조심2009전3530 (2010.02.03)

OOO세무서장이 2009.9.10. 청구법인에게 한 2000년

제2기 부가가치세 4,327,370원, 2001년 제1기 부가가치세 5,389,190원과 2000사업연도 법인세 11,511,910원, 2001사업연도 법인세 13,587,840원의 부과처분 및 37,537,500원(2000년 귀속 16,571,500원, 2001년 귀속 20,966,000원)을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 OOO로부터 2000년 제2기에 공급가액 15,065,000원, 2001년 제1기에 공급가액 19,060,000원 합계 34,125,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고, 쟁점금액을 손금산입하여 법인세를 신고하였다.

나. OOO세무서장은 OOO에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 자료상 확정자료로 통보함에 따라 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래없이 수취한 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 2009.9.10. 청구법인에게 2000년 제2기 부가가치세 4,327,370원 및 2001년 제1기 부가가치세 5,389,190원과 2000사업연도 법인세 11,511,910원 및 2001사업연도 법인세 13,587,840원을 각 경정·고지하고, 쟁점금액에 부가가치세를 합하여 37,537,500원(2000년 귀속 16,571,500원, 2001년 귀속 20,966,000원)을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2002.8.26.과 2005.11.5. 사무실을 이전하여 쟁점세금계산서와 관련한 서류 및 증빙 등을 분실하였고, 2000년 및 2001년 귀속분에 대하여 2005년도에 처분청으로부터 세무조사를 받아 323,750,000원에 가까운 세금을 추징받은 사실이 있는바, 당시 조사가 마무리된 것으로 보아 서류 보관에 소홀한 것이 사실로 서류 보존기간 5년이 경과한 후 자료를 요구하고 소명하지 못한다고 하여 가공세금계산서로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 당시의 중기대금 지급방식은 현장에서 당사로 자금을 청구한 후 대금을 수령(당시 대부분 현금)하여 각 중기사업자에게 작업일지를 근거로 세금계산서, 입금표, 영수증 등을 받고 지급하는 형태로 이러한 사실은 당시 현장소장인 한OOO의 사실확인서에 의하여 확인되는바, 쟁점세금계산서를 실물거래없이 수취한 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2000.1.1.부터 2003.12.31.까지 수수한 매입·매출 세금계산서가 모두 가공세금계산서로 확인되어 자료상으로 확정된 OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 OOO와 실지거래하였다고 주장하면서 당시 현장 소장인 한OOO의 사실확인서와 재직증명서 및 현장 전도금 지급관련 입금증 등을 제출하였으나, 입금증은 청구법인이 한OOO 계좌에 현장 전도금을 입금한 내역으로 이를 통해서는 OOO와의 실지거래를 확인할 수 없으며, 달리 실지거래임을 입증할 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 자료상으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 실물거래없이 수취한 가공세금계산서로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법률

(1) 국세기본법

제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제85조의3【장부등의 비치 및 보존】① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다.

(2) 부가가치세법

제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 법인세법

제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장의 자료상혐의자조사 종결보고서(2008년 5월)에 의하면, OOO(1994.2.16. 개업, 대표자 : 윤OOO)는 건설기계대여업을 영위하다가 2003.12.31. 직권폐업된 법인으로 2004년 7월 자료상혐의자 조사시 무혐의로 종결되었으나, OOO에 발행한 1999년 제1기 5,460천원, 2000년 제2기 9,682천원, 2001년 제1기 4,900천원, 2001년 제2기 42,636천원, 2002년 제1기 29,120천원, 2002년 제2기 155,370천원의 세금계산서가 전액 가공으로 확정되었고, 실행위자가 최OOO으로 확인되어 거래처에 대한 재검토 필요에 의하여 자료상 조사를 하게 된 것으로 나타나고, 대표자 윤OOO에 대한 대면진술 및 통화는 못하였으나, OOO의 자료상 조사시 제출한 인증서(‘명의사용 및 운영사실 확인서’)상 최OOO에게 명의만 빌려준 것으로 보이고, 실행위자 최OOO에 대한 대면진술 및 통화는 못하였으나, 위 인증서에 의하면, OOO의 실질적 운영자로서 사업과 관련한 모든 행위를 본인이 하였으며, 윤OOO은 사업과 관련이 없다고 진술한 것으로 나타나고 있다.

거래처를 조사한바, 2000년 제1기～2003년 제2기 매입처 중 임차료, 문구비 등 소액거래는 정상거래로 판단되나, 매입세금계산서 수취내역을 검토한 결과, 총 매입금액 1,026,753천원 중 77.8%인 799,000천원이 자료상 거래로 확인되고, 최OOO의 진술에 따라 매입금액 전액이 가공매입으로 확인되므로 2000년 제1기～2003년 제2기 매입금액 1,026,753천원 전액을 가공거래로 확정하고, 매출처에 대한 거래사실 회보서에 의하여 간접조사를 실시한바, 대부분 가공(위장)거래를 시인하였으나, 일부 매출처에서 세금계산서 거래사실확인서 및 무통장입금표를 제시하며 실거래로 주장하므로 매입대금을 송금하였다는 금융계좌 2개OOO에 대한 입·출금 내역을 검토한 결과 입금 직후 전액 현금 출금 또는 부가가치세액만 입금이 이루어지고 있는바, 최OOO이 거래사실없이 세금계산서만 작성·교부하였다고 위 인증서에서 확인한 사실이 있어 2000년 제1기～2003년 제2기 매출금액 2,490,540천원 전액을 가공거래로 확정하여 대표자 윤OOO과 실행위자 최OOO을

「조세범처벌법」 제11조의2

제4항 위반으로 OOO경찰서에 고발조치한 것으로 확인된다.

