조심2012서3275 (2012.09.28)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1997.5.31. OOO아파트 2동 305호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축됨에 따라 2002.7.26. 같은 번지 소재 OOO 104동 2001호(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축취득(사용승인)한 후 2006.1.5. 신축주택을 양도하고 양도소득세 신고시 실제거래가액에 의하여 계산한 양도소득금액 전부에 대하여「조세특례제한법」(이하 “같은 법 ”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 규정을 적용하여 감면대상으로 신고하였다. 나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 같은 규정에 따른 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1997.5.31.)부터 신축주택 취득일 전일(2002.7.26.) 까지 발생한 양도소득금액 OOO원은 같은 법 제99조의3에 의한 감면대상이 아니라고 하여 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 주위적 청구 같은 법 제99조의3 제1항은 5년 이내에 양도하는 경우와 5년이 지난 후에 양도하는 경우로 나누어 그 감면대상 소득의 범위를 5년 이내에 양도하는 경우에는 “그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”으로 표현하고 있는 반면, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 “그 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 표현하고 있는 바, 5년 이내에 양도한 경우에는 신축주택에 대한 소득금액 뿐만 아니라 종전주택에 대한 소득금액도 포함하는 것으로 해석하여야 하고, 이러한 해석은 1998년부터(재정경제부 재산46014-273, 1998.9.23.)부터 이 건 과세근거인 국세청의 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)가 생산되기 까지 계속되었는 바, 위 국세청 예규는 잘못된 해석이며, 세액감면신청서(같은 법 시행규칙 별지 37호서식) 및 그 작성요령에 의하면, 5년 이내 양도의 경우 ⑧란 내지 ⑩란은 기재할 사항이 없이 ⑦란에만 「소득세법」제95조 에 의한 양도차익을 기재하도록 되어 있고, 5년 이내 발생한 양도소득금액을 기재하는 ⑪란에는 ⑦란의 양도소득금액을 그대로 기재하도록 되어 있는 이상, 전체 양도소득금액이 감면대상임은 자명하고, 5년 이후 양도의 경우에도 서식 ⑨란에 “취득당시의 기준시가”로만 되어 있는 바, 그 의미는 서식 ⑨란의 금액을 분모 분자에 관계없이 그대로 기재하는 것이 당연하므로 과세관청의 논리에 따르자면 그에 걸맞게 전체 양도소득금액을 신축주택 준공일을 기준으로 하여 종전주택의 소득금액과 신축주택의 소득금액으로 구분계산하는 규정을 신설하여야 하고 그 신축주택의 소득금액을 ⑦란에 기재하도록 변경하여야 할 뿐만 아니라, 같은 법 시행령 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) 제1항의 산식은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산에 있어서 적용하도록 한 규정이므로, 신축주택 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에만 적용되는 것이지 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에는 적용할 수 없다고 해석하여야 하고, 설사 적용한다고 하더라도 산식상의 문구를 보면 분모 분자의 구별 없이 “취득당시 기준시가”로만 표현하고 있는 바, 이를 새로운 예규에서와 같이 분모 분자를 구별하여 “취득당시”를 달리 적용하도록 해석한 것은 자의적 해석이므로, 이 건 과세근거가 되고 있는 국세청의 새로운 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)는 잘못된 해석이다. 또한, 위 국세청의 새로운 예규가 생산되기 이전의 기존 예규 및 관련 교재의 내용을 보면, “자기가 건설한 신축주택으로서 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100%에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 해석(재정경제부 재산46014 -273, 1998.9.23.)하고 있고, 국세청이 납세홍보용으로 발간한 책자[세금절약가이드Ⅱ(양도소득세/상속세/증여세), 112～113쪽, 국세청, 2006.]에서도 “거주자가 감면대상 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을 감면하며...)라고 되어 있을 뿐만 아니라, 국세청 직원들에 대한 직무교육교재로 발간된 책자(대외주의 재산제세 직무교육 교재, 83쪽, 국세청 부동산납세관리국, 2008.)에서도 ”취득 후 5년 이내에 양도시 양도소득세 전액면제“라고 하고 있는 바, 설사 새로운 예규의 해석이 맞다고 하더라도 이를 이 건과 같이 새로운 해석 이전에 양도한 건에까지 소급하여 적용하는 것은 부당하 다. (2) 예비적 청구 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것(대법원 2005.11.15. 선고 2004두930 판결 외 다수)이라는 판례에 비추어 보면, 1998년도에 같은 법상 신축주택에 대한 감면제도가 생긴 이래 지금까지 10여 년 동안 종전주택에 대한 소득금액도 감면대상에 포함하여 신고하였고, 과세관청도 이에 대하여 납세자의 신고사항을 그대로 인정하여 온 사실 및 감면대상임을 몰랐던 납세자가 경정청구한 경우 그 경정청구를 인용하여 온 과세관행을 감안하면, 이 청구 건에 대하여 종전주택에 대한 소득금액을 과세대상에 포함하여 신고·납부할 것을 기대하는 것은 무리가 있으므로 이 건 가산세의 부과처분은 취소하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 주위적 청구 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20. 외 다수) 및 조세심판원 결정 례 (조심 2010서3102, 2011.8.9.), 판례(OOO행정법원 2011구단27363, 2012. 3.9.)는 같은 규정의 입법취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하고자 하는 데 있는 것으로, 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하겠다는 법문을 고려하여 보면, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득이 아니며(재산세과-227. 2009.1.20.), 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 같은 법 시행령 제 40조 제1항의 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하여야 하는 것(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)으로 판단하고 있는 바, 청구주장을 받아들일 수 없다. (2) 예비적 청구 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 과소납부분에 대한 이자성격의 가산세를 부과하는 것은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) (주위적 청구) 「조세특례제한법」제99조의3 (신축주택의 취득자 에 대한 양도소득세의 과세특례) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 양도소득세 감면적용대상인지 여부 (2) (예비적 청구) 새로운 예규의 적용에 따라 과세대상이 되었 으므로 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 같은 법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항은 “거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) 제1항은 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”을 구하는 산식을 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가)}로 규정하고 있으며, 「국세기본법」제18조 (세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있고, 「국세기본법」제48조 (가산세 감면 등) 제1항은 “이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있 다. (2) 청구인은 1997.5.31. 취득한 종전주택이 재개발됨에 따라 2002.7.26. 신축주택을 취득하였다가 2006.1.5. 양도한 후, 양도소득세 예정신고시 같은 법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 신고하였으나, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일(1997.5.31.)부터 신축주택 취득일 전일(2002.7.25.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 같은 법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 부과하였다. (3) 먼저, 주위적 청구에 대하여 보면, 같은 법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고, 이 때, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(부동산거래관리과-127, 2011. 2.10.), 관련 청구 주장을 받아들이기 어렵다고 판단되며(서울행정법원 2011구단27363, 2012. 3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임), 조세관행 존중원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, 「국세기본법」제18조 제3항에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있는 바, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없고(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서3764, 2006.11.1. 참고), 과세관청이 새로운 해석에 따라 과세한 이 건은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 과세관청이 단순한 과세누락과 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일 까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (4) 다음으로, 예비적 청구에 대하여 보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 과소신고 및 과소납부의 귀책사유가 청구인에게 없더라도 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2007중5316, 2008.5.29. 및 조심 2011중4909, 2012.4.25. 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.