조심 2015중2163 (2016.10.06)

OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 법인세 2009사업연도분 OOO, 2010사업연도분 OOO, 2011사업연도분 OOO, 2012사업연도분 OOO 및 2013사업연도분 OOO의 각 부과처분은 별지 목록 기재 직원들을 제외한 OOO 소속 직원들의 인건비를 연구.인력개발비 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO 코스닥시장에 상장된 회사로, 2007사업연도부터 2012사업연도까지 플라스틱에 항균성, 내열성 등의 추가적인 기능이나 색상이 첨가된 OOO 제품을 제조하는 OOO와 전도성 OOO잉크를 제조하는 OOO에서 발생한 각 연구개발비(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)에 대하여 세액공제 신청을 하여 관련 법인세를 공제받았다.

＜표1＞ 청구법인의 사업부별 세액공제 신청내역

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO까지 청구법인에 대한 법인세 정기조사를 실시하여 OOO는 관련 연구개발이

「조세특례제한법」 제9조

소정의 ‘과학적 또는 기술적 진전’에 해당하지 않는다고 보았고, OOO는 2011.12.31. 폐지된 「기술개발촉진법」에 따라 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 신고하여 기업부설연구소로 인정받지 아니하였다 하여 OOO 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 OOO, 2010사업연도분 OOO, 2011사업연도분 OOO, 2012사업연도분 OOO 및 2013사업연도분 OOO을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO 관련

청구법인은 코스닥상장법인으로 매년 사업보고서를 OOO에 보고하고 있고, OOO 인증을 받아 표준화된 합성수지 연구개발을 수행하고 있으며, OOO, OOO 등 대기업을 제치고 동종 업종 시장점유율 3위에 올라 있다. 또한, 청구법인 OOO의 연구개발업무는 플라스틱OOO 색상구현 등 기초연구개발과 물성·색상개발 등 응용연구개발로 나뉘는데, 매년의 연구개발 실적과 주간·월간 연구개발 진행상황 자료, 그 밖의 보유기술 현황 자료 등이 있다.

처분청은 OOO가 기술개발촉진법령상 기업부설연구소에 해당하지 않는다는 의견이나, 「조세특례제한법 시행령」 [별표 6]에서 연구개발비 공제대상으로 “연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비”를 들고 있고, 이에 따라

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조

제1항에서 “전담부서”란 ‘

「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조

에 따라 인정받은 기업부설연구소’를 규정하고 있다.

이 건에서 OOO의 위탁을 받은 OOO이 이미 관련 법령에 따라 OOO를 기업부설연구소로 인정한 이상, 이 건 과세처분 단계에서 OOO가 기업부설연구소에 해당하는지 여부를 사후적으로 다투는 것은 의미가 없다. 또한, 처분청은 다음과 같이 각 사업연도마다 직원별로 연구전담요원이 아니었다는 취지의 의견을 제시하나, 위 법문상 기업부설연구소에 근무하는 직원이라면 단순 행정사무 담당자를 제외하고는 모두 세액공제 대상에 해당하는바, 처분청의 개별적 인력의 세액공제 여부에 대한 반박은 아래와 같다.

① 생산.조색.품질관리팀 근무자 : 위 법령에 따르면 연구개발활동을 보조하는 자는 세액공제 대상에 해당하고, 처분청이 과세근거로 삼은 총괄현황표에도 이들의 역할이 ‘연구보조’라고 명시되어 있으므로 이들이 생산, 품질관리 등의 업무를 담당하였다는 이유로 세액공제를 부인한 것은 부당하다.

② 연구소장 OOO : OOO가 공장장을 겸직하였다고 하여 연구인력이 아니라고 보기 어렵고, 연구소장의 자격으로 공장장 직함을 부여받은 것에 불과하다.

(2) OOO 관련

청구법인은 OOO를 기존 OOO에 같이 신고하면 문제없다는 OOO 직원의 답변을 듣고 OOO에서의 신고만으로 세액공제를 받을 수 있다고 보아 OOO의 연구인력비를 공제 신청한 것이므로 OOO가 연구개발비 공제대상이 되지 않는다고 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 연구소장으로 일했던 OOO는 “어떤 비율로 섞고, 어떤 회사에서 제조된 소재를 사용할 것인지를 결정하는 노하우 정도의 업무”라고 진술한 사실이 있고, 청구법인에서 생산직으로 일하던 직원이 연구원으로 등록되는 등 연구소만의 고유영역이 명확하지 아니하며, 청구법인은 OOO과 관련하여 특허를 등록한 사실도 없으므로 ISO 인증, OOO 보고 등만으로

「조세특례제한법」 제10조

의 ‘과학적 또는 기술적 진전’에 해당한다고 보기 어렵다.

