서울고등법원-2022-누-35123 (2025.11.28)

사 건

2022누35123 법인세부과처분취소

원 고

AA공사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 26.

판 결 선 고

2025. 11. 28.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용 중 보조참가로 인한 부분은 원고보조참가인이, 나머지는 원고가 각 부담한

다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2013. 10. 21. 원고에게 한 [별지1] 목록 ‘남은 세액’란

기재 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 지위

원고(변경 전 상호: AA공사)는 1989. 1. 18. 구 지방공기업법(1991. 5. 31. 법

률 제4371호로 개정되기 전의 것) 제49조 및 ｢AAA시 도시개발공사 설치 조례｣에

따라 택지의 개발과 공급, 주택의 건설, 개량, 공급 및 관리 등을 목적으로 원고보조참

가인(이하 ‘참가인’이라 한다)이 100% 출자하여 설립한 지방공사이다.

나. 세무조사 및 과세 경위

1)AAA지방국세청장은 2013. 1. 21.부터 2013. 5. 10.까지 원고에 대하여 법인세

정기 통합조사를 실시하여, ① 원고가 참가인으로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업

의 관리업무(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)를 수행하면서 2006년부터 2012년까지 참가

인으로부터 수취한 사업비(이하 ‘이 사건 사업비’라 한다)를 법인세 과세표준에 포함하

고, 위 사업비를 공급가액으로 보아 부가가치세를 부과하며, ② 원고와 ○○○

●●● 주식회사(이하 ‘●●●’라 한다)간 용지매매계약에 따른 분납채권의 4회분 분납금액

에 대한 2011 사업연도 연부이자 9,080,812,745원(이하 ‘이 사건 연부이자’라 한다)의

이자수익 채권을 계상 누락한 것으로 보아 이를 익금산입하고, ③ 2008 내지 2011 사

업연도 주택임대사업 관련 가양5단지 등 임대아파트(이하 ‘이 사건 임대아파트’라 한

다)에 지출된 수선비 중 9,776,467,665원(이하 ‘이 사건 수선비’라 한다)을 자본적 지출

로 보아 즉시상각 의제 규정에 따라 그중 상각범위액을 초과하는 금액 8,107,533,785

원을 손금부인하며, ④ 원고가 2009 내지 2012 사업연도에 참가인 등으로부터 수령한

국고보조금 중 7,003,778,604원(이하 ‘이 사건 보조금’이라 한다)을 지출하여 설치한 태

양광발전장치를 장부상 자산계상에서 누락한 것으로 보아 익금산입하고, ⑤ 2008 내지

2012 사업연도에 원고의 사업지구 내 국민주택단지 조성을 위한 공사업체 외에 별도

의 공사업체와 체결한 택지조성공사의 경우 국민주택 건설용역이 아니어서 부가가치세

면제대상이 아님에도, 그중 일부 택지조성공사비(이하 ‘이 사건 택지조성비’라 한다)에

대하여 세금계산서를 수취하지 아니하고 계산서를 수취하였다는 이유로 매입처별계산

서합계표 불성실가산세 합계 5억 원(사업연도마다 각 1억 원 한도)을 부과하고, ⑥ 원

고의 출자자 참가인에 대한 이 사건 용역의 제공으로 인한 손실분에 관하여 부당행위

계산부인 규정을 적용하여 부가가치세 및 법인세를 부과하도록 하는 과세자료를 피고

에게 통지하였다.

2) 피고는AAA지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)의 위 통지내용에 따라, 2013.

6. 10. 원고에게 2006년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세(각 가산세 포함, 이하

같다) 합계 225,880,034,450원을 부과․고지하는 한편, 2013. 10. 21. 원고에게 [별지1]

목록 ‘당초 처분세액’란 기재와 같이 2008 내지 2012 사업연도 법인세를 경정․고지하

였다.

다. 조세심판원의 결정 및 이 사건 법인세 경정처분

원고는 2013. 12. 6. 조세심판원에 아래 [표] 순번① ~ ⑥ 기재와 같은 사유로 위 부

가가치세(이하 ‘관련 부가세’라 한다) 및 법인세 부과처분을 취소해 달라는 내용의 심

판청구를 각각 하였는데(조심 2014서307, 조심 2014서306), 조세심판원은 2017. 11.

23. 법인세 사건(조심 2014서306)에서, [표] 순번① ‘부당행위계산부인 쟁점’에 관한 원

고의 주장만을 받아들여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각하는

결정을 하였다(이하 위 조세심판원 결정에 따라 [별지1] 목록 ‘취소세액’란 기재와 같이

감액되고 남은 같은 목록 기재 ‘남은세액’란 기재 각 법인세 부과처분을 ‘이 사건 처분’

이라 한다).

라. 관련 부가세 사건의 진행경과

1) 한편, 관련 부가세 심판청구(조심 2014서307)와 관련하여, 조세심판원은 2017.

12. 7. 이 사건 용역의 성격 및 실비 공급 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세

표준 및 세액을 경정하라는 취지의 재조사 결정을 하였다. 이에 조사청은 2018. 1. 5.

부터 2018. 1. 9.까지 재조사를 마친 후 2018. 1. 10. 원고에게 ‘조세심판원 2014서307

결정에 따른 재조사 결과 당초 과세가 정당하다’는 세무조사 결과통지를 하였으며, 원

고는 2018. 2. 9. 재차 피고를 상대로 조세심판원에 심판청구를 제기하여 관련 부가세

부과처분의 취소를 구하였으나, 조세심판원은 2018. 12. 21. ‘관련 부가세 부과처분은

무신고․납부불성실․미등록 및 세금계산서미교부 가산세를 부과하지 아니하는 것으로

하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다’는 일부 인용결정을 하였

다[조심 2018서1040·1041(병합)].

2) 원고는 2019. 3. 20. 조사청을 상대로 2018. 1. 10.자 세무조사 결과통지의 취소

를 구하고, BBB세무서장을 상대로 관련 부가세 부과처분 중 조세심판원의 위 일부 인

용결정에 따라 취소되고 남은 나머지 부분의 취소를 구하는 소를 제기하였고(서울행정

법원 2019구합59684호), 2020. 8. 11. 위 1심법원으로부터 조사청에 대한 소를 각하하

고, BBB세무서장에 대한 위 부가가치세 취소청구를 인용하는 판결을 선고받았다.

3) 위 1심판결에 대하여 원고 및 BBB세무서장이 항소하였는데(서울고등법원 2020

누55383호), 위 항소심법원은 2021. 12. 29. BBB세무서장의 항소를 받아들여 원고의

청구를 기각하고, 원고의 조사청에 대한 항소를 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 원

고가 위 항소심 판결에 대하여 상고하였는데, 대법원은 2025. 7. 3. 이 사건 용역 관련

매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 취지에서 항소심 판결 중 BBB세무서장에

대한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리·판단하도록 항소심 법원에 환송하며,

원고의 조사청에 대한 상고를 기각하는 판결을 선고하였다(대법원 2022두33637호). 위

와 같이 환송된 부분과 관련하여 현재 파기환송심 사건이 계속 중이다(서울고등법원

2025누7404호).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의

각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

[별지2] 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쟁점1에 대한 판단

1) 원고 주장의 요지

가) 원고는 참가인으로부터 집단에너지 공급사업에 필요한 사무 처리를 위탁받

아 수행하였는바, 이는 일종의 준위탁매매인의 지위에서 참가인으로부터 이 사건 사업

비를 지급받아 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비를 위 공급사업의 비용으로 참가인

의 지출을 대행한 것에 불과하고, 위 공급사업은 어디까지나 참가인의 계산으로 진행

된 사업이므로, 이 사건 사업비 중 위탁수수료를 제외한 부분은 경제적 관점에서 이

사건 용역의 공급과 대가관계에 있지 아니하여 원고에게 귀속되는 것으로 볼 수 없다.

