조심 2014중4837 (2014.12.09)

OOO세무서장이 2014.5.30. 청구종중에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구종중은 2006.11.9. 처분청으로부터 「국세기본법」 제13조 제2항에 따라 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 종중(고유목적사업 : 종중의 보전, 분묘수호, 재산관리, 시제)으로, 2011.1.7. 경기도 OOO 소재 임야 14,536㎡(선조들의 묘를 모시는 종중의 선산으로 사용한 토지로 1935.6.10. 취득하였으며, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 OOO에 OOO원에 양도하고, 2011.3.18. 청구종중의 등기부상 등록번호(111111-3****15)로 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다가, 2014.3.25. 청구종중이 법인으로 보는 단체로서 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 비영리법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 사용한 고유목적사업용 자산의 양도로 인한 소득은 과세가 제외된다는 사유로 기납부한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 나. 처분청은 2014.5.30. 청구종중을 1거주자에 해당한다고 보아 위 경정청구를 거부하였다. 다. 청구종중은 이에 불복하여 2014.8.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구종중 주장 및 처분청 의견 가. 청구종중 주장 청구종중은 2006.11.9.에 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 이후 처분청으로부터 승인취소 통지를 받은 사실이 없으나, 처분청은 쟁점토지의 양도에 대해 청구종중을 1거주자에 해당하는 것으로 보아 청구종중의 경정청구를 거부하였는바, 이는 「국세기본법」 제13조 에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하는 경우, 해당 양도차익은 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것임에도 불구하고 처분청이 청구종중을 「소득세법」상 1거주자로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 비영리법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 사용한 고유목적사업용 자산의 양도로 인한 소득은 과세제외되는 것으로, 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인의 토지 및 건물 양도 과세여부는 청구종중이 비영리법인으로 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였는지, 1거주자로 사용하였는지 현황을 종합적으로 판단하여 결정하여야 할 것인바, 이 건은 개인종중이 납부한 양도소득세에 대한 환급 경정청구로서 양도대금 사용내역으로 보아 법인으로 승인받은 단체에 귀속되지 않았으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 청구종중을 1거주자로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 일부개정되기 전의 것) 제13조【법인으로 보는 단체】① 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것 2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. 1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것 2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것 3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 ③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. ⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. ⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다. ⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23592호로 일부개정되기 전의 것) 제8조【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 1. 단체의 명칭 2. 주사무소의 소재지 3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 4. 고유사업 5. 재산상황 6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 7. 그 밖에 필요한 사항 ② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다. ③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 「법인세법」 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (3) 국세기본법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제262호로 일부개정되기 전의 것) 제5조의2 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인등】① 영 제8조 제1항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인신청은 별지 제6호 서식의 법인으로 보는 단체의 승인신청서에 의한다. ② 영 제8조 제2항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인 여부 통지는 별지 제6호의2 서식에 따른다. ③ 영 제8조 제4항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인 취소의 통지는 별지 제6호의3 서식에 따른다. (4) 법인세법(2011.12.31. 법률 제11128호로 일부개정되기 전의 것) 제1조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 가. 「민법」 제32조 에 따라 설립된 법인 나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다) 다. 