조심 2015중2053 (2015.11.17)

OOO장이 2015.1.12. 청구법인에게 ＜별지1＞ 기재와 같이한 2009～2013사업연도 법인세 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.7.12. 액정표시장치용 편광필름의 제조 및 판매 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인으로, 2002.7.15. 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업으로 등록되었는바, 청구법인은 2009～2013사업연도에 대하여

「조세특례제한법」 제121조의2

에 따라 법인세를 감면받았다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.10.13.부터 2014.11.19.까지 청구법인에 대한 법인세제통합 세무조사를 실시하여 청구법인이 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 과다하게 계산한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.1.12. 청구법인에게 ＜별지1＞ 기재와 같이 2009～2013사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 외국인투자에 대한 법인세 감면세액은 「법인세법 시행규칙」 별지 제8호 서식 부표4 공제감면세액계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)에 따라 법인세 감면세액은 “법인세 산출세액 × ⑥ 감면대상사업소득비율 × ⑦ 감면비율”과 같이 계산하고, 동 산식 중 ⑦ 감면비율은 다음과 같이 세가지 유형에 따라 계산된다.

(가) 일반적인 경우의 감면비율

(나) 감면대상사업에 대한 증자가 있는 경우의 감면비율(이하 “일반산식”이라 한다)

(다) 비감면대상사업에 대한 증자가 있는 경우 감면비율(이하 “쟁점산식”이라 한다)

×

청구법인은 2005.2006사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시

「조세특례제한법」 제121조의2

를 적용함에 있어 외국인투자에 대한 법인세 감면세액 계산방법을 일반산식으로 잘못 적용하여 법인세를 신고.납부하였다가 추후 기획재정부 예규(재국조-93, 2004.2.13.) 및 국세청 질의회신(서면2팀-260, 2004.2.23.)에 따라 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못한 경우에도 쟁점산식에 따라 감면비율을 계산하도록 규정하고 있어 그에 따라 감면비율을 산출하여 법인세 경정청구를 하였고, 이를 인정받아 2008.12.10. 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급받았으며, 위 경정청구의 인용에 따라 2008～2013사업연도에 대한 법인세 신고시 쟁점산식을 적용하여 법인세를 신고.납부하였다.

(2) 청구법인이 조세감면결정을 받지 못한 외국인투자자본금(이하 “쟁점외자”라 한다)을 기존 감면사업의 운용자금으로 사용시 쟁점계산서 ⑥ 감면대상사업소득비율에서 차감해서는 아니된다. 청구법인은 2003.4.11. 기획재정부장관으로부터 액정용 편광필름의 가공기술 수반사업에 대한 조세감면결정을 받았는데, 청구법인의 조세감면결정 내용은 고도기술을 수반하는 사업에 대한 감면으로서 조세감면의 근거가 되는

「조세특례제한법」 제121조의2

제2항에서 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하는 것으로 규정하고 있을 뿐 증자시 조세감면결정을 받지 못한 자본금에서 창출한 소득은 제외한다고 규정하고 있지 않고, 국세청 질의회신 및 대법원 판결(대법원 1987.9.8. 선고 87누497 판결)에서도 ‘감면대상이 되는 사업을 기준으로 이를 영위함으로써 발생한 소득’이라고 판시하고 있다. 청구법인은 인가사업을 효율적으로 수행하기 위하여 증자자본금이 필요하였고, 그로 인해 생산량이 증가하는 등 인가사업을 효율적으로 수행하였다면 증자자본금은 효율적 행위에 해당됨에도 불구하고 ‘증자시 조세감면결정을 받지 못한 자본금에서 창출한 소득을 감면대상 사업소득에서 제외하는 것은 확장해석을 엄격히 금하는 세법해석의 원칙에 반하는 것이다. 또한, 청구법인은 쟁점외자로 별도의 공장이나 설비의 증설 없이 전액을 감면결정받은 액정용 편광필름의 가공기술사업의 운영자금으로 사용하였고, 감면사업 외에 비감면사업을 영위하지 아니하였으므로 청구법인의 감면사업에서 발생하는 모든 소득이 감면대상 소득에 해당하며, 해당 증자분에 대해서 별도의 사업을 구분하고자 하더라도 이를 합리적으로 구분할 수 있는 방법이 없다.

(3) 조세감면결정을 받지 못한 증자분에 대한 감면비율 산정방법은 쟁점산식을 적용하는 것이 타당하다. 청구법인은 비록 쟁점외자에 대한 신청기술이

「조세특례제한법 시행령」 제116조의2

에 의한 조세감면기준을 충족하지 못하여 조세감면결정을 받지 못하였으나, 기획재정부 예규(재국조-93, 2004.2.13.) 및 국세청 질의회신(서면2팀-260, 2004.4.23.)에 따르면, 감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하였으나 동 증자분에 대한 조세감면결정을 받지 못한 경우도 증자를 통하여 비감면사업을 영위하게 되는 경우에 포함되는 것으로 보고 있으므로 쟁점외자에 대한 감면비율은 감면사업을 영위한 외국인투자기업이 증자를 통하여 비감면사업을 영위하게 되는 경우와 동일한 쟁점산식으로 감면비율을 산정하여야 하며, 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 계산함에 있어서 쟁점계산서의 ⑥ 감면대상사업소득비율과 ⑦ 감면비율이 각 독립적으로 산정되어 상호 영향을 미치지 아니하므로 증자분에서 발생한 소득을 쟁점계산서의 감면대상사업 과세표준에 포함하고, ⑦ 감면비율에 재차 반영하였다는 처분청의 의견은 부당하다.

