조심 2020서8376 (2021.03.19)

OOO세무서장이 2020.7.6. 청구법인의 경정청구를 (일부)거부한 처분은 OOO 소속 직원 중 해외현지법인에 파견근무 중인 직원에 대한 퇴직급여충당금전입액 OOO원을 익금산입금액에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1.처분개요

가. 청구법인은「금융지주회사법」에 따라 금융업을 영위하는 회사 등에 대한 지배ㆍ경영관리, 종속회사에 대한 자금지원 등을 주요 사업목적으로 2001.9.1. 설립된 금융지주회사로서 은행업을 영위하는 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 등의 완전모법인이고, 2010사업연도부터

「법인세법」제76조의8

규정에 따라 완전자법인을 연결자법인으로 하여 연결납세방식으로 법인세를 신고·납부해 오고 있다.

(1) OOO은 해외에 거주하고 있는 한국기업, 교민, 현지인 등을 대상으로 금융서비스 제공을 위해 다수 해외현지법인을 설치ㆍ운영하면서 본사 OOO 소속 직원(이하 2014년말 기준 파견직원을 “쟁점해외파견직원”이라 한다)을 파견하고 있는바, 2014년말 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액OOO원(이하 “쟁점퇴직급여충당금전입액”이라 한다) 상당액을 익금산입하여 2014사업연도 법인세를 신고.납부하였다.

(2) OOO(이하 “OOO”이라 한다)는 리테일금융의 확대와 신규사업 진출 등 핵심 사업라인의 다각화, 영업 네트워크 기반 확대 등을 지원하기 위한 차세대시스템(이하 “쟁점차세대시스템”이라 한다)을 구축하기 위해 OOO과 같이 2014사업연도 중OOO원(이하 “쟁점위탁개발비”라 한다)을 지급하였다.

나. 청구법인은 2020.4.29. OOO의 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액은 2014사업연도 익금산입 대상이 아니고, OOO의 쟁점위탁개발비는 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구.인력개발비 세액공제 대상이라는 취지 등으로 2014사업연도 법인세 환급OOO을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 OOO와 같이 일부사항을 제외하고 2020.7.6. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

＜OOO 해외지점 및 현지법인 파견직원 퇴직급여충당금 관련＞

(1) OOO은 직원의 해외파견기간에 대한 퇴직급여 지급의무를 부담하며, 고용노동부 행정해석에도 부합한다.

(가) 쟁점해외파견직원은 해외파견 중에도 OOO과 고용관계가 유지되고, 파견기간 종료 후 OOO에 복귀하여 계속 근무한다.

1) OOO은 해외지점 및 해외현지법인에 주재원으로 직원을 파견하고 있고, 파견직원은 OOO 소속 정직원으로 OOO과 고용관계가 유지된다.

2) 파견기간 급여는 해외현지법인이 전액 지급하나 퇴직금은 OOO에 복귀해 계속 근무한 이후 고용관계가 종료되는 시점에 지급하게 된다.

(나) OOO 퇴직급여규정 및 고용노동부 행정해석에 따라 파견직원이 퇴직급여충당금 설정대상자에 포함되는 것은 당연하다.

1) OOO퇴직급여규정상 근속기간은 휴직 및 정직기간을 포함하여 입행한 날로부터 퇴직한 날까지의 기간으로 해외파견기간도 근속기간에 포함된다.

2) 고용관계가 유지되는 해외현지법인 파견기간을 근속연수에 포함한 것은 고용노동부 행정해석(임금복지과-619, 2010.8.12.)에 부합하고, 고용관계를 기준으로 근속기간을 정한 규정은 실제 근로 제공 기간만을 근속기간으로 하는 것에 비하여 근로자에 유리한 규정으로 “근로자의 안정적인 노후생활 보장”이라는「근로자퇴직급여 보장법」(이하 “퇴직퇴직급여법”이라 한다)의 목적에도 부합한다.

(다) 한편, 쟁점해외파견직원이 실제 근로를 제공하지 않아 퇴직급여충당금 설정대상자에서 제외된다는 처분청의 의견은 다음과 같은 사유로 타당하지 않다.

1) 퇴직급여규정에 지급대상이 규정되어 있으므로「근로기준법」의 근로자 개념을 원용해서 판단할 이유나 필요가 전혀 없다.

2) 처분청은 형식이 아닌 실질에 따라 근로자 해당 여부를 판단하기 위한「근로기준법」규정을 오해하여 임의로 축소해석하고 있는데,「근로기준법」상 근로제공이 없는 휴직자도 근로자에 포함하고 있다.

3) 또한 처분청은 휴직 및 정직 중인 직원의 경우에는 근로제공이 없었음에도 퇴직급여 설정대상자에서 제외하는 것으로 처분한 사실이 없는 등 의견에 일관성이 결여되어 있다.