한편, 위 조사서에 첨부된 매입·매출거래 검토서에 의하면, 거래처가 자료상이거나 가공거래로 회신된 경우와 입금 후 바로 출금된 경우 및 부가가치세액만 입금된 경우에는 ‘가공금액’란에 거래금액이 기재되어 있는바, OOO와 청구법인과의 이 건 거래는 ‘가공금액’란에 기재된 금액이 없는 것으로 나타나고, 2006.9.29. 공증인 신문식사무소에서 인증받은 ‘명의사용 및 운영 사실확인서’는 최OOO이 대여명의 사용 사실 및 민·형사상의 책임을 확실히 하기 위하여 손위동서인 김OOO에게 작성하여 준 것으로 OOO를 포함하여 OOO 등 33개 업체(최OOO이 운영한 명의위장업체임)를 김OOO으로부터 인수하여 운영하였음을 확인한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(2) 처분청은 OOO세무서장으로부터 자료상 확정자료라는 과세자료를 통보를 받고, 2009.6.29. 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 고지할 것이라는 내용의 과세예고통지를 하였고, 처분청이 제출한 자료에 의하면, 처분청 조사과에서 2005년도에 실시한 청구법인에 대한 법인세 심층조사시 청구법인의 위장·가공세금계산서 수취금액으로 2000년 제2기에 OOO 외 7개 업체로부터 524,116천원, 2001년 제1기에 OOO 외 2개 업체로부터 117,772천원을 적출한 것으로 나타나고, 청구법인에 대한 2000년 및 2001년 귀속 부가가치세 신고금액에 대한 가공거래 및 자료상 확정자료에 의한 경정·고지 건수는 총 31건, 세액 315,262천원인 것으로 확인된다.

(3) 청구법인은 두 번의 이사와 2005년도 세무조사 등으로 장부 및 증빙자료의 보관에 소홀하였는바, 장부보존기간(5년)을 경과하여 자료를 요구하는 것은 부당하다고 주장하면서 계약일이 2002.7.26.과 2005.10.10.로 된 월세계약서와 부동산 임대차계약서, 2002.8.26. OOO과 2005.11.5. OOO으로 이전등기한 사실이 나타나는 법인등기부등본 및 2005.10.4. OOO세무서장의 세무조사결과통지서 등을 제시하고 있고, 쟁점거래가 실지거래에 의하여 수취한 세금계산서라고 주장하면서 한OOO의 사실확인서(2009년 9월) 및 무통장입금증 6매를 제시하는바, 동 확인서에는 청구법인의 상무인 본인은 2000년 1월부터 2001년 12월까지 청구법인이 수주한 공사장에서 현장소장으로 근무하였고, 중기회사에 당시 대금을 지급하는 방식은 현장에서 본사에 자금을 청구하여 현금으로 수령한 후 각 중기업자에게 작업일지 등을 근거로 세금계산서, 입금표, 영수증 등을 받고 지급하는 형태로 이루어졌으며, OOO에 대하여는 본인이 작업대금을 직접 주고 영수증을 받은 기억이 확실하다고 기재되어 있고, 무통장입금증에 의하면 청구법인이 아래 표과 같이 한OOO에게 자금을 입금한 것으로 나타난다.

OOO

(4) 살피건대,

「국세기본법」 제26조의2

제1항 제1호의 규정에 의하면, 납세자가 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우’에는 10년의 국세부과제척기간을 적용하도록 하고 있는바, 납세자가 자료상으로부터 가공의 자료를 수취하여 관련 매입세액을 공제받은 경우에는 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우’에 해당되어 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당할 것이고OOO 외 다수, 같은 뜻), 과세관청의 조사 등에 의하여 재화나 용역을 공급받은 사업자가 자료상 행위를 한 사실이 확인된 경우, 그 사업자와의 매입거래가 가공거래가 아니라는 사실은 그 사업자로부터 매입거래에 따른 세금계산서를 수취하여 관련매입세액 공제 및 필요경비 산입한 사업자가 입증하는 것이 원칙이라 하겠다.

그러나,

「국세기본법」 제85조의3

에서 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이다OOO외 다수, 같은 뜻).

이 건의 경우, OOO이 자료상 행위를 한 혐의로 관할경찰서에 고발된 것은 사실이나, OOO세무서장이 OOO를 조사함에 있어 OOO을 대면진술 및 통화를 하지 못하고 단지, OOO 주식회사의 자료상 조사시 제출한 인증서 및 매출처에 대한 거래사실 회보서에 의하여 간접조사를 실시하여 전액 가공거래로 확정한 사실이 확인되고, 위 조사서에 첨부된 매입·매출거래 검토서에 의하면, 청구법인과의 거래는 가공금액으로 기재되어 있지 아니하며, 그 조사시점 또한 2008년으로 이 건 부가가치세 및 법인세의 일반적인 부과제척기간 및 장부와 증빙자료의 보존기간 5년(2006.1.25. 및 2007.3.31.)이 이미 경과한 시점으로, 조사관서나 처분청이 최OOO이나 청구법인으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것이 아닐 뿐만 아니라, 청구법인은 처분청으로부터 2005년도 법인세 심층조사를 받은 사실이 있는바, 이와 같은 경우에는 OOO세무서장의 조사자료만으로 쟁점세금계산서가 실물거래없는 가공세금계산서라고 단정하기 어려운 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 부과제척기간 10년을 적용하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세하고, 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.