서울고등법원-2011-누-13134 (2012.02.10)

사 건

2011누13134 부가가치세등경정처분취소

원고, 피항소인

주식회사 XX

피고, 항소인

종로세무서장

제1심 판 결

서울행정법원 2008. 4. 17. 선고 2007구합35029 판결

환송전당심판결

서울고등법원 2008. 11. 20. 선고 2008누13004 판결

환 송 판 결

대법원 2009. 3. 12. 선고 2009두119 판결

재환송전당심판결

서울고등법원 2009. 7. 22. 선고 2009누8665 판결

재 환송판결

대법원 2011. 4. 14. 선고 2009두14286 판결

변 론 종 결

2011. 12. 16.

판 결 선 고

2012. 2. 10.

주 문

1. 제1심 판결 중 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 2,086,492,370원 부과처분 중 1,765,493,545원을 초과하는 부분, 2004년 제1기분 부가가치세 2,908,415,580원 부과처분 중 2,695,684,953원을 초과하는 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하한다.

2. 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 2,086,492,370원 부과처분 중 1,765,493,545원 부분, 2004년 제 1기 분 부가가치세 2,908,415,580원 부과 처분 중 2,695,684,953원 부분에 관한 피고의 항소를 기각한다.

3. 원고의 재환송전 당심에서의 청구취지 변경에 따라,

가. 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 190,579,800원의 부과처분 중 94,851,900원을 초과하는 부분에 관한 이 사건 소를 각하하고,

나. 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 190,579,800원의 부과처분 중 94,851,900원에 관한 부분, 2004년 제2기분 부가가치세 952,899,000원의 환급거부처분을 취소한다.

4. 항소제기 이후의 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 2,086,492,370원, 2004년 제1기분 부가가치세 2,908,415,580원, 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 190,579,800원의 부과처분, 2004년 제2기분 부가가치세 952,899,000원의 환급거부처분을 모두 취소한다(원고는 재환송전 당심에서 위 청구 중 ’2004년 제2기분 부가가치세 190,141,800원의 부과처분을 취소한다’는 부분을 위와 같이 2004년 제2기분 부가가치세 가산세와 2004년 제2기분 부가가치세 환급거부처분을 취소한다’로 청구취지 변경을 하였다. 한편 원고는 위 청구 외에도 2003년도 법인세 353,098,700원, 2004년도 법인세 677,645,160원의 각 부과처분을 모두 취소한다는 청구를 하였는데, 이에 대하여는 대법원에서 재환송전 당심 판결이 확정되었다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 재환송후 당심의 심판대상

원고가 제1심에서 변경 전 청구취지 기재의 각 부가가치세 및 법인세 부과처분의 취소를 구한 데 대하여, 제1심 법원은 원고의 청구를 모두 인용하였다. 그런데 피고가 항소한 재환송전 당심은 제1심 판결을 변경하여 원고의 청구 중 법인세 부과처분을 취소 하고 원고의 나머지 청구를 기각하였다. 이에 원고가 부가가치세 부과처분 부분에 대하여, 피고가 법인세 부과처분 부분에 대하여 각 상고하자 상고심은 법인세 부과처분 부분에 대한 피고의 상고를 기각하고 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 원고 패소 부분에 대하여는 파기 환송하는 판결을 선고함으로써, 원고의 청구 중 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 원고 승소로 확정되었다.

따라서 이 사건 청구 중 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분만이 이 법원의 심판대상이 된다.

2. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 4. 21. 서울 종로구 XX동 89-3 XX빌딩에서 사업자등록을 한 후, 2004. 4. 23. 서울 종로구 OO동 141-1 OO빌딩 000호로 사업장을 이전하여 귀금속제작 및 수출입업을 영위하다가, 2006. 12. 15. 폐업하였다.

나. 원고는 2003. 7. 11.부터 2004. 11. 11.까지 사이에 XX 주식회사 등 8개 법인으로부터 공급가액 합계 52,342,612,840원 상당의 금지금(金地金, Gold Ingot, 이 사건에서는 ’금괴·골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1,000분의 995 이상인 금’을 말한다)을 매입하여 사용하거나 수출하고, XX 주식회사 등으로부터 받은 매입세금계산서를 수취하여, 위 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간에 부가가치세 환급 신고를 하였다.

