조심 2021지1902 (2023.02.07)

의 도시개발사업 시행자로 의제되는 시행사가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 쟁점토지는 도시개발사업에 제공하는 산업단지용 토지로서

「지방세법 시행령」 제102조

제7항 제4호에 따른 분리과세대상 토지에 해당한다.

(1)

산업입지법 제18조

에 따라 (일반)산업단지 실시계획이 승인·고시되면

산업입지법 제21조

에 따른 의제조항에 대한 사전협의 내용이 명시적으로 확인되지 아니한 경우에도

에 따른 사업시행자 지정 및 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가를 받은 것으로 의제된 것으로 보아야 한다.

(가)

산업입지법 제21조

제1항 전단은 산업단지지정권자가 산업단지 실시계획의 승인 또는 변경승인을 할 때 다음 각 호의 허가·결정·인가·면허·협의·동의·승인·해제 또는 처분 등에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인·허가 등을 받은 것으로 본다고 규정하고 있고, 제1호는 인·허가의제 되는 항목으로 ‘

에 따른 사업시행자의 지정’을 규정(이하

산업입지법 제21조

제1항 제1호를 “쟁점 인·허가의제규정”이라 한다)하고 있는바, 산업입지법상 산업단지 실시계획의 승인을 받은 시행사는 쟁점 인·허가의제규정에 따라

에서 규정하는 사업시행자이기도 하다.

한편,

제7항 제4호는 ‘

에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지’에 대하여 그 소유여부를 불문하고 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급완료 되거나 같은 법 제51조에 따른 공사완료 공고가 날 때까지 분리과세대상에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 설령 쟁점토지에 대한 재산세 납세의무자인 청구법인이 산업단지개발사업의 시행자가 아니라 하더라도 쟁점토지가 도시개발사업에 제공하는 토지에 해당하는 이상 분리과세대상으로 보아야 한다.

처분청은 대법원 2019.10.31. 선고 2016두50754 판결을 근거로 사업시행자 외의 자가 소유하고 있는 쟁점토지에 대하여는 쟁점감면규정이 적용될 수 없다는 의견이다.

그러나 종래 대법원은 재산세 별도합산과세대상이 되는 ‘개발사업의 시행자가 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지’를 해석함에 있어 관련 법령에서 ‘개발사업의 시행자가 그 개발사업에 제공하는 토지를 법률상 및 사실상 소유하고 있을 것’까지 요건으로 하고 있지 않은 경우라면 시행자 외의 자가 소유한 경우에도 별도합산과세가 가능하다거나(대법원 2019.4.24. 선고 2019두30638 판결), 재산세 분리과세대상이 되는 ‘「주택법」에 의하여 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 동법에 의한 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 공여되고 있는 토지’에 대하여도 주택건설사업자가 소유하고 있는지 여부와 관계없이 주택건설사업자가 해당 토지를 주택건설사업에 공여하고 있는 경우라면 분리과세가 가능하다(대법원 2012.4.26. 선고 2010두28632 판결)고 판시하는 등 토지분 재산세의 분리과세 및 감면요건 등을 판단함에 있어 ‘사업시행자가 해당 토지를 소유할 것’을 법문상 명확하게 요건으로 규정하지 아니한 경우에는 사업시행자가 해당 토지를 소유하고 있는지 여부와 관계없이 분리과세 및 감면이 가능하다고 판시하여 왔다.

또한 행정안전부(부동산세제과-473, 2020.3.2.), 법제처(20-190, 2020.5.28.), 및 조세심판원(조심 2015지1279, 2015.12.30.)도 재산세 분리과세대상이 되는 ‘

에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지’를 해석함에 있어 사업시행자가 소유하고 있는지 여부와 관계없이 사업시행자가 해당 토지를 도시개발사업에 제공하고 있는 경우에는 분리과세가 가능하다고 판단하였는바, 처분청이 이 사건 처분의 근거로 제시하는 대법원 2019.10.31. 선고 2016두50754 판결은 그동안의 과세실무와도 배치되는 것이다.

(나)

산업입지법 제21조

에서 산업단지지정권자가 실시계획의 승인을 할 때 미리 관계 행정기관의 장과 사전협의 또는 승인을 받은 경우 ‘

에 따른 사업시행자 지정 및 제17조에 따른 실시계획인가’를 받은 것으로 의제하는 이유는 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 의제되어야만 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다) 제56조 제1항 단서에 의해 국토계획법상 개발행위허가를 받지 아니할 수 있기 때문이다.

국토계획법 제56조

제1항은 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석채취, 토지분할 등에 대하여 원칙적으로 개발행위허가를 받도록 규정하고 있고, 다만 단서에서 예외적으로 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 또는 다른 법률에 따라 도시개발사업으로 의제되는 사업(산업단지조성사업, 택지조성사업)에 대하여 개발행위허가를 받지 아니할 수 있도록 규정하고 있다.

