조심 2016중1050 (2017.03.10)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2002.1.4. 설립된 외국인투자기업으로 OOO법인인 OOO가 100% 지분을 소유하고 있으며, 외국인투자 감면대상 고도기술 수반사업인 OOO용 액정 제조사업을 영위하고 있다. 나. 청구법인은 ＜표1＞과 같이 외국인투자감면신청을 하면서, 2차 유상증자분은 2004.12.27. 외국인투자로 신고한 금액 OOO원을 2004.12.30. 조세감면신청한 건으로 개정전 규정에 따라 7년간 100%, 그 이후 3년간 50% 감면을 신청하였다. 3차 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)분은 유상증자하기 전인 2007.6.29. 재정경제부(現 : 기획재정부)에 신청한 질의에 대한 회신에 근거하여 하였고 2005.1.21. 감면결정통지일로부터 3년 내의 외국인투자 신고금액 범위 안의 증자금으로 신청절차 없이 감면결정을 받은 것으로 보아 7년간 100%, 그 이후 3년간 50% 감면을 신청하였다. 다. 처분청은 쟁점유상증자분은 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분이므로 5년간 100%, 그 이후 2년간 50%가 감면되는 것으로 보아 기획재정부장관에게 과세기준자문을 신청하였고 기획재정부장관은 조세감면 신청 및 결정절차가 면제된 2008년의 쟁점유상증자분은 2008년 증자분 자본증자변경등기일 2008.1.15. 이후 해당 증자분 감면사업에서 최초로 발생된 소득분부터 감면적용이 되는 것이고, 감면기간 및 감면율은 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분이므로 5년간 100%, 그 이후 2년간 50%가 감면되는 것이라고 회신하였다. 라. 처분청은 기획재정부장관의 2015.2.23. 회신내용에 근거하여 쟁점유상증자의 감면기간 및 감면율을 자본증자변경등기일부터 5년간 100%, 그 이후 2년간 50%를 적용하여 2015.10.16. 청구법인에게 법인세 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 경정.고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 주위적 청구 청구법인의 쟁점유상증자의 조세감면 신청시기는 2005.1.1. 이전이므로 쟁점유상증자에 2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전 「조세특례제한법」(이하 “구 조특법”이라 한다) 제121조의2가 적용되어 7년 100%, 3년 50% 조세감면기간 및 감면율이 적용된다. (가) 조세법률주의 원칙에 따라 조세법은 엄격하게 해석적용되어야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않으므로(대법원 2000.3.16. 선고 98두11731 판결) 2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 「조세특례제한법」(이하 “신 조특법”이라 한다) 제121조의2와 같은 법 부칙 제27조의 “신청시”는 엄격하게 해석되어야 한다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2008.2.14. 선고 2007두21242 판결 등). 신 조특법 제121조의2 적용시기를 규정한 부칙 제27조가 “신청시”를 기준으로 개정규정을 적용하는 이유는 조세감면 신청시에 적용되는 법률에 의한 감면기간 및 감면율에 대한 납세자의 신뢰를 보호해주고 예측가능성을 보장해주기 위한 것으로, “신청시”라는 의미는 엄격하게 해석하여야 한다. 청구법인의 2008년 쟁점유상증자의 조세감면 신청시기는 OOO원의 외국인투자신고 금액에 대한 조세감면신청일인 2004.12.30.이므로 구 조특법에 따라 7년 100%, 3년 50%의 감면기간 및 감면율이 적용되는 것이며, 2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 「조세특례제한법」(이하 “2005년 개정 조특법”이라 한다) 제121조의4 제4항에 따라 별도의 감면신청이 없었던 2008년 쟁점유상증자에 대해서 증자시점에 새로운 조세감면신청이 있었다고 의제하여 신 조특법에 따라 5년 100%, 2년 50%의 감면기간을 적용할 수 없다. (나) 쟁점유상증자의 조세감면 신청시기를 2005.1.1. 이후로 의제할 법률적 근거가 없다. 감면신청과 증자는 전혀 다른 법률행위이므로 처분청의 주장처럼 증자를 감면신청으로 의제해버리면 감면신청행위와 증자행위가 동시에 일어나지 않는 경우 법 적용의 문제가 발생할 수밖에 없다. 따라서, 처분청의 주장처럼 쟁점유상증자 시에 조세감면신청을 했다고 해석하기 위해서는 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항 신설시 “감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 증자 등기일에 제121조의2 제6항에 따른 감면신청을 하여 감면결정을 받은 것으로 본다”라고 규정하거나, 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항 적용시기를 규정한 부칙 제31조에 증자시기를 신청시로 의제하는 문구를 명시했어야 한다. 