법인세법상 과세표준으로서의 ‘익금’은 ‘순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는

이익 또는 수입’에 해당하여야 하는데, 이 사건 사업비는 원고의 순자산에 아무런 영향

을 미치지 못하므로 회계 및 세무상 손익으로 전혀 인식하지 않았고 ‘예수금(부채)’으

로 계상한 것이며, 이 사건 사업비는 법인세법상 익금에 해당하지 아니한다.

나) 설령 이 사건 사업비 전체를 원고의 익금으로 보더라도, 원고는 위탁수수료

를 제외한 나머지 사업비에서 이익을 취한 바 없이 그대로 집행을 대행하여 이에 대응

하는 손금(비용) 역시 동일한 금액이 되고 결국 과세표준의 증액사유는 존재하지 아니

한다. 그럼에도 피고는 이를 모두 익금산입하고도 매입세액을 손금에 산입하지 아니하

여 그 상당액만큼 과세표준이 증액 산정된 것으로 보이나, 부가가치세의 매출세액과

매입세액은 모두 법인세법상 익금과 손금에 산입될 수 없는 항목이므로 타당하지 않

다.

다) 또한 이 사건 처분은 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰하여 10년이 넘는

기간 동안 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상인 것으로 보아 매출세액을 거래징수

하지 않았고 매입세액을 공제받지도 않았던 원고의 신뢰를 현저히 침해하는 것으로,

신의칙 내지 금반언의 원칙에 위배되어 위법하다.

라) 위와 같은 사정들에 비추어 원고가 법인세 신고시 이 사건 사업비를 과세표

준에 포함하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 원고에게 이 사건 용

역의 사업비와 관련하여 법인세에 가산세를 부과한 것은 위법하다.

2) 인정사실

가) 구 집단에너지사업법(2017. 11. 28. 법률 제15090호로 개정되기 전의 것, 이

하 같다)에 따른 집단에너지 공급사업이란 많은 수의 사용자를 대상으로 열 또는 열과

전기를 공급하는 사업으로, 지식경제부장관(현재의 산업통상자원부장관)으로부터 공급

구역별로 허가를 받아 영위할 수 있다.

나) 참가인은 1983년경부터 구 집단에너지사업법에 따라AAA 강서구 및 노원구

등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산․공급하는 집단에너지 공급사업

을 다른 기관에 위탁하여 시행하였고, 2002. 1. 1.부터 지방자치법 제104조 제3항 및

구 ｢AAA시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례｣(2015. 10. 8.

AAA시 조례 제6016호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘위탁조례’라 한다)에 따라 원고

와 ‘집단에너지공급사업 업무 위․수탁 협약’(이하 ‘위탁협약’이라 한다)을 체결하여 원

고에게 관련 업무를 위탁하였다.

다) 위탁협약 제3조는 ‘위탁조례 제3조 제2항에서 정한 공급사업의 업무를 원고

에게 위탁하여 시행하게 하고 원고가 위탁받은 업무의 시행 전반에 관한 책임을 진다’

고 정하고, 위탁조례 제3조 제2항에서는 ‘① 공급시설의 기본설계, 실시설계, 시공 및

감리, ② 사업의 운영 및 공급시설․운영시설의 관리, ③ 열․전기 요금의 징수, ④ 공

급시설 건설비용 부담금의 징수, ⑤ 그 밖에 사업의 효율적인 운영․관리를 위하여 실

시하는 각종 시험․검사 등의 수수료의 징수 등’을 그 위탁사무로 정하고 있다.

라) 위탁조례, 위탁협약 및 이에 따라 마련된 집단에너지공급사업 업무처리지침

(이하 ‘업무처리지침’이라 한다)의 주요 내용은 다음과 같다.

(1) 원고는 매년 수탁업무의 시행계획을 작성하여AAA장의 승인을 얻

어 시행하여야 하고, 매 회계연도 개시 전 수탁업무에 대한 총수입과 총지출을 예산안

으로 편성하여AAA장의 승인을 얻어야 하며, 매 회계연도 경과 후 3월 이내에

수탁업무에 대한 결산서를 작성하여AAA장에게 제출하여야 한다(위탁조례 제4

조 제2항, 제7조 제2항, 제3항, 제4항).

(2) 원고는 위탁받은 업무와 관련하여 시설관리․운영계획서, 건설계획서 및

예산서(이하 ‘예산서 등’이라 한다)를 작성하여 매 회계연도 개시 4월 전까지 참가인에

게 제출하여 승인을 받고, 예산서 등에 대한 운용 및 지출에 관하여 책임을 지며, 위탁

업무에 대한 결산보고서, 재산목록, 대차대조표, 손익계산서 등의 결산서에 공인회계사

의 감사보고서를 첨부하여야 한다(위탁협약 제8조 제1항, 제4항, 제11조 제1항, 제2항).

사업비는 예산배정금액 범위 내에서 매월 지급하며, 회계연도가 종료된 때에는 집행한

사업비를 정산하고 잔액은 반납한다(업무처리지침 제10조).

(3) 참가인은 원고에게 공급업무와 관련된 인건비와 일반경비 합계액의 3%를

위탁수수료(부가가치세 별도)로 지급하고, 그 위탁수수료는 원고가 지정하는 계좌에 다

른 위탁사업비와 구분하여 지급한다. 참가인은 원고로부터 결산서를 제출받은 후 3개

월 이내에 위탁업무 전반에 대하여 경영실적을 평가할 수 있고, 경영실적 평가 결과에

따라 익년도 예산 범위 내에서 성과금을 지급할 수 있다(위탁협약 제12조 제1항, 제2

항, 제16조 제1항, 제2항).

(4)AAA장은 원고의 수탁업무를 지도하기 위하여 처리지침을 시달하고

그 이행 여부를 감독할 수 있으며 업무상 필요한 명령을 할 수 있고(위탁조례 제8조

제1항), 원고는 위탁받은 업무를 수행함에 있어 관계법규와 명령, 위탁협약에서 정한

사항 및 업무처리지침을 준수하고 경영개선을 위하여 지속적으로 노력하여야 하며, 매

회계연도 개시 후 참가인에게 경영개선 계획을 포함한 사업시행계획서를 제출하여 승

인을 받아야 한다(위탁협약 제8조 제2항, 제13조 제1항).

마) 원고는AAA BBB구 Q동에 집단에너지사업단(이하 ‘사업단’이라 한다)을 설

치하여 2002. 1. 1.경부터 지점인 사업단을 통해 이 사건 용역을 수행하면서 2006년부

터 2012년까지 참가인으로부터 아래 [표] 기재와 같이 이 사건 사업비를 수취하였는데,

원고의 사업단은 위 사업을 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았고, 다만

원고의 본점에서 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료 부분만을 과세표준으로

하여 부가가치세를 신고하여 왔다.

