조심2012구2475 (2014.10.08)

OOO이 2011.3.22. 청구법인에게 한 2005사업연도 법인세OOO원의 부과처분에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 특수관계자인 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 등 3개사 및 비특수관계자인 OOO, OOO 등 13개 법인 등(이들을 합하여 “쟁점수급인”이라 한다)과 공사도급계약을 체결하여, OOO 신설 외 45건의 공사를 진행하던 중 참여시공사의 일용건설노동자로 결성된 건설노조의 파업(이하 “쟁점파업”이라 한다)으로 OOO일간 공사가 중단되었으나, 청구법인은 쟁점파업이 지체상금 면제사유에 해당되는 것으로 보아 쟁점수급인에 대한 지체상금을 청구하지 아니하였고, 임시투자세액 공제대상 총투자비를 형태별·인식시점별로 구분하여 ㉮ 설비공급계약에 의하여 청구법인이 취득하는 ‘설비비’와, ㉯ 도급공사계약에 의하여 시공업체가 시공하는 ‘공사비’, ㉰ 사급자재비, 건설인건비, 경비 등 각종 부대비용인 ‘건설부대비’로 나누어 설비비는 청구법인에게 인도되어 지불의무가 확정된 시점에, 공사비는 공사진도에 따라 청구한 기성고로서 지불의무가 확정된 시점에, 건설부대비는 회사의 지불의무가 확정된 시점에 투자금액으로 인식하여 이를 「조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 시행령」제23조 제3항 및 제4조 제3항의 규정에 따라 작업진행률을 적용하여 임시투자세액공제를 신청하였으며, 청구법인의 제철소용 및 발전소용 OOO의 안정적 공급을 위해 OOO내 OOO 시설을 건설하고, 이 중 기계장치로 분류된 시설 가운데 ‘OOO 이용계약’에 따라 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)에게 임대하고 있는 기화기, 저장탱크 등을 제외한 시설의 투자비용 OOO원에 대하여 임시투자세액공제를 받았다.

나. 처분청은 쟁점파업이 지체상금 면제사유에 해당되지 아니하는 것으로 보아 청구법인과 쟁점수급인간의 도급계약인 시설공사계약 일반약관에 따라 산출한 지체상금 OOO원(특수관계자 지체상금 OOO원, 비특수관계자 지체상금 OOO원, 이하 “쟁점지체상금”이라 한다)의 면제행위를 채권의 부당한 포기로 보아 쟁점지체상금 중 특수관계자 해당분은 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입하고, 비특수관계자 해당분은 접대비로 보아 한도초과한 금액을 손금부인하였으며, 청구법인이 각 사업연도의 임시투자세액공제 대상 투자금액을 작업진행률에 의하여 계산하지 아니하고, 지출기준으로 투자금액을 계산한 것으로 보아, 청구법인이 실제 지출한 금액(선급금 차감)을 임시투자세액공제대상 투자금액으로 보아 임시투자세액공제액을 재계산하였으며, 청구법인이 임시투자세액공제를 받은 OOO 시설 중 청구법인의 물량을 처리함과 동시에 OOO로부터 이용료를 받고 OOO의 물량을 처리해 주는 시설(이하 “OOO 공용설비”라 한다)과 청구법인이 OOO만의 용도로 관리해주고 OOO로부터 대가를 받는 가스 송출설비 및 송출량 계측설비(이하 “OOO 전용설비”라 하고, OOO 공용설비 및 OOO 전용설비를 합하여 “쟁점설비”라 한다)는 감면세액의 추징에 관한 조세특례제한법제146조에서 규정한 ‘당해 자산을 처분한 경우(임대를 포함)’에 해당한다고 보아 ‘OOO 공용설비’에 대하여는 청구법인과 OOO 20년간 이용비율을 추정하여 OOO%를, ‘OOO 전용설비’에 대하여는 그 전부를 추징대상으로 보아, 2011.3.22. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 과세전적부심사결정서를 통지하기 전에 부과처분을 한 것은 납세고지전 권리구제제도를 규정한「국세기본법 시행령」제63조의14 제4항을 위반한 처분으로 취소되어야 하고, 과세전적부심사결정서가 송달되어 절차적 하자가 치유된 것으로 볼 경우 동 결정서 수령일로부터 90일 이내에 제기된 심판청구로써 2005사업연도 법인세 부과처분과 관련한 이 건 청구는 본안심리 대상이다.

(가) 과세전적부심사청구 제도는 「국세기본법」제81조의5 및 납세자권리헌장에 의하여 보장되는 중요한 납세자의 권리중의 하나로서, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사청구 절차를 부여하지 아니한 것은 부당한 과세로서 취소 사유에 해당되고, 또한 과세관청에 의해 과세전적부심사가 적법하게 받아들여진 이후에는, 관할세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 「국세기본법」제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 및 같은 조 제7항에 따른 신청이 있는 경우를 제외하고는 그 청구부분에 대한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 할 수 없으며, 만일 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사 기회를 부여하였다 하더라도 관할세무서장·지방국세청장 또는 국세청장이 과세전적부심사 청구에 대한 결정없이 부과할 수 있는 사유가 발생하지 아니하였음에도 불구하고 과세전적부심사 청구에 대한 결정이 없이 국세를 부과하는 것은 법이 정한 납세자의 권리를 명백하게 침해한 부당한 처분으로서 원칙적으로 위법하여 취소사유에 해당되는바, 청구법인의 쟁점③, ④ 부분 중 2005사업연도분 법인세는 첫째, 청구법인은 국세의 체납, 강제집행 등 납기전징수의 요건 중 어느 하나에도 해당되지 아니하고, 둘째, 휴·폐업 등 「법인세법」에서 규정하는 수시부과 사유 중 어느 하나에도 해당되지 아니하며, 셋째, 청구법인은 「조세범처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분을 받은바 없으며, 넷째, 세무조사결과통지일로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 121일(2010.11.30.～2011.3.31.)로 3개월을 초과하므로 동 요건에도 해당되지 아니하고, 마지막 요건인 「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우에도 해당되지 아니하는 등 과세전적부심사청구 결정전에 과세할 수 있는 그 어느 요건에도 해당되지 아니하여 과세전적부심사청구 결정전에 행한 2005사업연도분 부과처분은 위법하고, 설사 납세고지가 유효하다고 하더라도 납세자가 적법하게 과세전적부심사청구를 하고, 그 심사결과가 납세자의 권익을 보호하는 쪽으로 나올 것을 믿고 기다린 납세자의 불복기회마저 박탈할 수는 없는 것인바, 2005사업연도분에 대한 적법한 과세전적부심사청구 결정을 기준으로 불복절차를 진행하려는 것조차 잘못이라는 처분청의 주장은 기존 심판결정례 및 심사결정례와 상충됨은 물론 신의칙 측면에서도 타당하지 아니하다.

(나) 한편 부과처분의 하자와 별개로, 불복기간의 기산일에 관하여 국세청의 심사결정례는 과세전적부심사청구를 이의신청에 의한 불복청구로 보거나OOO, 부과처분 전에 제기된 과세전적부심사청구에 대하여 부과처분 후에 이를 유지한다는 의미의「불채택」결정은 실질적 의미의 재결처분으로 보아OOO과세전적부심사 결정통지서를 수령한 날부터 심사청구기간을 기산하도록 하고 있고, 심판결정례 또한 “…처분청이 과세전적부심사결정서를 통지하기 전에 과세처분을 한 것은 납세고지전 권리구제제도를 규정한 위 「국세기본법」을 위반한 처분에 해당한다(조심 2008중2922, 2009.10.15., 같은 뜻임). 그러나 이 건 처분을 부적법한 처분으로 보아 취소하는 경우 처분청은 이미 이 건 과세전적부심사청구를 기각결정 통보하였고, 이 건은 부과제척기간 이내로서 처분청은 같은 내용의 과세처분을 다시 할 수 있는 점에 비추어 볼 때, 이 건 처분은 과세전적부심사 결정서가 송달된 2012.2.2. 위와 같은 절차적 하자가 치유된 것으로 봄이 합리적이라고 판단된다”면서 “…과세처분의 효과는 하자가 치유된 날부터 발생하고, 이에 대한 불복청구는 과세전적부심사결정서 통지일을 기산일로 하여 제기하여야 하는바, … 과세전적부심사결정서 송달일부터 90일 이내 청구되어 적법한 심판청구로 판단된다”고 판시(국심 2012중2669, 2013.1.23.)하였는바, 이는 적법한 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전에 처분청이 고지서를 송달한 경우로서 “채택 결정”된 쟁점은 그 결정내용대로 과세를 취소함으로써 납세자의 권리를 구제하고, “불채택 결정”된 쟁점은 그 통지서를 수령한 날에 절차상의 하자가 치유된 것으로 보아 심판청구를 할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리가 부당하게 침해되지 않도록 하겠다는 취지로,「국세기본법」제81조의15 과세전적부심사제도의 도입취지 및 국세청 및 심판결정례 등에 비추어 볼 때, 과세전적부심사 결정통지일에 적법한 과세처분이 있었던 것으로 보아, 과세전적부심사 결정통지서를 수령한 날로부터 심판청구기한을 기산하여 제출한 이 건 심판청구는 적법한 청구로 본안심리하는 것이 타당하다.

(2) 건설노조의 파업으로 공기가 지연된 것에 대하여 시설공사계약 일반약관에 따른 지체상금을 받지 않은 것은 기업경영 및 사회통념에 비추어 볼 때 경제적 합리성을 갖춘 의사결정행위로서 부당행위계산 부인대상 또는 접대비에 해당되지 않는다.

