조심 2017서1389 (2017.06.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인과 OOO(처남)는 2007.5.4. 청구인 및 OOO(배우자)가 보유한 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다) 주식 각각 OOO주, OOO주(합계 OOO주, 이하 “교환주식”이라 한다)를 OOO가 보유한 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다) 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)와 교환하기로 이행합의서를 체결하고 쟁점주식을 취득(이하 “쟁점교환거래”라 한다)하였다. 나. 청구인은 쟁점교환거래를 포함하여 2004.3.23.부터 2014.5.30.까지 5차례에 걸쳐 쟁점법인 주식 OOO주를 취득하고 2015.6.8. 동 주식을 OOO 등 13명에게 양도(이하 “쟁점양도거래”라 한다)하였고 양도한 주식 중 쟁점주식의 취득가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호에 규정된 환산가액으로 산정한 OOO원으로 신고하였다. 다. 처분청은 2016.4.4.～2016.5.13. 기간 동안[연장조사기간 20일 (2016.4.24.～2016.5.13.) 포함] 청구인에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점교환거래는 특수관계자간 거래로 「소득세법」 제101조 의 부당행위계산의 부인대상에 해당한다고 보고 쟁점주식의 취득가액을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법으로 산정한 OOO원으로 보았으며, 청구인이 2004.3.23. 쟁점법인 주식 OOO주를 취득한 자금과 2007.5.4. 쟁점주식 중 12,111.63주를 OOO로부터 증여받은 것으로 보아 청구인에게 아래 <표1>과 같이 양도소득세 및 증여세를 각 경정·결정하여 고지하였다. <표1> 청구인에게 고지된 양도소득세 및 증여세 내역 라. 청구인은 이에 불복하여 2016.11.15. 이의신청을 거쳐 2017.3.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 쟁점주식 취득가액은 상증법상 보충적 평가로 산정한 가액이 아닌 「소득세법」 제97조 제1항 규정에 따른 환산가액으로 하여야 한다 . (가) 「소득세법」 제96조 제1항은 자산의 양도가액은 실지거래가액을 따르도록 규정하고 있고, 같은 법 제97조 제1항 제1호에서 필요경비는 실지거래가액으로 하되 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 한다고 규정하고 있다. 그리고 「소득세법」 제114조 제4항에서 양도소득 과세표준과 세액을 결정·경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다고 규정하고 있으며, 장부나 그 밖의 증빙서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액은 거래가 교환인 경우에는 교환대상 목적물에 대한 시가 감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등으로 목적물의 객관적인 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다 하겠지만, 위와 같은 과정 없이 당사자 사이의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 해야 할 것(대법원 1999.11.26. 선고 98두19841 판결, 조심 2012전124 2012.3.29. 결정 등 참조)이고, 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 정산한 경우에도 마찬가지(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 같은 뜻)이다. 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것(대법원 1999. 2. 9. 선고 97누 6629 판결 같은 뜻)이다. 조세심판원(조심 2012서975, 2012.5.4.)도 단순교환은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하여 매매사례가액, 감정가액, 환산가액으로 취득가액을 산정하도록 결정하였으며, 국세청 심사결정에서도 시가감정 없이 부채 정산한 것만으로 실지거래가액을 볼 수 없으며 이는 실지거래가액이 불분명한 것으로 환산가액을 적용해야한다는 입장이며 이는 국세청 질의회신(재산세과-868, 2009.3.12.)에서도 확인된다. (다) 따라서 청구인이 양도한 쟁점주식에 대한 양도차익 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는 것인데, 청구인은 쟁점주식을 OOO 주식 OOO주와 단순히 교환·취득하면서 OOO와의 사이에 교환대상 목적물을 서로 교환한다는 의사의 합치가 있었을 뿐 구체적인 평가액을 표시하지 아니하였기 때문에, 청구인의 쟁점주식 실지취득가액은 확인할 수 없는 경우에 해당하는 것이며, 이러한 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 순차적으로 적용하여야 하는바, 쟁점주식에 대한 매매사례가액, 감정가액이 없으므로 결국 쟁점주식의 취득가액은 환산가액으로 하는 것이 적법하다. (2) OOO 설립(2001.5.17.) 