바) 원고가 위탁받은 집단에너지 공급사업 사무에 관한 예산은 위탁조례 제5조

제2항 및 구 ｢AAA시 집단에너지공급사업특별회계 설치 조례｣(2015. 10. 8.AAA특

별시 조례 제6016호로 개정되기 전의 것)에 따라 설치된 참가인의 특별회계로 운영되

고, 사업단의 예산은 지역난방 운영과 관련한 열생산재료비, 인건비, 경비 등 항목과,

지역난방 건설과 관련한 건설비(각종 공사나 시설 설치 관련 비용) 등으로 구성되어

있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 5, 6호증, 을 제12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 이 사건 사업비의 귀속

위 인정사실, 갑 제18호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과

같은 사정들을 종합하면, 원고는 참가인으로부터 포괄적으로 위탁받은 이 사건 용역을

자신의 계산과 책임으로 수행하였다고 할 것인바, 그로 인한 수익금 역시 모두 원고에

게 귀속되었다고 봄이 타당하다.1) 따라서 원고가 참가인에게 이 사건 용역을 제공하고

1) 대법원 2025. 7. 3. 선고 2022두33637 판결 참조

지급받은 사업비(이하에서는 특별히 이 사건과 관련하여 2008 내지 2012 사업연도의

과세기간 동안 지급받은 사업비를 ‘이 사건 사업비’라 한다)를 원고의 법인세 과세표준

에 포함한 이 사건 처분에는 위법이 없고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 원고가 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업의 사무는 ‘공급시설의 설계,

시공 및 감리, 사업 운영 및 시설관리, 요금 및 부담금, 수수료의 징수 등’ 집단에너지

공급사업의 제반 업무이고, 원고가 그 시행 전반에 관한 책임을 지며, 사업시행계획을

수립하거나 예산안을 편성하여 사업비를 집행하고, 경영실적에 대한 평가를 받는 점

등에 비추어 보면, 원고는 비록 구 집단에너지사업법에 따른 허가를 받지는 아니하였

으나 1996. 2. 10.경 통상산업부장관으로부터 위 허가를 받은 참가인으로부터 집단에너

지 공급사업을 포괄적으로 위탁받았다고 봄이 상당하다(갑 제18호증).

나) 사업단의 예산에 포함되는 열생산재료비는 집단에너지 공급을 위해 소요되

는 비용으로 원고가 그 계약당사자로서 공급업체로부터 열생산재료를 공급받으면서 지

출한 것이고, 건설비는 열공급시설과 부대시설의 건설, 운영 및 유지관리비용 등으로

원고 명의로 공사계약 등을 체결한 다음에 원고의 회계결의를 통해 지출한 것이며, 인

건비의 지급대상이 되는 사업단의 직원들은 원고 소속이고 그 경비 또한 이 사건 용역

의 공급 과정에서 지출하는 것이므로, 위 각 비용은 모두 원고가 위탁받은 사무 수행

을 위해 자기의 명의와 계산으로 지출한 것이다. 원고의 사업단 예산을AAA장

의 승인에 따라 편성하여 이를 참가인 특별회계로 처리하였다거나 실제 지출액수에 따

라 원고와 참가인 사이에 사업비 정산이 이루어진다는 사정만으로 원고가 단순히 참가

인을 대행하여 참가인의 사업비를 지출하는 지위에 있었다고 볼 수 없다.

다) 이에 대하여 원고는, 원고와 참가인 사이의 위탁협약은 일종의 준위탁매매계

약으로서, 원고는 준위탁매매인의 지위에서 참가인으로부터 이 사건 사업비를 지급받

아 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비를 참가인을 대신하여 그 지출을 대행한 것에

불과하고, 이 사건 사업은 참가인의 계산으로 진행되었다는 취지로 주장한다.

준위탁매매는 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 매매 아닌 행위를 영업으로

하고 보수를 받는 것으로서(상법 제113조), 명의와 계산의 분리를 본질로 하는바, 준위

탁매매에서 준위탁매매인이 준위탁매매로 인하여 취득한 물건, 유가증권 또는 채권은

위탁자와 준위탁매매인 사이의 관계에서는 이를 위탁자의 채권으로 보고(상법 제103

조, 제113조), 어떠한 계약이 일반의 매매계약인지 준위탁매매계약인지는 계약의 명칭

또는 형식적인 문언을 떠나 그 실질을 중시하여 판단하여야 한다(대법원 2011. 7. 14.

선고 2011다31645 판결 참조).

그런데 앞서 본 위탁협약 규정의 문언 내용, 원고가 이 사건 용역을 실제 수행

한 업무의 내용이나 형태, 참가인의 위탁업무에 대한 경영실적평가, 업무의 지도와 감

독, 업무상 필요한 명령 등의 권한 및 위탁협약상 위탁기간 중 원고가 공급사업의 운

영과 관련하여 취득하거나 생산한 일체의 재산 등은 참가인에게 귀속된다고 규정되어

있기는 하나 이에 관한 원고의 이행담보책임에 관하여 위탁협약에 아무런 규정을 두지

않았을 뿐만 아니라 그에 관하여 특별한 논의도 하지 않은 것으로 보이는 사정까지 감

안하여 보면, 원고가 준위탁매매인의 지위에서 원고의 명의를 사용하여 참가인의 계산

으로 이 사건 용역을 수행하면서 이 사건 사업비를 참가인을 대신하여 그 지출을 대행

한 것에 불과하다고 보기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받

아들일 수 없다.

라)AAA장으로부터 승인을 받은 시행계획에 따라 수탁업무를 수행하고

이에 관하여 지도․감독을 받도록 정한 관련 규정들은 지방공사인 원고가 위탁받아 수

행하는 집단에너지 공급사업의 사업비 지출 및 업무 수행에 대해 참가인의 통제를 받

도록 한 것에 불과하므로, 이 사건 사업비와 이 사건 용역 공급과의 대가관계 또는 이

사건 사업비가 원고의 책임과 계산으로 지출된 점을 부정할 만한 사정에 해당하지 않

는다.

4) 매입세액 및 매출세액 공제의 위법 여부

가) 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제

18조는 “다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에

산입하지 아니한다.”고 정하면서, 제5호에서 “부가가치세의 매출세액”을 익금불산입의

대상으로 들고 있고, 구 법인세법 제21조는 “다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인

의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.”고 정하면서, 제1

호에서 “부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하

는 경우의 세액은 제외한다)”을 손금불산입의 대상으로 들고 있다.

나) 을 제1호증의 1 내지 5의 각 기재에 의하면, 피고가 이 사건 처분의 과세표

준을 산정하면서 부가가치세 매출세액(2012 사업연도의 경우 21,534,957,897원)을 포함

한 이 사건 사업비 전부를 원고의 각 사업연도 익금에 산입한 사실은 인정되나, 이에

의하면 피고가 위 부가가치세 매출세액 상당액을 다시 원고의 각 사업연도 손금에 산

입한 사실도 인정되는바, 피고의 위와 같은 잘못된 부가가치세 매출세액의 익금산입으

로 인하여 이 사건 처분의 과세표준 및 세액에는 아무런 영향이 없다고 할 것이어서,

이로 인하여 이 사건 처분이 위법하게 된다고 볼 수는 없다.

한편 원고는, 이 사건 용역에 실제 지출된 비용을 손금에 산입함과 아울러 참가

인으로부터 실비로 보전받은 같은 금액을 익금에 산입하게 되면 결과적으로 법인세 과

세표준의 순증가분이 없어 이 사건 용역 관련 추가 고지될 법인세액이 없어야 함에도,

이 사건 사업비 관련 법인세가 위법하게 부과된 이유는 피고가 원고의 공급가액을 계

산함에 있어 제3의 공급업체에게 거래징수 당하여AAA로부터 실비 청구한 매입

세액까지 모두 포함하여 익금산입하고도 그 매입세액을 손금산입하지 아니하였기 때문

에 과세표준이 증액된 것으로 보인다고 주장한다.

그러나 이 사건 사업비의 익금산입으로 인해 법인세 세액이 증가한 이유는 위

익금산입에 대응하는 부외경비를 산정함에 있어 원고가 제3의 공급업체에게 거래징수

당하였다고 주장하는 매입세액(2012 사업연도의 경우 18,323,639,518원)을 공제함으로

써 그 금액만큼 해당 과세연도의 법인세 과세표준액이 증가하였기 때문으로서, 이는

부가가치세 매입세액을 손금불산입의 대상으로 정하고 있는 구 법인세법 제21조 제1호

에 따른 것으로 정당하다. 따라서 원고의 매입세액 및 매출세액 관련 주장은 모두 이

유 없다.

5) 신의칙 또는 금반언의 원칙 위반 여부

가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이

적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표

명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납

세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무

엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납

세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두

1115 판결, 대법원 2019. 1. 17. 선고 2018두42559 판결 등 참조).

