예규판례 — TaxHub 조세법령

제목: 쟁점감면신청이 쟁점증자 전체를 포괄하는 유효한 감면신청으로서 쟁점①증자금에 대해 외국인투자에 대한 법인세 감면을 적용할 수 있는지 여부
요지: 쟁점①증자금은 제3구법 개정 부칙에 따라 그 시행일 이전에 이루어진 증자이므로 제3구법 적용대상에 해당되지 않아 증자시마다 감면신청 및 감면승인을 받아야 조세감면 적용대상으로 보는 것이 타당하나, 청구법인이 쟁점①증자의 경우 증자시마다 별도 감면신청 및 승인을 받은 사실이 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려움

주문

심판청구를 기각한다.

이유

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO의 사업시행자로 선정되어 아래 ＜표1＞과 같이 1997.6.30. OOO 건설 중 1단계 사업에 대해 해양수산부장관과 실시협약을 체결하였다가 2000.12.14. 1단계 사업을 2단계(1-1 및 1-2)로 나누어 1-1단계 시설의 건설.운영 및 배후부지 조성사업을 우선적으로 시행하기로 하는 내용으로 변경협약을 체결하였고, 2001년 11월 공사착수, 2006.1.1. 사업개시, 2009.5.11. 완공.개장하였다.

OOO

나. 한편, OOO 소재 외국법인인 OOO(이하 “쟁점외국인투자자”라 한다)은 아래 ＜표2＞와 같이 2002.12.24.～2009.10.26. 기간 동안 청구법인이 추진하던 OOO 건설에 소요되는 투자비 재원마련을 위한 유상증자에 참여하였는바, 2003.9.8. OOO원, 2004.12.29. 2차로 OOO원에 대하여 각각「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 함) 제121조의2의 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면(이하 “쟁점조세감면”이라 함)을 각각 신청(이하 2004.12.29. 감면신청을 “쟁점감면신청”이라 하고, 쟁점감면신청에 대해 재정경제부장관의 2005.3.5. 감면결정을 “쟁점감면결정”이라 한다)하여 재정경제부장관으로부터 감면결정을 받았고, 감면사업에서 최초 소득이 발생한 2009사업연도부터 7년간 감면대상세액의 100%, 이후 3년간 50%의 감면율을 각각 적용하여 법인세를 신고하였다.

OOO

다. 한편, 쟁점외국인투자자가 청구법인 증자에 참여한 시기 전후로 쟁점조세감면을 규정하고 있는 조특법은 2003.12.30. 법률 제7003호(이하 법률 제7003호로 개정되기 전의 조특법은 “제1구법”이라 하고, 법률 제7003호로 개정된 조특법은 “제2구법”이라 한다)로 개정되면서 제121조의2 제2항의 감면대상 기간이 축소(기존 : 7년간 감면대상세액의 100%, 3년간 감면대상세액의 50%, 개정 : 5년간 감면대상세액의 100%, 2년간 50%)되었고, 2005.12.31. 법률 제7839호(이하 법률 제7839호로 개정된 조특법은 “제3구법”이라 한다)로 개정시 외국인 투자 활성화를 지원하기 위해 쟁점조세감면 결정통지일로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면신청을 면제해 주는 내용의 제121조의4 제3항이 신설되었다.

라. OOO지방국세청 감사관(이하 “감사관”이라 한다)은 2018.11.12.부터 2018.11.29.까지의 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점감면신청의 효력은 증자등기일 기준 2003.10.2. OOO원, 2003.12.30. OOO원 소계 OOO원과 재정경제부 장관의 감면결정일(2005.3.5.) 이후 최초 증자인 2005.3.29. OOO원에만 미치고, 나머지 2005년 3회 증자 투자금 OOO원(이하 “쟁점①증자금”이라 한다)은 증자등기일 당시 제1구법에 따라 적법한 감면신청이 없었던 것으로 보아 감면적용을 배제하는 한편, 2006～2007년 중 8회에 걸친 증자금 합계OOO원(이하 “쟁점②증자금”이라 하고, “쟁점①증자금”과 합하여 “쟁점증자금”이라 한다)은 제3구법에 따라 쟁점감면결정일로부터 3년 이내에 이루어져 쟁점조세감면 적용대상이나 제2구법의 감면기간 및 감면율을 적용하여 법인세를 경정할 것을 처분청에 시정요구하였다.

마. 이에 처분청은 2019.9.11. 청구법인에게 2014～2017사업연도 법인세 합계 OOO원(2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원)을 각 경정.고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (쟁점①증자금 - 주위적 청구) 쟁점감면신청은 쟁점증자금 전체에 대한 유효하고 적법한 감면신청에 해당되므로 쟁점①증자금은 제1구법에 따라 쟁점조세감면 적용대상이다.

(가) 제1구법에서 신규투자의 경우 외국인투자기업인 청구법인의 사업개시일이 속하는 과세연도 종료일까지 감면신청을 하도록 규정(제121조의2 제2항)하고 있고, 증자투자의 경우 외국인투자신고가 있은 날로부터 2년이 되는 날까지 감면신청을 하도록 규정하고 있는데, 쟁점증자금은 증자투자에 해당된다는 점에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 이견이 없다.

(나) OOO 투자 사업비 조달을 위한 주주들의 유상증자는 1-1단계에 대해서는 2003년말 종료되었고, 1-2단계에 대해서는 2005～2007년 기간 동안 이루어졌는데, 청구법인은 1-2단계 사업비 조달을 위한 쟁점증자금에 대해 제1구법상 유효한 감면신청을 일괄적으로 이행하였다.