당시 OOO가 인수한 동 법인 주식 OOO주는 청구인이 OOO에게 명의신탁하였던 주식으로서, 2007.5.4. 쟁점주식과 교환하면서 청구인 명의로 환원한 것에 불과하다 . (가) OOO 설립(2001.5.17.)부터 15년이 지난 현재, 그 당시 관련 자료가 남아있지 않아 청구인이 OOO 주식 OOO주를 OOO에게 명의신탁한 사실을 입증할 금융거래 증빙 등은 찾을 수 없으나, 청구인이 당초 OOO 주식 OOO주를 OOO에게 명의신탁한 사실은 청구인과 6년 동안 소송으로 다투었던 OOO도 인정하는 사항이다. (나) 그리고 OOO 주식 OOO주의 실제 소유자가 청구인이었다는 사실은 청구인과 OOO가 2007.5.4. 작성한 이행합의서에 나타나고 있는데, 동 이행합의서에는 “청구인 OOO 소유주식 43%(OOO주) 전 지분을 OOO에게 무상양도한다”고 되어 있으며, 이는 OOO 명의의 OOO 주식 OOO주의 실제 소유자가 OOO 이었다면, 청구인·OOO가 함께 OOO와 OOO 주식 OOO주와 쟁점주식을 교환하는 것으로 이행합의서를 작성하였을 것이나 그러하지 않은 것은 실제 명의신탁이 있음을 인정하는 것이다 . (다) OOO가 청구인과 이행합의서를 작성(2007.5.4.)한 이후 이행합의서 내용대로 쟁점주식을 청구인에게 양도하지 아니하여, 청구인은 OOO를 상대로 쟁점주식에 대한 인도 소송을 제기하여 승소하였다. 이 소송에서, OOO는 청구인과 쟁점주식의 인도 소송을 하면서 OOO 명의의 OOO 주식 OOO주의 실제 소유자가 청구인이라는 사실을 인정하였다. 청구인이 쟁점주식 주식인도 소송에서 승소한 후, OOO는 2010.5.10. 청구인을 상대로 쟁점주식에 대한 반환 소송을 제기하였는데, 동 소송 판결문(OOO법원 2011.1.13. 선고 2010가합47280)에 의하면, “OOO를 주식회사로 전환하는 과정에서 청구인으로부터 합계 OOO원을 투자 받고, 2001.5.17. OOO 설립 당시 청구인 앞으로 OOO 발행주식 22%(OOO), 청구인의 처이자 원고의 동생인 OOO앞으로 21%(OOO)를 각 배정하였다. 이후 원고는 2004년 3월경 쟁점법인 명의로 OOO 대지 및 지상건물을 매수하면서 청구인으로부터 OOO원을 투자받고 그 대가로 청구인에게 쟁점법인 발행 주식 21%(OOO)를 배정하였다.”고 되어 있고, “청구인 및 OOO 명의로 되어 있는 OOO 주식은 원고 OOO가 OOO를 설립하여 운영하면서, 청구인으로부터 금원을 차용하고 이에 대한 담보로 명의신탁해 준 것으로서 원고 OOO가 위 차용금을 모두 변제하였으므로 원고에게 반환되어야 함에도”라고 되어 있는데, 이는 OOO가 쟁점주식의 반환 소송을 하면서, 본인이 OOO 설립 당시 청구인으로부터 자금을 차용하고, 이에 대해 청구인 및 OOO 명의로 OOO 주식을 배정하였다고 상세하게 설명하고 있는 것으로서, OOO 명의의 OOO 주식에 대한 실제 소유자가 청구인이었다는 사실을 인정한 것이다. 이는 민사재판에 있어서는 다른 민사사건의 판결에서 인정된 사실에 구속받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 민사사건에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 된다 할 것이므로, 합리적인 이유 없이 이를 배척할 수 없는 것(대법원 1987.4.28. 선고 86다카 1757 판결 같은 뜻)이고, 특히 전후 두 개의 민사소송이 당사자가 같고 분쟁의 기초가 된 사실도 같으나 다만 소송물이 달라 기판력에 저촉되지 아니한 결과 새로운 청구를 할 수 있는 경우에 있어서는 더욱 그러하다 할 것(대법원 1990.12.11. 선고 90다카 7545 판결 같은 뜻)이므로, 법원에서 인정한 명의신탁사실을 부인하는 처분청의 이 건 과세처분은 부당하다. (3) 처분청은 부적법하게 세무조사 기간을 연장하고 범위를 확대하였으므로 그에 기한 모든 국세 부과처분은 위법하다. (가) 처분청은 당초 세무조사 기간이 2016.4.4.부터 2016.4.23.까지로 되어 있었고, 2016.4.24.부터 2016.5.13.까지 20일간 세무조사 기간연장 승인을 받았음에도, 청구인에게 세무조사기간 연장 통지를 하면서 그 전산출력내용을 수정액으로 지우고 2016.4.24.부터 2016.5.23.까지로 변조하여 연장조사기간을 임의로 늘였고, 2016.5.23.까지 세무조사를 실시하였으며, 오기(誤記)된 것이라면 추후에 정정하여 청구인에게 다시 조사기간을 통지하였어야 함에도 이를 하지 않았던 것인바, 이에 기한 양도소득세 및 증여세 부과처분은 위법하다. (나) 또한, 처분청은 청구인에 대하여 2015년 과세연도 양도소득세만 세 무조사 대상으로 하였기 때문에, 청구인의 쟁점법인 주식 취득자금 출처를 조사하여 증여세를 과세하기 위해서는 양도소득세 조사와는 별도로 증여세에 대한 조사대상, 과세기간, 세목을 확대하는 세무조사 범위 확대 절차를 거처야 하나 이러한 절차를 무시하고, 청구인이 2004.4.1. OOO 로부터 받은 OOO원과 2007.5.4. 