이러한 경과조치 성격의 규정을 입법시에 두지 않고 추후에 해석으로 판단하여 적용하는 것은 위법사항으로, 이는 법제처에서 발간한 “「법령 입안·심사 기준」 제5장 부칙 규정 중 나. 적용례와 경과조치의 구별” 통해서도 확인된다. 실제로 외국인투자에 대한 조세감면 규정인 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2 및 제121조의4 규정의 적용에 있어 별도로 감면신청일을 의제한 법 개정 사례도 존재할 뿐만 아니라, “신청”과 “증자”의 의미는 지속적으로 엄격하게 구분되어 입법되어 왔다. (다) 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항 규정은 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년 이내의 외국인투자신고금액 범위 내의 증자는 최초 조세감면 신청 및 결정의 효력을 동일하게 부여하겠다는 것이지, 단지 조세감면신청만을 면제하는 규정은 아니다. 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항의 신설 취지인 외국인 투자 활성화의 지원 측면에서 볼 때, 형식적인 감면신청 절차 면제보다 한국으로의 투자를 결정하는 데 바탕이 된 신청시의 감면조건을 유지시키는 것이 추가적인 투자집행과 관련된 감면적용 여부의 불확실성을 제거함으로써 외국인투자 활성화에 실질적으로 기여하는 결과를 가져오는 것이다. 이러한 개정 취지에서 볼 때, 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항은 단순히 서류작업에 불과한 감면신청만을 면제하고자 하는 것이 아니라, 오히려 신청시의 감면조건을 유지하는 혜택을 부여함으로써 세금에 민감한 외국인투자를 적극적으로 유치하려 한 것이라고 보는 것이 타당하므로, 제121조의4 제4항 규정은 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년 이내의 외국인투자신고금액 범위 내의 증자는 최초 조세감면 신청 및 결정의 효력을 동일하게 부여하겠다는 것이지, 단지 조세감면신청만을 면제하는 규정은 아니다. 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항 신설 시 이미 신 조특법 제121조의2 가 적용되고 있어, 신 조특법 제121조의2 규정의 부칙 제27조에 따라 2005.1.1. 이후 “조세감면신청” 여부에 따라 적용되는 감면기간 및 감면율이 명확히 구분되어지는 상황에서 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항을 신설하면서 별도의 “신청”시기를 명시하지 않은 채 기존 감면결정시 확인된 외국인투자신고 금액의 범위 내에서의 증자는 감면결정을 받은 것으로 본다고 규정한 것은 기존 조세감면신청의 효력(적용 감면기간 및 감면율)을 증자분에도 동일하게 인정한 것으로 해석하는 것이 타당하다. (라) 처분청의 이 건 처분은 2007년 재정경제부의 견해표명에 반하므로 국세기본법상 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 처분이다. 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 경우 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되면 과세관청의 과세처분은 위법한 처분이 된다(대법원 1995.6.16. 선고 94누12159 판결, 국세기본법 집행기준 15-0-2 등 다수). 2007.6.29. 질의서의 ①질의1에서 2004.12.27.에 증액투자 신고하여 2004.12.30.에 감면신청한 총 OOO원의 증자에 대한 조세감면의 감면율 및 감면기간을 질의한 점, ②질의회신문에서 7년 100%, 3년 50%가 적용되는 것은 증자금액이 아닌 조세감면결정 받은 건이라고 표현한 점, ③질의2에서 총 OOO원의 증자와 관련하여 최초 조세감면통지일로부터 3년이내 증자(총 OOO 중 질의시점에 이미 유상증자 이루어진 OOO원을 차감한 OOO원내의 증자)하는 경우에 대해 별도의 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있는지를 질의하고 재정경제부는 이에 대해 질의 회신문에서 “별도의 조세감면신청이 필요 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다”고 답변한 내용을 고려해 볼 때 재정경제부의 2007년 질의회신문은 2005년 조세감면결정통지시 결정받은 총 OOO원 한도 내의 3년 이내 증자분에 대해서는 구 조특법 제121조의2 가 적용된다는 입장을 표현한 공적인 견해표명에 해당한다. 