조심2013서1746 (2013.06.07)

OOO세무서장이 2012.10.1. 청구인에게 한 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO의 양도소득 중 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1991.3.20. 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 주택재건축사업에 제공하고 2001.12.21. OOO(이하 “신축주 택”이라 한다)를 취득(사용승인)하여 보유하다가 2007.4.13. 이를 양도(양도 가액 OOO원)한 후 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 종전 주택 취득시부터 신축주택 취득 후 5년이 되는 기간까지의 양도 소득금액을 계산하여 산출한 세액 OOO원 중 OOO원은 「조세특례제한법」(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3에 따라 감면신청을 하고 감면세액 및 예정신고납부세액을 차감한 OOO원과 감면 관련 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다. 나. 그 후 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 위 규정에 따른 감면대상소득에 해당되지 아니한다고 보아 감면되는 양도소득금액 및 그 감면세액을 재계산 하여 2012.10.1. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.12.27. 이의신청을 거쳐 2013.4.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 1991.4.19.(소유권이전등기일) 종전주택을 취득하여 보유하던 중 이에 대한 재건축사업시행으로 추가분담금 OOO원을 납부하고 2001.12.21. 신축주택을 취득하였다가 2007.4.13. 이를 OOO원에 양도한 후 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 산출세액 OOO원 중 OOO원은 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따라 감면신청을 하고 감면세액 및 예정신고납부세액을 차감한 OOO원과 감면 관련 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다. (2) 이에 대하여 처분청은 이 건 양도소득세를 부과하면서 「조세특례제한법」 제99조의3 , 「조세특례제한법 시행령」(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 및 제40조 제1항에서 규정하고 있는 신축주택 양도에 따른 감면소득금액을 구하는 산식과 관련하여 분모의 취득당시 기준시가에는 종전주택 취득시 기준시가를, 분자의 취득당시 기준시가에는 신축주택 취득시의 기준시가를 각각 적용하였지만, 위 산식의 취득당시 기준시가는 분모, 분자 동일하게 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하는 것이 옳은 해석이라 하겠다. 즉, 위 산식은 5년 이후 양도차익에 대해서만 과세하고자 하는 것으로, 그렇지 않다면 5년 이내와 5년 이후에 대해 급격한 차 이를 두게 되어 형평성에 맞지 않을 뿐만 아니라 대규모 재개발, 재건축을 통한 주택건설 활성화를 목적으로 도입한 입법취지에도 부합되지 않는다 하겠고, 처분청의 주장대로 분모의 취득당시를 종전주택 취득당시로 보는 경우 토지만을 가지고 있던 조합원은 양도당시 기준시가(토지와 건물의 가액)에서 종전부동산 기준시가(토지만의 가액)를 차감하게 되므로 이는 합리적인 방법이라 할 수 없다. 또한, 처분청의 해석대로라면 조합원들은 추가부담금을 납부하고 신축주택을 취득하였음에도 일반분양자들에 비해 불리한 대우를 받게 되고, 더욱이 조합원 중에서는 2001.12.31. 이전 승계조합원에 대해서도 감면규정이 적용된다는 사실로 볼 때, 최초조합원과 승계조합원 사이에도 대우가 달라지는 불합리한 면이 있다. (3) 한편, 신축주택 취득과 관련된 「조세특례제한법」 제99조 및 제99조의3의 규정은 10년 넘게 운영되어 왔지만 종전주택에 대한 양도차익에 대하여 감면을 배제한 적은 없었는데, 이렇듯 종전주택에 대한 양도차익 감면에 대한 국세청의 해석 및 관행은 납세자들에게 일반적으로 받아들여져 10년이 넘도록 평온하게 이루어져 왔음에도 2009.1.20. 이에 대한 해석을 변경하면서 부과제척기간이 경과되지 않은 2006년 귀속분부터 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이라 하겠다. 더욱이 이 건의 경우, 신축주택 양도일은 2007년으로, 처분청이 새로운 국세청 해석처럼 종전주택분 양도차익을 감면대상에서 배제하는 것이 옳다고 하더라도 그 이전에 양도된 신축주택에 대하여는 종전의 해석 및 관행에 따라 전액 감면함이 2005년 이전에 양도한 납세자들과의 형평성에도 부합된다 하겠으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 서울행정법원의 판결문(서울행정법원 2012.3.9. 선고 2011구단27363 판결)에 의하면, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재 건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 이를 양도한 경우 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없다고 판시하고 있다. 아울러 처분청은 신축주택에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위해 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 규정을 준용하였는바, 이는 청구인이 납부한 청산금이 공제된 전체 양도소득금액을 기준 시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법으로서 적법한 계산방법 이라 할 것이다. (2) 「조세특례제한법」 제99조의3 규정은 그 입법취지상 법 시행기간 중에 취득(분양)한 주택으로서 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한해 적용되어야 하는 것으로, 이 건의 경우 종전주택 취득일부터 신축 주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 위 규정에 의한 감면대상이 아니라 하겠으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 신축주택의 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득금액(감면소득금액) 계산시 적용하는 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식 중 “취득당시 기준시가”는 분모·분자 모두 “종전주택 취득당시의 기준시가”를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 (2) 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 감면소득금액에 해당되지 아니한다고 보아 이를 감면배제한 이 건 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부 (3) 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도한 경우 신축주택에 대한 양도소득세를 소득금액 차감방식이 아닌 세액감면 방식으로 계산한 처분의 당부(직권심리) 나. 