조심2013서3113 (2013.10.18)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.11.15. 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 재건축사업에 제공하고 2003.8.13. OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007.10.22. 이를 양도(양도가액 OOO원)한 후 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부가 「조세특례제한법」 제99조의3의 규정에 의한 감면소득에 해당하는 것으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 위 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 보아 2013.4.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」 제99조의3은 IMF사태 이후 극도로 침체된 주택건설경기를 부양하기 위한 목적으로 신설된 것으로, 당시에는 주택신축 이후에도 가격상승을 기대할 수 없는 여건이었으므로 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여만 감면을 한다면 주택신축에 있어 동기부여가 어려울 것이고, 신축주택을 취득하고 바로 처분하는 경우에는 감면효과를 기대할 수 없는 모순이 발생하므로, 이 건의 경우 당초 입법취지를 고려한다면 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득을 포함한 양도소득금액 전액을 감면하여야 하므로, 이 건 부과처분은 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항의 입법취지에 반하는 처분이라 하겠다.

(2) 처분청은 「조세특례제한법」 제99조의3이 신설된 이래로 10여 년간 청구인과 같은 경우 양도소득금액 전부를 감면하는 것으로 해석 적용하여 왔는바, 귀책사유 없이 위와 같은 처분청의 공적인 견해표명을 신뢰한 청구인은 신뢰보호의 원칙에 따라 당초 신고·납부한 바와 같이 위 규정의 적용을 받아 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득에 대하여도 전부 감면받아야 하므로, 이 건 부과처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 처분이라 할 것이다.

(3) 「조세특례제한법」 제99조의3 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는바, 여기에서 ‘당해신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’이란 법 제99조의3 제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것이고, 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 계산식을 적용한다면 분모와 분자에서 차감하는 ‘취득당시의 기준시가’는 동일한 개념이므로, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘구주택 취득당시의 기준시가’를, 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 각각 대입하는 것은 법령상의 근거 없이 계산식을 자의적으로 변경한 것으로서, 이는 허용될 수 없다 할 것이다.

(4) 따라서 청구인이 주택조합에 종전주택을 제공하고 취득한 쟁점신축주택을 5년 이내에 양도하여 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 전문이 적용되는 이 건에서 양도소득세액을 계산함에 있어 법적 근거 없이 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 양도소득금액을 계산한 이 건 양도소득세 처분은 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이나, 국세종합상담센터의 답변은 상담 내지 행정서비스의 한 방법이고, 예규 또한 과세관청 내부의 세법해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙으로서 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하지 않으므로, 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

(2) 신축주택을 취득한 자에 대한 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 「조세특례제한법」 제99조의3 및 관련 예규(국세청 재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-708, 2010.5.18., 부동산거래관리과-127, 2011.2.10., 조심 2010서3102, 2011.8.9.) 등에 의하면, 신축한 주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면에 해당하고, 구주택 취득시점부터 신주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과 후의 양도소득금액은 감면대상에서 배제되어야 하므로, 이 건의 경우 청구인이 양도소득세 신고시 종전주택 취득시점부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 과다감면세액에 대하여 경정·고지한 처분은 정당하다.

(3) 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정에 따라 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 기준시가를 적용하여 경정한 이 건 양도소득세 부과처분은 법령을 자의적으로 해석한 것이 아닌 적법한 처분이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대한 양도소득세 부과처분은 「조세특례제한법」 제99조의3의 입법취지 및 신뢰보호의 원칙에 반하는 처분이라는 청구주장의 당부

(2) 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 양도소득금액(감면소득금액) 계산시 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식 중 “취득당시 기준시가”는 분모, 분자 동일하게 “종전주택 취득당시의 기준시가”임에도 이를 달리 적용하는 것은 법적인 근거 없는 자의적인 것이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 국세기본법

제15조【신의·성실】

납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택 폐쇄등기부등본과 쟁점신축주택 부동산등기부등본 및 부동산매매계약서 등에 의하면, 청구인은 1996.11.15. 종전주택을 취득하였고, 이후 종전주택을 재건축사업에 제공하여 2003.8.13. 쟁점신축주택에 대한 소유권을 취득하였다가 2007.10.22. 쟁점신축주택을 양도한 것으로 나타나고 있다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점신축주택 양도소득과세표준 예정신고서, 처분청의 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구인은 쟁점신축주택을 양도하고 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 포함한 쟁점신축주택의 양도소득금액 전부가 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 감면대상소득에 해당되는 것으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 위 규정에 의한 감면대상소득에 해당되지 아니한 것으로 보아 이를 감면배제함과 아울러 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 쟁점신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 쟁점신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로,쟁점신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 산정하여 양도소득세를 재계산한 것으로 확인되고 있다.

(3) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 본문은 거주자가 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 이는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 조항으로서 양도소득의 발생 기산일이 신축주택의 취득일이므로, 이 건에 있어 면제되는 양도소득세액은 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득에 한정되고, 쟁점신축주택의 취득일 이전의 양도소득은 면제대상이 되지 않는 것으로 봄이 타당하다(조심 2013서261, 2013.3.22., 조심 2010부415, 2010.9.17. 등 다수, 같은 뜻)

또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 하영되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바, 「조세특례제한법」 제99조의3 제항의 입법취지가 신규주택 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택건설경기를 부양하기 위한 것임을 감안할 때, 위 규정은 자기가 건설한 신축주택의 경우 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하겠다는 것으로 보아야 할 것이어서 이 건 부과처분이 입법취지에 반하는 처분이라고 할 수는 없다고 판단된다.

한편, 청구인은 이 건 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 반하는 처분이라고 주장하나, 「국세기본법」 제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 건에 있어 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례와 관련하여 처분청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하므로 상당한 기간에 걸쳐 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 처분청이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기는 어렵고, 설령 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 양도소득세를 면제한 적이 일부 있었다 하더라도 그러한 사정만으로는 이와 달리 볼 수도 없다 할 것이며, 나아가 기존 심판결정례 및 국세청 해석은 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 소득을 감면소득으로 본다’라고 명확히 규정하고 있지 아니하여 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌거나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기도 어렵다 할 것이어서 위 청구주장은 받아들일 수 없다 하겠다(조심 2012서4197, 2012.12.31., 조심 2012서83, 2012.3.13., 참조).

(4) 쟁점②에 대하여 본다.

「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로(조심 2013서1746, 2013.6.7., 조심 2012서4623, 2013.2.8., 등 다수, 같은 뜻), 분모, 분자에 적용되는 기준시가를 다르게 적용한 이 건 부과처분이 법적 근거없는 자의적인 처분에 해당된다고 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.