산업단지 조성사업의 경우에도 규모가 개발행위허가 규모 이내인 경우

국토계획법 제58조

및 같은 법 시행령 제55조에서 규정하는 공업지역(

국토계획법 시행령 제55조

는 공업지역의 경우 개발행위허가 규모를 3만 제곱미터 이하로 규정하고 있음)으로 보아 국토계획법에 따른 개발행위허가를 받아야 하고, 개발행위허가 규모를 초과하는 경우 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 의제되어야만

국토계획법 제56조

제1항 단서에 의하여 개발행위허가가 면제되어 개발행위허가 규모를 초과한 개발이 가능하게 된다(국토교통부의 개발행위허가운영지침, 개발행위허가운영지침 법령해설 등에 의하면 택지개발사업, 산업단지개발사업 등 도시·군계획사업을 의제하는 개발행위는 개발행위허가에서 제외한다고 규정하고 있다).

이 건 사업은 개발행위규모가 개발행위허가규모(공업지역의 경우 3만㎡)이상이므로 국토계획법에 따른 개발행위허가를 받을 수 없고,

국토계획법 제56조

제1항 단서에 따른 개발행위허가를 면제받기 위해서는 반드시 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 의제되어야 하며, 만약 도시개발사업으로 의제되지 않았다면 국토계획법에서 정한 개발행위허가를 받지 않은 것이 되어 개발행위가 불가능하였을 것임에도 처분청은 이 건 산업단지계획을 최종 승인·고시하였으므로 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 의제된 것이 분명하다.

즉, 이 건 사업시행자와 같이

산업입지법 제18조

에 따라 (일반)산업단지 실시계획이 승인·고시된 경우, 산업단지 지정권자가 산업단지 실시계획의 승인시 도시개발사업시행자 지정권자와 도시개발사업 시행자 지정에 관한 명시적 사전협의를 하지 아니하였다 하더라도

에 따른 사업시행자 지정 및 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가를 받은 것으로 의제된 것으로 보아야 한다.

(2) 설령 산업단지 지정권자가 산업단지 실시계획의 승인시 도시개발사업시행자 지정권자와 도시개발사업 시행자 지정에 관한 사전 협의를 하지 않았다 하더라도 이는 처분청의 의무불이행에서 비롯된 것이므로 산업단지계획이 승인된 이상 이 건 사업시행자는

산업입지법 제21조

에 의해 「도시개발법상」사업시행자로 의제되어야 한다.

이 건 사업시행자 또는 주식회사 BBB 및 주식회사 CCC는 산업단지계획승인 신청시 도시·군관리계획 결정에 필요한 관계서류 및 도면을 제출하였고 그 외에 별도로 「도시개발법」에 따른 사업시행자의 지정 및 실시계획의 인가에 필요한 서류를 제출하지 아니하였으나,

국토계획법 제2조

제4호 및 제7호에 따르면 「도시개발법」상 도시개발사업과 국토계획법상 도시·군계획시설사업은 국토계획법상 도시·군관리계획에 포함되어 결정되는 것이므로, 도시·군관리계획 결정에 필요한 관계서류의 제출만으로도 「도시개발법」에 따른 사업시행자의 지정에 필요한 서류를 모두 제출한 것으로 보아야 한다.

따라서 설령 산업단지 지정권자가 산업단지 실시계획의 승인시 도시개발사업시행자 지정권자와 도시개발사업 시행자 지정에 관한 사전 협의를 하지 않았다 하더라도 이는 협의절차를 진행하지 아니한 처분청의 의무불이행에서 비롯된 것이므로 산업단지계획이 승인된 이상 이 건 사업시행자는

산업입지법 제21조

에 의해 「도시개발법」상 사업시행자로 의제되어야 한다.

나. 처분청 의견

산업단지 지정권자는 산업단지 실시계획의 승인시 도시개발사업시행자 지정권자와 도시개발사업 시행자 지정에 관한 협의 및 승인을 한 사실이 없으므로, 설령 이 건 사업시행자가 산업단지 지정권자로부터 실시계획의 승인을 받았다 하더라도

산업입지법 제21조

에 의해 「도시개발법」상 사업시행자로 지정(의제)되는 것으로 볼 수 없다.

(1) 이 건 사업시행자는 산업단지 실시계획의 승인을 받을 때 산업단지 지정권자에게 「도시개발법」에 따른 도시개발사업시행자의 지정을 요청한 사실이 없고, 이로 인하여 산업단지 지정권자는 도시개발사업시행자 지정권자와 미리 이 건 사업시행자를 도시개발사업 시행자로 지정하는 것과 관련된 협의 및 승인을 한 사실이 없으므로, 설령 이 건 사업시행자가 산업단지 지정권자로부터 실시계획의 승인을 받았다 하더라도

산업입지법 제21조

에 의해 「도시개발법」상 사업시행자로 지정(의제)되는 것으로 볼 수 없다.