(4) 청구법인은 기획재정부 예규와 국세청의 질의회신을 신뢰하였고, 그에 따라 경정청구를 하여 과세관청으로부터 법인세를 환급받았을 뿐만 아니라 그 이후에도 경정청구의 취지에 따라 법인세 감면세액을 산출하여 신고.납부하여 왔는바, 과세관청이 청구법인에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없으며, 청구법인이 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 감면세액을 산출하여 법인세를 신고.납부하였으나, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 이 건 부과처분을 함으로써 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 초래되었는바, 청구법인에게 신의성실의 원칙이 적용될 수 있고, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 받아들여진 경우에 해당하여 그에 따라 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보아야 하며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세할 수는 없으므로 처분청의 이 건 법인세의 부과처분은 부당하다.

(5) 고도기술로 인가받은 사업과 관련된 추가증자를 쟁점계산서 ⑥ 감면대상사업소득비율에서 차감한다면 정부의 외국인투자를 유치하고자 하는 목적에 반하는 결과를 초래한다. 기획재정부는 2001.12.22. 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제8호 서식 부표4의 개정시 그 개정취지를 ‘비감면대상에 증자나 합병시 감면세액이 축소되는 문제점을 해결하기 위함’이라고 하였고, 이는 증자로 인하여 감면세액이 이중으로 축소되는 불합리한 점을 방지하기 위한 것으로 판단된다. 외국인투자기업에 대한 자본의 증가는 해당 법인의 안정적인 사업운영을 가능하게 하고, 외화유입의 긍정적인 효과가 있음에도 불구하고 ⑥ 감면대상사업소득비율에서 이를 차감한다면 청구법인과 같은 증자법인은 증자를 하면 할수록 감면비율이 떨어지는 불합리한 결과가 초래되며, 차관도입 등을 통해 차입경영을 하는 법인보다 불리한 처우를 받게 된다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점계산서는 1. 감면세액의 계산(이하 “감면세액산식”이라 한다)과 2. 감면비율의 계산(이하 “감면비율산식”라 한다)으로 구분하여 감면세액을 계산하도록 규정하고 있고, 감면세액산식의 계산방법으로는 1-1. 일반적인 감면세액계산(이하 “감면세액산식1-1”이라 한다)과 1-2. 증자분 감면대상사업만을 기준으로 하는 감면세액계산(이하 “감면세액산식1-2”라 한다)으로 구분하여 규정하고 있다. 감면세액산식1-2는 그 명칭에서 “증자분 감면대상사업만”으로 한정하고 있고, 과세표준금액은 ⑨ 증자분감면대상사업으로 규정하고 있는 바와 같이 증자한 외국인투자가 자본금으로 기존사업에 추가로 감면사업을 영위하고 소득구분계산서에 따라 증자분 감면대상사업 과세표준을 산출하는 경우에만 적용할 수 있는 것이다. 한편, 감면비율산식의 계산방법으로 “2-1. 일반적인 감면비율 계산(일반산식)”과 “2-2. 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자 또는 합병하는 경우의 감면비율 계산(쟁점산식)”으로 구분하여 규정하고 있다. 쟁점산식의 감면비율 계산은 감면대상 외국투자가 자본금에 감면율을 곱한 후 총 감면대상 외국투자가 자본금으로 나눈 비율에 해당 증자의 외국인투자비율을 곱하여 산정하도록 규정하고 있고, 그 산식은 아래와 같다.

그런데, 쟁점산식은 분자와 분모에 모두 “감면대상 외국투자가 자본금”이 있는 산식으로 감면사업을 영위하는 법인이 증자를 하는 경우에 이 산식을 적용하면 증자된 자본금의 감면승인 여부와 관계없이 당해사업연도 감면율과 동일한 감면율을 적용받게 된다. 즉, 쟁점산식을 적용하기 위한 전제조건은 감면세액산식1-2의 경우처럼 증자분 감면대상 과세표준을 소득구분계산서에 따라 계산하여야 하는 것이다. 그러한 이유로 쟁점산식의 명칭을 “비감면사업을 영위하는 외국인투자가기업이 증자하는 경우”로 한정하고, 다른 경우의 증자는 일반산식의 “일반적인 감면비율 계산”을 적용하도록 하고 있는 것이다. 따라서, 청구법인은 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하여 감면결정을 받지 못한 증자대금에서 발생한 소득 전부를 감면대상사업 과세표준으로 하면서 감면비율 계산 시 감면결정을 받지 못한 증자대금에 대한 감면비율을 조정하지 않아 법인세를 과다하게 감면받은 것이다.

