조심 2023서9444 (2024.07.09)

강동세무서장이 2023.4.26. 청구법인에게 한 2016～2018사업연도 법인세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1938년 ‘A’로 시작하여 석유, 천연가스 등 국내외 자원 개발 및 판매업 등 다양한 분야로 사업을 확장하여 건설·상사·패션·리조트 및 바이오산업 등을 주요사업으로 영위하고 있는 법인으로, 2016년 8월 칠레공화국에 소재하는 해외현지법인인 B(이하 “쟁점해외법인”이라 한다)에 대한 구상채권 등을 출자전환하면서 취득한 주식의 시가와 채권 장부가액의 차액인 OOO원(이하 “쟁점출자전환손실”이라 한다)을 회계상 손실로 인식하고 2016사업연도 법인세 신고 시 손금불산입(유보)으로 세무조정을 하였다. 나. 이후 청구법인은 2022.3.31. 쟁점해외법인의 채무에 대한 지급보증으로 발생한 구상채권을 출자전환한 데에 경제적 합리성이 인정되므로 쟁점출자전환손실을 2016사업연도의 손금으로 인정하여야 한다는 이유 등으로 2016~2018사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 쟁점출자전환손실은 관련 주식을 양도하거나 쟁점해외법인이 청산하는 시점에 손금으로 산입하여야 한다고 보아 2023.4.20. 청구법인의 경정청구를 거부하였다(미환류소득에 대한 경정청구는 받아들여 2016사업연도 법인세 OOO원에 대해서는 환급결정을 하였다). 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 채권의 출자전환에 따라 취득하는 주식의 취득가액은 원칙적으로 취득 당시의 시가이므로 채권자 입장에서 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 크다면 그 차액(출자전환이익)만큼 순자산이 증가하여 익금에 산입하여야 하고, 반대로 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가가 작다면 그 차액(출자전환손실)만큼 순자산이 감소하여 이에 대한 손금성 여부를 검토하여야 하며, 조세심판원도 그동안 마찬가지 입장이었다. 조세심판원은 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가(취득가액)가 컸던 사안에서, “그 차액인 출자전환이익만큼 순자산의 증가가 발생하였으므로 해당 차액을 익금에 산입하여야 한다”는 취지로 결정하였다(조심 2020서2807, 2021.11.8. 참고). 또한, 조세심판원은 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가(취득가액)가 작았던 사안에서, “대손금의 형태는 그에 대응한 청구권이 법적으로 소멸된 경우와 법적으로는 소멸되지 않았으나 채무자의 재산현황, 지급능력 등에 비추어 자산성의 유무에 대하여 회수불능이라는 회계적 인식을 한 경우로 구분할 수 있으며, 전자는 당연히 회수할 수 없게 된 것이므로 회계상 처리 여부와 상관없이 그 소멸된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입되는 것이고, 후자는 채권 자체는 그대로 존재하고 있으므로 법인이 회수불능이 명백하게 되어 대손이 발생하였다고 회계상의 처리(결산조정)를 하였을 때에 한하여 세무회계상 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있다고 할 것(조심 2008중4116, 2009.7.7., 같은 뜻임)”이라고 하면서, “채권을 출자전환하는 경우 채권은 소멸하고 그에 대신하여 주식을 취득하게 되는 것이므로, 채권을 출자전환하면서 손실이 발생하였다면 그 손실은 청구권이 법적으로 소멸된 경우에 해당한다고 볼 수 있으므로 해당 채권의 출자전환손실은 대출채권이 소멸되어 손실이 발생한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하는 것”이라고 판단하였다(조심 2011서1047, 2014.9.4.). 즉, 조세심판원은 “채무자와의 약정에 의한 채권 포기도 (납세자가 내부적으로만 채권을 임의 포기한 경우와 달리) ‘청구권이 법적으로 소멸하는 경우’에 해당하여 순자산 감소를 초래하므로 그 포기액을 손금에 산입할 수 있다”고 보고 있는데(조심 2018서4915, 2020.1.22.), 이는 곧 ‘채권의 출자전환’을 ‘약정에 의한 채권 포기’와 동일하게 보고 있음을 의미한다. (2) 비특수관계인 간 채권의 출자전환에서 발생한 출자전환손실이 출자전환일이 속하는 사업연도의 손금에 해당하는 이상(조심 2011서1047, 2014.9.4. 