조심2012구2583 (2014.10.02)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 「민법」제32조 와 ‘지식경제부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙’에 따라 설립되어 OOO 등으로부터 받는 국고보조금 등을 주 재원으로 하여 운영되는 비영리법인으로, 청구법인은 부가가치세 신고 시 OOO을 부가가치세 과세사업으로 분류한 후 쟁점사업을 고유목적사업과는 별도로 구분 경리하고 이와 관련한 사업 전부(국고보조금 수입 포함)를 부가가치세 과세사업으로 보아 참여기업으로부터 받는 참가비 등 수입금에 대하여 매출세금계산서를 발행하여 매출세액으로 신고하였으나 부가가치세 과세사업을 위하여 수령한 국고보조금은 「부가가치세법」제13조 제2항 제4호 규정에 의거 과세표준에는 포함시키지 아니하는 한편, 동 국고보조금을 재원으로 쟁점사업과 관련한 금액을 지출하면서 수취한 세금계산서의 매입세액(국고보조금의 지출과 관련된 매입세액 포함, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 모두 매출세액에서 공제하여 2007년 제1기부터 2011년 제2기 예정 부가가치세를 환급신고하였다. 나. 처분청은 이에 대하여 2007년 제1기부터 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 대하여는 서면분석을 통하여 부가가치세를 신고내용대로 환급결정하여 환급하였으나, 2011년 제2기 예정 부가가치세의 환급신고에 대하여는 쟁점사업이 부가가치세가 과세되지 않는 고유목적사업인 비과세사업에 해당한다고 보고, 쟁점사업을 위하여 수취한 국고보조금(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 관련 법령에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외하고 쟁점보조금을 재원으로 쟁점사업을 위한 금액을 지출하고 수취한 매입세금계산서상 매입세액을 부가가치세 과세분에 대한 매입세액과 비과세사업(고유목적사업영역)에 대한 매입세액으로 구분되지 아니하는 공통매입세액으로 보아 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 과세·면세 겸업자에 대한 공통매입세액 안분계산 규정을 유추적용하여 매입세액불공제액을 확정한 후, 이미 환급결정한 2007년 제1기부터 2011년 제1기 과세기간에 대하여 2011.12.8.부터 2011.12.16.까지 현장확인을 추가로 실시하여 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금과 관련된 매입세액 OOO(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 직접적인 불공제대상으로 하고, 과세·면세 수입금액과 국고보조금 등 (비과세 수입)을 합한 금액에서 세금계산서를 발행하여 신고한 부가가치세 과세분 수입금액을 제외한 잔액 전부를 면세사업 관련 수입금액으로 보면서 동 면세수입금액이 전체 수입금액에서 차지하는 비율에 상당하는 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 하여 각 과세기간별 부가가치세를 다시 재경정하면서 이에 따른 가산세 OOO을 가산하여 2012.2.13. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제1기부터 2011년 제2기 예정분 총 OOO을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.30. 이의신청을 거쳐 2012.5.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점보조금 관련 쟁점사업은 모두 과세사업에 해당하므로 국고보조금 지출과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 대상이며, 설령 쟁점사업을 비과세대상 사업이라고 보는 경우에도 국고보조금과 관련된 매입세액을 불공제하기 위해서는 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 규정에 의거 실지귀속에 따라야 하고, 비과세사업 관련 매입세액과 과세사업 관련 매입세액의 구분이 가능하므로, 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산할 것이 아니라 비과세사업 관련 매입세액만을 불공제함이 타당하다. 「부가가치세법」제1조 에 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입에 대하여 부가가치세가 과세되며, ‘재화’라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말하고, ‘용역’이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위로 규정하면서 「부가가치세법」제12조 인 면세규정이 있을 뿐 비과세규정은 없는바, 청구법인의 수익사업은 쟁점사업을 포함하여 모두 부가가치세 과세사업에 해당하므로(국고보조금 수입 등은 과세표준에서 제외될 뿐 비과세나 면세대상이 아니다) 국고보조금 등과 관련된 쟁점매입세액은 모두 메출세액에서 공제함이 타당함에도 쟁점사업과 관련하여 수취한 국고보조금이나 공공보조금이 부가가치세 과세표준에서 제외된다는 