(2) 쟁점계산서의 구성항목을 규정하고 있는 법령과 2014년 신설된 기본통칙의 취지를 볼 때 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 적법하다. 쟁점산식의 “외국인투자비율”과 관련하여

「조세특례제한법 시행령」 제116조의6

제5항에서 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 외국인투자비율을 계산할 때

「조세특례제한법」 제143조

에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 과세표준 신고를 하는 경우에는 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인 투자비율을 계산하는 것으로 규정하고 있다. 이것은 증자를 통하여 감면사업을 영위할 때 기존 비감면사업 자본금이 외투자본금이 아니어서 감면되는 세액이 감소하게 되는 것을 방지하기 위한 것이다. 즉, 쟁점산식을 비감면사업을 영위하는 법인이 증자를 통해 감면사업을 영위하는 경우에만 적용할 수 있도록 한 것은 해당 산식의 세부사항을 규정한 시행령에서도 확인할 수 있다. 아울러, 2014년 「조세특례제한법 기본통칙」 121의4-0…1이 추가되면서 같은 법 시행령 제116조의6 제5항 및 제6항을 적용할 때 외국인투자기업의 증자분 감면대상 사업이 당초 감면대상 사업과 동일한 사업장 내에서 같은 공정으로 구성되어 공통익금과 공통손금을 구분경리하기 어려운 경우에는 증자시 새로 취득·설치한 고정자산가액비율, 증자시 해당 자본금의 비율 및 기타 합리적인 비율에 따라 공통익금과 공통손금을 안분계산하도록 규정하고 있다. 이는 쟁점산식이 적용되기 위해서는 소득구분계산서에 의해 증자에 따른 감면사업의 감면대상 과세표준의 산출이 전제되어야 한다는 것이다.

(가) 청구법인은 감면세액 계산시 감면세액산식1-1을 적용하고, 감면비율 계산시 쟁점산식을 적용하게 되면 감면비율의 분자금액은 변동 없이 분모금액만 증가하게 되어 증자를 하면 할수록 감면비율이 떨어지는 불합리한 결과가 초래된다고 주장하나, 감면비율은 낮아지더라도 당초 감면 승인받은 자본금에 의해 창출된 소득에 대한 감면세액의 금액은 변하지 않으므로 불합리한 결과를 초래하지 않는다. 즉, 증자에 따라 감면비율은 낮아질 수 있으나, 해당 증자로 인하여 매출액이 증가하고, 이에 따라 과세소득과 감면대상이 되는 산출세액도 증가하며, 당초 감면승인받은 자본금에 따른 세액감면 효과는 변화가 없는 것이다. 청구법인의 경우에도 감면율이 OOO%로 동일하고 기중 증자가 없었던 2009사업연도와 2011사업연도를 비교해 보면, 산출세액은 각 OOO원 및 OOO원이고, 감면비율은 각 OOO% 및 OOO%로 산출되지만 감면세액은 각 OOO원 및 OOO원으로 유사하거나 오히려 증가하였다는 것을 확인할 수 있다.

(나) 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」의 개정 취지는 청구법인이 주장하는 바와 같이 단순히 감면비율이 낮아지는 문제점을 해결함이 아니고, 궁극적으로 감면세액이 중복.축소되는 문제점을 해결하고자 함이었다. 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위하게 되는 경우 개정 전과 같이 감면세액산식1-1과 일반산식을 적용하게 되면 감면세액산식1-1에서 비감면사업의 소득은 감면대상 과세표준에서 제외되어 감면세액이 조정되었음에도 감면비율에서도 비율이 낮아지게 되어 감면세액이 중복으로 축소되게 된다. 처분청은 감면세액산식1-1과 일반산식을 적용하면서 감면대상 과세소득에는 증자분을 모두 포함하였고, 감면비율계산시 분모를 총자본금으로 계산하였는바, 감면세액을 이중으로 조정한 것이 아니다. 오히려, 청구법인의 경우처럼 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하게 되면 감면요건을 충족하지 못하는 자본금에 해당하는 모든 과세소득에 대하여 어떠한 조정도 없이 모두 감면을 적용받는 불합리한 결과가 발생한다.

(3) 청구법인은 증자된 외자를 종전에 승인받은 감면사업에 계속하여 사용하였으므로 쟁점외자가 투입된 사업을 감면대상사업으로 분류하는 것이 타당하다고 주장하나, 2009.6.10. 기획재정부는 기존에 고도기술로 조세감면을 결정받은 사업으로 증자분이 조세감면결정을 받지 못하였다고 하더라도 증자대금이 투입된 사업에서 발생한 소득 전부를 감면대상사업 과세표준에 포함시켜야 한다고 회신(국제조세제도과-273)한 바 있다. 처분청도 감면세액 계산시 청구법인의 산출세액 전체를 감면세액 계산시 반영하여 계산하였는바, 청구법인의 경우 감면비율 계산시 일반산식을 적용하여야 하므로 다시 감면세액 계산시 비감면사업소득을 제외시키면 중복하여 감면세액이 축소되는 문제가 발생하기 때문이다. 또한, 처분청이 구분경리와 소득구분계산서를 작성하여 감면대상 사업소득을 계산하여야 한다고 한 것은 쟁점산식을 적용하기 위해서는 반드시 소득구분이 되어야 한다는 것을 설명한 것일 뿐이다.