1) 외국인투자에 대한 법인세 감면신청 절차에 대해 제1구법은 증자투자의 경우 외국인 투자신고가 있은 날로부터 2년 이내에 신청할 것을 요건으로 규정(제121조의2 제6항 괄호)하고 있는바, 쟁점증자금에 대한 외국인 투자신고는 2004.12.17.에 있었고, 이로부터 2년 이내에 청구법인은 쟁점감면신청을 하였으므로 소정의 감면신청 절차를 모두 준수한 것이다.

2)「외국인투자촉진법」(이하 “외투법”이라 한다) 제5조 제1항은 신주 등의 취득시 산업부장관에게 미리 신고할 것을 규정(투자이행 이전)하고 있고, 제21조 제1항 제1호에서 출자목적물의 납입을 완료한 경우 등록을 하도록 규정(투자이행 이후)하고 있는데, 제1

구법 제121조의2

제6항에서 증자투자에 대한 감면신청 기한의 기산일을 외국인투자신고일로 규정한 사유는 증자가 실행되기 전이라도 당해 투자에 대한 의사결정이 이루어져 외환당국에 투자신고를 한 시점부터 조기에 감면신청을 할 수 있도록 하기 위함이다. 만약 처분청 의견대로 외국인투자의 증자투자 이행시점마다 감면신청할 것을 의도하였다면 외국인투자기업의 등록을 한 날을 감면신청 기한의 기산일로 규정하였어야 할 것이다.

(다) 제1구법은 하나의 외국인 투자신고 이후 여러 증자투자 건에 대해 일괄하여 감면신청.결정을 하는 방식을 인정하고 있었다.

1) 통상 제조업의 경우 투자단위는 생산라인별로 구분됨에 따라 개별적인 증설투자가 신규투자와 물리.재정적으로 명확히 구분되는데 반하여 이 건 신항만 공사와 같은 대규모 SOC 프로젝트의 경우 천문학적인 자금을 장기간에 걸쳐 순차적으로 투입하게 되므로 각각의 증설투자들은 투입일정만 상이할 뿐, 개별적 투자라기보다는 하나의 일괄된 투자단위로서 의사결정이 내려지고 이행된다. 이 건 OOO 1단계 프로젝트 또한 전체 투자금액과 주주들의 자본금 납입 일정이 사전에 확정되어 계획대로 순차적으로 이행되었는바, 청구법인 입장에서 개별 증자투자를 따로 취급하기보다는 투자의사결정 기준인 블록단위별로 투자신고 및 감면신청.결정을 받는 것이 효율적이고 합리적인 방식이었다.

2) 제1구법에서 증자투자에 대한 감면신청 관련하여 증자의 이행시기와 감면신청 시기의 선후관계, 동일 사업주에 대한 증자에 있어 처분청 의견대로 그 이행시기마다 신청을 하여야 하는지, 아니면 통합하여 일괄신청을 할 수 있는지 여부에 대해 명확하게 규정하고 있지 않았다.

3) 쟁점감면신청시 주식취득총액에 ＜표2＞ 2차투자 주식취득 전액을 기재하였고, 이는 1-2단계 사업비 조달에 관한 투자의사결정이 내려진 전체 증자금액에 대한 감면신청으로서 재정경제부장관이 이에 대해 감면결정한 것이다.

4) 처분청은 쟁점①투자금의 감면배제 사유의 근거로 쟁점감면 결정 회신문에 증자투자의 경우

조특법 제121조의2

제6항 단서규정에 따라 별도의 조세감면 신청을 하여 감면결정을 받아야 한다는 취지의 내용으로 기재된 사실을 제시하였으나, 해당 문구는 신규 투자 이후 증자투자시 별도의 감면신청 및 감면결정 절차가 필요하다는 일반적 안내사항으로서 이 건의 경우 당초 쟁점감면결정으로 감면이 결정된 증자금액을 초과하여 증자를 한 경우에 별도의 감면신청이 필요하다는 점을 분명히 한 것으로 보아야 한다.

(라) 처분청의 이 건 처분은 일관성이 결여되어 있고, 외국인투자촉진을 위한 조특법 규정 취지에도 반하여 부당하다.

1) 처분청 의견에 의하면 쟁점감면신청 및 쟁점감면결정은 ＜표2＞ 증자등기일 기준으로 2003.10.2., 2003.12.30., 2005.3.29.에 각각 이행된 증자투자분에 대해 유효한 감면신청 및 결정이 있었다는 취지인데, 청구법인의 위 3번의 증자시마다 개별적인 감면신청을 하지 않았는데도 이에 대해 처분청도 일괄적으로 감면신청 및 결정이 가능하다고 인정한 것이다.

2) 처분청 의견대로라면 재경부장관의 감면결정시기에 따라 조세감면 규모가 전적으로 달라지게 되는 불합리한 결과를 가져오게 되어 납세자의 신뢰보호를 현저히 해할 뿐 아니라, 외국인투자를 촉진하기 위한 조특법상 규정 취지에도 반한다.

(마) 처분청은 쟁점①증자금 감면배제 근거 사유의 하나로서 제3구법 개정시 신설된 제121조의4 제4항과 이에 대한 기획재정부의 “간추린 개정세법”을 제시하고 있으나, 동 규정이 신설되어 시행되기 이전에 이루어진 쟁점①증자금에 대한 감면여부 해석에 영향을 미칠 수는 없는 것이라서 처분청이 쟁점①증자금을 감면배제하여 법인세를 과세한 처분은 조세법령 불소급원칙에 반하여 부당하다.

(쟁점①증자금 - 예비적 청구) 쟁점①증자금에 대해 제3구법을 소급적용하여야 하고, 이 경우 제2구법에 따른 쟁점조세감면 적용대상이다.