이유만으로 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이다. (가) 청구법인은 섬유수출 경쟁국 및 해외 섬유시장에 관한 조사, 연구와 OOO 섬유산지의 생산, 수출구조고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 것을 목적으로 「민법」제32조 와 지식경제부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는「비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에 의거 설립된 사단법인으로서, 정관 제4조에 정한 사업과 정관 제5조에 정한 수익사업을 수행하고 있는바, 정관 제5조에는 제2조의 목적과 제4조의 사업을 수행하는데 소요되는 경비를 충당하기 위하여 필요한 수익사업(부가가치세 과세사업)을 폭넓게 추진할 수 있도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 2002.9.18. 처분청에 사업자등록 신청(사업의 종류: 업태를 서비스, 종목을 수출주선, 전시로) 및 수익사업 개시신고를 하였고, 처분청은 2002.9.25. 세금계산서를 발행할 수 있는 부가가치세 과세사업자등록증을 교부하였으며(그 이전에는 수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등에 교부하는 고유번호증을 사용하고 있다가 사업자등록사항을 변경하였다), 과세사업인 쟁점사업을 추진하는 과정에서 각 참여기업과 기관단체로부터 수익자부담원칙에 따른 참가비를 받고 세금계산서를 발행· 교부하고 있으며, OOO 등으로부터 받은 국고보조금과 공공보조금은 각 사업별로 구분 기장하면서 이에 대한 부가가치세 신고도 정상적으로 하고 단지 국고보조금과 공공보조금은 「부가가치세법」제13조 제2항 제4호 규정에 의거 과세표준에 포함하지 아니한 것으로 하고 있는바, 특히, 청구법인이 추진하고 있는 과세사업 분야는 지역의 침체된 섬유산업 발전 및 활성화를 위하여 추진되고 있는 일반적인 고유목적사업과는 달리 해외바이어나 OOO 상인 등을 직접 연결 시켜주는 중간 상인역할을 담당하면서 수익자로부터 대가를 받고 이익을 창출하여야 하는 사업을 하고 있으며 사업시행 초기에 위험부담이 따르는 새로운 사업의 특성상 국가 및 지방자치단체에서 보조금을 지원하였으나 궁극적으로는 모든 비용을 수익자가 부담하여야 하는 사업의 형태인 점에서 청구법인이 추진하였던 OOO은 청구법인의 고유목적사업과 구분되는 별도의 과세사업영역이었음이 각 사업단위별로 구분 기장하여 예산지원기관단체 등에 보고한 보고문서(결산서) 등에 의하여 명확하게 확인된다. (다) 처분청은 청구법인의 과세전 적부심사청구에 대한 결정서에서 OOO(2008.12.17. 선고 2006구함4501 판결)과 OOO (2011.7.7. 선고 2010누1826 판결)등에서 적시한 ‘국고보조금 등의 수입은 부가가치세가 비과세되는 사업이므로 이에 상응하는 매입세액은 불공제 되어야 한다’는 개념을 인용했는데,「부가가치세법」체계와 근간을 보면, 모든 재화나 용역의 이동과 공급에 대하여 부가가치세를 과세한다는 전제하에서 「부가가치세법」제11조 및 같은 법 제12조와 같은 법 제13조 제2항 제4호 등에서 영세율과 면세, 과세표준에서 제외되는 사항을 규정하고 있으므로, 매출세액을 계산함에 있어서는 동 규정을 따라야 하고(영세율, 면세, 과세표준에서 제외 등 3가지 유형), 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액은「부가가치세법」제17 제2항에서 규정하고 있는바, 제6호에서 규정하고 있는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액’이라 함은 같은 법 제12조인 면세와 관련한 매입세액을 불공제한다는 취지라고 보아야지 같은 법 제11조인 영세율 적용이나 제13조 제2항인 과세표준에 포함하지 아니하는 것과 관련한 매입세액까지도 불공제한다는 것은 아닌 것으로, 부가가치세 과세사업자가 받는 국고보조금과 공공보조금은 과세표준에서 제외함에도 이와 관련한 매입세액은 공제하고 있음을 보더라도 처분청에서 인용한 판례와 과세전적부심의 결정에는 세법 해석 및 적용에 대한 잘못이 있다. (라) 청구법인은 “2002년부터 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 한 사실과 법인의 정관 및 관련자료 등”을 제시한데 대하여 서면조사결과 부가가치세를 환급함이 정당하다는 결론을 내리고 환급해 주었던 것으로, 실제 청구법인이 과세사업으로 구분하여 부가가치세 신고한데 대하여 처분청에서 부가가치세를 환급해주었던 쟁점사업은 고유목적사업인 면세사업부문과는 엄연히 구분되며, 하나의 사업이 과세사업이면 과세사업이고 면세사업이면 면세사업이지 동일한 사업이 그 대금을 받은 상대가 달라진다고 하여 면세사업이 과세사업으로 과세사업이 면세사업으로 변경될 수 없는 것이므로 비과세사업 관련 공급가액은 없는 것이며(OOO 2012.1.20. 선고 2011구합8048 판결, 같은 뜻임), 쟁점사업을 비과세사업이라고 보는 경우에도 국고보조금과 관련된 매입세액을 불공제하기 위해서는 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 규정에 의거 실지귀속에 따라야 하고, 비과세사업 관련 매입세액과 과세사업 관련 매입세액의 구분이 가능하므로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산할 것이 아니라 비과세사업 관련 매입세액만 불공제함이 타당하다. 