(2) 쟁점해외파견직원의 퇴직급여충당금전입액을 해외현지법인이 부담할 이유도 없고, 손금으로 인정된 비용도 없어 잘못된 세무조정이므로 취소되어야 한다.

(가) 해외현지법인은 파견직원의 근로제공 대가로 급여를 지급하면 충분하고, OOO이 정한 퇴직급여규정에 따른 의무를 부담할 의무가 없다.

OOO 퇴직급여제도는 국내 관련 법령에 따라 OOO이 근로자에 대해 부담하는 의무를 정한 것으로 해외현지법인과 무관하고, 해외현지법인 소재 국가에서는 통상 퇴직급여 지급의무도 없는데, 해외현지법인이 직원과 OOO과 고용관계가 유지된다 하여 OOO의 의무를 대신 부담하는 것은 타당하지 않으며, 해외현지법인이 OOO에 퇴직급여 상당액을 지급할 계약상의 근거도 없다. 즉, OOO의 해외현지법인으로부터 받을 돈을 받지 않거나 해외현지법인 대신 비용을 부담한 것이 아니므로 익금산입 대상으로 볼 수 없다.

(나) 이 건 쟁점퇴직급여충당금전입액을 익금산입하게 되면「법인세법」에 따라 이미 손금불산입된 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액을 이중으로 조정하는 효과가 발생된다.

1) OOO 2014사업연도 법인세 신고서상 퇴직급여충당금 세무조정시 회계상 비용계상액 OOO원이 전액 한도초과액으로 계산되어 손금불산입하였다.

2) 따라서 쟁점해외파견직원에 대한 퇴직급여충당금 전입액 OOO원도 OOO 전체의 퇴직급여충당금 세무조정시 손금불산입된 금액에 포함되어「법인세법」상 손금으로 산입하지 않았음에도 이를 재차 익금에 산입하게 되면 이중으로 손금 부인하는 효과가 발생되므로 동 세무조정은 취소되어야 한다.

(다) OOO은 국제기구 또는 외국기관 파견기간을 계속근무기간으로 인정하고, 공무원의 경우도 국제기구 등 파견기간에 대해서도 공무원연금지급대상 근무기간에 산입하고 있는 것과도 배치되어 불합리하다.

(3)「법인세법」상 직원에 대한 퇴직금은 한도 없이 손금인정되는데 처분청 의견대로라면 다음과 같이 쟁점해외파견직원에 대한 해당기간 발생되는 퇴직금상당액을 어떤 명목으로 지급하는지 여부에 따라 손금산입 여부가 달라져 형평에도 맞지 않게 된다.

파견시점에 전적격려금으로 지급하면 손금으로 인정(서면-2015-법령해석소득-0655, 2015.10.13.)되고, 파견기간동안 퇴직급여충당금을 적립하지 않았다가 파견기간 종료 후 실제 퇴직 시점에 공로금 등으로 지급해도 한도 없이 손금인정되어 동일한 명목의 지급에 대해 손금인정대상 금액이 달라지게 된다.

(4) 조세심판원 선결정례(조심 2015서1673, 2016.7.11.)에서 고용관계가 유지되는 해외파견직원에 대한 퇴직금 부담을 인정한 바 있으므로 이 건의 경우 쟁점해외파견직원이 근로장소 및 근로형태에 따라 차등적으로 퇴직급여를 적용받지 않도록 한 OOO 퇴직급여제도는 선결정례와 같이 인정되어야 한다.

＜차세대전산시스템 연구ㆍ인력개발비 세액공제 관련＞

(1) 쟁점차세대시스템 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 조세심판원 및 법원도 전산시스템 구축활동을 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 인정한 바 있다.

(가)

조특법 제9조

제5항에서 연구개발활동을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 규정하고 있다.

(나) 조세심판원에서는 차세대시스템 개발 관련 비용의 성격에 대하여 지식정보기술을 바탕으로 카드, 보험, 금융 등 복합 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경 등에 불과한 것은 아니라고 결정한 바 있다(

조심2013서1475

, 2014.2.25. 외 다수).

(다) 대법원(2014.9.4. 선고 2014누7459 판결)에서는 생명보험업을 영위하는 법인이 지출한 전산개발용역비가 “대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진보를 이루기 위한 활동인 점”을 근거로 연구개발비에 해당한다고 판시하였고, 금융기관의 차세대시스템 구축에 소요된 위탁비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상이라는 전제 하에 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 재위탁 비용도 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 판시(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결)한 바 있다.

