조심2012서3729 (2012.10.31)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1986.4.24. OOO 소재 주택(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 주택재 건축사업(사업계획승인일 : 1999.3.17., 쟁점종전주택 평가액 OOO, 청산금 납부액 OOO)으로 같은 동 376 OOOOOOOO OOOO OOOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득(임시사용승인일 : 2002.6.26.) 하였으며, 2006.4.6. 쟁점신축주택을 OOO에 양도하고 2006.4.12. 양도소득 과 세표준 예정신고 시「조세특례제한법」 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따라 쟁점신축주택의 양도소득금액 OOO 전부가 감면소득에 해당 하는 것으로 하여 산출세액 OOO을 감면세액으로 양도소득세를 신고하였다. 나. 처분청은 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고, 감면되는 양도소득금액 계산 시 적용되는 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식 중 분모의 “취득 당시 기준시가”를 “쟁점종전주택의 취득 당시 기준시가”로 하고 분자의 “취득 당시 기준시가”를 “쟁점신축주택의 취득 당시 기준시가”로 하여 OO,OOO,OOOO을 감면소득으로 재계산(감면세액은 OOO으로 재계산)하여 2012.5.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다(납부불성실가산세 OOO 포함). 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 「조세특례제한법」제99조의3 의 입법취지 및 법률 규정의 전후 내용을 고려하지 않고 동 조항의 일부인 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라는 문구를 납세자에게 불리하게 해석하고, 또 그 해석을 동 문구와 관계없이 명확하게 규정하고 있는 과세특례내용에 적용하여 세법해석을 하는 것은 세법해석의 오류로 인한 잘못된 해석이다. (가) 「조세특례제한법」제99조의3 에서 과세특례소득은 신축주택의 양도로 인해 발생하는 소득으로 되어 있고 양도소득을 발생 원천별로 구분하도록 규정되어 있지 않기 때문에 감면대상소득은 조세법률주의에 따라 법문 대로 신축주택의 양도로 인해 발생하는 양도소득금액 전체를 의미하는 것으로 해석해야 한다. (나) 처분청의 주장대로 취득일 또는 취득 당시를 종전주택의 취득일과 신축주택의 취득 당시로 해석해야 하는 경우, 동 규정이 포괄위임에 해당하여 「조세특례제한법」 제99조의3 은 위헌으로 무효가 되므로 처분청의 해석은 유추해석 또는 확대해석에 해당하는 부당한 처분이다. (다) 법률에서 위임된 시행령은 엄격해석되어야 하며 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산방식을 엄격해석하면 감면소득은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 포함하는 것이다. (라) 「조세특례제한법」제99조의3 은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서만 감면하는 취지이므로 처분청의 해석과 반대로 동 규정의 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액이라는 문구는 감면대상소득을 산정하기 위한 것이 아니라 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우 해당 양도소득금액에서 과세대상소득을 산정하기 위한 것으로 해석해야 한다. (2)「조세특례제한법」에서 규정하고 있는 감면소득의 산정방식으로 재건축된 주택의 감면소득을 계산하는 경우 재건축 당시 납부한 청산금이 필요경비로 반영되지 않아 감면소득이 과소계산되므로 일반적인 취득·양도의 경우와 동일한 산식으로 감면소득을 산정하도록 규정한 것은 입법미비로 판단되므로 이로 인한 처분은 취소되어야 하고 납세자에게 유리한 소급과세는 인정되므로 새로운 세법해석이나 규정으로 감면소득을 재계산하여 과세해야 한다. 재건축주택의 경우 감면소득은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서 분자의 “신축주택의 취득 당시 기준시가”를 “사업계획승인일 현재 기준시가”로 변경하여 재계산한 소득금액에 대해 감면을 하거나, 일반분양과 동일한 감면 혜택을 주기 위해서 소득세법과 같이 3단계로 나누어 계산된 신축주택 양도소득금액에 대해 감면을 하는 방식으로 재결정해야 한다. (3) 국세청의 새로운 해석(재산-227, 2009.1.20.)은 양도일 이후 변경된 것이고, 청구인이 쟁점신축주택을 양도할 당시는 납세자들이 종전의 세법해석OOO에 따라 신축주택 취득일 전일까지의 소득도 감면대상소득으로 받아들여지고 있었으므로 이 건 과세처분은 소급과세금지원칙에 따라 취소되어야 하고, 설령 소급과세금지원칙에 해당되지 않는다 하더라도 쟁점신축주택 양도소득세 신고 당시는 현재의 새로운 해석 대로 신고할 수 없었던 정당한 사유가 있었으므로 가산세는 감면되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 「조세특례제한법」제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것(재산-227, 2009.1.20. 