나) 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세결정을 하

였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조

사하여 결정할 수 있다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결 등 참

조). 그리고 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성

실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다(대법원 2009. 12. 24. 선고

2008두15350 판결 등 참조). 또한 과세관청이 사업자의 신청에 따라 면세사업자용 사

업자등록증을 교부한 행위만으로는 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를

표명한 것이라고 할 수 없을 뿐 아니라 과세관청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사

업자등록증을 교부받은 납세자가 자신이 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다고 하

더라도 납세자가 그와 같이 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없었다고 할 수 없고

(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 등 참조), 면세사업자로서 한 부가가치세 예

정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 세무서장이 납세의무자에게 그가 영위하는

사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표

명한 것이라 할 수 없다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 등 참조).

다) 원고는 이 사건 처분이 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰하여 10년이 넘

는 기간 동안 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상임을 전제로 매출세액을 거래징수

하지 않았고 매입세액을 공제받지도 않았던 원고의 신뢰를 현저히 침해하는 것이라고

주장하나, 앞서 본 사실을 위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정들만으

로는 과세관청이 이 사건 처분의 전제가 되는 과세표준의 산정에 있어 원고에게 어떠

한 공적인 견해표명을 하였다거나, 이를 신뢰한 원고에게 귀책사유가 없었던 것이라고

볼 수는 없다. 결국 이 사건 처분이 신의칙이나 금반언의 원칙에 위배되어 위법하다는

주장은 이유 없다.

6) 가산세 부과의 위법 여부

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하

여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에

법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실을 고려하지

않고, 법령의 부지나 착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고

볼 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

나) 위 법리에 따라 살피건대, 원고가 이 사건 용역으로 소득을 실현하였음에도

그로 인한 법인세를 신고․납부하지 않은 것은 관계 법령 조항에 대한 법률적 부지나

오해에 불과하다고 할 것이므로, 그 의무이행을 게을리 한 것이 가산세를 면할 수 있

는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

한편 원고는 조세심판원이 이 사건 사업비를 부가가치세 과세표준에 산입하지

아니한 원고에게 정당한 사유가 있다고 보아 부가가치세 관련 가산세를 취소하였는바

동일한 논리로 위 사업비를 법인세 과세표준에 포함하더라도 위 법인세에 가산세를 부

과함은 위법하다고 주장한다. 그러나 원고에 대한 관련 부가가치세의 가산세가 면제된

이유는 피고가 2003. 6. 9. 이 사건 용역을 부가가치세의 면제 대상이라고 잘못 판단하

여 직권으로 원고의 2002년 제1기, 제2기 부가가치세에 대해 환급결정을 하는 등 원고

가 이 사건 용역을 ‘부가가치세 면제 대상이라고 신뢰한 것’에 정당한 사유가 인정된

결과에 따른 것인데(갑 제4호증의 2, 32쪽), 원고가 ‘이 사건 사업비가 원고의 사업 매

출로서 법인세 과세표준에 포함되는 것’을 알지 못한 것과는 직접 관련이 없다고 할

것이므로, 위 관련 부가가치세 가산세의 면제를 이유로 이 사건 사업비로 인한 법인세

의 가산세도 면제되어야 한다고 볼 수는 없다. 위 가산세 부과처분이 위법하다는 원고

의 주장 역시 이유 없다.

나. 쟁점2에 대한 판단

1) 원고 주장의 요지

이 사건 연부이자는 매수인의 요청에 따라 대금의 잔금지급을 연장하여준 데 대한

보상 내지 반대급부 성격의 지연손해금에 해당하고, 일반적인 장기연불계약에서의 연

부이자와는 그 성질을 달리한다. 지연손해금은 소득세법상 기타소득에 해당하여 그 지

급을 받은 날이 수입인식 시기가 되는데, 원고는 이 사건 매매계약의 해제로 인하여

이 사건 연부이자를 지급받지도 아니하여 소득이 실현되지 않는 것으로 확정되었으므

로 그 수익 실현을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 인정사실

가) 원고는 2007. 12. 27. 참가인의 「○○○ 지구중심 개발계획 수립방안」

지시에 따라AAA ●●●구 진관동 79-18 일대의 ○○○ 중심상업지 통합 개발사업

에 공공·민간 합동형 프로젝트파이낸싱 방식으로 참여하면서, 2019. 3. 17.●●●에게

●●●뉴타운 도시개발구역 중심상업지 내 10, 11, 12 블록 상업용지 50,425.2㎡(이하 ‘이

사건 용지’라 한다)를 5,003억 7,691만 원에 매도하는 용지매매계약을 체결하였다. 원

고는 위 계약 당시●●●와 대금 지급기일에 관하여, 계약금 500억 3,769만 1,000원은

계약 시 지급받고, 잔대금 4,503억 3,921만 9,000원은 토지사용 가능시기까지 전액 납

부하기로 하되, 다만 매수자의 사정에 따라 잔금을 계약체결일로부터 매 1년 단위로 4

년까지 균등 납부할 수 있으며, 이 경우 분할납부에 따른 연부이자율은 공유재산 및

물품관리법(이하 ‘공유재산법’이라 한다) 시행령 제39조에 의한 연 6%로 하되, 관련 조

례 변경 시에는 변경이자율을 적용하기로 약정하였다(위 계약 제4조 제2항).

나) 원고는 당초 토지사용 가능시기를 2009. 9. 30.으로 보아 이 사건 용지의 분

할납부약정을 2012. 12. 31.까지로 체결하였다가, 2010. 6. 29. 변경계약을 체결하면서

토지사용 가능시기를 2010. 6. 30.로 조정하면서 연부이자의 기산일도 2010. 7. 1.로

조정하고 매 6개월 단위 5년 분납으로 잔대금 납부방법을 변경하였다. 이에 따라 확정

된 용지매매대금 분할납부약정 내역은 다음과 같다.2)

2) “*상기납부내역에도 불구하고 언제든지 할부잔금의 일부 또는 전부를 선납할 수 있다.”고 기재되어 있다.

다) 이 사건 용지매매계약에 따른 실제 토지대금 분할납부 지급내역은 다음과

같다.

즉,●●●가 2011. 6.경까지 계약금 500억 원 및 1, 2, 3회 분납금 1,501억 원과

연부이자 및 연체이자 약 217억 원을 정상 납부하다가 4회 분납금을 납부하지 못하게

되자, 원고는 2011. 12.경 신한은행에 4회분 분납금을 제외한 5회 이후의 분납금 채권

에 대하여 ABS(자산유동화) 2,718억 원의 채권을 양도하였다.

라) 조사청은 2013. 1. 21.~2013. 5. 10.경 있었던 세무조사 당시 원고가 ABS 채

권 양도에서 제외된 4회분 분납금액 500억 37,691,000원에 대한 이 사건 연부이자라는

별도의 채권을 계상누락하였다는 이유로, 이를 이자수익으로 계상하여 약정한 날이 속

한 사업연도의 익금으로 산입하여 2013. 6. 3. 세무조사 결과통지를 하였다.