(라) OOO의 쟁점차세대시스템 개발은 2010.1.1. 이후 이루어진 것이기는 하나, 기존 대법원 판단 등에 비추어 여전히 기술적 진전을 위한 것이므로 연구개발에 해당한다는 점에 대해서는 이견이 있을 수 없다. 다만,

조특법 제9조

제5항에서 구체적인 연구개발의 범위를 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 일부개정된 것) [별표 6]에서는 전사적 기업자원 관리 시스템 개발을 연구.인력개발비 세액공제의 대상에서 제외하고 있으므로 이 개정과 관련된 점만 문제된다고 할 것이다.

(2) 2010.2.18. 조특법 시행령의 개정으로 인하여 모든 시스템 개발비용이 연구인력개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것이 아니다.

(가) 개정의 배경 등을 감안하였을 때 조특법 시행령 [별표6]은 모든 시스템이 아니라 전사적 기업자원 관리설비 개발비용을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다.

(나) 조특법 시행령 [별표6] 개정 당시의 기획재정부의 의사는 연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는지 논란이 있던 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 관련 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외하고자 함에 있었다. 기획재정부는 ERP 도입 위탁비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는지 명확하지 않고, 다만 실무상으로는 이를 위탁 연구.인력개발비의 일종으로 해석·운용하고 있어 당해 비용을 세액공제 대상에서 제외하는 것을 명문화하기 위해서 조특법 시행령 [별표6]을 개정하였다. 당시 그러한 개정에는, ERP 위탁 도입비용이 단순 자산취득행위로 연구.인력개발비 대상으로 보기 힘들다는 점과 ERP 시스템은 생산성향상투자세액공제 적용대상이므로 연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는 경우 중복지원의 결과를 초래한다는 점 등이 그 배경이 되었다. 2010년 조특법 시행령 [별표6] 개정 당시의 생산성향상투자세액공제 관련 규정에는 전사적 기업자원 관리설비(ERP)가 대상 중 하나로 규정되어 있었는데, 당시 기획재정부는 ERP 도입비용이 생산성향상투자세액공제와 연구개발비 세액공제 대상에 중복 해당한다는 문제의식을 가지고 있었고, 이를 해결하기 위하여 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 이를 제외하는 내용을 명문으로 규정하였다. 따라서 조특법 시행령 [별표6]도 동일한 표현을 사용하여 ‘전사적 기업자원 관리설비’ 등 시스템을 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 규정하게 된 것이다. 그렇다면, 2010년의 조특법 시행령 [별표6]의 개정으로 세액공제 대상에서 제외되는 비용은 단순 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입 비용을 의미하는 것이라고 해석되어야 하며, 그 범위는 생산성향상투자세액공제의 대상이던 전사적 기업자원 관리설비의 범위와 동일하다고 해석되어야 할 것이지, 당해 개정으로 모든 시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 배제할 것을 그 목적으로 하였다고 볼 수는 없다.

(다) 조세심판원에서도, “기업의 전사적기업자원관리설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 대해서는 위탁연구개발비용의 일종으로 해석하여 세액공제를 적용하여 오다가, 기업의 ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 2010.2.18. 조특법 시행령 [별표6]을 개정하여 ‘전사적기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용은 공제대상에서 제외’하였다”고 명시하여, 연구.인력개발비 세액공제대상에서 제외되는 비용은 자산 취득행위에 해당하는 ERP 등으로 한정한다는 점을 명확히 하고 있다(조심 2013서134, 2013.7.23.).

(라) 아울러 전사적 기업자원 관리설비에 대하여, (ⅰ) 전사적 기업자원 관리설비가 R＆D 세액공제 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나온 시점(법인세과-1006, 2009.9.14., 법인세과-1007, 2009.9.14.)과 (ⅱ) 조특법 시행령 [별표 6]에서 전사적 기업자원 관리설비를 제외한 시점(2010.2.18.), (ⅲ) 조세심판원에서 전사적 기업자원 관리설비가 세액공제 대상이라고 인정한 시점(2009서3678, 2010.9.1.), (ⅳ) 생산성 향상투자세액공제의 범위에서 제외한 시점(2010.12.27.)을 비교하여 보면, 2010년의 조특법 시행령 [별표6] 개정 취지는 전사적 기업자원 관리시스템(ERP) 도입비용은 Software 구입비용의 일종인 단순자산취득 위에 불과하여, 더 이상 모법인 조특법이 연구.인력개발비 세액공제의 대상으로 규정한 “기술적 진전을 이루기 위한 활동”으로 보기 곤란하기 때문에 연구.인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 없기 때문이라는 점을 알 수 있다.

(마) 나아가 현행 조특법 역시 아래에서 보는 바와 같이 각각의 설비 또는 시스템에 대하여 그 설비 및 시스템의 내용에 따라 세액공제의 내용 및 취지에 따라 여러가지 세액공제의 혜택을 부여하고 있으며, 시스템 투자 전부를 일괄적으로 각 세액공제 대상에서 제외하고 있지 않다. 즉, 이들 설비 및 시스템은 전사적 기업자원 관리설비와 대등하거나 병렬적으로 존재하는 것이지, 전사적 기업자원 관리설비에 포함되거나 그에 종속되는 개념이 아닌 것이다.

