국심2007전1372 (2008.04.25)

OOO세무서장이 2006.12.4. 및 2007.2.12. 청구법인에게 한 2002.7.1.～2003.6.30.사업연도 및 2003.7.1.～2004.6.30.사업연도 영업권상각비 및 현재가치할인차금상각비의 손금산입 관련 경정 거부처분은 청구법인이 2000.6.29. OOO신용금고를 인수하면서 발생한 계약이전손실금 78,317,610,384원과 관련하여 1999.7.1.～2000.6.30.사업연도 이후의 소득금액 및 이월결손금을 다음과 같은 방법으로 재계산하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 청구법인이 1999.7.1.～2000.6.30.사업연도에 세무상 손금산입한 계약이전손실금 78,317,610,384원을 손금불산입한다.

2. 청구법인이 1999.7.1.～2000.6.30.사업연도에 회계상 계상한 영업권 및 현재가치할인차금을 세무상 영업권 및 현재가치할인차금으로 보아

법인세법시행령 제26조

의 규정에 의한 상각범위액의 범위내에서 청구법인이 각 사업연도에 회계상 계상한 상각비 해당액을 세무상 손금으로 추인하되, 영업권 및 현재가치할인차금 상각도중 OOO 출연금으로 보전되어 실제로 출연받은 날이 속하는 사업연도에 익금산입한 금액은 영업권 및 현재가치할인차금에서 해당액을 직접 차감하고, 같은 금액을

조세특례제한법 제52조

의 규정에 의하여 세무상 손금에 산입한다.

3. 위 2.항과 관련하여 청구법인이 회계상 계상한 상각비 중 세무상 손금으로 추인(신고시인) 가능한 상각가능금액은

법인세법시행령 제26조

의 규정에 의한 상각범위액에서 각 사업연도 OOO 출연금 상당액을 차감한 금액으로 한다〔구체적인 상각가능금액(상각허용액) 계산방법 <별지> 참조〕.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO은행법에 의하여 설립되어 ‘금융업’을 영위하고 있는 법인으로 2000.6.29.

금융산업의구조개선에관한법률 제14조

제2항의 규정에 의한 OOO 위원장의 계약이전 결정에 따라 부실금융기관인 OOO신용금고의 자산 31,052,899,482원과 그 자산을 초과하는 부채 109,370,509,866원을 계약인수방식에 따라 인수하고, 인수부채액과 인수자산액의 차액인 계약이전손실금 78,317,610,384원 전액을

조세특례제한법 제52조

의 규정에 의하여 자산가액을 초과하는 부채를 이전받은 날이 속하는 1999.7.1～2000.6.30사업연도(이하 “2000사업연도”라 한다) 손금에 산입하는 한편, 그 계약이전손실금을 OOO가 정한 OOO은행업감독규정 제16조의2 제1항의 규정에 따라 회계상 영업권(이하 “이 사건 영업권”이라 한다)으로 계상하였다.

나. 청구법인은 위 계약이전과 관련하여 OOO공사로부터 7년에 걸쳐 지원받기로 약정한 금액(이하 “OOO공사 출연약정액”이라 한다) 중 각사업연도에 실제로 출연받은 금액은 정부의 합병지원금으로 보아 기타영업수익 중 잡수익에 계상하였으며, 2001.6.30. 외부감사인의 수정권고에 따라 이 사건 영업권 가액에서 계약인수 차입금의 명목가액과 공정가액의 차액에 해당하는 25,548,471,136원을 차감하여 장기차입금 평가계정인 현재가치할인차금으로 계상한 다음, 각사업연도 재무제표에 계상한 영업권과 현재가치할인차금에 대한 상각비를 세무상 손금불산입 및 유보로 세무조정하였다.