(가) 「법인세법」제52조에서 규정하고 있는 부당행위계산의 부인규정은 그 행위의 거래조건만을 놓고 판단할 것이 아니라, 거래행위에 이르게 된 동기나 그 경제적 상황을 구체적이고도 종합적으로 관찰하여 판단하여야 하는 것으로서, 그 거래행위가 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 경우에만 부당성이 인정된다 할 것인바, 이 건 지체상금 면제는 다음과 같은 사유로 부당성을 결여한 것이 아니라, 기업경영과 대·중소기업 간의 상생협력이라는 차원에서 경제적 합리성을 갖춘 의사결정행위로, 이 건 건설공사는 “청구법인(발주사) → 원청사(쟁점수급인) → 1차 하도급자(전문건설업체) → 2차 하도급자(단종면허업체) → 시공참여자”로 이어지는 다단계 하도급구조의 공사로서, 불법파업을 일으킨 건설노조의 구성원인 노조원들은 시공참여자에 의하여 고용된 “일용 건설노동자들”인바, 이들은 파업과정에서 “임금인상, 주 5일 근무 실시, 외국인노동자 고용제한” 등 자신들의 주장을 관철하기 위하여 노동쟁의 상대방이 아닌 청구법인의 본사를 9일간 점거하고 기물을 파손하고 공사현장의 대체인력투입을 방해하는 등의 불법행위를 자행하였으며, 이들 건설노조의 청구법인 본사건물 점거로 청구법인 등이 입은 직접적인 피해액은 OOO원으로 추산되고, 간접적인 기회손실액까지 포함할 경우 청구법인의 경우에만 아래의 〈표1〉과 같이 약 OOO원으로 추산되었다.

〈표1〉건설노조 파업에 따른 직접적인 피해금액

(나) 파업이 끝난 후 수급인들에게 지체상금을 청구할 경우 수급인은 1차 하도급자에게, 1차 하도급자는 2차 하도급자에게, 2차 하도급자는 시공참여자에게 각각의 도급계약 내용에 따라 연쇄적으로 지체상금을 청구할 수 밖에 없게 되고, 이 경우 불법파업에 참가한 일용건설노동자들이 다시 파업을 일으킬 요인으로도 작용할 수 있는 상황이었는바, 불법적인 파업으로 인한 청구법인 등의 직접적인 피해금액이 총 OOO원인데 비하여 청구법인이 수급인들로부터 받아야 할 지체상금은 그 1/15인 OOO원에 불과하고, 추가적인 파업으로 인한 손실을 미연에 방지하기 위하여, 지체상금 면제의 혜택이 최종적으로는 시공참여자(파업한 일용건설노동자들의 고용주)에게 돌아가도록 수급인들로부터 지체상금을 받지 않은 것은 기업경영 및 사회통념에 비추어 볼 때 경제적 합리성을 갖춘 행위로, 청구법인의 지체상금 면제행위는 궁극적으로는 영세기업인 시공참여자와의 상생협력이라는 대승적 차원에서 이루어진 행위로도 볼 수 있다.

(다) 청구법인이 수급인과 체결한 계약으로서, 수급인 → 1차 하도급자 → 2차 하도급자 → 참여시공자간 계약에도 동일하게 적용되는 시설공사계약 일반약관 제13조(지체상금) 제3항에 따르면, “(ㄱ) 천재지변 등 불가항력인 사유에 의한 경우, (ㄴ) 기타 수급인의 책임에 속하지 않은 사유로 인하여 지체된 경우” 등에 해당되어 공사가 지체되었을 때에는 그 해당일수에 상당한 지체상금을 면제할 수 있고, 쟁점파업은 포항지역 일용 건설노동자로 구성된 전국플랜트 건설노조 포항지부 소속 노조원들에 의하여 행해졌고, 이들은 청구법인이나 수급인 회사의 노조가 아니라 참여시공자 노조에 속해 있었으며, 비노조원들을 공사에 투입하는 것조차 방해하였고 심지어 청구법인의 본사 건물이 노조원들에 의해 점거되는 사태에까지 이르게 된 상황은, 수급인이 통제할 수 있거나 피할 수 있는 상황이 아닌 불가항력적인 상황이거나 수급인의 책임에 속하지 않는 위 지체상금 면제사유인 위 (ㄱ) 또는 (ㄴ)의 요건에 해당된다.

(라) 청구법인이 수급인들에게 지체상금을 청구할 경우 도급계약상의 지체상금 규정의 해석을 둘러 싼 분쟁은 간신히 종결된 파업을 다시금 촉발시킬 가능성이 매우 높아, 청구법인은 불법 노조파업의 재발방지, 파업이 다시 일어날 경우 청구법인이 입게 될 피해와 영세기업인 시공참여사의 어려운 상황 등을 종합적으로 감안하여 쟁점수급인 모두에 대해 동일한 조건으로 지체상금을 면제해 주었는데, 이러한 지체상금 면제효과의 실질적인 효익은 모두 청구법인과 특수관계가 없는 시공참여자에게 주어진 것으로 특수관계자에게 부당하게 이익을 분여할 목적하에 이루어진 것이 아니고, 설령 청구법인이 지체상금을 받을 권리가 발생한 것으로 본다고 하더라도, 채권의 일부를 포기하거나 면제한 행위에 “객관적으로 정당한 사유가 있는 때”에는 동 채권포기액을 접대비로 보지 아니하고 전액 손금에 산입하도록 규정하고 있고(「법인세법」기본통칙 19의 2－19의 2…5 단서), 지체상금을 면제하게 된 경위와 청구법인이 도급계약을 맺은 모든 건설사에 대해 동일하게 지체상금을 면제한 사실과 수급인에게 지체상금을 면제해 준 행위의 효익이 종국적으로는 시공참여자에 미친 사실 등을 종합해 보면, 쟁점지체상금 가운데 특수관계 없는 수급인으로부터 받지 않은 것이 접대비 시부인 대상에 해당된다고 보는 것은 위법·부당하다.

(마) 영리기업의 행위가 합리적인 의사결정에 기인한 것인지를 특정거래에서의 이윤만으로 따진다면 “대기업과 중소기업 간 또는 위탁기업과 수탁기업간에 기술, 인력, 자금, 구매, 판로 등의 부문에서 서로 이익을 증진하기 위하여 하는 공동의 활동”인 ‘상생협력’이라는 개념도 성립할 수 없을 것이며, 수급인에게 지체상금을 요구할 경우 연쇄적인 분쟁과 이로 인한 소송 발생이 장기간 이어질 것이 불을 보듯 뻔한 상황 하에서 원활한 공사진행을 위해 지체상금을 면제해 주는 것이 청구법인으로서는 오히려 최선의 합리적인 선택이었고, 청구법인이 받은 법률자문 중 법무법인 한얼의 견해는 “지체상금은 「민법」상 이행지체에 대한 손해배상액이며, 이행지체는 채무자에게 귀책사유, 즉 고의 또는 과실이 있을 것을 요건으로 하고 있는바, 이 건 건설노조 파업은 수급인의 고의나 과실에 기한 것이 아니므로 불가항력적인 사유에 해당된다”고 표명하고 있고, 처분청이 제시한 기존 대법원 판례의 내용은 청구법인의 사례가 “불가항력에 해당되는지”와는 무관한 것들이며, 청구법인이 수급인과 체결한 계약내용 중 불가항력인 사유의 하나를 “천재지변 등”이라고 규정하여 지체상금을 물어야 할 수급인으로서는 통제불가능한 불법파업도 “천재지변 등”에 포괄적으로 포함되어 해석될 여지를 두고 있으며, 또, 국제적인 거래에서 널리 사용되는 ICC 표준국제매매계약서는 불가항력의 범위에 ‘파업’을 포함하고 있는 점 등을 종합해 보면, 불법적인 산별노조 파업이 수급인의 ‘불가항력’ 또는 ‘수급인의 책임에 속하지 않은 사유’에 해당되어 수급인에게 책임을 묻기가 어렵다는 사실을 쉽게 알 수 있다.

(바) 또한 처분청은 특수관계자가 아닌 수급인으로부터 지체상금을 받지 않은 것은 불가피하게 채무를 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유가 없어 경제적 합리성이 결여되었으므로 접대비에 해당된다고 주장하고 있으나, 청구법인은 청구법인의 본사건물이 파업노동자에게 점거 당하는 사태에까지 이르는 등 사회적인 문제가 된 상황을 수습하는 과정에서 원활한 공사진행과 또 다시 파업이 일어날 불씨를 없애는 차원에서 모든 수급인에게 동일하게 지체상금을 면제해 준 것이야 말로 세법상 ‘정당한 사유’에 해당될 뿐만 아니라, 수급인을 ‘접대’한 것으로 의제할 수는 없는 것이다.

(3) 임시투자세액공제를 적용받기 위하여 청구법인이 산정한 각 사업연도의 투자금액은 작업진행률에 의하여 적법하게 산출된 것이다.

(가) 임시투자세액공제대상 투자금액의 계산시 준용하도록 규정하고 있는 조특법 시행령 제4조 제3항은 조특법 제5조의 중소기업투자세액공제 대상 투자금액 산정을 하기 위한 규정으로서, 중소기업투자세액공제는 투자가 2개 이상 사업연도에 걸쳐 이루어지는 경우 각 사업연도마다 투자한 금액을 조기에 세액공제 받을 수 있도록 허용하고 있는데, 이 경우 매사업연도 공제대상 투자액은 ㉠「법인세법 시행령」제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 ㉡ 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액에서 ㉢직전 사업연도 이전에 공제받은 금액을 차감하여 계산[Max(㉠,㉡)-㉢]하도록 하고 있는데, 투자가 2개 사업연도 이상 진행되는 경우 투자가 완료되기 이전 사업연도의 투자세액공제 대상 투자금액을 산정하기 위한 개산규정인 바, 만일 당해 사업연도 중에 투자가 완료되었다면 투자 완료시점까지 지급의무가 확정된 투자금액을 기준으로 세액공제액을 산정하게 될 것이다.

