조심 2012중3172 (2013.03.21)

OOO세무서장이 2012.4.5. 청구법인에게 한 2009년 귀속 법인원천징수분 근로소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분 개요 가. 청구법인은 위성방송수신관련 전자제품 또는 부품을 생산하여 해외에 수출하는 내국법인으로, 2009.1.1.부터 2012.6.30.까지 청구법인의 연구위원(기술연구소 임원)으로 위촉된 조OOO이 「조세특례제한법 시행령」제16조 제1항 제3호 가목의 외국인기술자에 해당한다 하여 2009년 및 2010년 귀속 근로소득 연말정산시 「조세특례제한법」제18조 제1항의 규정에 따라 근로소득에 대한 소득세를 면제하는 것으로 신고하였다. 나. 처분청은 조OOO이 외국인기술자로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 시점은 OOO에서 근로를 제공한 2000년이므로 청구인의 외국인기술자에 대한 근로소득세 면제기한인 5년이 이미 경과하였다고 보아 위 근로소득에 대한 소득세 면제신고분을 부인하고, 2012.4.5. 청구법인에게 법인원천징수분 근로소득세 2009년 귀속분 OOO원 및 2010년 귀속분 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인의 임원인 조OOO은 1989년 당시 병역미필인 상태에서 국비유학생으로 선발된 후 미국에서 박사학위를 취득하고 의무복무를 하기 위해 1999.8.1. 귀국하여 OOO에서 조교수로 근무를 시작한 이래 2005.11.13.까지 병역의무와 국비유학생 복무의무를 수행하였던 것인바, 이는 외국인이 아닌 내국인으로서 고유의무를 다한 것으로 동 기간은 외국인기술자로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날을 기산함에 있어 제외하여야 하고, 조OOO이 실제로 우리나라에 재입국한 후 외국인기술자로서 법령에서 열거한 기관(청구법인)에서 최초로 근로를 제공한 날은 2009.1.1.이므로 당초 조OOO의 근로소득에 대한 소득세 면제 신고는 타당하다. 나. 처분청 의견 조OOO이 OOO에서 2000년부터 2005년까지 근로를 제공한 사실이 해당법인이 제출한 근로소득지급명세서를 통해 확인되는바, 「조세특례제한법」제18조 제1항에서 말하는 외국인기술자에는 영주권자도 포함된 것이고, 조OOO이 1995년 초에 미국에서 영주권을 취득한 사실이 확인되므로 서울대학교에 근로를 제공한 시점에 이미 외국인 신분으로 근로를 제공한 것으로 보여지며, 조OOO이 국비유학생의 복무의무로 인해 OOO에서 근무한 것이므로 이는 내국인의 자격으로 근무한 것이라는 청구주장의 경우, OOO에 대한 근로제공시점이나 청구법인에 대한 근로제공시점 모두 동일하게 미국 영주권자의 신분이었음에도 각각을 다르게 해석하는 것은 일관성이 없는 것이라 보여지므로, 조OOO이 외국인기술자로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날은 OOO에서 근로를 제공한 2000년으로 봄이 타당하므로 2009년 및 2010년 귀속분의 경우 기산일부터 5년이 경과되어 소득세 면제대상이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인의 근로자 조OOO의 2009년 및 2010년 귀속 근로소득에 대해 「조세특례제한법」제18조 제1항의 외국인기술자에 대한 소득세 면제규정을 적용할 수 있는지 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 조OOO이 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제18조 제1항의 대통령령이 정하는 외국인기술자로서 국내에서 내국인에게 근로를 최초로 제공한 날이 청구법인과 임원위촉계약을 체결한 2009.1.1.이라는 주장이고, 처분청은 조OOO이 서울대학교에서 근무를 시작한 2000년이라는 의견인 바, 관련 주요사실관계는 다음과 같다. (가) OOO병무청장이 2012.3.14. 발급한 조OOO의 병적증명서에 의하면 조OOO은 1989.10.1. 입영하여 2004.7.31. 전역한 것으로 되어 있고, 복무기관은 OOO로 나타나며, 전역구분사유는 복무만료로 되어 있다. (나) OOO 총장이 2012.3.13. 발급한 조OOO의 경력증명서에는 조OOO이 1999.8.1.부터 2000.1.31.까지 공과대학 기계항공공학부의 조교수로, 2000.2.1.부터 2003.9.30.까지 대학원 기계항공공학부의 조교수로, 2003.10.1.부터 2005.11.13.까지 대학원 기계항공공학부의 부교수로 재직한 사실이 나타난다. (다) 미국 OOO에 위치한 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 OOO 박사가 2009.1.15. 작성한 확인서에 의하면 조OOO이 1994.8.17.부터 1999.7.22.까지 OOO에서 근무하면서 다양한 기술분야에 기여했다고 하고 있다. (라) 청구법인과 조OOO간에 2009.1.1. 작성한 임원 위촉 계약서에 의하면 청구법인이 조OOO을 청구법인 기술연구소 CTO 및 디지털방송수신 관련 연구개발 및 기술이전 업무를 위해 2009.1.1.