「국세기본법」 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입 7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 제112조의2를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. 제110조 【비영리법인의 수익사업 개시신고】비영리내국법인과 비영리외국법인(국내사업장을 가지고 있는 외국법인만 해당한다)이 새로 수익사업(제3조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업만 해당한다)을 시작한 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 다음 각 호의 사항을 적은 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업과 관련된 재무상태표와 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (5) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 일부개정되기 전의 것) 제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (6) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 일부개정되기 전의 것) 제2조【납세의무】③ 「국세기본법」 제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 거주자 또는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 제110조【양도소득과세표준 확정신고】① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구종중은 2001.3.1. OOO(111111-314****)에서 OOO(111111-315****)로 명칭과 종중등록번호가 변경되었고, 2006.11.9. 「국세기본법」 제13조 제2항에 따라 처분청(분서전 OOO세무서장)으로부터 법인으로 보는 단체로 승인(고유번호:137-82-6****)을 받았으며, 그 이후 승인취소통지를 받은 사실이 없는 것으로 나타난다. 또한, 청구종중은 수익사업을 영위하고 있지 아니하고, 쟁점토지를 취득하여 양도할 때까지 청구종중의 고유목적사업인 선조들의 묘를 모시는 종중의 선산으로 사용하다가 양도하였으며, 이에 대하여 처분청과 청구종중간 다툼이 없고, 청구종중의 정관에 의하면 청구종중은 선조의 분묘 관리, 제향(시제)등을 목적으로 하고 있는 것으로 나타난다. (2) 처분청이 제시한 경정청구검토서 등 심리자료에 의하면, 청구종중과 관련이 있다고 보이는 사업이력, 청구종중이 쟁점토지의 양도대금으로 사용한 내역, OOO(137-16-5****)의 2009년∼2013년 부가가치세 및 종합소득세내용 및 쟁점토지에 대한 양도대금 수령 내역은 아래 ＜표1＞～＜표4＞와 같고, 처분청은 양도대금 수령 및 사용내역 등에 기초하여 청구종중이 쟁점토지의 양도와 관련하여 실질적인 주체로 볼 수 없다는 이유로 1거주자에 해당한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. ＜표1＞ 청구종중과 관련이 있다고 보이는 사업이력 * OOO(종중사무실)은 1거주자인 종중명의로 수익사업을 영위하였고, 종합소득세를 1거주자인 명의로 신고하였음 ＜표2＞ 청구종중이 쟁점토지의 양도대금으로 사용한 내역 (단위 : 천원) ＜표3＞ OOO(137-16-5****)의 2009년∼2013년 부가가치세 및 종합소득세내용 (단위 : 천원) ＜표4＞ 쟁점토지에 대한 양도대금 수령 내역 (단위 : 천원) * 계약금과 중도금은 무통장 입금되었고, 무통장 입금표 기록사항에 쟁점토지를 매수한 (주)OOO과 OOO가 기재되어 있음 (3) 「국세기본법」 제13조 제1항은 법인 아닌 단체 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체 또는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 제1항에 따라 법인 아닌 단체 중 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하며, 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유.관리하고, 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것이라는 요건을 모두 갖춘 단체로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제8조 제2항 및 제4항은 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 하고, 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다고 규정하고 있다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」 제13조 및 같은 법 시행령 제8조 등에서 그 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 등 일정 요건을 갖춘 법인 아닌 단체가 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 경우 법인으로 보고, 승인을 얻은 단체가 위 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다고 하면서 법인으로 보는 단체의 승인취소는 승인취소통지서에 의한다고 규정하고 있고, 행정청이 행한 행정행위의 의미를 해석함에 있어서는, 행정행위 또는 그 전제가 된 상대방 당사자의 신청행위 등의 문언 내용과 함께, 행정행위의 목적, 행정행위가 행하여진 경위, 당사자들의 이해관계 등을 종합적으로 참작하여야 할 것(대법원 2013.7.12. 선고 2012두20571 판결, 같은 뜻임)인바, 청구종중은 2006.11.9. 법인으로 보는 단체로 승인통지를 받은 이후 그 승인취소통지를 받지 아니하였으므로 쟁점토지를 처분(양도)한 2011.1.7. 현재 법인에 해당하는 점, 쟁점토지의 양도 당시 법인종중의 실체가 있었던 점, 계약금과 중도금은 개인종중인 상태에서 받고 잔금은 법인으로 보는 종중인 상태에서 받았으나, 쟁점토지 양도소득에 대한 납세의무는 양도일을 기준으로 판단함이 타당한 점, 청구종중의 경우 쟁점토지의 양도대금을 대부분 종중을 위해 사용하고 수익을 구성원에 배분한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 청구종중은 ‘법인으로 보는 단체’ 승인통지를 받은 날부터 그 승인취소통지를 받기 전까지는 법인으로 보는 단체에 해당한다 할 것이므로 청구종중을 1거주자로 보아 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.