조심 2017부4566 (2019.06.13)

OOO세무서장이 2017.8.21. 청구법인에게 한 2011～2015사업연도 연구개발비 OOO에 상당하는 연구.인력개발비 세액공제OOO의 경정청구에 대한 거부처분은 2011～2015사업연도 의 연구소 연구전담요원에 대한 인건비를 재조사하여 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구전담요원에 대한 인건비와 연구개발활동에 직접 사용한 재료비 OOO에 대해서는 「조세특례제한법」제10조 에 따른 연구.인력개발비에 대한 세액공제를 적용하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1973.8.3. 외국인 투자기업(OOO주식회사, 지분100% 보유)으로 설립되어 전자부품제조업을 영위하는 법인으로 휴대전화 부품인 연성인쇄회로기판(Flexible Printed Circuit Board), 터치스크린패널(Touch Screen Panel) 등을 개발.생산하여 OOO(이하 “고객사”라 한다)에 판매하는 법인으로 휴대전화 부품 등 각종 전기전자부품의 설계 및 성능향상을 위한 다양한 선행기술을 개발할 목적으로 연구소를 설립하여 2004.11.17. OOO로부터 기업부설연구소(이하 “쟁점연구소”라 한다)로 인정을 받았고, 쟁점연구소에서 시제품을 설계.제작하고 시험하여 납품하는 ＜표1＞의 연구개발 관련 비용(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)에 대하여 2011사업연도부터 2015사업연도까지의 법인세 신고시 「조세특례제한법」제10조 에 따른 연구.인력개발비에 대한 세액공제(이하 “연구.인력개발비 세액공제”라 한다)를 적용하지 않았다. ＜표1＞ 청구법인의 연구개발 관련 비용 (단위 : 원) 나. 청구법인은 2017.6.22. 2011사업연도부터 2015사업연도까지의 쟁점연구개발비 OOO에 대한 연구.인력개발비 세액공제 합계 OOO을 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 2017.8.21. 이를 거부하는 통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 과학기술 분야에 속하는 휴대전화 부품의 시제품을 설계ㆍ제작 및 시험하는 연구개발활동을 수행하고 있으므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당한다. (가) 청구법인은 최신 휴대전화 부품의 시제품을 설계ㆍ제작 및 시험하는 연구개발활동을 수행할 목적으로 쟁점연구소를 설립ㆍ운영 중에 있다. 쟁점연구소는 2004.11.17. OOO로부터 기업부설연구소 인정을 받았고, 매년 연구개발활동조사표를 위 협회에 제출하여 연구개발활동 실적과 연구개발비 사용현황 등을 보고하고 있다. (나) 휴대전화 부품과 같은 과학기술 분야의 시제품을 설계ㆍ제작 및 시험하는 활동은 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(이하 “기초연구법”이라 한다) 시행령」제2조 제5호에 의한 “연구개발활동”에 해당하고, 심판원의 선결정례에서도 연구전담부서에서 수행하는 설계 활동 등은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상임으로 판단한바 있다. (다) 청구법인의 시제품 개발과정은 1) 고객사 납품의뢰, 2) 시제품 설계, 3) 시제품 제작, 4) 시제품 시험, 5) 시제품 납품과정을 거쳐 진행되는데, 쟁점연구소에서는 고객사 검수에 합격할 때까지 2) ～ 4) 과정을 반복해서 수행하고 있다. 1) 고객사의 납품의뢰 : 고객사는 제품사양서에 납품조건 명시 2) 시제품 설계 : 쟁점연구소 PC에 설치된 CAD/CAM 프로그램을 이용하여 도면, 규격, QC공정도 등의 시제품 설계도 작성 3) 시제품 제작 : ②에서 작성한 시제품 설계도를 바탕으로 시제품 제작 4) 시제품 시험 : 쟁점연구소에 