조심 2019중3334 (2020.04.14)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2004.9.9. OOO설립되어 디스플레이 제조공정에 사용되는 포토마스크의 제조 및 판매업을 영위하고 있는 업체로, 일본법인인 OOO(이하 OOO이라 한다)이 자본금 OOO억원을 투자하여 설립하였으나, 수차례의 유상증자를 거쳐 현재 자본금은 OOO억원으로 증가하였고, OOO가 지분 100%를 소유하고 있다.

나. 청구법인은 2004.12.28. OOO기투자금 OOO억원과 투자예정금액 OOO억원 합계 OOO억원에 대하여 조세감면을 신청(이하 “1차 감면신청”이라 한다)하여 2005.1.26. 감면결정(이하 “1차 감면결정”이라 한다)을 받았고, OOO2005.5.11. 투자예정금액 OOO억원 중 OOO억원을 출자하였으며, 청구법인은 2005.12.7. OOO외국인투자신고금액을 당초 OOO억원에서 OOO억원으로 감액OOO하는 내용의 외국인투자내용 변경신고(이하 “1차 변경신고”라 한다)를 하는 동시에 같은 날 OOO자회사이자 OOO을 투자한다는 내용의 외국인투자신고를 한 후 2005.12.14. OOO억원의 유상증자를 실시하였다.

또한 청구법인은 2006.7.25. OOO추가로 투자한다는 내용의 외국인투자신고를 하였고, 2005.12.7. 및 2006.7.25. OOO위 외국인투자신고와 관련하여 2006.7.31. OOO조세감면을 신청(이하 “2차 감면신청”이라 한다)하여 2006.9.5. 감면결정(이하 “2차 감면결정”이라 한다)을 받았다.

한편 청구법인은 OOO2005.12.14. 투자한 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 1차 감면결정분에 포함되는 것으로 보아 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2 제2항에 따라 최초로 소득이 발생한 2006사업연도(2006.4.1.～2007.3.31.)부터 2015사업연도(2015.4.1.～2016.3.31.)까지 10년 동안 최초 7년간은 100%를, 이후 3년간은 50%의 감면율을 각각 적용하여 외국인투자에 대한 법인세 감면을 신고하였다.

다. 처분청은 2018.9.3.～2018.11.7. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점금액을 2차 감면결정분에 포함되는 것으로 보아 소득이 발생한 시점부터 7년 동안 최초 5년간은 100%를, 이후 2년간은 50%의 감면율을 각각 적용하여 2019.5.27. 외국인투자세액감면액 OOO부인하고 가산세를 포함하여 청구법인에게 2014～2016사업연도 법인세 합계 OOO각 경정.고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 쟁점금액은 1차 감면결정을 받은 OOO억원의 범위 내의 출자액으로서 추가적인 조세감면신청이 필요하지 아니하므로 2005.1.1. 이전에 감면신청한 1차 감면결정분에 포함된다고 보아야 한다.

청구법인의 경우 조특법에서 정한 요건과 절차를 모두 충족한 상태에서 2004.12.28. 외국인투자에 대한 조세감면을 신청하여 기획재정부로부터 2005.1.26. OOO억원의 1차 감면결정을 받았다. 조특법상 외국인투자에 대한 조세감면의 취지를 감안하면, 청구법인의 경우 외국투자가가 변경되었으나 「외국인투자촉진법」상의 외국인투자신고를 통해 변경신고를 완료하고 그에 따른 투자를 완료하였으므로, 조특법상 조세감면의 혜택을 받음에 있어서 외국투자가가 변경되지 않은 경우에 비하여 불리하게 적용될 이유가 전혀 없다.

관련 예규들을 통하여도 영위하고자 하는 사업내용에 대한 변동 없이 단순히 외국투자가의 내용만이 변경된 경우에 외국인투자기업에 대한 당초 조세감면결정 내용은 감면결정 당시의 내용이 그대로 유효하다는 사실을 알 수 있고, 2차 조세감면신청서 등의 자료를 살펴보더라도 쟁점금액이 2차 조세감면신청 대상에서 제외되어 있음을 확인할 수 있으며, 이는 기획재정부도 인정한 사실이다.

결과적으로 외국인투자 조세감면제도의 취지 및 조특법 규정의 해석, 관련 예규, 2차 조세감면 관련 서류 등을 종합적으로 고려할 때 외국투자가의 변경은 기 승인된 조세감면결정의 효력에 영향을 미치지 아니하므로, 쟁점금액은 2차 감면결정분이 아닌 1차 감면결정분에 포함된다고 봄이 타당하다.