1) 원칙적으로 새로운 조세법령을 소급적용하기 위해서는 당해 소급적용의 필요가 있는 경우로서 신법이 과거에 부담하던 조세보다 세액을 경감시키는 것과 같이 납세의무자에게 유리하여야 하는바, 서 대법원은 실제 2000.12.29.자로 개정 신설된

조특법 제121조의2

제10항 관련 다툼에서 신설조항을 개정 이전에 이루어진 유상증자에 대해 적용하는 것은 감면신청기간이 경과한 후에 감면신청을 하더라도 조세감면 자체가 배제되던 것을 조세감면이 가능하도록 한 규정이어서 납세자에게 유리하므로 조세법률불소급의 원칙에 반하지 않는다는 취지로 판결OOO한 바 있다.

2) 이 건의 경우 제3구법 개정시 제121조의4 제4항이 신설되어 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 감면신청을 하지 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 감면결정을 받은 것으로 본다고 정하였고, 동 규정은 부칙에서 2006.1.1. 이후 최초로 증자하는 분부터 적용하는 것으로 정하였으므로 처분청은 쟁점①증자금은 동 개정규정의 적용대상이 아니라는 의견인데,

이 건의 경우 쟁점②증자금에 대해서는 동 개정규정에 따라 감면결정 의제되어 감면적용을 받았으나, 조세감면결정일인 2005.3.5.에 더 근접하여 이루어진 쟁점①증자금에 대해서는 아무런 감면혜택을 받을 수 없게 되어 조세형평성 측면에서 타당하지 않은 점, 현실적으로 증자시마다 감면신청을 하는 것이 비효율적이라는 점을 인정하여 제3구법에서 동 개정규정을 신설한 것이므로 이를 소급적용하는 것이 입법취지에도 부합하는 것으로 볼 수 있는 점, 동 개정규정의 시행시기에 대해 부칙에서 2006.1.1. 이후의 증자 분부터 적용하도록 한 것은 단순한 입법적 결단의 문제로서 소급적용하더라도 과세형평과는 무관한 점, 쟁점①증자금에 대해 감면해 주더라도 과도한 혜택을 주는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 동 개정규정을 쟁점①증자금에 대해 소급적용하더라도 과세행정에 있어 현저히 불공정하다거나 조세공평의 원칙에 반하는 것으로 볼 수 없다.

(2) 쟁점②증자금의 외국인투자에 대한 법인세 등 감면은 증자 당시가 아닌 쟁점감면신청 당시의 제1구법상 감면시기 및 감면율이 적용되어야 한다.

(가) 제2구법 개정시 제121조의2 제2항의 감면대상 기간이 축소(기존 : 7년간 감면대상세액의 100%, 3년간 감면대상세액의 50%, 개정 : 5년감 감면대상세액의 100%, 2년간 50%)되었고, 동 개정사항은 부칙에서 그 시행시기에 대해 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분부터 적용하도록 되어 있으므로 쟁점②증자금의 쟁점감면신청은 ＜표2＞ 와 같이 2004.12.29.에 있었으므로 제1구법의 감면시기 및 감면율이 적용되어야 한다.

(나) 처분청은 쟁점②증자금의 감면신청일을 증자등기일로 의제하여 제2구법상 감면시기 및 감면율을 적용하였으나, 제3

구법상 제121조의4

제4항은 감면신청을 하지 아니한 증자분에 대하여 감면결정을 받은 것으로 한다고 규정하고 있을 뿐, 증자등기일을 감면신청일로 의제한 것으로 볼 수는 없고, 증자등기일 당시 유효한 법률에 따라 감면율을 적용하여야 한다는 명문규정이 없었는데도 처분청은 별다른 근거 없이 제2구법을 적용한 것이다.

(다) 관련 판례 및 유권해석의 취지를 비추어 보더라도 쟁점②증자금은 감면신청일 당시 유효한 제1구법에 따른 감면시기 및 감면율이 적용되어야 한다.

1) 법원은 이 건과 같이 2004.12.30. 조세감면 신청을 하여, 2005.1.21. 재정경제부장관으로부터 조세감면 결정을 통보받았고, 2008.1.12.에 증자등기가 이루어진 경우에 제1

구법 제121조의2

제2항에 따른 감면기간과 감면율을 적용하는 것이 타당하다는 취지로 판결OOO한 바 있다.

2) 국세청 유권해석OOO에 의하면 외국인투자에 의한 증자등기가 1997.10.30.에 있었으나, 해당 증자분에 대한 조세감면 신청이 2001.11.16.에 있었던 경우 증자등기일 당시 유효한 법률에 따른 감면기간(8년)이 아닌 조세감면신청일에 유효한 법률에 따른 감면기간(10년)이 적용된다는 취지로 회신한 바 있다.

(라) 외국인직접투자의 경우 장기적인 투자의 경우가 많아 신규투자 및 증자시 세제상 혜택은 투자여부 결정에 중요한 요소의 하나로서 납세자에게 불리하게 개정되는 경우 그 적용을 감면신청 시 이후로 한정하여 납세자의 기득권을 보호하여 왔는 등 이 건의 경우 쟁점②증자금에 제1구법상의 감면기간 및 감면율을 적용하여야 한다.

(3) 청구법인이 쟁점조세감면과 관련하여 법인세 신고의무를 이행하지 못한 데에 다음과 같은 사유로 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다.

(가) 쟁점조세감면은 감면결정 의제규정이 신설되기 이전에 기 감면결정받은 투자분에 대해 증자시마다 조세감면신청 내지는 결정이 있어야 하는지에 대하여 통일된 해석이 없었고, 법원 판결마다 견해 대립이 있었으므로 청구법인이 법인세 신고의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

1) 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다OOO

2) 이 건과 유사한 쟁점이 다툼이 된 사안에서 다음과 같이 각 심급별 법원 판결이 대립하였는바, 이는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있는 것으로 보아야 한다.