외국인 투자 활성화라는 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항의 신설 취지에 충실하기 위해서는 쟁점유상증자시 청구법인이 재정경제부의 공적인 견해표명에 따라 신뢰한 조세감면기간 및 감면율이 유지되어야 한다. (2) 예비적 청구 청구법인은 재정경제부의 공적견해인 유권해석에 근거하여 쟁점유상증자에 7년 100%, 3년 50%의 감면기간 및 감면율을 적용한바, 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세는 면제되어야 한다. 「국세기본법」 제48조 제1항에 의하면 납세자가 의무를 이행하지 않은데 정당한 사유가 있으면 가산세 부과하지 않는다고 규정하고 있고, 대법원 판례에서 세법상 가산세는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 부과할 수 없으므로 과세관청이 국세청장의 질의회신에 근거한 납세자의 감면신청을 받아들인 후 뒤늦게 과세처분 한다면 납세자가 세금 납부의무를 알지 못한 데 정당한 사정이 있는 경우에 해당하므로 가산세 부과처분은 위법하다고 판시(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결)하고 있다. 청구법인의 경우 쟁점유상증자에 대하여 감면기간 및 감면율 적용을 위하여 미리 직접 재정경제부에 질의하여 그 회신에 따라 감면기간 및 감면율을 적용하였는바, 감면세액을 적법하게 신청하기 위하여 최선의 노력을 다하였으므로 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없으므로 관련 가산세는 면제되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점유상증자분이 2004년 신청한 증자분에 해당하여 구 조특법 제121조의2 제2항이 적용될 수 있는지 여부에 대하여 (가) 처분청은 관련 규정을 정당하게 해석하였고 기획재정부의 과세기준 자문회신까지 받아 이 사건 부과처분을 하였는바 이 건 부과처분이 확장해석이나 유추해석의 결과라는 청구법인의 주장은 근거가 없는 것이다. 청구법인은 2003.12.30. 조특법이 개정되어 2005.1.1. 시행되기 직전에 이르자, 증자 여부도 불확실한 금액을 포함하여 미리 거액의 외국인투자신고를 하면서 조세감면을 신청해 놓은 후, 당시 조세감면결정이 “향후 증자시 별도의 조세감면신청을 하여야 한다”고 명시하고 있었음에도, 조특법 관련 규정을 자의적으로 해석하여 부당한 주장을 하고 있다. (나) 청구법인의 2004.12.30. 조세감면신청 및 재정경제부의 2005.1.21. 감면결정은 청구법인이 2005.1.27. 증자등기를 한 OOO원 부분에 한해서만 유효하며, 외국인투자신고금액 범위 내의 쟁점유상증자에 대해서는 원칙적으로 별도의 조세감면신청을 하여야 하나 다만 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 그 신청절차만이 면제된 것이다. 조특법 제121조의2 제6항은 “외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지”감면신청을 하도록 규정하고 있는데, 같은 법 제121조의4 제1항은 “외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다.”라고 규정하면서 제3항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.”라고 규정하고 있다. 따라서 외국인투자기업은 증자의 경우 “자본증가에 관한 등기”별로 감면신청을 하여야 하는 것이다. 재정경제부는 2005.1.21. 청구법인이 2차 유상증자에 앞서 OOO 원의 외국인투자신고금액에 대해 조세감면을 신청한 것에 대하여, “향후 증자시 별도의 조세감면신청을 하여야 한다”고 명시하고 조세감면결정을 하였는데, 이러한 재정경제부의 조세감면결정도 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항과 마찬가지로 외국인투자신고금액 중 일부만 증자된 경우 나머지 증자금액에 대해서는 별도로 감면신청을 하여야 하는 것이 당연한 절차임을 전제로 한 것이며, 결국 청구법인의 2004.12.30. 조세감면신청에 대한 2005.1.21. 재정경제부의 결정은 2005.1.27. 증자된 OOO원에 대해서만 유효한 것이다. 청구법인은 2015.6.8. 처분청에게 「“법인세 신고 관련 해명자료” 관련 소명서」를 제출하였는데 여기에서 “1차 증자에 대한 외국인 투자신고 후, 3년 이내에 1차 증자(2005.1.27. 유상증자) 당시 신청된 외국인 투자신고 금액 범위 내에서 2차 증자(쟁점유상증자)하여 조특법 제121조의4 [증자의 조세감면] 제5항(2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항이 이동) 규정에 의거, 별도의 조세감면 신청 없이 감면 적용함”이라고 하고 있는바, 이를 통해 청구법인도 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항의 신설 전에는 추가 증자에 대하여 별도의 조세감면신청이 있어야 함을 알고 있었음이 확인된다. 