조심 2019중4519 (2021.02.09)

OOO세무서장이 2019.8.14. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO원(2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원)의 각 부과처분은 김OOO가 청구법인의 경영 및 업무에 실제 참여하여 근로를 제공하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1997.1.31. 설립되어 자동차용 모터 및 모터 부분품 제조업을 영위하고 있는 법인사업자이다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.3.6.∼2019.6.23. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, ① 실제 근무하지 않은 김OOO 등에 대한 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 손금불산입하고, ② 청구법인이 매출액과 상계처리한 유상사급 자재 매입액 중 재고자산으로 남아 있는 부분은 상계대상이 아니라고 보아 해당 금액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 매출액으로 환원하여 익금산입하며, ③ 청구법인이 법인세 신고 시 연구·인력개발비 세액공제로 신청하였던 OOO원 중 OOO원을 부인하는 내용으로 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.8.14. 법인세 합계 OOO원(2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원)을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.6. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점인건비는 부당행위계산부인대상이 되지 않는 한 손금에 산입할 수 있다. (가) 김OOO 「법인세법」에서는 비상근 임원에게 보수를 지급하지 말라는 규정은 없으므로 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 인건비는 「법인세법」제52조 (부당행위계산부인)에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 손금에 산입하도록 되어 있다OOO 정관이나 주주총회에서 승인된 보수액 범위 내에서 일정기준에 의하여 경영 및 업무에 참여한 것으로 인정되어 지급된 비상근임원의 급여는 필요경비에 해당된다OOO 김OOO는 청구법인의 창업멤버로서 기안서 작성 및 날인 등 청구법인의 경영 및 업무에 관여하였는바, 만약 그러한 사실이 없었다면 굳이 사주와 가족관계가 없는 자에게 인건비를 지급할 이유가 없다. 김OOO는 OOO기능대학 기계과를 졸업한 후 OOO그룹 모터사업부에 근무하면서 기계 개조와 제작 관련 노하우를 가지고 있는 상태에서 청구법인을 정상궤도(모터케이스 국산화 성공으로 국내사정 90% 독점)에 올리는 등 회사 발전에 크게 기여하였다. 김OOO는 2013.1.22. ㈜OOO 대표이사로 간 이후에도 청구법인의 비상임임원으로 계속 근무하였고, 해당 기간 청구법인의 기계매입 및 제작과 관련하여 기안서 작성, 검토, 날인 및 해외출장업무를 지속적으로 수행하였다(2013년 16건, 2014년 3건, 2015년 6건, 2016년 11건, 2017년 4건, 2018년 5건, 합계 45건). 또한 김OOO가 청구법인의 기계를 구매하면서 계열회사인 OOO의 기계도 함께 구입하였다는 사유만으로는 청구법인에서 지급한 급여를 부인할 수 없다. 김OOO가 받은 쟁점인건비는 조세부담을 부당히 감소시키기 위한 부당행위계산부인대상이 아니다. 정기주주총회 의사록에 의하면, 임원 보수의 승인 건에 상근 및 비상근임원에 대한 보수규정 한도액을 연간 OOO원으로 승인하였고, 김OOO의 인건비는 전국 임원 평균연봉의 7%∼14% 범위에서 지급되었는바, 쟁점인건비를 과다하다고 볼 수 없다. 예규는 동일직위 여부는 법인등기부상 직위 등에 관계없이 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로 판단한다고 해석하고 있다OOO 김OOO는 청구법인 창업 시점인 1998년에 입사하여 20년 가까이 근속하면서 자본금 OOO원의 회사를 매출액 OOO원의 기업으로 성장시킨 공로가 있는 반면, 김OOO의 급여는 3년∼4년밖에 근무한 사실이 없는 대표이사 신OOO 및 이OOO의 급여보다 비슷하거나 1/2에 미달하게 지급된 것이어서 이를 과다하게 지급한 인건비로 보아 부당행위계산 적용대상으로 볼 수도 없다OOO (나) 김OOO 김OOO은 대주주 최OOO와 제수(남동생의 배우자)의 관계에 있는 자로서, 청구법인의 대표이사로 재직하던 남편 최OOO가 2012.11.15. 