OOO

3) 1심에서 쟁점증자에 대해 조세감면신청 및 결정이 이루어졌다는 전제 하에, 감면 신청 당시 유효한 제1구법상의 감면율 및 감면기간을 적용하여야 한다는 취지로 판단하였다.

4) 그러나 2심에서 감면결정 의제규정의 의의를 달리 해석하여 쟁점증자에 대하여 조세감면신청이 없는 것으로 보아야 한다는 취지로 판결하였다.

5) 위와 같이 쟁점조세감면은 감면결정 의제규정의 신설 이전에 이루어진 조세감면신청에 대하여 증자의 이행시마다 신청절차가 선행 필요성에 대해 각급 법원조차 판이하게 해석하였다. 이는 고도의 세법적 해석을 요구하는 쟁점으로서 ① 일반 납세자에 불과한 청구법인에게 명확한 법률적 해석을 기대하기 어려울 뿐만 아니라, ② OOO의 사안에 대하여 2019년 대법원의 판결이 있기까지 통일된 해석이 존재하지 않았던 것이므로 일반 납세자인 청구법인으로서는 쟁점 감면규정에 대한 명확한 해석에 기하여 법인세를 납부할 수 없었던 사정이 있다고 보아야 한다.

(나) 처분청은 장기간 쟁점증자에 대하여 감면배제 대상이라는 사실을 고지한 바 없다.

1) 청구법인은 처분청에 외투기업 법인세 납부와 관련하여 정부보조금 손금산입을 이유로 경정청구를 다수 진행한 바 있고, 2016년에는 OOO지방국세청으로부터 2014년 및 2015년 외투기업 법인세 감면 관련 서류에 대하여 해명서류의 제출을 요구받은 바 있다.

2) 특히, 청구법인이 2016년 제출하였던 법인세 신고감면 해명자료의 경우 외국인투자유치를 위한 조세감면 관련 연도별 감면세액 및 계산내역 또한 검토 대상으로서, 청구법인이 적법한 감면신청 및 감면결정 하에 조특법상 규정된 감면율을 올바르게 적용하였는지 또한 검토대상이었다.

3) 이와 같이 청구법인은 청구법인의 법인세 납부 내역에 대하여 다년간 수차례 검토할 기회가 있었음에도 불구하고, 처분청은 쟁점①증자, 쟁점②증자에 대하여 조세감면신청의 적법 여부 등을 전혀 문제 삼지 않았다. 오히려 쟁점②증자가 완료된 시점으로부터 약 10년이 지난 시점에 OOO지방국세청의 감사 과정에서 이 사건을 인지하여 과세하게 된 것이다.

4) 한편, 위 법원 판례 사례의 경우도 이 건과 사실관계가 유사한데 해당 사례에서 조세감면신청은 2004년에 이루어졌고, 증자는 2008년에 이루어졌음에도 불구하고, 과세관청은 OOO의 조세감면신청 및 이에 따른 감면 법인세 납부에 대하여 그 어떠한 지적 없이 오랜 기간 과세하지 않았다. 그러나 감면신청 후 10여년이 지난 2015년 중부지방국세청장의 신고 후 사후검증절차에 따라 OOO세무서장이 부과처분을 하였는데, 이는 쟁점감면신청 및 결정 당시 명확한 과세관청의 입장 내지 관행이 부재하였기 때문으로 보아야 한다.

(다) 청구법인은 2004년 발간된 국세청 및 정부기관의 자료에 따라 조세감면신청 및 결정의 절차를 성실히 이행하였다.

1) 2004년 국세청에서 발간한 ‘외국인 투자기업 납세’에 의하면 외국인투자기업의 법인세 및 소득세 감면의 지원기간 개정에 대하여 “2005.1.1. 이후 최초로 조세감면 신청분부터 적용”만을 설명하고 있어, 반대 해석상 2004.12.29.에 신청된 이 건 감면신청의 경우 제1구법상의 감면기간이 적용되어야 함을 밝히고 있다.

2) KOTRA에서 2004년 발간한 ‘외국인직접 투자제도 안내’에도 국세청 자료와 동일하게 2005년 이후의 신청시분부터 제2구법상의 감면을 적용한다고 기재되어 있는 바, 제1구법 시행 당시 유권해석, 국세청 및 KOTRA의 납세자료에 대한 안내사항 등을 고려하였을 때 청구법인에게 가산세를 부과하는 것은 타당하지 않다.

3) 나아가 KOTRA 납세자료에 의하면 기 감면결정 받은 부분에 대하여 증자일에 근접하여 재차 감면신청 및 감면결정을 받아야 한다는 점에 대하여 어떠한 절차상의 안내 또한 부재한 바, 그 의무에 대하여 청구법인의 어떠한 귀책사유가 존재한다고 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) (쟁점①증자금 - 주위적 청구) 제3구법 시행 이전에 증자가 이루어진 쟁점①증자금은 쟁점조세감면을 적용받기 위해서 증자시마다 별도 조세감면신청 및 감면결정을 받았어야 하나, 청구법인은 이를 이행하지 않았으므로 감면적용대상이 아니다.

(가) 제1

구법 제121조의4

제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다고 하면서 단서에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체장과의 협의를 생략할 수 있다”고 규정하고 있고, 구 조특법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제116조의6 제2항에서 위 대통령령이 정하는 기준에 대해 “법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액투자하는 것을 말한다”고 규정하고 있는 바, 당초 조세감면결정을 받을 당시의 외국인투자신고금액 범위 내에서 감면대상으로 이미 확인받은 사업을 위하여 증자하는 경우에도 별도의 조세감면신청을 하여야 하고, 원래 조세감면결정시 거쳐야 하는 주무부장관 또는 지방자체단체장과의 협의를 생략할 수 있도록 규정한 것이므로 제3구법이 적용되기 전인 쟁점①증자금은 감면적용을 위해 증자시마다 조세감면 신청이 필요한 것을 알 수 있다.