다. 그 후, 청구법인은 2006.9.30. 및 2007.1.16.자로 청구법인이 2002.7.1～2003.6.30사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다)와 2003.7.1～2004.6.30사업연도(이하 “2004사업연도”라 한다)에 각각 손금불산입 및 유보로 세무조정하여 신고한 영업권상각비 7,035,885,230원(2003년 3,517,942,615원, 2004년 3,517,942,615원)과 현재가치할인차금상각비 6,811,481,027원(2003년 3,325,851,793원, 2004년 3,485,629,234원)을 세무상 손금으로 인정하여 2003～2004사업연도 과세표준을 경정하여 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 이 사건 영업권이 이미 손금계상한 계약이전손실금과 관련된 것이므로 세무상 영업권으로 볼 수 없다 하여 청구법인에게 2003사업연도분에 대하여 2006.12.4.자로, 2004사업연도분에 대하여 2007.2.12.자로 각각 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.26. 이의신청을 거쳐 2007.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 초과수익력이라는 무형의 자산적 가치를 평가하여 취득한 것이므로 이 사건 영업권은 감가상각이 인정되는 세무상의 영업권에 해당된다고 보아야 하고, OOO공사로부터 지원받은 출연금은 그 지원받은 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하여야 하나, 청구법인은 관련 법령의 오해로 인하여 계약이전손실금 전액을 출연금을 지원받기로 약정한 날이 속하는 2000사업연도 손금에 산입한 것으로, 이를 이유로 처분청이 이 사건 영업권을 세무상 영업권으로 인정하지 아니한 것은 부당하므로 청구법인이 당초 2003～2004사업연도에 회계상 계상하였다가 세무상 손금불산입한 영업권 상각비 7,035,885,230원(2003년 3,517,942,615원, 2004년 3,517,942,615원)과 영업권 계정에서 이체된 현재가치할인차금의 상각비 6,811,481,027원(2003년 3,325,851,793원, 2004년 3,485,629,234원)은 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다.

(2) 청구법인은 2003～2004사업연도에 OOO공사로부터 보전받은 계약이전손실금 8,855,268,049원(2003년 4,836,073,940원, 2004년 4,019,194,109원)을 정부의 합병지원금으로 보고 익금에 산입하였으나, 재정경제부의 예규(OOO, 2006.12.21.)에 의하면, 계약이전손실금 중 OOO사로부터 보전받은 금액은 손금에 산입할 수 있고, 보전받지 못한 금액은 영업권으로 계상할 수 있는 것이므로, 위 OOO 출연금은 순부채액의 초과인수에 대한 대가로 보아 익금불산입하여야 하고, 계약이전손실금 중 OOO공사 출연금을 초과하는 금액 36,127,740,384원은 영업권으로 보아야 할 것이므로 이에 대한 2003～2004사업연도 상각범위액 내의 금액 4,817,042,050원은 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 계약이전손실금 전액을 경정청구일 현재 부과제척기간이 경과한 2000사업연도 손금에 이미 산입하였고, 청구법인이 2000사업연도 재무제표에 계상한 이 사건 영업권은 단지 부실 금융기관인 OOO신용금고로부터 인수한 자산과 인수한 부채의 차액을 기업회계상 영업권으로 임의 계상한데 불과하여

법인세법시행규칙 제12조

제1항 제1호 소정의 영업권에 해당되지 아니하므로, 그 상각비 7,035,885,230원과 영업권 계정에서 이체된 현재가치할인차금의 상각비 6,811,481,027원을 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인은 이 건 경정청구 당시 2003～2004사업연도에 OOO공사로부터 보전받은 금액 8,855,268,049원의 익금불산입과 관련된 청구를 한 사실이 없으므로 이 부분 청구주장은 불복 심리의 대상이 되지 아니한다고 보이고, 설사 심리대상으로 본다 하더라도, 예금보험공사 출연약정액은 청구법인이 부실금융기관을 인수함에 따라 발생된 손실금을 OOO공사로부터 보전받기로 한 것으로, 이 건 계약이전손실금을 영업권으로 계상하는 것과는 별개의 사안이며, 위 약정에 의하여 청구법인이 2003～2004사업연도에 OOO공사로부터 보전받은 금액 8,855,268,049원은 청구법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생한 수익으로써 익금에 해당하므로 이를 익금불산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려우며, 청구법인은 이 건 계약이전손실금 전액을 이미 부과제척기간이 경과한 2000사업연도 손금에 산입한 사실이 있고, 재정경제부 예규(OOO, 2006.12.21.)에 의하면 세법상 손금산입한 금액은 세법상 인정되는 영업권에 해당하지 아니하므로, 이 건 계약이전손실금 중 2003～2004사업연도에 보전된 금액을 초과하는 금액을 영업권으로 보고, 그 상각범위액 내의 금액 4,817,042,050원을 손금산입하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 사건 영업권을 세무상 영업권으로 보아 청구법인이 2003～2004사업연도에 회계상 계상한 영업권상각비와 현재가치할인차금상각비를 세무상 손금으로 인정할 수 있는지 여부

