국심2003중2550 (2006.08.17)

OOO세무서장이 2003.5.19. 청구법인에게 한 2000～2001사업연도분에 대한 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소하고 <별지2>에 기재된 내용에 따라 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 청구는 이를 각하한다.

1. 처분개요

청구법인은 1956.3.24. 설립된 이래 종합상품도매업OOO을 영위하고 있는 법인으로, 청구법인이 당초 신고한 1997～2001(1.1.～12.31.)사업연도의 법인세 과세표준 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 동 오류 또는 탈루된 내용을 수정하여 아래 <표1>과 같이 2003.3.31. 처분청에 1997～1999사업연도분에 대하여는 오류신고에 대한 정정신고를 하고, 2000～2001사업연도분에 대하여는 경정청구를 하였다.

OOO

처분청은 2003.5.19. 청구법인이 한 위 정정신고 및 경정청구에 대하여 청구법인이 사실과 다른 회계처리를 하지 않은 것처럼 재무제표를 공시하고 당해 사업연도의 법인세를 계산하여 자진신고·납부하였다가 검찰수사결과 사실과 다른 회계처리사실이 드러나자 경정청구하는 것은 납세자의 신의성실의 원칙과 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 의하여 그 실질여부를 판단할 필요도 없이 받아들일 수 없고, 특히 1997～1999사업연도는 경정청구기간이 지난 것이므로 경정할 수 없다는 이유로 거부통지를 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.8.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 경정청구는 납세자에 대하여 신의성실의 원칙을 적용할 사안이 아니므로 실질과세의 원칙을 적용하여야 하며, 설령 신의성실의 원칙이 적용된다 하더라도 처분청은 경제적 불이익을 받은 선의의 제3자에 해당되지 않아 납세자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위한 요건을 결하였으며, 사실과 다른 회계처리로 인하여 당초 과다 납부한 세금을 돌려 받는 것이 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법 취지를 몰각시키거나 사회적으로 사실과 다른 회계처리를 조장하는 것은 아니며, 처분청이 이 건 경정청구를 기각한 것은 조세법률주의에도 반하는 처분이어서 동 거부처분은 위법·부당하므로 취소되어야 하고, 수정된 재무제표를 근거로 그 실질에 따라 법인세를 계산하여 환급가산금을 포함 관련 세액을 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 사실과 다른 회계처리를 하지 않은 것처럼 재무제표를 공시하고 당해 사업연도의 법인세를 계산하여 자진신고·납부하였다가 검찰수사결과 사실과 다른 회계처리사실이 드러나자 경정청구하는 것은 납세자의 신의성실의 원칙과 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 의하여 그 실질여부를 판단할 필요도 없이 청구주장을 받아들일 수 없는 것이며OOO, 1997～1999사업연도분 오류정정신고는 경정청구기간이 경과되었음은 물론 신의성실의 원칙에도 위배되므로 청구주장을 받아들이지 아니한 당초 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

검찰청 등의 조사로 사실과 다른 회계처리사실이 드러나자 이에 근거하여 청구법인이 법인세 오류신고에 대한 정정신고(1997～1999사업연도)와 경정청구(2000, 2001사업연도)를 한 경우 이를 인정하여 당초 신고한 당해 사업연도의 법인세 과세표준을 감액경정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년(2000.12.29 개정 전에는 1년) 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때.

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때.

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고 결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고 결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(2) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(3) 국세기본법 제15조 【신의 성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 OOO 등의 조사로 당초 결산에 반영되어야 할 사항 중누락된 회계사실이 확인되었다 하여 당초 신고한 1997～2001사업연도(매년 1.1.～12.31.)의 법인세 과세표준 신고내용을 수정하여 <표1>과 같이 처분청에 1997～1999사업연도에 대하여는 오류신고에 대한 정정신고를 하고, 2000～2001사업연도에 대하여는 경정청구를 한데 대하여, 처분청은 청구법인이 사실과 다른 회계처리를 하지 않은 것처럼 재무제표를 공시하고 당해 사업연도의 법인세를 계산하여 자진신고·납부하였다가 검찰수사결과 사실과 다른 회계처리사실이 드러나자 경정청구하는 것은 납세자의 신의성실의 원칙과 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 의하여 그 실질여부를 판단할 필요도 없이 받아들일 수 없고, 특히 1997～1999사업연도는 경정청구기간이 지난 것이므로 경정할 수 없다는 이유로 거부통지를 한 사실이 경정청구서, 거부통지서 등 심리자료에 의하여 확인되고, 청구법인이 사실과 다른 회계처리를 한 구체적인 내역은 <별지1>과 같으며, 세무조정을 한 후의 각 사업연도별 과세표준과 세액의 경정(정정)청구 내역은 <표1>과 같다.

