조심2010서3338 (2012.05.25)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 팩토링금융 및 대출업을 영위하는 사업자로서 특수관계자인 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다) 및 주식회사 OOO레미콘(이하 “OOO”라 한다)에 대한 OOO원의 대출채권을 회수하지 못하던 중, 기업구조조정조합인 OOO구조조정조합1호(이하 “OOO1호”라 한다)에 2002.5.10.부터 2002.9.11.까지 OOO원을 출자하였고, OOO1호는 OOO 및 OOO(이하 “쟁점레미콘사”라 한다)의 증자에 참여하여 쟁점레미콘사의 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 2002년 3월부터 9월까지 OOO원에 취득하였으며, 쟁점레미콘사는 OOO1호가 납입한 증자대금 중 일부로 청구법인에 대한 차입금 원금 OOO원 및 이자 OOO원 합계 OOO원(OOO OOO원, OOO OOO원)을 상환하였고, 청구법인은 2005사업연도 법인세 신고시 OOO1호에 대한 출자금(OOO원) 전액을 투자손실로 하여 손금산입하였다. OOO지방국세청장은 청구법인이 구조조정조합인 OOO1호를 통하여 특수관계자의 변칙적인 유상증자에 참여하여 특수관계자를 부당하게 지원하였다고 보아, OOO1호 출자는 유상증자 형식을 빌린 주식의 고가취득으로 보아 출자금(OOO원) 전액을 손금불산입하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2010.6.10. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. 나. 청구법인은 1999.12.30. OOO시멘트로부터 당시 비상장법인이던 OOO생명보험주식회사(이하 “OOO생명보험”이라 한다) 주식을 1주당 액면가액인 5,000원에 OOO주를 취득하였고, 그 뒤 몇 차례 더 주식을 취득하였다가 2002.12.23. 그 중 OOO주를 주당 5,000원에 양도하였으며, OOO지방국세청장은 2003년 7월 청구법인에 대한 세무조사를 통하여, 청구법인이 1999.12.30. 취득한 OOO생명보험주식을 「상속세 및 증여세법」상의 보충적평가방법을 적용하면 평가액이 ‘0’원임에도 고가로 매입하여 청구법인이 OOO시멘트에 이익을 분여한 것으로 보아, 매수가액 전액을 부당행위계산부인하여 익금산입 기타사외유출 처분하였고, 동일한 금액을 손금산입(△유보) 하도록 자료통보한 후, 청구법인이 2002.12.23. 양도한 OOO주에 대한 취득원가 OOO원을 손금불산입 대상이라고 처분청에 자료통보 하였으며, 처분청은 2005.1.27. 2003사업연도(2002.4.1.～2003.3.31.)에 손금산입한 투자유가증권 취득원가에 해당하는 OOO원을 손금불산입(유보)하였다. 청구법인은 2004 및 2005사업연도에 각각 OOO주와 OOO주를 양도하고, 처분청이 부인한 취득원가상당액인 OOO원과 OOO원을 각각 손금불산입하는 세무조정을 한 후, 이 사건 주식거래는 부당행위에 해당하지 않는다는 사유로 2005사업연도에 대하여 경정청구를 하였고, 이에 대하여 대법원은 청구법인의 주장을 인용하는 결정을 하였으며, 처분청은 위 판결 결과에 따라 2005사업연도에 손금불산입한 OOO원을 손금산입하여, 과세표준과 세액을 경정하였으나 2003 및 2004사업연도 손금불산입금액은 불복대상에 포함되지 않았다는 사유로 이월결손금을 증액 경정하지 아니하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 본건 OOO1호 출자거래는 그 거래의 실질이 부실기업 구조조정을 위한 대출채권의 출자전환 거래인 바, 구조조정 대상기업의 부채조정을 위해 대출채권을 주식으로 전환하는 거래를 부당행위계산으로 보는 것은 기업구조조정의 현실을 도외시한 부당한 처분이고, 과세당국은 2003.3.5.이전 출자전환 거래로 취득하는 주식의 취득원가를 발행가액으로 유권해석하고 있는 바, 쟁점주식의 취득원가는 인정되어야 한다. 