사망하자 그 업무의 일부를 대신하여 2012년 12월 청구법인의 이사로 취임(등기일 : 2013.6.24.)하였는데, 결재 업무 품의서 및 이사회 의사록에서 확인되는 바와 같이 청구법인의 주요업무에 관여하였다. 김OOO은 2016년 11월 난소암 진단 후 2017년 1월에 수술하여(현재도 항암치료 중) 정상적 출근을 할 수 있는 상황은 아니지만, 그러한 정황만으로 회사의 업무에 관여하지 아니하였다고 볼 수 없다. 설령 조사청의 주장에 백번 양보한다 하더라도 최소한 김OOO이 난소암 수술을 받기 전인 2016년 12월까지 지급된 쟁점인건비는 손금인정되어야 할 것이다. (다) 최OOO 최OOO는 대주주 최OOO의 자녀로서 2011년 9월 청구법인 입사 후 2015.3.31. 등기감사로 취임하여 해당 업무를 보고 있다. 한편, 청구법인은 그룹을 총괄하는 기획센타의 서브에 청구법인의 일계표 및 주간·월간 자료를 등록하고 있는데, 이러한 시설장비에 따라 최OOO는 굳이 회사에 출근할 필요가 없이 그룹 총괄 기획센터의 서브에 접속하여 업무를 할 수 있다. 더구나 청구법인의 감사는 최OOO 1인 뿐으로, 주식회사의 필요적 상설기구로서의 감사 역할을 부인하는 것 자체가 불가능한 상황이다. 「법인세법 시행령」제43조 제3항, 제4항에 의하면 “비상근임원에 지급하는 보수는 법 제52조(부당행위계산부인)에 해당하는 경우를 제외하고는 손금에 산입하되, 지배주주 등(특수관계에 있는 자 포함)인 임원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액을 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 있다. 따라서 대주주와 특수관계에 있는 김OOO과 최OOO에 지급한 쟁점인건비는 동일직위의 특수관계 없는 타인의 인건비와 비교하여 이를 초과하는 부분에 대하여만 손금불산입하여야 할 것이다OOO (2) 청구법인이 매출액과 상계처리한 유상사급 자재매입액 중 기말재고자산 상당액을 매출액으로 환원하여 익금산입하였다면, 대차평균의 원리상 매입액도 손금산입하여야 한다. 조사청은 청구법인이 매출액과 상계처리한 유상사급 자재매입액 중 기말 재고자산으로 남아있는 쟁점금액만큼 매출액을 다시 환원시키는 익금가산조정을 하였다. 그런데, 조사청 의견처럼 과다상계된 ‘매출액’(쟁점금액)을 다시 환원하여야 한다면 과다상계된 ‘매입액’도 역시 환원하여야 하는바, 구입단가와 납품단가가 동일하기 때문에 동액만큼을 추가로 손금산입하여야 한다(즉, 조사청은 익금산입 조정만을 하고 손금산입 조정을 누락함). (3) 기술개발 및 연구개발활동이라 함은 시범제작 및 공업화 중간시험 과정인 상용화하기 전까지를 모두 포함한 개발비를 말하는 것인바, 본금형개발비와 개발금형수정비(이하 “쟁점금형비용”이라 한다)는 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다. (가)「기술성숙도평가 업무지침」제2조 제2호는 ‘기술성숙도’를 해당 기술이 실제로 응용되어 쓰일 수 있기까지 어느 정도 준비가 되었는지를 확인하는 정량적인 수준으로 개발기술의 성숙도라고 규정하고 있는바, 이에 따르면 ‘설계단계’ 뿐만 아니라 ‘개발단계’에 들어가는 재료비도 시제품 비용으로 보아야 한다. OOO 1) 신규모델 경우 : ‘OOO 금형’(사전 문제점 파악, 파기)을 거쳐, ‘OOO’(OOO금형)을 거쳐 개발이 완료됨 2) 신차적용 제품으로 유사모델을 개발한 경험이 있는 경우 : ‘OOO’(OOO금형)을 거쳐, ‘개발금형수정비’(사후 문제점 보완)가 들어가는 형태임 (나) 납품업체가 납품조건을 충족시키는 시제품만을 공급하고 받은 대가는 연구개발비 세액공제 대상에 해당된다. 유권해석OOO에 의하면, 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유·사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구·인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것으로 회신하고 있다OOO 즉, 시제품 대가 여부와 관련이 없이 시제품 개발에 들어간 재료비도 연구개발비에 해당되는 비용으로 보아야 하는 것이다. (다) 조세심판원 결정에 의하면, 양산단계 이전의 개발단계인 금형제작, 금형수정, 시제품이 승인되는 시점까지 투입된 원재료 및 인건비는 연구·인력개발비로 보아야 한다. 