(2) OOO이 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제15조의 규정에 의하여 청구법인의 제47기(1999.1.1.～1999.12.31.), 제48기(2000.1.1.～2000.12.31.) 및 제49기(2001.1.1.～2001.12.31.) 재무제표를 감리한 결과 사실과 다른 회계처리사실이 발견되어 청구법인이 회계처리기준을 위반한 사실이 지적되었고, OOO는 2003.3월～2003.6월 기간동안 실지조사 등을 통하여 청구법인의 재무제표를 감리한 후 2003.8.20. 청구법인이 1999사업연도에 당기순이익 211,762,086,756원을, 2000사업연도에 당기순이익 484,168,780,400원을, 2001사업연도에 당기순이익 195,364,811,244원을 각각 과대계상하여 사실과 다른 회계처리(<별지1> 참조)를 하였다는 내용을 의결하고, 청구법인·관련 감사인 및 공인회계사에 대하여 제재조치를 하였는 바OOO, 그 제재조치의 내역을 보면, 청구법인에게는 임원 해임권고 1명, 임원 해임권고 상당 3명, 유가증권 발행제한 12월을, 외부감사인 회계법인에게는 과징금 320백만원, 특정회사 감사업무 참여제한 5년 등을, 관련 공인회계사 2명에 대하여는 등록취소 건의, 3명에 대하여는 직무정지 1년 건의 등의 조치를 한 것으로 나타난다.

위 OOO의 제재조치와는 별도로 청구법인 및 관련 임원(대표이사 손OOO, 박OOO 등)은 증권거래법, 주식회사의 외부감사에 관한 법률 및 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반으로 검찰에 기소되었으며, 2003.6.13. OOO으로부터 유죄판결을 각각 선고 받았는 바, 청구법인에게는 벌금형이, 관련 임원에게는 징역형(집행유예)이 선고되었고, 청구법인은 항소를 포기하여 유죄판결이 그대로 확정되었으며, 관련 임원은 항소하여 OOO에 계류중에 있고, OOO가 실지조사 등을 통하여 청구법인의 재무제표를 감리한 후 밝혀진 사실과 다른 회계처리를 한 사실(<별지1> 참조)은 재판과정에서 그대로 인정된 것으로 나타난다.

(3) 우리원이 <별지1>의 사실과 다른 회계처리사실에 대하여 처분청에 확인조사를 요청OOO하여 회보받은 사실과 다른 회계처리 내용OOO은 <별지2> 1998～2001사업연도의 ‘<별지1>에 근거하여 처분청이 확인한 과소(과다)신고 금액’과 같다.

(4) 청구법인은 당해 과세기간에 대해 법인세를 신고·납부하였다 하더라도 사후에 사실과 다른 회계처리사실이 확인되었다면 그 확인된 구체적 사실에 따라 경정이 이루어져야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 사실과 다른 회계처리를 하지 않은 것처럼 재무제표를 공시하고 당해 사업연도의 법인세를 계산하여 자진신고·납부하였다가 나중에 사실과 다른 회계처리사실이 드러나자 경정청구하는 것은 납세자의 신의성실의 원칙에도 위배됨은 물론 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에도 위배되어 경정하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 실질과세의 원칙에 비추어 법인세의 과세소득을 계산함에 있어서 구체적인 세법 적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 당해 법인의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 할 것인 바OOO, 앞서 본 내용에 의하면, 청구법인이 당초 법정신고기한내에 한 법인세 신고는 장부상 과다계상된 수입금액과 과소계상된 비용 등을 기초로 한 것으로서 손금산입되거나 익금불산입되어야 할 부분을 제대로 반영하지 아니한 것으로 확인된다.