쟁점주식 중 OOO주를 증여받은 것으로 보고 증여세를 부과한 처분은 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 2007.5.4. 특수관계자 OOO와 OOO 주식 OOO주를 교환함으로써 쟁점주식을 취득한 것으로 상증법상 보충적 평가에 따라 취득가액을 결정하는 것이 타당하다. (가) 「소득세법」 제101조 제1항은 “납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조 제3항 제1호는 “조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때란 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때를 말한다. 다만 시가와 거래가액의 차액이 OOO원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다”고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항은 “특수관계인과의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다”고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항은 “제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조 및 조세특례제한법 제101조 의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다”고 규정하고 있다. (나) 따라서 청구인은 OOO 주식을 OOO에게 시가보다 낮은 가격으로 양도하고, OOO는 쟁점주식을 청구인에게 시가보다 높은 가격으로 양도하여 부당행위계산 부인 요건을 충족하고 있으므로, 청구인의 쟁점주식 교환거래의 실지취득가액이 확인되지 않는다 하여 그 취득가액을 환산하기는 곤란하고, 청구인과 OOO가 OOO 주식 OOO주과 쟁점주식을 교환할 당시 각각의 주식에 대한 상증법 제60조 내지 제64조에 따른 평가액을 청구인의 쟁점주식 취득가액으로 산정함이 타당하다. (2) 2004년도 청구인이 신고한 소득금액을 조회한바 OOO원에 불과하여 청구인이 자력으로 쟁점 주식을 취득하기 어렵다고 보여지며, 오히려 청구인의 배우자 OOO의 2004년 양도소득세 신고내역을 확인하면 OOO에 소재한 상업용 건물을 OOO원에 양도한 사실이 있 어 교환주식을 취득할 충분한 자력이 인정되어 OOO에게 명의신탁하였다는 청구인의 주장은 납득하기 어렵다. (가) 청구인은 쟁점주식의 취득과 관련하여 경위서 외에 다른 증빙 등을 제출하지 아니하였고, 이 경위서에 적시된 OOO에 소재한 상업용 건물을 양도하여 취득 자금을 마련하였다는 경위서 내용의 신빙성이 인정되고 양도당시 건물 소유주가 청구인의 처 OOO인 것이 국세청의 양도소득세 신고자료 등에 의해 확인되므로 이 건 부과처분은 정당하다. (나) 청구인은 본인이 명의신탁하였다고 주장하는 배우자 OOO지분 OOO 주식 OOO주와 자신의 명의로 보유하고 있던 OOO 주식 OOO주를 합산하여 2007.5.4. 청구인의 처남 OOO에게 주식교환으로 양도하고 청구인 명의로 쟁점법인 주식 OOO주를 취득한 것이라고 주장하나, 청구인이 명의신탁이라 주장만 할 뿐 주장을 뒷받침할 증빙은 제출하지 못하고 있고, 청구인이 교환으로 양도한 OOO 주식 OOO주는 양도가액 OOO원으로 신고하였으며, 청구인의 배우자 OOO가 교환으로 양도한 OOO 주식 OOO주는 양도가액 OOO원으로 각각 신고한 것으로 확인되어 신고내용으로도 명의신탁하였다는 청구인의 주장은 인정하기 어렵다. (다) 청구인은 2001년 이전에도 신고된 양도소득은 전무하고 근로소득금액이 2001년 OOO원에 불과하였음이 국세통합전상망에서 조회되며, 오히려 청구인의 배우자 OOO가 양도가액 합계 OOO원인 2건의 양도사실이 확인되는 점 등을 미루어 보아 청구인이 배우자 OOO 명의로 명의신탁하였다는 주장은 신빙성이 없다. (3) 「국세기본법」 제81조의8 제3항은 “세무조사를 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다”고 규정하고 있으며, 조사담당자는 세무조사 「국세기본법」규정과 세무조사기간 연장 처리 절차에 따라 관서장의 결재를 받은 후 납세자보호담당관실에 세무조사 연장공문을 시행하였으며 조사대상자에게 조사기간내에 연장통지서를 송달하였으므로 세무조사 연장에 대한 통지가 절차상 하자가 있는 것은 아니며, 청구인에게 세무조사기간 연장통지 교부할 때, 20일간 연장하는 것으로 승인을 받았으나, 납세자에게 통지시 수기로 단순 오류로 기재하여 통지한 것으로서, 통지서가 허위 또는 임의로 작성된 것은 아니다. 참고로, 수기로 세무조사 연장기간이 2016.5.23.까지 기재하여 교부하였으나 청구인이 제출한 경위서(2016.5.3.)와 청구인과 OOO의 주식교환 관련하여 신고한 양도소득세 신고서, OOO가 제출한 진술서(2016.5.2.작성) 등을 바탕으로 2016.5.13. 