또한, OOO는 기술개발촉진법령상 연구전담요원 3∼5명 이상을 확보하여야 하는 기준을 충족하지 못하였거나 연구소 조직 자체가 존재하지 않았으므로 연구개발비 세액공제 대상 기업부설연구소에 해당하지 않는다. 설령 OOO를 기업부설연구소로 본다 하더라도 생산.조색.품질관리팀 근무자나 연구소장 OOO의 각 인건비는 연구개발비 공제대상으로 볼 수 없다.

(2) OOO 관련

OOO는 OOO으로부터 인정받지 못한 연구소이므로 동 사업부에서 발생한 연구인력비를 세액공제 대상으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOO의 연구개발비가 세액공제 대상인지 여부

나. 관련 법령 등

(1)

조세특례제한법 제9조

[연구·인력개발준비금의 손금산입] ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 공제한다. (후문 및 각 호 생략)

(2)

조세특례제한법 시행령 제8조

[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.(단서 생략)

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제264호로 개정되기 전의 것) 제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “일반연구개발 전담부서”라 한다)를 말한다.

1.

「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조

에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서

(4) 기술개발촉진법(2011.3.9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.

제7조[특정연구개발사업의 추진 등] ① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(괄호 생략)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(괄호 생략) 및 기업의 연구개발전담부서

(5) 기술개발촉진법 시행령(2009.8.18. 대통령령 제21692호로 개정되기 전의 것) 제15조[특정연구개발사업 참여기관 등의 기준] ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 교육과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1.

「중소기업기본법」 제2조

의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상. 다만, 2009년 7월 1일부터 2011년 6월 30일까지는 3명 이상으로 한다.

제28조[권한의 위탁] ① 법 제16조의 규정에 의하여 교육과학기술부장관 또는 지식경제부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을

「민법」 제32조

및 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 교육과학기술부장관 또는 지식경제부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.

2. 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고의 수리 및 인정에 관한 사무

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO에 OOO 연구소를 기업부설연구소로 신고하여 인정받았다. 연구소 소재지는 청구법인의 OOO 주소로 되어 있고, 청구법인이 연구인력으로 신고한 직원들에는 OOO 소속 직원들이 포함되어 있으며, 동 직원들은 대부분 고분자학과, 화학공학과 등 이공계 전문학사, 학사 및 석사 학위 보유자들이다. 그 밖에 구체적인 신고내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인의 기업부설연구소 신고내역

한편, OOO이 2014년에 OOO의 연구소 면적이 신고내용과 다르다고 하여 연구소 인정을 조건부로 취소하였으나, 청구법인이 서류 보완 후 변경신고하여 취소되지 않았다.

(2) 청구법인은 OOO의 연구개발업무가 기초연구개발과 응용연구개발로 구분된다며 다음과 같은 증빙을 제출하였다.

(가) 청구법인의 사업연도별 기초연구개발 실적 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 사업연도별 기초연구개발 실적 내역

(나) 청구법인은 응용개발 연구사례로서 쇼핑카트의 물성개발(① 첨가재 → ② 합성수지 → ③ 시편제작 → ④ 실험 → ⑤ 물성측정) 및 색상개발(⑥ 안료선정 → ⑦ 합성수지 → ⑧ 혼합 → ⑨ 시편제작 → ⑩ 컬러측정) 체계도OOO를 증빙으로 제출하였다.

(3) 청구법인은 2010년부터 2011년까지 OOO와 OOO 품목의 국내 시장점유율 3～4위를 기록하였다고 하며 아래 ＜표4＞와 같은 자료를 제시하였다.

＜표4＞ 청구법인 제품의 시장점유율

(4) 처분청은 청구법인이 주장하는 연구개발업무가 제품 생산과정의 일부에 불과하다며 OOO 본부장 OOO의 문답서OOO를 제출하였고, 그 주요내용은 아래와 같다.