(나) 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인 바OOO, 조세법률주의에 의하여 합법성이 강하게 작용하는 조세 실체법에 대한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 허용된다고 할 것이고, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임도 부담하고 있는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자가 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상하는 등의 방법으로 사실과 다른 결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고·납부하였다가 그 과다납부한 세액에 대하여 경정청구를 하여 다툰다는 사정만으로 신의성실의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 볼 수는 없는 것이고, 과세관청이 사실과 다른 결산에 따른 법인세신고를 그대로 믿고 과세하였다고 하더라도 이를 보호받을 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다OOO

(다) 이 건의 경우, 앞서 살펴 본 바와 같이 청구법인이 당기순이익을 부풀리기 위한 방편으로 손금산입되어야 할 항목을 숨기는 한편, 매출액을 과대계상하는 등 사실과 다른 회계처리의 방법으로 회계장부를 조작하고, 그 조작된 장부를 가지고 산정한 당해 사업연도의 법인세를 과세관청에 신고·납부한 후 스스로 그 장부가 조작되었음을 주장하며 조작된 부분을 손금산입하여 과세표준과 세액을 다시 계산하여야 한다면서 경정청구를 한 것이어서 명백히 자기의 과거의 언동에 반하는 행위라고 할 수 있으나,

반면에 사실과 다른 회계처리 등 회계장부 조작행위에 대해서는 별도의 주식회사의 외부감사에 관한 법률 등에서 이를 처벌하는 규정을 두고 있는 점, 광범위한 실지조사권을 가지고 조세과징권을 행사하는 처분청은 납세의무자인 청구법인에 비하여 세법상 우월한 지위에 있다고 볼 수 있는 점, 법인세법이 2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되면서 제66조 제2항 제4호에 사실과 다르게 회계처리된 장부를 기초로 과세표준과 세액을 과다 계상하여 법인세를 신고·납부한 법인이 일정한 요건하에 국세기본법 관련규정에 따라 경정청구를 하면 과세관청은 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하도록 하는 규정을 신설한 점 등을 종합하여 보면, 과거의 언동에 반하는 청구법인의 이 건 경정청구가 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(라) 처분청은 이 건 경정청구가 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에도 위배된다고 주장하고 있으나, 동 법률은 독립된 외부의 감사인이 그 주식회사에 대한 회계감사를 실시하여 회계처리의 적정을 기하게 함으로써 이해관계인의 보호와 기업의 건전한 발전에 기여함을 목적으로 하고 있고, 주식회사가 사실과 다른 회계처리를 한 경우 동 법률에 규정된 바에 따라 이에 상응하는 적절한 제재조치를 함으로써 동 법률의 입법취지가 효율적으로 실현될 수 있도록 제도적 장치를 두고 있으므로 사실과 다른 회계와 관련된 조세문제는 동 법률의 입법취지보다는 실질과세의 원칙 등 세법의 기본원리를 우선적으로 적용하는 것이 합리적이라 할 것이고, 2003.12.30. 법인세법 제66조 제2항 제4호가 신설되어 법인의 사실과 다른 회계처리로 인하여 과다하게 신고·납부된 법인세에 대해서도 일정한 요건하에 과세표준과 세액을 경정하도록 한 입법취지 등을 감안할 때 주식회사의 외부감사에 관한 법률의 입법취지에 반한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분청의 의견은 합당하지 않는 것으로 보인다.

(마) 따라서, 위 (3)에서 본 바와 같이 청구법인의 회계장부상 과대계상된 수익 및 과소계상된 비용을 손금산입하여 청구법인이 부담할 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 다시 계산하여 보면 과세표준이 음수가 되어 법인세액이 없거나 환급세액이 발생하게 되므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다 하겠다.

(5) 한편, 청구법인이 국세기본법 제45조의 2에 규정된 경정청구기간을 경과하여 한 1997～1999사업연도분에 대한 정정청구는 적법한 경정청구로 인정될 수 없고 단순한 민원의 성격을 가지며 이에 대한 처분청의 경정청구 거부통지 역시 민원회신에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분이 아니라 할 것OOO이므로 1997～1999사업연도분에 대한 심판청구는 불복대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 적법한 청구가 아니라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 국세심판관 합동회의 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다