대법원 2003두12035 (2004.10.27)

[1] 외국인투자기업의 감면신청이 법인세 감면을 위한 필요적 절차인지 여부(적극)

[2] 조세특례제한법의 2000. 12. 29. 자 개정으로 신설된 제121조의2 제10항을 개정 이전에 이루어진 유상증자에 적용하는 것이 조세법률 불소급의 원칙에 반하는지 여부(소극)

【원고, 상고인】 ○○○ 주식회사 (소송대리인 변호사 강인애)

【피고, 피상고인】 남대문세무서장

【원심판결】 서울고법 2003. 9. 18. 선고 2003누4517 판결

【주 문】

상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】이 사건 유상증자 당시에 적용되던 구 외국인투자및외자도입에관한법률(1998. 9. 16. 법률 제5559호로 폐지되기 전의 것) 제16조 제1항, 제14조 제6항, 제7항, 그 이후의 구 외국인투자촉진법(1998. 9. 16. 법률 제5559호로 제정되어 1999. 5. 24. 법률 제5982호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘외투법’이라 한다) 제11조 제1항, 제9조 제6항, 제8항 및 이 사건 감면신청 당시의 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제121조의4 제1항, 제121조의2 제6항, 제8항에 의하면, 외국인투자기업이 유상증자를 한 경우 외국인의 투자비율에 따른 법인세 등의 감면과 관련하여, 외국인투자기업이 법인세 등의 감면을 받고자 할 때에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 하며, 감면신청을 받은 재정경제부장관은 감면대상기준에 해당하는지 여부를 검토하여 감면 여부를 결정한 다음 이를 신청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 외투법 부칙 제4조 및 조특법 부칙 제27조에서는 법이 개정된 경우 감면신청시를 기준으로 그 적용법령을 정하도록 규정하고 있는바, 위 각 규정들을 종합하여 보면 외국인투자기업이 외국인의 투자비율에 따른 법인세 등의 감면을 받기 위해서는 반드시 정해진 기간 내에 재정경제부장관에게 감면신청을 하여 감면결정을 받아야만 하는 것이며 그렇지 아니하면 조세감면을 받을 수 없다고 보아야 한다.

한편, 2000. 12. 29. 자 조특법 개정에서 신설된 제121조의2 제10항에 의하면 외국인투자기업이 감면신청기한 경과 후에 재정경제부장관에게 감면신청을 하여 감면결정을 받은 경우에는 그 감면신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 잔존감면기간에 한하여 감면규정을 적용한다고 규정하고 있는바, 이는 종전에는 감면신청기간이 경과한 후에는 감면신청을 하더라도 조세감면 자체가 배제되던 것을 그 경우에도 감면결정을 받으면 감면신청 이후의 기간에 대하여는 조세감면이 가능하도록 한 규정이어서 납세자에게 유리하므로 이를 위 개정 이전에 유상증자가 이루어진 이 사건에 대하여 적용하더라도 조세법률 불소급의 원칙에 반하지 아니한다.

같은 취지에서 원심이, 이 사건 감면신청규정은 정부에 대한 단순한 협력의무를 규정한 것이 아니라 외국인투자기업의 법인세 감면을 위한 필요적 절차규정이어서 원고가 감면신청을 하기 이전의 기간에 대한 감면은 허용될 수 없다고 판단한 것은 정당하고 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 감면신청의 법적 성격에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하는 것으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 김영란(재판장) 윤재식 이용우(주심) 이규홍