(나) 2005.12.31. 투자분까지 적용되던 구 임시투자세액 공제제도는 중소기업투자세액공제와 마찬가지로 투자완료 사업연도 또는 투자 사업연도 중에서 선택하여 세액공제를 받을 수 있었으므로, 투자가 2개 사업연도 이상 진행되는 경우 투자한 당해 사업연도의 임시투자세액 공제대상 투자금액을 계산하기 위한 목적에서 조특법 시행령 제4조 제3항의 준용규정이 도입된 것으로 볼 수 있으나, 정부는 이와같은 임시투자세액공제 제도하에서도, 법령해석OOO을 통하여 임시투자세액공제 적용기간 종료일 현재 투자가 진행 중인 경우, 개정 부칙에 따라 해당 연도 12.31.에 투자가 종료된 것으로 보아 임시투자세액 공제를 적용받도록 하였으며, 2006.1.1. 이후 투자하는 분부터는 이와 같은 취지로 임시투자세액공제 제도 자체를 개정함으로써, 투자가 2개 사업연도 이상 계속하여 이루어지더라도 ‘투자가 이루어지는 각 연도’별로 임시투자세액공제를 적용받아야만 하고, 최종 투자가 완료된 연도에 총 투자액을 정산하여 공제받는 조특법 시행령 제4조 제3항의 투자금액 계산규정은 적용될 수가 없게 되었다.

(다) 이처럼 변경된 임시투자세액공제 규정에 따르면, 청구법인처럼 사업연도 종료일이 12.31.인 법인의 경우 12.31. 현재 지급의무가 확정된 금액(총투자금액)은 조특법 시행령 제4조 제3항의 준용규정에 불구하고 임시투자세액공제 연장적용 기간별로 투자한 금액에 대해 해당 사업연도에 임시투자세액공제를 적용받을 수밖에 없어, 조특법 시행령 제4조 제3항의 투자금액 계산규정은, 해당 연도 1.1.～12.31.까지 투자한 금액을 사업연도 종료일이 3.31. 또는 6.30., 9.30. 등 청구법인처럼 사업연도 종료일이 12.31.이 아닌 법인들의 투자금액 안분시에나 적용될 수 있는 것으로 바뀌었다.

(라) 가사, 조특법 시행령 제4조 제3항의 규정을 적용하더라도, 청구법인의 임시투자세액공제 대상 투자금액은 「법인세법 시행령」제69조 제2항의 규정의 작업진행률에 위배됨 없이 산정되었는데, 즉 「법인세법 시행규칙」에서 규정하고 있는 “작업진행률”의 계산방법은 건설의 경우, ① 총공사비 누적액 / 총공사예정비에 대한 비율, ② 작업시간, 작업일수 또는 기성공사 면적이나 물량 등에 의한 비율을 선택하여 계산할 수 있으며, 건설 이외의 경우에도 위의 방법을 준용하여 계산하도록 명시하고 있고(「법인세법 시행규칙」제34조 제1항 제2호), 청구법인의 당해 사업연도에 발생한 투자비 인식기준 및 구체적인 작업진행률 적용 내용은 아래와 같다.

(마) 청구법인은 당해 사업연도에 투자한 금액 중 ‘설비비’와 ‘건설부대비용’의 경우 동 규정에 따라 당해연도에 지급의무가 확정된 금액을 기준으로 총투자비로 인식하였고, ‘공사비’는 ‘도급자인 시공업체가 공사진도율에 따라 신청(시공업체와 감리업체가 세부공사 항목별 투입물량을 기준으로 매일 공사작업 일보를 작성 및 확인하고, 매월말 시공업체는 공사작업 일보에서 관리된 작업진도율을 근거로 기성을 요청)하고, 청구법인이 확인한 기성금액에 대하여 청구법인은 지급의무가 확정된 금액’을 기준으로 산정하였는바, 이는 “시행사인 청구법인이 확인한 기성고 증명은 동 기성증명이 공사의 실제 기성부분과 부합하고, 그 기성부분에 대하여 공사대금이 청구되어 그 대금의 지급이 확정되는 등 충분히 신뢰할 수 있는 경우에는 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율인 작업진행률로 인정할 수 있도록”하고 있는 기업회계 측면과도 일치하여, 청구법인은 「법인세법」에서 규정한 작업진행률 계산방법인 총공사예정비에서 당해연도말까지 투입된 총공사비(누계액)를 기준으로 작업진행률을 계산하고, 이에 총공사예정비를 곱하여 투자금액을 계산하였는바, 이는 「법인세법 시행령」제69조 제2항에 의하더라도 적정하게 투자금액을 계산한 것으로서 조특법 시행령 제4조 제3항 규정에도 위배됨이 없다.

(바) 더구나 청구법인이 적용해 온 투자금액 계산방식은 처분청이 청구법인의 2000사업연도분에 대한 임시투자세액공제 금액 경정결정시와 청구법인의 2001～2004사업연도 투자분 임시투자세액공제 경정청구에 대한 처분청의 경정결정시 적용한 투자세액 계산방식과 동일한 방식인 바, 처분청이 기존의 과세원칙을 스스로 부인하고 실제 지출기준에 따라 부과처분한 것은 부과처분의 위법성을 따지기에 앞서 「국세기본법」상 신의성실의 원칙에도 반하는 처분이고, 처분청은 청구법인이 투자금액 계산을 작업진행률에 따라 계산하지 아니하였다는 의견이나, 작업진행률을 계산함에 있어 “총예정투자비”는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말하고, “총투자비”는 당해 사업별로 투자원가의 구성요소를 포함하도록 하고 있는 바(「법인세법」기본통칙 40-69…3 참조), 청구법인은 작업진행률을 적용함에 있어 “설비비, 공사비, 건설부대비용”에 대해 “설비비 및 건설부대비용”은 인도 또는 용역제공 등에 따라 지급의무가 확정되어 세금계산서를 수취한 금액을, “공사비”는 기존 국세청의 유권해석OOO과 같이 수급자의 작업진행률에 따라 청구한 기성고에 의해 지급의무가 확정되어 세금계산서를 수취한 금액을 투자금액으로 인식하고 있음에 비추어 볼 때 처분청의 이와 같은 의견은 사실과 다르다.

(사) 기존 심판결정례(국심 2007중926, 2007.12.21.)는 “작업진행률의 산정에 있어서 「법인세법 시행규칙」제34조의 규정에 의한 총공사예정비를 적용하지 아니하고 실제 발생된 총공사원가를 임의로 적용한 것은 조세법규를 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것에 해당하여 허용될 수 없다(대법원 2000.12.1. 선고 98다63278 판결, 같은 뜻)”며, 작업진행률을 처분청이 자의적으로 적용하는 것을 엄격히 규제하고 있음에도 불구하고, 처분청은 현행 법령체계가 적용되기 전인 1990년에 생산된 OOO의 예규(공사비는 시공업체의 작업진행률을 기준으로 투자금액을 계산하여야 함, OOO)와 청구법인이 계산한 작업진행률과 시공업체의 작업진행률이 서로 다른 점 등을 근거로 청구법인이 작업진행률에 의하여 계산한 투자금액을 부인하고 실제지출 금액 기준을 적용하여 임시투자세액 공제대상 투자금액을 일방적으로 산정하였는바, 이는 직전 사업연도분 경정시 청구법인에게 적용하였던 투자금액 계산방식을 자기 스스로 부인한 것일 뿐만 아니라, 청구법인이 투자금액 계산시 적용한 작업진행률 계산에 잘못이 있다면 이를 바로 잡아 재계산하면 될 것이지, 청구법인의 작업진행률 적용을 부정하고 현금지출 기준으로 투자금액을 재계산한 것이야말로 조세법규를 합리적 이유 없이 확장 또는 유추해석하는 것에 해당하여 허용될 수 없다 할 것이다.

(아) 더구나 처분청은 2005사업연도의 실제 지출기준에 따른 투자세액공제 대상금액 계산시, 2004년도 투자가 완료된 분 중 2005사업연도에 실제 지출된 OOO원을 실제 투자금액에 포함하지 아니하였고, 처분청은 이에 대하여 2004사업연도분의 경우 국세의 부과제척기간이 만료되어 2005사업연도 투자금액 결정시 2004년도 미지급금은 반영할 수 없다는 입장이나, 특정사업연도가 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 경정할 수 없다 하여 그 이후 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도의 손익을 부과제척기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니므로(조심 2008서951, 2009.12.30. 외 다수), 처분청의 계산방식에 따르더라도 2004사업연도에 투자가 이루어졌으나 미지급되어 2005사업연도에 지출이 이루어진 금액은 2005사업연도의 투자대상 금액으로 보아 경정함이 타당하다.

(4) 쟁점설비는 조특법상 감면 추징사유인 임대시설에 해당되지 않는다.

(가) 조특법 제146조가 규정하는 추징요건, 즉 청구법인이 쟁점설비를 ‘처분’하거나 ‘임대’한 경우 또한 조세법률주의에 의거 그 법문언에 따라 엄격히 해석되어야 할 것으로, ‘임대’의 의미를 처분청이 임의로 확장·유추 해석하는 것은 조세법률주의에 위반되어 허용될 수 없는 것으로 처분청은 설사 OOO의 쟁점설비 이용이 임대차가아니라고 하더라도 당초 사업목적대로 사용하지 않은 것은 추징사유에 해당한다는 의견이나, 조특법 제146조의 추징사유는 “자산을 처분한 경우(임대하는 경우를 포함)”라고 규정하고 있을 뿐이므로, 청구법인이 쟁점설비를 직접 점유, 관리하면서 본래의 용도인 OOO의 하역, 저장, 기화, 송출에 사용하면서 잉여시간을 이용하여 OOO의 물량도 처리하여 주고 있는 것은 이에 해당하지 않고, 더욱이 처분청이 제시한 예규OOO는 이 건과 같이 청구법인이 쟁점설비를 직접 가동하면서 잉여 시간에 OOO의 물량을 병행하여 처리한 경우까지 감면요건을 위반한 것으로 판단한 것이 아니다.