(4) 청구법인은 기획재정부 유권해석 및 기존 처분청의 경정청구 인용에 따라 이 건 법인세 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 이는 대외적인 구속력을 갖는 행정규칙이라 할 수 없을 뿐 아니라, 행정규칙에 불과한 예규는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니하므로 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

당초 외국인 투자에 대한 법인세 감면사업을 영위하던 법인이 조세감면 결정을 받지 못한 증자액을 감면사업에 사용한 경우 감면비율을 과다하게 산정한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에 의하면, 청구법인은 2002.8.1. 외국인투자자본금 OOO원 및 내국법인 자본금 OOO원 합계 OOO원의 자본금을 출자하여 설립되어 2002.7.15. 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업으로 등록되었고, 2003.7.15.

「조세특례제한법」 제121조의2

에 의하여 고도기술수반 외국인투자에 대한 법인세 등의 조세감면결정을 받았는바, 최초로 소득이 발생한 2005사업연도의 개시일부터 7년 이내에 끝나는 사업연도까지 감면대상세액의 전액을, 그 다음 3년 이내에 끝나는 사업연도에는 감면대상세액의OOO에 상당하는 세액을 감면받도록 되어 있으며, 2004사업연도 및 2010사업연도 중 각 OOO원 및 OOO원의 외국인투자자본금을 유상증자하여 별도의 조세감면결정을 받지 아니한 채 종전의 감면사업에 계속하여 사용한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2002.8.1. 법인설립시의 초기 자본금 OOO원에 대하여 조세감면결정을 받아 동 자본금에서 최초로 소득이 발생한 2005사업연도부터 향후 7년간 법인세 등 감면대상세액 전액을 감면받도록 되어 있으므로 증자한 쟁점외자에 대하여 감면결정을 받지 못했다고 하더라도 처분청의 의견처럼 일반산식을 적용하여 ⑦ 감면비율을 산출하게 되면 기존의 감면세액이 축소될 수 있어 불합리해 보이는 점, 쟁점외자를 전액 감면대상사업에 사용하였으므로 쟁점외자에 대하여 조세감면결정을 받지 못하였다 하더라도 쟁점외자가 투입된 사업을 감면대상사업으로 분류하는 것이 타당해 보이는 점, 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위할 경우에 일반산식을 적용하게 되면 비감면사업의 소득은 쟁점계산서의 ② 감면대상사업 과세표준금액에서 제외되어 있음에도 ⑦ 감면비율이 낮아져 감면세액이 중복.축소되는 문제점을 해결하고자 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」을 개정하여 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하는 경우에 쟁점산식을 적용할 수 있도록 한 것으로 보이는바, 청구법인의 경우 유상증자 자본금인 쟁점외자를 감면사업에 사용하였으므로 위 규정의 개정취지로 보아 쟁점외자에서 발생한 소득을 ② 감면대상사업 과세표준금액에 포함하고, ⑦ 감면비율의 계산에서도 쟁점산식을 적용하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점외자를 종전 자본금과 동일한 감면사업에 투자하였으므로 증자분에서 발생한 소득과 종전 자본금에서 발생한 소득에 대해 구분경리하기에 어려움이 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 과다하게 산정한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 처분 내역

＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2.

「외국인투자촉진법」 제18조

의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업

②

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑧ 재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

부칙 ＜법률 제7003호, 2003.12.30.＞

제27조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.

제40조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제121조의2의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인투자에 대하여는 제121조의2 제2항 본문ㆍ제4항제1호 본문ㆍ제2호 본문ㆍ제5항 제2호 본문 및 제3호 본문의 개정규정에 불구하고 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다.

(2) 법인세법 시행규칙(2013.2.23. 재정경제부령 제325호로 개정된 것)

별지 제8호 부표4 ‘공제감면세액계산서(4)’

그런데, 쟁점산식은 분자와 분모에 모두 “감면대상 외국투자가 자본금”이 있는 산식으로 감면사업을 영위하는 법인이 증자를 하는 경우에 이 산식을 적용하면 증자된 자본금의 감면승인 여부와 관계없이 당해사업연도 감면율과 동일한 감면율을 적용받게 된다. 즉, 쟁점산식을 적용하기 위한 전제조건은 감면세액산식1-2의 경우처럼 증자분 감면대상 과세표준을 소득구분계산서에 따라 계산하여야 하는 것이다. 그러한 이유로 쟁점산식의 명칭을 “비감면사업을 영위하는 외국인투자가기업이 증자하는 경우”로 한정하고, 다른 경우의 증자는 일반산식의 “일반적인 감면비율 계산”을 적용하도록 하고 있는 것이다. 따라서, 청구법인은 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하여 감면결정을 받지 못한 증자대금에서 발생한 소득 전부를 감면대상사업 과세표준으로 하면서 감면비율 계산 시 감면결정을 받지 못한 증자대금에 대한 감면비율을 조정하지 않아 법인세를 과다하게 감면받은 것이다.