〈청구법인의 면세사업과 과세사업 구분 이유〉 (2) 처분청에서는 2002년 제2기 부가가치세 과세기간부터 현재까지 청구법인의 부가가치세 신고 및 환급세액을 검토하여 결정함에 있어서 위와 같은 취지로 청구법인의 신고가 적법하다고 판단하였다가 뒤늦게 새로운 세법해석을 소급하여 적용함은 잘못이고, 설령, 처분청의 판단이 정당하다 하더라도 유사한 사례가 2011년도부터 전국적으로 동시다발적으로 발생하고 있는 사실을 보면 청구법인의 당해 사건은 명백히 법령을 위반한 경우에 해당하지 아니하고 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것임이 분명하므로, 장차 새로운 해석을 적용함은 수용할 수 있겠으나 기존의 결정을 번복하여 경정하여서는 아니된다(대법원 2000.8.18. 선고 98두2713 판결, 대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결 등 참조). 또한, 2011.12.31. 개정된 「부가가치세법」제17조 제2항 제6호에 “부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업”을 추가하여 매출세액이 발생하지 않는 비과세사업 관련 매입세액도 면세사업 관련 매입세액과 같이 매출세액에서 공제되지 않음을 명확화하여 2012.1.1. 이후부터 적용하도록 한 사실을 보더라도, 청구법인의 신고는 세법해석 기준의 차이일 뿐 명백한 법령위반은 아니므로 처분청의 처분은 「국세기본법」제15조 인 신의성실의 원칙에 대한 규정 및 같은 법 제18조인 세법해석의 기준, 소급과세의 금지의 규정을 위반한 부당한 처분에 해당한다. (3) 위와 같이 부가가치세 과세사업에 대한 신고와 사업자등록의무를 이행하고 각 과세기간별로 적법하게 부가가치세 신고를 하였고, 처분청에서는 환급신청에 대한 검토 후에 적법한 절차에 의거 조사[처분청은 부가가치세 환급결정에 대하여 “부가가치세 환급신고에 대한 세무조사를 실시하여 환급을 용인한 사실이 없고, 청구법인의 신고에 따라 부가가치세를 환급하였다고 보아진다”고 하였는데, 부가가치세 환급신고에 대하여 서면조사가 이루어졌으며, 서면조사 결과를 보고한 문서(담당자, 주무, 과장, 서장이 의견을 제시하고 의사결정을 한 결재문서, 환급검토표)가 처분청에 보관되어 있으며 그 결과를 청구법인에게 송달해준 환급금결정통지서가 있음]·환급을 하였으며, 또한 기존에 통용되던 해석과는 달리 새로운 해석에 의한 과세이므로 기존의 환급통지 등은 처분청의 공적견해로 볼 수 있고, 이는 청구법인에게 신고 납부의무를 게을리 한 귀책사유를 탓할 수 없는 정당한 사유라고 볼 수 있으므로, 청구법인에게 부과된 가산세는 취소함이 타당하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점사업이 청구법인의 고유목적사업의 일종으로 부가가치세 면세사업이며, 이와 관련한 매입세액은 모두 불공제대상에 해당하므로 쟁점보조금 관련 매입세액 불공제한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 정관 제2조에서 섬유수출경쟁국 및 해외섬유시장에 관한 조사·연구와 OOO 섬유산지의 생산·수출구조 고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥할 목적으로, OOO 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리 법인의 설립 및 감독에 관한 규칙’에 근거하여 1993년 5월 설립된 비영리법인으로, OOO 등에서 지급되는 보조금을 주 재원으로 하여 운영되고 있고, 또한 청구법인의 정관 제5조에서는 상기와 같은 설립목적을 위하여 소요되는 경비를 충당하기 위해 수익사업을 한다고 규정하면서 ‘출판물 발행사업, 전산정보 이용료 징수, 심포지움·세미나 등의 참가비 징수, 유관기관 및 섬유업계의 연구용역사업, 기타 협회의 목적과 수출진흥 및 운영을 위해 필요한 사업 등’을 수익사업으로 열거하고 있는바, 청구법인은 쟁점사업을 본 조에서 규정하는 수익사업인 과세사업에 해당한다고 하여 쟁점사업과 관련된 매입세액 전액을 공제대상 매입세액으로 신고하였는바, 처분청은 부가가치세 환급자 현장확인을 실시하여 고유목적 사업과 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분은 쟁점사업전체를 과세사업으로 본 것이 아니라 쟁점사업 중 청구법인이 세금계산서를 발행하여 매출 과세표준에 포함하는 부분인 회원사로부터 참가비등을 징수하는 부분에 대하여만 과세사업으로 보아 매입세액을 공제하여야 함에도, 청구법인이 쟁점사업 전체를 과세사업으로 보고 착오·적용한 것을 바로잡은 것에 불과하다. (나) 청구법인의 정관 제5조에서 규정하는 수익사업의 개념은 「부가가치세법」제13조 에서 규정하고 있는 부가가치세 과세사업(과세표준)과는 그 의미가 다르며, 쟁점사업은 막대한 국고보조금이 투입되는 사업으로, OOO사업은「2008 OOO사업계획」에서 보는 바와 같이 지역 섬유산업 도약과 활성화를 목적으로 지역의 섬유산업업체와 국내외 바이어·기타 참관객 등이 참여하는 박람회로, OOO가 주최하고 청구법인이 주관하는 행사이며, 