(나) 임대차는 “당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정”하는 계약으로서, 임대인이 임대차 개시와 함께 임차인에게 목적물을 인도하고, 임대차가 종료되면 임차인은 목적물을 반환하도록 하여(「민법」제623조), ‘임차인에 대한 목적물의 인도’ 및 ‘임차인이 목적물을 점유하면서 사용·수익’할 것을 그 주요 요건으로 하고 있으며, ‘임차물 사용에 따른 위험’도 임차인이 부담하여야 하는바, 청구법인은 쟁점설비의 관리를 위하여 ‘OOO 공장’이라는 조직을 따로 구성하고 있고, 공장장 외 평균 35명의 청구법인 직원이 이에 소속되어 24시간 가동이 가능하도록 4조 2교대로 운영하면서, 쟁점설비의 잉여 용량으로 OOO의 물량을 처리하여 주고 처리해 준 물량에 대한 대가(수수료)를 지급받고 있는 점(이에 반하여 OOO는 직원을 상주하지도 않고 쟁점설비를 유지·관리하는 업무도 수행하고 있지 않음)과 「민법」상 임대차의 요건(임차인의 목적물 직접 점유 사용·수익 및 임차시설의 사용에 따른 위험 부담) 등에 비추어 볼 때, 「민법」제618조의 임대차 정의를 충족한다는 처분청의 주장은 도저히 납득하기 어렵고, 또한 처분청은 당초 청구법인과 OOO가 쟁점설비의 공동이용을 추진하였고, OOO가 자가소비용 직수입자 허가를 받아 청구법인의 가스공급시설인 쟁점설비를 공동이용하고 있는 것이므로 청구법인이 쟁점설비의 잉여 용량을 용역 제공하는 것으로 볼 수 없다는 의견이나, OOO 설치가 필요한 상황에서, ‘경제성 있는 적정 규모OOO의 OOO을 확보’하고 ‘적정규모 확보에 따른 잉여용량을 효과적으로 활용’할 수 있도록 청구법인이 OOO와 터미널 용량의 공동이용을 협의하고 관련 인허가를 거친 것은 당연하고도 합리적인 경영활동으로서 하등의 문제가 없으며, OOO 이용계약 중 쟁점설비 부분은 아래에서 살펴본 바와 같이 임대차의 법률관계에 해당하지 않으므로, 이를 이유로 임대차로 취급할 수는 없다〔단적인 예로, 대한송유관공사가 그 소유의 송유관을 통하여 특정 정유사의 유류를 지속적으로 수송하여 주는 경우에도 그 정유사에게 송유관을 임대한 것으로 볼 수 없는바, 청구법인이 직접 점유·관리하는 동일한 관로(쟁점설비)를 통하여 자신의 물량을 처리하면서 단지 잉여 용량을 이용하여 타 법인의 물량을 추가로 처리하는 용역을 제공한 것을 임대로 볼 수 없음은 더욱 명확하다〕.

1) OOO가 쟁점설비를 임차한 것이라면 자신이 임차한 설비를 통과하는 과정에 있는 물량에 대한 리스크를 OOO가 부담하여야 함에도, OOO 이용계약에 의하면 쟁점설비를 통과하는 과정에 있는 OOO의 ‘OOO 물량에 대한 리스크’는 청구법인이 전적으로 부담한다.

2) 처분청은 쟁점설비의 이용료 산정기준이 임대차와 유사하므로 그 시설이용료를 임대에 따른 대가로 보아야 한다는 의견이나, 이용료를 책정할 때 자산가치, 감가상각비, 이윤율을 고려하였다고 하여 이를 임대의 근거로 볼 수는 없다.

(다) 「민법」상 사용대차는 “당사자 일방이 상대방에게 무상으로 사용, 수익하게 하기 위하여 목적물을 인도할 것을 약정하고 상대방은 이를 사용·수익한 후 그 물건을 반환할 것을 약정”하는 계약으로서(「민법」제609조), 임대차와 기본적인 성격이 동일하고, 조세법규에서 ‘사실상’ 임대차를 규정한 경우에도 불구하고 대법원은 이를 임대차에 포함할 수 없다고 판시하고 있는바(대법원1992.9.25. 선고,92누3922 판결), 목적물의 인도와 같이 임대나 사용대차의 기본적인 요건조차 충족하지 못하는 본건 쟁점설비의 경우가 ‘사실상’이라는 수식어도 없는 조특법 제146조의 ‘임대’의 개념에 포함될 수 없음은 명확하다.

(라) 국세청 예규OOO는 당시 임대 토지를 비업무용으로 인정하던 상황에서, “법인이 업무용에 직접 사용하고 있는 토지 중 일부를 야간에만 주차장으로 임대하는 경우에는 비업무용부동산으로 보지 않음”이라고 명시하고 있는바, 청구법인은 쟁점설비를 직접 점유·관리하면서 이를 통하여 청구법인의 물량을 처리하고 나머지 ‘잉여시간’을 활용하였을 뿐인 경우를 쟁점설비의 ‘임대’로 볼 수 없다.

(마) 조특법 제146조에서 자산의 ‘처분’에 ‘임대’를 포함시킨 취지는 투자설비의 이용현황에 있어 쟁점설비를 양도하고 양도대가를 받는 것과 동일 설비를 임대한 후 임차료를 받는 것이 사실상 차이가 없기 때문인바, 이 건과 같이 청구법인이 쟁점설비를 직접 점유·관리하면서 이를 통하여 자신의 물량을 처리하고 다만 그 잉여 용량을 활용하여 타인의 물량을 처리하는 용역을 제공한 경우는, 쟁점설비의 이용 현황에 있어서도 실질상 양도로 볼 여지가 전혀 없는 것이므로, 이를 처분에 포함되는 ‘임대’로 봄은 조특법 제146조의 취지에도 반하고, 더구나 만약 청구법인이 쟁점설비의 잉여 용량을 활용하지 않고 방치하였다면 감면세액의 추징사유가 없다는 점은 처분청도 이의가 없을 것인바, 청구법인이 쟁점설비를 계속 점유·관리하면서 단지 그 잉여 용량을 활용하였다는 이유만으로 처분청이 감면세액을 추징하겠다는 것은 시설투자 및 이를 통한 사업활동을 촉진하기 위한 임시투자세액공제제도의 취지에도 부합하지 않는 것이다.

(바) 아울러 처분청은 OOO가 독점적으로 이용하는 ‘저장탱크’와 ‘기화기’에 대하여 ‘임대계약’이라는 표현을 사용하였다 하여 쟁점 설비도 임대로 보아야 한다는 의견이나, 당해 시설은 임대로 보아 임시투자세액 공제도 받지 않아 쟁점설비에도 포함되지 않았는바, 이것이 쟁점설비를 임대한 것이라고 볼 근거가 될 수는 없으며, 오히려 임대차에 해당되는 경우 “임대”라고 명확히 표현한 점에 비추어 쟁점 설비의 이용관계는 임대차가 아님을 알 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점③ 및 ④와 관련된 2005사업연도 법인세 부과처분에 대한 심판청구는 불복청구기간이 도과된 후 청구된 것으로 각하 대상이다.

(가) 청구법인은 과세전적부심사결정서를 통지하기 전에 부과처분을 한 것은 납세고지전 권리구제제도를 규정한 「국세기본법 시행령」제63조의14 제4항을 위반한 처분으로 취소되어야 하고, 과세전적부심사 결정서가 송달되어 절차적 하자가 치유된 것으로 볼 경우 동 결정서 수령일로부터 90일 이내에 제기된 심판청구로서 본안심리 대상이라고 주장하나, 과세전적부심사청구 당시 “세무조사 결과 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우”에 해당하지 아니하여 과세전적부심사청구가 허용된 경우라도 그 후 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하로 도래하였다면 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전이라도 조세의 부과처분을 할 수 있고OOO, 「국세기본법」제68조 제1항에 의하면 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하며, 과세전적부심사는 과세관청이 조세의 부과처분을 하기 전에 처분의 내용을 납세자에게 미리 통지하고 통지내용에 이의가 있는 납세자에게 의견진술 내지는 반증을 할 수 있는 기회를 줌으로써 납세자의 주장에 정당성이 있는 경우에 사전에 보정하는 제도로서 그 불채택 결정으로 인하여 납세자의 권리의무에 직접 어떠한 영향을 미치는 것은 아니므로, 과세전적부심사청구의 불채택 결정 자체는 독립하여 항고소송의 대상이 되는 행정처분 또는 조세부과 처분이라 할 수 없고 법적인 구속력도 없다OOO.

(나) 또한, 과세전적부심사청구의 기회를 주지 않았다고 하더라도 이는 중대한 절차 위반이 아니라는 것이 대법원 판례의 입장OOO이다.

(다) 따라서 세무조사결과통지 당시에는 과세전적부심사청구가 허용된 경우라도 그 후 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하로 도래하였다면 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전이라도 처분청은 과세처분을 할 수 있으므로 국세부과 제척기간의 만료일인 2011.3.31.까지의 기간이 10일 남은 2011.3.21.에 경정고지한 2005사업연도 법인세 부과처분에 절차상 위법이 없고, 청구법인이 납세고지서 수령일인 2011.3.22.로부터 416일이 지난 2012.5.11. 심판청구를 제기하여 심판청구 기간(처분의 통지를 받은 날로부터 90일)이 지났으며, 과세전적부심사청구의 불채택 결정 자체는 독립하여 항고소송의 대상이 되는 행정처분 또는 조세 부과처분이라 할 수도 없으므로 2005사업연도 법인세 부과처분에 대한 심판청구는 각하대상이다.

(2) 건설노조의 파업으로 공기가 지연된 것에 대하여 시설공사계약 일반약관에 따른 지체상금을 받지 않은 것은 부당행위계산 부인대상 또는 접대비에 해당된다.