거래의 실질이 아닌 거래의 형식에 따라 세법을 적용한다고 하더라도 「산업발전법」에 따라 설립된 기업구조조정조합은 「법인세법」상으로 그 실체가 인정되어야 하고, 이 경우 청구법인의 OOO 1호 출자거래와 OOO1호의 쟁점주식 취득거래를 세법상 구분되어야 하므로 청구법인이 취득한 OOO1호의 출자가액은 발행가액이 되어야 한다. 「산업발전법」은 기업구조조정조합을 엄격하게 관리·감독하도록 규정하고 있으며 30%이상 출자한 법인을 특수관계자로 보고 거래를 금지시키고 있었으므로 원천적으로 특수관계자를 위한 부당한 거래가 불가능하므로 여기에 부당성을 전제로 한 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다. (2) 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있는 것(대법원 2004.6.11.선고 2003두13212판결, 대법원 1993.11.12.선고 93누3677판결 등 다수)인 바, 2005사업연도의 경우 대법원 판결에 의하여 청구법인은 OOO생명주식을 시가로 정당하게 취득한 것으로 인정되었으므로, 2003사업연도 손금불산입한 OOO원과 2004사업연도 손금불산입한 OOO원은 손금산입 및 이월결손금 소급공제가 적용되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) OOO 및 OOO는 OOO그룹이 실질적으로 경영권을 행사한 위장계열사로서 OOO캐피탈은 OOO 및 OOO, OOO 1호와 특수관계자에 해당되고, 쟁점거래는 구조조정조합 관련법을 악용하여 레미콘사의 손실을 지원한 부당행위이고, 대출채권의 출자전환이 실질적인 기업구조조정이라면 주식의 취득원가는 발행가액이 되나 자금지원 목적이었다면 부당행위계산에 해당되는 바, 쟁점거래는 구조조정조합을 통해 변칙적인 유상증자 형식을 빌려 부당지원한 거래에 해당된다. OOO1호는 OOO캐피탈이 레미콘사에 대한 거액의 대출금을 면제하기 위해 설립한 도관에 불과하고, 실질과세원칙에 근거하여 청구법인이 레미콘사에 직접 출자한 것으로 보아야 하며, 쟁점거래는 합병으로 OOO메이저와 OOO시멘트가 부담하였어야 할 쟁점레미콘사의 차입금 상환의무를 OOO캐피탈이 사전적으로 부담한 것으로서 특수관계자가 발행한 주식을 고가로 매입한 부당행위에 해당된다. (2) 「국세기본법」 제22조의2 에서 경정처분의 효력은 그 경정에 의하여 증감된 부분에만 영향을 미치고 당초 확정된 세액에는 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있고, 부과제척기간이 경과한 이월결손금은 증액 또는 감액할 수 없도록 법인세법이 개정(2009.12.31. 법률 제9898호) 되었는 바, 청구주장은 각하대상이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 구조조정조합을 통해 변칙적인 유상증자에 참여하여 특수관계에 있는 쟁점레미콘사의 부실을 부당지원하고, 출자금을 손실계상한 것으로 보아, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부 (2) 2003 및 2004사업연도의 손금을 추인하여 2005사업연도의 과세표준에서 이월결손금 공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련법령 (1) 법인세법 제13조 【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고 하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정 되거나, 「국세기본법」제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정 한다. 부칙 제4조(법률 제9898호로 2009.12.31. 개정된 것)【과세표준에 관한 적용례】 제13조 , 제76조의 13 제2항 및 제91조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용 한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정 에 따른다. 