(2) OOO출자한 쟁점금액이 1차 감면결정분에 포함되는 것이 아니라면, 쟁점금액은 2차 감면결정분에 포함되는 것이 아니라 비감면자본금에 해당하므로 법인세 감면세액 산정시 감면사업에 감면외국인투자가의 추가증자가 있는 경우에 적용되는 감면비율(이하 “감면비율산식 2-1”이라 한다)이 아닌 비감면사업에 외국인투자가의 추가증가가 있는 경우의 감면비율(이하 “감면비율산식 2-2”라 한다)을 적용하여야 한다.

청구법인은 2004.9.14. 및 2005.5.11. 두 차례에 걸쳐 총 OOO억원을 출자하였고, 추가로 OOO2005.12.14. OOO억원을 출자한 바 있음에도 처분청은 쟁점금액이 1차 감면결정분에 포함되지 않는다는 입장이며, 이러한 처분청의 의견이 받아들여진다면 해당 출자금에 대하여는 별도의 조세감면신청이 필요하였음에도 청구법인의 신청이 없었던 것이므로 조세감면의 결정을 받지 못한 경우로 보아야 한다.

차관도입 등을 통한 차입경영을 하는 법인과 비교하여 청구법인과 같이 추가증자를 한 법인이 보다 불리한 처우를 받는 것은 「법인세법 시행규칙」 별표4의 개정취지 및

조특법 제121조의2

및 제121조의4의 취지에 부합하지 아니하고, 기획재정부(재국조-93, 2004.2.13.) 및 국세청(서면3팀-26, 2004.2.23.), 조세심판원(조심 2015중2053, 2015.11.17.)도 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못한 경우에는 ‘감면비율산식 2-2’에 따라 감면비율을 계산하도록 판단하고 있다. 따라서 조세감면결정을 받지 못한 출자(증자)분에 대한 감면비율의 산정은 ‘감면비율산식 2-2’를 적용하여야 함이 분명하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2005.12.7. 당초 OOO외국투자가로 하여 조세감면결정을 받은 OOO대하여 OOO으로 감액하여 변경신고를 하였을 뿐 외국투자가를 OOO변경하여 신고한 사실이 없으므로 1차 감면신청·결정의 효력이 OOO승계된다고 볼 수 없고, 외국투자가가 변경되지 아니하였거나 「외국인투자촉진법」상 외국투자가를 정상적으로 변경신고OOO하였다 하더라도 쟁점금액은 원시투자가 아닌 증자투자에 해당하므로 조특법에 따른 세액감면을 받기 위해서는 별도의 조세감면신청 및 결정 절차가 필요하다.

설사 조세감면신청 및 결정이 있었다 하더라도 2005.1.1. 이후 감면신청분부터 10년 간 적용하는 조세감면혜택이 개정된 점을 감안하면 OOO2005.5.11. OOO억원을 원시투자(1차 감면결정분, 2004.12.28. 신청분)하였고 그 이후 2005.12.7. 청구법인의 증자에 참여한 OOO10년 간 조세감면혜택을 받는 것은 물리적으로 불가능하다. 따라서 쟁점금액은 2차 감면결정분에 포함되는 것으로 보아 7년의 감면기간을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 적법하다.

(가) 외국투자가의 변경신고 없이는 기존 외국투자가에 대한 승인효력이 새로운 외국투자가에게 승계되지 아니한다. 청구법인은 외국투자가가 아니라 외국인투자기업을 기준으로 조세감면이 이루어지므로, 외국인투자기업의 사업내용에 대한 변경이 없는 한 외국투자가가 변경되었다고 하더라도 기 승인된 조세감면결정의 효력이 없어지는 것이 아니라고 주장하나, 조특법 등 관련 규정에서 ‘외국인투자’는 「외국인투자촉진법」상 투자를 의미하고, 구

「외국인투자촉진법」 제5조

제1항 및 같은 법 시행령 제6조 제1호에서는 ‘외국투자가의 상호 또는 명칭 및 국적’이 변경된 때에는 외국인투자내용 변경신고를 하도록 규정하고 있으므로, 「외국인투자촉진법」상 외국투자가의 변경은 변경신고대상에 포함되고 이를 선행하지 아니한 상태에서 감면신청 및 결정의 효력이 새로운 외국투자가에게 승계될 수 없다.

따라서 외국투자가의 외국인투자신고에 대한 감면신청 및 승인의 효과는 특별한 사정이 없는 한 당사자에게만 영향을 미치므로, 조세감면이 승인된 이후 외국투자가를 변경하여 투자가 이루어진다면 변경된 외국투자가에 대하여 별도로 조세감면신청을 하여야 함에도 청구법인은 「외국인투자촉진법」에 따라 외국투자가를 OOO변경하여 신고한 사실이 없고 OOO원시투자금액을 OOO으로 감액한 사실에 대한 변경신고만 하였으므로 조세감면결정의 효력이 OOO승계된다는 주장은 타당하지 아니하다.

