다. 만일 연구전담요원이 위와 같은 업무를 겸하는 경우까지도 모두 세액공제 대상으로 본다면 연구개발에 직접적으로 지출된 비용만을 법인세액에서 공제하기 위하여 그 세부요건을 엄격히 규정한 구 조세특례제한법의 취지가 몰각되고, 연구개발을 수행하는 연구원이 한 다른 활동에 대응하는 인건비에 관하여도 세액이 공제되는 부당한 결과가 초래된다.

② 원고가 주장하는 것과 같이 일정한 경우에는 고객에게 전담 연구원을 배정하여 해당 고객의 제품 상담에서부터 제품 양산 및 사후 관리까지 유기적으로 담당하게 하는 것이 고객관리나 기술발전의 측면에서 더욱 효과적일 수도 있고, 그러한 판단에 따라 연구활동과 영업활동을 적절히 결합한 방식을 선택하여 사업을 영위하는 것은 원고의 자유이다. 다만 구 조세특례제한법 등 관계법령이 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원 등이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 경우에만 세액공제를 허용하도록 분명히 규정하고 있는 이상 BBB의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였다면 세액공제는 불가능하다.

3) BBB장과 CCC원장의 인건비가 세액공제대상에 해당하는지 여부

앞서 살핀 것과 같이 연구개발비 세액공제 제도의 규정 및 취지에 비추어 볼 때 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 세액공제 대상이 될 수 있고, 연구전담요원이나 연구보조원 모두 연구업무나 연구업무를 직접적으로 지원하는 업무 이외에 다른 업무를 겸하지 아니하여야 인건비 세액공제대상에 해당한다.

그런데 앞서 인정한 사실에 의하면 BBB장과 CCC원장은 각 기관의 연구전담요원으로 등록되어 있기는 하지만 개별 연구과제를 직접 수행하거나 개별 연구과제의 내용에 세세하게 관여하여 실질적으로 연구의 내용을 관리․감독한 것은 아니었고, 연구원들로부터 연구의 주제 및 방향이나 진행상황 등을 보고받고 관리하는 것을 주된 업무로 하였던 것으로 보인다. 나아가 구성원이 수백명에 이르는 단체의 장이라는 지위는 그 본질적인 특성상 그 기관의 본연의 업무 외에도 행정적인 업무등 여러 부수적인 업무들을 수행하게 될 수밖에 없고, 이러한 행정적인 관리 업무는 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항 제1호가 연구개발에서 제외되는 것으로 규정하고 있는 “일반적인 관리 및 지원활동”에 해당할 가능성이 큰 점, BBB장과 CCC원장의 인건비 세액공제 내역은 그 금액이 상당히 클 뿐 아니라, 매년 큰 차이가 있어, 원고의 주장과 같이 매년 동일하게 전체적인 연구과제 관리 정도의 업무만을 하는 대가로 지급되었다고 하기에는 그 금액이나 연도별 차이가 설명되지 아니하고 단순 착오로 인건비 세액공제를 신청하지 않은 해가 있었다는 부분도 쉽게 납득되지는 않는 점, 원고는 BBB장 및 CCC원장의 급여산정 근거에 대하여는 별다른 설명이나 자료를 제출하지 않고 있는 점, BBB장의 경우에는 앞서 살핀 것과 같이 BBB 소속 연구원들이 수행한 연구개발 외 다른 업무에 관한 관리감독 업무 역시 수행하였을 것인 점 등을 종합하여 보면, BBB장 및 CCC원장에게 지급된 인건비가 순수 연구개발활동에 직접 대응하는 것이라는 원고의 주장을 받아들이기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 소결론

따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.