조심 2019서2996 (2020.04.08)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2014.7.3. 설립되어 OOO를 본점소재지로 하여 건설업 등을 영위하는 법인으로, OOO을 시행하는 시행사이고, OOO 주식회사(이하 “시공사”라 한다)는 청구법인의 특수관계법인으로 쟁점공사의 시공사이다. 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.10.30.～2019.3.25. 기간 동안 청구법인에 대하여 통합조사를 실시한 결과, 쟁점공사와 관련하여 청구법인은 2016사업연도에 시공사로부터 수취한 매입세금계산서에 근거한 외주공사비와 지급수수료 등을 포함한 투입원가를 기준으로 작업진행률OOO을 계산하여 분양수입과 분양원가를 신고하였으나, 2017사업연도에는 시공사로부터 수취한 세금계산서에 근거한 외주공사비OOO에서 OOO원(이하 “쟁점금액”라 한다)을 객관적인 증빙없이 임의 차감한 외주공사비와 지급수수료 등을 포함한 투입원가를 기준으로 작업진행률OOO을 산정하여 분양수입 및 분양원가를 낮게 신고함으로써 분양수익 OOO원을 과소신고한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.4.24. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 자체적인 시공능력이 없는 시행사의 분양수익은 시공사의 「법인세법」상 작업진행률에 따라 인식하여야 하는바, 청구법인은 외주공사비에서 선급공사비(쟁점금액)을 제외함으로써 시공사의 작업진행률을 산정하고 이에 따라 분양수익을 적법하게 인식하였다. (가) 청구법인은 시공사로부터 청구받은 기성청구 중 실제 공사에 투입되지 않은 비용에 대하여 이를 선급공사비로 대체하였고, 작업진행률 계산시에도 위 선급공사비를 발생원가에서 제외함으로써 실제 시공사가 투입한 비용에 근거하여 공사수익을 산정하였다. (나) 시공사는 도급계약에 따라 감리단이 평가한 ‘공정률’에 따라 기성을 청구하였는데, 위 ‘공정률’은 「법인세법」상 시공사의 작업진행률인 “실제 투입원가(실제 투입공사비)/총예정원가(총공사예정비)”에 따라 산정된 것이 아니라 공사에 투입된 물량을 기준으로 산정하게 된다. 1) 각 공사별 공정률 계산방법을 살펴보면, ① OOO 경우 기성내역서를 이용하여 공정률을 산정한바, 시공사는 모든 공정의 품목과 수량을 산출하여 도급공사내역서를 작성하고, 월별로 시공된 부분에 대한 물량을 확인하여 기성내역서를 작성하였으며, 감리단에서는 공사에 투입된 물량을 검토.조정하여 기성내역서를 확정하고, 위 기성내역서상 기성률을 공정확인서의 공정률로 확정하였다. ② OOO의 경우 ‘보할공정률’을 이용하여 공정률을 산정하였다. ‘보할’은 “총공사대비 공정별 요율”을 의미하는데, 착공 초기에 공정별 보할이 적용된 보할공정표를 작성하고, 월별로 진행된 부위를 보할공정표를 참조하여 공정별 시공율을 합산한 것을 감리단이 실제 시공된 부분을 확인하고 보할공정표상 공정별 시공율을 검토.조정하여 공정률을 확정하였다. 요컨대, 시공사는 공사에 투입된 물량을 기준으로 공정률을 구하였고, 감리단은 물량이 투입되어 실제 시공된 부분을 확인하여 시공사가 제시한 공정률을 검증하였다. 2) 그런데 시공사의 「법인세법」상 작업진행률인 “실제 투입공사비/총예정공사비”와 공정률인 “실제 투입물량/총예정투입물량” 간에는 차이가 발생하는데, 이는 물량의 투입시점에 따른 구입단가 차이, 투입물량 간의 구입단가 차이, 시공별 필요한 물량 차이(물량 간 투입시기의 차이) 등에 기인한 것이다. 3) 이에 청구법인은 ① 시공사가 공정률(물량 기준)에 따라 청구한 외주공사비와 ② 물량을 투입하는 과정에서 실제 발생한 비용의 차이 부분을 선급공사비로 처리하고, 이를 작업진행률의 계산에서 제외하였다. 