있는 각종 검사장비를 이용하여 납품조건 충족 여부를 시험하고, 신뢰성 검사(외관검사, 도금측정, 기능검사 등)가 필요한 시제품을 확정해서 품질관리부에 신뢰성 검사 의뢰 5) 시제품 납품 : 청구법인 자체 시험을 통과한 시제품은 시험결과를 첨부하고, 고객사에 납품(완성된 모든 시제품에 대해서 승인용사양서 작성) (라) 처분청은 청구법인이 고객사가 보내온 제품사양서대로 설계도 작성 작업만 하고 있다고 주장하나, 고객사가 제공하는 제품사양서란 제품스펙을 기재한 도면에 불과하기 때문에 제품사양서만 가지고서는 휴대폰 부품을 생산할 수 없고, 시제품 설계ㆍ제작 및 시험 과정을 반복해서 고객사가 지정한 납품조건(사양, 치수, 위치)에 맞게 최종 설계도면을 완성하는 것이 청구법인을 포함하여 대기업 하청업체가 연구개발에 투입하는 자체기술이다. (마) 청구법인은 시제품 개발과 관련된 특허권 등 모든 지식재산권이 청구법인에게 귀속됨에 따라 약 40여 건에 이르는 특허권, 실용신안권, 디자인권을 보유하고 있다. (바) 특히, 청구법인은 시제품 테스트 설비(항온ㆍ항습 시험기, 열충격 실험기, 염수분무 시험기 등)와 시제품 제작라인(Sample 라인) 등을 갖추고 자체 연구개발을 수행하고 있고, 관련 유권해석에서도 연구전담부서의 통제와 관리 하에 시제품의 연구·개발활동이 이루어지나 시제품 크기 등 제품특성 상 시제품의 제작이 자체 생산부서에서 이루어지는 경우에도 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상으로 보고 있는바, 양산품 제작라인과 분리된 별도의 시제품 제작라인을 갖추고 있는 청구법인의 시제품 재료비는 당연히 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아야 한다. (사) 또한, OOO는 2018.3.7. 청구법인의 활동이 연구개발활동의 범주에 포함된다고 회신한 바 있는데, OOO는 과학기술정보통신부장관의 권한 위탁에 따라 연구개발활동이 없는 기업부설연구소에 대한 인정취소 및 청문 실시 사무 등을 관장하는 단체로서( 「기초연구법 시행령」제27조 제1항), 과학기술정보통신부장관은 수탁기관인 동 협회 회신을 통하여 청구법인의 연구개발활동 사실을 분명하게 확인한 것이다. (2) 청구법인은 시제품 재료비와 양산품 재료비를 명확하게 구분하여 관리하고 있으므로 해당 비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상으로 봄이 타당하다. (가) 청구법인은 시제품 제작시 사용하는 ‘부품’ 및 ‘원자재’의 경우 반드시 연구소가 발주하며 별도의 품의서를 취득하고 회계상 연구개발비 처리하는 반면, 양산품 제작시 사용하는 ‘부품’ 및 ‘원자재’의 경우에는 조달팀이 품의서 없이 전자 발주하고 회계상 원재료로 처리하고 있으며, 세금계산서도 각각의 경우에 별도로 발급하고 있다. 따라서 ‘부품’ 및 ‘원자재’를 동일한 업체에서 매입하는 경우에도 시제품 재료비와 양산품 재료비는 세금계산서 등에 의하여 명확하게 구분된다. (나) 또한, 감사절차 상 비용항목은 계정과목별로 증빙을 입수하여 계정 분류의 오류가능성을 검토하는데, 연구개발비의 경우 실제로 연구소에서 별도의 품의서로 발주한 것인지 여부를 확인하고 원재료비의 경우 조달팀에서 전자 발주한 것인지 여부를 확인한다. 청구법인의 경우 연구개발비 및 원재료비의 계정 분류상 오류가 없어 외부감사 결과 회사설립부터 지금까지 매년 적정의견으로 감사의견이 표명되었다. (다) 한편, 처분청은 청구법인이 제출한 샘플의뢰서 및 견적서에 기재된 ‘시제품’ 품번 등을 문제 삼고 있으나, 처분청이 제시한 품번OOO은 ‘시제품’ 품번일 뿐, ‘부품’ 품번이나 ‘원자재’ 품번이 아니다. 청구법인이 시제품 제작시 사용하는 ‘부품’ 및 ‘원자재’는 품번이 아닌 품명과 규격으로 구입ㆍ지출하기 때문에 시제품 재료비와 양산품 재료비가 구분되지 않는다는 주장은 옳지 않다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점연구개발비는 자체기술이 투입되었다고 보기 어렵고, 개발활동에 포함되지 아니하는 단순 판매 목적으로 시제품을 제작하기 위하여 투입된 비용에 해당하므로 연구.