참조), 특수관계인 간 채권의 출자전환에서 발생한 출자전환손실도 부당행위계산 부인 대상이 아니라면 출자전환일이 속하는 사업연도의 손금에 산입되어야 한다. 즉, 특수관계인 간 채권의 출자전환에서 출자전환한 채권의 장부가액보다 출자전환으로 취득한 주식의 시가(취득가액)가 작아 그 차액만큼 순자산이 감소하는 경우에도 ‘경제적 합리성’이 있다면 그 차액이 손금에 산입되는 것이다. 기획재정부와 국세청도 마찬가지 입장에서 ‘법인이 특수관계에 있는 법인에 대한 채권을 출자전환함으로써 취득하는 주식의 시가가 채권가액에 미달하는 경우 그 차액은 부당행위계산 부인 대상에 해당되는 경우를 제외하고는 ’법인세법 기본통칙‘ 34-62...5에 준하여 처리한다’고 보고 있다(재정경제부 법인세제과-375, 2005.5.31., 법규법인 2012-476, 2013.1.24. 등 참조). 최근 조세심판원도 특수관계인 간 약정에 의한 채권 포기 사안에서 “약정에 의한 채권포기액의 대손처리와 관련한 우리 원의 선결정례, 기획재정부 및 국세청 예규에 의하면, 비특수관계인뿐만 아니라 특수관계인에 대한 채권포기액에 대하여도 약정에 의한 채권포기액을 대손금으로 보기 위해서는 채권의 일부를 조기 회수하기 위하여 나머지 채권을 불가피하게 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유 또는 경제적 합리성이 인정된다면 해당 채권포기액을 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있는바, 청구법인의 쟁점출자전환손실의 포기행위에 대한 경제적 합리성 유무에 따라 그 손금산입 여부를 판단하여야 할 것”이라고 결정하였다(조심 2022구1913, 2022.8.24.). 위 결정에서 ‘정당한 사유’는 ‘경제적 합리성’과 사실상 같은 의미이므로, 결국 특수관계인 간 채권의 출자전환에서도 ‘경제적 합리성’이 인정된다면 출자전환손실은 손금에 산입되어야 하므로 쟁점출자전환손실이 손금인지 여부는 “쟁점출자전환에 경제적 합리성이 인정되는지”의 문제로 귀결된다. (3) 「법인세법」 제52조 에서 정한 부당행위계산 부인 규정은 경제인의 처지에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단된다(대법원 2017.1.25. 선고 2016두50686 판결 등 참조). 이와 관련하여 대법원은 “경제적 합리성의 유무를 판단할 때에는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니되며, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다”고 일관되게 판시하는 등 경제적 합리성 유무는 특정 거래행위의 대가관계만 따로 떼어내어 판단할 것이 아니라, 전체적인 거래관계를 고려해서 판단하여야 한다는 입장이다(대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 등 참조). (가) 이 건 출자전환은 청구법인의 손실을 최소화하기 위하여 부득이하게 이루어진 것으로서, ‘경제적 합리성’이 인정된다. 대법원은 자본잠식이 된 회사에 단독으로 출자전환을 결정한 회사에 대하여, “이 사건 출자전환은 원고(출자전환 결정 회사)가 C 주식회사에 대한 채권을 회수할 가능성이 거의 없고 또 C 주식회사가 파산할 경우 거액의 담보 및 보증제공으로 인하여 원고 또한 적지 않은 타격을 입을 것으로 예상되는 상황에서, 원고의 손해를 조금이나마 줄이기 위해서는 채권을 그대로 보유하는 것보다는 출자전환하여 C 주식회사의 재무구조를 개선함으로써 신규 공사수주가 가능하도록 하여 계속기업으로서 존속하게 하는 것이 낫다는 판단하에 이루어진 것으로서, 건전한 사회통념이나 상관행에 어긋나는 비정상적인 거래로서 경제적 합리성이 없는 것이라고 볼 수 없다”고 판시하였다(대법원 2010.1.14 선고 2009두12822 판결). 위와 같이 실제로 출자전환으로 자회사의 재무건전성을 도모하는 경영기법은 널리 사용되고 있는 일반적이고 통상적인 방법에 해당하고, 이 건 출자전환 역시 쟁점해외법인의 유동성 위기를 극복하고 재무구조를 개선하여 청구법인의 손실을 줄이거나 청구법인에게 이익을 가져오기 위한 합리적인 판단 하에 이루어졌으므로 이에 대하여도 경제적 합리성이 인정된다고 봄이 타당하다. (나) 청구법인의 출자전환은 칠레 법원의 회생절차에 의한 것으로서, 다른 이해관계인들의 동의 및 칠레 법원의 인가결정에 따라 합리적으로 결정된 방안이었다. 