조심 2010서3102 (2011.08.09)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1999.10.5. 취득한 OOO호(이하 “구주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 신축주택인 같은 동 OOO아파트 104동 2002호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2004.12.14. 준공하여 2007.12.14. 양도한 후, 이에 대한 양도소득세 111,764,770원을 예정신고·납부하였다.

나. 청구인은 2010.3.8. 신축주택이 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정한 감면대상 주택에 해당하므로 납부세액 전체를 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 2010.6.15. 청구인에게 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조를 적용하여 계산한 감면소득금액 49,922,870원을 환급하고 나머지 금액은 환급을 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.7.9. 이의신청을 거쳐 2010.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 신축주택의 양도소득을 재건축 이전의 양도소득과 재건축 이후의 양도소득으로 구분하고, 주택신축 이후의 양도소득을 계산함에 있어 주택신축 이후 5년이 경과한 후에 양도한 경우 5년 이내 양도소득과 5년 이후 양도소득을 구분하는 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항의 공식을 적용한 주택신축 이전과 이후의 양도소득을 구분한 다음 주택신축 이전 양도소득에 대하여 감면을 배제하고 있으나, 위 규정은 주택신축 이후 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년이 되는 시점에 실지가격이 확인되지 아니하여 환산가격을 규정한 것으로서, 이 건의 경우 구주택과 신축주택의 양도가격이 구분되고, 주택신축 이후 5년 이내에 양도한 것이어서 위 규정을 적용할 필요가 없다.

재건축조합원인 청구인의 신축주택의 사용승인일자는 2004.12.14., 전용면적은 127.61㎡이고, 재건축이전 구주택은 양도소득세 비과세요건을 갖춘 주택이며, 신축주택은 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우로서 신축주택의 양도에서 발생한 소득금액에 대하여 양도소득세 100%를 감면하여야 하며(조심 2010중71, 2010.7.8. 같은 뜻), 이 경우 청구인과 동시에 관리처분일가일 이전에 분양받은 일반분양자가 양도소득을 전액 감면받은 것과 형평에도 어긋나지 아니한다.

(2) 설령, 처분청 주장과 같이 신축주택 취득일 현재 기준시가로 환산하고 신축주택 취득 전·후의 소득에 안분계산한다고 가정하여도 「소득세법 시행령」 제166조의 규정에 따라 계산하여야 하며, 청산금납부분은 새로운 취득에 해당하므로 「소득세법 시행령」 제166조의 규정에 따라 청산금납부분 양도소득과 구주택분 양도소득으로 구분한 다음 청산분납부분 양도소득(190,908,818원)은 전액 감면하고, 구주택분 양도소득에 대해서만 「조세특례제한법 시행령」 제40조에 따라 안분계산하여야 한다. 따라서, 청산금납부분 양도소득(190,908,818원)과 구주택분 양도소득 중 신축일 이후 양도소득(100,093,164원)의 합계 291,001,982은 전액 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면세액을 계산함에 있어 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득 금액은 감면소득에 해당하지 아니하며, 감면세액은 같은 법 시행령 제99조의3 제2호에 언급된 바와 같이 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정에 명시된 방법에 의하여 계산한 것이므로 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 「소득세법 시행령」 제166조에 따라 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 나누어 청산금납부분 양도차익은 전액 감면대상 소득으로 보고, 기존건물 양도차익에 대해서만 기준시가 비율로 안분하고 있으나, 같은 법 시행령 제166조에서 청산금납부 여부로 구분한 것은 장기보유특별공제대상 양도차익을 계산하기 위하여 관리처분계획인가 전·후로 나누는 방법을 규정한 조항으로 신축주택 취득자의 감면대상 양도소득을 계산하는 규정이 아니므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례 적용시 재건축조합원의 신축주택에 대한 감면세액 계산방법의 타당성 여부(주위적 청구)

(2) 신축주택 양도차익 중 청산금납부분은 신축주택 양도소득으로 양도소득세 100%를 감면하고, 구주택분 양도차익에 대하여 신축주택의 취득일 기준으로 안분한 금액을 감면할 수 있는지 여부(예비적 청구)

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(

2001.8.14. 법률 제6501호로 개정된 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령

제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐

└ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

양도소득금액 × ─────────────────────

┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐

└ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택" 이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. .

⑤ 법 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

(3) 소득세법 시행령

제166조 【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전양도차익”이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익" 이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 "관리처분계획인가일 전후" 로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1999.10.5. 구주택이 재건축됨에 따라 신축주택을 2004.12.14. 준공하여 2007.12.14. 양도한 후, 이에 대한 양도소득세 111,764,770원을 예정신고·납부하였고, 2010.3.8. 신축주택이 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정한 감면대상 주택에 해당하므로 납부세액 전체를 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2010.6.15. 청구인에게 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조를 적용하여 계산한 감면소득금액 49,922,870원을 환급하고 나머지 금액은 환급을 거부한 것으로 심리자료 등에 나타난다.

(2) 청구인의 예정신고 및 경정청구와 처분청의 경정결의 내용은 아래 <표>와 같이 나타난다.

(단위 : 원)

감면대상 양도소득세액 산출내역

취득후 5년간 발생한 감면대상 양도소득금액(A)

379,953,004 ×(1,040,000,000-637,578,926)/(1,040,000,000-135,500,000)

= 168,599,972(A)

취득후 5년간 발생한 감면대상 양도소득세액(55,469,856)

= 124,469,856(산출세액)×168,599,972(A)/377,453,004(양도소득과세표준)

(3) 주위적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 신축주택을 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우로서, 재건축 이후부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세 100%를 감면하여야 한다고 주장하고 있다.

(나) 살피건대, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고,

「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항은 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 「조세특례제한법 시행령」 제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이다(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻).

(4) 예비적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 설령 신축주택 취득일 현재 기준시가로 환산하고 신축주택 취득 전·후의 소득에 안분계산한다 하더라도 「소득세법 시행령」 제166조의 규정에 따라 계산하여야 하며, 청산금 납부분은 새로운 취득에 해당하므로 신축주택 양도차익 중 청산금 납부분은 신축주택의 양도소득으로 양도소득세를 100%를 감면하고, 기존 건물분 양도차익에 대하여 신축주택 취득일을 기준으로 안분한 금액을 감면하여야 한다고 주장한다.

(나) 살피건대, 「소득세법 시행령」 제166조는 소득세법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우, 전체양도차익을 관리처분인가일을 기준으로 관리처분 인가일전 종전주택분 양도차익과 관리처분 인가일후 종전주택분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정으로서 처분청이 동 조항에 따라 전체양도차익을 산정한 사실이 확인되고 있다.

그러나, 「소득세법 시행령」 제166조를 「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다 할 것이다.

따라서, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.