제34조【대손충당금등의 손금산입】 ① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. ② 내국법인이 보유하고 있는 채권중 채무자의 파산등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 "대손금"이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정 은 다음 각 호의 1에 해당하는 채권에 대하여는 이를 적용하지 아니한다 . 1. 채무보증(대통령령이 정하는 채무보증을 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액 3. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권등의 경우에는 피합병법인등의 장부가액으로 한다. 4. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 주주등이 취득한 주식등 : 취득당시의 시가 . 다만, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조제1항제5호 또는 동항제6호의 금액 및 제11조제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다. 5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가 (3) 산업발전법(2002.1.19., 법률 제6613호로 일부개정된 것) 제14조의3【전문회사의 준수사항】③전문회사는 대통령령이 정하는 특수한 관계(이하 "특수관계"라 한다)에 있는 자와 다음 각 호의 1에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다. 1. 특수관계에 있는 구조조정대상기업을 인수하거나 당해 구조조정대상기업이 매각하는 자산을 매입하는 행위 2. 전문회사가 인수하거나 자산을 매입한 구조조정대상기업을 특수관계에 있는 자에게 매각하는 행위 3. 자산총액의 100분의 20의 범위안에서 대통령령이 정하는 비율을 초과한 금액을 특수관계에 있는 구조조정대상기업에 투자하는 행위 (4) 산업발전법 시행령(2002.4.20. 대통령령 제17585호로 일부개정된 것) 제11조의3【전문회사의 준수사항 등】③ 법 제14조의3 제3항 본문에서 "대통령령이 정하는 특수한 관계"라 함은 증권거래법시행령 제10조의3 제2항의 규정에 의한 특수관계인에 해당하는 것을 말한다. (5) 증권거래법 시행령 제10조의3 【특수관계자의 범위】② 제1항에서 "특수관계인"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 말한다. 2. 본인이 법인 기타 단체인 경우에는 다음 각 목의 1에 해당하는 자 가. 임원 나. 계열회사 및 그 임원 다. 단독으로 또는 제1호 각목의 관계에 있는 자와 합하여 본인에게 100분의 30이상을 출자하거나 기타 임원의 임면등 본인의 주요 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 개인 및 그와 제1호 각목의 관계에 있는 자와 단체(계열회사를 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 및 그 임원 라. 본인이 단독으로 또는 그와 가목 내지 다목의 관계에 있는 자와 합하여 100분의 30이상을 출자하거나 기타 임원의 임면등 단체의 주요 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 경우 당해 단체 및 그 임원 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 일반인을 상대로 한 대출사업, 매출채권의 양수 및 관리 등 팩토링금융을 영위하는 법인이고, OOO 및 OOO는 각각 OOO시와 OOO시에 소재한 레미콘사로, 청구법인은 쟁점레미콘사와 1996년 및 1998년에 각각 대출한도 약정을 체결한 이래 지속적으로 대출이 증가하여, 출자전인 2002년초 현재 청구법인의 쟁점레미콘사에 대한 대출채권은 아래의 〈표1〉과 같고, OOO 및 OOO가 2001.3.31. 