「산업입지 및 개발에 관한 법률」제21조 제1항에서 산업단지지정권자가 실시계획의 승인을 할 때 다음 각 호의 허가·결정·인가·면허·협의·동의·승인·해제 또는 처분 등(이하 “인·허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인·허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인·허가등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다고 규정하고 있다.

이러한 인허가의제 제도의 취지는 행정창구를 단일화하고 절차를 간소화하여 비용과 시간을 절감함으로써 국민의 권익을 보호하려는 것이지 관련 법률에 따른 각각의 인허가 등 요건에 관한 일체의 심사를 배제하려는 것이 아니고(대법원 2015.7.9. 선고 2015두39590 판결), 관계행정기관의 장은 산업단지 지정권자로부터 실시계획승인으로 의제되는 인허가등과 관련하여 협의를 요청받은 경우 그 사항이 해당 인허가등의 실체적 요건을 갖추었는지에 대하여 개별 인허가등 처분을 할 때와 마찬가지로 검토하여 의견을 제시할 권한과 의무가 있으므로,

산업입지법 제21조

에서 규정하는 ‘협의’는 단순히 자문을 구하여 의견을 듣는 것을 넘어 ‘합의’ 또는 ‘동의’를 의미한다고 보아야 한다(법제처 2016.6.27. 회신 16-0120 해석례 등 참조).

따라서 산업단지지정권자가 실시계획을 승인하기 전에 의제되는 인허가에 대하여 관계 행정기관의 장과 합의에 이르지 못했다면 해당 사항에 대해서는 인허가등이 의제되지 않는 것인바(대법원 2015.4.16. 선고 2015두5551 판결).

이 건 사업시행자는 산업단지 실시계획의 승인을 받을 때 산업단지 지정권자에게 「도시개발법」에 따른 도시개발사업시행자의 지정을 요청한 사실이 없고, 이로 인하여 산업단지 지정권자는 도시개발사업시행자 지정권자와 미리 이 건 사업시행자를 도시개발사업 시행자로 지정하는 것과 관련된 협의 및 승인을 한 사실이 없으므로, 설령 이 건 사업시행자가 산업단지 지정권자로부터 실시계획의 승인을 받았다 하더라도

산업입지법 제21조

에 의해 「도시개발법」상 사업시행자로 지정(의제)되는 것으로 볼 수 없다.

(2) 산업단지개발사업의 시행자는

산업입지법 제12조

제1항에 따른 개발행위허가를 받은 경우 별도로

국토계획법 제56조

의 개발행위허가 요건을 충족하지 아니하더라도 산업입지법에 따라

국토계획법 제56조

에 따른 개발행위허가를 받은 것으로 보는 것인바, 국토계획법 상 개발행위허가규모를 초과하는 산업단지개발사업의 경우 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 의제되어야만 국토계획법상 개발행위허가를 할 수 있다는 청구주장은 사실과 다르다.

국토의 개발은 ‘선계획·후개발’이 원칙이므로, 개발행위 신청자는 행정계획을 수립한 후 주민의 의견청취 및 동의 등의 절차를 거친 후 개발행위에 나아가야 하나, 국토관리의 지속가능성 제고 및 토지에 대한 정당한 재산권 보장을 통해 토지의 경제적 이용과 환경적 보전의 조화를 도모하기 위하여

국토계획법 제56조

에 개발행위 허가제도를 규정하여 개발행위허가규모 이하 소규모개발에 한정하여 이러한 계획입지의 예외를 두고 있다.

국토계획법 제56조

제1항 단서에서 개발행위허가 대상에서 제외하고 있는 도시·군계획사업에 의한 행위(「도시개발법」상 도시개발사업 등)는 도시관리계획 수립을 통하여 계획적 개발이 이루어지므로 별도로 개발행위허가대상으로 규정할 실익이 없어 개발행위허가 대상에서 제외하는 것(2021 개발행위허가관련 법령해설, 2021년 1월, 국토교통부)이며, 같은 이유로 택지개발사업, 산업단지개발사업 등도 개발행위허가대상에서 제외되는 것이다.

청구법인은 산업단지개발사업의 경우에도 국토계획법상 개발행위허가를 받아야 한다고 주장하나, 산업단지 개발사업의 경우 산업입지의 원활한 공급과 산업의 합리적 배치를 통한 균형있는 국토개발 등을 목적으로 국토계획법과 별도로 산업입지법을 마련하고 있는바 산업단지 개발사업은 개발행위허가와 관련하여

국토계획법 제56조

가 아닌

산업입지법 제12조

의 적용을 받는다.

산업입지법 제12조

제1항은 산업단지의 지정 또는 변경에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 산업단지 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등을 하려는 자는 특별시장 등의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항은 제1항에 따라 허가를 받은 경우에는

국토계획법 제56조

에 따라 허가를 받은 것으로 본다고 규정하고 있는바, 산업단지개발사업의 시행자는

산업입지법 제12조

제1항에 따른 개발행위허가를 받은 경우 별도로

국토계획법 제56조

의 개발행위허가 요건을 충족하지 아니하더라도 산업입지법에 따라

국토계획법 제56조

에 따른 개발행위허가를 받은 것으로 보는 것이다.

