조심 2008부3906 (2009.11.25)

1. OOO세무서장이 2008.9.1. 청구법인에게 한 법인세 2003사업연도분 216,274,690원, 2004사업연도분 3,451,714,640원, 2005사업연도분 927,712,920원의 부과처분과 법인세 2006사업연도분 431,009,030원, 2007사업연도분 1,052,567,050원의 환급처분은 납부불성실가산세 무납부 일수를 적용함에 있어 청구법인이 2006사업연도 법인세 신고시(2007.4.2.) 실제 납부한 세액 499,916,122원에 한하여 2003사업연도 분부터 순차적으로 2007.4.1.까지로 하여 계산한 납부불성실가산세를 적용하고 관련된 국세환급가산금 상당액은 취소하여 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1986.7.29. 개업하여 OOO이라는 법인명으로 ‘의류 제조 및 도매업’을 영위하다가 2006.1.17. ‘주택건설분양업 및 임대업’을 주업으로 하는 ‘주식회사 OOO’를 흡수합병한 후, 2006.3.1. 의류 등의 제조 및 판매사업부를 양도하고 법인명을 현재의 ‘주식회사 OOO’로 변경하여 ‘주택건설분양업’을 주업으로 영위하고 있는 법인으로, 2003～2006사업연도에 OOO 아파트 신축공사(이하 “쟁점①공사”라 한다)’와 OOO 아파트 신축공사(이하 “쟁점②공사”라 하며, 쟁점①공사와 합하여 이하 “쟁점공사”라 한다)’의 사업시행자로서 주식회사 OOO건설(이하 “OOO건설”이라 한다)과 쟁점공사 도급계약을 체결하여 공사를 수행한 후, 동 공사도급계약서상의 하도급 공사대금 지급조건에 따라 OOO건설이 청구법인에게 청구한 하도급 공사대금을 총공사비누적발생액에 포함시키는 방법으로 청구법인의 작업진행률을 산정하고 이를 적용하여 각 사업연도 예약매출에 따른 손익을 계산하여 2003～2006사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 OOO지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 2008.1.4.부터 2008.4.21.까지 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시하고 통보한 과세자료에 근거하여 청구법인이 OOO건설에게 쟁점공사를 일괄 하도급 주었으므로 OOO건설의 공사비 발생액을 기준으로 한 작업진행률을 적용하여 청구법인의 분양손익을 계산하여야 함에도 OOO건설이 청구법인에게 청구한 공사대금을 청구법인의 총공사비누적발생액에 포함시키는 방법으로 작업진행률을 계산하고, 동 작업진행률에 의하여 청구법인의 분양손익을 계산한 것으로 보아 OOO건설의 작업진행률을 적용하여 청구법인의 분양손익을 재계산하고, 납부불성실가산세 적용시 무납부 일수를 고지일까지로 적용하여 2008.9.1. 청구법인에게 법인세 2003사업연도분 216,274,690원, 2004사업연도분 3,451,714,640원, 2005사업연도분 927,712,920원을 경정.고지하고, 법인세 2006사업연도분 431,009,030원, 2007사업연도분 1,052,567,050원을 각각 환급하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 이 건 외주공사비를 분양수입금액에서 지급하는 조건으로 쟁점공사를 OOO건설에게 하도급주어 공사를 시행하면서 동 공사도급계약서상의 대급지급 조건에 따라 OOO건설이 청구법인에게 지급 청구한 공사대금을 당해연도에 발생한 외주공사비로 보아 청구법인의 작업진행률을 계산하였으며, 동 작업진행률을 근거로 청구법인의 분양손익을 계산하였는바, 청구법인이 청구법인과 특수관계가 없는 대기업인 시공사의 원가정보를 파악하는 것은 불가능하고, 건설공사를 도급주어 시행하는 시행사(공사 도급회사)의 작업진행률과 시행사로부터 건설공사를 도급받아 수행하는 시공사(공사 수급회사)의 작업진행률이 반드시 일치한다고 볼 수 없으므로 청구법인의 분양손익 계산시 적용할 작업진행률은 시공사의 작업진행률을 그대로 적용할 것이 아니라 시공사에 대한 외주공사비의 지급채무가 확정되는 시점에 당해 외주공사비를 청구법인의 총공사비누적발생액에 포함시키는 방법으로 계산하는 것이 타당하다.

(2) 처분청에서 시행사인 청구법인에 대하여 시공사의 작업진행률을 적용함에 따라 2003～2005사업연도의 과세표준이 증가하였으나, 그 금액은 공사완료사업연도인 2006사업연도까지 신고한 금액 중에서 귀속사업연도 변경에 따라 전기로 조정된 금액일 뿐 실질적인 수입금액 누락액이 없으므로 미납부가산세는 2006사업연도 신고.납부일까지만 적용하는 것이 타당한데도 처분청은 이 건 경정.고지 처분일까지 미납부한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 같이 주택을 신축하여 예약 매출하는 경우, 분양손익은 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도를 감안한 작업진행률을 적용하여 계산하여야 하며, 법인이 건설공사를 시공사에게 일괄 하도급 준 경우에는 그 법인의 분양손익은

「법인세법 시행규칙」제34조

제1항에 의한 시공사 등의 작업진행률에 의하여 계산할 수 있는 것OOO이므로 처분청이 시공사인 OOO건설의 작업진행률과 시행사인 청구법인의 작업진행률이 사실상 동일하다고 보아 OOO건설의 작업진행률에 의하여 청구법인의 각 사업연도 분양손익을 재계산한 것은 정당하다.