(2) 쟁점계산서의 구성항목을 규정하고 있는 법령과 2014년 신설된 기본통칙의 취지를 볼 때 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 적법하다. 쟁점산식의 “외국인투자비율”과 관련하여

「조세특례제한법 시행령」 제116조의6

제5항에서 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 외국인투자비율을 계산할 때

「조세특례제한법」 제143조

에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 과세표준 신고를 하는 경우에는 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인 투자비율을 계산하는 것으로 규정하고 있다. 이것은 증자를 통하여 감면사업을 영위할 때 기존 비감면사업 자본금이 외투자본금이 아니어서 감면되는 세액이 감소하게 되는 것을 방지하기 위한 것이다. 즉, 쟁점산식을 비감면사업을 영위하는 법인이 증자를 통해 감면사업을 영위하는 경우에만 적용할 수 있도록 한 것은 해당 산식의 세부사항을 규정한 시행령에서도 확인할 수 있다. 아울러, 2014년 「조세특례제한법 기본통칙」 121의4-0…1이 추가되면서 같은 법 시행령 제116조의6 제5항 및 제6항을 적용할 때 외국인투자기업의 증자분 감면대상 사업이 당초 감면대상 사업과 동일한 사업장 내에서 같은 공정으로 구성되어 공통익금과 공통손금을 구분경리하기 어려운 경우에는 증자시 새로 취득·설치한 고정자산가액비율, 증자시 해당 자본금의 비율 및 기타 합리적인 비율에 따라 공통익금과 공통손금을 안분계산하도록 규정하고 있다. 이는 쟁점산식이 적용되기 위해서는 소득구분계산서에 의해 증자에 따른 감면사업의 감면대상 과세표준의 산출이 전제되어야 한다는 것이다.

(가) 청구법인은 감면세액 계산시 감면세액산식1-1을 적용하고, 감면비율 계산시 쟁점산식을 적용하게 되면 감면비율의 분자금액은 변동 없이 분모금액만 증가하게 되어 증자를 하면 할수록 감면비율이 떨어지는 불합리한 결과가 초래된다고 주장하나, 감면비율은 낮아지더라도 당초 감면 승인받은 자본금에 의해 창출된 소득에 대한 감면세액의 금액은 변하지 않으므로 불합리한 결과를 초래하지 않는다. 즉, 증자에 따라 감면비율은 낮아질 수 있으나, 해당 증자로 인하여 매출액이 증가하고, 이에 따라 과세소득과 감면대상이 되는 산출세액도 증가하며, 당초 감면승인받은 자본금에 따른 세액감면 효과는 변화가 없는 것이다. 청구법인의 경우에도 감면율이 OOO%로 동일하고 기중 증자가 없었던 2009사업연도와 2011사업연도를 비교해 보면, 산출세액은 각 OOO원 및 OOO원이고, 감면비율은 각 OOO% 및 OOO%로 산출되지만 감면세액은 각 OOO원 및 OOO원으로 유사하거나 오히려 증가하였다는 것을 확인할 수 있다.

(나) 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」의 개정 취지는 청구법인이 주장하는 바와 같이 단순히 감면비율이 낮아지는 문제점을 해결함이 아니고, 궁극적으로 감면세액이 중복.축소되는 문제점을 해결하고자 함이었다. 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위하게 되는 경우 개정 전과 같이 감면세액산식1-1과 일반산식을 적용하게 되면 감면세액산식1-1에서 비감면사업의 소득은 감면대상 과세표준에서 제외되어 감면세액이 조정되었음에도 감면비율에서도 비율이 낮아지게 되어 감면세액이 중복으로 축소되게 된다. 처분청은 감면세액산식1-1과 일반산식을 적용하면서 감면대상 과세소득에는 증자분을 모두 포함하였고, 감면비율계산시 분모를 총자본금으로 계산하였는바, 감면세액을 이중으로 조정한 것이 아니다. 오히려, 청구법인의 경우처럼 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하게 되면 감면요건을 충족하지 못하는 자본금에 해당하는 모든 과세소득에 대하여 어떠한 조정도 없이 모두 감면을 적용받는 불합리한 결과가 발생한다.

(3) 청구법인은 증자된 외자를 종전에 승인받은 감면사업에 계속하여 사용하였으므로 쟁점외자가 투입된 사업을 감면대상사업으로 분류하는 것이 타당하다고 주장하나, 2009.6.10. 기획재정부는 기존에 고도기술로 조세감면을 결정받은 사업으로 증자분이 조세감면결정을 받지 못하였다고 하더라도 증자대금이 투입된 사업에서 발생한 소득 전부를 감면대상사업 과세표준에 포함시켜야 한다고 회신(국제조세제도과-273)한 바 있다. 처분청도 감면세액 계산시 청구법인의 산출세액 전체를 감면세액 계산시 반영하여 계산하였는바, 청구법인의 경우 감면비율 계산시 일반산식을 적용하여야 하므로 다시 감면세액 계산시 비감면사업소득을 제외시키면 중복하여 감면세액이 축소되는 문제가 발생하기 때문이다. 또한, 처분청이 구분경리와 소득구분계산서를 작성하여 감면대상 사업소득을 계산하여야 한다고 한 것은 쟁점산식을 적용하기 위해서는 반드시 소득구분이 되어야 한다는 것을 설명한 것일 뿐이다.