이는 청구법인의 정관에서 규정하고 있는 본래의 고유목적사업 중 하나이고, OOO도 지역 섬유업체들의 내수 마케팅 능력 지원을 위해 관련 비즈니스 지원과 트렌드 정보 등을 제공하므로써 지역 섬유업체들의 경쟁력을 강화시키기 위한 사업활동을 말하는 것으로, 이 사업 또한 청구법인의 고유목적사업영역에 해당하는 사업에 해당하는바, 동 사업은 청구법인의 정관에서 규정하고 있는 본래의 사업목적 범위내에 있는 것인데도 회원사로부터 부스임대료 명목으로 대금을 납부받는 부분에 대하여만 세금계산서를 발행하였다고 하여 동 사업 전체를 부가가치세 과세사업으로 분류할 수는 없다. (다) 청구법인은 「부가가치세법」제12조 인 면세규정에 의한 면세 매출이 있는 경우에 같은 법 제17조 제2항 제6호에 따른 “부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 공제받지 못할 매입세액”으로 보아야 하나, 비영리법인이 아닌 일반 영리법인이 받는 국고보조금 등은 부가가치세 과세표준에서 제외하지만 관련 매입세액은 공제하고 있으므로 쟁점매입세액도 전액 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 처분청이 쟁점매입세액을 불공제한 것은 비영리법인인 청구법인이 받은 국고보조금 등이 청구법인이 주장하는 바와 같이 「부가가치세법」제13조 제2항에 따른 부가가치세 과세표준에 포함되지 않기 때문에 관련 매입세액을 불공제한 것도 아니고, 같은 법 제17조 제2항 제6호에 따른 면세사업 관련 매입세액이기 때문에 불공제한 것도 아니며, 같은 법 제17조 제1항에 따라 공제되는 매입세액은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 것이라는 규정에 근거하여 부가가치세 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액이므로 공제대상 매입세액에 해당하지 않는 것으로 보아 매입세액불공제하여 과세한 것이므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (라) 「부가가치세법」제17조 제1항 제1호에서 “자기의 사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 세액은 매출세액에서 공제한다”고 규정하고 있으며, 여기서 “자기의 사업”이라 함은 부가가치세 과세대상이 되는 사업이라고 보아야 하므로, 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금과 관련된 매입세액은 공제대상 매입세액이 아니라고 봄이 타당하고, 같은 법 시행령 제61조 제1항은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액을 안분계산하는 방법을 규정하고 있고, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추적용된다고 보는 것이 타당하다(대법원 2006.10.27. 선고 2004두13288 판결, 같은 뜻)할 것이며, 처분청은 청구법인의 쟁점매입세액이 「부가가치세법」제17조 제1항에 따른 부가가치세 과세사업(세금계산서 발행한 부분)과 직접 관련되는 매입세액이 아니고, 부가가치세 비과세사업에 대한 매입세액을 구분할 수 없어 동 금액 중 비과세사업과 관련된 매입세액을 산술적으로 계산하기 위하여 「부가가치세법 시행령」제61조 규정을 준용해 불공제세액을 산출한 것에 불과한 것으로, 청구법인의 부가가치세 과세사업은 각 사업계획별로 시·도비 등 보조금 이외 청구법인의 회원사가 청구법인이 주관하는 박람회 등에 참여할 경우 박람회 내 부스를 사용하게 됨에 따른 부스 임차료 명목으로 대금을 납부받는 경우 동 대금에 대하여 세금계산서를 발행함에 따라 발생되는 것으로, 2002.9.25.부터 수익사업 개시신고하고 2002년 제2기부터 부가가치세 신고를 하고 있으며, 정관 제5조에서 규정하는 수익사업으로 판단한 항목에 대한 매입세액은 부가가치세 신고시 전액 공제대상 매입세액으로 신고하였는바, 청구법인이 주장하는 과세사업인 쟁점사업은 비과세사업과 과세사업이 혼용된 것으로 전액 과세사업으로 볼 수 없으므로 이는 과세사업에서 발생하는 수입 외에 국고보조금을 지급받고 있는 청구법인의 신고내용에 의하면 쟁점매입세액을 안분계산하지 않음에 따라 과세사업의 매출과 관련이 없는 매입세액 부분까지 매출세액에서 공제함으로써 청구법인이 그 만큼 부당하게 세액을 환급받는 결과를 초래한 경우에 해당된다고 할 것이므로, 과세사업에 대한 매출액과 비과세사업에 대한 보조금 등의 합계에서 과세사업에 대한 매출액 비율만큼 안분한 매입세액만 공제하는 것이 타당하고, 2012.4.12. 재결청이 청구법인에게 각 사업부분별 구분기장내역 또는 매출·매입의 사업 부분별 구분내역을 제시하여 줄 것을 보정요청한바, 청구법인은 사업별 수입금액내역서는 제출하였으나, 수취한 매입세금계산서의 각 사업부분별 구분내역을 제출한 사실이 없으므로, 처분청이 전체 과세수입금액과 국고보조금을 기준으로 공통매입세액을 안분계산한 것은 타당하다. (2) 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것으로(국심 2006서586, 2006.11.15. 