인력개발비 세액공제 적용 대상이 아니다. (가) 청구법인은 고객사로부터 납품요청을 받으면 선행개발기술을 적용하여 설계도를 작성하는 것으로 주장하나, 실제 제품사양서를 보면 사양서 자체가 설계도면으로 볼 수 있을 정도로 구체적으로 작성되어 있어 이 과정에서 청구법인이 어떤 기술을 투입하였는지가 확인되지 않는다. (나) 시제품 설계 및 제작시 기준이 되는 FPCB 설계표준화 체크리스트 또한 고객사에서 제공하는 것으로 체크항목이나 판정기준에 사양, 치수, 위치 등이 상세히 기재되어 있고 고객사의 허락 없이는 수치를 절대 변경하지도 못하는 등 청구법인은 제품사양서에 맞게 설계도를 작성한 것에 불과하다. (다) 경정청구시 쟁점연구소 내에서 모든 연구개발활동이 이루어진다고 명시하였으나 관련 현장확인시 PC외의 실험 또는 연구개발이 가능한 기계장치는 확인되지 않았고, 당시 쟁점연구소에서 근무하는 직원은 고객사가 보내온 사양서대로 제품생산을 위한 설계도 작성 작업만 하고 있다고 진술하였다. (라) 사양서, 시험DATA, IDEA, 사용방법, 부품 등 고객사에서 제시한 정보에 의하여 등록된 특허권은 청구법인 고유 자체기술에 해당하지 아니하므로 쟁점연구개발비는 연구.인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다. 또한 기본계약서에서는 특허권이 고객사와의 약정대로 청구법인에게 귀속되는 것을 확인할 수 있으나, 이에 대한 중요증빙자료인 약정서를 현재까지 제출하고 있지 않아 이를 판단할 수 없다. (마) 청구법인이 주장하는 기획재정부 예규(조세특례제도과-177 , 2017.2.9.)를 보면 “납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유.사용시에만 해당된다 할 것이므로 청구법인은 이와 동일한 사안이 아니다.”라고 해석하고 있다. (바) 청구법인이 자체고유기술에 대한 증빙으로 제시하는 기술자료 제공 승낙서는 2011.7.4. 작성된 기본계약서 제48조(기술자료의 제공 등)의 규정에 따라 생산관리, 품질보증 등의 목적을 달성하기 위하여 고객사에게 관련 자료를 제공한 것에 불과하다. (사) 청구법인은 시제품 제작시 불량의 감소 등 생산의 효율을 위해 적시 생산방식을 채택하고, FPCB부품을 KIT상태로 입고된 수량만큼 제조에 투입하여 시제품을 제작하는 점은 개발활동이라기 보다 생산관리활동에 해당하며 청구법인의 품질보증계약서 제8조에서 시제품을 초물(초도품)이라 명시하고, 초도품은 품질의 영향을 미칠수 있는 생산조건의 변경이 적용되는 최초의 제조품을 말한다고 정의한 점도 이를 뒷받침하고 있다. (아) 청구법인이 개발과 관련하여 제출한 자료는 모두 양산화단계의 서류들로 개발활동의 투입이 없고 개발활동보고서로 제출한 승인사용서에 시제품과 관련해서 시행된 신뢰성검사(외관검사, 도금측정, 기능검사 등)는 품질관리부에서 시행되고 있다. (자) OOO는 기업연구소 설립과 운영을 지원하고, 산업기술정책 개발과 선진 기술경영 보급.확산을 목적으로 과학기술통신부장관의 허가를 받아 설립된 민간단체로 기업연구소 설립과 연구원 등의 운영을 관리하고 지원하는 곳이지 기업이 지출한 연구개발비가 연구인력개발비 공제 대상이 되는지 여부에 대한 사실판단을 할 전문성이나 권한이 없는 곳이다. 