다. 피고는 서울지방국세청장으로부터 이 사건 세금계산서 중 일부인 46,855,212,420원에 해당하는 세금계산서(이하 ’이 사건 세금계산서’라 하고, 이를 발행한 법인을 ’이 사건 매입거래처’라 하며, 이 사건 세금계산서의 대상이 된 금지금을 ’이 사건 금지금’이라 한다)가 실제 공급자와 세금계산서에 기재된 공급자가 서로 다른 위장매입에 의한 세금계산서라는 통보를 받고, 부가가치세에 관하여는 이 사건 세금계산서의 매입 세액을 불공제하고, 법인세에 관하여는 증빙서류 미수취 가산세를 적용하여, 2005. 12. 1. 원고에게 2003년 제271분 부가가치세 2,086,492,370원, 2004년 제1기분 부가가치세 2.908.415.580원, 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 190,579,800원을 부과하고, 2004 년 제2기분 부가가치세 환급신청세액 952,899,000원의 환급을 거부하는 한편, 증빙서류 미수취 가산세로서 2003년도 법인세 353,098,700원, 2004년도 법인세 677,645,160 원을 각 부과하였다.

라. 원고는 이 사건 처분 등에 불복하여 국세심판원에 심사청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 5. 14. 원고의 위 심사청구를 기각하였다.

마. 한편 피고는 재환송후 당심에 이른 2011. 5. 3. 위 각 부가가치세 부과처분 중 세금계산서 기재불성실 가산세 및 세금계산서 합계표 미제출에 따른 가산세를 제외하여 2003년 제2기분 부가가치세를 "2,086,492,370원”에서 320,998,826원을 감액하여 "1,765,493,545원”으로, 2004년 제1기분 부가가치세를 "2,908,415,580원”에서 212,730,628원을 감액하여 "2,695,684,953원”으로, 2004년 제271분 부가가치세 가산세를 "190,579,800원”에서 95,289,900원을 감액하여 "94,851,900원”으로 각 감액경정하였다(이하에서는 감액경정된 각 부가가치세 부과처분과 위 환급거부처분만을 합하여 ’이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2, 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 이 사건 소 중 부적법한 부분에 관한 직권 판단

위 처분의 경위에서 본 바와 같이 피고의 2011. 5. 3.자 감액경정으로 2003년 제2기분 부가가치세 중 1,765,493,545원을 초과하는 부분, 2004년 제1기분 부가가치세 중 2,965,684,953원을 초과하는 부분, 2004년 제271분 부가가치세 가산세 중 94,851,900원 을 초과하는 부분은 이미 소멸하였으므로, 이 소멸된 부분에 대한 원고의 부과처분 취소청구는 소의 이익이 없으므로 부적법하다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고

원고는 이 사건 매입거래처로부터 이 사건 금지금을 정상적으로 매입한 뒤 이 사건 세금계산서를 받고, 그 매입대금과 부가가치세를 은행 지로를 통하여 지급하였으며, 또한 매입한 금은 모두 정상적인 경로를 통하여 홍콩 소재 회사들에 수출하고, 그 대금도 원고의 예금계좌로 정확하게 입금받았다. 따라서 이 사건 금지금 거래는 모두 실제와 부합하는 정상적인 거래이다. 그런데도 피고가 원고의 거래업체의 연장선에 폭탄업체가 있다는 점 등 몇 가지 정황만을 근거로 하여 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고