청구법인의 주식을 각각OOO주(1.8%) 및 OOO주(2.29%)를 각각 취득함에 따라 「법인세법」상 특수관계자가 되었는 바, 처분청의 조사보고서 등 심리자료의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (가) 2002.4.1. OOO그룹 구조조정본부 출신의 김OOO, 김OOO이 이사로 등재된 OOO인베스트먼트를 통해 OOO1호를 금융감독원에 등록하였고, 청구법인은 2002년 3월 ～ 2002년 9월에 걸쳐 OOO1호에 OOO원을 출자하였고, 청구법인 외에 주식회사 OOO인베스트먼트(이하 “OOO인베스트먼트”라 한다)가 OOO원, OOO캐피탈이 OOO원을 아래의 〈표1〉와 같이 출자하였다. OOO (나) OOO인베스트먼트가 아래의 〈표2〉와 같이 우선 OOO 및 OOO의 유상증자에 참여하였고, OOO1호는 출자금으로 2002년 3월부터 9월에 걸쳐 OOO인베스트먼트로부터 OOO 주식 OOO원, OOO 주식 OOO원, 합계 OOO원 상당의 주식을 취득하였으며, OOO 및 OOO는 유상증자 대금으로 2002년 5월 청구법인에 대한 차입금OOO 및 이자 OOO원을 상환하였다. OOO (다) 쟁점레미콘사는 레미콘 업계의 지속적인 부실로 인해 구조조정을 통해, 2004.10.18. OOO레미콘에 흡수·합병되었고, OOO1호는 합병신주로 OOO레미콘 주식 OOO주를 수령하여, 동 주식을 청구법인 등에 잔여재산으로 분배한 후, 2004.10.25. 해산되었고, OOO레미콘은 2005.1.3. OOO메이저에 합병되었으나, 당시 합병비율이 1:0인 관계로 청구법인은 신주를 배정받지 못하였고, 청구법인은 OOO1호에 대한 출자금 투자손실 OOO원을 2005사업연도에 전액 손금으로 처리하였다. (2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 OOO1호에 대한 출자는 계열사 부당지원 목적의 부당거래가 아닌 출자후 채무를 상환받은 출자전환거래라는 주장으로 주요 주장 논거는 아래와 같다. 1) 1999년 외환위기 이후 건설경기 호황으로 레미콘산업 성장세가 지속될 것으로 예상됨에 따라 기존에 거래하던 OOO 및 OOO를 비롯하여, OOO메이저와 주로 거래하는 레미콘업체에 대한 대출거래 를 확대하였던 것이나, OOO 및 OOO가 이자비용 부담으로 영업실적이 크게 개선되지 않아 대출금에 대한 대손으로 손실이 예상되어 기업구조조정을 통한 실적개선으로 대출금 회수를 도모할 수밖에 없었던 것으로 이에 따라 이자비용의 절감을 통하여 OOO 및 OOO의 실적을 개선시키고, 이에 따른 대출금 회수를 위해 출자전환이 필요하였으며, 여러 방안 중 제반 여건상 가능한 「산업발전법」상의 기업구조조정조합 활용으로 의사결정을 한 것이다. 2) 기업구조조정조합의 본연의 목적인 부실기업의 기업구조조정을 위해 청구법인이 OOO1호에 출자하였다는 사실은, OOO1호가 출자한 이후 OOO 및 OOO의 재무구조가 건전화되고 수익구조도 영업이익을 창출할 수 있을 만큼 아래의 〈표6〉 및 〈표7〉와 같이 개선되었다는 점에서 확인할 수 있는 바, OOO은 2002년 출자 직후부터 부채의 감소로 인해 재무구조가 크게 개선되어 자본잠식 상태에서 벗어났고, 이로 인해 이자비용의 감소로 순손실에서 순이익으로 전환되는 등 수익구조가 크게 향상되었고, OOO OOO 역시 비록 자본잠식 상태에서 벗어나지는 못하였지만, 이자비용의 감소로 인해 2004.9.