개발행위허가와 관련하여 산업입지법이 국토계획법의 특별법적 지위를 갖는다는 점은

산업입지법 제12조

제5항에서 ‘제1항에 따른 허가에 관하여 이 법에서 규정한 것을 제외하고는

국토계획법 제57조

부터 제60조까지 및 제62조를 준용한다’고 규정하고 있는 것을 통해서도 확인할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

산업단지개발사업을 승인받은 이 건 사업시행자는 도시개발사업 시행자로 의제된다는 이유로, 쟁점토지를

제7항 제4호의 규정에 따른 도시개발사업에 제공하는 산업단지용 토지로서 분리과세대상에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 청구법인은 2006.10.18. 부동산컨설팅업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2007.8.24. 금융감독위원회로부터 신탁업의 인가를 받아 부동산신탁업무 등을 영위하고 있다.

(나) 이 건 사업시행자는 2016.2.29. 설립된 프로젝트금융투자회사로, 산업단지 개발사업의 시행, 개발사업의 수행에 필요한 자산의 매입·운용·처분, 자금의 차입 및 운용, 개발계획의 수립 및 변경, 기타 부대하는 업무를 영위하고 있다.

(다) 처분청은 2014.8.21. 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 토지 일원에 이 건 사업의 승인과 관련하여

산단절차간소화법 제15조

에 따라 ‘토지이용계획 및 기반시설계획(도로·주차장 등 교통시설계획, 녹지·공원 등 녹지시설계획, 유수지·상하수도·폐기물처리계획 등)에 관하여 협의를 하여 산업단지 조성계획 승인 및 지형도면 고시(OOO 고시 제2014-220호, 2014.8.21.)를 하였고, 그 후 이 건 사업시행자는 2016.3.24. 아래 ＜표2＞와 같이 이 건 사업에 관한 사업시행자 변경고시(주식회사 BBB, 주식회사 CCC에서 이 건 사업시행자로 변경)에 따라 산업단지 조성사업을 하는

산업입지법 제16조

에 따른 산업단지개발사업의 시행자에 해당한다.

한편, 청구법인은 신탁회사로서 산업단지개발사업의 시행자 또는 도시개발사업 시행자에 해당하지 아니한다.

＜표1＞ OOO 고시 제2014-220호(2014.8.21.)

OOO

＜표2＞ OOO 고시 제2016-62호(2016.3.24.)

OOO

(라) 청구법인(수탁자)은 2017.11.2. 이 건 사업시행자(위탁자), 우선수익자인 신용협동조합중앙회 외 4개 법인과 부동산담보신탁계약을 체결하였고, 그 계약에 따라 이 건 토지의 소유권이 청구법인 명의로 이전등기가 경료되었으므로, 청구법인은 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지에 대한 재산세 납세의무자에 해당한다.

(마) 처분청은 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 신탁회사인 청구법인이 산업단지개발사업의 시행자인 위탁법인으로부터 수탁받아 소유하고 있는 쟁점토지를 「지방세법 시행령」(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 개정되기 전의 것) 제102조 제7항 제5호에 따른 산업단지개발사업 시행자가 사실상 소유하고 있는 토지로서 산업단지 조성공사를 시행하고 있는 토지에 해당한다고 보아, 분리과세대상으로 구분하여 2019년도분 재산세 등을 부과·고지하였다.

(바) 한편, 대법원은 산업단지개발사업의 시행자가 신탁회사에게 신탁하여 신탁회사가 소유하고 있는 토지는 산업단지개발사업의 시행자가 소유한 토지가 아니므로 재산세 분리과세대상에 해당하지 아니한다고 판결하였다(대법원 2019.10.31. 선고 2016두50754 판결)

(사) 행정안전부는 위 대법원 판결이 있은 후인 2020.12.31. 아래 ＜표3＞와 같이

제7항 제5호를 개정하였다.

＜표3＞

「지방세법 시행령」 제102조

제7항 제5호 개정 내용

OOO

(아) 처분청은 위 판결에 따라 2019년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 신탁회사인 청구법인이 신탁받아 소유하고 있는 쟁점토지는 재산세 납세의무자인 청구법인이 신탁회사로서 산업단지개발사업 및 도시개발사업 시행자에 해당하지 아니하므로 분리과세대상에 해당하지 아니하여 종합합산과세대상이나, 그간 분리과세대상으로 구분하여 재산세를 과소 부과한 것으로 보아 2021.2.9. 이 건 처분을 하였다.