또한 청구법인은 유권해석(경총41500-252, 1999.7.15.)을 근거로 단순히 외국투자가의 내용만이 변경된 경우 외국인투자기업에 대한 당초 조세감면결정이 외국투자가의 내용 변경 후에도 조세감면결정 당시의 내용대로 유효하다고 주장하나, 사업내용에 대한 변동 없이 단순히 외국투자가의 내용만이 변경된 경우는 조세감면결정의 효력이 승계되어 별도의 조세감면내용변경신청을 할 필요가 없으나, 이 경우에도 반드시 「외국인투자촉진법」상 외국인투자기업변경등록신청(또는 외국인투자내용변경신고)은 하여야 한다(경총41500-396, 2000.7.7. 참조).

따라서 청구법인은 「외국인투자촉진법」에 따라 외국투자가를 OOO변경하여 신고한 사실이 없고, OOO원시투자금액을 OOO으로 감액한 사실에 대한 변경신고만 하였으므로 조세감면결정의 효력이 OOO승계될 수 없다.

(나) 쟁점금액은 2차 감면결정분에 포함된다. 청구법인은 2006.7.31. 2차 감면신청시 외국투자가를 OOO하여 투자신고한 OOO억원 중 쟁점금액을 제외한 차액 OOO억원만 감면을 신청하는 내용의 사유서를 첨부하였고 이에 따른 감면결정을 받았으므로 이는 쟁점금액이 1차 감면결정분임을 인정받은 것이고, 이에 따른 청구법인 및 외국투자가의 신뢰는 보호되어야 한다고 주장하나, 조세감면심사라는 것은 단순히 청구법인의 감면신청이 적절한지 여부를 판단하는 것으로 감면신청법인의 구체적인 사정까지 판단하는 것은 아니고, 위 차액 OOO억원에 대한 감면을 승인받았다 하여 쟁점금액이 1차 감면신청·결정분에 해당하여 별도의 감면신청 및 승인이 필요하지 않다고 해석할 수 없으며, 청구법인이 쟁점금액과 관련하여 구체적으로 질의한 사실도 없을 뿐만 아니라 기획재정부도 이와 관련하여 공식적으로 회신한 사실이 없으므로 신의성실의 원칙이 적용될 여지도 없다.

한편 외국투자가가 OOO으로 계속 유지된 상태이거나 OOO변경신고가 정상적으로 이루어진 경우라고 하더라도 쟁점금액은 최초(원시) 투자(2005.5.11.)가 아닌 증자투자(2005.12.14.)이므로

조특법 제121조의4

제1항에 따라 증자시마다 조세감면 신청을 하여 결정을 다시 받아야 한다. 청구법인은 2005.12.14. 쟁점금액을 포함한 OOO에 대하여 증자투자를 하고 2006.7.31. 2차 감면신청을 하였으므로 쟁점금액을 2차 감면결정분에 포함된 금액으로 봄이 타당하다.

(다) 외국인투자에 대한 법인세 감면은 외국인투자 유치를 위해 도입된 감면효과가 큰 특혜규정이므로 적법한 신청 여부에 대하여 엄격하게 해석해야 하고, 투자시기와 투자횟수에 관한 규정이 없었다고 하여 2005.12.14. 증자한 쟁점금액을 1차 감면신청(2004.12.28.)분으로 인정한다면 법을 준수하여 증자할 때마다 감면신청 및 결정을 받은 납세자와의 과세형평에 어긋난다. OOO2005.12.7. 투자신고한 쟁점금액을 포함한 OOO증자를 목적으로 한 새로운 투자신고에 해당하므로 별도의 조세감면신청 대상에 해당하고, 당시 조특법 규정에 따라 외국인투자신고일로부터 2년 이내 감면신청이 가능하다.

조특법 제121조의2

는 2003.12.30. 조세감면의 기간 및 비율이 개정되었고 동 개정규정은 2005.1.1.부터 시행하며 동 법 시행 후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용하는바, 청구법인은 쟁점금액에 대한 조세감면을 2005.1.1. 이후 신청하였으므로 7년의 감면기간이 적용된다.

