서울행정법원-2007-구합-35029 (2008.04.17)

주 문

1. 피고가 2005. 12. 1. 원고에게 한 2003년도 제2기분 부가가치세 2,086,492,370원, 2004년 제1기분 부가가치세 2,908,415,580원, 2004년도 제2기분 부가가치세 190,141,800원, 2003년도 법인세 353,098,700원, 2004년도 법인세 677,645,160원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 4. 21. ○○시 ○○구 ○○ 동 ○○번지 ○○빌딩에서 사업자등록을 한 후 2004. 4. 23. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 304호로 사업장을 이전하여, 귀금속제작 및 수출입 업을 영위하다가 2006. 12. 15. 폐업하였다.

나. 원고는 2003. 7. 11.부터 2004. 11. 11.까지 사이에 ○○금은 주식회사(이하 ‘○○금은’이라고 한다) 등 8개 법인으로부터 공급가액 합계 52,342,612,840원 상당의 금지금(金池金, Gold Ingot, 이 사건에서는 ‘금괴⋅골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1,000분의 995 이상인 금’을 말한다)을 매입하여 사용하거나 수출하고 ○○금은 등으로부터 받은 매입세금계산서를 수취하여, 위 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간에 부가가치세 환급 신고를 하였다.

다. 피고는 ○○지방국세청장으로부터 이 사건 세금계산서 중 일부인 46,855,212,420원에 해당하는 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)가 실제 공급자와 세금계산서에 기재된 공급자가 서로 다른 위장매입에 의한 세금계산서라는 통보를 받고, 부가가치세에 관하여는 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 법인세에 관하여는 증빙서류 미수취 가산세로서, 2005. 12. 1. 원고에게 2003년도 제2기분 부가가치세 2,086,492,370원, 2004년 제1기분 부가가치세 2,908,415,580원, 2004년도 제2기분 부가가치세 190,141,800원, 2003년도 법인세 353,098,700원, 2004년도 법인세 677,645,160원을 경정⋅고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 국세심판원에 국심 2006서3913호로 심사청구를 하였으나, 국세심판원은 2007. 5. 14. 원고의 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑1~100, 을1,2(각 가지번호 포함)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1)원고의 주장

(가) 원고는 이 사건 세금계산서 기재와 같은 내용의 거래를 실제로 하였고, 원고가 금지금을 매입하여 수출하면서 금지금공급자에게 대금과 부가가치세를 은행 지로를 통하여 지급하였으며, 금지금을 수출한 결과 그 대금 역시 원고의 예금계좌에 정확히 입금된 것에 비추어 보면, 이 사건 거래는 모두 정상적인 거래이지 자료상을 이용한 거래가 아니다.

(나) 피고는 원고와 거래한 업체들이 폭탄업체, 도관업체들과 관련이 있다는 점을 근거로 이 사건 처분을 하였으나, 이는 아무런 근거가 없다.

(2) 피고의 주장

원고가 ○○금은 주식회사로부터 매입한 2,026,000,000원 상당의 금지금은 모두 폭탄업체인 ○○무역 주식회사를 거친 금지금인 점, ○○금은 주식회사는 조세포탈을 위한 조직적 공모를 주도한 혐의로 검찰에 고발된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서는 일반적인 상거래와 같이 부가가치를 창출하기 위한 재화의 공급행위에 해당하는 것이 아니라, 폭탄업체 등과 공모 또는 묵시적 합의하에 부가가치세를 포탈하기 위하여 만든 형식적 가장행위에 불과하다.

나. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조 【영세율적용】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. <개정 1995.12.29>

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5연간 이를 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 「부가가치세법」 제16조의 규정에 의한 세금계산서

○ 구 부가가치세법 시행령 (2006. 2. 9. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제24조 【수출의 범위】

① 법 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각 호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화. 다만, 구매확인서에 의하여 공급하는 금지금은 제외한다.

○ 구 부가가치세법 시행규칙 (2006. 3. 17. 재정경제부령 제499호로 개정되기 전의 것) 제9조의2 【내국신용장등의 범위】

② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조제1항 제2호의2에서 규정하는 구매확인서라 함은 「대외무역법 시행령」 제38조의2 및 제116조 제14항의 규정에 의하여 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호와 선적기일 등이 기재된 것을 말한다.

○ 부가가치세법 기본통칙 11-24-9 【내국신용장 또는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화】

내국신용장 또는 대외무역법이 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화는 공급된 이후 당해 재화를 수출용도에 사용하였는지 여부에 불구하고 여의 세율을 적용한다.