＜표4＞ 조특법상 설비 또는 시스템

(3) 이 건 경정청구 거부처분대로 전산시스템 개발비용을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외하게 되면 OOO등을 따라잡기 위해 국내기업들이 지출한 연구.인력개발비도 세액공제 대상에서 제외된다는 비상식적인 결론에 이르게 된다.

(가) 국내 굴지의 한 기업은 OOO 시스템 사용료의 명목으로 OOO에 2013년 한 해에만 OOO원의 로열티를 지급하였고, OOO은 샌프란시스코에서 이루어진 연례개발자 회의에서 OOO 시스템의 개선된 기능을 공개한바 있다. 이처럼 세계 유수의 글로벌 기업들은 시스템 개발을 통한 수익창출 활동에 매진하고 있고, 성공적인 시스템의 개발은 실제 큰 수익으로 이어지고 있는 것이 현실이다.

(나) 위와 같이 현실적으로 기업들의 연구개발활동은 전산시스템 개발을 위주로 이루어지는데, 처분청 의견대로라면 이 같은 전산시스템 개발 비용도 세액공제 대상에서 전부 제외되는바, 그러한 해석은 현실을 도외시한 것으로 도저히 수긍하기 어렵다. 당초 조특법에 연구인력개발비 세액공제를 두고 있는 입법취지는 국내 기업들의 연구개발활동을 촉진하여 기업경쟁력 강화를 지원하기 위한 것인데, 사실상 모든 시스템 개발비용을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외한다면 이는 연구개발을 장려하고자 도입된 조특법 규정의 입법취지에도 배치된다.

(4) 쟁점위탁개발비에 대하여 연구.인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다고 보는 것은

조특법 제9조

제5항에도 반하는 해석이다.

(가)

조특법 제9조

제5항은 연구개발에 대하여 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있다. 앞서 본바, 금융기관의 전산시스템 위탁개발용역은 조특법상의 연구개발에 해당함에도 불구하고 조특법의 하위 규정에 해당하는 조특법 시행령 [별표6]의 규정을 모든 시스템 개발비용을 연구.인력개발비 세액공제의 대상에서 제외한다고 해석하는 것은 상위 규정을 형해화하는 해석으로써 허용될 수 없다.

(나) 만약 처분청 의견과 같이 ‘시스템’에 해당하는 것을 위탁개발하는 비용은 모두 세액공제 대상이 아니라고 해석할 경우 가령, 제조업체들의 생산관리시스템이나 공장자동화 시스템 개발비용 등도 역시 세액공제의 대상에 해당할 수 없다는 이상한 결론으로 귀결된다. 제조업체들의 공장들 역시 현대화되면서, 생산 공정 및 생산 장비의 제어, 생산품의 검사, 모니터링, 불량률 및 품질 검사 등의 모든 작업이 전산시스템으로 통제되고 있다. 이는 일반적으로 통합생산관리시스템(MES, Manufacturing Execution System)이라고 불리는데, 생산시스템을 자동화하여 고품질의 소량 맞춤형 제품을 생산이 가능하게 하고, 생산비용을 절감하고, 불량률을 낮추는 등의 효과를 가져오고 있다.

(다) 이러한 시스템의 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 가져오는 활동임이 분명하고 그로 인하여 새로운 제품이나 서비스 생산이 가능해짐에도, 처분청 의견에 따르면 관련 비용이 전산시스템과 관련이 있다는 이유로 이들 모두 세액공제 대상에서 제외된다. 그러나 이는 연구.인력개발비 세액공제 규정을 사실상 사문화시키는 해석으로 결국 시행령 규정으로 법에서 정한 세액공제 규정을 형해화하게 된다.

(5) 조특법 규정을 엄격하게 해석하더라도 OOO의 쟁점위탁개발비는 연구.인력개발비 세액공제 대상이다.

(가) 조특법 시행령 [별표6]은 전사적 기업자원 관리설비 등을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 있는데, 이는 전사적 기업자원 관리설비 및 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외하라는 의미로 해석된다. 여기서 “등”은 의존명사로서, “그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말”로 쓰이는데, 법에서 세액공제 대상에서 제외하는 대상을 단순히 “시스템”이라 규정하지 아니하고 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템”이라 규정한 것은, 전사적 기업자원 관리설비 및 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템만을 연구.인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 것으로 보아야 한다.

(나) 이외에도 “등”의 의미를 “모든”이라는 의미로 이해한다면, 그 의미가 불명확하여 납세자로서는 도대체 어떤 행위가 과세대상인지 여부를 예측하기 어렵게 되며 이러한 입법은 결국 조세법률주의에도 위배된다고 할 것이다.