이 사건 세금계산서는 위장매입에 의한 허위세금계산서이다. 설령 그렇지 아니하더라도 ① 이 사건 금지금은 수입에서 수출까지 매우 짧은 기간 내에 여러 단계의 도매업체들을 거쳐 유통되었으나 그 과정에서 부가가치 창출은 전혀 없었고, 수출가격이 수입가격보다 더 낮아 전체적으로 손해를 보면서 수출을 하는 비정상적인 거래구조였으며, 각 거래당사자가 얻는 수익의 궁극적인 원천은 수출업체가 국가로부터 환급받은 부가가치세액 중 폭탄업체가 납부하지 아니한 부분이었던 점, ② 이 사건 금지금의 수출가격은 국제시세 및 국내시세와 비교하여도 상당히 저렴하였고, 원고를 포함한 거래 당사자들이 이 사건 금지금을 국내에 유통시켰다면 훨씬 더 많은 이익을 얻을 수 있었음에도 굳이 여러 단계의 유통과정을 거쳐 수출을 한 사정을 고려할 때 원고는 부가가치세 환급을 목적으로 이 사건 금지금 거래를 한 것으로 볼 수밖에 없는 점, ③ 고도의 환가성을 가진 물건인 이 사건 금지금을 담보도 없이 대금을 받지 아니한 채 먼저 인도한 후 나중에 대금을 받는다는 것은 경험칙에 비추어 수긍하기 어려운 점 등을 종합하면, 원고는 이 사건 금지금에 관한 일련의 거래과정에서 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제 · 환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 채 이 사건 금지금 거래를 한 후 매입세액의 공제 및 환급을 구하는 것이어서 이러한 주장은 국세기본법 제15조에서 규정한 신의성실의 원칙에 위배되어 허용될 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 2002년경부터 2004. 12. 31. 조세특례제한법의 개정 전까지 서울 종로 소재 귀금속업체들 사이에서는 부가가치세 영세율 또는 면세 제도를 악용하여, 금지금을 수입한 후 이를 영세율 또는 면세로 여러 단계를 거쳐 유통시키다가 폭탄업체에 이르러 과세금으로 전환시킨 후, 다시 여러 단계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서, 폭탄업체는 부가가치세를 납부하지 않고, 수출업체는 폭탄업체가 납부하지도 않은 부가가치세를 환급받는 형태의 이른바 폭탄영업이 만연하였다.

2) 원고의 대표이사인 문AA은 미술대학을 졸업하고 미술학원 운영, 신문기자 등을 거쳐 2001년부터 2002. 12.까지 초등학교 미술특활반 강사로 있다가 2003. 3. 25. 원고를 설립하였는데, 그 이전에 무역업 또는 금지금 도매와 관련된 업무는 한 적이 없었다.

3) 원고의 이 사건 매입거래처는 XX 주식회사, OO금은 주식회사, □□금은 주식회사, 주식회사 △△상사, 주식회사 ◇◇금은, 주식회사 HH상사 등의 6개 업체인데, 위 매입거래처는 JJ무역, SS, GG, MM무역, KK코리아, WW아이피, LL, NN골드 등의 전형적인 폭탄업체를 거쳐 많은 양의 금지금을 매입하였다.

4) 이 사건 매입거래처 중 가장 큰 비중을 차지하는(총 매입가액의 80% 이상) XX 주식회사(이하 ’XX’이라 한다)를 실제 운영하는 이BB은 2008. 8. 14. 서울 중앙지방법원에서 ”폭탄업체를 통한 금지금 거래를 이용하여 부가가치세 14,107,996,838원을 포탈하였다”는 범죄사실로 징역 2년 6월에 집행유예 4년 및 벌금 150억 원의 형을 선고받았고, 2008. 11. 13. 그에 대한 피고인 및 검사의 항소가 모두 기각되었다.

그리고 또 다른 주요 매입거래처인 □□금은 주식회사(이하 ’□□금은’이라 한다)를 실제 운영하는 박CC은, "2001. 4. 3.부터 2004. 5. 10.까지 EE주얼리 등 45개의 폭탄업체의 실제 운영자들과 공모하여 위 폭탄업체들로부터 금지금을 과세로 매입한 다음 과세도관업체들을 거쳐 폭탄업체에 거래대금(부가가치세 포함)을 송금하여 주고, 위 45개의 폭탄업체 운영자는 당해 업체 명의의 재산을 거의 남겨두지 않는 등의 방법으로 약 740억 원 상당의 부가가치세를 포탈하였다”는 범죄사실로, 2008. 1. 2. 서울중앙지방법원에서 징역 5년 및 벌금 1,500억 원을 선고받았고, 이에 불복하여 서울고등법원에 항소를 제기하였으나, 2008. 6. 20. 항소기각 판결을 선고받았다.