한편, 처분청은 이 건 심리과정에서 청구법인과 이 건 사업시행자 및 주식회사 BBB·주식회사 CCC이 처분청과 ‘

에 따른 사업시행자 지정 및 제17조에 따른 실시계획인가’에 관한 사전협의를 거친 사항을 찾을 수 없다는 의견이고, 청구법인 역시 이에 대하여 별다른 자료를 제출하지 아니하였다.

(자) 산업단지 조성용 토지에 대한 분리과세는 1998.12.31 대통령령 제15982호로 「지방세법 시행령」에 최초 신설된 이래 산업단지개발사업의 시행자가 해당 토지를 직접 조성하거나 신탁회사에게 신탁하여 조성하는 경우 모두 적용되어 왔고, 2013.12.26. 법률 제12118호로 「지방세법」이 개정되어 재산세의 납세의무자가 위탁자에서 수탁자로 변경된 이후에도 처분청에서는 종전과 같이 분리과세를 인정하여 과세해 온 것으로 파악된다.

(차) 법제처는 다수의 유권해석을 통해 ‘미리 관계 기관의 장과 협의되지 않은 사항에 대해서도 인허가의제의 효력이 미치는지 여부’에 대하여 의제되는 인허가에 대하여 관계 행정기관의 장과 합의에 이르지 못했다면 해당 사항에 대해서는 인허가등이 의제되지 않는 것(법제처 법령해석 18-348, 2018.10.11. 같은 뜻임)이라고 밝히고 있다.

＜법제처 법령해석(18-348, 2018.10.11.)＞

OOO

(카) 조세심판원장은 산업입지법의 소관부처인 국토교통부장관에게 쟁점 인·허가의제규정과 관련하여, “미리 관계 기관의 장과 협의되지 않은 사항에 대해서도 인허가의제의 효력이 미치는지 여부”에 대한 법령해석 요청을 의뢰하였고, 이에 국토교통부장관은 2021.9.3. “산업단지 지정권자가 도시개발 사업시행자 지정권자와 도시개발사업시행자 지정에 대하여 협의한 사실이 없는 경우 해당 인·허가를 받은 것으로 볼 수 없다”고 회신(국토교통부 산업입지정책과-3539, 2021.9.3.)하였다.

(타) 한편, 산업단지조성 제공토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 과세와 관련하여 국회(행정안전위원회)에서도 논의가 있었던 것으로 나타나는데,

제7항 제5호가 개정되었지만, 2014∼2020년 귀속분은 여전히 불합리하다며 추가입법 필요성이 제기되었고, 행정안전위원회 회의록(2021.12.1., 6차 회의, 2021.12.2. 7차 회의)에 의하면 당시 행정안전부 차관은 이에 소급입법의 우려가 있어, 조세심판이나 사법기관 등을 통한 구체절차로 해결하는 것이 바람직하다고 답변한 것으로 기재되어 있다.

(파) 조세심판원은 2022.10.21. 조세심판관합동회의 결정(조심 2021지893)에서 OOO일반산업단지 조성사업의 시행자인 주식회사 DDD이 도시개발사업 시행자로 의제되므로 주식회사 DDD이 신탁회사에게 신탁한 토지는

제7항 제4호에 따른 재산세 분리과세 대상에 해당한다고 결정하였다.

(하) OOO서장은 이 건과 동일한 쟁점사항에 대하여 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세를 결정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였으나, OOO서장은 조세심판관 합동회의(조심 2021지893 및 조심 2022서5979, 2022.10.21.)에서 이 건과 동일한 쟁점의 재산세와 종합부동산세에 대하여 인용 결정을 함에 따라 위 종합부동산세 등을 직권으로 취소하였으며, 이에 조세심판원은 2022.12.6. 위 종합부동산세에 관한 처분이 부존재한다는 이유로 청구법인이 제기한 종합부동산세 관련 심판청구 사건을 각하한다는 내용의 결정을 하였다(조심 2022서5979).

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)

제7항 제4호에서

에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있다.

산업입지법(2011.8.4. 법률 제11020호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항에서 산업단지지정권자(실시계획승인권자)가 제17조 내지 제19조에 따른 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각 호의 허가·결정·인가·면허·협의·동의·승인·해제 또는 처분등(“인·허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인·허가등을 받은 것으로 본다고 규정하면서, 그 제1호에서

국토계획법 제30조

의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 같은 법 제56조의 규정에 의한 개발행위의 허가, 같은 법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업 시행자의 지정, 같은 법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가 및

의 규정에 의한 사업시행자의 지정,

산업입지법 제17조

의 규정에 의한 실시계획의 인가를 규정하고 있고,

산업입지법 제21조

제2항에서 실시계획승인권자가 같은 법 제17조 내지 제19조에 따라 제1항 각 호의 사항이 포함되어 있는 실시계획을 승인하고자 할 때에는 미리 관계행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻어야 하고, 이 경우 관계행정기관의 장은 실시계획승인권자의 협의요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

또한, 「산업입지의 개발에 관한 통합지침」(2014.7.9. 국토교통부고시 제2014-420호로 개정된 것] 제28조 제1항에서 산업단지개발사업의 시행자는