(다) 기업의 ERP 등 개발을 위한 위탁비용은 연구.인력개발비 세액공제에서 제외되는데, 이는 ERP 등 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 판단되기 때문이다(조심 2009서3678, 2010.9.1.). 그러나, 이 건 쟁점차세대시스템 도입은 OOO의 전사적 역량이 총 동원된 프로젝트로 OOO이 소요되었으며, 프로젝트의 중요성, 전문성을 감안하여 컨설팅 업체에 거액이 소요된 PMO(Project Management Office)컨설팅 용역까지 제공받은 바 있다.

(라) 만약 쟁점차세대시스템이 범용성 있는 일반 ERP시스템에 해당했다면 시스템 설치 업체 측에 이미 정형화된 구축 체계가 존재했을 것으로 위와 같이 장기간ㆍ대규모 인력 및 비용이 투입된 프로젝트 진행체계를 갖추지 않았을 것이다.

(마) 쟁점차세대시스템이 범용성 있는 시스템이 아니라는 사실은 OOO과 시스템 개발 수탁업체의 계약서 내용상에서도 확인할 수 있다.

1) OOO과 시스템 개발 수탁업체 중 하나인 OOO시스템의 쟁점차세대시스템 구축 프로젝트 수행계획서에는 수행범위가 당사의 전사업무 프로세스를 아우르며 프로세스별 요구사항 정의를 통한 분석단계부터 시작되고 있어 이미 시스템 개발 위탁자와 수탁자 모두 기존에 없던 새롭게 개발되는 시스템임을 인지하고 있었음을 알 수 있다.

2) 또한 프로젝트 계약서 제23조에서 본 계약 산출물의 소유권, 저작권, 사용권 및 기타 모든 지적 재산권은 모두 OOO에 귀속되는 것으로 기재되어 있어, 개발업체는 수탁개발을 통해 구축 완료한 쟁점차세대시스템을 상품화하거나 단순 커스터마이징하여 외부시장에 판매할 수는 없었던 구조임을 확인할 수 있다

3) 범용성 있는 일반 ERP시스템의 경우 통상 시스템 도입에 따른 프로그램 ‘사용권’만을 부여 받을 뿐 그 ‘저작권’이나 ‘소유권’까지는 갖지 못한다는 점을 근거로 판단해 보더라도 쟁점차세대시스템이 범용성 있는 일반 ERP 시스템과는 성격이 다르다는 것을 알 수 있다.

나. 처분청 의견

＜OOO 해외지점 및 현지법인 파견직원 퇴직급여충당금 관련＞

(1) 쟁점해외파견직원은

「법인세법」제33조

및 같은 법 시행령 제60조 규정에 따른 퇴직급여충당금 손금산입대상에 해당되지 않는다.

(가) 퇴직급여충당금 설정대상자가 되는 사용인의 범위에 관하여는「법인세법」상 명시적인 규정을 두고 있지 아니하므로「근로기준법」에서 규정하고 있는 근로자의 개념을 원용하여 사용인의 범위를 판단하여야 할 것인데,

「근로기준법」제2조

제1항 제1호에서 “근로자”란 직업의 종류와 관계없이 임금을 목적으로 사업이나 사업장에 근로를 제공하는 자로 정의하고 있으나, 쟁점해외파견직원은 2014사업연도종료일 현재 OOO에 근로를 제공하고 있지 않았다.

(나) 또한 퇴직급여충당금은 당해 법인의 사용인이 퇴직할 때에 지급하여야 할 퇴직급 상당액을 사용인의 재직기간이 속하는 사업연도마다 손금으로 인식하기 위해 기말 결산시점에 계상하는 부채성충당금의 일종으로 퇴직급여법 또는 법인 내부 퇴직급여지급규정에 따라 계상한 금액은

「법인세법 시행령」제60조

규정에 따른 일정한 한도 내에서 손금에 계상할 수 있고, 같은 조 제1항에서 “퇴직급여의 지급대상이 되는 임직원에게 해당 사업연도에 지급한 총급여액의 100분의 5에 상당하는 금액”으로 규정하고 있다. 따라서 “퇴직급여충당금 설정대상자”는 퇴직급여의 지급대상이 되는 자로서 사업연도종료일 현재 당해 법인에 재직하는 임직원으로 보아야 할 것인데, 쟁점해외파견직원은 2014사업연도말 현재 청구법인에 재직하고 있지 아니하므로 이에 해당되지 않는다.

(다) 청구법인은 쟁점해외파견직원의 업무가 현지 시장조사, 글로벌 트렌드 분석 및 전략수립 등 본사 관련 업무를 병행하고 있다고 주장하면서도 해당 사실을 입증할 수 있는 어떠한 자료도 제시하지 못하였다.