마) 한편, 원고는 2013. 7. 1.●●●의 자산담보화기업어음(ABCP)의 만기가 도래

하였음에도 대출금이 상환되지 아니하자 그 지급보증인으로서 산업은행에 1,490억 원

을 대신 지급하였다. 원고는 2013. 7. 4.●●●에게 위와 같은 대출금의 상환으로 이 사

건 용지매매계약이 자동 해제되었다는 취지를 통보하였고, 2013. 9. 11.●●●를 상대로

손해배상청구의 소를 제기하였다(서울중앙지방법원 2013가합542359). 위 1심법원은

2015. 6. 2. 이 사건 용지매매계약이 2013. 7. 1.●●●의 귀책사유로 자동 해제되었음을

전제로 원고 전부 승소 판결을 선고하였으나, 그 항소심법원은 손해배상책임의 범위를

이와 달리 보아(책임의 범위 80% 제한), 원고의 원상회복의무와 대등액에서 상계한 후

위약금(계약금)을 공제하고 나면 원고가 지급받을 손해배상채권이 모두 소멸한다는 이

유로, 2016. 7. 8. 1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다(서

울고등법원 2015나2037687). 위 항소심판결은 2016. 12. 15. 원고의 상고가 기각되어

확정되었다(대법원 2016다244859).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 갑 제2, 10, 11호증, 을 제2, 3, 4

호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 이 사건 연부이자의 성격

앞서 본 사실 및 증거들에 더하여, 을 제2 내지 5호증의 각 기재에 따라 인정되는

다음의 사정들을 종합하면, 이 사건 연부이자의 성격은 지연손해금이 아닌 별도의 이

자수익에 해당하므로, 이를 전제로 약정에 따른 상환일에 누락된 자산으로 계상하여

익금산입한 것은 적법하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 원고와●●● 사이에 작성된 2009. 3. 17.자 용지매매계약서에 따르면, ‘제4조

(대금지급기일)’ 제1항에서는 ‘●●●는 제2조의 매매대금에서 제3조의 계약금을 차감한

토지매매대금 잔금을 계약체결 후 60일까지 원고에게 지급하기로 한다’고 정하고 있는

데, 동조 제2항에서 “●●●는 제1항의 규정에도 불구하고 잔대금을 계약체결일로부터

매 1년 단위로 4년까지 균등 납부할 수 있다.

이 경우 분할납부에 따른 연부이자율은 공유재산법 시행령 제39조에 의한 연

6%로 한다”고 규정한 것과 별도로, ‘제5조(지연손해금의 지급)’에서 “●●●가 제4조의 대

금을 약정기일까지 지급하지 아니할 시 연체이자는 공유재산법 제80조, 같은 법 시행

령 제80조의 규정을 준용한다”(제1항), “●●●는 제1항의 규정에 의한 이자율의 변경이

있을 때에는 원고와●●●의 별도의 의사표시 없이 변경된 이자율에 의하여 계산한다.

이 경우 이자액의 계산은 변경일 기준으로 각각 변경이율에 의하여 일수 계산한다”(제

2항)는 규정을 두고 있다. 2010. 6. 29.자 변경계약서 제2조에서는 ‘명시되지 않은 사항

은 위 2009. 3. 17.자 용지매매계약서의 각 조항에서 정한 바에 따르도록’ 규정하고 있

다(제2조).

나) 공유재산법 제37조 제1항 “일반(잡종)재산의 매각대금은 그 전액을 대통령령

으로 정하는 기간에 한꺼번에 내야 한다. 다만, 매각대금 전액을 한꺼번에 내는 것이

곤란하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 경우에는 1년 만기 정기예금 금리수준을 고

려하여 대통령령으로 정하는 이자를 붙여 분할납부하게 할 수 있다”고 정하고 있다.

그 위임을 받은 구 공유재산법 시행령(2009. 4. 24. 대통령령 제21447호로 개정되기 전

의 것, 이하 같다) 제39조는 ‘매각’의 항목 아래 ‘대금의 납부 및 연납’에 관하여 “잡종

재산의 매각대금을 일시에 전액 납부하기가 곤란하다고 인정되는 때에는 조례가 정하

는 바에 따라 ‘연 4퍼센트 내지 6퍼센트’의 이자를 붙여 10년 이내의 기간으로 분할납

부 하게 할 수 있다”(제1항), “법 제37조 제1항의 규정에 의한 매각대금의 일시 전액납

부기간은 계약체결 후 60일을 초과하지 못한다”(제3항)고 정하고 있다.

다) 반면, 구 공유재산법(2010. 2. 4. 법률 제10006호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제80조 제1항은 ‘연체료의 징수’와 관련하여 “공유재산의 사용료, 대부료, 매각대

금, 교환차금 및 변상금을 내야 할 자가 납부기한까지 내지 아니하는 경우에는 내야

할 금액(징수를 미루거나 나누어 내는 경우 이자는 제외한다)에 대하여 대통령령으로

정하는 바에 따라 연체료를 징수할 수 있다. 이 경우 연체료 부과대상이 되는 연체기

간은 납기일부터 60개월을 초과할 수 없다”고 정하면서, 같은 법 시행령 제80조 제1항

각 호에서 ‘연체기간이 1개월 미만인 경우 : 연 12퍼센트(제1호)’, ‘연체기간이 1월 이

상 3월 미만인 경우 : 연 13퍼센트(제2호)’, ‘연체기간이 3월 이상 6월 미만인 경우 :

연 14퍼센트(제3호)’, ‘연체기간이 6월 이상인 경우 : 연 15퍼센트(제4호)’의 연체료를

붙여 납부고지 및 독촉을 하도록 정하고 있다.

라) 원고와●●●는 이 사건 용지매매계약을 하면서, 원칙적으로 일시금으로 납부

되어야 할 잔대금을 분할납부하기로 약정함에 따른 연부이자율을 구 공유재산법 시행

령 제39조의 연납 규정에 근거한 연 6%로, 잔대금의 연체에 따른 지연손해금율을 구

공유재산법 제80조 및 같은 법 시행령 제80조의 연체료 규정에 근거하여 연 12~15%

로, 각각 별도로 구분하여 약정한 사실을 알 수 있다.

마) 2013. 5.경 세무조사 당시 원고의 대표자가 작성하여 제출한 확인서(을 제5

호증)에 의하면, “2011년 12월 5회 이후의 분납금 채권에 대하여는 자산유동화채권 양

도하였으나, 채권양도에서 제외된 4회분 분납금액 500억 3,769만 1,000원에 대한 ‘약정

이자 90억 9,081만 2,745원’ 및 ‘연체이자 70억 9,004만 41원’ 계 161억 7,085만 2,786

원이 결산서상 연체로 인해 회계처리 계상되지 않았음을 확인합니다.”라고 기재되어

있어, 원고 스스로도 약정이자와 연체이자를 명백히 구별하고 있음을 알 수 있다. 원고

는 위 확인서에 첨부된 ‘4회분 이자 계상누락 산정내역’에서 미납 이자를 다음과 같이

계산하였다.

바) 원고는, 이 사건 연부이자의 성격이 잔대금의 지급기한을 연장하면서 그에

대한 보상 내지 반대급부의 성격을 갖는 위약금, 즉 지연손해금의 성격을 갖는 이상

기타소득으로 분류되어야 하고, 이 사건 용지매매계약이 해제된 이상 그 수익인식 시

기가 도래하지 아니한 채 그 소득이 실현되지 않는 것으로 확정되어 이 사건 연부이자

는 익금산입의 대상이 아니라고 주장한다. 그러나 이 사건 용지매매계약 조항 및 관계

법령의 합리적인 해석, 계약에 드러난 당사자들의 의사에 따라 알 수 있는 다음과 같

은 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 연부이자는 지연손해금 약정과는 별도의 약정에

따라 발생하는 이자소득으로 봄이 타당하다.

(1) 이 사건 연부이자는 분할납입 회차 마다 납입기일이 별도로 지정되어 있

고, 이를 지체할 경우 별도의 연체이자율에 따른 지연손해금이 또다시 가산되는 것이

므로, 이 사건 연부이자 자체를 이행지체에 따른 손해배상금으로 볼 수는 없다.

