국심2007중0243 (2007.07.11)

OOO세무서장이 2006.12.8. 청구법인에게 한 2002사업연도의 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소하고 1998사업연도 109,344,374,120원과 1999사업연도 97,204,105,404원을 이월결손금으로 공제하여 2002사업연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 처분개요

청구법인은 1956.3.24. 설립된 이래 종합상품도매업(종합무역상사)을 영위하고 있는 법인으로, 당초 신고한 2002사업연도의 법인세 과세표준 및 세액에 대하여 2005.3.31. 처분청에 경정청구를 하였으며, 그 주요 내용을 보면, 당초 신고한 2002사업연도의 과세표준은 214,475,390,276원, 산출세액은 57,896,355,375원이며, 경정청구한 2002사업연도의 과세표준과 산출세액은 이월결손금 227,928,345,549원(1997사업연도 7,203,915,000원, 1998사업연도 113,880,608,735원, 1999사업연도 70,730,418,474원, 2000사업연도 36,113,403,340원)을 공제하여 없는 것으로 되어있다.

처분청은 2005.5.20. 청구법인이 2003.3.31. 당초 신고한 법인세 과세표준 및 세액에 대해 경정청구(1997～1999사업연도 : 오류정정신고, 2000～2001사업연도 : 경정청구)를 한 데 대하여 2003.5.19. 청구법인에게 경정거부로 통보한 사건이 심판청구(국심 2003중2550, 2003.8.14. 청구)중에 있고, 이 건 2002사업연도분에 대한 경정청구는 동 심판청구사건과 연관이 있으므로 심판청구결과에 따라 처리하고자 하며 심판청구의 결과가 있기까지는 경정청구의 처리를 보류한다고 청구법인에게 통지하였다.

처분청은 2006.12.8. 위 심판청구사건(국심 2003중2550, 2006.8.17.) 결정에 따라 2000～2001사업연도 이외의 청구에 대하여는 각하하고 2000～2001사업연도에 대하여만 경정하였다는 내용의 통지를 청구법인에 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.12.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2002사업연도 법인세 과세표준 및 세액경정시 이월결손금으로 인정받지 못한 1998사업연도 결손금 109,344,374,120원과 1999사업연도 결손금 97,204,105,404원은 회계감독기관인 금융감독원이 조사적출하고, 이에 대한 검찰수사과정에서 사실로 인정되었으며, 국세심판관합동회의에서도 처분청에 확인조사를 의뢰하여 그 결과를 통보받아 확정된 금액이므로 2002사업연도 소득금액에서 위 결손금을 이월결손금으로 공제하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 한 이 건 경정청구는 OOO지방국세청장의 조사종결시점에 제출되어 실지조사에 대한 불복청구로 판단되고 조사내용에도 사실과 다른 회계처리내용을 인정한 사실이 없어 정당한 경정청구로 볼 수 없으며, 처분청이 국세심판원의 심판청구에 대한 협조요청에 따라 현지확인하여 회신한 내용은 사실과 다른 회계처리내용 및 계수의 정당성 여부만 확인한 것으로 실지조사권을 행사한 것이 아니며, 심판결정에서도 1998～1999사업연도에 대해 청구기간이 경과하였다 하여 각하결정하여 당해 사업연도에 대한 법인세를 경정하지 아니하여 결손금이 존재하지 아니하므로 2000～2001사업연도의 결손금만 공제하여 2002사업연도 과세표준과 세액을 경정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

결손금 이월공제 가능 사업연도를 적용함에 있어서 경정청구 대상 사업연도(2002)로부터 소급하여 5년간의 사업연도에서 발생한 결손금을 이월공제할 수 있는지(1997사업연도분까지 공제가능) 아니면 경정청구한 날(2005.3.31.)을 기준으로 소급하여 부과제척기간 이내의 5년간의 사업연도에서 발생한 결손금만을 이월공제할 수 있는지 여부(1999사업연도분까지 공제가능)