(나) 제3구법 시행 이전에 증자에 따른 쟁점조세감면을 받기 위해서는 증자시마다 별도의 감면신청 및 감면결정을 받아야 하고, 감면신청기한은 외국인투자의 신고가 있는 날부터 2년이다.

1) 제2

구법 제121조의4

에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 같은 법 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용하도록 규정하고 있는 바, 이는 증자시마다 최초 투자와 동일하게 감면신청 후 감면결정을 받도록 되어 있는 것으로 단지 증자의 경우에는 감면신청기한만 최초투자(사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 감면신청)와 달리 외국인투자의 신고가 있는 날부터 2년이 되는 날까지 하도록 규정하고 있었다.

2) 따라서 청구법인은 2004.12.29. 쟁점감면신청의 경우 외국인 투자신고일(2004.12.17.)로부터 2년 이내에 해당하므로 해당 외국인투자신고금액 내의 증자금액은 모두 감면신청한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이는 선후관계를 잘못 이해한 것으로서 증자시 별도의 감면신청이 우선되어야 하고 감면신청기한이 외국인투자의 신고가 있는 날부터 2년인 것인 바, 최초 감면결정에 대한 투자 이후 증자시마다 감면신청 및 감면결정이 없었음에도 2004.12.29. 감면신청분이 2005.3.29. 이후 12회의 증자에 대하여 모두 유효하다는 것은 타당하지 않은 주장이다.

3) 재정경제부의 조세감면결정 내용 공문을 보면 ‘외국인 투자신고내용’에 대하여만 기재되어 있고, 조세감면결정금액에 대하여는 기재되어 있지 않으며, 제3구법 개정시 제121조의4 제4항을 신설하면서 “외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우”라는 문구에서 “확인된 외국인투자신고금액”이라는 용어를 사용한 것을 보더라도 2004.12.29. 조세감면신청시 기재한 (실제 투자가 이루어지지 않은) 외국인투자신고금액 전액을 조세감면결정금액이라고 볼 수 없다. 따라서 쟁점감면신청 이후 최초 증자분인 2005.3.29. 증자한 OOO원에 대하여만 감면신청이 있는 것으로 보아야 하고, 이후 증자분에 대하여는 감면신청이 없었던 것으로 보아야 한다.

(다) 제3구법 개정취지 등을 감안하더라도 쟁점①증자금은 증자시마다 조세감면 신청 및 감면결정을 받아야 하는 것으로 볼 수 있다.

1) 제3구법에서 신설된 제121조의4 제4항은 “제1항의 규정에 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다.”라고 규정하고 있다. 여기서 “제1항의 규정에 불구하고”라는 문구를 보면 증자하는 경우에는 원칙적으로 같은 법 제121조의2의 규정을 준용하여 매번 조세감면신청을 하여야 하나, 예외적으로 증자하는 경우 중 “외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우”에는 새로 조세감면신청을 하지 않더라도 그 범위 내의 증자분에 대하여 조세감면결정을 받은 것으로 본다는 의미로 해석하는 것이 합리적이다.

2) 기획재정부에서 발간한 “2005년 간추린 개정세법 해설”에서도 제3구법에서 신설된 121조의4 제4항 개정취지에 대해 종전 규정상 증자시마다 조세감면 결정을 받아야 하던 사항을 조세감면 결정통지일로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면 신청 및 결정을 면제한는 것으로 되어 있고, 이는 제3구법 시행 이전에는 증자시마다 조세감면 신청 및 감면결정을 받았어야 함을 의미한다.

(라) 제3구법 개정 이전에 청구주장대로 조세감면 신청 당시의 외국인투자신고금액 전액을 감면결정된 것으로 본다면 조세불평등이 발생한다.

1) 조세감면신청에 대한 심사시 가장 중요하게 결정되어야 하는 것은 해당 투자가 조세감면대상인지 여부로 제3구법 시행전 증자시마다 조세감면신청을 받도록 한 것은 최초 투자시에 조세감면대상사업으로 확인받았다 할지라도 차후 증자시에 기술발전 등 경제환경변화로 해당 사업이 조세감면대상에 해당하지 않을 수도 있기 때문이다.

2) 청구법인 주장대로 당초 감면신청당시의 외국인투자신고금액 전액을 감면신청(결정)한 것으로 본다면 최초 투자 후 일정한 시간이 지나고 증자할 때(예를 들어 최초 투자 후 10년 동안 일시적 또는 순차적으로 증자한다고 할 경우) 최초투자시의 감면대상사업이 증자시에는 조세감면대상이 아닌 경우에도 해당 증자분에 대하여 감면대상으로 인정해 줘야 한다는 것으로 이는 감면취지에도 어긋날 뿐만 아니라 과도한 혜택을 주게 되는 것이다.

3) 만약 청구법인이 최초투자한 이후 10년이 지난 시점에 증자를 하고 다른 외국인투자법인이 같은 시기에 청구법인과 동일한 사업에 최초투자를 하며 그 시점에 해당 사업은 조세감면대상이 아니라고 가정할 때, 청구법인은 동 증자분에 대한 별도의 조세감면신청 없이 해당 증자금액이 10년전 조세감면신청시 신고한 외국인투자금액 범위 내라고 해서 감면을 해주고, 동일한 사업에 투자를 하는 다른 법인은 최초 투자라 해서 감면을 해주지 않는다면 동일사업에 대하여 조세감면제도를 적용함에 있어 형평성에 어긋나는 불합리한 결과를 초래한다.