5) 원고는 2003. 8. 8.부터 2004. 2. 13.까지 사이에 XX, □□금은 또는 주식회사 ◇◇금은(이하 ’◇◇금은’이라 한다)으로부터 금지금을 매입한 것을 비롯하여 이 사건 금지금을 대체로 수입 당일 또는 2-3일 후에 이 사건 금지금을 홍콩에 소재한 YY골드(YY GOLD DEALERS. LTD)와 AA골드(AA GOLD TRADING HK CO. LTD)라는 회사들에 수출하였다. 원고의 대표이사인 문AA은 이 사건으로 서울지방국세청에서 조사를 받을 당시 YY골드와 거래를 하게 된 경위에 관하여 ”한국 내 미국 보석 감정사 자격 취득자협회 협회장으로 있는 우DD으로부터 소개를 받았다. 우DD으로부터 연락처만 받고 YY골드에 전화를 하여 회사의 연혁, 위치, 매입가능 여부 등을 물어보았고, 매입의사가 있으면 국내에서 매입하여 그날 저녁 직접 금지금을 가지고 홍콩으로 가서 YY골드에 찾아갔으며 YY골드는 중량, 순도 등을 확인한 다음 곧바로 입금을 하여 주었다· 2003. 12. 이후부터는 공항으로 YY골드의 직원들이 마중을 나와 그들에게 인수증만 받고 금지금을 건네주었고, 대금은 다음날 오전에 송금받았다. 첫 거래는 전화로만 통화한 후 수출하였기 때문에 계약서 없이 진행되었고, 그 이후 8월경 계약서를 작성하였는데 전체적인 계약은 1년 단 위로 하였다. 몇 번의 거래로 신뢰가 생겨 담보의 확보 등의 조치는 취하지 않았다”는 취지로 진술하였다.

6) 원고는 수출 당일의 국제시세보다 낮은 가격에 이 사건 금지금을 수출하였다.

7) 원고는 이 사건 매입처에 매입의사를 밝힌 후 금지금을 인도받기 전에 미리 대금을 입금한 경우가 있었고, 매입한 지금은 원고의 사업장으로 오지 않고 공항으로 직접 이동된 경우가 많았다.

8) 금지금에는 제조사, 브랜드, 고유번호가 각인되어 있는데, 원고는 이 사건 금지금을 매입하고 수출함에 있어 제조회사 또는 브랜드명, 고유번호, 순도 등을 확인할 수 있는 아무런 기록도 남기지 아니하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제4 내지 6호증의 각 기재, 을 제7호증 일부 기재 (원고가 이 사건 금지금을 □□금은, XX, ◇◇금은으로부터 매입한 사실에 관한 부분) 을 제10, 14, 16호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

[배척증거] 을 제7호증의 기재 중 나머지 부분(뒤에서 기재한 바와 같은 이유)

라. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 ’재화의 공급’을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 ’재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항에 정한 ’인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용 · 소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적 · 구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 규정하고 있는 ’사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명 책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건의 경우 앞서 든 증거들에 의하여, 원고는 2003. 7. 11.부터 2004. 11. 11.까지 XX을 비롯한 6개 법인으로부터 공급가액 합계 52,342,612,840원 상당의 금지금을 각 매입하고 매입 당일 그 각 금지금을 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급하고 XX을 비롯한 6개 법인으로부터 그 거래에 따른 세금계산서들을 각 교부받은 사실, 원고는 위 각 금지금을 매입한 직후 그 전부를 홍콩 소재 수입상에게 수출한 사실이 인정되는 이상 이 사건 전체거래 중의 하나인 이 사건 거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정할 수 없다.

따라서 이 사건 거래에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 그 계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 것으로서 ’사실과 다른 세금계산서’에 해당한다고 보기는 어려우므로 원고의 위 부분 주장은 이유 있다.

2) 신의성실의 원칙 적용 여부

가) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ’국세기본법’이라 한다) 제15조는 ”납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫓아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다"고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있다.

따라서 조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것이고 이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 적용될 수 있다(국세기본법 제1조, 제3조 제1항 본문).

한편 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제15조 및 제17조 제1항의 규정은 이른바 전단계세액공제 제도를 채택하고 있는데, 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제 · 환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99다33984 판결 등 참조). 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제 · 환급을 위 한 재원이 되므로 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 만일 연속되는 일련의 거래에 있어 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(이하 ’부정거래’라고 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제 · 환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득 이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없을 것인바, 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다.

물론 위와 같은 사유가 있다 하여도 부정거래의 존재를 전혀 알 수 없는 상황에서 거래를 한 수출업자라면 원칙적으로 부가가치세법이 정하는 바에 따라 매입세액을 공제 · 환급받을 수 있음을 부인하여서는 아니 될 것이다. 그러나 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제 · 환급 제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위라고 할 것이므로 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제 · 환급해 주는 것은 부정거래로 부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다.

이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제 · 환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 보아야 한다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도 불구하고 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 상당하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자와 간에 구체적인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조).