산업입지법 제6조

·제7조·제7조의2 및 제8조의 규정에 의한 산업단지의 지정신청과 같은 법 제17조 내지 제19조의 규정에 의한 실시계획승인 신청시 같은 법 제21조 및 제23조의 규정에 따라 관계 법률에 의한 인·허가 등을 의제 받고자 하는 경우에는 당해 인·허가의 내역서와 별표에 해당하는 관계서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점토지는

제7항 제4호에서 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있는

에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로 볼 수 없으므로 이를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 처분을 한 것은 정당하다는 의견이나, 아래와 같은 사정들에 비추어 쟁점토지는

제7항 제4호에 따른

에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로서 분리과세대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다(조심 2021지893, 2022.10.21., 조세심판관합동회의, 같은 뜻임).

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 이를 확장 또는 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것이나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 등에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 그 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것이 불가피한 것인바(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임), 쟁점토지와 같은 산업단지 조성용 토지는 오랜 기간 동안

제7항 제5호에 근거하여 분리과세대상으로 분류되어 왔고, 이는 산업단지사업 시행자가 산업단지 조성용 토지를 직접 소유하면서 그 사업을 진행하든, 자금 충당을 위한 이유 등에서 부동산담보신탁 등에 따라 그 토지의 소유자를 제3자(수탁자인 신탁회사)로 변경하여 그 사업을 진행하든 마찬가지였으며, 2013.12.26. 법률 제12118호로 「지방세법」이 개정되어 재산세의 납세의무자가 신탁자에서 수탁자로 변경된 이후에도 여전히 처분청에서는 분리과세를 적용하여 과세한 점을 볼 때 산업단지 지원을 위한 입법 취지를 고려한 것으로 보이는 점, 국회에서는 정부를 상대로 적절한 보완 및 대책 마련을 요구하는 질의가 수차례 있었고, 특히 2020.12.31.

제7항 제5호가 개정되어 2021년부터는 과세문제가 해결되었음에도 불구하고, 기존에 한시적으로 처분된 불합리한 과세문제까지 해결하려면 추가로 소급입법이 필요하다는 일부 국회의원들의 발언이 있었으며, 이에 대하여 당시 행정안전부(차관)는 소급입법 자체는 반대하면서도 조세심판 등의 제도를 통한 개별적인 구제필요성을 언급하였던 점, 쟁점토지는 당초 계획대로 산업단지용 토지로 그대로 사용되고 있는 사실 및 토지에 대한 재산세 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도 기준에 의하여 분리과세하여 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하기 위한 것인 점(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결, 같은 뜻임) 등을 종합하면, 이 건 처분은

제7항 제5호 등에 대한 적절한 추가 입법조치가 이루어지지 않았던 까닭에 일부 기간에 한하여 예외적으로 재산세 등의 부과가 이루어진 것으로 보이므로, 가능한 한 법령의 문언이 허락하는 범위 내에서 관련 규정을 체계적·합목적적으로 해석하여 기존의 불합리한 과세를 바로잡아 납세의무자가 겪을 부당함을 방지할 필요가 있고 하겠다.

2) 나아가 쟁점 인·허가의제규정은 그 문언상 “지정권자가 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항(

제7항 제4호 적용을 위한 도시개발 사업시행자 지정의제 포함)에 대하여 인·허가 등을 받은 것으로 본다.”고 규정하고 있는바, 이는 산업단지 사업시행자가 별도로 다수의 개별적 인·허가 절차를 거치면서 발생하는 여러 불편함을 방지하여 개발사업의 신속한 진행을 돕기 위하여 관련 인·허가의 창구를 일원화한 것이므로, 그렇다면 쟁점의제규정을 통하여 별개의 다른 의제규정을 재차로 적용하거나 또는 그 결과가 국민에게 침익적 처분의 효과가 발생하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 쟁점 인·허가의제규정에 따라 의제된 인허가의 효력도 그 의제가 당초 의도한 효력의 합목적한 범위 내에서는 원칙적으로 보통의 인허가와 동일한 효력을 가지는 것으로 봄이 타당하고(대법원 2018.11.29. 선고 2016두38792 판결, 같은 뜻임), 이는 세법의 해석에 있어서도 마찬가지라 할 것이어서, 설령 그 결과 재산세 과세대상의 구분이 변경되었다 하더라도 세법 내에 달리 이를 배제하거나 또는 추가적인 요건을 요구하는 등의 별도의 규정을 두고 있지 않는 한, 쟁점 인·허가의제규정은 일응 그대로 적용된다고 할 것이다.

