조심2012서5217 (2013.03.06)

심판청구를 기간한다

1.

처분개요

가. 청구인은 1987.12.7. 서울특별시 OOO 대지 47㎡,

건물 49.58㎡(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가,

주택재개발사업으로 서울특별시 OOO OOO OOOO OOOOOOOO

OOOO OOOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일 : 2003.10.1.)하였으며,

2006.8.1. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도한 다음 2007.5.29. 양도소득세 확정신고 시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 OOO 전부가 감면소득에 해당하는 것으로 하여 산출세액 OOO을 전부 감면세액으로 양도소득세를 신고하였다.

나.처분청은 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은

조특법 제99조의3

에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 보아, 2012.5.2. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.18. 이의신청을 거쳐 2012.11.16. 심판청구를 제기하였음

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)

조특법 제99조의3

제1항에 “감면대상 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다”라고 규정되어 있으며, 같은 법 제4항에는 “5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있는바, “신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”을 해석함에 있어 본문에서 대통령령에 위임한 내용이 없으므로 당연히 본문에 대한 문리해석만을 하여야 하므로 5년내 양도의 경우에 종전부동산취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 전체 양도소득금액을 의미하는 것이며, 국세청에서 납세자를 위해 만든 2006년 세금절약가이드(Ⅱ)에서도 ”신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 양도소득세 전액을 감면한다“라고 하여 전체 양도소득을 말하고 있다.

또한,

조특법 제99조의3

제3항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제6항의 규정에 의하여 감면시 제출하게 되어 있는 별지 37호서식의 세액감면신청서 작성요령을 보면, 신축주택 취득일로부터 5년 내 양도한 경우에는

소득세법 제95조

제1항에 의한 양도소득금액을 “⑦”란에 기재하고 “⑪”란 5년 이내 발생한 양도소득금액에 “⑦”란 양도소득금액을 그대로 기재하게 되어 있어 100% 전액 감면토록 설명하고 있으며, 5년 경과 후에 양도한 경우 5년 이내 양도분과 과세형평을 위해 각 시기마다의 기준시가 변동폭을 이용해 5년 이내에 발생한 양도소득금액을 계산하여 감면적용하게 되어 있으므로 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 양도일까지 발생한 전체 양도소득금액을 말하고 있다.

(2) 그 동안 종전주택 취득일부터 발생한 양도소득을 감면대상소득으로 하여 신고한 경우 아무런 지적 없이 받아들여졌고 그것을 바른 해석으로 여겨왔으며, 청구인의 경우 신고·납부 당시 관할세무서인 반포세무서에서 2008년 6월 쟁점신축주택의 양도에 대해 실지조사를 실시하여 최종 감면신청을 인정해 준 사실이 있다.

이와 같이 처분청은 관련 법규정을 임의대로 해석하여 확대해석하였고 그동안 일반적으로 납세자에게 받아들여진 관행이나 해석을 무시하여「

국세기본법」제18조

(세법해석의 기준 및 소급과세의 금지) 규정도 무시하였으므로 당해 과세처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

조특법 제99조의3

신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,

조특법 제99조의3

제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과 된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은

조특법 제99조의3

규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득한 후 이를 양도한 경우에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이

조특법 제99조의3

규정에 따른 감면소득에 해당한다는 청구주장의 당부

②(예비적 청구) 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면소득에 해당한다고 일반적으로 납세자에게 받아들여진 관행이나 해석을 무시하고 이 건 과세함은

국세기본법 제18조

(세법해석의 기준 및 소급과세의 금지)를 무시한 과세처분이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이

「소득세법」제89조

제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령

제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은

「소득세법」제95조

제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는

「법인세법」제99조

제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(3)

소득세법 시행령 제166조

【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

(4) 국세기본법

제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

조특법 제99조의3

소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 그 제1항에서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 쟁점신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 쟁점종전주택 취득시부터 쟁점신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다고 할 것(

조심2010서3102

, 2011.8.9. 같은 뜻임)이어서 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

비과세관행의 원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고,

「국세기본법」제18조

제3항에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있는바, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없다(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서3764, 2006.11.1. 참고).

청구인은 그 동안 종전주택 취득일부터 발생한 양도소득을 감면

대상소득으로 하여 신고한 경우 아무런 지적 없이 받아들여졌고 그것을

바른 해석으로 여겨왔으며, 청구인의 경우 신고·납부 당시 관할세무서인 반포세무서에서 2008년 6월 쟁점신축주택의 양도에 대해 실지조사를 실시하여 최종 감면신청을 인정해 준 사실이 있다고 주장하나,

이 건의 경우, 과세관청이 합법성의 원칙을

희생하여서라도 납세자의

신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한

사정이 있거나 과세관청이 단순한 과세누락과 달리 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려우므로 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」

제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.