만약, 청구법인이 2차 유상증자시 OOO원의 외국인투자신고금액에 대해 조세감면신청을 하고 감면결정을 받은 것이므로 이후 OOO원에 대해 다시 조세감면신청을 할 필요가 없는 것으로 해석된다면, OOO원의 외국인투자에 대해 2005년부터 이미 조세감면기간이 시작되고 해당 감면율이 적용되어야 하는 것이며, OOO원에 포함되어 있는 OOO원의 증자에 대해 증자시로부터 다시 조세감면기간이 시작될 수는 없다. 이와 같이 청구법인이 2004.12.30. 총 OOO원의 증자금액에 대한 조세감면신청을 하고 승인받았으므로 이후 OOO원의 범위 내에서 순차적으로 이루어지는 증자분에 대해서는 별도의 조세감면신청을 할 필요가 없다는 주장은 조특법 규정에 대한 잘못된 해석에서 비롯된 것이다. (다) 청구법인은 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 조세감면신청만을 면제받을 수 있을 뿐이며, 위 규정의 신설로 인해 청구법인이 매번 실제의 증자분에 대하여만 조세감면신청을 하였을 때보다 더 유리한 조세감면을 받아야 한다는 주장은 억지이다. 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항은 2005.12.31. 이후에 이루어지는 증자에 대해 조세감면신청절차만을 면제하는 규정일 뿐이며, 감면기한이나 감면율 등에 있어서 감면의 혜택을 부여하기 위한 것이 아니다. 외국인투자기업이 외국인투자신고금액 범위 내에서 추가로 유상증자를 하는 경우 새로운 조세감면신청 및 감면결정을 받아야만 해당 추가 유상증자와 관련한 조세감면을 추가로 받을 수 있다. 따라서 쟁점유상증자의 경우에도 본래는 새로운 조세감면신청을 하여야 하는바, 실제로 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항이 신설되어 시행되기 전인 2005.1.1.부터 2005.12.31.까지 발생한 추가 유상증자는 새로운 조세감면신청을 하여야 하며, 이 경우 신 조특법 부칙 제27조【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례】는 같은 법 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 법 시행(2005.1.1.)후 조세감면 및 면제를 신청하는 분부터 적용된다고 규정하고 있어 쟁점유상증자에도 신 조특법에 따른 조세감면기간 및 감면율이 적용되는 것이다. 만약 어떠한 법인이 청구법인과 같이 2004.12.30. OOO 원에 대하여 감면신청을 한 경우를 상정하여 보면, ①최초에 감면신청을 하고 증자한 OOO 원에 대하여는 구 조특법을 적용받고, ②2005.1.1.부터 2005.12.31.까지의 사이에 증자한 금원이 있다면 그에 대하여는 신 조특법을 적용받는데, ③2005.12.31.자로 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항이 신설되었다고 하여 2006.1.1. 이후의 증자분에 대하여는 다시 구 조특법이 적용된다고 하면 이는 모순이다. 이는 만약 어떠한 외국인투자기업이 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항이 신설된 사실을 알지 못하고, 2006.1.1. 이후의 증자분에 대하여 별도로 감면신청을 한 경우, 당연히 신 조특법상의 감면율이 적용되리라는 점을 고려하여 보아도 마찬가지이다. 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항이 특정한 요건을 갖춘 증자시 감면신청을 하지 않아도 감면결정을 받은 것으로 본다는 취지는, ①원칙적으로는 감면신청이 있어야 함을 전제로 하여, ② 감면신청을 한 대로의 감면결정이 있는 것으로 간주하겠다는 의미로서 외국인투자기업의 편의를 위하여 증자에 필요한 절차를 일부 간소화하는 취지에 불과하다. 이는 당시 재정경제부가 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항의 제정이유에 대하여, “외국인투자 신고후 조세감면 결정을 받은 외국인투자기업이 증자를 하는 경우 현재는 증자시마다 조세감면결정을 다시 받아야 하나” “증자시마다 증자분에 대한 조세감면 결정을 받도록 되어 있는 현행 제도를 개선하여 외국인 투자 활성화를 지원”하려는 것이라고 설명하고 있는 데에서 확인할 수 있다. 따라서 청구법인이 쟁점유상증자에 대해 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 별도의 조세감면신청을 하지 않았다고 하더라도, 이는 본래 조세감면을 받기 위해서는 조세감면신청을 하여야 함에도 특정 요건에 해당함으로써 별도의 조세감면신청을 면제받을 수 있는 것에 불과하다. 이에 대하여 청구법인은 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항은 외국인 투자 활성화를 지원하기 위하여 감면신청시의 감면조건을 유지하여 외국투자기업의 추가적인 추가집행과 관련한 감면적용 여부의 불확실성을 제거하고자 하는 취지인 것이라고 주장하나, 투자에 있어서의 불확실성 제거와 외국인 투자 활성화라는 목적은 감면신청 절차만을 면제할 경우에도 얼마든지 달성할 수 있는 것이다. 