② 청구법인이 2003～2004사업연도에 회계상 수입금액으로 계상한 OOO공사 출연금을 세무상 익금불산입(손금산입)하고, OOO공사 출연금을 초과하는 계약이전손실금을 세무상 영업권으로 보아 그 상각범위액 내의 금액을 손금산입할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2004.12.31. 법률 제7289호로 개정되기 전의 것) 제23조 【감가상각비의 손금불산입】 ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제42조 【자산·부채의 평가】 ① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 재고자산등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가

(2) 법인세법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제24조 【감가상각자산의 범위】 ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계장치, 특허권등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권, 의장권, 실용신안권, 상표권

제26조 【상각범위액의 계산】 ① 법 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 개별 감가상각자산별로 다음 각호의 구분에 의한 상각방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

1. 건축물과 무형고정자산(제3호 및 제6호 내지 제8호의 자산을 제외한다) : 정액법

② 제1항 각호의 규정에 의한 상각방법은 다음과 같다.

1. 정액법 : 당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법

제28조 【내용연수와 상각률】 ① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규정에 의한다.

1. 재정경제부령이 정하는 시험연구용자산과 제24조 제1항 제2호 가목 내지 라목의 규정에 의한 무형고정자산

재정경제부령이 정하는 내용연수와 그에 따른 재정경제부령이 정하는 상각방법별 상각률(이하 "상각률"이라 한다)

(3) 법인세법시행규칙(2005.2.28. 재정경제부령 제420호로 개정되기 전의 것) 제12조 【감가상각자산의 범위】 ① 영 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금·입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등

제15조 【내용연수와 상각률】 ② 영 제28조 제1항 제1호에서 "재정경제부령이 정하는 내용연수"라 함은 별표 2 및 별표 3에 규정된 내용연수를 말하고, 동호에서 "재정경제부령이 정하는 상각방법별 상각률"이라 함은 별표4에 규정된 상각률을 말한다.

(4) 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제52조 【금융기관의 자산·부채 인수에 대한 법인세 과세특례】 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」 제10조의 규정에 의한 적기시정조치(계약이전에 관한 명령에 한한다) 또는

동법 제14조

제2항의 규정에 의한 계약이전결정에 따라 인수금융기관이 부실금융기관으로부터 자산의 가액을 초과하는 부채를 이전받은 경우로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 이전받은 부채의 가액 중 이전받은 자산의 가액을 초과하는 금액(이하 이 조에서 "순부채액"이라 한다)을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다.

1. 인수금융기관이 예금보험공사로부터 순부채액에 상당하는 금액을 보전받을 것

2. 인수금융기관이 이전받은 자산과 부채의 가액이 금융감독원장이 확인한 가액일 것

(5) 상호저축은행감독규정(2000.7.20. OOO 공고 2000-28호) 제16조의2 【이전손실금의 영업권계상 등】 다음 각호의 1에 해당하는 상호저축은행은 계약이전에 따라 인정된 이전손실금을 영업권으로 계상할 수 있다.

1. 법 제24조의9 제24조의11 또는

금융산업의구조개선에관한법률 제10조

제1항, 제14조 제2항의 규정에 의하여 계약이전을 받은 상호저축은행

② 제1항의 영업권은 기업회계기준 제63조의 규정에 의거 계상회계연도로부터 20년 이내의 기간에 정액법으로 상각한다.

(6) 기업회계기준(1998.12.11. 전문 개정된 것) 제20조 【무형자산】 무형자산의 과목은 다음과 같다.

1. 영업권

합병 영업양수 및 전세권취득 등의 경우에 유상으로 취득한 것으로 한다.

제63조【무형자산의 평가】① 무형자산의 취득원가는 당해 자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 가액으로 한다.

