조심 2018중3462 (2019.01.24)

OOO이 2018.3.5. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 2018.5.8. 청구법인에게 한 2013～2015사업연도 법인세 합계 OOO원OOO의 부과처분은 청구법인의 2012～2015사업연도 연구.인력개발비를 재조사하여 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원에 대한 인건비와 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 연구개발활동에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는 재료비 등에 대하여는 「조세특례제한법」제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제] 를 적용받는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 소형카메라모듈 등의 플라스틱사출제품 등 제조업을 영위하는 법인으로, 2012～2015사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」제10조 [연구·인력개발비에 대한 세액공제] 합계 OOO원을 적용받았다. 나. 처분청은 2018.1.24.부터 2018.2.13.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였다는 사유로 청구법인이 적용받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 부인 등을 하여, 청구법인에게 2018.3.5. 2012사업연도 법인세 OOO원, 2018.5.8. 2013～2015사업연도 법인세 합계 OOO원OOO을 각 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.19. 이의신청OOO을 거쳐 2018.7.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 아래와 같은 사유로 부당하다. (1) 처분청은 2016.12.29. 입사한 기업부설연구소장과 다른 부서로 전출된 직원의 문답서 내용 등을 근거로 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하였고, 청구법인의 연구소 전담연구원들이 연구활동에 전념하지 아니하였다고 볼 수 있는 객관적이고 구체적인 과세근거자료가 없으며, 반면 청구법인에게는 청구법인이 일반관리부서의 영업활동과 엄연히 구분되는 연구활동을 실질적.지속적으로 수행한 것으로 볼 수 있는 증거가 충분하므로, 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인한 것은 근거과세의 원칙을 위배한 것이다. (2) 청구법인은 매년 4월말까지 청구법인의 기업부설연구소에서 수행하는 연구개발활동에 대하여 ‘연구개발 활동조사표’를 OOO에게 제출하였고, OOO은 2014.6.17. 청구법인의 기업부설연구소에 대해 인적.물적요건 등 연구소 운영실태에 대한 전반적인 현지확인을 실시하였고, 청구법인 기업부설연구소의 연구개발활동 수행내용 등을 확인하였다는 내용이 포함된 OOO의 현지확인 보고서가 명백히 존재한다. (3) 청구법인은 지속적인 연구개발의 결과로 2014.6.9. OOO 취출분류장치, 카메라 경통 제조용 OOO 및 OOO 자동선별장치 등의 특허를 등록하였고, 청구법인의 기업부설연구소는 심리일 현재도 엄연히 존재하고 있다. (4) 처분청은 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 당초신고내용대로 인정하거나 그 적정 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세액을 경정하여야 한다. 나. 처분청 의견 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 다음과 같은 사유로 정당하다. (1) 처분청의 청구법인에 대한 세무조사 착수당시 청구법인의 본사건물에 게시된 청구법인의 2017.3.10. 현재 조직도와 청구법인의 2011.2012년 직원 근태현황자료 등에 의하면, 청구법인에는 연구전담부서(기업부설연구소)가 없는 것으로 나타난다. (2) 청구법인의 연구.인력개발비는 과학적.기술적 진전을 위한 것이 아닌 거래처의 확정된 도면을 가지고 OOO제품을 양산하기 위한 일반재료비 등의 제조원가에 해당한다. (3) 청구법인의 기업부설연구소장 등과 처분청 세무공무원 간의 문답서에 청구법인의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하고 있다는 내용이 나타난다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. (2) 조세특례제한법 제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ②～④ (생 략) ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 1..2. (생 략) 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.(단서 생략) 가. (생 략) 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우 : 100분의 25 (3) 조세특례제한법 시행령 제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.(단서 생략)