3) 이러한 태도는 종전에 우리 원이 취하고 있던 입장과도 동일한바, 우리 원은 그 동안 국토개발과 관련된 의제된 인·허가에 대하여, 특별한 사정이 없는 한 보통의 인허가의 경우와 마찬가지로 「지방세법」이 정한 세제혜택을 부여하는 것으로 판단[조심 2014지608, 2014.11.11., 조심 2016지550, 2016.6.30.(조세심판관합동회의), 조심 2016지107, 2017.5.31. 외 다수]하여 왔는데, 굳이 이 건에서만 이를 다르게 해석하여 쟁점 인·허가의제규정의 적용을 부인함으로써 선의의 납세의무자에게 예측하지 못한 손해를 가할 필요는 없어 보이고, 특히 앞서 본 여러 특수한 사정을 감안하면 더욱 그러하다.

4) 한편, 쟁점 인·허가의제규정의 적용과 관련하여 개별적인 인허가 신청이나 명백한 협의가 별도로 있어야 하는지에 대한 다툼이 있을 수도 있겠으나, 대법원은 “어떤 개발사업의 시행과 관련하여 여러 개별 법령에서 각각 고유한 목적과 취지를 가지고 요건과 효과를 달리하는 인허가 제도를 각각 규정하고 있다면, 그 개발사업을 시행하기 위해서는 개별 법령에 따른 여러 인허가 절차를 각각 거치는 것이 원칙이나, 다만 어떤 인허가의 근거 법령에서 절차간소화를 위하여 관련 인허가를 의제 처리할 수 있는 근거 규정을 둔 경우에는, 사업시행자가 인허가를 신청하면서 하나의 절차 내에서 관련 인허가를 의제 처리해줄 것을 신청할 수 있고, 관련 인허가 의제 제도는 사업시행자의 이익을 위하여 만들어진 것이므로, 사업시행자가 반드시 관련 인허가 의제 처리를 신청할 의무가 있는 것은 아니다(대법원 2020.7.23 선고 2019두31839 판결, 같은 뜻임)”라고 판시하였고, 우리 원은 유사한 사례에서 “관계행정기관의 장과의 사전협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 간의 내부절차에 불과한 것으로서 「도로법」에 따른 도로구역조성 사업이 이미 결정·고시되었다는 사실에 비추어, 그 사업에 대한 결정·고시 당시 이미 관계행정기관장과의 협의가 이루어졌거나 관계행정기관장이 공식적인 의견을 제출하지 아니한 경우로 보는 것이 타당하다(조심 2016지550, 2016.6.30., 조세심판관합동회의)”고 한 바 있으며, 또한 여기에다 앞서 본 이 건의 여러 특수한 사정 등을 함께 고려하면, 「도시개발법」상 모든 규정 자체의 직접적인 적용 여부는 별론으로 하더라도, 적어도 국토개발행위의 인허가 문제를 해소함과 동시에 불합리한 과세문제를 해소하기 위한 세법의 적용, 즉

제7항 제4호의 적용을 위한 부분에 있어서는 쟁점 인·허가의제규정과 관련하여 납세의무자 등에게 추가적인 절차나 불명확한 요건 등을 요구하여 그 효력 자체를 배제하여서는 아니된다 할 것이다.

5) 그런데 산업단지 개발과정에서의 인허가절차 등의 간소화를 위해 별도로 제정된

산단절차간소화법 제10조

(이하 “쟁점절차규정”이라 한다)에서 “지정권자는 산업단지계획 승인에 필요한 여러 관련 분야의 협의절차도 동시에 착수하고(제1항), 이 때 협의를 요청받은 관계 행정기관의 장은 10일 이내에 의견을 회신하여야 하며(제2항), 그 기한까지 의견을 회신하지 아니한 경우 이견 없이 산업단지계획의 신청내용을 협의한 것으로 본다(제3항)”고만 규정하고 있을 뿐이고, 쟁점 인·허가의제규정은 신청이나 협의절차 및 효력에 대한 본 사건 관련 사항을 구체적으로 직접 규정하고 있지는 아니하며, 이와 같은 관계 행정기관의 장과의 협의는 행정 내부의 절차에 불과하여 청구법인으로서는 이에 관여하거나 또는 구체적인 내용에 대하여 알기 어려운 측면이 있는 점 등을 감안하면, 설령 지정권자가 별도로 개별인허가와 관련된 사항을 특정하여 명시적인 협의요청을 하지 않았다고 하더라도, 관계 행정기관의 장에게 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 거기에는 주된 인허가(산업단지계획의 승인 등)에 필요하거나 그 전제가 되는 여러 인허가 사항이 함께 포함되어 있다고 보아야 하고, 같은 취지에서 관계 행정기관의 장이 10일 이내에 주된 인허가 등의 승인과 관련하여 명시적인 의견(거부 또는 추가보완사항 등)을 별도로 회신하지 않는 이상, 쟁점 인·허가의제규정에 따라 그와 관련하여 필요한 인허가의제의 효력도 그대로 발생한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

6) 결국, 인허가와 관련하여 이 건 사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 이 건 사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로,

제7항 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다 할 것이다.