나. 관련법령

(1) 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

(2) 국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(3) 국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2003.3.31. 신고한 2002사업연도의 법인세 과세표준 및 세액(과세표준 214,475,390,276원, 산출세액은 57,896,355,375원)에 대해 2005.3.31. 이월결손금 227,928,345,549원(1997사업연도 7,203,915,000원, 1998사업연도 113,880,608,735원, 1999사업연도 70,730,418,474원, 2000사업연도 36,113,403,340원)을 공제하여 과세표준과 세액이 없는 것으로 경정청구를 하였으며, 처분청은 2005.5.20. 이 건 경정청구가 심판청구사건(국심 2003중2550, 2003.8.14. 청구)과 관련이 있다 하여 심판청구결정이 있기까지 경정청구의 처리를 보류한다는 통지를 청구법인에게 하였다가, 2006.12.8. 심판청구결정(국심 2003중2550, 2006.8.17.)에서 2000～2001사업연도분 이외의 청구에 대하여는 각하하였다 하여 2000～2001사업연도분의 결손금만 인정하여 경정하였다는 내용의 통지를 청구법인에 한 사실이 경정청구서, 경정청구처리 보류통지서, 경정청구 통지서 등에 나타난다.

(2) 청구법인이 2002사업연도분에 대한 이 건 경정청구에 앞서, 검찰청 등의 조사로 청구법인의 결산에 반영되어야 할 사항 중 누락된 사실이 확인(사실과 다른 회계처리)되었다 하여 청구법인이 당초 신고한 1997～2001사업연도의 법인세 과세표준 및 세액신고 내용에도 오류 또는 탈루가 있어 동 오류 또는 탈루된 내용을 수정하여 2003.3.31. 처분청에 경정하여 줄 것을 아래 <표1>과 같이 청구하였으나, 처분청이 1997～1999사업연도는 경정청구기간 경과로, 2000～2001사업연도는 사실과 다른 회계처리가 신의성실의 원칙에 위배되고 결산조정항목이므로 감액경정할 수 없다는 이유로 2003.5.19. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하자, 청구법인은 동 경정청구 거부통지에 불복하여 2003.8.14. 우리원에 심판청구(국심 2003중2550)를 하였으며, 우리원에서는 국세심판관합동회의를 거쳐 처분청에 2006.8.17. 심판청구 결정통지를 하였다.

<표1> 법인세 과세표준 및 세액의 신고 및 경정청구 요약

(단위 : 백만원)

(3) 우리원에서는 2006.8.17. 청구법인의 심판청구(국심 2003중2550)에 대해 인용결정을 하였는 바, 금융감독원이 주식회사의외부감사에관한법률 제15조의 규정에 의하여 청구법인의 제47기(1999.1.1.～1999.12.31.), 제48기(2000.1.1.～2000.12.31.) 및 제49기(2001.1.1.～2001.12.31.) 재무제표를 감리한 결과 사실과 다른 회계처리사실이 발견되어 청구법인이 회계처리기준을 위반한 사실이 지적되었고, 증권선물위원회는 2003.3월～2003.6월 기간동안 실지조사 등을 통하여 청구법인의 재무제표를 감리한 후 2003.8.20. 청구법인이 1999사업연도에 당기순이익 211,762,086,756원을, 2000사업연도에 당기순이익 484,168,780,400원을, 2001사업연도에 당기순이익 195,364,811,244원을 각각 과대계상하여 사실과 다른 회계처리를 하였다는 내용을 의결하고, 청구법인·관련 감사인 및 공인회계사에 대하여 제재조치를 하였으며, 법원[OOO원(OOO, OOO), OOO), OOO)]에서도 청구법인이 사실과 다른 회계처리를 한 사실을 인정한 것으로 나타나나, 우리원에서는 그 금액을 확인하기 위하여 청구법인이 경정청구한 사실과 다른 회계처리사실에 대해 처분청에 확인조사를 요청(조사관실-1146, 2006.5.3.)하여 회보받은 사실과 다른 회계처리 내용(세원관리2과-2848, 2006.6.30.)에 의하여 그 금액을 확정하였는 바, 그 내역은 아래 <표2>와 같다[국심 2003중2550(2006.8.17.), <별지1>, <별지2> 참조].