조세심판원은 「기초연구법 시행령」제2조 제5호에서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등을 ‘사업화 전까지의 모든 과정’으로 보아 시범제작에 사용하는 비용도 자제 연구개발비에 해당하는 것으로 보았고OOO, 또 다른 결정에서는 연구개발 활동이란 새로운 제품을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말하는 것이고, 제품을 개발하는 과정에서 고객사에 납품할 시제품(견본품)을 제작하는 것은 필수과정에 해당하는 것이라고 하였다OOO (라) 재정경제부 조세지출예산과-OOO, 2006.9.20. 및 서면 2852, 2018.3.12.에 의하면, 납품업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 신규모델 연구개발 관련비용은 자체기술 개발비용에 해당한다. 따라서 모터 하우징 등 자동차 부품을 생산하는 제조기업으로서 청구법인은 기업부설연구소 인정서를 받아 운영하였는데, 부품 공급업체의 특성상 대다수의 연구개발활동이 거래처의 납품의뢰에 따라 수행되었다. 청구법인은 모터 기술의 핵심인 금형에 대한 연구개발로 특허등록을 보유하고 있고, 납품의뢰를 받아 시제품 제작을 위해 금형 1개만 제작하였다. 대량생산하기 위한 양산단계 이전의 개발단계에서 제작된 쟁점금형비용은, 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발을 수행하는 과정에서 발생한 개발단계의 연구개발 관련비용에 해당하므로, ‘일정 대가를 수수하는 경우에도’ 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 김OOO 등은 청구법인에 실질적으로 근로를 제공하거나 경영에 참가한 자가 아니므로 쟁점인건비를 손금불산입한 처분은 정당하다. (가) 김OOO 김OOO는 2013.1.23.부터 사주 최OOO가 100% 지분을 소유하고 있는 ㈜OOO(OOO 소재)의 대표이사를 맡고 있는 자로 확인되고, 청구법인이 실제 김OOO가 근무하였다는 증빙자료로 제출한 품의서 사본을 살펴보면 김OOO는 정식 결재 라인에 있는 자가 아닌 특정 기계를 구입할 때 1, 2회 조언을 하는 자로 나타나는바, 이러한 정황에 비추어 김OOO는 청구법인에 정상적으로 출근하는 상근 임원으로 볼 수 없다. 또한, 청구법인이 제출한 증빙자료에 문서 접수자 ‘박OOO’는 사주 최OOO가 대표이사로 재직하고 있는 ㈜OOO기업의 직원으로 확인되고, 김OOO는 청구법인의 기계 구입에만 관여하는 것이 아닌 사주 최OOO가 거느리고 있는 다른 계열사 기계 구입 업무에 관여하는 자로 확인된다. 청구법인의 2017.3.1.자 직원 급여현황을 정리한 자료를 보면 김OOO의 ‘소속’란에는 ‘관계사 지원’이라고 되어 있는데, 이러한 표시는 김OOO가 청구법인에 실제 근무하는 임원이 아님에도 사주 최OOO의 지시에 의하여 청구법인의 관계사 대표 김OOO에게 급여를 지원한 것으로 보인다. 한편, 청구법인은 품의서 결재내역에 의하면 내부 의사결정이 김OOO의 결재를 득하여 이루어지고 있어 명백히 경영에 참여하고 있음이 입증되고, “상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 「법인세법」제52조 에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 손금에 산입한다”는 규정에 따라 김OOO의 급여는 전액이 손금에 산입되어야 하며, 타 계열사의 기계구입에도 관여하고 있는지의 여부는 본 쟁점과 무관하고, ㈜OOO의 대표이사를 맡고 있기 때문에 급여현황 정리자료에 ‘관계사 지원’이라고 당연한 것을 기재 하였을 뿐 이러한 내용은 김OOO의 손금부인 근거가 될 수 없다고 주장하고 있다. 그러나 ㈜OOO 대표이사 김OOO는 매월 급여를 수령하였음에도 청구법인에서 상근으로 근무하지 않았고, 1년에 기계장치를 구입한 것도 몇 건 되지 않으며, 타 계열사에서는 월급을 받지 않았다. 또한 급여현황 정리자료에서 ㈜OOO의 대표이사로서 청구법인에 업무를 지원하여 기재하였다고 주장하나, 청구법인에 근로를 제공하고 그에 대한 급여를 지급하였다면 그것으로 족할 뿐이고 ‘관계사 지원’으로 기재할 이유가 없다. (나) 김OOO·최OOO 1) 김OOO은 평범한 가정 주부로, 청구법인의 전 대표이사 최OOO(사주 최OOO의 동생)가 2012.11.15. 