② 무형자산은 정액법 또는 생산량비례법 중 합리적인 방법에 의하여 당해 자산의 사용가능한 시점부터 합리적인 기간동안 상각한다. 다만, 독점적 배타적인 권리를 부여하고 있는 관계법령이나 계약에 의하여 정해진 경우를 제외하고 상각기간은 20년을 초과하지 못한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2000.6.29. OOO의 계약이전 결정에 따라 부실금융기관인 OOO금고의 자산 31,052,899,482원과 그 자산을 초과하는 부채 109,370,509,866원을 계약인수방식에 따라 인수하였는 바, 동 계약이전 결정서 제3조(계약이전의 범위) 및 제4조(이전손실금 인정)의 규정에 의하면, OOO는 청구법인과 OOO신용금고가 공동의 재산실사를 통하여 확정하고 금융감독원장이 확인한 정산대차대조표상의 평가조정후의 자산과 평가조정후의 부채의 차액 78,317,610,348원을 계약이전손실금으로 인정하였음을 알 수 있고, 청구법인은 동 계약이전손실금을 OOO이 계약인수자 지정을 위한 공개설명회에서 안내한 바에 따라 “OOO가 정한 OOO은행업감독규정 제16조의2 제1항의 규정에 따라 기업회계상

영업권으로 계상”하고, 15년에 걸쳐 정액법으로 상각하기로 하는 한

편, 동 계약이전손실금 전액을

조세특례제한법 제52조

의 소정의 요건을 갖추지 못한 상태에서 계약이전을 받은 날이 속하는 2000사업연도에 세무상 손금산입하였음이 처분청의 조사자료 등에 의하여 확인된다.

OOO

(2) 한편, 위 계약이전결정과 관련하여 OOO공사는 청구법인에게

예금자보호법 제38조

의 규정에 의한 경영정상화 자금을 지원하기 위하여 2000.7.20. 청구법인과 경영정상화 자금 출연약정을 체결하였는 바, 동 출연약정서에 의하면, 제1조(매 3개월마다 출연금액)에서 출연금액은 831억원에 기준이율을 곱하여 산출된 금액을 4등분한 금액으로 하되, 기준이율은 운용수익 계산기간(출연일 직전 3개월) 직전 1개월간의 제1종 국민주택채권의 단순평균유통수익률로 하기로 하였고, 제2조(출연시기 및 기간)에서 출연시기 및 기간은 약정서체결일로부터 매 3개월마다 총 7년간 출연하기로 하였으며, 제7조(차감 출연)에서 자금지원기간이 만료되기 전이라도 계약이전손실금에 대한 영업권 상각이 완료된 때에는 매 결산기말의 미처분이익잉여금 발생액 상당액을 차감하여 출연하기로 하였고, 영업권 상각이 완료되기 이전에 납입자본금을 초과하여 고정자산을 신규 취득하는 경우에도 납입자본금 초과액 상당의 출연액을 차감한 금액을 출연하기로 하였으며, 제10조(출연의 중단)에서 청구법인의 재산에 대하여 가압류, 압류나 경매의 신청 또는 파산, 화의개시나 회사정리절차개시의 신청이 있거나 채무불이행자 명부 등재신청이 있는 때 또는 청산의 절차에 들어간 때 등 공적자금 보전 등을 위하여 예금보험공사가 필요하다고 판단할 때에는 출연을 중단할 수 있도록 하였음을 알 수 있다.

(3) 위 출연약정에 의하여 청구법인이 OOO공사로부터 실제로 출연받은 금액은 아래 <표1>과 같으며, 청구법인은 이를 정부의 합병지원금으로 보아 회계상 기타영업잡수익(자산수증익)으로 계상하였으나, 위 (1)항의 손금산입과 중복을 피하기 위하여

조세특례제한법 제52조

의 규정에 의한 세무조정(손금산입)은 하지 아니하였다.

OOO

(4) 이후, 청구법인은 2001.6.30. 외부감사인의 수정권고에 따라 이 사건 영업권의 가액에서 계약인수 차입금의 명목가액과 공정가액의 차액에 해당하는 25,548,471,136원을 차감하여 장기차입금 평가계정인 현재가치할인차금으로 계상하고, 영업권과 현재가치할인차금에 대한 상각비 3,915백만원과 2,825백만원을 계상함과 동시에 위 (1)항에 의한 손금산입과 중복을 피하기 위하여 동 상각비 6,740백만원을 세무상 손금불산입 및 유보로 세무조정하였다.

OOO

(5) 이와 같은 방식에 따라 청구법인이 2001～2004사업연도에 회계상 비용으로 계상하였다가 세무상 손금불산입 및 유보로 세무조정한 영업권상각비와 현재가치할인차금상각비는 아래 <표2>와 같다.