그 결과 청구법인은 시공사의 실제 투입공사비 즉, 「법인세법」상 작업진행률을 기준으로 분양수익을 인식할 수 있었다. (2) 분양수익을 시공사의 기성청구금액을 기준으로 인식하여야 한다는 근거가 존재하지 않는다. (가) 처분청은 청구인이 기성청구금액에 따라 매입계산서 및 매입세금계산서를 수취하였으므로, 위 기성청구금액을 기준으로 분양수익을 인식하여야 한다고 주장하나, 법인세법령은 어디까지나 기성청구금액이 아닌 실제 투입원가를 기준으로 작업진행률을 산정하는 것으로 규정하고 있고, 관련 판례(대법원 2014.2.27. 선고 2011두13842 판결) 및 심판결정례(국심 2008부3906, 2009.11.25.)는 시공사의 「법인세법」상 작업진행률에 따라 시행사의 분양수익을 인식하여야 한다고 판단하고 있다. 따라서 기성청구금액에 따라 매입계산서 및 매입세금계산서를 수취하였다는 점만으로, 이를 기준으로 분양수익을 인식하여야 한다는 어떠한 법적 근거도 존재하지 않는다. (나) 한편 「부가가치세법」은 세금계산서의 발급시기를 용역의 공급시기로 규정하고 있고(제34조), 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우의 공급시기는 대통령령으로 정하는 것으로 규정하고 있으며(제16조 제2항), 같은 법 시행령은 이 건 공사대금과 같이 중간지급조건부 용역의 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 규정하고 있는바(제29조 제1항), 이 건 도급계약서상 대가 즉, 공사대금은 공정률에 따라 청구, 지급되는 것으로서, 시공사의 기성대금 청구시점은 위 「부가가치세법 시행령」제29조 제1항이 규정하고 있는 “대가의 각 부분을 받기로 한 때”에 해당하므로, 청구법인이 위 공정률에 따른 기성청구금액에 따라 매입계산서 및 매입세금계산서를 수취한 것은 부가가치세법령에 부합한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 시행사로서 실제 지출된 공사원가.지급수수료 등을 기준으로 작업진행률을 계산하여 분양수익을 계산하여 왔다. 청구법인은 시행사로서 분양업무를 시행하면서 각종 대금을 직접 지급하고 있고, 쟁점공사에 대한 시공사의 기성청구서에 첨부된 공정확인서에는 공사진행현황과 공정률에 대한 감리자의 확인이 기재되어 있으며, 그 기성청구내역에 대하여 청구법인은 한번도 차감 없이 외주공사비로 계상해 온 사실로 볼 때, 동 기성청구금액을 공사원가로 볼 수 있고, 이렇게 청구된 시공사의 기성청구금액과 분양관련 비용 등을 포함하여 2016년 작업진행률을 계산하고 분양수익을 신고하였다. (2) 청구법인은 아무런 근거 없이 쟁점금액을 공사원가에서 제외하여 공사수익을 계산하였다. 청구법인이 2017년에 차감한 쟁점금액은 청구법인과 시공사 간의 도급계약서에 전혀 기재되어 있지 않고, 쟁점금액을 계산한 근거 또한 제시하지 못하고 있으며, 회사내부서류에 따르면, 2017년에도 2016년과 동일하게 지출된 공사금액과 지급수수료에 따라 작업진행률을 계산하였으나, 정당한 사유 없이 재계산한 것으로 확인되었는바, 당초 정당하게 산정하였던 2017년 작업진행률에 대하여 어떠한 근거나 증빙 없이 쟁점금액을 공사원가에서 차감함으로써 작업진행률을 임의 축소한 것이다. (3) 청구법인은 주식평가금액을 낮추기 위하여 임의로 쟁점금액을 차감한 것이다. 청구법인과 시공사는 특수관계법인으로 일감몰아주기 대상에 해당하여 2018.8.30. 청구법인의 주주OOO가 보유한 주식(50% 지분)을 시공사에 양도하였고, 이 과정에서 쟁점금액을 차감함으로써 작업진행률을 낮추어 공사수익을 적게 계상함으로써 청구법인의 비상장주식의 평가금액을 낮추기 위한 의도로 보여진다. (4) 청구법인은 세무조사 중에 작업진행률의 임의변경 사실을 인정하였고, 연결사업연도에 대하여 재계산한 작업진행률을 적용하여 경정청구하여 환급받았다. 