사망하자 2013.7.4. 사내이사로 등기되었다. 청구법인은 김OOO이 실제 근로한 증빙자료로 결재한 품의서와 이사회 회의록을 제출하였으나, 이는 실제 경영참여나 근무 사실 없이도 얼마든지 사후에 단순히 서명할 수 있는 서류에 불과하다. 조사청은 조사 착수 시 김OOO.최OOO.김OOO가 근무하는 사무실과 자리를 확인하였으나, 당시 그들은 출근하지 않은 것으로 확인되었고 그들이 근무하는 사무실로 안내 받은 장소도 정상적인 근무를 할 수 있는 공간이 아니었다. 김OOO이 지급받은 급여는 사주 최OOO나 대표이사(신OOO, 이OOO)보다 고액으로 확인되는데, 이는 김OOO이 청구법인에 근로를 제공한 대가가 아니라 사주의 동생 최OOO의 갑작스러운 사망에 대한 보상차원에서 지급된 것으로 보인다. 2) 최OOO는 청구법인의 사주 최OOO의 자녀로, OOO에 거주하며 두 자녀(2014년생, 2017년생)를 둔 것으로 확인되고, 청구법인이 증빙으로 제출한 그룹 기획센터의 서브업로드 화면자료는 단순 전산화면 출력물에 불과할 뿐 최OOO가 실제 감사 업무를 수행하였다는 객관적인 증빙자료가 될 수 없다. 청구법인은 조사청이 주식회사의 필요적 상설기관으로서 감사의 역할을 부인한 것 자체가 불가능하다고 주장하나, 조사청은 주식회사의 필요적 상설기관으로서 감사의 역할을 부인한 것이 아니라 실제 상근 감사가 아닌 비상근 감사로 법인등기부등본에 등재만 되어 있으면서 사주의 자녀라는 이유로 매월 급여를 수령한 것을 부인한 것이다. 또한 최OOO는 청구법인에 입사하였다고 주장하는 기간 동안 OOO대학교에서 급여를 수령한 것으로 확인된다. (2) 청구법인은 유상사급 ‘매입액 전액’을 매출액과 상계하는 회계처리를 하였는데, 위 상계금액 중 ‘기말 재고자산으로 남아있는 쟁점금액’을 매출액으로 환원하여 익금산입한 처분은 정당하다. 청구법인은 거래처로부터 유상사급 재료를 공급받으면 그 금액 전액을 매출액에서 상계하는 회계처리를 하였는데, 기중에 매출액과 상계한 회계처리를 연도말에 매출원가에서 차감하였다는 주장은 전혀 상식에 맞지 않는 주장이다. 유상사급 재료에 대하여 원가로 회계처리하지 않은 것에 대하여 기말에 원가를 차감하는 수정분개를 하였다는 것은 전혀 이해할 수 없는 주장이다. 청구법인의 기말 재고자산에는 유상사급 재료뿐만이 아니라 유상사급이 아닌 재료도 혼재되어 있는데, 기말 재고실사를 통한 원가 수정분개는 기중에 유상사급 재료를 매출액과 회계처리한 것과 별개의 회계처리이다. 청구법인은 유상사급에 대한 일반적인 회계처리 방법만 주장할 뿐, 유상사급 재료에 대하여 회계처리한 원장 등 증빙자료는 전혀 제시하지 않고 있다. 또한 청구법인은 세무조사 당시 유상사급 수입금액 과소계상 확인서에 날인한 사실이 있다. (3) 쟁점금형비용은 새로운 제품이나 기술개발을 목적으로 지출된 연구개발비에 해당하지 아니하고, 거래처로부터 제작·납품을 의뢰받아 수익사업에 사용된 점에서 이에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 정당하다. 청구법인이 금형을 제작한 목적은 새로운 자동차 부품(코어나 하우징)을 개발하기 위하여 연구소에서 연구용 기구로 사용할 목적이 아니라 거래처로부터 제작·납품을 의뢰 받아 ‘수익사업’을 위한 것으로 확인되었다. 쟁점금형비용은 과학적·기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없고, 의뢰를 하였던 고객이 해당 금형의 용도를 ‘OOO’과 ‘이미 개발된 금형의 수정비’로 인식하고 대가를 지급한 이상, 의뢰를 받은 청구법인에서도 이를 달리 볼 이유가 없다. 조사청은 청구법인의 또 다른 연구활동인 ‘코어개발’에 대해서는 그 활동이 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동에 해당한다고 판단하여 본 조사에서 세액공제를 인정하였다. 한편, 조사청에서 쟁점금형비용과 달리 ‘OOO’에 대하여 세액공제를 인정한 이유는, 조사과정에서 청구법인이 금형개발 제작과정은 단순히 거래처로부터 설계 도면을 받아 제작하는 것이 아니라 일정 기술개발 과정을 거쳐 제작한다고 주장함에 따라 ‘시험 금형’으로 인정되는 OOO에 대해서만 그 발생비용을 회수함에도 불구하고 보수적으로 세액공제를 인정하여 준 것 뿐이다. 그리고 조사과정에서 청구법인은 코어 금형제작 담당자 등 일부 직원들에 대하여는 세액공제를 받지 않았다고 주장하였고, 이에 조사청은 연구소 직원 전체의 담당 업무를 상세하고 명확하게 구분할 수 없었기에 겸직 직원에 대하여만 세액공제 부인하고, 나머지 직원들 인건비는 보수적으로 세액공제를 인정하였다. 