(라) 청구법인도 쟁점해외파견직원은 파견기간 동안 OOO 소속 정직원으로 그 지위가 유지되지만, 급여 및 복리후생비 등은 전액 해외현지법인에서 지급한다는 취지로 사실관계를 밝히고 있어 이는 쟁점해외파견직원이 청구법인과 무관한 근로관계에 있음을 명확히 밝히고 있는 것이다.

(2)

「법인세법 시행령」제87조

에 따라 특수관계법인 간에 사용인(임원 포함)이 상호 전출입하는 것은 현실적인 퇴직의 범위에 해당되고, 특수관계법인에 근무한 기간은 합산하여 퇴직급여를 지급하는 경우 마지막으로 근무한 법인에서 퇴직할 때 현실적으로 퇴직하는 것으로 보아 해당 퇴직급여 상당액을 각 법인별로 안분하여 손금에 산입하도록 하고 있다.

(가) 특수관계에 있는 다른 법인에 전출한 자의 경우 사업연도종료일 현재 전출법인에 재직하고 있지 않아 원칙적으로 전출법인에서 퇴직급여충당금을 설정할 수 없으나, 법인이 현실적인 퇴직으로 보지 아니하여 퇴사시 전출입법인이 퇴직급여를 안분계산하여 지급하기로 한 경우에는 전출법인도 그 임직원이 전입법인에서 현실적으로 퇴직할 때까지 매 사업연도 퇴직급여충당금의 손금산입범위액 계산시 적용할 퇴직급여추계액에 전출한 임직원의 퇴직급여추계액 중 전출법인이 부담할 안분계산액을 합하여 계산하게 된다.

(나) 따라서 사용인이 해외특수관계법인에 파견근무하면서 해외특수관계법인의 업무만 전적으로 수행하는 경우 당해 사용인의 퇴직금을 전출한 법인에 근무한 기간을 통산하여 계산할 수 있는 것이고, 해외현지법인 파견근로자에 대한 퇴직급여는 해외현지법인이 파견기간 동안 안분계산하여 부담하여야 할 비용이므로 파견기간 동안 적립한 퇴직급여충당금은 청구법인의 손금이 아닌 것이다.

＜차세대전산시스템개발비의 연구ㆍ인력개발비세액공제 관련＞

(1) 조특법에서 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한다라고 명확하게 규정하고 있다.

(가)

조특법 제10조

제1항은 “내국인이 각 과세연도에 연구.인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 “(중간 생략) 연구인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구.인력개발비”라 한다)”이라 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제8조 제1항은 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다고 규정하고 있고, 조특법 시행령 [별표6]은 “연구.인력개발비 세액공제를 적용 받는 비용(제8조 제1항 관련)”을 구체적으로 정의하고 있는바,

(나) 조특법 시행령 [별표6] 제1호 ‘연구개발’ 중 나목 ‘위탁 및 공동연구개발’ ①은 ‘다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용’이라고 정하고 있다가, 전사적 기업자원 관리설비 등 위탁개발 비용은 시설투자인 단순한 자산의 취득에 해당하고 같은 법 제24조의 생산성향상시설투자세액공제와 중복 적용되는 등의 불합리한 점을 해소하기 위하여 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 [별표6] 제1호 나목 ①을 “다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용”이라고 개정하여 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외시켰다.

[조특법 시행령 [별표 6] 개정사항 비교]

-1호 ‘연구개발’ 중 나목 위탁 및 공동연구개발

* 시행시기 : 2010.1.1 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용함

(다) 조세심판원에서도 차세대시스템 구축비용은 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용’에 해당하여 연구.인력개발비 세액공제가 불가하다고 보고 있다(조심 2015서5554, 2018.7.27.).

(2) 조특법상 “전사적 기업자원 관리 설비 등 시스템”은 기업의 인적·물적 모든 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 시스템을 의미한다.

(가)

조특법 제5조의2

제1호에서 구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "전사적(全社的) 기업자원 관리설비"라 한다)로 정의하고 있다.

(나)

조특법 시행령 제8조

제1항 [별표6] 제1호 나목①은 연구인력개발비 세액공제 대상 중 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다.”고 규정하여, “시스템”이라는 상위 개념 아래 “등”이라는 용어를 통하여 “전사적 기업자원 관리설비”를 시스템의 예시로 들고 있다.

(다) 즉 문법적으로 “시스템 개발을 위한 위탁 비용”은 “전사적 기업자원 관리 설비 개발을 위한 위탁 비용”보다 상위개념이고, “전사적 기업자원 관리 설비 개발”은 “시스템 개발”에 포함된다.