부터 2012.6.30.까지 3년 6개월간 연구위원으로 위촉한다고 되어 있고, 보수는 별도의 임원보수계약서에 의하고 기술전문가 위촉에 따라 가재이전비는 실비지원하고 기타보상에 대해서는 임원처우기준에 준하고 정함이 없는 사항에 대해서는 상호 협의하여 결정한다고 되어 있다. (2) 청구법인의 사업자등록증에 의하면 청구법인은 1998.5.6. 전자제품부품 제조업을 사업목적으로 하여 개업한 후 현재까지 사업을 영위하는 것으로 되어 있는바, 청구법인은 「조세특례제한법 시행령」제16조 제1항 제3호의 별표 4에 열거한 기술집약적인 산업분야의 사업(전자공업-전자부품)을 영위하는 사업자에 해당하는 것으로 보여진다. (3)「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제18조 제1항에서 대통령령이 정하는 외국인기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로서 당해 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2009년 12월 31일 이전인 경우에 한한다)부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대하여는 소득세를 면제한다고 하고 있고, 같은 법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항에서 법 제18조 제1항의 “대통령령이 정하는 외국인 기술자”에 대해 제3호에 ‘외국에서 별표 4에 열거한 기술집약적인 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 당해 분야에 3년 이상 종사한 기술자로서 다음 각목의 1에 해당하는 사업을 영위하는 사업자와의 고용계약에 의하여 근무하는 자’를, 제4호에 ‘재정경제부령이 정하는 비영리법인인 연구기관에서 연구원으로 근무하는 자’를 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙(2008.4.29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항에서는 영 제16조 제1항 제4호에서 ‘재정경제부령이 정하는 비영리법인인 연구기관’이라 함은 과학기술연구를 목적으로 하여 설립된 비영리법인으로서 자연계분야의 학사 이상의 학위를 가진 연구전담요원 10인 이상을 상시 확보하고 있고, 독립된 연구시설을 갖추고 있음을 과학기술부장관이 확인한 연구기관을 말한다고 되어 있다. 또한, 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」제16조 제1항 본문에서는 법 제18조 제1항의 ‘대통령령으로 정하는 외국인 기술자’를 대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람을 요건에 추가함으로써 외국인 기술자의 범위를 제한하였는바, 기획재정부에서 발행한 “간추린 개정세법”에서는 그 개정사유로 국제적으로 인적자본 교류가 자유로운 상황에 맞춰 우리나라 국적을 가진 외국영주권자는 외국인 기술자의 범위에서 제외하고, 외국영주권이 있는 자와 없는 자간의 과세형평 제고 등을 들고 있으며, 적용시기는 시행령 공포일이 속하는 과세연도 발생소득부터 적용한다고 되어 있다. (4) 살피건대, 조OOO이 병역의무와 국비유학생 복무의무를 수행할 목적으로 1999년부터 근무한 OOO대학교는 「조세특례제한법 시행령」제16조 제1항 제4호에 규정하는 재정경제부령이 정하는 비영리법인인 연구기관에 해당한다고 보기 어려우며, 조OOO은 OOO대학교에서 교원으로 근무한 것이고 같은 법 시행규칙 제9조 제2항에 규정된 요건을 충족하는 학교부설 연구기관 등에서 연구원으로 근무한 것이 아니어서 위 제1항 제4호의 규정을 적용하기 어려울 뿐만 아니라, OOO가 같은 항 제3호에 규정하는 기술집약적인 산업 관련 사업을 영위하는 내국인 사업자에 해당한다고 보기도 어려우므로, 「조세특례제한법」제18조 제1항 규정에 의거 조OOO이 외국인 기술자로서 국내에서 내국인에게 근로를 최초로 제공한 날은 OOO에서 최초 근무한 1999년이 아닌 「조세특례제한법 시행령」제16조 제1항 제3호의 별표 4에 열거한 기술집약적인 산업분야의 사업(전자공업-전자부품)을 영위하는 사업자인 청구법인과 근로계약을 체결하고 근로를 제공한 2009.1.1.로 보여지고, 이날부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대하여는 소득세를 면제함이 타당하다고 판단된다. 다만, 2010.2.18. 개정된 「조세특례제한법 시행령」제16조 제1항 본문에서 대한민국 국적을 가진 자는 외국인 범위에서 제외한다고 하고 있고, 그 부칙에서 2010년 귀속 소득부터 이를 적용한다고 하고 있으므로, 대한민국 국적자인 조OOO의 청구법인에 대한 2009년 및 2010년 귀속 근로소득 중 법 소정의 외국인기술자로서 청구법인에게 근로를 제공한 2009년 귀속 근로소득에 대한 소득세는 면제하고, 2010년 귀속 근로소득에 대한 소득세는 면제하지 않는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한 다.