나) 그런데 위 법리에 비추어 볼 때 원고의 이 사건 금지금 수출로 인한 매입세액의 공제 · 환급을 구하는 것이 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 위배된 것이어서 이를 받아들일 수 없기 위하여는 이 사건 금지금 수출 이전의 거래과정에서 악의적 사업자가 존재하여야 하고, 수출업자인 원고가 이 사건 금지금 수출 이전의 거래과정에서 악의적 사업자가 존재하였음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였을 것이 요구된다고 할 것인데 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 원고의 이 사건 금지금 수출 이전의 거래과정에서 악의적 사업자가 존재한다고 인정하기 어려울 뿐만 아니라 더 나아가 피고가 주장하는 사정을 감안하더라도 원고가 조세포탈을 목적으로 악의적 사업자와 공모하였다거나 이 사건 각 금지금에 관한 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제 · 환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았다거나 중대한 과실로 위 사정을 알지 못하였다고 인정하기 어렵다.

(1) 피고는, 원고가 한 이 사건 금지금 거래가 그 이전의 과정에서 폭탄업체를 거친 거래라는 증거로 을 제6호증(BB쥬열리 2003. 4. 21.- 2004. 12. 31. 거래내역도) 및 을 제7호증의 1 내지 4(각 거래흐름도)의 기재를 제시하고 있다. 그러나 다음과 같은 점에서 위 증거들만으로 원고가 □□금은, XX 또는 ◇◇금은으로부터 공급받은 이 사건 금지금이 폭탄업체를 경유한 금지금이라고 인정하기 부족하다.

(가) 을 제6호증, 을 제7호증의 1의 기재에 의하면, 2003. 8. 8. 원고가 □□금은으로부터 공급받은 금지금은 공급받기 이전에 폭탄업체인 JJ무역과 과세중간상인 CC골드를 거친 것으로 나타나 있다. 그러나 갑 제158호증의 1, 2의 각 기재(□□금은 매입 및 매출계정별 원장)에 의하면, □□금은이 2003. 8. 8. 매입한 총금중량은 200,653.59g이고, 매도한 총금중량은 237,522.56g인 점에 비추어 □□금은은 2003. 8. 8. 기준으로 같은 날 CC골드로부터 한번에 50,000g을 2회에 걸쳐 매입한 금지금을 제외하고도 137 ,522.56g(237 ,522.56g-100,000g)을 거래하였고, 원고는 같은 날 □□금은으로부터 두 차례에 걸쳐 40,000g과 10,000g을 다른 가격에 매입하였으며, 더구나 같은 날 (주)DD글로벌이 50,000g을, (주)FF과 GG글로벌(주)가 40,000g을 각 대량으로 □□금은으로부터 매입한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실로부터 알 수 있는 사정 즉, ① □□금은은 2003. 8. 8. CC골드로부터 매입한 금지금 이외에도 다량의 금지금을 보유하고 있었고, 또한 원고 이외의 매출처에도 다량의 금지금을 매도한 것으로 보이는 점에 비추어 원고가 □□금은으로부터 매수한 금지금이 CC골드로부터 매입한 것을 그대로 거래한 것으로 단정할 수 없는 점, ② 더구나 원고가 □□ 금은으로부터 2003. 8. 8. 두 차례에 걸쳐 40,000g과 10,000g을 다른 가격으로 매입한 점을 감안할 때 □□금은이 CC골드로부터 50,000g씩 두 차례 걸쳐 매수한 금지금을 원고에게 그대로 매도한 것으로 보기 어려운 점 등을 종합해 볼 때 원고가 2003. 8. 8. □□금은으로부터 매수한 금지금이 CC골드를 거친 금지금이라고 단정할 수 없다.

(나) 을 제6호증, 을 제7호증의 l의 기재에 의하면, 2003. 8. 18. 원고가 □□금은으로부터 공급받은 금지금은 공급받기 이전에 폭탄업체인 JJ무역과 과세중간상인 CC골드를 거친 것으로 나타나 있다. 그러나 갑 제158호증의 1, 2의 기재(□□금은 매입 및 매출계정별 원장)에 의하면, □□금은이 2003. 8. 18. 매입한 총금중량은 270,000g이고, 매도한 총금중량은 296,147.57g인 점에 비추어 □□금은은 2003. 8. 18. 기준으로 같은 날 CC골드로부터 두 차례에 걸쳐 각 50,000g, 35,000g을 매입한 금지금을 제외하고도 211,147.57g(296,147,57g-85,000g)을 거래하였고, 원고는 같은 날 SS금은으로부터 10,000g만을 매입하였을 뿐이며, 더구나 같은 날 GG글로벌(주), RR교역(주), (주)PP골드가 50,000g을, (주)QQ이십일이 20,000g을 각 대량으로 □□금은으로부터 매입한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, □□ 금은은 2003. 8. 18. CC골드로부터 매입한 금지금 이외에도 다량의 금지금을 보유하고 있었고, 또한 원고 이외의 매출처에도 다량의 금지금을 매도한 것으로 보이므로 원고가 2003. 8. 8. □□금은으로부터 매수한 금지금이 CC골드를 거친 금지금이라고 단 정할 수 없다.