사실상 세무조사를 종결(조사보고서 작성 후 결재완료)하였고 세무조사결과 통지도 2016.5.20.에 하였다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 상증법상 보충적 평가액으로 쟁점주식 취득가액을 산정한 것의 당부 ② 청구인 배우자 명의 주식을 쟁점주식과 교환한 것이 명의신탁의 환원에 해당하는지 여부 ③ 양도소득세 조사기간 연장통지서에 실제보다 길게 조사기간을 기재한 후 증여세까지 과세한 것이 적법절차를 위반한 것인지 여부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제96조【양도가액】 ① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제97조【양도소득의 필요경비 계산】 ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 제99조【기준시가의 산정】 ① 제96조제2항, 제97조제1항제1호가목 단서, 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다. 4. 제3호에 따른 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식등 중 제3호에 해당하지 아니하는 것과 제94조제1항제3호나목에 따른 주식등 「상속세 및 증여세법」제63조 제1항제1호다목을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따르되, 장부 분실 등으로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득 당시의 기준시가로 한다 . 제100조【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액 · 감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. 제101조【양도소득의 부당행위계산】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】 ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다. ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다. ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】 ⑫ 법 제97조제1항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제165조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】 ④ 법 제99조제1항제4호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다. 1. 1주당 가액의 평가는 가목의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 "순손익가치"라 한다)과 나목의 계산식에 따라 평가한 가액 (이하 이 항에서 "순자산가치"라 한다)을 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 제158조제1항제1호가목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 가. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 1주당 순손익액 ÷「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제2조제1호에 따른 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율 나. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액 (토지의 경우는 법 제99조제1항제1호가목에 따른 기준시가) ÷ 발행주식총수 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 경우에는 제1호 각 목 외의 부분에 불구하고 제1호나목의 산식에 따라 평가한 가액으로 한다 . 다. 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업 연도부터 계속하여 결손금(「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액을 말한다)이 있는 법인의 주식등 제167조【양도소득의 부당행위 계산】③ 법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다 . 1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때 ④ 제98조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다. ⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 「상속세 및 증여세법」제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조 및 「조세특례제한법」제101조 의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」제49조 제1항 본문중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 보며, 「조세특례제한법」 제101조 중 "상속받거나 증여받는 경우"는 "양도하는 경우"로 본다. 제176조의2【추계결정 및 경정】 ② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다. 1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