에는 순이익이 발생하는 등 수익구조는 크게 개선되었는 바, 결국 OOO1호의 설립취지인 부실기업의 기업구조조정이라는 점은 분명히 달성되었는 바, 이를 두고 부당자금지원 목적의 증자라고 볼 수 없다. OOO 3) OOO메이저와 OOO 및 OOO는 레미콘 공급업체와 주거래처의 관계로서 긴밀하게 영업상 협력관계를 유지하였던 것을 두고, 처분청이 위장계열사 운운하는 것은 영업현실을 무시하는 처사로, 처분청은 OOO 및 OOO 등 레미콘사가 OOO그룹의 OOO 인수를 위한 주식의 취득에 이용되면서 거액의 차입금이 발생하였다고 하나, 레미콘사들은 OOO 주식에 최초로 투자한 이래 1999년 11월에 매각하기까지 다음 〈표8〉과 같이 거액의 처분이익을 실현하였다. OOO 4) 청구법인은 대출을 주된 영업으로 하고 있는 금융기관으로서 대출채권은 차입자가 특수관계자인지 여부에 불문하고 영업용 채권에 해당되어, 회수 불가시 대손처리가 가능하므로 세무상 손금인정 목적으로 OOO1호 출자를 통해 대여금 채권을 주식으로 전환할 필요는 전혀 없었고, 설령 대출 당시에 청구법인과 OOO 및 OOO 간에 특수관계가 있었다고 할지라도 청구법인은 대출을 주된 영업으로 하고 있는 금융기관에 해당되어, 차입자가 특수관계자라고 할지라도 대출금은 영업용 채권에 해당되어 회수 불가시 대손처리가 가능하다. 5) 「산업발전법」에 의한 기업구조조정조합은 출자자와는 별도의 독립적인 인격체이므로, 기업구조조정조합에의 출자자는 조합이 투자한 자산에 대한 직접적인 투자자가 아니라 조합에 대한 투자자에 불과하여 조합의 운용결과에 따른 수익 또는 손실을 배분 받을 뿐이므로, 청구법인이 조합에 출자하는 행위와 조합의 투자하는 행위는 세법상 구분하여 판단되어야 하고, 청구법인이 OOO1호에 출자할 당시에는 OOO1호가 부실자산을 매입하는 등 어떠한 행위도 이루어지지 않았으므로 OOO1호에 대한 출자당시 출자지분의 가치는 출자액으로 평가되어야 하며, 설립 이후 이루어진 OOO1호의 사후 투자행위에 근거하여 OOO1호에 대한 출자행위를 부실자산의 고가매입으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다. (나) 처분청은 청구법인이 구조조정조합을 통해 변칙적인 유상증자 형식을 빌려 특수관계자를 부당지원한 것으로 부당행위계산부인 대상이라는 의견으로 주요 논거는 다음과 같다. 1) OOO캐피탈이 특수관계자인 쟁점레미콘사(OOO 및 OOO)의 유상증자에 직접 참여하여 자금을 지원하는 경우, 부당행위계산 부인 규정 적용대상이 되므로, 쟁점레미콘사의 유상증자에 「산업발전법상」 구조조정조합인 OOO1호를 통하여 우회 지원한 것인 바, 이는 부당행위 부인대상에 해당된다. 가) OOO1호를 통하여 변칙적인 출자전환 및 채무면제는 정상적인 기업구조조정조합의 통한 구조조정 목적과 상관없이 관련 기업의 계열편입 문제를 회피하면서 부당지원하기 위한 도관에 불과한 것으로, OOO종합금융증권 기획팀이 2002.6.26. 작성한 「레미콘사 출자전환 관련 검토」에서 ‘직접 출자전환하는 경우 30%이상 최대출자자로서 계열편입 문제가 발생’하는 것으로 내부검토하였고, 다른 내부서류인 2004.3.16. 작성 「공정위의 레미콘사 계열편입 ISSUE 제기 관련 보고」에서는 OOO과 OOO의 계열편입을 회피하기 위한 방안을 마련하는 등 위장계열사인 OOO과 OOO의 계열사 편입 등 특수관계자간 자금지원을 회피하기 위하여 구조조정조합을 이용하였음이 나타나며, 김OOO(OOO1호 대표)은 2010.4.27. 작성한 문답에서, OOO 및 OOO의 유상증자는 OOO그룹의 부실계열사 정리차원에서 추진한 것이고, OOO1호가 OOO 및 OOO에 출자한 것은 아무리 구조조정조합이라도 이해할 수 없는 출자라고 진술하였으며, OOO1호에 출자한 OOO캐피탈 외 다른 투자자인 OOO인베스트먼트는 출자금 OOO원중 OOO원과 관리보수 OOO원 총 OOO원을 회수하였고,OOO캐피탈도 OOO원을 출자하여 총 OOO원을 회수하여 한 점 등으로 확인되는 바, OOO1호는 단지 OOO캐피탈이 OOO과 OOO를 부당지원하기 위한 도관에 불과함을 확인할 수 있다. 나) 2001년말 현재 OOO의 순자산(자본)은 OOO원, OOO의 순자산(자본)은 OOO원으로 자본잠식 상태인 바, 차입금의 대부분이 회사의 운영자금 등 정상적인 영업활동에 사용된 것이 아니라 OOO그룹의OOO 인수를 위한 주식 취득자금으로 사용되었기 때문이며, 이는 OOO그룹 구조조정본부에서 관리하던 내부서류 「용도별 차입금현황」자료에서 1999.1.31. 