등 다수 같은 뜻임), 과세처분이 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다고 하기 위하여는 우선 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 할 것인바, 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었는지에 대하여 살펴보면, 신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서 납세의무자의 신고만을 믿고 착오로 법률적용을 잘못하여 부가가치세를 환급하였다 하여, 이를 과세 관청의 공적인 견해의 표명으로 볼 수는 없는 것으로, 이 건 부과처분 이전에 처분청에서 부가가치세 환급신고에 대한 세무조사를 실시하여 환급을 용인한 사실이 없고, 처분청은 청구법인의 신고에 따라 부가가치세를 환급하였다고 보여지며, 신고에 따라 부가가치세 환급사실만으로는 쟁점매입세액이 부가가치세 공제대상이라는 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었다 할 수 없다고 할 것이므로 처분청의 처분이 신의성실의 원칙에 어긋난다고 볼 수는 없고, 또한, 청구법인은 2011.12.31. 개정된 「부가가치세법」제17조 제2항 제6호는 2012년 11월 이후 공급분부터 적용하는 것이어서 종전 과세기간에는 적용할 수 없는지 여부를 보면, 「부가가치세법」제17조 제1항 제1호에서 “자기의 사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 세액”은 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있으며, 여기서 “자기의 사업”이라 함은 부가가치세 과세대상이 되는 사업이라 봄이 타당하므로, 부가가치세 비과세되는 사업과 관련된 매입세액은 당연히 불공제 대상이 되는 것이며, 관련 세법개정은 이러한 취지를 명확하게 하기 위한 것에 불과한 것이며, 출연금 및 국고보조금 등을 재원으로 하는 비과세사업 관련 매입세액이 불공제대상임은 여러 법령 해석의 사례(기획재정부 부가-266, 2010.4.22.)가 있으므로, 처분청의 이 건 과세처분이 소급과세 금지규정을 위반하였다는 청구주장은 이유 없다. (3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것으로(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결), “부가가치세를 환급하였다는 사실이 과세관청의 공적인 견해표명이 아니다”라는 것은 쟁점②에서 살펴본 바와 같이 “부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점 등에 비추어 공통매입세액 안분계산 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다”고 판시(대법원 2006.10.27. 선고 2004두13288 판결)한 바 있으며, 예규(국세청 법규과-4829, 2006.11.10.)에서 “비영리법인이 고유목적사업을 위하여 지방자치단체의 소유 재산을 무상사용하여 교육사업 등을 영위하고 동 교육사업 등의 수입금으로 충당되지 않는 법인운영 비용을 실비 상당액의 출연금으로 보전받음에 있어, 당해 법인의 과세사업과 면세사업에 공통으로 관련되는 공통매입세액을 안분계산 하는 경우 당해 출연금은 「부가가치세법 시행령」제61조 의 규정에 의한 면세공급가액에 포함되는 것”으로 과세관청에서 유권해석한 사례가 있어, 국고보조금 등을 재원으로 하는 비과세사업 관련 매입세액이 불공제 대상이라는 확립된 관행이나 해석이 존재하지 않았다는 청구법인의 주장은 이유없고, 오히려, 위와 같은 대법원 판례 및 유권해석 사례가 2006년도 이전에 있었음에도 불구하고, 청구법인이 2007년 이후 쟁점매입세액을 모두 공제하여 신고한 것은 청구법인의 법령에 대한 부지 또는 오인에서 비롯한 것으로 보이고, 이는 신고 및 납부· 환급불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없으므로, 이 건 가산세를 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장 당부 ② 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 신의성실원칙과 소급과세원칙에 위배된다는 청구주장 당부 ③ 가산세 부과처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제1조【과세대상】 ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다. 1. 재화 또는 용역의 공급 2. 재화의 수입 제13조【과세표준】 ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. 4. 국고보조금과 공공보조금 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다. 제61조【매입세액의 안분계산】ⓛ 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조의2【매입세액의 안분계산】① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다. (4) 국세기본법 제15조【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. ④ 삭제<1993.12.31.> ⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과·징수·감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다. 제47조【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. ② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니하는 것으로 한다. (2006.12.30. 개정) 제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」및 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만,「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항· 제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 2. 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액 제47조의4【납부불성실·환급불성실가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 「인지세법」제8조 제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 설립 및 사업목적을 보면, 청구법인은 지역 섬유산업의 발전과 섬유업체의 이익을 도모하고 섬유수출 시장 동향에 관한 조사연구 사업 및 수출 경쟁력 강화를 위한 산업구조개선사업 등을 목적으로 ‘OOO 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙’에 근거하여 1993년 5월 설립된 비영리법인으로 OOO 등에서 지급되는 보조금을 주 재원으로 하여 운영되고 있으며, 청구법인의 정관을 보면, 「민법」제32조 와 지식경제부장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙에 의한 법인으로서 “섬유수출경쟁국 및 해외섬유시장에 관한 조사, 연구와 OOO의 생산, 수출구조고도화 사업을 추진하여 섬유산업을 진흥하는 것으로 목적으로 한다”라고 규정하고 있다. (나) 청구법인의 정관상 사업목적 및 수익사업의 규정을 보면, 정관 제2조(목적)에서 “본 협회는(생략) 섬유수출경쟁국 및 해외섬유시장에 관한 조사, 연구와 OOO 생산, 수출구조고도화 사업을 추지하여 섬유산업을 진흥하는 것을 목적으로 한다”라고 규정하면서, 제4조(사업)에서 제2조의 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업[① 섬유수출시장동향에 관한 조사연구사업, ② 섬유수출경쟁국 동향에 관한 조사연구사업, ③ 섬유수입 동향에 관한 조사연구사업, ④ 해외시장개척과 수요창출에 관한 사업, ⑤ 수출경쟁력 강화를 위한 산지구조개선사업, ⑥ 섬유동업자간의 수출질서확립에 관한 사업, ⑦ OOO섬유의 국내외 홍보, 선전에 관한 사업, ⑧ 섬유정보센터 설치운영에 관한 사업, ⑨ 섬유자료실(리소스센터) 설치 운영에 관한 사업, ⑩ 기타 섬유산업진흥을 위하여 필요한 사업(2004.4.12.)]을 수행하는 것으로 규정하고 있고, 제5조(수익사업)에서 “본 협회는 제2조의 목적과 제4조의 사업을 수행하는데 소요되는 경비를 충당하기 위하여 다음 각호의 수익사업[① 섬유정보지, 섬유통계집, 연구보고서 등 출판물의 발행사업, ② 전산정보의 이용료 징수, ③ 심포지움, 세미나 등의 참가비 징수, ④ 유관기관 및 섬유업계의 연구용역사업, ⑤ 기타 협회의 목적과 수출진흥 및 운영을 위해 필요한 수익사업(2004.4.12.)]을 하는 것으로 규정하고 있다. (다) OOO사업은 막대한 국고보조금이 투입되는 사업으로, 청구법인이 OOO사업을 2002년부터 시작하는 것으로 하면서 과세사업으로 사업자등록을 신청하여 사업을 운영하고 있고, 쟁점사업이 과세사업인지를 보면, OOO에서 보는 바와 같이 지역 섬유산업 도약과 활성화를 목적으로 지역의 섬유산업업체와 국내외 바이어·기타 참관객 등을 유치하는 박람회사업으로 OOO가 주최하고 청구법인이 주관하는 행사로 나타나고 있고, OOO은 2006년부터 3년 단위로 계획을 세워 아래 ①～③과 같이 지역 섬유업체들의 내수 마케팅 능력 지원을 위해 관련 비즈니스지원과 트랜드 정보 등을 제공하므로써 지역 섬유업체들의 경쟁력을 강화시키기 위한 사업활동을 말하는 것으로, 지역 업체의 수요 사항에 부흥하고 수출 지향적인 사업구조로 상대적으로 내수 대응력이 부족한 업체들에게 내수시장의 안정적인 확보와 시장규모를 확대하여 지역 업체의 마케팅 역량을 강화하고 지역 섬유산업의 활성화로 국가 균형발전에 부응하는 것을 목표로 하는 사업으로 나타나고 있다. ① 지역 업체 및 수도권 업체간의 활발한 거래 추진으로 다중적 유통구조를 축소하여 지역 업체의 매출 및 매출 이익 증대 ② 국내 외 시장 및 트랜드 정보를 입수 분석하여 지역 업체들에게 제공하여 상품 기획력 제고 및 신 분야 시장 진입 지원 ③ 패션 어패럴업계 및 원단 유통업체와 지역업체간 교류의 장 확대로 상호 이해를 증진시켜 미들 스트림과 다운 스트림 간 협력과 연계 강화로 우리나라 섬유 패션산업에 기여 (라) OOO 등 관련 국고보조금 및 신청과정을 보면 청구법인의 사업에서 발생하는 수입은 쟁점사업의 참가자들로부터 지급받는 참가비 · 부스사용료 등 부가가치세 과세사업에서 발생하는 수입 외에 OOO 등으로부터 인건비, 사업에 소요되는 직접비, 간접비 등 