조세감면신청 및 심사시 가장 중요하게 결정되어야 할 것은 해당 투자가 조세감면대상인지 여부이며 일단 해당 투자가 조세감면대상인지 여부가 결정된다면 향후 같은 분야에서 새로이 투자를 집행(증자)할 때에는 이렇게 치밀하게 검토하는 절차를 거치지 않도록 하는 것만으로도, 외국인 투자 기업에 대하여 충분한 절차상 편의를 제공한다고 할 수 있다. 투자자 입장에서는 일단 어떠한 투자대상 사업이 조특법상 감면대상 사업인 것으로 결정된다면, 향후 3년 이내에 해당 사업을 위하여 증자할 때에 반드시 그것이 조세 감면대상에 포함된다는 것을 알 수 있기 때문에 ‘투자자들의 예측 가능성’이 증대되고, 별도의 감면신청을 할 필요가 없기 때문에 ‘절차적 효율성’ 또한 달성될 수 있다. 한편 위와 같이 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따른 청구법인의 혜택은 별도의 조세감면신청을 면제받은 것에 불과한바, 청구법인의 증자에 따른 혜택은 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 조세감면신청을 면제받지 않고 조세감면신청을 하였을 경우에 얻을 수 있는 혜택 이상이 될 수 없다. 만약 위와 같이 해석하지 않으면, 2006.1.1. 이후 증자한 것에 대하여 조세감면을 신청한 외국인투자기업은 신 조특법에 따라 5년간 100%, 그 이후로부터 2년간 50%의 감면 혜택만을 받을 수 있는데 반하여, 2006.1.1. 이후 별도로 조세감면을 신청하지 않은 외국인투자기업은(경우에 따라서는 실수로 하지 않았거나 조세감면을 받을 의사가 없었음에도 불구하고) 7년간 100%, 그 이후로부터 3년간 50%의 감면 혜택을 받게 되는 일이 발생하게 되어 조세공평을 해하는 결과에 이르게 된다. 또한 어떠한 법인이 보다 구체적으로 사업계획을 세우고 투자규모에 대하여 정확하게 예측을 하여 2004.12.30.자로 OOO원에 대하여만 감면신청을 하고 증자를 한 경우와, 청구법인의 경우를 비교하여 보면, 어떠한 관점에서는 오히려 전자의 법인이 보다 성실하게 감면신청 및 투자를 했다고 할 수 있는 것인데, 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항을 근거로 하여 후자(청구법인)에게 더 높은 감면율을 적용하여 준다면 이는 타당하지 않을 뿐만 아니라 조세공평에 반하는 것이다. 따라서 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항 중 “제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다.”의 “감면결정”은 조세감면신청을 면제받지 않고 조세감면신청을 하였을 경우 얻을 수 있는 ‘5년간 100%, 그 이후로부터 2년간 50%의 감면 혜택’을 의미한다고 해석될 수밖에 없다. 위와 같이 청구법인은 2005.12.31. 신설된 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따르더라도 조세감면신청만을 면제받을 수 있을 뿐이며, 청구법인의 쟁점유상증자에 따른 혜택은 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 조세감면신청을 면제받지 않고 조세감면신청을 하였을 경우 얻을 수 있는 혜택 이상이 될 수 없는바, 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 청구법인에게 구 조특법에 따른 조세감면기간 및 감면율이 적용되어야 한다는 주장은 타당성이 없는 주장이다. (라) 쟁점유상증자에 대해 신 조특법이 적용되는 것은 관련 규정의 합리적인 해석 및 적용에 따른 당연한 결론이며, 쟁점유상증자에 구 조특법에 따른 조세감면기간 및 감면율이 적용될 근거가 없다. 2008년 2005년 개정된 조특법 제121조의4 제4항은 “제1항의 규정에 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다.”라고 규정하고 있는바, 청구법인은 이에 해당하므로 쟁점유상증자에 대하여는 2008.12.31.까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하지 않는 경우에도 조세감면결정이 간주된다. 이 경우 간주되는 조세감면결정은 청구법인이 신청하였을 조세감면신청에 의한 것이므로 신 조특법상 조세감면기간 및 감면율이 적용됨은 당연한 것이다. 신 조특법 부칙 제27조는 외국인투자기업이 신규투자(증자 포함)를 하는 경우 신 조특법을 적용할 대상 투자의 시점을 정한 것이며, “면제를 신청하지 않는 경우”에 구 조특법이 적용될 수 있다는 식의 요건을 정한 규정이 아니다. 따라서 신 조특법 부칙 제27조는 “신청”이나 “신청시기”를 특정일로 의제할 필요가 있는 규정이 아니며, “신 조특법 시행후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분”인지 여부를 정당하게 판단하는 것이 중요하다. 