(3) 상속세 및 증여세법 제63조【유가증권등의 평가】 ① 유가증권등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. ③ 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도전 3년이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령이 정하는 주식등을 제외한다)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 당해 법인의 발행주식 총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령 령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산은 대통령령으로 정한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식의 평가】 ① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인 ( 「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

(5) 조세특례제한법 제101조【중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례】 「상속세 및 증여세법」 제63조 를 적용하는 경우 같은 법 제63조제3항에 따른 중소기업의 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 또는 출자지분을 2017년 12월 31일 이 전에 상속받거나 증여받는 경우에는 같은 법 제63조제3항에도 불구하고 같은 법 제63조제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액에 따른다. (6) 국세기본법 제14조【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제81조의8【세무조사 기간】 ① 세무공무원은 조사대상 세목·업종·규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다. 1. 납세자가 장부·서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우 2. 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우 5. 제81조의16제2항에 따른 납세자보호관 또는 담당관(이하 이 조에서 "납세자보호관등"이라 한다)이 세금탈루혐의와 관련하여 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우 ③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. ⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제5항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다. 제81조의9【세무조사 범위 확대의 제한】① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다. ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. (7) 국세기본법 시행령 제63조의11【세무조사 범위의 확대】① 법 제81조의9제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우 2. 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우 3. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우 4. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1998.7.8. 쟁점법인을 설립하였다. (2) OOO(청구인의 처남)는 2001.5.17. 가구수입판매업을 영위하는 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)를 설립하였으며, 청구인과 OOO(청구인의 처)는 OOO 주식 각각 OOO주 (지분율 22%), OOO주(지분율 21%)(총 OOO주)를 OOO원에 취득하였다. (3) 2007.5.4. 청구인과 OOO가 보유한 교환주식을 OOO가 보유한 쟁점법인 주식 36%(OOO주)와 교환하는 이행합의서를 체결하였으나 OOO가 교환을 이행하지 않자 청구인이 소를 제기하여 승소하였다. 