(다) 을 제6호증, 을 제7호증의 1의 기재에 의하면, 2003. 8. 19., 같은 달 20.에도 원고가 □□금은으로부터 공급받은 금지금은 공급받기 이전에 폭탄업체인 JJ무역과 과세중간상인 CC골드를 거친 것으로 나타나 있으나, 위 (나)항에서 본 바와 같은 이유로 원고가 2003. 8. 19.과 같은 날 20.에 □□금은으로부터 매수한 금지금이 CC골드를 거친 금지금이라고 단정할 수 없다.

(라) 을 제6호증, 을 제7호증의 2의 기재에 의하면, 2003. 10. 27. 원고가 XX으로부터 공급받은 금지금은 공급받기 이전에 폭탄업체인 MM무역과 과세중간상인 (주)TT인터네셔날과 (주)UU를 거친 것으로 나타나 있다. 그러나 갑 제162 호증의 기재(XX 수불내역)에 의하면, XX이 2003. 10. 27. 매입한 총금중량 은 90,000g이고, 매도한 총금중량은 143,000g인 점에 비추어 XX은 2003. 10. 27. 기준으로 같은 날 (주)UU로부터 매입한 40,000g의 금지금을 제외하고도 103,000g(143,000g-40,000g)을 매도하였고, 원고는 같은 날 □□금은으로부터 22,000g 만을 매입하였을 뿐이며, 더구나 같은 날 VV(주)이 50,000g을 XX으로부터 매입한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, XX은 2003. 10. 27. (주) UU로부터 매입한 금지금 이외에도 다량의 금지금을 보유하고 있었고, 또한 원 고 이외의 매출처에도 다량의 금지금을 매도한 것으로 보이므로 원고가 2003. 10. 27. XX으로부터 매수한 금지금이 (주)UU를 거친 금지금이라고 단정할 수 없다.

(마) 을 제6호증, 을 제7호증의 2의 기재에 의하면, 2003. 10. 23., 같은 해 12. 11.에도 원고가 XX으로부터 공급받은 금지금은 그 이전에 폭탄업체인 NN골드와 과세중간상인 (주)GG와 (주)UU를 거친 것으로 나타나 있으나, 위 (라)항에서 본 바와 같은 이유로 원고가 2003. 10. 23., 같은 해 12. 11.에 XX으로부터 매수한 금지금이 (주)UU를 거친 금지금이라고 단정할 수 없다.

(바) 위 (가)-(마) 기재와 같은 사정에 비추어, 원고가 □□금은, XX 또 는 ◇◇금은으로부터 매입한 이 사건 금지금 전부가 □□금은, XX 또는 ◇◇금은으로 유입되기 전단계에서 을 제7호증의 l 내지 4의 기재된 바와 같이 폭탄업체인 JJ무역, SS, GG, MM무역, KK코리아, WW아이피, LL, NN골드 등을 거쳤다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(설령 원고가 □□금은, XX, 또는 ◇◇금은으로부터 매입한 이 사건 금지금 일부가 삼 성금은, XX, ◇◇금은으로 유입되기 전 단계에서 위 폭탄업체들을 거쳤다고 할지 라도 위 폭탄업체를 거친 금지금과 그렇지 아니한 금지금을 구별할 수도 없으므로 을 제7호증의 1 내지 4의 기재는 이에 관하여 신빙성이 부족하다고 볼 수밖에 없다).