OOO

(6) 이상의 내용을 종합한 청구법인의 각사업연도 과세표준 신고내역은 아래 <표3>과 같이 정리된다.

OOO

(7) 먼저, 처분청은 청구법인의 일부 주장내용이 부과제척기간이 경과된 사업연도의 손금과 관련된 내용이거나, 청구법인이 경정청구시 주장하지 아니하였던 내용이므로 이후 사업연도에 이를 반영하거나 불복청구의 대상이 될 수 없다는 전제하에 이 건에 대한 의견을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 이 건 계약이전손실금 전액을

조세특례제한법 제52조

의 규정에 의하여 자산가액을 초과하는 부채를 인수받은 날(2000.6.29.)이 속하는 2000사업연도에 이미 세무상 손금산입하였고, 2000사업연도는 부과제척기간이 경과하였으므로 설사 위 손금산입이 잘못되었다 하더라도 이후 사업연도에는 위 계약이전손실금과 관련된 이월결손금의 수정 등을 주장할 수 없다는 의견인 바,

1) 이 건 청구법인이 경정청구한 내용은 2003～2004사업연도 법인세 과세표준에 관한 것으로, 청구법인이 2003～2004사업연도에는 결손이 발생하여 직접 과세된 세액은 없지만, 당해연도의 과세표준이나 세액에는 변동이 없더라도 차기이후 연도의 과세표준이나 세액의 증감사유에 해당하는 경우에는

국세기본법 제45조

및 제45조의2에 규정된 수정신고 또는 경정등의 청구가 가능하다고 판단되고(OOO, 1998.10.21. 및 국세청 OOO, 2006.1.24. 참조),

2) 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 이월결손금은 당해 사업연도로부터 소급하여 5년간 발생한 결손금을 공제하는 것이 원칙이므로 당해 사업연도 이전에 발생한 이월결손금이 잘못 계산되어 당해 사업연도 과세표준에 중대한 영향을 미치는 경우에는 당해 사업연도 과세표준에 대하여 경정청구를 하면서 당해 사업연도 이전의 이월결손금이 잘못 계산되었다는 주장을 다시 할 수 있다고 판단되나(OOO, 2004.6.11., OOO, 2007.7.11. 참조), 이 경우에도 이월결손금은 금융감독당국등 권한있는 기관의 조사에 의하여 확인된 금액만 인정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

3) 따라서, 청구법인이 2006.9.30. 및 2007.1.16.자로 2003～2004사업연도 과세표준에 대한 경정청구를 하면서 소급하여 5년 이내인 2000사업연도의 이월결손금과 관련된 세무상 손금이 잘못 계산되어 2003～2004사업연도 과세표준에 중대한 영향을 미쳤다는 주장을 다시 할 수 있다고 보이나, 이와 같은 경우에도

국세기본법 제26조의2

의 취지상 부과제척기간이 이미 경과한 2000사업연도의 과세표준이나 세액을 변경하는 결정이나 경정은 할 수 없다 할 것이고, 부과제척기간은 경과하지 아니하였으나 경정청구기간이 경과한 사업연도에 대하여는 청구법인은 경정청구를 할 수 없지만 처분청은 직권으로 과세표준을 결정 또는 경정할 수 있다고 할 것이다.

(나) 또한, 처분청은 청구법인이 2003～2004사업연도 과세표준에 대한 경정청구를 하면서 OOO의 출연금과 관련된 주장을 하지 아니하였으므로 이 부분에 대한 청구주장은 불복청구의 대상이 될 수 없다는 의견이나,

1) 불복과정에서 불복청구의 대상은 ‘청구취지’이고, ‘청구이유’는 청구취지가 정당함을 입증하기 위한 공격 및 방어의 수단에 불과하므로, 과세관청의 과세처분이나 거부처분 등에 불복하여 이의신청이나 심판청구 등 불복청구를 하는 경우, 당초의 ‘청구취지’가 변동되지 않는 범위내에서 ‘청구이유’는 불복청구 도중에도 얼마든지 변경할 수 있다고 판단된다.

2) 즉, 이 건에 있어 청구법인이 2006.9.30. 및 2007.1.16.에 한 경정청구의 청구취지는 ‘청구법인이 당초 신고한 2003～2004사업연도 과세표준신고서에 기재된 과세표준이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준을 초과하였으므로 이를 경정하여 달라’는 것이고, 그 이유의 하나로서 ‘OOO의 출연금에 대한 회계처리나 세무조정의 오류’를 주장한 것이므로 청구법인이 당초 경정청구시 OOO의 출연금에 대한 회계처리나 세무조정의 오류를 주장하지 아니하였다 하더라도 불복청구 과정에서 이와 같은 주장을 추가로 할 수 있다고 판단된다.