<이 사건 용지매매대금 1차중도금(2010. 3. 16.) 미납이자 계N역>

(2) 원고와●●●는 애초 매매대금 잔금 지급방식을 약정할 때에●●●가 납부

방식(일시완납 또는 분할납부)을 선택할 수 있도록 하였다. 이 사건 용지매매계약은 공

유재산의 매각절차에 준하여 잔대금은 ‘계약체결 후 60일’(단, 토지사용 가능시기 이후)

까지 일시금으로 완납되는 것이 원칙이고, 다만●●●의 선택에 따라 수년에 걸쳐 잔대

금을 분할납부할 경우 잔대금에 ‘해당 정기예금 금리수준을 감안한 이자’를 붙여 지급

하도록 약정한 것이므로, 이는 잔금 납부가 유예되는 만큼의 금융이익, 즉 ‘금전사용의

대가’에 가깝다. 즉, 분할납부에 따라 원고가 잃게 되는 일시금의 현재가치를 산정하여

●●●가 그에 대응하는 금융이익의 대가를 누리는 것으로 보아 할부이자를 징수하는 것

인 만큼, 계약 당시부터 이미●●●의 분할납부 방식 선택에 따른 이자채권의 존재 및

범위가 예정되어 있고, 채무불이행 시에 비로소 그 채권의 발생 여부가 결정되는 것은

아니므로, 이행지체에 따른 손해배상 내지 위약금과는 그 성격을 달리한다고 봄이 타

당하다.

(3) 원고의 주장과 같이, 앞서 본 관련 민사 항소심판결에서 연부이자(할부이

자)를●●●가 원고에게 부담하는 원상회복의무에서 제외하고 있지는 아니하나, 이는 해

제에 따른 원상회복의무의 범위에 금전의 경우 받은 날부터의 법정이자 내지 목적물의

사용수익 대가가 포함되기 때문으로 보일 뿐이고(대법원 1996. 4. 12. 선고 95다28892

판결 등 참조), 연부이자의 성격을 이행지체에 따른 위약금 내지 지연손해금으로 인정

한 것으로 해석하기는 곤란하다(오히려 위 판결에서는 약정에 따른 위약금으로●●●가

계약금으로 납부한 50,037,691,000원만을 인정하였다). 따라서 위와 같은 해제의 소급

효와 관련된 확정판결의 존재가 이 사건 연부이자가 구 소득세법 제91조 제1항 제10

호 소정의 기타소득에 해당한다는 점을 뒷받침하는 논거가 될 수는 없다.

사) 따라서 이는 구 소득세법 제16조 제1항 제12호 소정의 ‘금전 사용에 따른

대가로서의 성격이 있는’ 이자소득에 해당하고, 그 소득의 귀속시기는 구 법인세법 시

행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 제1항

제1호, 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것, 이

하 같다) 제23조 제1호에 따라 ‘약정에 따른 상환일’이 된다. 결국 이 사건 처분은 적

법하고, 이 사건 연부이자가 기타소득에 해당한다는 전제에 선 원고의 주장은 이유 없

다.

다. 쟁점3에 대한 판단

1) 원고 주장의 요지

이 사건 수선비를 구성하는 개개의 비용들은 소액으로 내용연수의 연장과 관계없

는 수익적 지출에 해당하므로, 이 사건 처분 중 위 수선비가 자본적 지출에 해당함을

전제로 하는 부분은 위법하다.

2) 인정사실

가) 원고는 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 이 사건 임대아파트를 운영

하면서 아래 표 기재와 같이 이 사건 수선비를 지출하였다.

나) 원고의 개별난방 전환 지출비 18,389,000원은 이 사건 임대아파트의 난방방

식을 중앙난방에서 개별난방으로 교체하는 공사와 관련한 설계용역 관련 비용으로, 해

당 공사의 내용은 배관, 보일러, 주변기기 등을 철거하고 전면 재설치하는 것이다.

다) 원고의 경비실 설치비는 이 사건 임대아파트 단지 내 25개 곳에 통합경비실

설치와 관련한 설치공사, 전기공사, 설계 등에 대한 지출로서, 원고는 관련 비용을 아

래 표 기재와 같이 결산 처리하였다.

라) 원고의 공예촌 조성비는 참가인의 ‘DDD문지역 전통문화 보존 육성계획’의

일환으로AAA JJ구 NN동 127-4에 DDD문 공예촌(전통공방)을 조성하는 공사와 관

련하여 지출되었다.

마) 원고의 관리사무소 설치비는 이 사건 임대아파트 3곳에 관리동 증축공사와

관련하여 지출되었다.

바) 원고의 사회복지관 설치비는 이 사건 임대아파트 9곳에 노인정, 노후시설

환경개선 등에 지출된 것으로, 원고는 관련 비용을 아래 표 기재와 같이 결산 처리하

였다.

사) 원고의 승강기 교체비는 이 사건 임대아파트 일부 승강기의 교체 및 성능개

선과 관련하여 지출되었다.

아) 원고의 조경시설물 설치비는 이 사건 임대아파트 33곳에 조경시설 등(파고

라 교체, 산책로 설치, 나무식재 등 녹지경관 조성, 자전거 보관대 설치, 어린이 놀이터

시설 개선, 배수 시설 등)을 설치한 것과 관련하여 지출되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 이 사건 수선비의 자본적 지출 여부

가) 구 법인세법 시행령 제31조 제1항은 “감가상각자산에 대한 자본적 지출에

해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액

을 계산한다.”고 정하여 자본적 지출 상당액을 즉시상각 의제 금액으로 정하고 있는데,

같은 조 제2항에서 위 ‘자본적 지출’이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연

수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비

를 말하며, 본래의 용도를 변경하기 위한 개조(제1호), 엘리베이터 또는 냉난방장치의

설치(제2호), 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치(제3호), 재해 등으로 인하여 멸실

또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물ㆍ기계ㆍ설비 등의 복구(제4

호), 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것(제5호)에 대한

지출을 포함하는 것으로 정하고 있다.

위 규정에 의하면, 구 법인세법 시행령 제31조에 따라 즉시상각 의제되는 자본

적 지출인지 아니면 즉시상각 의제되지 아니하는 수익적 지출에 해당하는지 여부는 먼

저 위 각 지출비용이 법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하

여 지출한 비용인지 아니면 당해 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 고정자산

의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용인지 여부를 가려서 이에 따라 결정하여야 할

것이고, 그와 같은 구분이 분명하지 아니한 경우에는 구 법인세법 시행령 제31조 제2

항 및 법인세법 시행규칙 제17조의 규정에 따라 판단하여야 한다(대법원 1988. 12. 20.

선고 88누520 판결, 대법원 1985. 3. 12. 선고 84누151 판결 등 참조).

나) 한편 구 법인세법 시행령 제31조 제3항은 같은 조 제2항에도 불구하고 자본

적 지출에 포함되지 아니하는 수선비로서, 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 300

만 원 미만인 경우(제1호), 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도종료일

현재 재무상태표상의 자산가액(취득가액에서 감가상각누계액 상당액을 차감한 금액을

말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우(제2호), 3년 미만의 기간마다 주기적인 수선을

위하여 지출하는 경우(제3호)를 정하고 있는바, 위와 같이 금액이나 기간에 비추어 자

본적 지출로 보지 아니하는 경우를 별도로 정하고 있는 취지를 감안하면, 위와 같이

별도 정하고 있는 기준 금액을 초과하는 수선비에 해당하는 이상, 지출 규모에 따라

자본적 지출 여부를 달리 판단할 수 없고, ‘비교적 소액 지출이라는 점이 해당 수선비

가 자본적 지출에 해당하지 아니하는 근거가 된다’는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

다) 위 법리에 따라 살피건대, 위 인정사실에 나타난 이 사건 수선비 관련 공사

또는 시설 설치 내역, 해당 지출 금액 및 그 내용 등에 비추어 볼 때 이 사건 수선비

는 모두 이 사건 임대아파트의 노후된 부분을 수선하거나 파손된 부분을 복구하는 데

에 그치는 것이 아니라, 이 사건 임대아파트의 주요 공용부분 및 공용시설을 전면적으

로 개보수함으로써 이 사건 임대아파트의 전반적인 가치를 현실적으로 증가시키고 내

용연수를 연장시킨 것이라고 봄이 타당하므로, 이는 즉시상각 의제되는 자본적 지출에

해당한다. 원고의 쟁점3에 대한 주장도 이유 없다.