현재 OOO 주식 취득으로 인해 OOO 및 OOO의 차입금이 OOO원 및 OOO원이고 이로 인하여 재무상태가 자본잠식 된 것을 알 수 있고, 내부서류인 1999.1.31.자 「OOO주식평가」에서는 OOO 등 OOO 주식을 보유중인 레미콘사들의 1999.1.31. 현재 주식평가손실이 OOO원(OOO OOO원, OOO OOO원 등)에 달해 업무와 관련 없는 OOO 주식을 인수하는데 차입금을 사용하였고, 장기간 OOO 주식을 보유함으로 인해 과도한 이자비용이 발생하고 이자를 상환하기 위해 다시 고율의 차입금을 발생시키는 악순환으로 자본잠식에 이르게 되었음을 알 수 있어, OOO과 OOO가 단순히 OOO메이저의 영업상 주요거래처 이상의 관계로 실제 위장계열사에 확인할 수 있다. 또한, OOO과 OOO가 위장계열사였음은 이외에도 레미콘사 대표자들의 진술로도 확인할 수 있는데, 김OOO(OOO산업 대표이사)의 2010.2.16. 작성 문답서에 의하면, OOO그룹이 레미콘사의 임원 임면권을 행사하였고, OOO산업 재직기간동안 OOO산업 주식을 보유한 것으로 확인되나, 주식 취득에 개인자금이 사용되지 않았으며, 레미콘사가 차입금을 발생시켜 OOO사 주식을 취득한 것을 알지 못하는 것으로 진술하였고, 한명식(OOO 및 OOO공영 대표 역임)과 고OOO(OOO레미콘 및 OOO레미콘 대표 역임) 역시 OOO 주식 취득을 위한 차입금조차 알지 못하였고, OOO캐피탈의 구조조정조합을 통한 우회 유상증자는 레미콘사의 부채 탕감이 목적이었다고 진술하였고, 윤OOO(OOO레미콘, 구 OOO레미콘 대표 역임)은 OOO시멘트 영업부장의 추천으로 OOO레미콘 대표이사로 재직하였다고 진술하였으며, 최OOO(OOO메이저 감사팀장, OOO레미콘 대표 역임), 강OOO(OOO메이저 건설부문 대표이사 및 OOO레미콘 대표 역임), 이OOO(OOO캐피탈 대표이사 역임) 진술 등에도 OOO그룹이 레미콘사의 경영 등에 직간접적으로 관여하였음을 확인할 수 있는 바, 청구법인은 도관에 불과한 OOO1호 구조조정조합을 통해 위장계열사인 OOO과 OOO의 시가가 ‘0’원인 주식을 액면가액으로 인수한 것은 위장계열사인 쟁점레미콘사에 자금을 지원하기 위한 부당행위에 해당된다. 2) OOO캐피탈은 자본잠식한 OOO 및 OOO의 대출채권에 대한 OOO메이저의 지급보증으로 대손처리가 불가능한 상태에 있었고, OOO 및 OOO가 청산되지 않는 한 이에 대한 대손처리 역시 불가능한 상태였으므로, OOO1호를 통하여 OOO메이저 등의 지급보증을 면제해준 부당행위에 해당된다. 가) OOO그룹은 OOO 주식 취득을 위한 차입금으로 자본잠식에 처한 OOO과 OOO의 채무면제를 추진하였으나, 금융감독원 등의 금융감독기관의 규제가 심하여 OOO종합금융증권은 이를 포기하고 금융감독원 등의 감사대상이 아닌 OOO캐피탈이 단독으로 채무의 출자전환을 한 것이다. 그 근거로는 첫째, OOO캐피탈 감사보고서 재무제표에 대한 주석에는 ‘레미콘사에 대한 대출금액에 대해 주거래처로부터 지급보증을 받았다’고 기재되어 있고, OOO메이저의 감사보고서 재무제표에 대한 주석 역시 OOO레미콘의 차입금 등에 대해 지급보증을 제공하고 있음을 기재하고 있으며, OOO 및 OOO레미콘의 감사보고서 주석사항에서 OOO메이저 및 OOO종합금융증권 등으로부터 지급보증을 받고 있다는 사실을 기재하고 있어, OOO과 OOO가 청산되는 경우 OOO메이저가 상환할 의무가 있음을 확인 할 수 있는 바, 「법인세법」상 지급보증 채무는 대손처리 할 수 없기 때문인 것이다. 둘째, OOO그룹의 실질적인 지주회사인 OOO메이저는 해외투자 실패 등으로 재무상황이 좋지 못하였는데, OOO메이저의 7개사 합병시 OOO 및 OOO까지 채무면제 없이 합병할 경우 2004.12.31. 현재 OOO메이저의 총 자본금 OOO원중 자기자본은 OOO원에 불과해 상장폐지 사유에 해당하고, 이는 차입금의 만기연장 및 회사채 발행 불가로 이어져 부도위험에 처할 수 있으므로 이를 방지하기 위하여 채무를 사전적으로 면제한 한 것이다. 