관계법령 (1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 자기가 건설한 주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택 2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. ④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. ③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 2. 조합원이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다. ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. ③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. ⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 소득세법(2008.1.1. 법률 제8435호로 개정되기 전의 것) 제90조【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. (4) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】 ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 종전주택 폐쇄등기부등본 및 신축주택 부동산등기부등본 및 집합건축물대장 등에 의하면, 청구인은 종전주택에 대하여 1991.4.19. 소유권을 취득(등기원인 1991.3.20. 매매)하였고, 이후 종전주택을 재건축사업에 제공하여 2001.12.21. 신축주택에 대한 소유권을 취득하였다가 2007.4.13. 강화연에게 신축주택의 소유권을 이전한 것으로 나타나고 있다. (2) 청구인이 제출한 신축주택 양도소득과세표준 예정신고서, 처분청의 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서와 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도하고 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 「조세특례제한법」 제99조의3 에 의한 감면대상소득에 해당되는 것으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 위 규정에 의한 감면대상소득에 해당되지 아니한 것으로 보아 이를 감면배제함과 아울러 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 산정하여 양도소득세를 재계산한 것으로 확인되고 있다. (3) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. 조합원인 거주자가 종전주택을 주택재건축사업에 제공하고 취득한 신축주택(2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지 기간 중에 사용승인 또는 사용 검사를 받은 신축주택을 말한다)을 양도하는 경우 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득 당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 하겠으므로(조심 2012서4623, 2013.2.8., 조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수, 같은 뜻), 위 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항 산식에 있어 분모·분자 모두 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 한다고 청구주장은 받아들일 수 없다. (4) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 새로운 예규를 생산하고 이를 종전에 발생한 양도소득에 적용하여 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙을 위반한 처분에 해당된다고 주장하나, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르는 것을 말하는 것으로서, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있었다고 볼 수는 없는바, 이 건은 처분청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 의 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다는 국세청의 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 신축주택 감면에 관한 새로운 해석이 아니라 「조세특례제한법」 제99조의3 의 조항이 신설된 2000.12.29. 이후 시행되던 법령을 계속해서 적용하도록 명확히 한 것으로서 새로운 납세의무를 지우는 것은 아니라 하겠으므로 이 건 양도소득세 부과처분이 소급과세금 지의 원칙을 벗어난 위법한 처분이라고 볼 수는 없다고 판단된다(조심 2013서261, 2013.3.22., 조심 2012서121, 2012.2.23. 등 다수, 같은 뜻). (5) 쟁점③에 대하여 본다. 「조세특례제한법」 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 「조세특례제한법」 제99조의3 은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제 99조의3의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」 제99조의3 에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라 하겠으므로, 신축주택을 그 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한 이 건의 감면방식은 감면소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방식으로 하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 조심 2013서1024, 2013.5.9. 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.