(라) 쟁점금액은 1차 감면결정을 받은 OOO을 초과하여 증자하는 경우에 해당하므로 별도의 감면신청을 하여야 한다. 청구법인은 구

조특법 제121조의4

제1항을 조세감면 결정을 받은 금액을 초과하여 증자하는 경우에 한하여 별도의 조세감면신청을 하여야 한다고 해석함이 타당하다고 주장하나, 위 규정은 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다고 규정하고 있고, 2005.12.31. 개정으로 제121조의4 제4항이 신설되어 제1항에도 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우는 제121조의2 제6항에 의한 신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다고 규정하고 있다.

청구법인은 OOO으로부터 총 OOO을 투자받아 2005년 8월 공장건설을 완료한 후 2005년 10월부터 생산을 개시하였고, OOO2005년 12월 투자금액을 OOO으로 감액신고를 하였으며, 새로운 외국투자가인 OOO투자금액 OOO증자신고하였다. 따라서 OOO감액신고로 원시 투자신고금액은 OOO이고 감액된 쟁점금액은 OOO증자에 포함된 것으로 봄이 타당하다.

설사 청구법인이 당초 투자신고한 OOO에 대하여 감면결정을 받았다고 하더라도 실제 투자가 이루어지지 아니한 쟁점금액에 대하여 감액하는 변경신고를 하였다면 1차 감면결정의 효력은 감액 후의 금액인 OOO에만 미친다고 보아야 한다. 기획재정부가 2005.12.31. 법률 제7839호로

조특법 제121조의4

제4항을 신설하면서 배포한 2005.9.9.자 보도자료에 발표한 개정이유를 살펴보면, ‘외국인투자신고 후 조세감면결정을 받은 외국인투자기업이 증자를 하는 경우, 현재는 증자시마다 조세감면결정을 다시 받아야 하나, 앞으로는 3년 이내에 증자하는 경우에는 조세감면결정을 다시 받을 필요가 없도록 하여 증자에 대한 조세감면 신청절차를 간소화하였다’고 기재되어 있다. 따라서 청구법인은 동 조항이 신설되기 이전인 2005.12.14. 증자한 OOO포함된 쟁점금액에 대하여 법인세 감면을 받기 위해서는 조세감면신청 및 결정절차를 거쳐야 하는 것이다.

또한 최초 투자 이후의 증자에 대하여 조세감면을 받기 위하여 별도의 조세감면신청이 필요한지 여부에 대하여 조세심판원 및 기획재정부는 신청이 필요하다는 입장이다. 2004년 조세감면을 신청하고 감면결정일로부터 3년 이내에 2차 증자를 한 이후, 2005.12.31. 개정된 법률에 따라 별도의 조세감면신청을 하지 않은 법인의 감면 여부에 대하여 조세심판원과 기획재정부는 일관되게 조세감면의 혜택을 받기 위해서는 증자분에 대하여 별도의 감면신청 및 결정을 받아야 하고 증자등기일을 감면신청일로 의제하여 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분에 대하여 5년 100%, 2년 50%의 감면율을 적용함이 타당하다고 판단하였다(조심 2016중1050, 2017.3.10., 조심 2018중1687, 2018.7.9., 기준-2014-법령해석국조-18816, 2015.3.10. 등 같은 뜻임). 대법원도 조세감면결정 당시의 외국인투자신고금액을 수회에 나누어 투자하는 경우 최초 투자 이후의 증자에 대하여 조세감면을 받기 위해서는 별도의 조세감면신청을 하여 감면결정을 받아야 한다고 판결하였다(대법원 2019.4.24. 선고 2019두31372 판결 참고).

(2) OOO투자한 쟁점금액은 2차 감면신청분에 포함된 것으로 감면배제자본금으로 볼 수 없고, 외국인투자기업이 증자를 통하여 “감면사업”을 영위하는 경우에 해당하므로 비감면사업을 하는 외국인투자기업이 증자 또는 합병하는 경우에 적용하는 ‘감면비율산식 2-2’를 적용할 수 없다.