청구법인은 신 조특법 부칙 제27조가 신 조특법이 “신청시”를 기준으로 적용된다고 규정하고 있는데, 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 조세감면“신청”이 면제되기 때문에 쟁점 유상증자에 대하여는 “신청”이 없었던 것이고 따라서 여전히 구 조특법이 적용된다는 취지로 주장하는 것으로 이해되나, 신 조특법 부칙 제27조는 신 조특법의 적용시기를 정한 것이고, 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항은 감면신청절차만을 면제하는 데 각각 그 취지가 있는 것으로서, 이를 임의로 조합하여 주장하는 것은 입법자의 의사와는 달리 엉뚱한 해석을 하는 것이다. 신 조특법 부칙 제27조는 원칙적으로 증자시마다 별도의 감면신청이 있어야 함을 전제로 하여, 2005.1.1. 이후 증자분에 대하여는 모두 신 조특법이 적용되어야 한다는 것으로서, 신 조특법 부칙 제27조의 “신청시”라는 것은 ‘신청을 당연한 전제로 한 증자시’로 해석하는 것이 타당하다. 신 조특법 시행 전에 이미 조세감면신청사유가 발생하여 조세감면신청을 한 경우에는 구 조특법에 따른 7년 동안 100%, 그 이후 3년 동안 50%의 조세감면기간이 이미 시작되었으므로 신 조특법 시행 이후에도 구 조특법에 따른 조세감면기간 및 감면율이 그대로 적용되도록 둔 것이며, 신 조특법 시행 후 새로운 조세감면신청 사유가 발생하여 조세감면신청을 함에 따라 조세감면기간이 새로 진행하는 경우에는 신 조특법상의 조세감면기간이 적용되도록 하였다. 신 조특법 부칙 제27조는 2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 신 조특법에 대한 부칙으로서, 신 조특법의 개정.시행 시점에는 아예 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항이 존재하지도 아니하였다. 즉, 신 조특법 및 신 조특법 부칙 제27조는 (2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항이 신설되지 아니한 상황에서) 증자를 할 때마다 별도의 감면신청을 해야 함을 전제로 하여 2005.1.1. 이후의 증자분에 대하여는 모두 신 조특법이 적용됨을 분명히 한 것인데, 신 조특법의 개정.시행 이후에 단순히 감면신청절차만을 면제하기 위하여 신설된 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 의하여 구 조특법상의 감면혜택이 신 조특법의 시행 이후까지 확장된다고 해석할 수는 없다. 이 사건에서 청구법인의 쟁점 유상증자는 신 조특법이 시행된 이후인 2008.1.15.에 증자가 이루어짐으로써 새로운 조세감면신청 사유가 발생하였고 이에 따라 원칙적으로는 신 조특법 시행 이후 조세감면신청을 함으로써 신 조특법에 따른 조세감면기간 및 감면율을 적용받아야 하나, 다만 신 조특법 부칙 제27조에 의해 조세감면신청이 면제된 것인바, 이는 신 조특법 부칙 제27조의 “신 조특법 시행후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분”에 해당한다. (2) 이 사건 부과처분이 2007년 재정경제부의 질의회신에 반하는 것으로서 신의성실의 원칙에 위반되는지 여부에 대하여 본다. (가) 재정경제부의 2007년 질의회신은 청구법인의 쟁점유상증자와 관련된 공적인 견해표명이 될 수 없다. 청구법인이 재정경제부에 질의를 한 시점은 2007.6.29.로서, 당시에는 2차 증자로서 OOO원에 대하여만 실제로 증자가 이루어졌을 뿐이며 OOO원 상당의 쟁점유상증자는 실행되기 전이었다. 따라서 재정경제부가 2005.1.21.자로 조세감면결정을 받은 건에 대하여 7년 및 3년의 감면기간이 적용된다고 한 것은 이미 신 조특법 시행 전에 현실적으로 이루어진 2차 증자분에 대한 견해를 표명한 것이다. 재정경제부는 2015.2.23. 과세기준 자문신청에 대한 회신에서, 청구법인의 쟁점 유상증자에 대하여 신 조특법이 적용되며, 따라서 5년 동안 100%, 그 이후로 2년 동안 50%의 조세감면기간 및 감면율이 적용된다고 유권해석하였는바, 이에 비추어 보더라도 위 재정경제부의 질의 회신은 향후 2008년에 이르러서야 증자 및 증자등기를 완료할 쟁점유상증자에 대한 것이 아님을 알 수 있다. 한편 재정경제부가 위 질의 회신에서 “조세감면결정통지일인 2005.1.21.로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 별도의 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다”고 회신한 것은, 청구법인의 질의시점인 2007.6.29.부터 조세감면결정통지일로부터 3년이 되는 날인 2008.1.20. 이내에 증자를 할 경우 2005년 개정 조특법 제121조의4 제4항에 따라 조세감면신청의무가 면제된다는 취지를 회신한 것이다. (나) 청구법인에게 귀책사유가 있다. 