4) 다만, 제3구법 개정시 증자시마다 증자분에 대한 조세감면결정을 받도록 되어 있는 제도를 개선하여 조세감면 결정통지일로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면신청 및 결정을 면제함으로써, 투자자 입장에서는 일단 어떠한 투자대상 사업이 조특법상 감면대상 사업인 것으로 결정되면 향후 3년 이내에 해당 사업을 위하여 증자할 때에는 별도의 감면신청을 하지 않더라도 반드시 해당 증자분이 조세감면대상에 포함된다는 것을 알 수 있게 되었는바 이는 투자자들의 예측 가능성 및 절차적 효율성을 높여 외국인의 투자 활성화를 지원하기 위해 개정된 것이다.

(마) 쟁점감면신청에 대해 재정경제부장관이 청구법인에 송부한 조세감면 결정 공문에 “아울러, 증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위하여는

조세특례제한법 제121조의4

의 규정에 따라 별도의 조세감면 신청을 하여 조세감면 결정을 받아야 한다”고 명시하였는바, 이는 증자시마다 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위해서는 별도의 조세감면 신청 및 조세감면 결정을 받아야 하는 것이 당연한 절차임을 전제로 안내한 것이다.

(쟁점①증자금 - 예비적 청구) 납세자인 청구법인에 유리하다고 하여 쟁점①증자금에 대해 제3구법 감면결정의제규정을 소급적용할 이유는 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(가) 제3구법에 의하면 당초 증자시마다 감면신청을 해야 했던 것을 감면결정일로부터 3년 이내에 증자시에는 감면신청을 면제해 주면서 그 시행시기에 대해 부칙에서 2006.1.1. 이후 증자분부터 적용한다고 정하였는바, 쟁점②증자금은 2006.1.1. 이후 증자분으로서 제3구법에 따라 쟁점감면결정일인 2005.3.5.로부터 3년 이내 증자분에 해당하여 감면신청 절차가 면제되지만, 쟁점①증자금은 2005년에 이루어진 증자로서 제3구법 개정 이전의 법률이 적용되어 증자시마다 감면신청을 하여야 함에도 청구법인은 감면신청한 사실 자체가 없어 감면대상에서 제외되는 것이다.

(나) 청구법인은 쟁점①증자금에 대하여 제3구법을 소급적용 해야 한다고 주장하나, 해당 법률은 2006.1.1. 이후 증자분에 대하여 적용하도록 되어 있고, 2005년 증자가 이루어진 쟁점①증자금에 대해 제3구법을 적용할 아무런 근거가 없다.

(다) 만약, 쟁점①증자금에 대해 아무런 근거 없이 제3구법을 소급적용 하게 되면 관련 법령에 따라 적법하게 감면신청을 한 법인에 비해 과도한 혜택을 주는 것이고, 조세법률주의 하에서 감면방법 등 과세요건은 엄격하게 해석해야 하며, 해당 거래 및 사건 당시에 맞는 법률을 적용하여야지 별다른 근거도 없이 납세자에게 유리하다고 하여 개정법률 시행일 이전의 거래에 소급적용할 수는 없는 것이다.

(2) 쟁점②증자금의 외국인투자에 대한 법인세 감면 적용시 감면기간과 감면율은 제2구법에 따라 최초 5년간 감면대상세액의 전액, 이후 2년은 50%를 각각 적용하여야 한다.

(가) 제3구법 개정시 신설된 제121조의4 제4항은 2006.1.1. 이후 증자하는 분부터는 조세감면 결정통지일로부터 3년 이내에 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 감면신청을 면제하도록 되어 있으므로, 조세감면결정일인 2005.3.5.로부터 3년 이내인 2006.3.29.～2007.12.27. 기간 동안 이루어진 쟁점②증자금에 대하여는 감면신청이 면제되지만, 이는 증자에 대한 감면신청 절차만 면제되었을 뿐 이에 대한 감면신청일을 2004.12.29.로 소급하여 보는 것은 아니고, 쟁점②증자금에 대한 감면신청일은 해당 증자등기일로 보는 것이 합리적이다.

(나) 제2구법의 개정 및 시행 당시 제3구법에서 신설된 제121조의4 제4항이 존재하지 않았는바, 즉, 제2구법 및 부칙 제27조는 (2005년 개정된 제3구법의

조특법 제121조의4

제4항이 신설되지 아니한 상황에서) 증자를 할 때마다 별도의 감면신청을 해야함을 전제로 하고있고, 2005.1.1. 이후의 증자분에 대하여는 모두 제2구법의 감면기간 및 감면율이 적용됨을 분명히 한 것인데, 제2구법의 개정·시행 이후에 단순히 감면신청절차만을 면제하기 위하여 신설된 제3구법으로 인하여 제1구법의 감면기간 및 감면율(7년 100%, 3년 50%)이 제2구법 시행 이후까지 확장된다고 해석할 수는 없다.

(다) 관련 판례 및 유권해석에서도 처분청 의견이 타당하다는 취지이다.

1) 법원은 이 건과 유사한 사실관계에 있던 사례에서(2004.12.30. 조세감면신청을 하고, 2005.1.21. 조세감면결정통보를 받았으며 이후 2008.1.15.에 조세감면결정을 받은 범위 안에서 증자가 이루어진 사안)에서 증자등기를 마친 2018.1.15.에 조세감면 결정을 받은 것으로 보고, 2008.1.15. 당시 시행되던 제3구법(5년간 전액을 감면하고 그 후 2년간 50%를 감면하도록 한 제2구법과 동일함)의 감면기간과 감면비율을 적용하여야 한다고 판시OOO하였다.