이행합의서에는 교환되는 쟁점법인 주식 중 청구인이 31%(OOO주), OOO(OOO의 사촌)이 5%(OOO주)를 각각 취득하는 내용으로 되어있다. (4) 국세통합전산망으로 확인되는 쟁점법인의 주식변동내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점법인의 주식변동내역 (5) 국세통합전산망으로 확인되는 OOO의 주주변동내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> OOO 주주변동내역 <쟁점① 관련 사실관계> (6) 청구인의 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 신고 및 처분청의 경정 주요 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고·경정 내역 (7) 쟁점법인의 주식을 청구인이 거래한 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인의 쟁점법인 주식에 대한 거래내역 (8) 청구인이 2015.6.8. 쟁점양도거래에서 양도한 쟁점법인 주식의 취득별 구성내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 청구인이 2015.6.8. 양도한 쟁점법인 주식의 취득별 구성 (9) 청구인은 OOO 외 6명과 함께 2015.6.8. 쟁점양도거래 당시 OOO 외 12명에게 쟁점법인 주식 OOO주를 양도하였으며 그 내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 청구인의 2015.6.8. 쟁점법인 주식 양도내역 (10) 청구인과 OOO가 2007.5.4. 작성한 이행합의서(2007.5.11. 법무법인 OOO) 주요 내용은 아래와 같다. (11) 청구인 및 OOO(청구인의 처사촌)이 2007.5.4. 체결한 이행합의서와 관련하여 2007.8.1. OOO를 상대로 제기한 (쟁점주식) 주식인도 소송의 1심(OOO법원 2007가합15043, 2008.5.2.) 판결문의 주요내용은 아래와 같으며, 2심(OOO법원 2008나48751, 2009.1.16.)도 동일한 판결을 하였다. OOO는 위의 판결에 반소(OOO법원 2010가합47280, 2011.1.13.)를 제기하였으나 대법원(2012다6806, 2012.4.13. 심리불속행 기각)에서 최종 패소하였다. (12) 청구인이 신고한 쟁점주식의 취득가액과 처분청이 산정한 쟁점주식 및 교환주식의 시가는 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점주식의 신고 취득가액과 쟁점주식 및 교환주식의 시가 아래 <표9>와 같이 처분청이 산정한 쟁점주식의 거래가액(교환주식 시가)과 쟁점주식 시가의 차이는 쟁점주식 시가의 5%보다 크다. <표9> 부당행위계산 부인 적용여부 판단 (13) 청구인이 쟁점주식의 취득가액을 「 소득세법 시행령」 제165조 제4항의 단서에 따라 환산한 가액인 OOO원OOO으로 하여 신고하였다. (가) 청구인이 양도소득세 신고 시 평가한 쟁점주식 1주당 취득가액은 아래 <표10>과 같다. <표10> 청구인이 신고한 쟁점주식 1주당 취득가액 (나) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점주식 1주당 기준시가 계산내역은 아래 <표10>과 같다. <표10> 청구인이 신고한 쟁점주식 1주당 기준시가 계산내역 (14) 처분청에서 쟁점주식의 취득가액 OOO원(교환주식의 교환 당시 시가)을 상증법상 보충적 평가액으로 계산한 근거는 아래 <표11>과 같다. <표11> 처분청의 쟁점주식 취득가액 계산 근거 <쟁점② 관련 사실관계> (15) 처분청은 다음과 같이 2004.3.31. 쟁점법인주식 OOO주를 취득할 때와 2007.5.4. 쟁점주식을 교환주식과 교환할 때 청구인이 OOO로부터 현금과 주식을 증여한 것으로 보고 아래 <표12>와 같이 증여세를 결정하였다. <표12> 청구인에 대한 증여세 결정 내역 (16) 처분청은 2007.5.4. 이행합의에 따라 OOO에게 주어야 하는 교환주식 중 OOO주는 OOO가 소유한 주식이므로 쟁점주식 중 이 비율에 해당하는 OOO주를 OOO가 청구인에게 증여한 것으로 보았다. (17) OOO의 법인등기부상 청구인은 2001.5.21.～2009.2.18. 기간 동안 이사로 재직하였고, OOO는 2001.5.21.～2007.3.30. 기간 동안 감사로 재직하였다. (18) 청구인은 OOO와 함께 2006.5.3. 2001년경 자금을 투자하여 OOO 주식 OOO주를 인수하였다는 경위서를 작성하였는데, 동 경위서의 주요 내용은 아래와 같다. (19) 청구인의 2009년까지의 소득 현황은 아래 <표13>과 같다. <표13> 청구인의 신고소득 현황 (20) OOO의 2009년까지의 소득 현황은 아래 <표14>와 같다. <표14> OOO의 신고소득 현황 (21) 청구인은 OOO가 청구인 및 OOO을 상대로 제기한 쟁점주식 반환 소송(OOO법원 2010가합47280) 판결문에 따르면 아래와 같이, 청구인이 OOO 주식 OOO주를 OOO에게 명의신탁하였다는 사실이 확인된다고 주장하나 그에 대한 사실판단을 하지는 않았다. <쟁점③ 관련 사실관계> (22) 처분청은 2016.4.18. 청구인과 OOO에게 양도소득세 조사와 관련하여 서류 제출을 요청하였는데, 동 요청서 주요 내용은 아래와 같다. (23) 처분청의 납세자보호담당관은 2016.4.22. 