(8) 다음으로, 청구법인과 처분청은 모두 이 사건 영업권과 OOO공사 출연금이 별개의 사안이라는 전제하에 이 건 청구주장과 이에 대한 의견을 제시하고 있으나, 이 사건 영업권과 OOO공사 출연금은 별개의 법령에 의하여 지원되는 사항이기는 하나 모두 이 건 계약이전손실금의 보전과 관련된 사항으로 상호 보완관계에 있다고 보이므로, 이하 쟁점①과 쟁점②를 통합하여 심리하면서, ① 이 사건 영업권을 세무상 영업권으로 볼 수 있는지 여부와 ② 이 사건 영업권과 OOO 출연금과의 관계 및 ③ 이 사건 영업권을 세무상 영업권으로 볼 경우의 구체적인 상각방법 등에 대하여 차례로 살펴보기로 한다.

(가) 먼저, 이 사건 영업권을 세무상 영업권으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

1) 영업권이라 함은 우수한 경영진, 뛰어난 판매조직, 효과적인 광고, 제조상의 비법, 높은 신용도 등 다른 기업에 비해 유리한 점이나 초과수익력 등을 모아서 계량화한 무형자산으로, 기업회계기준이나 세법에서는 영업권의 취득원가를 미래의 경제적 효익이 기대되는 기간에 걸쳐 합리적인 방법으로 상각하여 비용으로 배분하도록 하고 있으며, 기업회계상 영업권과 세무상 영업권은 그 상각방법과 상각기간만 다소 차이가 있을 뿐, 적절한 방법에 의하여 평가하여 대가를 지급하고 취득한 영업권만 인정하고 자가 창설한 영업권은 인정하지 않는다는 점에서 그 인정기준에는 기본적으로 큰 차이가 없다 하겠다(기업회계기준 제20조 및

법인세법시행규칙 제12조

제1항 참조).

2)

법인세법 제23조

의 규정에 의하면 영업권은 당해 법인이 이를 기업회계상 결산서에 반영하여 결산조정한 경우에 한하여

법인세법시행령 제26조

의 규정에 의한 상각범위액의 범위내의 금액을 당해 사업연도의 세법상 감가상각비로 인정하고 있으며, 기업회계상 영업권이 20년을 초과하지 않는 범위내에서 정액법 등 합리적인 방법에 의하여 상각할 수 있도록 되어 있는 반면, 법인세법상 영업권은 5년에 걸쳐 정액법으로 상각하도록 되어 있어 당해 법인이 기업회계상 결산서에 반영한 금액이 법인세법상 상각범위액을 초과한 경우에는 그 초과한 금액을 손금불산입하나, 상각범위액 이내인 경에는 전액 감가상각비로 인정하며, 법인세법은 영업권을 내용연수보다 단축하여 상각하는 것은 허용하지 않지만 내용연수보다 상각기간을 늘려 상각하는 것은 허용하고 있으므로, 영업권의 내용연수가 경과하였다 하더라도 그 가액이 남아 있는 한

법인세법시행령 제26조

의 규정에 의한 상각범위액의 범위내에서 당해 법인이 계상한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있다(국세청 OOO, 2005.2.14. 참조).

3) 청구법인은 OOO신용금고의 계약인수자 지정을 위한 공개설명회 당시 OOO이 안내한 바에 따라, 이 건 계약이전손실금을 상호저축은행업감독규정 제16조의2의 규정에 의거 영업권으로 계상하였다고 주장하고 있는 바,

가) OOO의 부실상호신용금고 계약인수자 지정을 위한 공개설명회 자료(OOO 홈페이지 :「보도홍보자료 → 알림마당 → 공지사항」 참조)에 의하면, OOO은 부실상호신용금고의 계약인수자 지정을 위한 공개설명회 개최시 부실상호신용금고의 재무현황에 대한 평가결과를 미리 공개하면서 인수자에 대한 지원조건의 하나로 “계약이전에 따라 인정된 이전손실금 상당액을 상호저축은행업감독규정에 정한 바에 따라 영업권으로 계상, OOO의 자금지원기간등 적정기간 내에 정액 상각처리케 함으로써 세제상 지원효과가 있도록 한다”고 안내하고 있음이 확인되고,