(4) 청구법인은 기획재정부 유권해석 및 기존 처분청의 경정청구 인용에 따라 이 건 법인세 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 이는 대외적인 구속력을 갖는 행정규칙이라 할 수 없을 뿐 아니라, 행정규칙에 불과한 예규는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니하므로 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

당초 외국인 투자에 대한 법인세 감면사업을 영위하던 법인이 조세감면 결정을 받지 못한 증자액을 감면사업에 사용한 경우 감면비율을 과다하게 산정한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에 의하면, 청구법인은 2002.8.1. 외국인투자자본금 OOO원 및 내국법인 자본금 OOO원 합계 OOO원의 자본금을 출자하여 설립되어 2002.7.15. 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업으로 등록되었고, 2003.7.15.

「조세특례제한법」 제121조의2

에 의하여 고도기술수반 외국인투자에 대한 법인세 등의 조세감면결정을 받았는바, 최초로 소득이 발생한 2005사업연도의 개시일부터 7년 이내에 끝나는 사업연도까지 감면대상세액의 전액을, 그 다음 3년 이내에 끝나는 사업연도에는 감면대상세액의OOO에 상당하는 세액을 감면받도록 되어 있으며, 2004사업연도 및 2010사업연도 중 각 OOO원 및 OOO원의 외국인투자자본금을 유상증자하여 별도의 조세감면결정을 받지 아니한 채 종전의 감면사업에 계속하여 사용한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2002.8.1. 법인설립시의 초기 자본금 OOO원에 대하여 조세감면결정을 받아 동 자본금에서 최초로 소득이 발생한 2005사업연도부터 향후 7년간 법인세 등 감면대상세액 전액을 감면받도록 되어 있으므로 증자한 쟁점외자에 대하여 감면결정을 받지 못했다고 하더라도 처분청의 의견처럼 일반산식을 적용하여 ⑦ 감면비율을 산출하게 되면 기존의 감면세액이 축소될 수 있어 불합리해 보이는 점, 쟁점외자를 전액 감면대상사업에 사용하였으므로 쟁점외자에 대하여 조세감면결정을 받지 못하였다 하더라도 쟁점외자가 투입된 사업을 감면대상사업으로 분류하는 것이 타당해 보이는 점, 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위할 경우에 일반산식을 적용하게 되면 비감면사업의 소득은 쟁점계산서의 ② 감면대상사업 과세표준금액에서 제외되어 있음에도 ⑦ 감면비율이 낮아져 감면세액이 중복.축소되는 문제점을 해결하고자 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」을 개정하여 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하는 경우에 쟁점산식을 적용할 수 있도록 한 것으로 보이는바, 청구법인의 경우 유상증자 자본금인 쟁점외자를 감면사업에 사용하였으므로 위 규정의 개정취지로 보아 쟁점외자에서 발생한 소득을 ② 감면대상사업 과세표준금액에 포함하고, ⑦ 감면비율의 계산에서도 쟁점산식을 적용하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점외자를 종전 자본금과 동일한 감면사업에 투자하였으므로 증자분에서 발생한 소득과 종전 자본금에서 발생한 소득에 대해 구분경리하기에 어려움이 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 과다하게 산정한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 처분 내역

＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2.

「외국인투자촉진법」 제18조

의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업

②

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑧ 재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

부칙 ＜법률 제7003호, 2003.12.30.＞

제27조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.

제40조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제121조의2의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인투자에 대하여는 제121조의2 제2항 본문ㆍ제4항제1호 본문ㆍ제2호 본문ㆍ제5항 제2호 본문 및 제3호 본문의 개정규정에 불구하고 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다.

(2) 법인세법 시행규칙(2013.2.23. 재정경제부령 제325호로 개정된 것)

별지 제8호 부표4 ‘공제감면세액계산서(4)’

그런데, 쟁점산식은 분자와 분모에 모두 “감면대상 외국투자가 자본금”이 있는 산식으로 감면사업을 영위하는 법인이 증자를 하는 경우에 이 산식을 적용하면 증자된 자본금의 감면승인 여부와 관계없이 당해사업연도 감면율과 동일한 감면율을 적용받게 된다. 즉, 쟁점산식을 적용하기 위한 전제조건은 감면세액산식1-2의 경우처럼 증자분 감면대상 과세표준을 소득구분계산서에 따라 계산하여야 하는 것이다. 그러한 이유로 쟁점산식의 명칭을 “비감면사업을 영위하는 외국인투자가기업이 증자하는 경우”로 한정하고, 다른 경우의 증자는 일반산식의 “일반적인 감면비율 계산”을 적용하도록 하고 있는 것이다. 따라서, 청구법인은 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하여 감면결정을 받지 못한 증자대금에서 발생한 소득 전부를 감면대상사업 과세표준으로 하면서 감면비율 계산 시 감면결정을 받지 못한 증자대금에 대한 감면비율을 조정하지 않아 법인세를 과다하게 감면받은 것이다.