(가) 청구법인은 쟁점지체상금의 면제행위가 기업경영과 대·중소기업 간의 상생협력이라는 대승적 차원에서 이루어진 경제적 합리성을 갖춘 의사결정행위로서 특수관계자와 비특수관계자를 불문하고 동일하게 지체상금을 면제하여 주었고 조세를 회피할 목적이 전혀 없었으므로 부당행위계산 부인 규정을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 지체상금 면제금액 중 특수관계자인 OOO 등 3개 법인의 면제비율이 OOO%로서 대부분을 차지하고 비특수관계자 13개 법인의 면제비율은 OOO%(업체당 약 OOO원)에 불과하여 극히 미미하고, 특수관계 법인은 모두 대기업OOO이고, 일부 비특수관계자도 대기업OOO에 해당하여 지체상금 면제금액 기준으로 OOO%에 해당하는 시공사가 중소기업이 아닌 점으로 보아 지체상금을 면제한 주목적이 대·중소 기업간의 상생이 아니라 특수관계에 있는 대기업에게 이익을 분여하기 위한 것이다.

(나) 청구법인이 지체상금 부과 문제에 대하여 국내 굴지의 대형로펌OOO에 법률자문을 구하여 “지체상금 면제사유에 해당하지 아니한다”는 내용으로 회신을 받은 점, 주 시공사겸 청구법인의 특수관계자인 OOO이 지체상금 부과면제를 서면으로 요청한 점, 청구법인의 회의록에서 지체상금 부과가 가능한 것으로 판단하였으나, ‘연쇄적인 분쟁 및 소송발생, 원활한 공사진행에 장애발생, 관계손상, 노동계의 반발 등’을 예상하여 지체상금 미부과를 건의한 점을 볼 때, 발주자인 청구법인이 시공사의 귀책사유로 야기된 막대한 손해를 하도급업체간의 분쟁, 관계손상 등을 예단하여 일방적으로 감수하고 지체상금을 받을 권리를 스스로 포기하는 것은 합리적인 의사결정 행위로 볼 수 없다.

(다) 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어 경제적 합리성 유무는 청구법인을 기준으로 청구법인과 특수관계자인 시공사간의 경제적 합리성 유무로 판단하는 것인바, 청구법인과 시공사 간의 지체상금 면제행위가 채권 임의포기로 경제적 합리성이 결여된 이상 설령, 쟁점지체상금의 면제 효익이 종국적으로 참여시공사들에게 주어져 특수관계자인 시공사 등이 얻은 이익이 없다고 하더라도, 이는 청구법인과 시공사, 1·2차 하도급자, 참여시공사 간의 연쇄적인 지체상금 면제에 따른 결과일 뿐이므로 지체상금 면제의 정당한 사유가 될 수는 없으며, 또한 행위계산의 부당성에 관한 판단에 있어 조세부담 감소 여부는 당해 법인을 기준으로 판단할 수 밖에 없는 것이고, 납세의무자의 주관적인 조세회피의 의도가 별도의 요건으로 요구되지도 아니하므로 특수관계자 전체의 조세부담이 감소된 바 없어 조세회피의 의도가 없었다는 점이 부당성의 판단에 영향을 미칠 수도 없다OOO.

(라) 청구법인은 건설노조원의 파업이 지체상금 면제사유(천재지변 등 불가항력인 사유, 수급인의 책임에 속하지 않은 사유)에 해당한다고 주장하나, ① 대법원은 파업(근로자의 노동쟁의)을 불가항력으로인정하지 아니하며OOO,파업의 민·형사 책임을 면제하는 것은 노동조합의 책임에 한정되고 이를 사용자의 채무불이행 책임까지 확대하는 것은 거래의 안전을 해친다는 점 등을 이유로 파업이 발생한 경우에도 거래상대방에 대하여 사용자의 채무불이행 책임을 인정하고 있으며, ② “불가항력”이란 당사자들의 지배영역 밖에서 발생한 사건으로서 통상의 예방수단을 다하여도 방지할 수 없었던 위해(危害) 또는 그 발생을 최고도의 주의에 의해서도 예견할 수 없었거나 방지할 수 없었던 외부로부터 기인한 사건(事件)으로 정의되는 것이 학설의 일반적인 태도이고, 근로자의 행위는 이행보조자의 행위이므로 이행보조자의 행위로 인한 거래상대방의 손해는 사용자가 부담하여야 하며, 파업은 사용자가 근로자들의 요구를 수용하지 않은 경영상의 선택에 기인한 것이므로 불가항력이라고 항변할 수 없고, ③ 청구법인 외 수급인과 노조원이 약 2개월 동안 15회에 걸쳐 임금단체협약을 위한 협상이 실시되고 있어 사전에 파업을 충분히 예견할 수 있었고, 시설공사계약 일반약관 제11조에 따르면 시공사가 지명한 공사현장대리인이 공사현장에 상주하여 공사현장의 단속 및 공사에 관한 모든 사항을 처리하도록 되어 있으므로 건설노조의 파업에 대해 시공사는 통제권을 가지고 있었으며, ④ 건설노조원들은 대부분 참여 시공사의 소속 일용 건설근로자로 시공사와의 관계에 있어서는 하도급계약에 따른 계약 당사자들과 근로계약으로 맺어진 종업원으로 제3자로 볼 수가 없으며, 파업으로 인한 손해를 시공사와 발주자 중 어떠한 일방에게 귀속시키는 것이 정당한가라는 관점에서 보면 파업으로 인한 손해를 파업을 야기한 근로자들의 사용자인 시공사가 부담하는 것이 타당하고, 시공사는 일의 완성에 관하여서는 하도급업체와 참여시공사의 행위에 관하여서도 책임(시설공사계약 일반약관 제25조)을 져야 하는 것이며, ⑤ 주 시공사인 OOO이 지체상금 부과면제를 서면으로 요청한 점, ⑥ 청구법인이 지체상금 부과 문제에 대하여 법률자문을 구하여 “건설노조의 파업이 불가항력이라거나, 수급자의 책임에 속하지 아니하는 것으로 보기 어려워 지체상금 면제사유에 해당하지 아니한다”는 내용으로 회신을 받은 점, ⑦ 청구법인의 회의록에서 지체상금 부과가 가능한 것으로 판단한 점, ⑧ ICC 표준국제매매계약서에서 불가항력의 범위에 파업을 포함한다는 것은 검증되지 아니한 청구법인의 일방적인 주장에 불과한 점 등을 종합하여 볼 때 지체상금의 면제사유에 해당하여 지체상금의 권리가 발생하지 아니한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

(마) 청구법인은 특수관계가 없는 중소건설사에게 지체상금을 면제해 준 것을 접대비로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 전술한 바와 같이 지체상금의 면제행위가 채권 임의포기로 건전한 사회통념 내지 상관행에 비추어 정당한 사유가 없어 경제적인 합리성이 결여되었으므로, 지체상금 면제금액 중 특수관계자에게 해당하는 금액은 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 비특수관계자에게 해당하는 금액은 접대비 규정을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하고OOO, 무엇보다 접대비는 기업활동의 원활과 기업의 신장을 도모하기 위하여 필요한 경비로서 기업체의 영업규모와 비례관계에 있으므로 이를 엄격하게 해석하여야 할 것인바, 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면, 그 비용은법인세법 제25조 제5항에서 말하는 접대비에 해당OOO하므로, 조세회피목적이 있어야 한다거나 경제적 합리성이 있으면 접대비에 해당되지 않는다고 판단될 여지도 없다.

(3) 임시투자세액공제를 적용받기 위하여 청구법인이 산정한 각 사업연도의 투자금액은 작업진행률에 의하여 적법하게 산출된 것으로 볼 수 없다.

(가) 청구법인은 임시투자세액공제 적용시 투자가 이루어지는 각 사업연도의 투자금액은 조특법 시행령 제4조 제3항이라는 준용규정에도 불구하고 임시투자세액공제 적용 기간별로 투자한 금액에 대해 해당 사업연도에 임시투자세액공제를 적용받을 수밖에 없어, 조특법 시행령 제4조 제3항의 투자금액 계산규정은 해당 연도 1.1.～12.31.까지 투자한 금액을 사업연도 종료일이 12.31.이 아닌(3.31., 6.30., 9.30. 등) 법인들의 투자금액 안분시에나 적용될 수 있는 것으로 바뀌게 되므로 사업연도 종료일이 12.31.인 청구법인에게는 적용할 수 없고, 가사, 조특법 시행령 제4조 제3항의 규정을 적용하더라도 각 사업연도 종료일 현재 지급의무가 확정된 금액(세금계산서 수취금액에서 선급금 제외, 미지급금 포함)을 투자금액으로 보아 세액공제를 적용함이 타당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것OOO)인 바, 조특법 시행령 제23조 제3항·제4항 및 같은 법 시행령 제4조 제3항은 임시투자세액공제를 적용함에 있어서 투자가 이루어지는 각 사업연도의 투자금액은 각 사업연도 종료일(12.31., 3.31., 6.30., 9.30. 등)에 관계없이 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 실제 지출한 금액 중 큰 금액으로 산정하도록 명확히 규정하고 있음에도 불구하고 위 법령의 규정과 다르게 사업연도 종료일이 12.31.인 청구법인은 임시투자세액 공제를 위한 각 사업연도의 투자금액을 산정함에 있어서 조특법 시행령 제4조 제3항의 적용대상이 아니며, 설령 적용대상에 해당한다 하더라도 각 사업연도의 투자금액을 작업진행률에 의하여 계산한 금액도 아니고, 실제 지출한 금액도 아닌 지급의무가 확정된 금액(세금계산서 수취금액에서 선급금 제외, 미지급금 포함)으로 산정하여야 한다는 청구법인의 주장은 조세법규를 법문대로 해석하지 아니하고 자의적으로 확장해석하거나 유추해석하는 것으로서 받아들일 수 없다.