우선, 근본적으로 이 건 출자전환은 특수관계에 있는 청구법인과 쟁점해외법인이 임의로 결정한 행위가 아니라 다른 이해관계인들[쟁점해외법인의 주주인 D(이하 “D”라 한다) 및 쟁점해외법인의 채권자들]의 동의 및 칠레 법원의 인가결정을 받아 이루어졌다. 즉, 이 건 회생절차는 청구법인 외에 청구법인과 특수관계가 없는 쟁점해외법인의 주주였던 D의 동의까지 받아 개시되었고, 회생절차에서 회생계획안이 인가되기 위해서는 총 채무액 기준 3분의 2, 채권자집회 참석인 기준 3분의 2 이상의 채권자가 해당 안에 동의하여야 하는데, 이때 쟁점해외법인의 채권자 중 다수 역시 청구법인의 출자전환을 쟁점해외법인의 회생을 위해서는 합리적인 선택이라고 판단하여 이에 동의하였다. 또한, 회생계획안이 인가되기 위해서는 칠레 법원의 결정을 받아야 한다. 즉, 칠레 법원은 쟁점해외법인에 대한 조사를 통하여 쟁점해외법인의 존속가치와 청산가치를 비교한 후 존속가치가 크다고 판단하였고, 다수의 이해관계인들이 동의한 회생계획안이 합리적이고 실현 가능성이 있다는 점까지 고려하여 회생계획안에 대한 인가결정을 한 것이다. 요컨대 이 건 출자전환은 칠레 법원에서 진행된 회생절차의 일환으로 이루어졌고, 이러한 출자전환에 대한 결정은 청구법인의 일방적인 의사가 아니라 칠레 법원이 주관하는 적법한 회생절차의 테두리 내에서 제3자인 D사와 채권자집회 3분의 2 이상의 동의 및 칠레 법원의 인가결정까지 얻어 결정된 사항이라는 점에서 당사자 간의 합의에 따라 임의로 출자전환 시기를 정하여 출자전환이 이루어지는 사례와 달리 보아야 하며, 이러한 사실관계만으로도 특별한 사정이 없는 한 ‘경제적 합리성’이 담보된다고 봄이 마땅하다. (다) 청구법인은 경제적·비경제적 손실을 최소화하기 위하여 출자전환을 선택할 수밖에 없었다. 청구법인은 쟁점해외법인의 회생 여부를 결정함에 있어서 당연히 쟁점해외법인의 파산과 회생절차 진행을 비교하여 어느 쪽이 청구법인에게 유리한지 내부적인 검토를 수행한 결과, 다음과 같은 이유 등에 비추어 파산보다는 회생절차를 진행하는 편이 유리하다고 판단하여 회생절차 신청 및 쟁점출자전환을 결정하게 되었다. 첫째로, 광물 개발사업 전문 사모투자회사인 E(이하 “E사”라 한다)의 추가 투자로 인해 그 자체로 쟁점해외법인의 재무구조가 개선되어 순자산가치가 증가하므로, 청구법인이 즉시 이를 매각한다고 가정하더라도 회수 가능한 금액이 증가하게 된다. 둘째로, E사는 광물개발사업에 대한 풍부한 사업 경험과 노하우가 있고, 청구법인이 쟁점해외법인의 사업이 당초 목표 및 예상보다 부진함에 따라 사후적으로 분석한 결과에 의할 때 쟁점해외법인이 그동안 겪었던 사업상 어려움은 국제 전기동 가격 하락이라는 외부적·일시적인 요인과 파트너사의 칠레 광물개발사업에 대한 경험부족에서 기인한 면이 컸으므로, E사가 추가 투자를 하여 자금을 지원하는 동시에 경영권을 취득하여 그 사업 경험과 노하우를 쟁점해외법인의 사업에서 활용함으로써 위기를 극복하고 장기적인 기업가치 제고를 기대할 수 있었다. 셋째로, 청구법인이 칠레 소재 완전자회사인 F(이하 “칠레자회사”라 한다)를 통하여 지배하던 쟁점해외법인이 파산하게 될 경우, 청구법인의 업계 평판 역시 저하될 우려가 있었다. 특히 칠레는 세계 구리시장에서 점유율 1위를 기록하고 있는 국가로, 구리 사업은 장기 성장성 및 수익성이 높아 청구법인의 대표사업으로 선정될 만큼 중요한 사업 분야인 점을 고려할 때 청구법인으로서는 향후 칠레에서 사업을 진행함에 있어서 평판상의 불이익이 발생할 것에 대하여 신중을 기할 필요가 있었다. 넷째로, 청구법인은 회생절차의 일환으로 쟁점해외법인과 전기동 구매계약을 체결할 예정이었는데, 동 계약에 의하여 쟁점해외법인으로부터 3년간 최소 미화 210만 달러의 마진을 보장받을 수 있었다. 청구법인은 쟁점해외법인으로부터 3년 동안 전기동을 시세를 기준으로 계산한 통상적인 공급가격에서 100달러/톤 저렴한 가격에 공급받을 수 있고, 만약 3년 동안 확보한 마진이 210만 달러 미만일 경우 이를 청구할 수 있으며, 계약을 조기 해지할 경우에도 210만 달러에 미달한 부분을 지급받을 수 있었다. 