나) OOO캐피탈은 OOO메이저가 지급보증하고 있는 위장계열사 OOO 및 OOO의 채무 OOO원(대출채권 및 관련 이자비용 포함)을 면제하고자 「산업발전법」상 구조조정조합을 악용하여 시가가 ‘0’원인 주식을 액면가액으로 인수하여 위장계열사에 자금을 지원하고, 나아가 그룹의 지주회사 OOO메이저의 지급보증을 면제받게 한 것으로 부당행위에 해당한다. (다) 처분청은 조세심판관회의(2012.5.16.)에 출석하여 OOO 및 OOO에 대하여 OOO메이저가 지급보증을 하고 있다고 진술하였으나, OOO 및 OOO의 감사보고서 주석사항을 검토한 바에 의하면, 청구법인으로부터의 차입금에 대한 지급보증이 아니라 OOO종합금융 및 OOO캐피탈로부터의 차입금에 대하여 지급보증한 것으로 나타난다. (라) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인이 94% 이상 대부분의 자금을 출자하여 설립한 OOO1호가 자본이 완전히 잠식된 청구법인과 특수관계에 있는 쟁점레미콘사의 유상증자에 참여하였고, 쟁점레미콘사는 유상증자를 받은 금액으로 청구법인에 대한 채무를 상환한 이 건의 경우 OOO1호는 OOO캐피탈의 쟁점레미콘사에 대한 거액의 대출금을 면제하기 위해 설립된 도관에 불과한 것으로 보이고, OOO1호의 대표 김OOO은 OOO지방국세청장의 조사시 2010.4.27. 작성한 문답서에서 쟁점레미콘사의 유상증자는 OOO그룹의 부실계열사 정리차원에서 추진한 것이고, OOO1호가 쟁점레미콘사에 출자한 것은 아무리 구조조정조합이라도 이해할 수 없는 출자라고 진술한 점, OOO1호에 출자한 청구법인 외 다른 투자자들은 출자에 따른 손실을 보지 아니한 점, OOO산업 대표이사 김OOO에 대한 2010.2.16. 문답서에 의하면 OOO그룹이 레미콘사의 임원 임면권을 행사하였고, OOO산업 재직기간 동안 OOO산업의 주식을 보유한 것으로 나타나나, 실질은 본인이 주식취득 자금을 납부하지 않았다고 진술한 점, OOO 및 OOO공영의 대표이사를 역임한 한OOO이 청구법인의 구조조정조합을 통한 우회 유상증자는 레미콘사의 부채 탕감이 목적이었다고 진술하고 있는 점, OOO 레미콘사의 대표를 역임한 윤OOO은 OOO시멘트 영업부장의 추천으로 OOO레미콘의 대표이사로 재직하게 되었다고 진술한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점레미콘사의 청구법인에 대한 차입금 상환의무를 청구법인이 OOO1호를 통하여 부당하게 면제해준 것으로 보이므로, 처분청이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2003사업연도의 손금불산입액 OOO원과 2004사업연도 손금불산입액 OOO원은 2005사업연도의 이월결손금으로 인정하여야 한다는 주장으로 주요 논거는 아래와 같다. 1)　납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있는 것(대법원 2003두13212, 2004.6.11., 대법원 93누3677, 1993.11.12.)으로, 이 건의 경우 처분청은 청구법인이 정당하게 신고한 1999사업연도 쟁점주식의 취득원가를 부인한 후 2003사업연도의 처분한 주식의 취득원가 OOO원을 손금불산입하고 이월결손금을 감액·경정 하였다. 2) 대법원판결에 의하면 이 사건과 같이 과세관청이 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 산정하고 이에 따라 과세표준을 경정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니고(대법원 2001두2652, 2002.11.26.), 또 과세관청의 조사결정이 있은 경우라 하더라도 과세표준과 납부세액의 결정이 없이 결손금만 감액하는 경우에는 그로써 당해 사업연도의 결손금을 확정하는 효력이 없고 법인으로서도 과세관청이 인정한 결손금을 다투어 시정을 구할 방도는 어차피 없는 것(대법원 93누3677, 1993.11.12.)