청구인에 대한 세무조사기간을 20일간(2016.4.24.～2016.5.13.) 연장하는 것으로 재산세1과에 통보한 세무조사연장 승인 통보서의 주요 내용은 아래와 같다. (24) 이의신청 결정서에 따르면, 국세통합전산망으로 확인되는 청구인에 대한 양도소득세 조사의 연장기간은 2016.4.24.～2016.5.13.로 처분청 납세자보호담당관의 연장 승인 통보서상의 연장기간과 일치한다. (가) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사결과 보고서의 “Ⅱ. 조사현황 및 조사선정사유”란의 조사착수일이 “2016.4.4.”이고 조사종결일이 “2015.5.13.”(2016.5.13.의 오기)로 기재되어 있으며, 조사일수는 “40일”, 조사연장은 “1회(30일)”로 기재되어 있다. (나) 처분청이 2016.4.22. 청구인에게 한 세무조사 기간 연장통지서에는 “당초조사기간”에 프린터로 출력된 글자로 “2016.4.4.～2016.4.23.”, “연장조사기간”에 수기로 작성한 글자로 “2016.4.23～2016.5.23.”이라고 기재되어 있다. (다) 이의신청 결정서에 따르면, 처분청은 2016.5.20. 청구인에게 세무조사결과 통지서를 우편 발송하고, 2016.5.24. 송달되었음이 국내 등기 배송조회 내역으로 확인된다고 하였다. (25) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①에 대하여 보면, 쟁점교환거래 상대방인 OOO는 청구인의 4촌 이내 인척이라 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 및 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항의 특수관계가 인정되고, 「소득세법 시행령」 제167조 제5항은 상증법 제60조 내지 제64조와 상증 법 시행령 제49조 내지 제59조를 준용하여 시가를 산정 하도록 하고 있어 쟁점주식과 교환주식의 시가는 각각 상증법상 보충적 평가방법에 따라 산정하여야 하며, 쟁점교환거래에서 교환주식의 시가는 쟁점주식의 거래가액이므로 그 차액이 쟁점주식 시가의 100분의 5보다 많아 제167조 제3항의 부당행위계산 부인대상이 되고 이 경우 같은 조 제4항에 따라 시가에 의하여 취득가액을 계산하도록 되어 있으므로 쟁점교환거래를 부당행위계산 부인대상으로 보고 쟁점주식의 취득가액을 상증법상 보충적 평가방법으로 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 교환주식 중 OOO주는 명의자가 OOO로 되어 있으며 특별한 사정이 없는 한 주식은 명의자의 소유로 추정되고 그에 반하는 사실의 입증책임은 이를 주장하는 자에게 있음에도 청구인은 명의신탁사실을 입증할 만한 증빙 등을 제시하지 못한 점, 오히려 소득신고내역상 OOO의 소득이 청구인의 그것보다 많아 OOO가 교환주식을 취득할 수 있는 자력이 충분한 점 등을 고려하면 청구인이 OOO로부터 쟁점주식 중 OOO주를 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴보면, 처분청이 2016.4.22. 청구인에게 한 세무조사 기간 연장 통지에 연장기간을 “2016.4.24～2016.5.23.”으로 기재한 것과 관련하여, 세무조사 연장통지와 관련하여 일부 흠결이 있더라도 그것만으로 처분이 무효라 하거나 당해 처분을 취소하기는 어려우므로(조심 2010서1293, 2010.6.23. 같은 뜻임), 당초 납세자보호담당관의 연장 승인 통보서에 “2016.4.24～2016.5.13.”로 기재되어 있는 점, 청구인에 대한 양도소득세 조사결과 보고서의 결재를 2016.5.23. 전에 받아 청구인에게 세무조사결과 통지서를 2016.5.20. 우편발송한 것이 등기 배송조회로 확인되는 점을 고려하면, 세무조사 기간 연장 통지에 연장기간을 2016.5.23.까지로 기재한 것은 단순한 오기에 불과하고 특별히 2016.5.13.이 지난 후에 처분청이 금융조회를 하거나 청구인에 대한 질문·조사권을 행사하는 등 실제 조사행위를 하였다는 사실도 확인된바 없어 이를 이유로 과세처분을 취소하는 것은 부당하며, 처분청이 청구인에게 양도소득세 조사를 실시한다고 통지하였으나 증여세까지 과세한 것은 부당하다는 청구인의 주장과 관련하여, 부가가치세 조사에서 자료상으로 판정하여 거래상대방의 관할 세무서에 과세자료를 통보하고 이를 근거로 부가가치세를 고지한 처분은 정당하고(국심 2001부2619, 2001.11.30. 참조) 세무조사 당시에는 제출되지 않았으나 과세전적부심사청구를 하면서 제출된 자료를 근거로 과세한 처분도 정당한 것(조심 2015서492, 2015.6.16. 참조)이므로 세무조사과정에서 확보되거나 파생된 자료 등을 기초로 다른 납세의무자나 다른 세목에 대하여 과세하는 것이 위법하다고 볼 수는 없는바, 처분청이 청구인의 쟁점주식 양도소득에 대한 세무조사에서 취득가액을 확인하면서 청구인으로부터 제출받거나 확보한 과세자료를 통하여 청구인이 OOO로부터 쟁점주식 중 OOO주를 증여받은 사실을 확인하여 증여세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.