또한 기업부설연구소의 사후관리 담당 부서인 OOO연구소지원팀에 확인한바, 기술부설연구소와 관련하여 요건이 적합한 곳의 허가를 한 뒤 사후관리로 연구개발활동조사표를 미제출한 자에 대하여 매년 현장확인을 하고 있고 또 3년마다 대상자를 선정하여 별도 현장확인을 하고 있으나, 특허권을 보유하고 있는 경우에는 연구개발이 있었던 것으로 간주해서 현장확인을 하더라도 연구개발활동 관련 사항을 확인하지 않고, 단순히 연구소의 인원요건과 당초 신고된 장소에 연구소가 존재하는지 여부를 확인하는 것으로 청구법인의 연구개발활동 사실을 분명하게 확인하였다는 주장은 사실과 다르다. (2) 청구법인의 경우 시제품 재료비와 양산품 재료비가 명확하게 구분 되지 않아 해당 비용이 시제품 제작과 관련된 비용인지 여부가 불분명하다. (가) 청구법인은 시제품 개발과정과 제품 양산과정이 구분되어 있고 양산화 단계는 연구개발활동 없이 완성품을 공급하는 거래단계라고 한바, 청구법인이 개발활동의 증빙으로 제출한 승인사용서, 양산회의록 등은 제품의 양산화 단계의 서류들로 연구개발활동은 확인되지 않는다. (나) 청구법인은 처분청이 현장확인시 시제품 개발단계와 양산화 생산단계들의 서류 양식이 동일하여 구분방법을 요구하였지만, 청구법인에 대한 현장확인 당시 실무자는 2015년까지는 개발단계와 양산화단계가 별도 구분이 없이 업무처리를 하였고 그 이후 분류해서 작성하고 있다고 진술한 바 있으며, 청구법인이 주장하는 개발단계의 활동보고서는 확인되지 않았다. (다) 청구법인은 시제품 재료비는 확정된 “품번”이 없기 때문에 “품번”이 아닌 “품명과 규격”을 이용하여 개발비로 회계 처리 한다고 주장하지만, 실제로는 품번과 품명을 동일하게 사용하고 있다. (라) 청구법인은 승인용 사용서가 시제품 개발과정을 전부 기록한 양산화 단계 전의 서류이고, “품번”이 계속 바뀌기 때문에 개발 완료 후에 “품번”이 확정된다고 주장하지만, 승인사용서 및 청구법인이 제출한 자료에서 양산화 단계의 품번과 동일한 품번이 개발비의 재료비 품목에서 확인되고 있다. (마) 청구법인은 명확히 구분된다는 주장만 할 뿐 구분의 기준과 구분방법에 대해서는 명시하지 않고 청구법인이 제출한 서류상에도 품번이 변경된 이력은 확인되지 않는다. (바) 2017.12.20. 제출자료에는 시제품 개발이 완료되어 승인용 사양서가 승인된 후 제품 품번이 생성된다고 진술하였으나, 2018.3.9. 제출된 추가자료에서는 고객사가 시제품 개발 시제품 품번을 확정한다고 하는 등 청구주장의 일관성이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점연구개발비가 연구.인력개발비 세액공제 대상인지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(법률 제13560호, 2015.12.15. 일부개정된 것) 제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10 3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제26959호, 2016.2.5. 일부개정된 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 ② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다. 1. 일반적인 관리 및 지원활동 2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험 3. 반복적인 정보수집 활동 4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동 5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무 6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동 7. 위탁받아 수행하는 연구활동 [별표6] 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ①영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」 제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다. 1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 2. 