마지막으로, 쟁점해외법인이 파산할 경우 (G와의 계약 당사자는 청구법인이 아니라 쟁점해외법인이므로) 이 건 광구권 계약의 해지로 인해 청구법인은 더 이상 OOO 지역의 광물개발 사업을 진행하지 못하게 될 우려가 있었다. OOO 지역은 40년 동안 개발이 제한되어 있었던 지역일 뿐만 아니라 주변에 전기, 도로, 항구, 용수 등 인프라가 잘 갖춰져 있는 등 사업 잠재력이 높은 곳이므로 이대로 쟁점해외법인이 파산하여 아리카 지역에 대한 모든 사업 기회를 통째로 포기할 수 없었다. (라) 이상에서 살펴본 바와 같이 청구법인의 입장에서 쟁점해외법인을 즉시 파산하도록 두는 것보다는 회생절차를 진행시키는 것이 유리한 선택이었고 이 건 회생절차의 핵심은 E사라는 광물 개발사업 전문 사모투자회사의 투자를 유치하여 추가적인 자금을 조달하는 한편, E사의 광물 개발사업 경험을 통해 사업 효율성을 높이는 데에 있었다. 이를 통해 당장의 유동성 위기는 물론, 장기적으로도 쟁점해외법인의 사업 정상화를 통해 추가적인 상황 개선을 도모할 수 있었기 때문인데, 마스터 계약 및 회생절차 결정의 내용상 이 건 출자전환은 E사의 투자 유치를 위한 필수적인 선결 조건이었는바, 청구법인으로서는 쟁점해외법인의 즉시 파산을 막기 위하여 이 건 출자전환을 이행할 수밖에 없었다. 위 마스터 계약 및 회생절차 결정문의 내용을 종합하면, 청구법인은 쟁점해외법인의 OOO은행 채무 및 OOO 채무를 모두 대위변제하고, 대위변제로 인해 발생한 구상채권 및 보증수수료 채권을 출자전환하여야 하며, E사는 이러한 청구법인의 대위변제 및 출자전환이 전제되어야만 쟁점해외법인에 대한 투자를 이행하겠다는 내용이 기재되어 있는바, 쟁점해외법인의 회생절차 진행을 위하여 청구법인은 이 건 출자전환을 이행할 수밖에 없었다. (4) 쟁점해외법인은 이 건 회생절차 및 출자전환을 통하여 현재까지 안정적으로 사업을 영위하면서 흑자법인으로 전환되었고, 심지어 이 건 회생절차는 성공적으로 마무리되어 안정적으로 사업을 영위하고 있으며, 2020년에 당기순이익이 흑자로 돌아선 이래로 계속하여 이익을 내고 있는바, 이는 실제 이 건 출자전환을 포함한 회생절차의 진행이 쟁점해외법인의 경영 정상화에 도움이 되었음을 증명하는 것이라 할 것이다. 따라서 이러한 쟁점해외법인의 경영 정상화에 따라 자연히 청구법인의 투자손실이 감소한 점을 살펴보더라도 이 건 출자전환에 ‘경제적 합리성’이 존재한다는 사실은 명백하다. 나. 처분청 의견 (1) 이 건 출자전환 거래는 거래당사자의 어느 한쪽이 외국법인(쟁점해외법인)인 거래로서 「국제조세조정에 관한 법률」에서 규정하고 있는 ‘국제거래’에 해당한다. 「국제조세조정에 관한 법률」 제2조에서는 거래 당사자 중 어느 한쪽이나 거래 당사자 양쪽이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매·임대차, 용역의 제공, 금전의 대차 그 밖의 거래자의 손익 및 자산과 관련된 모든 거래를 ‘국제거래’로 명시하고 있는바, 이 건 출자전환 거래는 청구법인과 해외쟁점법인의 손익거래로서 「국제조세조정에 관한 법률」 제2조에서 규정하고 있는 ‘국제거래’에 해당한다. (2) 이 건 출자전환 거래는 ‘국제거래’에 해당하므로 「국제조세조정에 관한 법률」을 우선 적용하여야 한다. 「국제조세조정에 관한 법률」 제3조에서 「법인세법」 제52조 에서 규정하는 ‘부당행위계산 부인 규정’을 제외하고는 국세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 「국제조세조정에 관한 법률」을 적용하여야 함을 규정하고 있고, 처분청도 이 건 출자전환 거래에 ‘경제적 합리성’이 있음을 인정하여 「법인세법」 제52조 에서 규정하는 ‘부당행위계산 부인 규정’을 적용하지는 아니하였다. (3) 「국제조세조정에 관한 법률」 적용 시 이 건 출자전환 거래로 취득한 주식의 정상가격과 채권가액의 차이인 쟁점출자전환손실은 이 건 출자전환으로 취득한 주식을 양도하거나 쟁점해외법인이 청산하는 시점에 손금에 산입하여야 한다. 「국제조세조정에 관한 법률」 제4조에서 거래 당사자의 어느 한쪽이 국외 특수관계인인 ‘국제거래’에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높을 경우 정상가격에 의한 과세조정을 규정하고 있고, 같은 법 제5조에서는 정상가격의 산출방법을 별도로 정하고 있는바, 이 건 출자전환으로 취득한 주식의 시가 산정 시 위 제5조 정상가격 산출방법에 관한 규정이 적용되어야 하고, 출자전환으로 취득한 주식의 정상가격과 채권가액의 차이가 반환된 것이 확인되지 아니하는 경우 같은 법 제9조에 따라 익금산입(출자의 증가, 유보)으로 소득처분한 후 출자전환으로 취득한 주식을 양도하거나 해외쟁점법인이 청산하는 시점에 손금으로 산입하여야 한다. 