나) 이 사건 영업권 계상당시의 상호저축은행업감독규정 제16조의2의 규정에 의하면, “

금융산업의구조개선에관한법률 제10조

제1항 및 제14조 제2항의 규정 등에 의하여 계약이전을 받은 상호저축은행은 계약이전에 따라 인정된 이전손실금을 영업권으로 계상하고, 기업회계기준 제63조의 규정에 의하여 계상한 회계연도로부터 20년 이내의 기간에 정액법으로 상각할 수 있다”고 규정하였는 바,

위 규정은 1998.4.1. 제정된 상호신용금고감독규정을 1999.6.25. 개정하면서 신설하여 1999.6.26.부터 시행한 것으로, 동 규정 신설당시의 OOO 안건(1999.6.25.자 OOO의 안건, 상호신용금고감독규정중개정안, 제출자 OOO 참조)에 의하면, 동 규정의 신설 이유가 “종전에는 계약이전을 받은 금고가 이전손실금을 영업권으로 계상하고자 할 경우에는 영업권 계상여부 및 감가상각기간에 대하여 미리 금융감독기관인 재정경제부장관의 승인을 받도록 하였으나, 1999.6.26.부터는 계약이전시 인정받은 이전손실금에 대하여 금융감독기관의 별도 승인을 받지 아니하고 동 규정에 의하여 곧바로 영업권으로 계상할 수 있도록 그 근거를 마련하였다”는 취지로 기재되어 있는 점으로 보아 위 조문은 은행·OOO은행 등 금융기관에 대한 감독기능이 종전의 재정경제부에서 1998.4.1.자로 신설된 OOO로 이관됨에 따라 규제완화 차원에서 이를 금융기관 감독규정에 명문화 한 것으로 보인다.

4) 위의 내용을 종합해 보면, 청구법인이 상호저축은행업감독규정 제16조의2의 규정에 의하여 회계상 영업권으로 계상한 이 사건 영업권은 계약이전을 받은 OOO은행이 계약이전시 인정받은 이전손실금을 그 상각비의 손금인정 등을 통하여 보전받도록 하기 위하여 금융기관 감독규정에 의하여 특별히 인정된 영업권으로 동 규정 시행일(1999.6.26.) 이전에 금융감독기관인 재정경제부장관의 지시나 승인을 받아 회계상 계상한 영업권과 마찬가지로 세법상 영업권에 해당된다고 판단된다.

(나) 다음으로, 이 사건 영업권과 예금보험공사 출연금의 관계에 대하여 살펴본다.

1)

조세특례제한법 제52조

의 규정에 의하면, 인수금융기관이 금융산업의구조개선에관한법률에 의한 계약이전결정이나 계약이전명령에 따라 자산을 초과하는 부채를 이전받은 경우로서 ① 인수금융기관이 OOO로부터 순부채액에 상당하는 금액을 보전받을 것과 ② 인수금융기관이 이전받은 자산과 부채의 가액이 금융감독원장이 확인한 가액일 것 등 2가지 요건을 추가로 충족하는 경우에는 그 보전받은 금액을 당해 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입하도록 하고 있는 바, 위 규정은 1998.9.16. 법률 제5551호로 개정된 구

조세감면규제법 제40조의13

으로 신설되어 1998.12.28. 조세감면규제법을 조세특례제한법으로 전면 개편시 제52조로 이관된 규정으로, 동 규정의 신설 취지는 인수금융기관에 대한 OOO의 출연분에 대하여 과세되지 않도록 하여 부실금융기관의 자산·부채 인수를 지원하는데 그 목적이 있다고 보인다(‘98간추린 개정세법, 재정경제부 참조).