청구법인도 시공사가 제시한 공정확인서 및 기성검사원 등에 따라 공사진행현황 및 기성율을 확인하였고, 2017년말에 공사원가에서 쟁점금액을 임의차감하여 작업진행률을 변경한 사실을 인정하여 ‘확인서’를 작성하였으며, 또한 조사 당시 2017년 작업진행률 변경에 대하여 인정하고, 2018년 작업진행률을 재계산하여 2019.4.22. 관할세무서에 경정청구하여 2019.5.31. 2018사업연도 법인세 OOO원을 환급받았다. (5) 이와 같이 청구법인은 시행사로서 공사원가와 지출된 비용에 대하여 현장별로 구분경리하였고, 시공사의 건설용역에 대하여 매월 감리업체의 기성검사에 의한 공정확인서 및 기성원가내역서 등에 기초하여 공사원가를 확인할 수 있었다. 그럼에도 불구하고 청구법인이 객관적인 근거 없이 쟁점금액을 임의차감하여 공사원가를 낮춰 작업진행률을 임의 변경함으로써 공사수익을 과소계상한 것은 법인의 합리적인 의사결정이 아니라 단지 주식가치를 낮추어 주주의 양도소득세를 낮추기 위한 것으로 보이므로 이 건 과세처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점금액은 공사선급금이므로 외주공사비에서 차감하고 작업진행률을 재계산하여 분양손익을 인식하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법(2017.10.1. 법률 제15022호로 개정되기 전의 것) 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (2) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. (단서 생략) (3) 법인세법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것) 제34조(작업진행률의 계산등) ① 영 제69조 제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다. 1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율 ② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다. ③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다. 1. 익금

2. 손금　당해사업연도에 발생된 총비용 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점공사의 시행사이고, OOO 주식회사는 시공사로서 특수관계법인이며, 쟁점공사내역은 아래 ＜표＞와 같다. (나) 청구법인은 쟁점공사의 진행상황을 시공사로부터 ‘총괄감리원이 확인한 공정확인서 및 기성내역원가명세서가 첨부된 기성검사원’이 첨부된 회차별 기성청구서를 받고, 그에 따라 시공사에게 매입(세금)계산서를 수취하고 외주공사비를 계상하였다. (다) 청구법인은 2016사업연도 법인세를 신고하면서, 시공사에서 기성청구하여 계상한 외주공사비와 사업시행에서 발생한 지급수수료 등을 포함하여 계산된 투입원가에 따라 작업진행률OOO을 계산한 분양수입 및 분양원가를 신고하였다. (라) 청구법인이 2017사업연도 법인세 신고시 시공사에게 지급한 기성청구금액(외주가공비) 중에서 OOO원(쟁점금액)을 차감한 공사원가를 기초로 계산한 작업진행률OOO을 적용하여 분양수입 및 분양원가를 신고하였다. (마) 조사청은 청구법인이 2017년에 외주공사비에서 차감한 쟁점금액은 공사계약서.