청구법인의 경우 쟁점출자전환손실을 전액 손금불산입(유보)으로 소득금액을 조정한 후 법인세를 신고함으로써 출자전환으로 취득한 주식의 정상가격과 관계없이 그 처분의 효과(유보, 출자의 증가)는 동일하다. 따라서 청구법인이 2016사업연도에 이 건 출자전환으로 취득한 주식을 양도하였다거나 쟁점해외법인이 청산한 사실이 없으므로 쟁점 출자전환손실을 2016사업연도의 손금산입 대상으로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점출자전환손실을 출자전환일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것) 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】① 다음 각 호의 구분에 따른 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다. 1. 주식발행액면초과액 : 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액(무액면주식의 경우에는 발행가액 중 자본금으로 계상한 금액을 초과하는 금액을 말한다). 다만, 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우에는 그 주식 등의 제52조 제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다.(중략) ② 제1항 제1호 단서에 따른 초과금액 중 제18조 제6호를 적용받지 아니한 대통령령으로 정하는 금액은 해당 사업연도의 익금에 산입하지 아니하고 그 이후의 각 사업연도에 발생한 결손금의 보전(補塡)에 충당할 수 있다. 제19조의2【대손금의 손금불산입】① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 “대손금”이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. ② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에 대하여는 적용하지 아니한다. 1. 채무보증(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증은 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액 2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액 3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 ② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국제조세조정에 관한 법률 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “국제거래”란 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매·임대차, 용역의 제공, 금전의 대출·차용, 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다. 제3조【다른 법률과의 관계】① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다. ② 국제거래에 대해서는 「소득세법」 제41조 와 「법인세법」 제52조 를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다. 제4조【정상가격에 의한 과세조정】① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 제5조【정상가격의 산출방법】① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다. 1. 비교가능 제3자 가격방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법 제9조【소득금액 조정에 따른 소득처분 및 세무조정】① 제4조나 제6조의2를 적용할 때 익금(益金)에 산입(算入)되는 금액이 국외특수관계인으로부터 내국법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우에는 그 금액은 「법인세법」 제67조 에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 국외특수관계인에 대한 배당으로 처분하거나 출자로 조정한다. (3) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제15조【주식발행액면초과액 등】④ 법 제17조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 규정에 따른 금액을 말한다. 1. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인이 채무를 출자전환하는 경우로서 당해 주식 등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하여 발행된 금액 2. 「기업구조조정촉진법」에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 경영정상화계획의 이행을 위한 약정을 체결한 부실징후기업이 채무를 출자전환하는 경우로서 당해 주식 등의 시가(시가가 액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하는 금액 3. 당해 법인에 대하여 채권을 보유하고 있는 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관과 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결한 법인이 채무를 출자로 전환하는 경우로서 당해 주식 등의 시가(괄호 생략)를 초과하는 금액 제19조의2【대손금의 손금불산입 등】⑥ 법 제19조의2 제2항 제1호에서 “「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증을 말한다. 1. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식 등 : 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다. (4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제3조의2【부당행위계산 부인의 적용 범위】법 제3조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산의 증여 등"이란 다음 각 호의 경우를 말한다. 1. 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우 2. 수익이 없는 자산을 매입하였거나 현물출자를 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 3. 출연금을 대신 부담한 경우 4. 그 밖의 자본거래로서 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 각 구상채권의 출자전환으로 수취한 주식의 시가와 채권의 장부가액과의 차액을 출자전환손실로 보아 2016사업연도의 회계상 비용(손실)으로 인식하였으나, 세무상으로는 손금불산입(유보)으로 조정하여 2016사업연도 법인세를 신고·납부하였다가 이후 2022.3.31. 쟁점출자전환손실을 2016사업연도의 손금으로 인정해 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였다. ＜표1＞ 쟁점출자전환손실 내역 (2) 처분청이 2023.4.20. 청구법인에게 발송한 ‘경정청구 처리결과 수정 통지서’에 의하면, 처분청은 ‘쟁점출자전환손실은 취득한 주식을 양도하거나 쟁점해외법인을 청산하는 시점에 손금산입하여야 하기에 2016사업연도의 손금산입 대상이 아니므로 거부처리한다’고 기재되어 있다. (3) 청구법인의 이 건 지급보증 및 출자전환 경위 등은 다음과 같다. (가) 쟁점해외법인은 칠레에 설립된 청구법인의 자회사로, 2010년 9월경 칠레 아리카 지역의 구리 채광권을 취득하였고, 청구법인은 이에 투자하기 위하여 2011년 1월경 칠레자회사를 통하여 D 등과 합작계약을 체결하였는바, 이 건 합작계약에 따른 쟁점해외법인의 주주 구성 및 역할은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점해외법인의 주주 구성 및 역할

(나) 청구법인은 쟁점해외법인이 사업비용을 충당하기 위하여 금융기관으로부터 자금 차입 시 아래 ＜표3＞과 같이 지급보증을 하면서 지급보증수수료를 수익으로 인식하였다. ＜표3＞ 청구법인의 지급보증 내역 (다) 쟁점해외법인은 자금조달에도 불구하고 2013년 사업을 시작한 이래 적자가 계속되다가 2015년 말부터 파산 위기에 직면하였는바, 쟁점해외법인의 손익 및 자산·부채를 요약하면 아래 ＜표4＞·＜표5＞와 같다. ＜표4＞ 쟁점해외법인의 손익 요약 ＜표5＞ 쟁점해외법인의 자산·부채 요약 (라) 쟁점해외법인은 기존 주주 100%의 동의를 거쳐 2016.4.1. 칠레 법원에 기업회생절차를 신청하였고, 칠레 법원은 채권자집회의 승인을 얻어 2016.8.8. 청구법인의 채무변제 및 출자전환을 전제로 한 쟁점해외법인의 회생계획안을 인가하였는바, 쟁점해외법인의 회생절차 진행경과는 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 쟁점해외법인의 회생절차 진행경과