7) 나아가 처분청은 이 건 사업시행자(위탁자)가 신탁회사인 청구법인에게 소유권을 이전하여 도시개발사업에 제공되고 있는 쟁점토지를 분리과세대상으로 구분할 수 없다는 의견이다.

그러나,

제7항 제4호는

에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있고, 토지에 대한 재산세의 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 것으로서, 위 시행령 규정에서 도시개발사업에 제공하는 토지를 분리과세대상으로 규정한 입법취지는 도시개발사업을 보다 효율적으로 수행할 수 있도록 도시개발사업용 토지를 종합합산과세대상에서 제외하여 예외적으로 저율의 분리과세를 함으로써 조세부담을 경감하여 주는 데 있다 할 것인 점(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결, 같은 뜻임), 위 시행령은 ‘소유’가 아닌 ‘제공’으로 규정하고 있어서 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지인지 여부는 사업의 방식(수용, 환지 및 혼용방식)이나 토지의 소유형태 등이 아닌 그 도시개발사업에 제공되고 있는지의 여부에 따라 판단하는 것이 합리적인 점(조심 2015지1279, 2015.12.30., 같은 뜻임) 등에 비추어 위 규정에 따른 재산세 분리과세대상은 도시개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지에 한정된다고 보기는 어렵다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항과

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것)

제107조[납세의무자] ① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

3. 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기·등록된 신탁재산의 경우 : 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자. 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다.

(2) 지방세법

제106조[과세대상의 구분 등] ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(3) 지방세법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 일부개정되기 전의 것)

제102조[분리과세대상 토지의 범위] ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외한다.

에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 「경제자유구역의 지정 및

운영에 관한 특별법」 제8조의3

에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지

5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지

(4) 지방세법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 일부개정된 것)

제102조[분리과세대상 토지의 범위] ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다.

5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지. 다만, 다음 각 목의 기간으로 한정한다.

(5) 산업입지 및 개발에 관한 법률(2011.8.4. 법률 제11020호로 일부개정되기 전의 것)

제11조[민간기업등의 산업단지지정요청] ① 국가 또는 지방자치단체외의 자로서 대통령령이 정하는 요건에 해당하는 자는 개발계획을 작성하여 산업단지지정권자에게 국가산업단지 또는 일반산업단지 및 도시첨단산업단지의 지정을 요청할 수 있다.

② 제1항에 따라 국가산업단지의 지정·개발을 요청하고자 하는 경우에는 해당 지역 시·도지사에게 지정 요청 관련 서류를 동시에 제출하여 사전에 검토할 수 있도록 하여야 하며, 시·도지사에게 일반산업단지 또는 도시첨단산업단지의 지정·개발을 요청하려는 경우에는 해당 지역을 관할하는 시장·군수 또는 구청장에게 지정 요청 관련 서류를 동시에 제출하여 사전에 검토할 수 있도록 하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의한 요청에 의하여 산업단지가 지정된 경우 그 지정을 요청한 자는 제16조의 규정에 따라 사업시행자로 지정받을 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 산업단지의 지정을 요청하는 경우 당해 산업단지의 규모, 기타 산업단지의 지정요청에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제12조[행위 제한 등] ① 제10조 제1항에 따라 산업단지의 지정 또는 변경에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 산업단지 안에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장·광역시장·특별자치시장·특별자치도지사·시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따라 허가를 받은 경우에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제56조에 따라 허가를 받은 것으로 본다.

제18조[일반산업단지개발실시계획의 승인] ① 일반산업단지의 사업시행자는 대통령령이 정하는 바에 따라 일반산업단지개발실시계획을 작성하여 제7조에 따른 일반산업단지 지정권자의 승인을 얻어야 한다. 시·도지사가 승인하는 경우에는 관할 시장·군수 또는 구청장의 의견을 들어야 한다.

② 제7조에 따른 일반산업단지 지정권자이 제1항에 따른 일반산업단지개발실시계획을 승인하려는 때에는 미리 관계 행정기관의 장(제7조 제2항에 따른 개발계획의 협의시 실시계획을 승인하기 전에 재협의가 필요하다는 의견을 제시한 기관에 한한다)과 협의하여야 한다.

③ 승인을 얻은 일반산업단지개발실시계획을 변경하거나 폐지하는 경우에는 제17조의2를 준용한다

제21조[다른 법령에 의한 인·허가의 의제등] ① 산업단지지정권자(이하 "실시계획승인권자"라 한다)가 제17조 내지 제19조에 따른 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각 호의 허가·결정·인가·면허·협의·동의·승인·해제 또는 처분등(이하 "인·허가등"이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인·허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2의 규정에 의하여 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계법률에 의한 인·허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조의 규정에 의한 도시·군관리계획의 결정,

동법 제56조

의 규정에 의한 개발행위의 허가,

동법 제86조

의 규정에 의한 도시·군계획시설사업의 시행자의 지정,

동법 제88조

의 규정에 의한 실시계획의 인가 및