(나) 청구법인은 각 사업연도의 투자금액을 「법인세법 시행령」 제69조 제2항에서 규정한 작업진행률에 따라 계산하여야 한다고 하더라도, 당해 사업연도에 지급의무가 확정된 금액을 투자금액으로 산정한 것은 동 규정에 따른 적법한 투자금액 계산방법이라고 주장하나, 청구법인은 시설투자별로 각 사업연도의 투자금액 산출내역을 확인할 수 있는 작업진행률 계산명세서를 작성한 사실이 전혀 없고, 작업진행률 계산을 위한 객관적인 증빙서류(시설투자 건별로 수급자의 작업진행률을 확인할 수 있는 증거자료 등)도 일절 보관하고 있지 아니하며, 설비비(생산설비 및 기계장치 주문제작 비용)에 대하여는 검수조건부로 투자금액을 인식한 점, 대규모 장치산업을 영위하는 제철소로 매년 수조원대의 복잡한 생산설비 및 기계장치의 투자가 이루어지고 투자건수가 워낙 방대(각 투자별로 수십～수백개의 공사계약이 체결됨)하여 법인세 신고기간에 세무팀의 한정된 인력과 시간으로는 정확한 작업진행률 계산이 어려운 점(세무조사 과정에서 세무팀의 임원과 팀장이 작업진행률 계산이 현실적으로 불가능하여 지출기준으로 투자금액을 산정하였다고 수차례 구두 진술함) 등을 종합하여 보면, 청구법인은 임시투자세액공제를 적용함에 있어서 당초부터 작업진행률에 의하여 각 사업연도의 투자금액을 계산한 사실이 전혀 없고, 수급자의 공사대금 청구금액(세금계산서 수취금액에서 선급금 제외, 미지급금 포함)을 조특법 시행령 제4조 제3항 제2호에서 규정한 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액으로 보고 투자금액을 계산하였으나, 당해 투자금액에 미지급금이 포함된 사실을 전혀 모르고 있다가 세무조사 과정에서 이를 뒤늦게 확인하고 투자금액 계산방법의 오류를 정당화하기 위하여 조특법 시행령 제4조 제3항 제1호에서 규정한 작업진행률에 따라 투자금액을 계산하였다고 주장하는 것에 불과하고, 투자가 2개 이상의 사업연도에 걸친 경우에 그 투자가 이루어지는 사업연도마다 해당 사업연도에 투자한 금액에 대하여 임시투자세액공제를 적용받기 위하여 도급공사의 투자금액을 작업진행률에 의하여 계산함에 있어서 당해 도급공사비는 작업진행률에 관한 법령개정(1995.3.30) 이후에도 “수급자가 당해 투자에 실제 투입한 공사원가”를 말하는 것OOO으로, 즉 작업진행률 계산규정의 개정내용을 살펴보면, 계산산식이 “당해 사업연도 중 소요된 총공사비 ÷ 총공사예정비”에서 “당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 ÷ 총공사예정비”로 변경된 것으로 총공사비(당해공사의 공사원가)를 총공사비누적액으로 총공사예정비의 의미를 “도급금액에 정부가 정하는 표준소득률을 곱한 금액을 도급금액에서 공제한 금액”에서 “건설업회계처리기준을 적용하여 도급계약 당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가”로 바꾼 것에 불과하고, 도급공사비는 종전과 같이 수급자가 당해 공사에 실제 투입한 공사원가를 의미하는 것이며, 「법인세법 시행령」제69조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항은 “작업진행률”을 목적물의 건설ㆍ제조 기타 용역을 완료한 정도로 보고 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비 누적액을 총공사 예정비로 나누어 작업진행률을 산정하도록 규정하고 있는데, 청구법인이라 하여 위 각 규정과 다르게 청구법인의 자금사정과 연계된 수급자의 공사대금 청구금액(세금계산서 수취금액에서 선급금 제외, 미지급금 포함)만을 총공사비로 보아 작업진행률을 산정할 수는 없는 것이며, 청구법인의 주장과 같이 수급자의 도급공사비 누적액 중 수급자의 공사대금 청구금액만을 “총공사비 누적액”에 반영하다면, 목적물의 건설 등을 완료한 정도에 따라 수익과 비용(투자금액)을 인식하도록 한 「법인세법」및 조특법의 취지를 왜곡하는 것으로 위법하고, 도급자의 작업진행률을 계산함에 있어서 총공사비 누적액에 포함되어야 하는 공사비는 도급계약에 따라 지급의무가 확정된 공사비가 아니라 “수급자의 실제 공사 진행 정도에 따라 도급자에게 사실상 지급의무가 발생한 공사비(도급금액 × 수급자의 작업진행률)”를 의미하는 것OOO으로, 참고로 각 사업연도별 청구법인의 시설 투자금액 산정액과 시공사의 작업진행률에 따른 수입금액 계상액을 OOO 본체공사 관련 아래 〈표2〉의 사례에서 살펴보면, 서로 일치하지 아니하고 그 차액이 상당하여 청구법인의 투자금액 산정방법은 수급자의 작업진행률과는 무관하고 자의적으로 산정되어 적법한 산정방법이 아니라는 것이 명백히 확인된다.

〈표2〉투자금액과 수입금액의 차액 내역

(다) 청구법인은 작업진행률 계산방법에 오류가 있다면 처분청이 관련 규정에 맞게 재계산하여야 함에도 작업진행률을 재계산하지 아니하고 실제 지출금액 기준으로 투자금액을 산정하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 자신의 투자금액 계산방법이 적법하지 아니함을 시인하면서 처분청이 이를 바로잡아야 한다[MAX(실제 지출한 금액, 작업진행률로 계산한 금액)]고 주장하는 이상 작업진행률 계산에 관한 사실관계가 청구법인의 지배아래 있어 실제 작업진행률을 계산하기 위한 장부와 증빙 등 일체의 자료를 확인하기가 용이한 청구법인이 처분청의 투자금액 산정방법이 오류라는 것을 입증OOO하여야 하며, 조세특례제한법 시행령 제4조 제3항에 따라 투자금액을 계산함에 있어 수급자의 작업진행률 계산을 위한 장부 및 증빙서류의 미보관·미제시 등 도급자의 귀책사유로 정확한작업진행률 계산이 사실상 어려운 경우에는 실제 지출한 금액만으로 투자금액을 산정할 수 있는 것OOO이다.

(라) 청구법인은 실제 지출금액을 산정함에 있어서도 2004년 투자분 중 2005년에 지출된 투자금액을 2005사업연도의 세액공제대상 투자금액에 포함하지 아니하여 실제 지출금액 기준에도 위배된다고 주장하나, 국세부과의 제척기간이 만료되면 정부의 부과권이 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 새로운 결정이나 증액 경정결정은 물론 감액 경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없는 것OOO인바, 청구법인의2004사업연도 법인세 부과의 제척기간은 세무조사 착수일(2010.6.7.) 이전인 2010.3.31. 만료되어 청구법인의 2004사업연도 임시투자세액공제 적용대상 투자금액은 당초 신고내용대로 확정되어서 이를 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없다는 것을 악용하여 청구법인의 투자금액 산정방법이 적정한 지에 대한 처분청의 검증이 불가능한 상황에서 투자금액 산정이 잘못되었다는 전제 하에 2004년 투자금액에 포함된 미지급금으로 2005년에 지출된 금액을 2005년 투자금액 산정 시 재차 포함하여 세액공제를 적용하는 것은 국세부과의 제척기간에 관한 법리오해로 위법·부당한 것이고, 더욱이 국세부과의 제척기간 만료로 부과권이 소멸되어 2004사업연도에 대한 세액공제가 잘못된 경우에도 경정결정이 불가능한 상황에서 2005사업연도에 다시 세액공제를 적용하는 것은 동일한 투자금액에 대하여 2004～2005사업연도에 걸쳐 세액공제를 중복하여 적용받는 것으로 명백한 이중공제에 해당하여 공평한 조세부담을 통한 조세정의 실현 및 당사자 간의 형평에 심히 어긋난다.

(마) 청구법인이 적용한 투자금액 산정방법은 과거 경정청구에서 적용하였던 것과 동일한 방법으로 경정청구 결정과정에서 아무런 문제제기가 없어 이후 사업연도에도 계속하여 적용하고 있는데, 이를 부인하고 실제 지출기준에 따라 투자금액을 재계산하는 것은 신의성실의 원칙에 어긋난다고 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하나OOO, 이러한 신의성실의 원칙이나 「국세기본법」제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것OOO이므로, 과거의 세무조사 또는 경정청구에서 아무런 문제제기가 없었다는 사실만으로 과세관청이 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없고, 신의성실의 원칙을 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금하는 것은 아니며OOO, 과세관청은 과거에 잘못된 세무처리에 대하여 세무조사를 통하여 경정권을 행사할 수 있는 것(국심 2005서3666, 2007.8.30., 같은 뜻임)이므로, 단지 임시투자세액공제 적용에 있어서 청구법인의 투자금액 계산방법에 대한 세법적용의 판단착오를 바로잡은 것은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다OOO.

(바) 따라서 청구법인은 당초부터 작업진행률에 의하여 투자금액을 산정한 사실이 전혀 없고, 청구법인이 주장하는 투자금액 산정방법과 작업진행률 계산방법은 법리오해에 따른 독자적인 견해에 불과하며, 작업진행률에 의한 투자금액은 입증이 용이한 청구법인이 제시하여야 하고, 국세부과의 제척기간이 경과하면 어떠한 처분도 할 수 없어 명백한 이중공제에 해당하며, 신의성실의 원칙에도 어긋남이 없으므로 처분청의 당초처분은 정당하다.

(4) OOO 시설은 조특법상 감면 추징 사유인 임대시설에 해당한다.