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서 (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다. 제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다. 3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항 (5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다. 1. 법 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것 4. 과학기술정보통신부장관이 정하는 바에 따라 매년 기업부설연구소등의 연구개발활동 실적 등을 과학기술정보통신부장관에게 제출할 것 제27조(권한의 위탁) ① 법 제20조에 따라 과학기술정보통신부장관은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 「민법」 제32조 및 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 과학기술정보통신부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다. 1. 법 제14조의2 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소등 인정 신청의 수리 및 인정에 관한 사무 2. 법 제14조의2 제3항에 따른 기업부설연구소등의 변경신고의 수리에 관한 사무 5. 제17조제1항 제4호에 따른 기업부설연구소등이 제출하는 연구개발활동 실적 등의 접수에 관한 사무 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 자료를 통하여 다음과 같은 사실을 확인할 수 있다. (가) 청구법인은 쟁점연구소에 대하여 2004.11.17. OOO로부터 기업부설연구소로 인정받은 사실이 제20042218호 기업부설연구소 인정서를 통하여 확인된다.. (나) OOO로부터 발급받은 청구법인의 쟁점연구소 연구인력 현황은 다음과 같이 나타난다. ＜표2＞ 청구법인의 쟁점연구소 연구인력 현황

(다) 청구법인이 제출한 지적재산권 보유현황은 다음＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구법인 지적재산권 보유 현황

(라) 청구법인이 쟁점연구소에서 수행하는 시제품의 설계, 제작 및 시험 활동이 “연구개발활동”의 범위에 포함되는지 여부에 대하여 OOO에 질의하였고, OOO는 2018.3.7. 연구소인정단-253 문서를 통하여 다음과 같이 회신하였다.

(마) 청구법인은 OOO과 관련하여 이는 새로 개발한 시제품이고 고객사 검수에 합격할 때까지 조립성 및 성능개선, 불량개선을 위한 여러 차례의 테스트 및 수정, 보완과정을 진행하고 고객사의 최종승인을 받으면 시제품 개발과정을 전부 기록한 승인사양서를 작성하는 것이기에 승인사양서는 시제품 개발과정을 전부 기록한 개발관련 서류임을 주장하고 있다. (2) 처분청이 제출한 자료를 통하여 다음과 같은 사실을 확인할 수 있다. (가) 처분청이 경정청구 검토를 위하여 2017.7.25. 실시한 현장확인 보고 내용은 다음과 같다.

(나) 처분청은 시제품 재료비와 양산품의 재료비를 명확하게 구분해서 관리하고 있지 않다는 주장의 근거로 다음을 제시하고 있다. 1) 청구법인은 시제품 재료비는 확정된 “품번”이 없기 때문에 “품번”이 아닌 “품명과 규격”을 이용하여 개발비로 회계처리한다고 주장하나, 2011.3.16. 청구법인 직원 발신 메일에는 품명을 품번 OOO으로 동일하게 쓰고 있다. 2) 승인사양서 및 청구법인이 제출한 매상DATA LIST에서 발견되는 품번 OOO과 경정청구 당시 연구개발비명세로 제출한 사업연도별 연구개발용 재료비 명세서의 적요에서 볼수 있는 OOO등 양산화 단계의 물품의 품번과 동일한 품번이 개발비의 재료비 품목에서 확인된다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점연구개발비는 자체기술이 투입되었다고 보기 어렵고 개발활동이 포함되지 않은 단순 판매목적으로 제작하기 위하여 투입된 비용으로 시제품 재료비와 양산품 재료비가 명확하게 구분되지 않아 해당 비용이 연구.