청구법인은 쟁점금액에 대하여 2004.12.28. 1차 감면신청분으로 볼 수 없다면 2006.7.31. 2차 감면신청분에도 포함되지 아니하므로 비감면자본금으로 보아 감면비율을 재계산하여야 한다고 주장하나, 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 당초 감면받은 사업과 동일한 업종의 비감면사업을 하게 되는 경우, 「법인세법 시행규칙」 별지 제8호서식 부표4에 따라 감면세액을 계산하여야 하고, 감면세액은 법인세 산출세액에 감면대상소득비율 및 감면비율산식 2-2를 곱하여 산정하는데, 이 경우 감면비율산식 2-2에서 ‘감면배제자본금’이란 외국투자가자본금에 구「조세특례제한법 시행령」(2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 것) 제116조의2 제7항에 의한 주식 등의 직접 또는 간접소유비율을 곱하여 계산한 금액이고, 이는 감면결정을 받지 못한 기업이 외국인투자자의 증자를 통하여 자금을 추가조달하는 경우 채무를 통하여 자금을 조달하는 기업보다 감면비율이 낮아지는 불합리한 점이 발생하게 되는 것을 감안하여 비감면증자의 조정감면율을 적용하는 것이 합리적이라는 판단이 고려된 것인바, 쟁점금액은 2006.7.31. OOO조세감면신청 및 2006.9.5. 감면결정이 이루어진 금액으로 증자를 통하여 비감면사업을 영위하는 경우에 해당하지 아니하므로 비감면증자의 조정감면율이 적용될 여지가 없다.

청구법인은 공장건설 일정에 따라 2005년 5월 OOO및 2005년 12월 쟁점금액을 포함한 OOO출자를 실시하였고, 이러한 자금을 바탕으로 2005년 11월 공장건설을 완료하고 제품 생산을 시작하였다고 진술하고 있는데, 이는 OOO2005.12.14. 출자한 OOO쟁점금액이 포함되어 있음을 스스로 밝힌 것이고, 당초 감면사업에 전액 사용되어 비감면사업에 사용될 여지가 전혀 없음을 자인한 것이다.

또한 청구법인이 제출한 ‘공제감면세액계산서’를 보면, 감면비율계산을 위하여 감면대상사업과 비감면사업에서 발생한 소득을 구분하여 신고한 것으로 확인되고, 소득이 최초로 발생한 2007사업연도부터 5년 간 비감면대상사업에서 약 0.9%의 소득이 발생한 것으로 기재되어 있는데, 이는 OOO투자한 쟁점금액의 대부분이 감면사업을 영위하는 데에 사용되었음을 반증하는 것이라 할 것이다.

외국인투자기업이 법인세 등의 감면을 적용받기 위해서는 반드시 정해진 기간 내에 기획재정부장관에게 감면신청을 하여 감면결정을 받아야 하고, 그렇지 않으면 조세감면을 받을 수 없는 것이므로(대법원 2004.10.27. 선고 2003두12035 판결, 경총41500-120, 2003.2.25., 국심2002서350, 2002.9.27. 등 참조), 청구주장과 같이 당초 감면신청이 없었다면 감면배제사유에 해당하는 것이지 쟁점금액이 비감면사업에 사용된 것으로 볼 수 없다.

따라서 OOO투자한 쟁점금액은 2차 감면신청분에 포함된 것일 뿐 감면배제자본금으로 볼 수 없고 외국인투자기업이 증자를 통하여 감면사업을 영위하는 경우에 해당하고, 비감면증자의 조정감면율인 감면비율산식 2-2가 적용될 여지가 없으므로 감면비율을 재계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 사업내용에 대한 변동 없이 단순히 외국투자가만 변경된 경우에 외국인투자기업에 대한 당초 조세감면결정은 그대로 유효하므로 OOO출자한 OOO억원이 1차 감면결정분에 포함된다는 청구주장의 당부

② OOO출자한 OOO1차 감면결정분에 포함되지 아니한다면 비감면자본금에 해당하는 것으로 보아 법인세 감면세액 산정시 감면사업에 감면외국인투자가의 추가증자가 있는 경우에 적용되는 감면비율을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)

제121조의2[외국인투자에 대한 법인세 등의 감면] ① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(

「외국인투자보호법」 제2조

제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2.

외국인투자촉진법 제18조

의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업

②

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)

제121조의2[외국인투자에 대한 법인세 등의 감면] ① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(

「외국인투자보호법」 제2조

제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2.

「외국인투자촉진법」 제18조

의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

2의2. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제2조 제1호의 규정에 의한 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

2의3. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제9조 제1항의 규정에 의한 경제자유구역 개발사업시행자에 해당하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

2의4.

「제주국제자유도시특별법」 제42조

의 규정에 의하여 지정되는 제주투자진흥지구의 개발사업시행자에 해당하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업

②

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2·제2호의3·제2호의4 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

부칙＜법률 제7003호, 2003.12.30.＞

제1조[시행일] 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제44조 및 제73조 제3항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제121조의2 제2항 본문, 동조 제4항 제1호 본문·제2호 본문 및 동조 제5항 제2호 본문·제3호 본문의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행하며, 제126조의2 제1항(현금영수증에 관한 부분에 한한다) 및 제126조의3(제1항 중 현금영수증 결제건수의 세액공제에 관한 부분에 한한다)의 개정규정은 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.