2) 조세심판원에서도 위 법원 판례의 행정심 사건에서 조세감면 혜택을 받기 위해서는 증자분에 대한 별도의 감면신청 및 감면결정이 있어야 하므로 감면율 및 감면기간에 있어서 제2구법을 적용하는 것이 타당하다는 취지로 결정OOO한 바 있고, 기획재정부 유권해석OOO에서도 조세감면 신청 및 결정절차가 면제된 2008년도 증자분에 대한 감면기간 및 감면율은 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분이므로 5년간 100%, 그 이후 2년간 50% 감면된다는 취지로 회신한 바 있다.

(3) 청구법인은 법령의 부지.착오에 의하여 법인세를 과소신고한 것으로 가산세를 감면하는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(가) 청구법인이 2005.3.5. 재정경제부장관으로부터 회신받은 ‘조세감면 결정 통보’ 공문을 보면 “아울러, 증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위하여는

「조세특례제한법」제121조의4

의 규정에 따라 별도의 조세감면 신청을 하여 조세감면 결정을 받아야 한다”고 명시하였는 바, 청구법인은 이미 증자시 별도로 감면신청을 해야한다는 사실을 알고 있음에도 이를 이행하지 않았다.

(나) 또한, 청구법인은 감면신청절차가 면제된 쟁점②증자에 대하여 감면신청일을 2004.12.29.로 소급할만한 아무런 근거가 없는데도 임의로 법을 해석하였고, 2015.2.23. 기획재정부 유권해석OOO에서 조세감면신청 및 결정절차가 면제된 2008년도 증자분에 대한 감면기간 및 감면율은 2005.1.1. 이후 조세감면을 신청하는 분이므로 5년간 100%, 그 이후 2년간 50% 감면되는 것으로 명확히 하여 이미 잘못된 신고를 바로 잡을 기회가 있었음에도 이행하지 않았다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점감면신청이 쟁점증자 전체를 포괄하는 유효한 감면신청으로서 쟁점①증자금에 대해 외국인 투자에 대한 법인세 감면을 적용할 수 있는지 여부

(예비적 청구) 쟁점①증자금에 대해 제3구법을 소급적용하여 달라는 청구주장의 당부

② 쟁점②증자금에 대한 감면기간 및 감면율 적용에 오류가 있다는 청구주장의 당부

③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)

제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(

「외국인투자촉진법」제2조

제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

②

「외국인투자촉진법」제2조

제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세년도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세년도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세년도)부터 7년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간중에 내국법인(감면기간중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세년도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑧ 재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

제121조의4【증자의 조세감면】① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

(2) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)

제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】②

외국인투자촉진법 제2조

제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세년도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세년도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세년도)부터 5년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제2호의4 및 제3호의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 대하여는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

부칙＜제7003호, 2003.12.30.＞

제1조【시행일】이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제44조 및 제73조 제3항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제121조의2 제2항 본문, 동조 제4항 제1호 본문ㆍ제2호 본문 및 동조 제5항 제2호 본문ㆍ제3호 본문의 개정규정은 2005년 1월 1일부터 시행하며, 제126조의2 제1항(현금영수증에 관한 부분에 한한다) 및 제126조의3(제1항 중 현금영수증 결제건수의 세액공제에 관한 부분에 한한다)의 개정규정은 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

제27조【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례】제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.

제40조【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 제121조의2의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인투자에 대하여는 제121조의2 제2항 본문ㆍ제4항 제1호 본문ㆍ제2호 본문ㆍ제5항 제2호 본문 및 제3호 본문의 개정규정에 불구하고 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다.

(3) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것)

제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세년도의 종료일까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑬ 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 경과하는 날까지 최초의 출자(증자를 포함한다)가 없는 경우에는 제8항의 규정에 의한 조세감면결정의 효력은 상실한다.

②

「외국인투자촉진법」제7조

제1항 제1호의 규정에 의한 준비금ㆍ재평가적립금 기타 다른 법령의 규정에 의한 적립금의 자본전입으로 인하여 외국투자가가 취득한 주식등에 대하여는 그 발생근거가 되는 주식 등에 대한 감면의 례에 따라 그 감면기간의 잔여기간과 그 잔여기간의 감면비율에 따라 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

④ 제1항의 규정에 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다.

부칙＜제7839호, 2005.12.31.＞

제1조【시행일】이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제31조【증자에 대한 조세감면 절차에 관한 적용례】제121조의4 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다.

제47조【증자에 대한 조세감면신청에 관한 경과조치】이 법 시행 전에 증자한 분에 대한 조세감면신청기한에 관하여는 제121조의2 제6항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

(4) 국세기본법

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(5) 국세기본법 시행령

제28조【가산세의 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점조세감면 사업 개요는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 1997.9.5. 설립되었고, OOO 건설을 위해 「신항만건설 촉진법」에 따라 1997.6.30. 해양수산부장관과 OOO 프로젝트로 선정 및 실시협약(총투자비 : OOO원, 공사기간 : 8년, 9선석 신항개발, 50년간 운영권 보유 등)을 체결하였으며, 위 협약은 2000.12.14.「사회간접자본시설에 대한 민간투자법」등에 따라 OOO개발 민간투자 시설사업 실시협약으로 변경하였다.

(나) 청구법인은 변경 협약에 따라 2001.11.17. OOO 건설공사에 착수하여, 2006.1.1. 총 6선석 중 3선석을 조기개장하여 사업을 개시하였고, 관할세무서장에게 사업개시 신고를 이행하였으며, 2009.5.11. 최종 완공 및 개장하였다(2009사업연도에 감면사업에서 최초로 소득이 발생함).