(2)

「법인세법」제76조

제1항의 납부불성실가산세의 산정방식이 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 대하여 납부하지 아니하고 경과한 일수를 곱하는 기간개념 방식을 취하고 있는 바, “자진 납부하는 날”의 의미는 납부한 사실 그 자체로 보아야 하는 것으로 청구법인의 경우는 2006사업연도 법인세를 신고하면서 합병법인인 주식회사 OOO으로부터 승계한 이월결손금 264억800만원을 청구법인의 당해 연도 소득금액 281억 7,900만원에서 공제하여 신고함에 따라 납부세액이 발생하지 않아(오히려 3억 4,500만원 환급발생)자진 납부한 사실이 없으므로 경과된 일수를 고지일의 전일까지로 하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 쟁점공사를 시공사인 OOO건설에게 일괄 하도급 하였다고 보아 OOO건설의 작업진행률에 의하여 청구법인의 분양손익을 재계산한 처분의 당부

(2) 경정으로 손익귀속시기를 재조정함으로써 일부 사업연도는 증액 결정되고 일부사업연도는 감액 경정된 경우 증액된 사업연도의 납부불성실가산세를 경정.고지일까지 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제64조 (2004. 12. 31. 법률 제7317호로 개정되기 전의 것)【납 부】① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

제76조【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다. (1998. 12. 28. 개정)

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항ㆍ제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 (2001. 12. 31. 개정)

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

(2) 법인세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19815호로 개정되기 전의 것) 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설.제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

(3) 법인세법 시행규칙(2007.3.30. 재정경제부령 제547호로 개정되기 전의 것) 제34조 【작업진행률의 계산 등】 ① 영 제69조 제2항 본문에서 "건설 등을 완료한 정도"라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설 외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시에 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 익금

계약금액×작업진행률-직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

당해 사업연도에 발생된 총비용

(4)

주택법 제24조

【주택의 감리 등】② 제1항에 따라 감리할 자로 지정받은 자(이하 “감리자”라 한다)는 자기에게 소속된 자를 대통령령이 정하는 바에 따라 감리원으로 배치하고, 다음 각호의 업무을 수행하여야 한다.

1. 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부

5. 그 밖에 주택공사건설의 시공감리에 관한 사항으로서 대통령령이 정하는 사항

③ 감리자는 제2항 각호에 따른 업무의 수행사항을 국토해양부령이 정하는 바에 따라 사업계획승인권자 및 사업주체에게 보고하여야 한다.

(5) 주택법 시행령 【감리자의 업무】① 법 제24조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 업무를 말한다.

3. 시공계획.예정공정표 및 시공도면 등의 검토.확인

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 OOO건설과 체결한 쟁점공사 도급계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

OOO

(나) 쟁점공사의 총분양예정가액과 각 사업연도말 현재 분양률은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

(다) 청구법인은 위 공사도급계약서상의 공사비 지급조건에 따라 OOO건설이 청구법인에게 청구한 도급공사비와 청구법인에게 별도로 발생한 공사비를 합한 금액을 총공사비누적발생액으로 보고, 이를 총공사예정비로 나누어 작업진행률을 계산하였는바, 청구법인이 계상한 연도별 총공사예정비, 총공사비누적발생액 및 작업진행률은 아래 ＜표2＞와 같다.

OOO

(라) 조사관서는 청구법인이 공사비로 신고한 금액 중 쟁점공사와 직접적인 관련성이 적다고 판단한 금액을 쟁점공사와 관련된 총공사비누적발생액에서 차감하여 당기비용으로 처리하고, OOO건설로부터 쟁점공사와 관련된 작업진행률을 제시받아 이를 청구법인의 작업진행률로 본 다음, 이를 근거로 청구법인이 OOO건설에게 지급하여야 할 도급공사비를 재계산(역산)하여 이를 청구법인의 총공사비누적발생액에 포함시킨 후, 동 총공사비누적발생액과 작업진행률을 근거로 청구법인의 공사손익을 재계산하였는바, 조사관서가 OOO건설로부터 받은 작업진행률 및 이를 근거로 재계산한 청구법인의 각 사업연도말 현재 총공사비누적발생액은 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO

(마) 쟁점공사와 관련된 토지원가는 쟁점①공사 213억800만원, 쟁점②공사 79억8,800만원 합계 292억9,600만원이며, 위 각각의 작업진행률과 총공사비누적발생액을 적용하여 청구법인과 조사관서가 계산한 청구법인의 각사업연도 공사손익은 아래 ＜표4＞와 같다.