기성확인원 등에 의하지 않고, 산정근거도 없는 사실을 확인하고 작업진행률을 재계산OOO하여 분양수입 OOO원을 익금산입(유보)하고 분양원가 OOO원을 손금산입(△유보)하였다. (바) 청구법인(도급인)과 시공사(수급인) 간에 체결한 쟁점공사의 도급계약서에 의하면, 기성부분금은 공정률에 따라 지급하도록 하면서, 제21조 제2항은 “기성부분은 제2조 제8호의 산출내역서의 단가에 의하여 산정한다”고 규정하고, 제2조 제8호는 “산출내역서라 함은 물량내역서에 수급인이 단가를 기재하여 도급인에게 제출한 내역서를 말한다”고 규정하고 있으며, 제24조 제4항에는 “본 계약서상 공사비는 본 사업의 분양수입금 및 사업주의 조달금으로 지불하되, 기성률 단위로 지불하며 기성대비 과부족이 발생하지 않도록 공사초기에는 과지급하기로 한다. 분양수입금은 분양계약과 관련하여 발생하는 상가 등의 분양금, 연체료, 할인료, 위약금, 은행이자 등을 포함한다”고 규정하고 있다. (사) 청구법인과 시공사의 재무제표에 기재된 공사선급금 및 공사선수금은 아래 ＜표＞와 같은바, 여기에는 쟁점금액이 선급금으로 나타나지 아니한다. (아) 한편 청구법인은 시공사가 보낸 2017년 공사진행률을 기초로 한 작업진행률은 기성청구 공사대금이 아닌 시공사가 실제 투입한 공사원가를 기준으로 산정하였으므로 적법하다고 주장하면서, 시공사의 쟁점공사 투입원가 계정별원장(2017년) 및 실행예산 총괄표, 시공사가 청구법인에게 보낸 공문(2017년 공사진행률), 시공사의 대체전표 및 청구법인의 전표내역, 회계감사법인의 검토서 등을 제출하였다. 1) 청구법인은 시공사로부터 수령한 공문을 기초로, OOO 선급공사비 OOO원와 OOO 선급공사비 OOO원에 대하여 각 “외주공사비 OOO /외상매입금 OOO”, “외주공사비 OOO /외상매입금 OOO”으로 회계처리하였는바, 이는 OOO의 공사대금 청구 시 청구인이 매월 회계처리하였던 “외주공사비*** /외상매입금***”에 대한 반대 회계처리에 해당한다. 2) 이와 관련, 청구법인은 외부감사인인 OOO회계법인에게 2017 사업연도의 선급공사비 및 분양수익 관련 회계처리가 법인세법상 인정받을 수 있는지 질의하였는바, 청구법인의 외부감사인은 2018.3.10. OOO이 실제 공사비를 초과하여 미리 청구한 성격의 선급공사비를 제외한 청구인의 분양수익 산정방법이 법인세법 제43조 및 기업회계기준에 따른 것으로 파악되므로 위 분양수익에 대하여 별도의 익금 산입 세무조정이 필요하지는 않다고 회신하였다. (자) 청구법인과 처분청이 제시한 쟁점공사의 누적 공사진행률을 비교하면 아래 ＜표＞와 같다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이 공사선급금이라고 주장하나, 청구법인과 시공사 간에 체결한 도급계약서상 쟁점금액이 적시되어 있지 아니할 뿐만 아니라 청구법인 및 시공사의 결산서(재무제표)상 청구법인의 쟁점공사 관련 공사선급금 또는 선수금 내역에도 나타나지 아니하며, 청구법인은 쟁점금액의 객관적.구체적인 산정내역이나 지급근거를 제시하지도 못하는 점, 심판청구과정에서 청구법인이 새로 제시한 시공사의 공사원가는 관련 증빙자료에 따라 구체적으로 검증되지 아니한 점, 쟁점공사의 시행사인 청구법인의 분양손익을 계산함에 있어 쟁점공사를 완료한 정도, 즉 작업진행률을 기준으로 하여야 할 것인바, 감리자가 확인.보고한 공정확인서, 기성검사원, 기성내역원가계산서 등에 의한 시공사의 공사진행률을 적용하여 쟁점금액을 포함한 청구법인의 외주가공비를 산정하고 이를 기초로 작업진행률을 계산하여 분양손익을 인식하는 것이 보다 신빙성이 있고 합리적이라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점금액은 공사선급금이므로 외주공사비에서 차감하고 작업진행률을 재계산하여 분양손익을 인식하여야 한다는 청구법인의 주장을 그대로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.