청구법인은 1차 증자 이후인 신 조특법 제121조의2 가 개정되어 2005.1.1. 시행됨을 알고 있는 상황에서 2004.12.30. 곧 투자할 OOO원이 아닌 OOO원의 외국인투자를 대상으로 조세감면을 신청하였다. 한편 재정경제부는 청구법인의 이러한 조세감면신청에 대해 “증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위하여는 조특법 제121조의4 의 규정에 따라 별도의 조세감면 신청을 하여 조세감면 결정을 받아야 한다”는 취지를 붙여 조세감면결정을 하였는바 청구법인은 2005.1.1. 이후 새로이 증자를 한다면 그에 대하여 별도의 감면신청을 하고 신 조특법에 따라 감면기간을 적용받아야 함을 알고 있었거나 최소한 알 수 있었다. 그런데 청구법인은 위와 같이 재정경제부의 2005.1.21.자 조세감면결정에 새로운 증자에 별도의 조세감면신청을 하고 결정을 받아야 함이 명시되어 있음에도 불구하고 2007.6.29.자로 재정경제부에 대해 취지가 명확하지 않은 질의를 한 후, 재정경제부의 회신을 청구법인에게 유리하게만 왜곡하거나 또는 실수로 잘못 해석하였다. (다) 청구법인은 재정경제부의 질의 회신을 신뢰하여 증자를 한 것이 아니며, 이익이 침해된 사실도 없다. 청구법인은 2004.12.30. 조세감면신청을 하면서 OOO 소재 제조기술(고도기술감면)에 대하여 투자신고금액 OOO원에 관한 외국인투자를 대상으로 조세감면을 신청하여 2005.1.21.자로 감면결정을 받은 후 2005.1.27. 그 중 일부인 OOO원에 대해서만 증자등기를 완료하였다. 따라서 청구법인의 투자신고금액 OOO 원이 진실한 것이라면 청구법인의 2008년 쟁점유상증자는 재정경제부의 질의 회신을 신뢰하여 이루어진 것이 아니라, 본래 청구법인의 계획에 따라 이루어진 것이므로 신의성실의 원칙과 무관하다. 또한 청구법인은 쟁점유상증자에 대해 구 조특법을 적용받지 못하였더라도 본래는 50%만 감면 예정이던 2012년 법인세를 신 조특법에 따라 100% 면제받았는바 이익이 침해된 사실도 없다. (3) 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 납부불성실 가산세가 면제되는지 여부에 대하여 재정경제부의 2007년 질의 회신은 청구법인의 쟁점 유상증자에 대해 구 조특법이 적용된다는 취지가 아니며 청구법인이 재정경제부의 질의 회신 취지를 오해한 것이다. 게다가 청구법인에게 귀책사유가 존재한다. 이 사건 부과처분과는 아무런 관련이 없는 재정경제부의 2007년 질의회신을 신뢰한 것이 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유를 구성한다고 할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 주위적 청구 ① 쟁점유상증자에 구 조특법상 감면율과 감면기간을 적용하는 것이 타당한지 여부 ② 쟁점유상증자에 신 조특법상 감면율과 감면기간을 적용하는 것이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부 (2) 예비적 청구 청구법인에게 의무의 해태를 탓할 수 있는 정당한 사유가 있어 납부불성실가산세가 면제되는지 여부 나. 관련 법률 (1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세등의 감면】② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(중략)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(중략)에 외국인투자비율(중략)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세등의 감면】② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(중략)부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(중략)에 외국인투자비율(중략)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 부칙(법률 제7003호, 2003.12.30.) 제1조【시행일】(중략) 제121조의2 제2항 본문의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행하며(이하 생략). 제27조【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례】 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7003호로 일부개정된 후) 제121조의4【증자의 조세감면】① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다.(이하생략) ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다. ④ 제1항의 규정에 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다. 부칙(법률 제7839호, 2005.12.31.) 