(가) 청구법인은 ‘쟁점설비’에 대하여 OOO로부터 받은 ‘시설이용료’를 판단함에 있어, 확장·유추해석하여 조특법 제146조 감면세액의 추징사유의 임대로 보아 임시투자세액 추징한 것은 부당하다고 주장하나, 「민법」제618조에서 “임대차의 의의”를 “임대차는 당사자일방이 상대방에게 목적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.”로 규정하고 있어, 쟁점설비에 대하여 양사가 2005.6.24. 체결한 “OOO 이용계약”은 청구법인이 OOO에게 쟁점설비를 수익하게 할 것을 약정하고 OOO가 이에 대하여 이용료를 지급하는 것으로 약정하고 있어 「민법」상 “임대차의 정의”를 충족하므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

(나) 청구법인은 동일한 관로의 잉여 용량을 이용하여 OOO의 물량을 추가로 처리하는 용역제공이므로 임대로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점설비 중 저장탱크의 규모를 OOO로 설치하게 된 것은 OOO 수요 확보를 위해 청구법인과 OOO와의 공동도입 추진합의로 결정된 것이며, OOO의 경우 청구법인의 공동이용에 대한 계약으로 인해 「도시가스사업법」제39조의2(시설공사계획의 승인 등) 및 제39조의6(가스공급시설의 공동이용)에 의거 “자가소비용 직수입자” 허가를 받은 것이기 때문에 잉여 용량을 OOO에게 추가로 제공하는 ‘용역의 제공’ 이라는 청구법인이 주장은 사실과 다르다.

(다) 또한 조특법 제146조 개정시(2002.12.11.) 추징사유인 ‘처분’의범위에 ‘임대’를 포함하였는바, 이는 재정경제부 예규OOO를 반영한 것으로, 개정 취지가 ‘감면세액 추징’ 규정은 감면받은 사업용 고정자산을 사후에 당초 사업목적대로 사용하지 아니하는 경우 감면혜택을 취소하는 규정으로, 그 취지상 ‘처분’의 범위는 매각·증여·폐기처분 등 소유권 이전뿐만 아니라 임대와 같이 감면 제외대상 업종으로 전환하여 감면요건을 위반한 것도 포괄하는 개념으로 해석한 것이므로, 비록 청구법인의 주장대로 임대가 아니라고 하더라도 쟁점설비에 대한 OOO 사용에 대한 이용료는 청구법인의 당초 사업목적(철강 제조업)대로 사용하지 않아 추징사유에 해당되고, 후술하는 쟁점설비의 설치 및 공동사용에 대한 배경, ‘OOO 시설 이용계약내용’, ‘이용료 계산방식’ 등을 볼 때, 쟁점설비에 대한 이용료는 청구법인이 쟁점설비를 임대하고 받은 임대료로 봄이 타당하다.

1) 즉, 쟁점설비의 설치 및 공동사용에 대한 배경을 살펴보면, 계획단계부터 청구법인과 OOO는 쟁점설비의 이용주체로 공동이용할 목적으로 설치한 시설로서,

㉮ 2002.7.19. OOO와 OOO간 체결한 ‘기본합의서’에 의하면, 청구법인 부지를 OOO 발전소 건설부지로 임차, 청구법인이 건설·운영할 OOO OOO의 공동이용(저장탱크 및 기화기 1기의 독점적 임차보장), OOO 공동도입 추진을 합의하였고,

㉯ 2003.1.27. 청구법인, OOO는 산업자원부(現 지식경제부)로부터 「도시가스사업법」 제39조의2에 따라 ‘자가소비용직수입자(자기가 소비할 목적으로 천연가스를 직접 수입하는 자)’로서 OOO OOO 인수기지(가스공급시설) 건설공사계획 승인을 받았으며,

·자가소비용직수입자로서 가스공급시설을 설치하는 자(청구법인)

·도시가스사업자 또는 자가소비용직수입자와 가스공급시설의 이용에 관한 계약을 체결하여 그 가스공급시설을 설치하는 자(OOO)

㉰ 또한 청구법인 및 OOO(자가소비용직수입자)는 도시가스사업법 제39조의6에 의해 가스공급시설을 공동이용하고 있다.

2) 아울러, 2005.6.24. 체결한 ‘OOO 이용계약’ 에 의하면 청구법인은 쟁점설비 전부를 운영·관리하고, 청구법인과 OOO가 공동이용하는 것으로, 아래와 같이 독점적으로 이용할 수 있는 저장탱크와 기화기는 ‘임대계약’으로 표현하고, 독점적으로 이용할 수 없는 전용설비·공용설비(쟁점설비)는 ‘시설공유계약’으로 표현하면서 이용료를 양 사의 이용비율에 따라 산정하여 수취하고 있어, 동 이용료는 OOO가 쟁점설비를 물리적으로 점유하지는 않으나 쟁점설비를 실제 사용·수익하고 그 대가를 청구법인에게 지급하는 것으로 임대로 봄이 타당하다.

< OOO 이용계약 현황>

㉮ 저장탱크 및 기화기의 경우 전체 각 2대 중 각 1대 즉 물리적으로 OOO가 독점적으로 이용이 가능하여 ‘임대계약’으로 표현

㉯ 독점적으로 이용범위를 정할 수 없는 연속된 하나의 OOO 생산제반 시설(쟁점설비)은 ‘시설공유계약’으로 표현하며 양사가 공동으로 이용하면서 이용비율에 따라 OOO로부터 이용료 수취

㉰ OOO가 전부 이용하는 시설 즉 생산된 OOO발전소에 이송하기 위한 시설인 쟁점설비에 대하여도 이용료를 수취

3) 쟁점설비의 이용료 계산방식에 대하여 살펴보면

㉮ 2005.6.24일 체결한 ‘OOO 이용계약’ 상 쟁점설비 중 저장탱크와 기화기(임시투자공제대상 제외)의 임대료 산정기준과 OOO 전용설비의 이용료 산정기준은 동일하고,

㉯ 공용설비의 경우 사용량에 비례하여 받고 있으며 이용료 산정 기준이 저장탱크 및 기화기의 임대료 산정기준과 유사한바, 이용 구분이 불분명한 공용설비의 특성상 이용량에 비례하여 이용료를 산정하는 것은 합리적이며,

㉰ 따라서 OOO 전용시설과 공용설비의 이용료와 저장탱크와 기화기의 임대료 산정기준이 아래와 같이 동일하거나 유사하므로 청구법인의 ‘시설이용료’를 임대에 따른 대가로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2005사업연도 법인세 부과처분에 대한 심판청구가 본안심리 대상인지 여부

② 건설노조의 파업으로 공기가 지연된 것과 관련하여, 시설공사계약 일반약관에 따른 지체상금을 받지 않은 것이 부당행위계산 부인대상 또는 접대비에 해당되는지 여부

③ 임시투자세액공제와 관련 청구법인이 산정한 각 사업연도의 투자금액이 작업진행률에 의하여 적법하게 산출된 것인지 여부

④ OOO 시설이 조특법상 감면 추징사유인 임대시설에 해당하는지 여부

나. 관련법령

〈쟁점① 관련〉

(1) 국세기본법 제68조【청구기간】① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

제81조의15【과세전적부심사】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」제14조에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

⑦ 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 세무서장이나 지방국세청장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 하여야 한다.

⑧ 과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법 시행령 제63조의14【과세전적부심사의 범위 및 청구절차 등】① 법 제81조의15 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 것

2. 국세청장의 훈령ㆍ예규ㆍ고시 등과 관련하여 새로운 해석이 필요한 것

3. 세무서 또는 지방국세청에 대한 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우는 제외한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지에 관한 것

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 사항 중 과세전적부심사 청구금액이 10억원 이상인 것

② 법 제81조의15 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 과세예고 통지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지

2. 제63조의3에 따른 실지조사에서 확인된 해당 납세자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지

3. 납세고지 하려는 세액이 3백만원 이상인 과세예고 통지

③ 법 제81조의15 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우를 말한다.

④ 법 제81조의15 제1항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제3항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제7항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

<쟁점② 관련>

(1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용함에 있어서는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제25조【접대비의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비(제2항에 해당하는 금액을 제외한다)로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑤ 제1항 내지 제3항에서 “접대비”라 함은 접대비 및 교제비·사례금 기타 명목여하에 불구하고 이에 유사한 성질의 비용으로서 법인이 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다.

(2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자 간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

<쟁점③ 관련>

(1) 조세특례제한법 제5조【중소기업투자세액공제】① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

제26조【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다.

(2)조세특례제한법 시행령제4조【중소기업투자세액공제】③ 법 제5조제2항 및 제3항의 규정에 의한 투자금액은 제1호 및 제2호의 금액중 큰 금액에서 제3호의 금액을 차감한 금액으로 한다.

1. 총투자금액에 「법인세법 시행령」제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액

2. 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액

3. 당해 과세연도이전에 투자세액공제를 받은 투자금액과 투자세액공제제도를 적용받기전에 투자한 분에 대하여 제1호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 합한 금액

제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 영화관 운영업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, 「관광진흥법」에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업, 「하수도법」에 따른 분뇨수집·운반업 및 개인하수처리시설 관리업, 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 가축분뇨 관련영업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업, 공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다), 「의료법」에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 「노인복지법」에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2007년 12월 31일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 7을 말한다.

③ 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 과세연도"라 함은 제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다.

④ 제1항 및 제3항의 규정을 적용함에 있어서 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항의 규정을 준용한다.

(3) 법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다.

(4) 법인세법 시행규칙(2006.1.24. 재정경제부령 제479호로 개정된것) 제34조【작업진행률의 계산 등】① 영 제69조제2항 본문에서 "건설 등을 완료한 정도"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간 등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간 등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

작업진행률 = 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 / 총공사예정비

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.

1. 익금

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금 당해 사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 단서에서 "기획재정부령이 정하는 경우"라 함은 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청이 2010.11.30. 청구법인에게 한 2005～2009사업연도 법인세 및 2005년 제1기～2010년 제2기 부가가치세에 관한 세무조사결과통지에 대하여 청구법인은 아래의 〈표3〉과 같이 2010.12.29. 국세청에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 2012.2.10. 국세청 국세심사위원회는 이에 대하여 2005～2009사업연도 법인세 일부 및 2005년 제1기～2010년 제2기 과세기간 부가가치세 전액을 취소하도록 하는 결정하였으며, 처분청은 과세전적부심사청구 결정전에 국세부과제척기간이 임박하자, 과세전적부심사 청구금액 중 2005사업연도분 법인세 및 부가가치세에 대하여 2011.3.22. 청구법인에게 납세고지서를 송달한 것이 처분청의 제시자료에 의하여 확인된다.