(2) 한편 갑 제132호증의 기재에 의하면, 원고는 □□금은 및 XX으로부터 매수한 금액보다 더 낮은 가격으로 YY골드 등에 수출한 것이 아니라 이익을 남겨 이 사건 금지금을 수출한 사정이 인정되는바, 피고 주장과 같이 단순히 원고가 국제시세보다 낮은 가격에 수출하였다는 사정만으로 원고가 폭탄업체가 낀 금지금의 순환구조 속에서 폭탄업체의 존재 때문에 이 사건 금지금을 수출한 것이라고 단정하기 어렵고, 또한 같은 증거 에 의하면, 2003. 7. 11.-2003. 8. 26., 2003. 9. 2., 2003. 12. 1., 2004. 2. 2. □□금은 또는 XX으로부터 매입한 금지금의 양과 같은 날 YY골드에 수출한 금지금의 양이 일치하지 아니한 사정이 인정되는데, 이러한 사정은 폭탄 업체가 개입된 다른 거래에서는 쉽게 찾아보기 어렵다.

(3) 그 밖에도 갑 제74호증의 2, 갑 제96호증의 3, 갑 제126호증의 기재를 의하면, □□금은은 2003. 7.경 1회 ZZ(주)으로부터, 2003년 후반기에 4회 ▽▽(주) 온산제련소로부터 금지금을 매입하였고, 원고가 2004. 3. 18., 2004. 11. 11. YY골드에 수출한 금지금 중에서 ZZ(주)가 제련한 금지금도 포함되어 있었던 사정이 인정되는바, 일반적으로 폭탄업체가 낀 거래에서 사용되는 금지금은 과세 전환금 또는 수입금인 점을 고려해 볼 때 위와 같은 사정은, 원고가 수출한 금지금 전부를 폭탄업체가 낀 거래로 취득한 것으로는 볼 수 없게 만든다.

(4) 다른 한편, 거래의 행태면에서는 원고의 이 사건 금지금 수출이 피고가 주장하는 바와 같이 일반적이고 합리적인 거래라고 보기에 의심되는 사정이 있어 보이지만, 갑 제110 내지 115호증(가지번호 포함), 문AA에 대한 당사자 본인심문결과, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 대표이사인 문AA은 원고의 운영자금 5억 원 가량을 자신의 부친, 오빠, 외사촌 등으로부터 마련하였고, 서울 종로구 OO동 141-1 OO빌딩 000호라는 정상적인 사무실에 직원을 두고 이 사건 금지금을 직접 거래한 사실, 원고가 YY골드 등에 이 사건 금지금을 수출할 때 문AA이 직접 또는 직원을 통하여 홍콩에 가서 YY골드 등에게 인도한 사실 등이 인정되는바, 이와 같은 사실들은 원고가 정상적으로 금지금을 수출한 업체라고 볼 수 있는 개별적 사정이 된다 할 것이다.

다) 따라서 원고가 이 사건 금지금을 수출한 후 이 사건 세금계산서의 발행을 근거로 하여 매입세액의 공제 · 환급을 구하는 것이 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기에 어려우므로 이에 관한 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

5. 결론

그렇다면, 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 제271분 부가가치세 2,086,492,370원 부과처분 중 1,765,493,545원을 초과하는 부분, 2004년 제1기분 부가가치세 2,908,415,580원 부과처분 중 2,695,684,953원을 초과하는 부분, 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 190,579,800원의 부과처분 중 94,851,900원을 초과하는 부분에 관한 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 피고의 이 사건 처분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로 이 사건 처분에 관한 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심 판결 중 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 2,086,492,370원 부과처분 중 1,765,493,545원을 초과하는 부분, 2004년 제1기분 부가가치세 2,908,415,580원 부과처분 중 2,695,684,953원을 초과하는 부분은 이 법원과 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하하고, 제1심 판결 중 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2003년 제2기분 부가가치세 2,086,492,370원 부과처분 중 1,765,493,545원, 2004년 제1기분 부가가치세 2,908,415,580원 부과처분 중 2,695,684,953원에 관한 부분은 이 법원과 결론을 같이하여 정당하므로 이 부분에 관한 피고의 항소를 기각하고, 원고가 재환송전 당심에서 청구취지를 변경함에 따라, 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분 부가가치세 가산세 190,579,800원의 부과처분 중 94,851,900원을 초과하는 부분에 관한 이 사건 소를 각하하고, 피고가 2005. 12. 1. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분 부가가치 세 가산세 190,579,800원의 부과처분 중 94,851,900원에 관한 부분, 2004년 제2기분 부가가치세 952,899,000원의 환급거부처분에 관하여는 새로 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.