(마) 청구법인은 위 회생계획안에 따라 2016.6.17. OOO은행에 OOO달러, 2016.6.30. OOO에 OOO달러를 각각 지급하여 쟁점해외법인의 채무를 대위변제함과 동시에 쟁점해외법인에 대하여 각 대위변제액 상당의 구상채권을 가지게 되었고, 2016.10.19. 각 구상채권 등을 주당 OOO달러에 출자전환하였다. (바) 한편, 청구법인의 영국 자회사인 I(이하 “영국자회사”라 한다)는 2016.10.16. 위 회생절차와 관련하여 쟁점해외법인에 대한 대여금 약 OOO 달러 및 미수이자 약 OOO 달러를 주당 OOO달러에 출자전환하였고, J, K, L, M 및 N총 5개사(이하 “제3투자자”라 한다)는 2016.10.19. 주당 OOO달러 총 OOO만 달러의 유상증자에 참여하였는바, 이 건 회생절차 종료 후 쟁점해외법인의 주주 구성은 아래 ＜표7＞과 같이 변경되었다. ＜표7＞ 쟁점해외법인의 주주구성(회생절차 종료 후) (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 출자전환 거래는 ‘경제적 합리성’이 인정되어 「법인세법」상 부당행위계산 부인 대상에는 해당하지 아니하나 ‘국제거래’에 해당하여 쟁점출자전환손실을 동 출자전환으로 취득한 주식을 양도하거나 쟁점해외법인이 청산하는 시점에 손금으로 산입하여야 한다는 의견이나, 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제4의2호 본문에서 ‘채무의 출자전환에 따라 취득한 주식 등의 취득가액은 취득 당시의 시가로 한다’고 규정하면서 그 단서규정에서 ‘제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권의 장부가액으로 한다’고 규정하고 있는데, 청구법인이 이 건 출자전환으로 취득한 주식은 위 제15조 제4항 각 호에서 규정하는 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 채무를 출자로 전환하는 내용이 포함된 회생계획인가의 결정을 받은 법인 등이 채무를 출자전환하면서 발행한 주식에 해당하지 아니하여 원칙적으로 그 취득가액을 취득 당시의 시가로 함이 적법한 점, 처분청은 이 건 출자전환은 「국제조세조정에 관한 법률」에서 정한 국제거래이므로, 이 건 주식의 시가를 위 법률 제5조에 의한 방법으로 정상가격을 산출하여 결정하여야 하고, 이에 따른 정상가액과 채권가액과의 차이인 쟁점출자전환손실을 제9조에 따라 익금산입한 후 당해 주식을 양도하거나 쟁점해외법인이 청산하는 사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 보았으나, 위 제9조는 손익인식 시기에 관한 규정이 아니라 정상가격에 의한 과세조정 시 소득처분 및 세무조정에 관한 규정이므로 손익인식 시기에 대하여 다투고 있는 이 건에 적용하기는 부적절해 보이고, 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 발행가액(채권가액)이 발행주식의 시가보다 높거나 낮은 경우 채권자 또는 채무자의 손금 내지 익금이 되는데 이에 따른 손익 산입시기에 관한 별도의 명문규정이 존재하지 아니하는 점, 청구법인이 쟁점해외법인의 채무에 대한 지급보증으로 발생한 구상채권을 출자전환한 데에 경제적 합리성이 있다고 구체적으로 주장한 반면, 처분청은 이 건 주식의 정상가격에 대한 입증을 하지 않았을 뿐만 아니라 이 건 출자전환에 경제적 합리성이 있으므로 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 아니한다고 인정한 이상 청구법인이 취득한 이 건 주식의 시가를 정상가격으로 볼 수 있고, 채권자인 청구법인의 입장에서는 이 건 출자전환은 자본거래의 성격보다는 손익거래의 성격이 더 크므로 출자전환 시점에 손익을 인식함이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점출자전환손실을 청구법인의 2016사업연도 손금으로 인정함이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점출자전환손실은 관련 주식을 양도하거나 쟁점해외법인이 청산하는 시점에 손금으로 산입하여야 한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.