제27조[외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례] 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.

제40조[외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 제121조의2의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인투자에 대하여는 제121조의2 제2항 본문·제4항 제1호 본문·제2호 본문·제5항 제2호 본문 및 제3호 본문의 개정규정에 불구하고 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다.

(3) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

제121조의4[증자의 조세감면] ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다.(단서 생략)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

(4) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것)

제121조의4[증자의 조세감면] ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다.(단서 생략)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

④ 제1항의 규정에 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다.

부칙＜법률 제7839호, 2005.12.31.＞

제1조[시행일] 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제31조[증자에 대한 조세감면 절차에 관한 적용례] 제121조의4 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다.

(5) 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것)

제116조의3[법인세 등의 감면결정] ① 재정경제부장관은 법 제121조의2 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용의 변경신청이 있는 때에는 당해 신청이 제116조의2의 규정에 의한 조세감면기준에 해당되는지의 여부 등을 검토하여 20일 이내에 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다.

② 재정경제부장관은 제1항의 규정에 의하여 감면여부 또는 감면내용의 변경여부를 결정하는 경우 부득이하게 장기간이 소요된다고 인정되는 때에는 20일의 범위 내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우에는 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 재정경제부장관은 제1항의 규정에 의하여 조세감면 또는 조세감면내용의 변경을 결정한 때에는 그 사실을 국세청장ㆍ관세청장 및 당해 공장시설을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통지하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 법 제121조의2 제7항의 규정에 의한 조세감면대상 해당여부의 사전확인신청에 관하여 이를 준용한다.

(6) 외국인투자촉진법(2003.12.30. 법률 제7039호로 개정된 것)

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

4. "외국인투자"라 함은 다음 각 목의 1에 해당하는 것을 말한다.

가. 외국인이 이 법에 의하여 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 영위하는 기업의 경영활동에 참여하는 등 당해 법인 또는 기업과 지속적인 경제관계를 수립할 목적으로 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 법인이나 기업의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 소유하는 것

6. "외국인투자기업"이라 함은 외국투자가가 출자한 기업을 말한다.

제5조[신주 등의 취득에 의한 외국인투자] ① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 영위하는 기업이 새로이 발행하는 주식 등의 취득에 의하여 외국인투자를 하고자 하는 경우에는 산업자원부령이 정하는 바에 따라 미리 산업자원부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액·외국인투자비율(외국인투자기업의 주식 등에 대한 외국투자가 소유의 주식 등의 비율을 말한다. 이하 같다)등 대통령령이 정하는 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.

(7) 외국인투자촉진법 시행령(2004.1.13. 대통령령 제18222호로 개정된 것)

제6조[외국인투자의 변경신고 사항 등] 법 제5조 제1항 후단·제6조 제1항 후단·제6조 제3항 후단·제8조 제1항 후단에서 "대통령령이 정하는 사항" 이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 외국투자가의 상호 또는 명칭 및 국적

2. 외국인투자금액·외국인투자비율(외국인투자기업의 주식 등에 대한 외국투자가가 소유하는 주식 등의 비율을 말한다. 이하 같다)·투자의 방법

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO2005.12.14. 투자한 OOO중 쟁점금액을 1차 감면결정분에 포함되는 것으로 보아

조특법 제121조의2

제2항에 따라 최초로 소득이 발생한 사업연도부터 10년 동안 최초 7년간은 100%를, 이후 3년간은 50%의 감면율을 각각 적용하여 외국인투자에 대한 법인세 감면신고를 하였으나, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점금액을 2차 감면결정분에 포함되는 것으로 보아 소득이 발생한 시점부터 7년 동안 최초 5년간은 100%를, 이후 2년간은 50%의 감면율을 각각 적용하여 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 처분을 하였다.

＜표1＞ 이 건 처분 내역

(단위 : 원)

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 설립시 자본금은 OOO억원이었으나, 수차례의 유상증자를 거쳐 심판청구일 현재 자본금은 OOO억원으로 증가하였고 OOO100% 지분을 소유하고 있는바, 청구법인의 자본금 변동내역을 정리하면 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 자본금 변동내역

(단위 : 원, %)

(나) 청구법인의 외국인투자에 대한 조세감면 신청 및 결정 내역을 요약하면 아래 ＜표3＞과 같고, 일자별 상세 내용은 다음과 같다.