2) 위에서 살펴본 바와 같이, 부실상호저축은행을 인수한 상호저축은행이 계약이전손실금을 영업권으로 계상할 수 있도록 한 상호저축은행업감독규정 제16조의2와 부실금융기관을 인수한 금융기관의 계약이전손실금을 OOO가 지원한 경우에 그 지원받은 금액을 당해 사업연도 손금에 산입할 수 있도록 한

조세특례제한법 제52조

는 별개의 규정이기는 하나, 모두 부실금융기관의 정리와 관련된 계약이전손실금의 회계처리에 관한 규정으로 상호 보완관계에 있다고 보이므로 계약이전 결정 당시 상호저축은행업감독규정 제16조의2의 규정에 따라 영업권으로 계상하여 합리적인 기간동안 상각할 예정이었으나, 이후 OOO부터 지원받은 금액은

조세특례제한법 제52조

의 규정에 따라 당해 사업연도의 손금으로 인정되므로 영업권에서 이를 차감하여야 할 것으로 판단된다.

3) 한편,

조세특례제한법 제52조

에 규정된 OOO 출연금의 손금 산입시기와 관련하여 처분청은 ‘예금보험공사가 출연을 약정한 날’이 속하는 사업연도가 손금의 귀속 사업연도라는 의견이나,

조세특례제한법 제52조

에서 OOO로부터 ‘순부채액에 상당하는 금액을 보전받을 것’을 요건으로 손금 산입을 허용하고 있는 점, 청구법인과 예금보험공사가 체결한 출연약정서상 매분기에 실제로 출연할 금액은 대출 최고한도액에 기준이율을 곱한 금액을 기준으로 산출하도록 되어 있고, 일정요건에 해당되는 경우에는 차감 출연 또는 출연 정지 등이 예정되어 있었던 점으로 보아 출연 약정당시에는 매 분기에 실제로 출연될 금액이 정확히 얼마인지 여부는 알 수 없었다고 보이는 점 등을 감안할 때, OOO 출연금의 손금 귀속시기는 ‘예금보험공사가 포괄적으로 출연약정을 한 날’이 속하는 사업연도(이 건 2000사업연도)가 아니라 포괄적인 출연약정에 의하여 ‘실제로 출연금을 받기로 약정한 날’ 내지는 OOO로부터 ‘실제로 출연금을 받은 날’이 속하는 사업연도(이 건 2001～2008사업연도)로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4) 이와 같은 취지에서 청구법인이 이 건 계약이전손실금 전액을 상호저축은행업감독규정 제16조의2의 규정에 의하여 그 계약을 이전받은 날이 속하는 2000사업연도에 영업권으로 계상한 것은 타당하다고 보이나, 같은 금액을 예금보험공사로부터 보전받기도 전에 계약을 이전받은 날이 속하는 2000사업연도에 전액 손금 산입한 것은

조세특례제한법 제52조

의 취지를 오해한데서 비롯된 것으로 잘못이라고 판단된다.

(다) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구법인의 2003～2004사업연도 과세표준과 세액은 다음과 같은 사항을 반영하여 2000사업연도 이후의 이월결손금을 재계산하고, 이에 따라 경정할 필요가 있는 것으로 판단된다(구체적인 회계처리방법 및 그 효과는 <별지> 참조).

1) 청구법인이

조세특례제한법 제52조

의 취지를 오해하여 계약을 이전받은 날이 속하는 2000사업연도에 세무상 손금산입한 이 건 계약이전손실금 전액을 손금불산입한다.

2) 청구법인이 2000사업연도에 회계상 계상한 이 사건 영업권을 세무상 영업권으로 보아

법인세법시행령 제26조

의 규정에 의한 상각범위액의 범위내에서 청구법인이 각 사업연도에 회계상 계상한 상각비를 세무상 손금으로 추인(결산조정에 의한 신고시인)하되, 영업권 상각도중 OOO의 출연금으로 보전되어 실제로 출연받은 날(약정에 의한 출연시기와 동일함)이 속하는 사업연도의 익금에 산입한 금액은 영업권 및 현재가치할인차금에서 해당액을 직접 차감하고, 같은 금액을

조세특례제한법 제52조

의 규정에 의하여 손금산입한다.

3) 이 경우, 위 2)호와 관련하여 청구법인이 회계상 계상한 상각비 중 세무상 손금으로 추인 가능한 상각가능금액(상각허용액)은

법인세법시행령 제26조

의 규정에 의한 상각범위액에서 각 사업연도에 예금보험공사로부터 실제로 보전받은 출연금 상당액을 차감한 금액으로 하여 계산하는 것이 합리적이며, 영업권을 정액법으로 상각하는 경우에는 영업권에서 분리된 현재가치할인차금도 정액법으로 상각이 가능하다.

5. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법

제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한

다.