<표2> 당기순이익 과다계상액 및 처분청이 조사확인한 결손금

(단위 : 백만원)

주) 원 단위의 금액은 1998사업연도가 109,344,374,120원, 1999사업연도가 97,204,105,404원임

(4) 처분청은 위 (2), (3)에서 본 심판청구결정에 의하여 1998～1999사업연도의 결손금은 인정하지 아니하고 위 (3)의 <표2>에 나타난 2000사업연도 169,035백만원, 2001사업연도 18,822백만원의 결손금만 인정하고 경정결정하여 2006.9.25. 청구법인에 통지한 사실이 경정결의서, 심판결정에 따른 통보(세원관리3과-4260, 2006.9.21.), 법인세 경정청구에 대한 회신(세원관리3과-6694, 2006.12.8.) 등에 나타난다.

(5) 법인세법 제13조 및 제14조에서 법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액이라고 규정하고 있고, 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 공제한 금액으로 규정하고 있다.

또한, 세무상 결손금이란 어느 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 의미하므로 설령 그 초과금액이 아직 법인의 법인세 과세표준 및 세액의 신고나 과세관청의 법인세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정에 의하여 확정되지 않았다고 하더라도 법인세법상의 세무상 결손금에 해당한다고 보는 것이 타당한 바, 법인세법상의 세무상 결손금이란 특정 사업연도의 익금의 총액을 초과하는 손금의 금액 중 과세표준과 세액의 확정절차(신고ㆍ수정신고ㆍ결정 및 경정)를 통하여 확정된 결손금만을 의미하는 것이 아니고, 설령 확정절차를 거쳐 확정되지는 않았다고 하더라도 특정 사업연도의 손금의 총액이 그 사업연도의 익금의 총액을 초과하고 있다면 그 실체적으로 존재하는 손금 초과액이 세무상 결손금에 해당하는 것이며, 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 할 것이다(OOO, 2004.6.11 ; OOO, 2002.11.26 ; 국심 2000서1958, 2001.2.9 ; 심사법인 2004-7043, 2004.12.6. 참조).

(6) 위의 내용을 종합하여 보면, 법인이 특정 사업연도분에 대한 손금 등이 차후에 추가 확인되어 증가된 결손금을 경정청구가 가능한 그 후의 사업연도 과세표준 계산시 공제가능한 이월결손금으로 하여 경정청구하는 경우 처분청은 경정청구가 가능한 그 후의 사업연도 과세표준 계산시 당해 증가된 결손금을 공제가능한 이월결손금으로 하여 경정하여야 하는 것인 바, 이 건 경정청구(2005.3.31.) 당시 경정청구 대상 사업연도(2002)는 부과제척기간이 경과하지 않았고 증가된 결손금의 귀속 사업연도(1997～2001)는 대상 사업연도(2002) 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도이므로 1997～2001사업연도에서 발생한 결손금은 이월공제가 가능한 결손금이라 할 것이다.

한편, 위 (3)의 <표2>에 기재된 결손금은 우리원에서 처분청으로 하여금 사실과 다른 회계처리에 대해 조사확인을 의뢰하여 처분청이 조사확인한 금액이며, 처분청이 심판청구결정(국심 2003중2550, 2006.8.17.)에 의거 위 (3)의 <표2>에 기재된 2000～2001사업연도분의 결손금을 인정하여 경정을 하였는 바, 위 (3)의 <표2>에 기재된 1998～1999사업연도의 결손금을 2000～2001사업연도의 결손금과 달리 볼 이유도 없으므로 확인되지 아니한 1997사업연도의 결손금은 인정할 수 없다 하더라도 확인된 결손금 206,548,479,524원(1998사업연도 109,344,374,120원, 1999사업연도 97,204,105,404원)은 그 후 5년 이내의 사업연도의 과세표준에서 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서, 처분청이 경정청구를 한 대상 사업연도(2002) 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도인 1998 및 1999사업연도의 결손금을 2002사업연도의 이월결손금으로 공제하여야 함에도 이를 공제하지 아니하고 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.