라. 쟁점4에 대한 판단

1) 원고 주장의 요지

원고가 개발한 전체 사업부지에서 면세사업인 국민주택 건설용역 부지가 차지하는

비율을 감안하여, 전체 택지조성비를 예정공동주택연면적 대비 국민주택과 국민주택초

과 예정연면적으로 안분계산한 후 국민주택예정 연면적에 해당하는 이 사건 택지조성

비 2,355억 1,100만 원에 대하여 건설업체로부터 수취한 계산서는 적법하다.

원고는 이 사건 택지조성비가 구 조세제한특례법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개

정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제4호가 들고 있는 부가가치세 과세대상인

지 여부가 명확하지 아니하여 계산서를 수취한 것인바, 원고에게 계산서 수취와 관련

하여 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로, 이에 대한 매입처별계산서

합계표 불성실가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 인정사실

가) 원고는 2008년부터 K 1, 2지구, Z보금자리, M 1, 2공구, B지구,

상계창암, G지구, N 2, 3지구, S 3지구, ○○○ 1지구, □□□지구, ■■■ 1,

2지구 등의 택지개발을 위한 공사(택지조성, 도로, 상하수도 등 간선시설 공사 및 조경

공사 등을 포함하고, 국민주택 등 아파트 또는 주택 자체의 건설용역은 포함하지 아니

함, 이하 ‘택지조성공사’라 한다)와 관련하여 지구별로 별도의 공사업체와 도급계약을

체결하여 해당 지구를 지정 용도로 사용하기 위한 개발을 하여왔다.

나) 원고의 위 사업지구 중 ■■■지구에는 구 주택법(2013. 3. 23. 법률 제11690

호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호에서 정한 ‘국민주택’의 건설을 위하여 공급되는

주택건설용지가 포함되어 있는데, 위 ■■■지구와 관련하여 원고는 2007. 4. 11. 주식회

사 한화건설 및 Y건설 주식회사(이하 ‘Y건설’이라 한다)와 택지조성공사에 해당

하는 ‘■■■지구 도시개발사업 단지조성공사’에 관한 공사도급계약을 체결하면서, 그중

토공사와 부대공사비에 대해서만 전체 공사면적에서 국민주택 부지면적이 차지하는 비

율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서 부가가치세가 면제되

는 것으로 약정하였다.

다) 원고는 ‘전체 택지조성공사에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국

민주택 건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세가 면제된다’는 참가인

의 지침에 따라 2007. 12. 17.경 Y건설 등과 총 유상공급부지면적에서 국민주택부지

면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액이 국민주택 건설용역의 공급가액으로서

부가가치세가 면제되고 나머지만 부가가치세 과세대상인 것으로 변경계약을 체결한 다

음, 이후 과세부분으로 약정한 공사비에 대해서는 세금계산서를, 면세부분으로 약정한

공사비(이 사건 택지조성비의 일부에 해당)에 대해서는 계산서를 각각 수취하였다.

라) 조사청은 원고에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시하여, 위와 같이 원고가

아파트 건설용역이 아닌 택지조성공사만을 위하여 별도로 공사업체에 도급을 주고 공

사비를 지급한 것은 국민주택 단지 조성과 직접 관련이 없어 구 조세특례제한법 제106

조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에 해당하지 않는다

고 보아 관련 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 구 법인세법 제76조 제9

항 제2호에 따라 이 사건 택지조성비 관련 계산서의 매입처별합계표를 사실과 달리 제

출하였다고 보아 2008 내지 2012 사업연도의 매입처별계산서합계표 불성실가산세 5억

원[각 사업연도마다 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것)

제49조 제1항 제2호에 따른 가산세 한도 1억 원의 합계]을 부과하는 이 사건 처분을

하였다.

마) 한편 위 과세자료 통보와 관련하여, 원고에게 건설용역을 제공한 사업자에게

부가가치세를 과세하여야 한다는 별도의 과세자료가 각 과세관청에 통보되었고, 이에

EEE세무서장이 2013. 11. 11. Y건설에게 2008년 제1기 내지 2011년 제2기의 각 부

가가치세 부과처분을 하였다. Y건설이 EEE세무서장을 상대로 위 부가가치세 부과

처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 2015. 7. 24. 위 부가가치세 부과처분 중 가산

세 부분은 ‘① 최초 도급계약 체결 당시부터 국민주택 부지면적이 차지하는 비율만큼

은 부가가치세 면세대상으로 약정하여 해당 택지조성공사가 국민주택 건설용역에 필수

적이거나 부수하여 제공하는 것이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였다고 볼

여지가 있고, ② Y건설로서는 원고가 상급기관인 참가인의 지침을 받아 변경계약

체결을 요구하자 이를 적법하게 법령을 해석한 결과에 따른 것이라고 신뢰하였을 것으

로 보이며, ③ Y건설이 원고의 요구를 거절하거나 변경계약 내용에 이의를 제기하

기가 어려웠을 것임에도, ④ 이미 부과제척기간이 완성되는 등으로 오랜 시간이 경과

한 상태에서 고율의 납부불성실가산세 등을 부과하는 것은 지나치게 가혹하다’는 등의

이유로 위법하므로 이를 취소하고, 나머지 본세 부과처분에 관한 청구를 기각하는 판

결을 선고받았다(서울행정법원 2014구합74855호). 위 판결은 2016. 8. 18. 항소기각(서

울고등법원 2015누55006호, 다만 위 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 EEE세

무서장의 항소 후 직권 취소를 이유로 각하됨) 및 심리불속행기각(대법원 2016두50594

호)으로 2016. 12. 16. 확정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 이 사건 택지조성비의 계산서 수취로 인한 가산세 부과의 위법 여부

가) 구 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호는 ‘대통령령이 정하는 국민주택 및

그 주택의 건설용역에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제

한다’고 정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개

정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제4항 제1호, 제51조의2 제3항은 ‘대통령령이 정하

는 국민주택 및 그 주택의 건설용역’이란 주택법에 따른 국민주택 규모 이하 주택의 건

설용역 및 설계용역으로서 주택법 등 법률에 따라 등록 또는 신고를 한 자가 공급하는

것으로 정하고 있다.

그런데 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합

리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건

규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세

공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대

법원 2012. 3. 15. 선고 2011두14524 판결 등 참조), 구 조세특례제한법 시행령 제106

조 제4항 제1호에서 부가가치세의 면제대상을 ‘국민주택 건설을 위한 용역’이나 ‘국민

주택 건설과 관련된 용역’이 아닌 ‘국민주택 및 그 주택의 건설용역’으로 규정하고 있

는 이상, 이는 국민주택 자체의 건설용역만을 의미한다고 보아야 하고, 국민주택 등의

건설에 앞서 독자적으로 진행된 택지 전체에 대한 기반시설 공사까지 포함되는 것으로

볼 수는 없다(대법원 2016. 12. 15.자 2016두50594 판결 및AAA고등법원 2016. 8. 18.

선고 2015누55006 판결의 취지 참조).

나) 위 법리에 따라 살피건대, 원고가 국민주택 등 아파트(단지) 건설용역과 구

분하여 별도의 공사업체들을 통해 수행한, 택지 전체에 대한 기반시설 공사에 해당하

는 택지조성공사는 그 부지 중 일부가 국민주택 부지에 해당하는지 여부와 무관하게

부가가치세 면제대상이라고 볼 수 없다.3)

따라서 원고가 부가가치세 과세대상인 택지조성공사를 공급받고도 그 공사비 중

일부인 이 사건 택지조성비에 대하여 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로

개정되기 전의 것) 제16조에 따른 세금계산서가 아닌 계산서를 수취하였는바, 이는 결

국 매입처별 계산서합계표에 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 사실과 다르게 적은

경우에 해당한다고 할 것이어서 이에 대해 법인세법 제76조 제9항 제2호의 가산세를 부

과한 이 사건 처분은 적법하다.