(2) 쟁점계산서의 구성항목을 규정하고 있는 법령과 2014년 신설된 기본통칙의 취지를 볼 때 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 적법하다. 쟁점산식의 “외국인투자비율”과 관련하여

「조세특례제한법 시행령」 제116조의6

제5항에서 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 외국인투자비율을 계산할 때

「조세특례제한법」 제143조

에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 과세표준 신고를 하는 경우에는 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인 투자비율을 계산하는 것으로 규정하고 있다. 이것은 증자를 통하여 감면사업을 영위할 때 기존 비감면사업 자본금이 외투자본금이 아니어서 감면되는 세액이 감소하게 되는 것을 방지하기 위한 것이다. 즉, 쟁점산식을 비감면사업을 영위하는 법인이 증자를 통해 감면사업을 영위하는 경우에만 적용할 수 있도록 한 것은 해당 산식의 세부사항을 규정한 시행령에서도 확인할 수 있다. 아울러, 2014년 「조세특례제한법 기본통칙」 121의4-0…1이 추가되면서 같은 법 시행령 제116조의6 제5항 및 제6항을 적용할 때 외국인투자기업의 증자분 감면대상 사업이 당초 감면대상 사업과 동일한 사업장 내에서 같은 공정으로 구성되어 공통익금과 공통손금을 구분경리하기 어려운 경우에는 증자시 새로 취득·설치한 고정자산가액비율, 증자시 해당 자본금의 비율 및 기타 합리적인 비율에 따라 공통익금과 공통손금을 안분계산하도록 규정하고 있다. 이는 쟁점산식이 적용되기 위해서는 소득구분계산서에 의해 증자에 따른 감면사업의 감면대상 과세표준의 산출이 전제되어야 한다는 것이다.

(가) 청구법인은 감면세액 계산시 감면세액산식1-1을 적용하고, 감면비율 계산시 쟁점산식을 적용하게 되면 감면비율의 분자금액은 변동 없이 분모금액만 증가하게 되어 증자를 하면 할수록 감면비율이 떨어지는 불합리한 결과가 초래된다고 주장하나, 감면비율은 낮아지더라도 당초 감면 승인받은 자본금에 의해 창출된 소득에 대한 감면세액의 금액은 변하지 않으므로 불합리한 결과를 초래하지 않는다. 즉, 증자에 따라 감면비율은 낮아질 수 있으나, 해당 증자로 인하여 매출액이 증가하고, 이에 따라 과세소득과 감면대상이 되는 산출세액도 증가하며, 당초 감면승인받은 자본금에 따른 세액감면 효과는 변화가 없는 것이다. 청구법인의 경우에도 감면율이 OOO%로 동일하고 기중 증자가 없었던 2009사업연도와 2011사업연도를 비교해 보면, 산출세액은 각 OOO원 및 OOO원이고, 감면비율은 각 OOO% 및 OOO%로 산출되지만 감면세액은 각 OOO원 및 OOO원으로 유사하거나 오히려 증가하였다는 것을 확인할 수 있다.

(나) 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」의 개정 취지는 청구법인이 주장하는 바와 같이 단순히 감면비율이 낮아지는 문제점을 해결함이 아니고, 궁극적으로 감면세액이 중복.축소되는 문제점을 해결하고자 함이었다. 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위하게 되는 경우 개정 전과 같이 감면세액산식1-1과 일반산식을 적용하게 되면 감면세액산식1-1에서 비감면사업의 소득은 감면대상 과세표준에서 제외되어 감면세액이 조정되었음에도 감면비율에서도 비율이 낮아지게 되어 감면세액이 중복으로 축소되게 된다. 처분청은 감면세액산식1-1과 일반산식을 적용하면서 감면대상 과세소득에는 증자분을 모두 포함하였고, 감면비율계산시 분모를 총자본금으로 계산하였는바, 감면세액을 이중으로 조정한 것이 아니다. 오히려, 청구법인의 경우처럼 감면세액산식1-1과 쟁점산식을 적용하게 되면 감면요건을 충족하지 못하는 자본금에 해당하는 모든 과세소득에 대하여 어떠한 조정도 없이 모두 감면을 적용받는 불합리한 결과가 발생한다.