OOO

(사) 청구법인은 ‘공사원가에 관한 정보는 일종의 기업비밀에 해당되어 청구법인이 청구법인과 특수관계가 없는 대기업인 OOO건설로부터 쟁점 공사와 관련된 원가정보를 사전에 파악하는 것은 사실상 불가능하였다’고 주장하였다.

(아)

「법인세법 시행령」제69조

의 규정을 보면, 계약기간이 1년 이상인 장기분양공사 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(“작업진행률”)를 기준으로 익금과 손금을 산정하도록 규정하고 있다.

(자) 이 건 청구법인의 작업진행률 산정에 있어서 당해 외주공사비에 대한 지급채무가 확정되는 시점(세금계산서 수취시점)보다는 쟁점공사의 완료한 정도를 반영하고 있는 시공사의 작업진행률을 기초로 산정하는 것이 타당하다고 보이는 점,

「주택법」제24조

및

동법 시행령 제27조

에 의해 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부, 시공계획.예정공정표 및 시공도면 등의 검토.확인 등을 사업주체인 시행사에 보고하여야 하므로 시행사는 시공사의 작업진행률 등의 정보를 파악할 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 시공사의 작업진행률을 기초로 하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청의 작업진행률 적용차이 및 이에 따른 손익계상의 차이는 아래 ＜표5＞, ＜표6＞과 같다.

OOO

(다) 처분청이 적용한 납부불성실 가산세 내역은 다음과 같이 나타난다.

1) 2003사업연도분 : 62,510,520원

62,510,520원 = 129,020,681원×3/10,000×1,615일*

*2004.4.1.~12.31.(275일)+2005년(365일)+2006년(365일)+2007년(365일)+2008.1.1~9.2.(245일) = 1,615일

2) 2004사업연도분 : 750,381,902원

750,381,902 = 2,001,018,403원×3/10,000×1,250일*

*2005.4.1.~12.31.(275일)+2006년(365일)+2007년(365일)+2008.1.1.~9.2.(245일)= 1,350일

3) 2005사업연도분 : 113,657,098원

113,657,098 = 428,086,994×3/10,000×885일*

* 2006.4.1.~12.31.(275일)+2007년(365일)+2008.1.1.~9.2.(245일)=885일

위 (가)～(다) 합계 : 926,549,520원

(라) 청구법인은 처분청이 시공사의 작업진행률을 적용함에 따라 2003～2005사업연도의 과세표준이 증가하여 추가납부세액이 발생하였으나, 그 금액은 공사완료 사업연도인 2006사업연도에 신고한 금액 중 귀속시기 변경에 따라 전기로 조정된 금액으로서 2006사업연도 법인세 신고.납부시 포함되었던 금액이므로 공사완료일이 속하는 2006사업연도의 신고.납부일인 2007.4.2.의 전일인 2007.4.1.까지 미납부한 것으로 보아 계산하는 것이 타당하다고 주장하였다.

다만, 2003.2004사업연도는 법인세율이 27%가 적용되고, 2005.2006사업연도는 25%의 세율이 적용되는 세율변경이 있었으므로 25%의 세율이 적용되던 2006사업연도의 과세표준에서 차감하여 27%가 적용되는 2003.2004사업연도의 과세표준에 증액된 금액은 2% 해당세액이 결과적으로 2008.9.2.까지 미납부한 것이므로 이 날까지 미납부세액을 계산하고, 그 나머지 과세표준이 25% 해당세액은 사용승인일이 속하는 사업연도 신고.납부일의 전날인 2007.3.30.까지 미납부한 것이므로 이 날까지 미납부세액을 계산하는 것이 타당하므로 이를 구분하여 가산세액을 계산한 후 합계하여야 한다고 주장하였다.

(4) 청구법인의 2006사업연도 법인세과세표준 및 세액신고서를 보면, 각 사업연도 소득금액은 28,172,104,545원이며, 이월결손금은 26,408,978,735원이고, 과세표준은 1,763,125,810원이며, 산출세액은 428,781,452원이고, 기납부세액 916,096,282원(중간예납세액 717,333,780원, 원천납부세액 127,627,832원, 추가납부세액 71,134,670원)으로 실지 납부한 세액은 499,916,122원이며, 차가감 환급세액 345,045,490원으로 나타난다.

(5) 처분청이 시공사의 작업진행률을 적용함에 따라 2003～2005사업연도의 과세표준이 증가하여 추가납부세액이 발생하였고, 그 금액은 공사완료 사업연도인 2006사업연도에 신고한 금액 중 귀속시기 변경에 따라 전기로 조정된 금액으로서 2006사업연도 법인세 신고.납부시 포함된 금액이고, 실제 2006사업연도에 실납부한 세액이 499,916,122원이 있는데도 처분청은 이 건 고지일까지로 하여 납부불성실가산세를 적용하였는바, 납부불성실가산세 무납부일수를 적용함에 있어 청구법인이 2006사업연도 법인세 신고시(2007.4.2.) 실제 납부한 499,916,122원에 한하여 2003사업연도부터 순차적으로 2007.4.1.까지로 하여 계산한 납부불성실가산세를 적용하여 경정하고, 관련된 국세환급가산금 상당액은 취소하여야 할 것으로 판단된다OOO.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 일부 이유있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호.제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.