4) 이 부분 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 존재하는지 여부

앞서 본 가산세 관련 법리에 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있

는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 사유들만으로는 원고에게 매

입처별합계표 제출의무 등의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

가) 원고가 부가가치세 과세대상인 택지조성공사를 제공받고도 그에 대한 세금

계산서 수취의무 및 매입처별 합계표 제출의무를 제대로 이행하지 못한 것은 관계 법

령 조항에 대한 법률적 부지나 오해에 불과하다고 할 것이므로, 관련 법률의 검토를

그르쳐 그 의무이행을 게을리 한 것이 가산세를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당한다

고 보기 어렵다.

나) 원고의 사업지구 내에서 이루어진 택지조성공사는 택지조성, 도로, 상하수도

등 간선시설 공사와 조경공사 등을 그 내용으로 하는바, 국민주택 등 아파트(단지)의

건설용역과는 객관적으로 구분되고, 달리 이를 국민주택 건설용역에 필수적이거나 부

수하여 제공한 것이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였던 것으로 보이지도 않

는다.

다) 원고는 참가인의 지침이 있기 전에 이미 Y건설 등과 택지조성공사에 관한

최초 도급계약을 체결할 당시부터 토공사와 부대공사비에 대해서는 국민주택 부지면적

이 차지하는 비율의 공급가액에 대해 부가가치세가 면제되는 것으로 약정하였는바, 원

고가 택지조성공사 관련 부가가치세 면제 여부 판단을 그르친 것이 상급기관인 참가인

등의 지시 또는 지침에 따른 결과라고 보기 어렵다.

라) 피고도 조사청으로부터 과세자료를 통보받기 전까지는 원고가 택지조성공사

의 공사비 중 일부를 제외하고 부가가치세를 신고하였다는 사실을 인지하지 못했던 것

으로 보일 뿐, 달리 과세관청이 원고에게 위 신고의 정당성에 대해 어떠한 신뢰를 부

여했다고 볼 만한 사정은 없다.

마) 원고는 과세관청이 2013년경까지 택지조성공사가 부가가치세 면세대상에 해

당하는지 여부를 명확히 판단하지 못하였고, 대법원에서도 2016년경에 이르러서야 관련

판결(위 대법원 2016. 12. 15.자 2016두50594 판결)을 선고하였으므로 원고에게는 의무

를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 취지로 주장한다.

그러나 위 관련 판결의 취지, 즉 ‘구 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1

호에서 부가가치세의 면제대상을 “국민주택 건설을 위한 용역”이나 “국민주택 건설과

관련된 용역”이 아닌 “국민주택 및 그 주택의 건설용역”으로 규정하고 있는 이상, 이는

국민주택 자체의 건설용역만을 의미한다고 보아야 한다‘는 내용은 구 조세특례제한법

시행령 조항을 그 문언에 충실하게 해석한 결과로 봄이 상당하므로, 원고의 이 부분 주

장도 받아들이기 어렵다.

마. 쟁점5에 대한 판단

1) 원고 주장의 요지

원고는 참가인 등으로부터 이 사건 보조금을 수령하면서 이를 예수금으로 처리하

였다가 지출시 예수금 감소로 처리하고 남은 잔액은 다시 반납하였을 뿐이므로, 이로

인해 원고의 순자산 내지 각 사업연도의 손익에 아무런 변동이 없다. 설령 이 사건 보

조금을 원고의 수익으로 보아 익금에 산입한다고 하더라도 이에 대응하는 태양광발전

장치 설치비용을 손금에 산입하여야 한다.

따라서 피고가 이 사건 보조금을 익금에만 산입하고 태양광발전장치 설치비용이나

감가상각비 등 이에 대응하는 비용을 일체 손금에 산입하지 아니하여 이 사건 처분을

한 것은 위법․부당하다.

2) 인정사실

가) 원고는 2009년부터 에너지절약사업의 일환으로 참가인 및 에너지관리공단으

로부터 아래 [표] 기재와 같이 보조금을 지급받아 이 사건 보조금으로 이 사건 임대아

파트에 태양광발전장치를 설치하고, 나머지 잔액은 반납하였다.

나) 원고는 이 사건 보조금을 참가인 등으로부터 수령할 시 예수금(부채 계정)으

로, 지출할 시 예수금 감소(부채 감소, 현금 지출)로 각 회계처리 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 이 사건 보조금 관련 익금 및 손금산입 위법 여부

가) 살피건대, 원고가 이 사건 보조금으로 원고 소유의 이 사건 임대아파트에 태

양광발전장치를 설치한 이상, 특별한 사정이 없는 한 부합 또는 원시취득 등에 의하여

원고가 위 태양광발전장치를 취득하였다고 할 것인바, 원고가 이 사건 보조금으로 고

정자산을 취득하였다고 평가할 수 있고, 이는 원고가 이 사건 보조금 외 나머지 미사

용 보조금을 참가인 등에 반납하였다고 하여 달리 볼 수 없다. 따라서 이 사건 보조금

을 원고의 각 사업연도 익금에 산입한 이 사건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다.

나) 다음으로 원고의 설치비용 손금산입 주장과 관련하여 보건대, 일반적으로 구

조물 설치를 위한 인건비 등의 비용 역시 완성된 구조물의 원가를 구성하는 것인바,

태양광발전장치의 설치를 위한 이 사건 보조금의 지출 내역 중에 원고가 취득하지 못

하고 소모되어 버린 별도의 설치비용이 존재한다고 보기 어렵다.

나아가 고정자산은 원래 감가상각에 의하여 손금화되는 것이 원칙이고 일시상각

은 용인되지 않으나, 구 법인세법 제36조 제1항, 구 법인세법 시행령 제64조 제3항에

서 일시상각충당금의 손금 산입을 허용하는 취지는 국고보조금을 익금에 산입하여 일

시에 과세하게 되면 그 보조금 중 일부를 세금으로 납부하게 되어 보조금 지급취지인

고정자산의 취득에 지장이 초래되므로 이를 방지함과 동시에 추후 당해 고정자산에 대

한 감가상각비와 상계 처리함으로써 과세를 이연시키는 효과를 달성하려는 데 있고,

일시상각충당금을 손금으로 산입할 것인지 아니면 통상의 감각상각으로 처리할 것인지

여부는 전적으로 당해 법인의 선택에 달려 있다고 할 것이며, 구 법인세법은 이를 위

한 절차적 규정으로 제36조 제5항에서 국고보조금 등으로 제공받은 자산의 가액을 당

해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하기 위해서는 ‘국고보조금등과 국

고보조금등으로 취득한 사업용자산의 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야

한다.’고 규정하고 있는바, 위와 같은 법인세법의 일시상각특례 관련 각 규정의 내용과

그 입법취지 등을 종합하여 보면, 구 법인세법 제36조 제1항, 제5항에 의한 일시상각

충당의 혜택을 받기 위해서는 위 각 규정에 따라 국고보조금을 교부받은 당해 사업연

도에 이를 익금에 산입하고 일시상각충당금을 손금으로 계상하여 법인세 신고를 하여

야 하고, 이러한 절차상 의무를 이행하지 않는 때에는 일시상각을 할 수 없다고 봄이

상당하다.

그런데 원고가 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제36조 제1항의 ‘국고보조금등’에

해당하는 이 사건 보조금을 교부받은 당해 사업연도에 이를 익금에 산입하고 일시상각

충당금으로 계상하여 법인세 신고를 하지 아니한 이상, 위와 같은 손금산입요건을 충

족하지 못하였다고 할 것이어서, 이 사건 보조금에 대한 일시상각충당금의 손금 산입

이 허용된다고 볼 수도 없다. 결국 이 사건 보조금 중 설치비용이 자산 계상 즉시 손

금 산입되어야 한다는 취지의 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이하는 제

1심판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.