(5) 우리 원이 OOO실시한 현장확인 결과, 청구법인의 OOO는 사무실 건물, 제1공장, 제2공장 등 3개의 건물로 구분되어 있고, ‘연구소’라는 팻말이 붙어 있는 곳은 사무실 건물 2층에 도면상 적용면적 210㎡인 공간이 있고, 이곳에서는 연구소 직원의 책상 외에 다른 연구설비는 확인되지 아니하였다.

다만, 청구법인은 제1공장 2층의 ‘물성검사실’에서 이루어지는 조색(색상개발)업무가 연구개발 활동에 해당한다고 주장하는바, 물성검사실 내부를 확인한 결과, 검사실 내부에는 계량.제조 등 일반적인 생산시설과는 구분되는 장비가 설치되어 있는 것으로 확인되었다.

(6) 그 밖에 청구법인은 개발.관리 체계도, OOO 전자공시 자료, ERP 연구개발현황 자료 등을, 처분청은 OOO 등 청구법인 소속 직원들의 문답서 등을 각 증빙으로 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 OOO의 쟁점연구개발비가 세액공제 대상인지에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 OOO 내에서 연구개발 활동을 하는지를 살피건대, 동 사업부 연구소는 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받은 후 지금까지 취소된 사실이 없는 점, 청구법인이 세액공제를 신청한 연구소 직원들은 대부분 이공계의 학사, 및 석사 학위를 보유하고 있는 점, 청구법인이 제출한 개발.관리 체계도, 기초연구개발 실적 및 응용연구개발 사례에 따르면 각 연구개발은 현장확인 당시 확인된 생산공정과는 뚜렷이 구분되어 이를 그 공정의 일부에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 OOO에서 연구개발 활동이 행하여지지 않는다고 보기는 어렵다.

(나) 다음으로 OOO 내 연구소가 조세특례제한법령상 연구소에 해당하는지를 살피건대,

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조

제1항 제1호에서 ‘

「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조

에 따라 인정받은 기업부설연구소’를 세액공제 대상인 연구소로 규정하고 있고,

「기술개발촉진법 시행령」 제28조

제1항 제1호에서 기업부설연구소 신고의 수리업무를 OOO에 위탁하였는바, 납세의무자가 세액공제를 신청한 연구소가 기업부설연구소로 인정받은 후 지속적으로 변경신고를 하였음에도 취소된 사실이 없다면, 연구소의 실체가 전혀 확인되지 않는 등 기술개발촉진법령상 연구소 요건을 명백히 충족하지 못하는 점 등이 확인되지 않는 한 일정기간 요건의 충족 여부에 의문이 있다 하여 동 연구소가 조세특례제한법령상 세액공제 대상이 아니라고 하기는 어려울 것이다.

처분청은 조직도상 연구소가 일정기간 존재하지 않았거나 3인 또는 5인 이상의 인력요건을 충족하지 못하여 조세특례제한법령상 연구소로 볼 수 없다는 의견이나, 조직도에 불구하고 실제 연구소가 존재하는지, 사업연도 중 입사한 직원이나 OOO에 이미 신고된 연구원들을 인력에 포함하여야 하는지 등에 대하여 기술개발촉진법령상 해석의 여지가 있어 보이는바, OOO이 기업부설연구소로 인정한 후 수 차례의 변경신고가 수리된 OOO의 연구소를 기업부설연구소가 아니라고 단정하여 세액공제를 부인하기는 어려워 보인다.

(다) 마지막으로 개별 인력의 세액공제 여부를 살피건대, 연구소장 OOO의 인건비를 세액공제 대상이 아니라고 하기는 어려우나, 생산팀, 조색과 및 품질관리과 등에서 근무한 직원들은 세액공제 대상인 ‘연구소에서 근무’(「조세특례제한법」 별표 6 참조)한 것으로 인정하기 어려우므로 별지 목록 기재 직원들의 인건비는 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다 하겠다.

(라) 결론적으로, OOO의 별지 목록 기재 직원들을 제외한 나머지 직원들의 인건비를 연구개발비 세액공제 대상으로 보아 이 건 부과처분의 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(8) 다음으로 OOO의 쟁점연구개발비가 세액공제 대상인지를 살피건대, 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인정서상 연구소 소재지에 OOO의 주소지만 기재되어 있는 등 OOO의 연구소는 OOO으로부터 연구소로 인정받은 사실이 없으므로 쟁점연구개발비 중 해당 비용을 세액공제 대상이 아니라고 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별지]

세액공제 대상에서 제외되는 직원 내역