이므로, 처분청이 1999년 취득한 OOO생명보험주식의 취득원가를 익금산입(기타)과 손금산입(○유보)하는 방식으로 부인하고, 2003사업연도의 손금을 부인하여 결손금을 경정하더라도 이를 다투어 시정을 구할 방도도 없고, 시정을 구할 실익도 없 는 것이며, 이러한 처분청의 행위에 대하여는 결손금이 실제 공제되 어 과세표준과 세액에 영향을 미치는 사업연도(이 사건의 경우 2005사업연도)에 불복하는 것으로 그 시정을 구하는 것으로 충분한 것이다. 3) 그럼에도 불구하고 청구법인은 처분청의 이러한 행위가 위법하다는 사실을 조속히 확정하기 위하여 2005사업연도 결손금에 대하여 경정청구를 하였고, 그에 대한 거부처분에 대하여 소송한 결과 대법원에서 처분청의 행위가 위법하다는 판단을 받게 되었는 바, 대법원은 본건과 같이 과세관청이 위법하게 과세한 경우뿐만 아니라 납세의무자 신고를 하지 아니한 경우조차도 과세관청이 조사결정하여야 할 의무가 있다(대법원 93누3677, 1993.11.12.)고 보고 있고, 이와 같이 적법한 과세표준과 세액을 결정할 의무가 있는 처분청이 위법하게 과세한 사실을 알고서도 이를 경정하지 아니하고, 경정이 없었다는 사유로 이월결손금공제를 부인하는 것은 부당하다. 4) 처분청이 부당하게 1999 및 2003사업연도의 취득원가를 부인하여 결손금을 감액·경정하였고, 그에 따라 청구법인이 2004사업연도 결손금을 감액하는 세무신고를 하였고, 불복대상사업연도 이전 5년 이내에 발생한 결손금은 제척기간과 관계없이 결손금 재계산이 가능하며 ( 국심 2007중243, 2007.7.12.), 과세관청은 결손금을 확정하여야 할 의무가 있는 것이고, 더욱이 이 사건의 경우에는 처분청의 잘못된 과세로 2003및 2004사업연도 결손금이 감소되었으므로 신의성실의 원칙에 따라 처분청은 마땅히 결손금을 증액·경정하여야 한다. (나) 처분청은 2003 및 2004사업연도의 경우 부과제척기간이 경과하여 2005사업연도의 이월결손금으로 인정할 수 없다는 의견으로 주요 의견은 다음과 같다. 1) 불복청구의 이유는 당초 확정된 세액을 초과하는 부분만이 불복청구의 대상이 되어야 할 것이므로 증액경정처분에 대한 불복에서 확정된 당초 결정세액의 취소를 구하는 청구는 부적법하다. 2) 부과제척기간이 경과한 이월결손금은 증액 또는 감액할 수 없어 불복청구의 대상이 아닌 것으로, 「법인세법」 제13조 에서 신고, 결정 또는 경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한하여 과세표준에서 공제할 수 있도록 「법인세법」이 개정(2009.12.31., 법률 제9898호)되었고, 동 개정규정은 부칙 제4조에서 2010.1.1. 이후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정·결정하는 분부터 적용하도록 규정하고 있는 바, 2003 및 2004사업연도에 결손금으로 신고, 결정 또는 경정되지 아니한 결손금을 2005사업연도의 이월결손금으로 공제할 수 없는 것이다. (다) 살피건대, 이 건 2005사업연도 법인세 과세처분은 2010.6.10.로 「법인세법」제13조 (2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것)의 시행일(2010.1.1.) 이후이고, 청구법인이 주장하는 2003 및 2004사업연도의 결손금은 같은 법 제13조 제1호 후단에 따라 「법인세법」 제60조 에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」제45조 에 따라 수정신고된 결손금으로 볼 수 없어, 같은 법 부칙제4조(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 단서에 의한 2005사업연도 법인세를 경정함에 있어 공제대상 이월결손금으로 볼 수 없는 것(조심 2010전3900, 2010.12.31., 같은 뜻임)이므로, 2003 및 2004사업연도의 결손금을 2005사업연도의 과세표준에서 공제되는 이월결손금으로 인정하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.