지출에 대응하는 수입으로 매년 국고보조금을 지급받고 있는바, 청구법인은 행사계획단계에서 “OOO 국고보조금 교부신청”을 하고, 국고보조금은 신청서 상의 예산집행계획서에 의해 사업비를 신청하면, 신청서 상의 예산집행계획서에 의거 국고보조금이 지급되는 것으로 나타나고 있으며, 수입구조를 보면 국고보조금과 80%인 반면, 청구법인의 쟁점사업 관련 부수임대료 등이 20%에 불과하여 아직까지는 쟁점사업을 진행하면서 설치한 부수에 대한 사용료 등을 참여하는 회원사들로부터 부스 임대료 명목으로 대금을 납부받는데 동 금액이 실비변상수준으로 나타나고 있다. (마) 「부가가치세법」제17조 제1항 및 제2항에 의하면, 사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되도록 하되, 면세사업을 위하여 사용되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되지 아니한다고 규정하고 있는바, 이에 따라 동일한 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에도 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역의 매입세액은 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을 계산하여야 하고, 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한 매입세액은 매출세액이 없으므로 매입세액도 공제하지 아니하도록 규정되어 있으며, 다만, 같은 법 시행령 제61조 제1항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 해당 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등에 대하여 규정하고 있다. 그런데, 「부가가치세법」제17조 제1항에 의하여 공제되는 매입세액은 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 것이어서 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 세액은 공제대상에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 결국 비과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액은 면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액과 차이가 없다 할 것이고, 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통으로 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역 등에 대한 매입세액 중 실지귀속을 구분할 수 없는 세액이 있다면 그 중 과세사업분으로 공제되는 매입세액과 비과세사업분으로 공제되지 아니하는 세액을 합리적으로 배분하기 위한 방법이 필요한 점 등에 비추어 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항은 동일한 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추하여 적용된다고 봄이 상당하다. 그렇다면, 위 규정은 공통매입세액 중 매출세액에서 공제받지 못하는 면세사업과 관련된 매입세액만을 계산하기 위한 규정이 아니라 과세사업과 관련한 매입세액을 산출하는 데도 유추적용될 수 있다고 할 것이다(조심 2008전1764, 2009.9.30. 같은 뜻임). (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항 및 제4항은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등을 규정하고 있는바, 그 규정내용 및 취지와 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없다는 점 등에 비추어, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다고 할 것이고(대법원 2006.10.27. 선고 2004두13288 판결, 같은 뜻임), 또한, 이 건의 경우 비록 청구법인이 쟁점사업을 2002년부터 과세사업으로 사업자등록을 신청하여 사업을 운영하고 있다고 하더라도, 청구법인의 정관 제5조에서 규정하는 수익사업의 개념은 「부가가치세법」제13조 에서 규정하고 있는 부가가치세 과세사업(과세표준)과는 그 의미가 다르고, OOO은「2008 OOO 사업계획」에서 보는 바와 같이 지역 섬유산업 도약과 활성화를 목적으로 지역의 섬유산업업체와 국내외 바이어·기타 참관객 등이 참여하는 박람회로 OOO가 주최하고 청구법인이 주관하는 행사이며, OOO도 지역 섬유업체들의 내수 마케팅 능력 지원을 위해 관련 비즈니스지원과 트랜드 정보 등을 제공하여 지역 섬유업체들의 경쟁력을 강화시키기 위한 사업활동으로, 청구법인의 수입금액 중 국고보조금의 비율이 80%에 이르고 있는 반면, 청구법인이 박람회 등을 개최하고 참여자로부터 실비변상적인 수준의 참여비만을 받는 경우로 실비변상금의 수준을 벗어난다고 볼 수 없으므로, 쟁점사업은 정관 제5조의 사업이라기 보다는 정관 제4조(비과세사업)에 규정된 사업에 더 근접한 청구법인의 정관에서 규정하고 있는 본래의 고유목적사업 중 하나라고 보이는 점, 청구법인이 