○ 구 조세특례제한법 (2005. 7. 13. 법률 제7577호로 개정되기 전의 것) 제106조의3 【금지금에 대한 부가가치세 과세특례】

① 대통령령이 정하는 형태ㆍ순도등을 갖춘 지금(이하 이 조에서 "금지금"이라 한다)으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 금지금(이하 이 조에서 "면세금지금"이라 한다)의 공급에 대하여는 2005년 6월 30일까지 제3항의 구분에 따라 부가가치세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 금지금도매업자 및 금지금제련업자(이하 이 조에서 "금지금도매업자등"이라 한다)가 대통령령이 정하는 자(이하 이 조에서 "면세금지금 거래추천자"라 한다)의 면세추천을 받은 대통령령이 정하는 금세공업자 등(이하 이 조에서 "금세공업자등"이라 한다)에게 공급하는 금지금

2. 금지금도매업자등 및 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이 조에서 "금융기관"이라 한다)이 면세금지금 거래추천자의 면세추천을 받은 금융기관에게 공급하는 금지금 또는 금융기관이 금지금 소비대차에 의하여 공급하거나 이를 상환 받는 금지금

3. 선물거래법에 의한 선물거래에 의하여 공급하는 금지금. 다만, 금세공업자 등(금융기관을 포함한다)외의 자가 금지금의 실물을 인수하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 금세공업자 등 및 금융기관이 대통령령이 정하는 자(이하 이 조에서 "면세금지금수입추천자"라 한다)로부터 면세수입추천을 받아 수입하는 금지금에 대하여는 2005년 6월 30일까지 부가가치세를 면제한다.

③ 제1항의 규정에 의한 면세금지금에 대하여는 다음 각 호의 1의 규정에 따라 부가가치세법상의 특례를 적용한다.

1. 금융기관이 면세금지금을 공급하는 경우 부가가치세법 제12조의 규정을 준용한다.

2. 금융기관외의 사업자가 면세금지금을 공급하는 경우 당해 사업자는 부가가치세과세사업자로 간주하여 부가가치세법을 적용한다. 이 경우 당해 사업자가 면세금지금의 공급과 관련하여 당해 금지금을 구입하는 때에 부담한 부가가치세 매입세액에 대하여는 부가가치세법 제17조의 규정에 의하여 공제받을 수 있는 매입세액으로 보지 아니하되, 금지금도매업자등 중 금지금제련업자가 제련하여 공급하는 면세금지금 및 당해 사업자가 제1항 제2호의 규정에 의하여 금융기관에게 금지금 소비대차에 의하여 상환하는 면세금지금의 구입과 관련하여 부담한 부가가치세 매입세액은 공제 받을 수 있다.

다. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로, 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 한다. 다만, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

(2) 피고는 원고가 금지금을 매입하면서 ○○금은 등으로부터 수령한 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분이 적법하기 위해서는 ○○금은 등 매입처가 폭탄업체 또는 도관업체라는 점이 입증되어야 한다. 그런데, 피고 제출의 증거만으로는 ○○금은 등 매입처가 폭탄업체 또는 도관업체라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다{위에서 인정한 매입처의 2~3단계 전 거래업체가 폭탄업체라고 하더라도 그 사실만으로 매입처가 폭탄업체⋅도관업체라고 인정하기에 부족하다. 또한, 매입처 일부가 조세범처벌법 제9조 제1항 및 제11조의2 위반으로 고발되었다는 점만으로는 위와 같은 매입처가 폭탄업체⋅도관업체라고 인정하기에 부족하다}.

(3) 금지금 폭탄영업은 정상적으로 수입된 금지금이 폭탄업체에 이르기까지는 면세로 공급되고, 폭탄업체는 매입가격보다 낮은 가격으로 이를 공급하면서 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수한 후, 징수한 부가가치세를 납부하지 않기 위하여 거래가 끝나자마자 예금 잔액을 대부분 현금으로 인출하여 그 추적을 불가능하게 한 다음, 부가가치세법에 의한 과세표준 및 납부세액 등을 신고하지 아니한 채 폐업하고, 수출업체는 폭탄업체로부터 금지금을 구입한 일명 쿠션업체 또는 도관업체로부터 금지금을 매입하여 수출한 후 국가로부터 부가가치세를 환급받는 구조로 이루어지고, 모든 거래단계마다 세금계산서가 발행⋅교부된다. 이와 같이 수입업체로부터 수출업체에 이르기까지 실제로 금지금이 전전 유통되어 수출되었다면, 수출업체에 세금계산서를 발행⋅교부한 직전 업체가 폭탄업체 또는 도관업체가 아닌 한(위에서 본 바와 같이 이에 관한 입증책임은 과세관청에 있다) 적어도 그 직전 업체가 수출업체에 발행⋅교부한 세금계산서는 허위의 세금계산서라고 할 수 없으므로, 수출업체에 의한 위와 같은 부가가치세를 환급받는 행위 자체는 사기 기타 부정한 행위로 조세의 환급을 받는 것에 해당한다고 할 수 없다(수출업체가 사전에 폭탄업체 등과 공모하여 위와 같은 행위를 하였다면, 폭탄업체에 의한 조세포탈범행의 공법으로 인정될 수 있음은 별론 으로 한다). 이 사건에서 금지금 수출업체인 원고가 실제로 ○○금은 등으로부터 금지금을 매입하여 수출한 사실이 인정될 뿐이고, 부가가치세를 환급받을 수 없음에도 허위의 세금계산서 등을 사용하는 등의 부정한 방법을 사용하여 부가가치세를 환급받았다고 볼 아무런 증거가 없다.

(4) 따라서, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점을 전제로 매입세액을 불공제하거나 증빙서류미수취 가산세 규정을 적용하여서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여, 주문과 같이 판결한다.