(라) 기획재정부에서도 조특법 시행령 [별표 6]의 “전사적 기업자원 관리설비 등”이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 설비를 의미한다고 해석(기획재정부 조세특례제도과-671, 2016.5.31.)하여 “전사적 기업자원 관리설비 등”에는 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 설비까지도 포함됨을 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① OOO 해외현지법인 파견직원에 대한 퇴직급여충당금전입액 상당액을 OOO 본사의 손금에 계상할 수 있는지 여부

② OOO의 쟁점차세대전산시스템 개발에 소요된 쟁점위탁비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당되는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) OOO이 제시한 해외현지법인에 쟁점해외파견직원을 파견하게 된 경위는 다음과 같다.

1) OOO은 다수의 해외지점 및 현지법인을 통해 한국계 기업, 현지기업, 교민, 유학생, 현지인 등을 대상으로 금융서비스를 제공하고 있다.

2) OOO의 해외현지법인은 대부분 지점형태로 진출하였다가 사업상 필요에 따라 현지법인으로 전환하여 설립되었고, 최근에는 현지은행을 인수하여 합병하기도 하였는데, 해외지점 뿐 아니라 대부분의 해외현지법인의 주요 고객은 해당 국가에 진출한 한국기업 및 교민이다.

3) OOO은 해외지점 및 해외현지법인에 직원을 파견하여 고객에게 양질의 금융서비스를 제공하도록 하고 있고, 쟁점해외파견직원은 해외 파견기간이 종료되면 OOO에 복귀하여 계속 근무하게 된다. 이때, 해외현지법인 파견직원은 주재원으로 파견된 기간에도 OOO 소속 정직원으로 그 지위가 유지되고, 급여 및 복리후생비 등은 전액 해외현지법인에서 지급하고 있다.

(나) OOO의 퇴직급여제도는 다음과 같다.

1) OOO은 퇴직급여법에 따라 근로자의 안정적인 노후생활에 이바지하기 위하여 노동조합의 동의를 받아 퇴직급여제도를 설정·운영하고 있다.

2) OOO 퇴직급여규정 제5조 제1항에서 퇴직급여 지급액 계산의 근거가 되는 근속기간을 “휴직기간 및 정직기간을 포함하여 입행한 날로부터 퇴직한 날까지의 기간”으로 정하고 있고, 제한적인 경우에만 근속기간에서 제외하도록 규정하고 있는데, 그 내용은 다음과 같고, 쟁점해외파견직원의 경우에도 근속연수에 포함하고 있다.

(다) 청구법인이 쟁점퇴직급여충당금전입액을 익금산입ㆍ기타사외유출로 소득처분하여 2014사업연도 법인세 신고를 하게 된 경위에 대해 OOO지방국세청장의 2013년 청구법인에 대한 세무조사 당시 해외현지법인 파견직원의 2008∼2012사업연도 퇴직급여충당금전입액 발생분 OOO원을 손금불산입하여 과세한 방법대로 산정하였고, 이에 대해서 별도 불복제기는 없었다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점퇴직급여충당금전입액을 익금산입금액에서 제외하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분이 정당하다는 의견이나,

쟁점해외파견직원은 해외현지법인 파견기간 동안 OOO 본사 소속으로서 고용계약이 유지되므로 해당기간 동안 증가되는 쟁점해외파견직원들에 대한 퇴직금에 대한 지급의무는 OOO 내부 퇴직급여지급규정에 따라 OOO에 있는 점, OOO 소속직원의 해외현지법인 파견시 직접적인 현지법인의 업무 외에도 본사와의 유관업무도 일부 수행하고 있는 것으로 보이는 점, 해외현지법인 파견은OOO의 인사관리상 소속 직원의 글로벌 직무능력 향상 등의 효과도 있는 등 파견기간 동안 청구법인 업무와 무관한 업무만 수행하는 것으로 단정하기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 기획재정부가 발간한 ‘간추린 개정세법’의 내용은 아래와 같다.

1) 2002 간추린 개정세법

2) 2010 간추린 개정세법

3) 2011 간추린 개정세법

4) ‘2010 개정세법 설명자료’의 내용은 아래와 같다.

(나) 기획재정부장관은 국세청장에 대한 질의회신(기획재정부 조세특례제도과-671, 2016.5.31.)에서 ‘조특법 시행령 [별표 6]의 ERP 등이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 ERP 및 이와 유사한 설비를 의미하는 것’이라고 답변하였다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 시행령 [별표 6]에서 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하고 있는 점, 쟁점차세대시스템은 신규사업 진출 등 핵심 사업라인의 다각화, 영업 네트워크 기반 확대 등을 지원하기 위해 기존 시스템을 고도화 한 것이므로 이는 본질적인 속성에서 전사적 기업자원 관리설비 등과 유사한 것으로 보이는 점, 입법자는 본질적인 속성에서 차이가 없는 유사시스템에 대한 위탁비용도 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하기 위하여 “전사적 기업자원 관리설비 등”으로 규정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점위탁비용을 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

- 쟁점① : 쟁점헤외파견직원 퇴직급여충당금적립액 관련 -

(1) 법인세법

제33조【퇴직급여충당금의 손금산입】① 내국법인이 각 사업연도에 임원이나 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 임원이나 사용인에게 퇴직금을 지급하는 경우에는 그 퇴직급여충당금에서 먼저 지급하여야 한다.