인력개발비 세액공제 적용대상이 아니라고 주장하나, 청구법인의 고객사인 OOO가 휴대폰 시장에서 글로벌 기업들과 경쟁하며 시장을 주도.선점하기 위해서는 관련 부품 개발이 필수적으로 선행되어야 하고 이와 관련된 부품을 생산하는 청구법인도 기술개발이 필요하므로 쟁점연구개발비 투자가 발생하였다고 봄이 타당한 점, 청구법인이 연구.인력개발비 세액공제 적용을 주장하는 대상사업연도에 취득한 지적재산권이 총 32개(특허 15개, 실용 9개, 디자인 8개)로 자체적인 쟁점연구개발이 있어 보이는 점, 「기초연구법 시행령」제2조 제5호에서 연구개발활동을 과학기술 분야 등에서 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시제품(試製品)의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정으로 정의하고 있고「조세특례제한법 시행령」별표6에서 연구개발비용에 전담부서 등의 인건비 및 시범제작에 사용되는 비용도 자체 연구개발비에 해당하는 것으로 규정하고 있으며 청구법인도 이러한 요건을 충족하는 점, 청구법인의 쟁점연구소는 실제로 2004.11.17. 기업부설연구소로 인정받았고 세액공제대상 기간 동안 매년 전담 연구인력이 근무한 것으로 확인되는 점, 처분청 내부의 현지확인 보고서에서 신뢰성 검사와 관련된 기계장치는 개발팀 외부복도에 설치되어 있었다고 확인하고 있는 점, 제품생산을 외주 가공하지 않는 한 청구법인이 직접 시제품을 제작하여 이를 고객사에게 납품하였을 것이고 청구법인이 시제품제작설비는 양산라인에 별도로 설치되어 있다고 주장하며 자료를 제시하고 있는 점, 휴대폰 부품 개발을 위해서는 고객사인 OOO가 제시한 사양을 충족하여야 하고 기술적으로 불가능할 경우 상호협의 하에 대안을 찾아 이를 변경하고 다른 부품과의 조율 등을 위해 청구법인과 고객사 제품개발 담당자간에는 장기간의 빈번한 의사소통이 필요할 것으로 예상되는 점, 최종적으로 고객사의 사양을 통과한 결과물대로 생산한다 하여 이를 청구법인이 자체기술을 투입하지 아니하고 단순히 고객사가 제시하는 사양서대로 설계도만을 작성한 후 생산만 하였다고 보기 어려우며 이를 들어 고객사에서 제시한 정보대로 등록된 특허권을 청구법인 고유자체기술에 해당하지 않는다고 하기 어려운 점, 「조세특례제한법」제10조 연구.인력개발비에 대한 세액공제에서는 일반연구개발비와 신성장동력.원천기술연구개발비의 구분경리만을 규정하고 있을 뿐, 연구개발비와 여타 비용에 대해서는 구분경리 수준의 엄격한 구분을 규정하고 있지 않는 점, 청구법인이 제시한 증빙상 시제품생산에 관련 재료비가 발생한 사실이 객관적으로 나타나고 있는 점 등에 비추어 쟁점연구개발비에 대한 세액공제 자체를 부인하기는 어렵다 할 것이다. 다만, 실제로 연구개발비의 발생여부 및 전담 여부를 문제 삼고 있는 선결정례(조심 2016서3201, 2016.10.28. 결정례 및 조심 2015중2163, 2016.10.6. 결정례 참조)와 청구법인이 산정한 연구.인력개발비중 전담연구원 인건비로 보이지 않는 인건비(구매파트 근무 및 베트남 법인 파견 근무자의 인건비)가 포함된 것으로 보여지므로 세액공제대상 인건비를 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 연구.인력개발비 세액공제를 적용하는 것이 타당한 것으로 판단되고, 청구법인이 계상한 재료비OOO는 객관적.구체적 증빙 없이 단순히 양산품과의 구분이 불분명하다는 이유를 들어 이에 대한 연구.인력개발비 세액공제를 적용을 배척하기 어려워 보이므로 이를 배제하는 것으로 하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.