〈표3〉과세처분 진행상황

(나) 살피건대, 청구법인은 청구법인의 과세전적부심사 청구에 대하여 과세전적부심사결정서를 통지하기 전에 처분청이 2005사업연도 법인세 부과처분을 한 것은 납세고지전 권리구제제도를 규정한「국세기본법 시행령」제63조의14 제4항을 위반한 처분으로 부당하고, 과세전적부심사 결정서 수령일로부터 90일이내에 심판청구를 제기하였으므로 2005사업연도 법인세 부과처분에 대한 심판청구는 본안심리 대상이라는 주장이나, 「국세기본법」제81조의15 제2항에서 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과 사유가 있는 경우, 세무조사결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 등은 과세전적부심사 청구권을 허용하지 아니하고 있고, 같은 법 시행령 제63조의14 제4항 단서에서 법 제81조의15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하지 아니할 수 있도록 규정하고 있어, 세무조사결과통지 당시에는 과세전적부심사청구가 허용된 경우라도 그 후 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하로 도래하였다면 과세전적부심사청구에 대한 결정이 있기 전이라도 처분청은 과세처분을 할 수 있는 것OOO으로 해석되는바, 처분청이 과세전적부심사 결정전에 국세부과 제척기간의 만료일(2011.3.31.)까지의 기간이 10일 남은 2011.3.21.에 경정고지한 2005사업연도 법인세 과세처분은 절차상 위법성이 없는 것으로 보이고, 과세전적부심사는 과세관청이 조세의 부과처분을 하기 전에 처분의 내용을 납세자에게 미리 통지하고 통지내용에 이의가 있는 납세자에게 의견진술 내지는 반증을 할 수 있는 기회를 줌으로써 납세자의 주장에 정당성이 있는 경우에 사전에 보정하는 제도로서 그 불채택 결정으로 인하여 납세자의 권리의무에 직접 어떠한 영향을 미치는 것은 아니며, 과세전적부심사청구의 불채택 결정 자체는 조세불복청구의 대상이 되는 조세부과처분이라 할 수 없는 점, 과세전적부심사결정 통지를 받지 못하였다 하더라도 2005사업연도 법인세 납세고지서를 수령한 청구법인이 법적절차에 따라 납세고지서 수령일로부터 90일 이내에 불복청구를 제기할 수 있었던 점 등에 비추어청구법인이 납세고지서를 수령한 2011.3.22.부터 416일이 지난 2012.5.11.에제기한 2005사업연도 법인세 과세처분에 대한 이 건 심판청구는 청구기간을 도과한 부적법한 청구로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점파업은 2006.4.28.부터 2006.7.4.까지 참여시공사와 건설노조간 15회에 걸쳐 임금인상, 주5일제 실시 등의 주요쟁점 사항에 대하여 임금단체협약 체결을 위한 협상을 하였으나 합의에 실패하여 파업이 실시되었으며, OOO들이 대체인력의 공사투입 방해, 본사건물 점거 등으로 청구법인의 시설공사가 2006.6.30.부터 2006.9.20.까지 83일 동안 중단되었는바, 일자별 건설노조 파업상황은 아래와 같다.

(나) 시설공사계약 일반약관 주요내용은 아래와 같다.

제11조(공사현장대리인) ① 수급인은 계약된 공사에 해당하는 국가기술자격소지자를 공사현장대리인으로 지명하여 도급인에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 대리인은 공사현장에 상주하여 계약문서와 공사감독원의 지시에 따라 공사현장의 단속 및 공사에 관한 모든 사항을 처리하여야 한다.

제15조(지체상금) ① 수급인은 계약서에 정한 준공기간내 공사를 완성하지 아니한 때에는 매 지체일수마다 계약서에 정한 지체상금율을 계약금액에 곱하여 산출한 금액(이하 “지체상금”이라 한다)을 현금으로 납부하여야 한다.

③ 도급인은 다음 각 호의 1에 해당되어 공사가 지체되었다고 인정할 때에는 그 해당일수에 상당한 지체상금을 면제할 수 있다.

1. 천재지변 등 불가항력인 사유에 의한 경우

4. 기타 수급인의 책임에 속하지 않는 사유로 인하여 지체된 경우

제25조(공사현장근로자) 수급인이 공사를 시공함에 있어서 공사현장근로자를 사용할 때에는 당해공사에 상당한 기술과 경험이 있는 자만을 채용하여야 하며 근로자의 행위에 대하여 모든 책임을 져야 한다.

(다) 건설노조의 불법파업과 관련된 청구법인, 시공사, 하도급자, 참여시공사간의 공사계약 구조는 아래와 같고, 지체상금 내역은 아래의 〈표4〉와 같다.

〈표4〉지체상금 내역

(라) 쟁점지체상금 관련 청구법인의 법률 자문요청에 대하여 법무OOO은 건설노조의 파업이 불가항력이라거나, 수급자의 책임에 속하지 아니하는 것으로 보기 어려워 지체상금 면제사유에 해당하지 아니한다고 회신하였고, 법무법인 OOO은 건설노조의 파업은 수급사의 고의나 과실에 기한 것이 아니고, 수급사가 금지시킬만한 권한이 없으며, 국제계약 등에 비추어 지체상금 면제사유에 해당한다고 회신하였다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 하청업체 건설노조의 파업으로 공기가 지연된 것에 대하여 시설공사계약 일반약관에 따른 지체상금을 받지 않은 것이 기업경영 및 사회통념에 비추어 볼 때 경제적 합리성을 갖춘 의사결정행위로서 부당행위계산 부인대상 또는 접대비에 해당되지 않는다는 주장이나, 청구법인이 지체상금부과 문제에 대하여 법무법인에 법률자문을 구하여 “지체상금 면제사유에 해당하지 아니한다”는 내용으로 회신을 받은 사실이 있고, 청구법인도 지체상금 부과가 가능한 것으로 판단하였으나, 연쇄적인 분쟁 및 소송발생, 원활한 공사진행에 장애발생, 관계손상, 노동계의 반발 등을 예상하여 지체상금 미부과를 건의한 점, 청구법인의 특수관계자이자 주 시공사인 OOO이 지체상금 부과면제를 청구법인에게 서면으로 요청한 점, 청구법인의 지체상금 면제행위는 쟁점지체상금의 면제효익이 종국적으로 참여시공사들에게 주어져 특수관계자인 시공사 등이 얻은 이익이 없다고 하더라도 지체상금 면제의 정당한 사유로 보이지 않는 점, 하청업체 노조의 파업이 시설공사계약 일반약관 제15조의 제2항의 지체상금 면제범위에 열거되어 있지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점지체상금을 받을 권리를 포기한 것은 경제적 합리성이 결여된 것으로 보이므로 처분청이 쟁점지체상금 포기를 부당행위계산 부인대상 또는 접대비로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 2004년 이전 사업연도 투자분에 대하여 처분청은 각각의 임시투자세액공제 적용기간 종료일까지 투자가 완료되지 아니한 경우로서 당해 시행령 부칙에 의하여 의제완료일이 정해진 경우에는 각각의 적용기간 종료일에 투자가 완료된 것으로 보아 각각의 의제완료일이 속하는 과세연도에 공제하는 것이라는 기획재정부 예규OOO에 따라 해당 사업연도에 투자가 이루어진 금액에 대해서만 임시투자세액공제를 허용하였다.

(나) 2005～2009사업연도 투자분에 대하여 처분청은 청구법인이 적용한 2005～2009사업연도 투자분에 대한 투자금액 계산 방식은 조특법 시행령 제4조 제3항 제1호의 “총투자금액에 법인세법 시행령 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률에 의하여 계산한 금액”이 아니며, 작업진행률 방식을 적용하여 계산할 수 없다는 전제하에 해당 사업연도에 실제 현금 지출한 투자금액만을 해당 사업연도 임시투자세액공제 대상 투자금액으로 인정하여 경정하였는바, 연도별 임시투자세액공제 신고 및 처분청의 경정내역은 아래의 〈표5〉와 같다.

〈표5〉투자금액 신고 및 경정내역

(다) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 임시투자세액공제를 적용받기 위하여 청구법인이 산정한 각 사업연도의 투자금액은 작업진행률에 의하여 적법하게 산출된 것이라는 주장이나, 청구법인은 총공사비 누적액을 당해 사업연도에 지급의무가 확정된 금액으로 계상하여, 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 실제 지출한 금액 중 큰 금액으로 산정하도록 규정하고 있는 조특법 시행령의 관련 법령에 부합하지 아니하고, 청구법인의 주장과 같이 수급자의 도급공사비 누적액 중 수급자의 공사대금 청구금액만을 ‘총공사비 누적액’에 반영하다면, 목적물의 건설 등을 완료한 정도에 따라 수익과 비용(투자금액)을 인식하도록 한 「법인세법」및 조특법의 취지에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점, 도급자의 작업진행률을 계산함에 있어서 총공사비 누적액에 포함되어야 하는 공사비는 도급계약에 따라 청구법인의 지급의무가 확정된 공사비가 아니라, 수급자의 실제 공사진행 정도에 따라 도급자에게 사실상 지급의무가 발생한 공사비(도급금액 × 수급자의 작업진행률)를 의미하는 것OOO인 점, 각 사업연도별 청구법인의 시설 투자금액 산정액과 시공사의 작업진행률에 따른 수입금액 계상액이 서로 일치하지 아니하는 점, 청구법인이 작업진행률에 의하여 투자금액을 산정하였다는 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 투자금액 산정방법은 작업진행률 산정방식과는 무관하게 산정된 것으로 보이므로 처분청이 미지급금액을 제외하고 실제 투자금액을 기준으로 투자금액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④는 2005사업연도 법인세에 대한 불복청구로서 쟁점①에서 살펴본 바와 같이, 불복청구기간을 도과한 부적법한 청구에 해당하여 본안심리 대상에 해당되지 않으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 부적법하거나 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.