(2) 쟁점감면신청 및 쟁점감면결정의 주요내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점감면신청서(2004.12.29.)에 의하면 외국인투자내용 중 ‘주식등의 취득총액’에 OOO원OOO으로 기재되어 있는데, 제2차 투자금 전체가 포함되었다.

(나) 재정경제부장관이 쟁점감면신청에 대해 청구법인(수신자 청구법인 대리인)측에 2005.3.5. 조세감면 결정OOO을 통보하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(3) 제3구법 개정시 제121조의2 및 제121조의4의 개정이유에 대하여 당시 재정경제부가 2006년 2월 발간한 “2005 간추진 개정세법” 책자 내용은 다음과 같다.

OOO

(4) 청구법인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다며 다음과 같은 자료를 추가로 제시하였다.

(가) 2016년 10월 OOO지방국세청장이 청구법인에게 송부한 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출 안내’을 제시하였는데, 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(나) 2004년 국세청에서 발간한 ‘외국인투자기업 납세안내’를 제시하였는데, 외국인투자기업에 대한 법인세.소득세의 감면에 대해 다음과 같은 내용이 기재되어 있다(p.33).

OOO

(다) 이외에 KOTRA에서 2004년 6월 발간한 ‘외국인직접투자제도 안내’ 책자 사본을 제시하였는데, 2005년 지원기간 개정내역, 조세감면신청 절차 등이 기재되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2004.12.29. 제2차 투자에 대한 감면을 신청하여 재정경제부장관으로부터 감면승인을 받았고, 동 감면승인의 효력이 쟁점①증자에 대해서도 미친다고 주장하나,

제3구법 시행 이전에 증자의 조세감면에 대해 제2

구법 제121조의4

제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면은 같은 법 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제121조의2 제6항에서 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세년도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다고 규정하고 있었는바, 쟁점조세감면은 외국인 투자신고가 있은 날부터 2년 이내에 증자가 이루어져야 하고, 증자시마다 감면신청 및 감면승인을 받아야 하는 것으로 규정하고 있다가

제3구법 개정시 신설된 제121조의4 제4항은 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 같은 법 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 같은 법 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다고 규정하고 있고, 그 부칙 제1조에서 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다고 되어 있으며, 제31조는 제121조의4 제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 증자하는 분부터 적용한다고 되어 있는 바,

쟁점①증자금은 위 부칙에 따라 제3구법 시행일 이전에 이루어진 증자이므로 제3구법 적용대상에 해당되지 않아 증자시마다 감면신청 및 감면승인을 받아야 조세감면 적용대상으로 보는 것이 타당하나, 청구법인이 쟁점①증자의 경우 증자시마다 별도 감면신청 및 승인을 받은 사실이 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점① 예비적 청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점①증자금에 대해 제3구법의 부칙 제31조 시행시기에도 불구하고 소급적용하여 달라고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것으로 납세자에게 유리하다는 사유만으로 제3구법의 부칙 제31조에서 규정한 시행시기와 달리 제3구법에서 신설된 제121조의4 제4항을 쟁점①증자에 적용하여 달라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점②증자에 대한 감면적용과 관련하여 제1구법의 감면기간 및 감면율을 적용하여야 한다고 주장하나,

제1구법이 제2구법으로 개정되면서

조특법 제121조의2

에서 규정하고 있는 외국인 투자에 대한 법인세 등 감면의 감면대상 기간이 기존 7년간 감면대상세액의 100%, 3년간 감면대상세액의 50%에서 5년간 감면대상세액의 100%, 2년간 50%로 각각 축소되었는데, 부칙 제1조 및 제27조에서 동 규정 개정의 시행시기에 대해 동 개정 법률 시행일인 2005.1.1. 이후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다고 되어 있는바,

쟁점②증자의 경우 청구법인이 당초 증자시마다 감면신청 및 감면승인을 받지는 아니하였으나, 제3구법 개정시 신설된

조특법 제121조의4

제4항 규정에 따라 감면적용을 받게 되었는데, 제3구법 개정시 신설된 제121조의4 제4항에서 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우에는 제121조의2 제6항의 규정에 의한 감면신청을 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2 제8항의 규정에 의한 감면결정을 받은 것으로 본다고 규정하고 있으므로 이는 증자일에 감면신청 및 감면결정을 받은 것으로 의제한다는 것이라서 쟁점②증자의 감면신청 및 감면결정 승인일은 증자가 이루어진 날로 보아야 할 것이고, 이 경우 감면대상기간 및 감면율은 제2구법에 따라야 할 것이라서 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있는 것OOO인바,

청구법인의 쟁점감면신청에 대해 재정경제부장관이 감면을 승인하면서 2005.3.5. 송달한 조세감면 결정 공문에 이후 증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위하여는 제2

구법 제121조의4

규정에 따라 별도의 조세감면 신청을 하여 조세감면 결정을 받아야 한다는 내용이 포함되어 있는 점, 제3구법 개정시

조특법 제121조의4

제4항이 신설되어 시행됨에 따라 조세감면 결정통지일로부터 3년 이내의 증자분에 대하여는 조세감면신청 및 결정 절차가 면제되었으므로 제3구법 시행 이전에 이루어진 쟁점①증자는 증자시마다 조세감면신청 및 결정 절차를 거쳐야 한다는 사실에 대해 청구법인도 충분히 인지할 수 있었던 점, 쟁점②증자의 감면대상기간 및 감면율 적용시기와 관련하여 제3구법 부칙 및 관련 규정에서 이를 명확히 규정하고 있었던 점 등에 비추어 청구법인이 외국인 투자에 대한 법인세 감면적용 잘못으로 법인세를 과소 신고납부한 데에 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 보기 어려우므로 처분청이 가산세를 가산하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

주문

이유

관련자료

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