(4) 조세특례제한법 시행규칙 제7조[연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다. 1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 2. (생 략) ② (생 략) ③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다.(단서 생략) 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 주로 거래처로부터 설계도면을 받아 OOO을 제작한 후 소형카메라모듈 등의 플라스틱사출제품 등을 제조하고 있고, 거래처로부터 받은 설계도면을 일부 수정한 후 OOO을 제작하는 경우도 있다. (2) 청구법인은 2012～2015사업연도 법인세 신고시 연구·인력개발비에 대한 세액공제 합계 OOO원을 적용받았고, 각 사업연도별 연구.인력개발비와 세액공제액은 아래 ＜표1＞과 같다. (3) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였다는 사유로 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 부인 등을 하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다. (4) 청구법인의 기업부설연구소가「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항에 따라 OOO의 인정OOO을 받은 기업부설연구소라는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (5) 처분청의 세무공무원이 청구법인에 대한 세무조사 착수당시 청구법인 본사건물에 게시된 것으로 확인한 2017.3.10. 현재 청구법인의 직원현황.조직도(이하 “쟁점조직도등”이라 한다)는 아래 ＜표2＞와 같다. (6) 처분청에서 제출한 청구법인의 2011.2012년 직원 근태현황자료에 기술연구소라는 부서명은 나타나지 아니한다. (7) 청구법인의 기술연구소장인 OOO이 2018.1.25. 처분청 세무공무원과 작성한 문답서(이하 “쟁점①문답서”라 한다)의 일부 내용은 아래와 같다. (8) 청구법인의 OOO팀 과장인 OOO과 처분청 세무공무원 간에 2018.1.25. 작성된 문답서(이하 “쟁점②문답서”라 한다)의 일부 내용은 다음과 같다. (9) 청구법인은 청구법인의 기업부설연구소에서 연구개발이 이루어진다는 근거로 아래의 증빙서류 등을 제출하였다. (가) 청구법인은 특허청장이 증명한 디자인등록증OOO, 실용신안등록증OOO, 특허증OOO, 특허증OOO, 특허증OOO, 특허증OOO 사본 각 1매를 제출하였다. (나) 청구법인은 기술보증기금 이사장이 2016.10.20. 청구법인에게 발급한 벤처기업확인서 사본 1매를 제출하였다. (다) 청구법인은 OOO의 청구법인 기술연구소에 대한 현지확인 보고서(2014.6.17.) 사본 1매를 제출하였다. (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법」제9조 제5항이 규정하고 있는 “연구개발”이란 기존에 이미 상용화·사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였다거나 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것으로는 부족하고 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 할 것이나 청구법인의 연구개발은 거래처로부터 받은 설계도면에 대해 생산OOO에 필요한 수정 등을 하는 것이므로 「조세특례제한법」제9조 제5항이 규정하는 “연구개발”의 범위에 포함된다고 볼 수 없는 점, OOO의 청구법인 기술연구소에 대한 현지확인 결과 연구원의 ‘연구개발활동 수행내역 확인’ 및 ‘연구원의 연구개발 전담여부’ 항목에서 ‘이상없음’ 평가를 받았다고 하더라도 그 결과에 우리 원 또는 법원이 기속되는 것은 아니고 현지확인은 주로 청구법인이 제시하는 자료에 기초하여 단시간 내에 이루어지는 것이므로 물적시설이나 인적구성 등 형식적 요건에 주안점을 두었을 것이며 ‘연구개발’이나 ‘전담여부’의 판단을 위한 관계법령의 해석에 다소 어려움이 있을 수 있기 때문으로 보이는 점, 쟁점조직도등.쟁점①문답서.쟁점②문답서.2012년직원근태현황자료 등의 내용에 의하면 청구법인의 연구원들은 모두 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였던 것으로 볼 수 있으므로 연구.인력개발비 중 인건비는 세액공제 대상이 되지 아니하고 청구법인의 연구원들이 사용한 재료비 등 역시 연구전담요원 등이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이라고 볼 수 없어 마찬가지인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 볼 수 있는 측면이 있으나OOO, 청구법인의 기업부설연구소가「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항에 따라 OOO의 인정OOO을 받은 기업부설연구소이고 청구법인이 처분청은 청구법인이 공제받은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 적정 여부를 재조사하여야 한다고 주장하고 있으므로, 처분청은 청구법인의 연구개발이 「조세특례제한법」제9조 제5항이 규정하는 “연구개발”의 범위에 포함된다고 볼 수 있는지 여부, 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 있었는지 여부 및 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 연구개발활동에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는 재료비 등이 있었는지 여부 등을 재조사하여 청구법인의 연구개발이 「조세특례제한법」제9조 제5항이 규정하는 “연구개발”의 범위에 포함된다면 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원에 대한 인건비와 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 연구소 연구전담요원이 연구개발활동에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는 재료비 등에 대하여는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.