외 다수)이며, 신축주택 감면대상 양도차익은 종전 주택취득일부터 계산하는 것이 아니라 신축주택의 취득일로부터 계산하는 것이 타당한 것이므로 적정한 감면소득 계산을 위해 감면소득 계산식 분모의 ‘취득 당시의 기준시가’를 구주택(부수토지 포함) 취득당시 기준시가를 적용한 것은 타당하다. (2) 「조세특례제한법」제99조의3 제2항에 따르면 감면소득 산정을 위한 산식으로 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 규정을 준용하도록 명확히 규정하고 있고 동 규정은 청산금의 수령·지급에 관하여 별도 규정을 두지 않고 있고, 따라서, 쟁점종전주택의 양도에 따른 감면소득금액 계산을 위해 「조세특례제한법」제99조의3 제2항 규정에 따른 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항을 적용하는 것이 타당하다. (3) 기존 심판례 및 국세청 해석은 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 소득을 감면소득으로 본다’ 라고 명확히 규정하고 있지 아니하여, 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌거나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려우므로 소급과세의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으며, 세법상 가산세는 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 것으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 부과할 수 없는 것이나, 청구인의 쟁점물건 양도에 따른 양도소득세 감면세액 과다계상은 단순히 세법의 부지나 오해에 따른 것으로 단순한 법령의 부지나 오해 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없는 것OOO이므로 이 건 가산세 부과는 적정하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득한 후 이를 양도한 경우에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 신축주택의 취득일 이후 5년간 발생한 양도소득금액(감면소득금액)의 계산은 「조세특례 제한법」시행령 제40조 의 산식 적용시 분자의 “취득 당시 기준시가”는 “사업계획승인일 현재 기준시가”로 하거나 신축주택 양도차익 전액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부 ③ 국세청 예규OOO에서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면소득금액이 된다고 해석하고 있으므로 이 건 과세처분은 소급과세금지 원칙의 위배이거나 가산세가 감면되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다. 1. 청산금을 납부한 경우 [관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다) 다. 사실관계 및 판단 (1) 국세청 예규OOO는 「조세특례제한법」 제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있고, 또다른 국세청 예규OOO는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 회신하고 있다. (2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 쟁점신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 쟁점종전주택 취득시부터 쟁점신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다고 할 것이어어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다OOO. (3) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 「조세특례제한법」제99조의3 의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득 당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득 당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득 당시 기준시가’를 말하는 것OOO이므로 분자에 적용되는 기준시가를 “사업계획승인일 현재의 기준시가”로 하여야 한다는 청주주장을 받아들이기 어렵고, 또한, 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이므로 「소득세법 시행령」제166조 에 의하여 계산한 금액 중 사업계획승인 이후의 양도차익 전부를 감면대상소득으로 보아야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다. (4) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구인은 종전 국세청 예규OOO에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액 - 종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도 새로운 예규OOO를 생산·소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙에 위배된다고 하나, 종전 국세청 예규OOO가 과세특례대상 소득 금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점 으로 보아 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없고, 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것으로, 이 건 과세와 관련하여 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.