제31조【증자에 대한 조세감면 절차에 관한 적용례】제121조의4 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다. (4) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 조특법 제121조의2 에 따른 외국인 투자감면 대상고도기술 수반사업인 OOO용 액정(Liquid Crystal) 제조사업을 영위하기 위하여 핵심소재의 개발 및 생산을 위한 설비투자가 필요하였으며, 이에 따라 동 사업을 위하여 아래와 같은 내용의 절차를 진행하였다. (2) 2005.1.21. 재정경제부장관이 청구법인의 대리인 OOO변호사에게 통보한 조세감면 결정은 아래와 같다. (3) 2007.6.29. 재정경제부장관이 청구법인의 질의에 대한 답변은 아래와 같다. (4) 처분청은 쟁점유상증자의 감면기간은 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분이므로 신 조특법에 따른 감면율이 적용되는 것으로 보아 기획재정부에 과세기준자문을 신청하여 아래와 같은 회신을 받았다. (5) 관련 법률의 개정취지를 보면 다음과 같다. (가) 2003.12.30. 개정 조특법(신 조특법) 관련 간추린 개정세법 (나) 2005.12.31. 개정 조특법(2005년 개정 조특법) 관련 간추린 개정세법 내용 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 관련쟁점을 살펴본다. (가) 우선, 주위적 청구 중 쟁점①에 대하여 살펴본다. 신 조특법상 감면기간과 감면율을 축소하는 개정규정이 경쟁국의 조세감면기간(5년) 등을 고려하여 지원기간을 합리적으로 조정하기 위한 것이며 등기되는 증자 건별로 감면신청과 감면결정을 받아야 하는 당시 감면절차에 따르면 2008.1.15. 등기된 쟁점유상증자는 증자 후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%의 축소된 세액감면을 받는 것이 신 조특법상 개정규정의 입법취지에 부합하는 점, 2005.12.31. 개정된 조특법은 증자시마다 조세감면을 신청하고 그 결정을 받도록 되어 있는 기존의 절차를 간소화하는 것일 뿐 조세감면을 증자 후 7년간 100%, 그 후 3년간 50%로 확대하려는 취지가 아닌 점 등을 고려하면 2003.12.30. 개정된 신 조특법에 따라 쟁점유상증자는 증자 후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%의 조세감면을 적용받는 것이 타당하다. (나) 다음으로, 주위적 청구 중 쟁점②에 대하여 살펴본다. 2007년 재정경제부가 보낸 질의회신문은 “귀 사가 경협총괄과-151 (2005.1.21.)로 조세감면 결정을 받은 건의 조세감면 기간은 7년간 100%, 그 후 3년간 50%가 적용됩니다.”라고 하였으나, 2005.1.21. 한 감면결정은 2차 유상증자에 대한 것으로 그 간주요건이 완성되는 2008.1.15. 등기완료시에 쟁점유상증자에 대한 새로운 감면결정이 있는 것으로 보는 것이 합리적이므로 회신문을 쟁점유상증자에 대하여 증자 후 7년간 100%, 그 후 3년간 50%의 조세감면이 적용된다는 공적 견해의 표명이라고 보기는 어려운 점, 청구법인의 2007년 감면기간과 감면율에 대한 “질의 1”에는 쟁점유상증자를 특정하거나 2006년 이후 증자분에 대한 질의라고 볼 수 있는 내용이 없어 그 회신내용도 단순한 원칙을 표명한 것으로 보는 것이 타당한 점, 기획재정부는 2015.2.23. 과세기준자문신청에 대한 회신에서 청구법인의 쟁점유상증자에 대하여 신 조특법이 적용된다고 유권해석한 점 등을 고려하면 청구법인이 주장과 달리 신 조특법에 따라 증자 후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%의 조세감면을 적용하는 것을 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 볼 수는 없다 하겠다. (다) 마지막으로, 예비적 청구에 대하여 살펴본다. 신 조특법이 개정되어 시행된 직후인 2005.1.21. 재정경제부의 조세감면결정 통보시 추가 증자시 별도의 감면신청과 감면결정을 받아야 한다는 내용이 포함되어 당시 청구법인은 이미 그 이후의 증자분에 대하여는 신 조특법이 적용된다는 사실을 알고 있었던 점, 재정경제부의 2007년 질의회신을 쟁점유상증자에 구 조특법상 증자 후 7년간 100%, 그 후 3년간 50%의 감면기간과 감면율을 적용하는 내용으로 보기는 어려운 점 등을 고려하면 청구인에게 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어려워 납부불성실가산세를 면제할 사유에 해당하지는 않는다. 따라서 위와 같은 이유로 쟁점유상증자분에 대하여 증자 후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%의 조세감면을 적용하고 납부불성실가산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.