(3) 청구법인은 증자된 외자를 종전에 승인받은 감면사업에 계속하여 사용하였으므로 쟁점외자가 투입된 사업을 감면대상사업으로 분류하는 것이 타당하다고 주장하나, 2009.6.10. 기획재정부는 기존에 고도기술로 조세감면을 결정받은 사업으로 증자분이 조세감면결정을 받지 못하였다고 하더라도 증자대금이 투입된 사업에서 발생한 소득 전부를 감면대상사업 과세표준에 포함시켜야 한다고 회신(국제조세제도과-273)한 바 있다. 처분청도 감면세액 계산시 청구법인의 산출세액 전체를 감면세액 계산시 반영하여 계산하였는바, 청구법인의 경우 감면비율 계산시 일반산식을 적용하여야 하므로 다시 감면세액 계산시 비감면사업소득을 제외시키면 중복하여 감면세액이 축소되는 문제가 발생하기 때문이다. 또한, 처분청이 구분경리와 소득구분계산서를 작성하여 감면대상 사업소득을 계산하여야 한다고 한 것은 쟁점산식을 적용하기 위해서는 반드시 소득구분이 되어야 한다는 것을 설명한 것일 뿐이다.

(4) 청구법인은 기획재정부 유권해석 및 기존 처분청의 경정청구 인용에 따라 이 건 법인세 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 이는 대외적인 구속력을 갖는 행정규칙이라 할 수 없을 뿐 아니라, 행정규칙에 불과한 예규는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 아니하므로 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

당초 외국인 투자에 대한 법인세 감면사업을 영위하던 법인이 조세감면 결정을 받지 못한 증자액을 감면사업에 사용한 경우 감면비율을 과다하게 산정한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에 의하면, 청구법인은 2002.8.1. 외국인투자자본금 OOO원 및 내국법인 자본금 OOO원 합계 OOO원의 자본금을 출자하여 설립되어 2002.7.15. 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업으로 등록되었고, 2003.7.15.

「조세특례제한법」 제121조의2

에 의하여 고도기술수반 외국인투자에 대한 법인세 등의 조세감면결정을 받았는바, 최초로 소득이 발생한 2005사업연도의 개시일부터 7년 이내에 끝나는 사업연도까지 감면대상세액의 전액을, 그 다음 3년 이내에 끝나는 사업연도에는 감면대상세액의OOO에 상당하는 세액을 감면받도록 되어 있으며, 2004사업연도 및 2010사업연도 중 각 OOO원 및 OOO원의 외국인투자자본금을 유상증자하여 별도의 조세감면결정을 받지 아니한 채 종전의 감면사업에 계속하여 사용한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2002.8.1. 법인설립시의 초기 자본금 OOO원에 대하여 조세감면결정을 받아 동 자본금에서 최초로 소득이 발생한 2005사업연도부터 향후 7년간 법인세 등 감면대상세액 전액을 감면받도록 되어 있으므로 증자한 쟁점외자에 대하여 감면결정을 받지 못했다고 하더라도 처분청의 의견처럼 일반산식을 적용하여 ⑦ 감면비율을 산출하게 되면 기존의 감면세액이 축소될 수 있어 불합리해 보이는 점, 쟁점외자를 전액 감면대상사업에 사용하였으므로 쟁점외자에 대하여 조세감면결정을 받지 못하였다 하더라도 쟁점외자가 투입된 사업을 감면대상사업으로 분류하는 것이 타당해 보이는 점, 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 통해 감면사업을 영위할 경우에 일반산식을 적용하게 되면 비감면사업의 소득은 쟁점계산서의 ② 감면대상사업 과세표준금액에서 제외되어 있음에도 ⑦ 감면비율이 낮아져 감면세액이 중복.축소되는 문제점을 해결하고자 2001.12.22. 「법인세법 시행규칙」을 개정하여 비감면사업을 영위하는 외국인투자기업이 증자를 하는 경우에 쟁점산식을 적용할 수 있도록 한 것으로 보이는바, 청구법인의 경우 유상증자 자본금인 쟁점외자를 감면사업에 사용하였으므로 위 규정의 개정취지로 보아 쟁점외자에서 발생한 소득을 ② 감면대상사업 과세표준금액에 포함하고, ⑦ 감면비율의 계산에서도 쟁점산식을 적용하여야 할 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점외자를 종전 자본금과 동일한 감면사업에 투자하였으므로 증자분에서 발생한 소득과 종전 자본금에서 발생한 소득에 대해 구분경리하기에 어려움이 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 과다하게 산정한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 처분 내역

＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)

제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

2.

「외국인투자촉진법」 제18조

의 규정에 의한 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 영위하는 사업

3. 기타 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령이 정하는 사업

②

「외국인투자촉진법」 제2조

제1항 제6호의 규정에 의한 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 감면하되, 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 7년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정함에 있어서 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업을 제외한다)과 합병하여 당해 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 때에는 합병전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑧ 재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

부칙 ＜법률 제7003호, 2003.12.30.＞

제27조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면 등에 관한 적용례) 제121조의2 및 제121조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 조세감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.

제40조(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 제121조의2의 규정에 의하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있던 외국인투자에 대하여는 제121조의2 제2항 본문ㆍ제4항제1호 본문ㆍ제2호 본문ㆍ제5항 제2호 본문 및 제3호 본문의 개정규정에 불구하고 당해 감면기간 동안 종전의 규정을 적용한다.

(2) 법인세법 시행규칙(2013.2.23. 재정경제부령 제325호로 개정된 것)

별지 제8호 부표4 ‘공제감면세액계산서(4)’