＜표3＞ 조세감면 신청 및 결정 내역

1) 1차 감면신청 및 결정

청구법인은 OOO청구법인에게2004.9.6. OOO및 2004.9.21. OOO자금을 투자한다는 내용의 각 외국인투자신고(KTHQ-외투04-679, KTHQ-외투04-722)를 하였고, 2004.12.28. 기신고된 외국인투자금액 OOO대하여 기획재정부장관에게 1차 감면신청을 하여 2005.1.26. 1차 감면결정을 통지받았으며, OOO실제로 위 감면결정금액 OOO중 2004.9.14. OOO및 2005.5.11. OOO합계 OOO출자하였는바, 위 조세감면결정통지서(재정경제부 경협총괄과-191, 2005.1.26.)의 주요 내용은 다음과 같다.

2) 1차 변경신고

청구법인은 2005.12.7. 기신고한 외국인투자금액 OOO으로 변경(OOO감액)하는 내용의 외국인투자변경신고(KTHQ-외투-05-869)를 하였는데, 동 변경신고서의 주요 내용은 다음과 같다.

3) 청구법인은 1차 변경신고와 같은 날인 2005.12.7. OOO청구법인에게 OOO자금을 신주 등의 취득에 의하여 투자한다는 내용의 외국인투자신고(KTHQ-외투-05-870)를 하였고, OOO2005.12.14. OOO출자를 실시하였으며, 이후 청구법인은 2006.7.25. OOO청구법인에게 OOO자금을 유상증자 형태로 투자한다는 내용의 외국인투자신고(KTHQ-외투06-527)를 추가로 하였다.

4) 2차 감면신청 및 결정

청구법인은 2006.7.31. 외국인투자금액 OOO대하여 기획재정부장관에게 2차 감면신청을 하여 2006.9.5. 2차 감면결정을 통지받았고, 동 조세감면결정통지서(재정경제부 경협총괄과-1255, 2006.9.5.)의 주요 내용은 다음과 같으며, 청구법인은 OOO가 2005.12.14. 출자한 OOO중 쟁점금액OOO2005.1.26. 1차 감면결정을 받은 OOO내의 금액이므로 추가적인 감면신청이 필요하지 아니하다고 보아 OOO외국인투자신고금액이 총 OOO만 조세감면을 신청하였다고 진술한다.

5) 청구법인은 2007.9.3. OOO2006.7.25. 신고분 투자금액 OOO대한 외국인투자가를 OOO으로 변경한다는 내용의 외국인투자변경신고(KTHQ-외투07-678)를 하였다.

6) 청구법인은 2009.8.5. 기존에 신고된 외국인투자금액 OOO으로 변경(OOO억원 감액)한다는 내용의 외국인투자변경신고(KTHQ-외투09-502)를 하였다.

(다)

조특법 제121조의4

제4항은 증자에 대한 조세감면 신청절차를 간소화하기 위하여 2005.12.31. 법률 제7839호로 신설되었는데, 기획재정부가 배포한 보도자료(2005.9.9.)에 나타나는 개정이유는 다음과 같다.

(라) 「법인세법 시행규칙」 별지 제8호서식 부표4 공제감면세액계산서에 의하면 외국인투자에 대한 법인세 감면세액은 ‘법인세 산출세액 × ⑥ 감면대상사업소득비율 × ⑦ 감면비율’로 산정하고, 이 때 감면비율의 계산방법은 다음과 같이 세 가지 유형에 따라 계산된다.

1) 일반적인 경우의 감면비율

2) 감면사업에 감면외국인투자가의 추가증가가 있는 경우(감면비율산식 2-1)

3) 비감면사업에 외국인투자가의 추가증가가 있는 경우(감면비율산식 2-2)

(마) 청구법인이 실제 법인세 신고시 적용한 사업연도별 감면비율은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 감면비율(감면비율산식 2-1 적용)

(단위 : 백만원)

(바) 위 감면비율산식 2-1을 적용하여 산출한 2014～2016사업연도의 외국인투자에 대한 법인세감면액은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 외국인투자에 대한 법인세감면액

(단위 : 천원)

(사) 위 감면비율산식 2-2에 따라 계산한 청구법인의 사업연도별 감면비율을 재산정하면 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 감면비율(감면비율산식 2-2 적용)

(단위 : 백만원)

(아) 위 감면비율산식 2-2를 적용하여 산출한 2014～2016사업연도의 외국인투자에 대한 법인세감면액은 아래 ＜표7＞와 같다.

＜표7＞ 외국인투자에 대한 법인세감면액

(단위 : 천원)

(자) 청구법인은 OOO투자한 OOO가 투자한 OOO전체를 감면대상 외국투자가자본금으로 하여 외국인투자에 대한 법인세를 감면받은 것으로 나타나고, 법인세 신고시 첨부한 ‘공제감면세액계산서’의 상세내역은 아래 ＜표8＞과 같은데, 감면대상사업과 비감면사업에서 발생한 소득을 구분하였을 뿐만 아니라 소득이 최초로 발생한 2007사업연도부터 5년 동안 비감면사업에서 약 0.9%의 소득이 발생한 것으로 신고되어 있다.