결국 청구법인이 거래처로부터 금형비를 전액 현금으로 회수한 사실이 확인된 이상, 순수 연구·개발활동이 아닌 수익 사업에 사용된 쟁점금형비용에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점인건비를 손금불산입한 처분의 당부 ② 유상사급 매입액 중 기말 재고자산 상당액을 매출액으로 환원하여 익금산입한 처분의 당부 ③ 쟁점금형비용에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제19조[손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 3. 인건비 제43조[상여금 등의 손금불산입] ② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. ④상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다. (3) 조세특례제한법 제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.(단서 생략) 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우 : 100분의 25 (4) 조세특례제한법 시행령 제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.(단서 생략) (별표 6) [연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용]

다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 현황은 다음과 같다. (가) 청구법인은 자동차용 모터 및 그 부분품을 제조하는 중소기업으로서 청구법인이 제조하는 모터 부품은 크게 ‘모터 하우징’(Motor Housing : 모터를 구성하는 4대부품의 하나로 회전자의 회전을 용이하게 하는 핵심부품)과 ‘모터 코어’(Motor Core : 모터에 전기를 공급하면 전기적 에너지를 기계적 에너지로 변환시켜주는 부품), ‘모터 반제품’ 등으로 이루어져 있다. (나) 청구법인의 국내 자동차용 모터 하우징과 모터 코어의 시장점유율은 각각 85%, 50%에 달하는바, 모터 금형 및 관련 기술자동차 기업인 OOO, OOO, OOO, OOO 등 국내외 기업에 납품하고 있다. (2) 이 건 과세처분 내역은 다음과 같다. (가) 쟁점인건비 손금부인 조사청은 김OOO 외 2인이 실제 근무하지 않았다는 사유로 하여 급여 및 4대 보험료를 손금부인하였다. OOO (나) 유상사급자재 관련 상계된 매출액 중 재고부분 익금산입 청구법인은 유상사급 자재매입액을 매출액과 상계처리하였는데, 조사청은 동 상계된 금액 중 재고자산으로 남은 부분만큼은 상계대상이 아니라고 보아(매출액이 과다 상계되었음) 쟁점금액을 ＜표4＞와 같이 익금산입(유보)하였다. OOO (다) 연구·인력개발비 세액공제액 부인 조사청은 청구법인이 2014∼2018사업연도 법인세 신고 시 연구·인력개발비로 세액공제 신청하였던 금액 중 쟁점금형비용을 포함한 일부 금액을「조세특례제한법 시행령」별표 6의 비용항목에 해당하지 아니한다고 보아 공제대상에서 부인하였다. OOO (3) 쟁점①∼③과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 김OOO는 2013.1.23.부터 사주 최OOO가 100% 지분을 소유하고 있는 ㈜OOO의 대표이사를 맡고 있는데, 2014년∼2018년 기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 동안 ㈜OOO와 청구법인으로부터 아래 ＜표6＞과 같이 급여를 수령하였다. OOO (나) 최OOO는 2011년～2016년 기간 동안 OOO대학교에서 아래 ＜표7＞과 같이 급여를 수령하였다. OOO (다) 청구법인은 일부 부재료를 주요 매출처로부터 유상사급 형태로 공급받아 제품을 생산하고 있는데, 매월 유상사급 부재료 매입액 만큼 매출액을 상계하는 회계처리를 하였다. 조사청에서 청구법인이 구입한 유상사급 부재료 매입액 전액이 당해 연도에 모두 매출 되었는지를 확인한 결과, 유상사급 부재료가 2016.12.31.자 OOO원, 2017.12.31.