③ 제1항에 따라 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 합병 또는 분할한 경우 그 법인의 합병등기일이나 분할등기일 현재의 해당 퇴직급여충당금 중 합병법인ㆍ분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 “합병법인 등”이라 한다)에 인계한 금액은 그 합병법인등이 합병등기일이나 분할등기일에 가지고 있는 퇴직급여충당금으로 본다.

④ 사업자가 그 사업을 내국법인에게 포괄적으로 양도하는 경우에 관하여는 제3항을 준용한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 퇴직급여충당금에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 퇴직급여충당금의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제44조의2【퇴직보험료 등의 손금불산입】① 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직급여를 지급하기 위하여 불입하거나 부담하는 보험료ㆍ부금 또는 부담금(이하 이 조에서 “보험료등”이라 한다) 중 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 손금에 산입하는 것 외의 보험료 등은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

② 내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직을 퇴직급여의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 수급자로 하는 연금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 “퇴직연금 등”이라 한다)의 부담금으로서 지출하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

③ 제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등(

「근로자퇴직급여 보장법」제13조

에 따른 확정기여형 퇴직연금, 같은 법 제25조에 따른 개인형퇴직연금제도 및「과학기술인공제회법」에 따른 퇴직연금 중 확정기여형 퇴직연금에 해당하는 것을 말한다. 이하 같다)의 부담금은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 부담금은 법인이 퇴직 시까지 부담한 부담금의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입 한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입 한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다.

④ 제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등의 부담금을 제외한 금액은 제1호 및 제1호의 2의 금액 중 큰 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입하며, 둘 이상의 부담금이 있는 경우에는 먼저 계약이 체결된 퇴직연금등의 부담금부터 손금에 산입한다.

1. 해당 사업연도종료일 현재 재직하는 임원 또는 사용인(확정기여형 퇴직연금 등이 설정된 사람은 제외한다)의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액(제44조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다)에서 해당 사업연도종료일 현재의 퇴직급여충당금을 공제한 금액에 상당하는 연금에 대한 부담금

1의2.

「근로자퇴직급여 보장법」제16조

제1항 제1호에 따른 금액에서 해당 사업연도 종료일 현재의 퇴직급여충당금을 공제한 금액에 상당하는 연금에 대한 부담금

2. 직전 사업연도종료일까지 지급한 부담금

⑤ 제2항에 따라 부담금을 손금에 산입한 법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 퇴직연금부담금조정명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제60조【퇴직급여충당금의 손금산입】① 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 퇴직급여의 지급대상이 되는 임원 또는 사용인(확정기여형 퇴직연금등이 설정된 자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에게 해당 사업연도에 지급한 총급여액(제44조 제4항 제2호에 따른 총급여액을 말한다)의 100분의 5에 상당하는 금액을 말한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입하는 퇴직급여충당금의 누적액은 해당 사업연도종료일 현재 재직하는 임원 또는 사용인의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액과

「근로자퇴직급여 보장법」 제16조

제1항 제1호에 따른 금액 중 큰 금액(제44조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다)에 다음 각 호의 비율을 곱한 금액을 한도로 한다.

1. 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 30

2. 2011년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 25

3. 2012년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 20

4. 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 15

5. 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 10

6. 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도 : 100분의 5

7. 2016년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 : 100분의 0

③ 제2항 각 호의 한도 내에서 손금에 산입한 퇴직급여충당금의 누적액에서 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도 중 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직금을 뺀 금액이 제2항에 따른 추계액에 같은 항 각 호의 비율을 곱한 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액은 익금으로 환입하지 아니한다.

④ 내국법인이 「국민연금법」에 의한 퇴직금전환금으로 계상한 금액은 제2항의 규정에 불구하고 이를 손금에 산입하는 퇴직급여충당금의 누적액의 한도액에 가산한다.

⑤ 법 제33조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 퇴직급여충당금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

- 쟁점② : 쟁점위탁개발비의 연구인력개발비 세액공제 관련 -

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것)

제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(

「법인세법」 제43조

의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제

4. 삭제

5. 삭제

6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "공급망관리 시스템설비"라 한다)

7. 고객자료의 통합·분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "고객관계관리 시스템설비"라 한다)

8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

9. 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24271호로 개정된 것)

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

[별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)