＜표8＞ 공제감면세액계산서 상세내역

(단위 : 원, %)

(차) 그밖에 비감면사업에 대하여 증자가 있는 경우 감면비율 적용에 관한 예규는 다음과 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액은 1차 감면결정을 받은 OOO의 범위 내의 출자액으로서 추가적인 조세감면신청이 필요하지 아니하므로 2005.1.1. 이전에 감면신청한 1차 감면결정분에 포함된다고 보아 쟁점금액에 대하여 외국인투자에 대한 감면기간과 감면율을 ‘7년간 100%, 5년간 50%’를 적용하여야 한다고 주장하나,

쟁점금액에 대한 조세감면신청 당시 시행되던

조특법 제121조의4

제1항에 의하면 조세감면결정을 받은 후 결정 당시의 외국인투자신고금액을 수회에 나누어 투자하는 경우에 최초 투자 이후 증자에 대하여 조세감면을 받기 위해서는 별도의 조세감면신청 및 조세감면결정 절차가 수반되어야 하나, 증자시마다 조세감면을 신청하고 그 결정을 받도록 되어 있는 기존의 절차를 간소화하기 위하여 2005.12.31. 법률 제7839호로

조특법 제121조의4

제4항이 신설되어 증자하는 경우에 원칙적으로 제121조의2를 준용하여 새로 조세감면신청을 하여야 하나, 새로 조세감면신청을 하지 않는 경우에도 조세감면 결정일로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면결정을 받은 것으로 보아 조세감면신청 및 결정이 면제되었는바, 쟁점금액은 원시투자(2005.5.11.)가 아닌 증자투자(2005.12.14.)에 해당하여 개정 전

조특법 제121조의4

제1항에 따라 증자시마다 조세감면신청을 하여 결정을 받아야 함에도 청구법인은 2005.12.14. 쟁점금액을 포함한 OOO대하여 증자투자를 하고 2006.7.31. 2차 감면신청을 하였으므로 쟁점금액은 2차 감면결정분에 포함되는 것으로 봄이 타당한 점, 청구법인은 2005.12.7. 당초 OOO외국투자가로 하여 조세감면결정을 받은 OOO대하여 OOO으로 감액하여 변경신고를 하였을 뿐 외국투자가를 OOO변경하여 신고한 사실이 없으므로 1차 감면신청·결정의 효력이 OOO승계되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점금액은 2차 감면결정분에 포함된다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점금액을 2차 감면결정분에 포함되는 것으로 보아 소득이 발생한 시점부터 7년 동안 최초 5년간은 100%를, 이후 2년간은 50%의 감면율을 각각 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이 1차 감면결정분에 포함되는 금액이 아니라면 비감면자본금에 해당하므로 법인세 감면세액 산정시 비감면사업에 외국인투자가의 추가증가가 있는 경우에 적용하는 감면비율산식인 “감면비율산식 2-2”를 적용하여 감면비율을 재계산하여야 한다고 주장하나,

쟁점금액은 2005.12.7.자 OOO외국인투자신고(KTHQ-외투05-870)에 포함되는 것이고, OOO2005.12.14. 쟁점금액을 포함한 OOO출자하였으며, 청구법인은 위 외국인투자신고 건에 대하여 2006.7.31. 2차 감면신청을 하여 2006.9.5. 2차 감면결정을 받았는바, 쟁점금액은 감면받지 못한 자본금에 해당하지 아니하는 점, “감면비율산식 2-2”는 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 외국인투자자의 증자를 통하여 자금을 추가조달하여 비감면사업을 영위하는 경우에 적용되는 것인데, 청구법인이 신고한 ‘공제감면세액계산서’에 의하면 청구법인은 감면대상사업과 비감면사업에서 발생한 소득을 구분하고 있고 최초로 소득이 발생한 2007사업연도부터 5년 동안 비감면사업에서 약 0.9%의 소득이 발생한 것으로 신고되어 있는 점을 감안하면 쟁점금액의 대부분이 감면사업을 영위하는 데에 사용되었다고 볼 수 있으며, 청구법인 스스로도 이 건 심판관회의에 출석하여 감면사업만 영위하고 있다고 진술한 점 등에 비추어 쟁점금액과 관련한 외국인투자에 대한 법인세 감면세액 산정시 적용되는 감면비율을 계산할 때 “감면비율산식 2-2”를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.