과세 및 면세사업에서 발생하는 수입 외에 국가보조금 등을 지급받고 있고 공통매입세액을 안분계산함에 있어 비과세사업(고유목적사업)을 고려하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어, 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점, 이러한 경우 총공급가액(과세 및 면세사업에서 발생한 수입금액과 국가보조금 등)에 대한 과세사업에서 발생한 수입금액의 비율을 공통매입세액에 적용하여 그 중 과세사업과 관련이 있는 매입세액을 산정하는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 2007년 제1기~2011년 제1기분 부가가치세 관련 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금과 관련된 매입세액인 쟁점세액OOO을 직접적인 불공제대상으로 하고, 쟁점사업 등을 위하여 수취한 쟁점보조금을 관련법령에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외하면서 쟁점사업을 위하여 쟁점보조금을 재원으로 지출하고 수취한 쟁점매입세금계산서의 쟁점매입세액은 부가가치세 과세사업에 대한 매입세액과 비과세사업(고유목적사업영역)에 대한 매입세액이 구분되지 아니하므로 이를 공통매입세액으로 보아 「부가가치세법 시행령」제61조 에 따라 계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2010중3536, 2011.6.30. 같은 뜻임). (2) 다음, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것으로, 과세처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 하기 위하여는 우선 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 할 것인바, 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었는지에 대하여 살펴보면, 신고납세방식을 취하고 있는 부가가치세에 있어서 납세의무자의 신고만을 믿고 착오로 법률적용을 잘못하여 부가가치세를 환급하였다 하여, 이를 과세 관청의 공적인 견해의 표명으로 볼 수는 없는 것으로, 처분청은 청구법인의 신고에 따라 부가가치세를 환급하였다고 보여지므로 신고에 따라 부가가치세 환급사실만으로는 쟁점매입세액이 부가가치세 공제대상이라는 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었다 할 수 없다고 할 것이므로 처분청의 처분이 신의성실의 원칙에 어긋난다고 볼 수는 없다. (나) 청구법인은 2011.12.31. 개정된 「부가가치세법」제17조 제2항 제6호는 2012.1.1. 이후 공급분부터 적용하는 것이어서 종전 과세기간에는 적용할 수 없다고 주장하나, 같은 법 제17조 제1항 제1호에서 “자기의 사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 세액은 매출세액에서 공제한다”고 규정하고 있으며, 여기서 “자기의 사업”이라 함은 부가가치세 과세대상이 되는 사업이라 봄이 타당한 점에서 부가가치세 비과세되는 사업과 관련된 매입세액은 당연히 불공제대상이 되는 것임을 명확하게 하기 위하여 개정한 것에 불과한 것이라는 점에 비추어 소급과세금지규정을 위반하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (3) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 별다른 이의제기 없이 수년간 환급이 정상적으로 이루어 진 것은 처분청의 공적견해에 해당하고, 과세관청이 세법의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하고 오락가락한 경우에는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 건 가산세 부과는 부당하다고 주장하면서 조세심판례(조심 2010광3141, 2010.12.29.) 등을 제시하였다. (나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정제제로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 정당한 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아니 한 세법상 불이행에 대하여 부과되어야 하는 것(대법원 2002.11.8. 선고 2001두4849 판결, 같은 뜻임)으로 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며, 처분청이 청구법인의 신고내용대로 계속 환급하였다는 사유만으로 처분청의 공적 견해표명으로 보기 어려우며, 청구법인과 같은 형태의 국고보조금을 수령하고 있는 법인에 대하여 계속해서 공통매입세액 안분계산 방법 등에 대한 법령해석 및 판례 등이 일관되게 형성되어 있었다고 보이는 점 등에 비추어 가산세 부과와 관련하여 청구법인에게 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다(조심 2012중588, 2012.5.31. 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.