자 OOO원이 재고자산으로 남아 있는 것으로 조사되었고, 동 사실에 대하여는 청구법인과 다툼은 없다. (라) 청구법인은 쟁점과세기간 동안 연구소 직원 인건비와 금형 제작과 관련된 재료비 등에 대하여 경상개발비로 회계처리한 후 연구·인력개발세액공제를 신청하여 세액공제를 받았다. OOO (마) 쟁점금형비용과 관련된 조사청 세무조사 결과는 다음과 같다. 1) 청구법인의 금형 제작 과정은 거래처로부터 금형제작 의뢰와 함께 설계도면이 오면 거래처에 견적서를 제출하고, 외주업체에 각종 금형 부품 생산을 의뢰한 후 최종적으로 청구법인에서 가공·조립하여 거래처에 납품하거나, 거래처 소유로 하여 청구법인이 자동차 부품 생산에 사용한 것으로 확인된다. 2) 위 과정에서 금형 제작에 소요되는 비용은 일정액의 이익을 붙여 거래처로부터 전액 회수하는 것으로 나타난다[조사청 조사 공무원이 청구법인의 주요 금형 매출처인 ㈜OOO, ㈜OOO, ㈜OOO, ㈜OOO 금형담당자에게 유선 및 공문으로 확인한바, 이들 업체들이 청구법인에게 금형비를 지급하는 것으로 조사되었다]. 3) 세무조사 당시 청구법인의 개발영업팀 부장 김OOO은 아래 답변서와 같이 거래처로부터 금형제작과 관련하여 발생하는 대부분의 비용은 회수하는 것으로 진술하였다. OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 손금부분은 납세의무자에게 유리한 것으로 이에 관한 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 납세의무자가 입증하지 않고 있는 손비에 대하여는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증책임이 있는바OOO, 김OOO과 최OOO는 사주 최OOO의 제수 및 자녀로서 각각 청구법인의 이사와 감사로 등재되어 노무의 제공 없이 고액의 급여를 수령한 것으로 보이는 점, 이와 달리 청구법인이 제시하고 있는 심리자료만으로는 그들이 청구법인에 실제 근로를 제공하였다고 객관적으로 인정하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 김OOO과 최OOO에게 지급된 쟁점인건비를 손금부인하여 법인세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 김OOO는 청구법인의 창업 시점에 입사하여 20년 가까이 근속하면서 청구법인의 설립 및 발전에 기여한 바가 있음에도 김OOO에게 지급된 쟁점인건비는 재직기간이 짧은 다른 임원들의 급여보다 오히려 더 적은 것으로 나타나는 점, 김OOO는 재직기간 동안 모터하우징 기계구입과 관련된 회의에 참석하면서 해당 기안서 작성, 검토, 날인 업무를 지속적으로 하였으며 해외출장업무도 수행하는 등 그 경영관여의 범위를 김OOO과 최OOO와는 달리 보아야 할 것인 점 등에 비추어 청구법인에 대한 기여도에 상당하는 적정 인건비를 산정하기 위해 처분청으로 하여금 김OOO가 재직 기간 청구법인의 경영 및 업무에 실제 참여하여 근로를 제공하였는지 여부 및 그 노무제공의 정도를 재조사하게 하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 매출액과 상계처리한 유상사급 자재매입액 중 기말재고자산 상당액을 매출액으로 환원하여 익금산입하였다면 해당 매입액을 그 다음 사업연도의 손금으로 산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 대표자는 세무조사 당시 유상사급 수입금액을 과소계상하였다는 취지의 확인서에 날인한 반면, 유상사급 부재료에 대하여 회계처리한 원장 등 이를 배척할만한 구체적인 증빙자료는 제시하지 않고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금형비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점금형비용에서 일정 이익을 더한 금액을 매출처로부터 전액 회수한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 쟁점과세기간 동안 매출처로부터 위탁받아 수행한 연구개발은 청구법인 자신을 위한 것이 아니라 매출처를 위하여 한 것으로 보이는 점, 조사청은 청구법인의 ‘코어개발’ 연구비용에 대해서는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 지출된 연구개발비에 해당한다고 보아 세액공제를 인정한 점 등에 비추어 이 건 쟁점금형비용은 순수 연구·개발활동이 아니라 청구법인의 수익사업에 사용된 것으로 봄이 타당하므로 동 비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다는 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.