조심 2022서6057 (2023.07.31)

OOO세무서장이 2022.3.24. 청구법인에게 한 ＜별지1＞ 기재의 2016사업연도 법인세 부과처분은 이를 취소하고, 2017~2020사업연도 법인세 및 2017년 제1기~2020년 제2기 부가가치세와, 2016~2020년 귀속 소득금액변동통지 및 2016~2018사업연도 법인지방소득세 부과처분은 청구법인이 제공한 쟁점용역의 수수료를 과소수취한 것으로 보아 부과한 부분을 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인 AAA 주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 의류제조 및 판매업을 목적으로 1998.9.21. 설립되어 영업중인 법인으로, 대표이사 및 최대주주는 청구인 BBB(이하 “청구인”이라 하고, 청구법인과 청구인을 합하여 “청구인들”이라 한다)이다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.3.23.∼2021.12.14. 기간 동안 청구법인에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2016년부터 2020년까지 ① 특수관계자인 주식회사 CCC(이하 “CCC”이라 한다)에게 OOO소재 건물(이하 “쟁점①건물”이라 한다)을 전대하면서 전대 보증금을 과소수취하고, 제세공과금 OOO원을 미수취하였으며, ② 청구인 소유의 OOO소재 건물(이하 “쟁점②건물”이라 한다)에 임차료 OOO원을 과다지급하였고, ③ 청구인에 대한 대여금 미수이자 OOO원을 세무조정 누락하였으며, ④ 관계사에 업무위탁계약을 통해 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하면서 수수료 OOO원을 과소수취하였고, ⑤ 대표이사인 청구인 소유의 OOO소재 창고 및 토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 실제 사용 목적 없이 임차하여 업무무관비용 OOO원을 지출한 것으로 보아 처분청 OOO세무서장에게 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청 OOO세무서장은 2022.1.14. 청구법인에게 부과제척기간이 임박한 2016년 제2기 부가가치세 OOO원을 먼저 경정ㆍ고지한 후, 2022.3.24. 청구법인에게 ＜별지1＞과 같이 2016~2020사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2017년 제1기~2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였으며, 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 2016~2020년 귀속 소득금액변동통지 합계 OOO원을 통지하였다(이하 2022.3.24.자 법인세 및 부가가치세 고지 처분, 소득금액변동통지를 합하여 “쟁점처분”이라 한다).

라. 처분청 OOO시장 외 28은 위의 법인세 부과처분과 관련하여 2022.4.29.~2022.6.10. 기간 동안 ＜별지1＞과 같이 청구법인에게 법인지방소득세를 경정ㆍ고지하였다.

마. 한편, 조사청은 2021.3.23.∼2021.12.14. 기간 동안 청구인에 대한 개인제세 통합조사를 실시한 결과 청구인이 본인 소유의 OOO소재 건물(이하 “쟁점③건물”이라 한다)을 특수관계자인 주식회사 DDD(이하 “DDD”이라 한다)에 임대하면서 임대료를 과소하게 수취한 것으로 보아 OOO세무서장 및 OOO세무서장에게 과세자료를 통보하였고, OOO세무서장과 OOO세무서장은 ＜별지1＞과 같이 청구인에게 2017~2019년 귀속 종합소득세 및 2017년 제1기~2019년 제2기 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다.

바. 청구인들은 이에 불복하여 2022.4.12.~2022.7.15.에 걸쳐 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점처분의 무효 여부

(가) 처분청이 2022.3.24. 청구법인에게 한 쟁점처분은 “과세전적부심사청구에 대한 결정서가 납세자에게 송달(2022.4.4.)되기 전에 이루어져 무효”이므로, 취소되어야 하고, 각 부과처분에 대한 무효가 인정되지 아니하는 경우에도 불복청구 기한의 기산일자는 과세전적부심 결정서가 송달되어 청구법인에게 도달된 날로 보아야 한다.

「국세기본법」 제12조

에 의하면, “

「국세기본법」 제8조

에 따라, 송달하는 서류는, 송달을 받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다”고 규정하고 있다. 여기서

「국세기본법」 제8조

에 따른 서류란, “「국세기본법」 또는 세법에서 규정하는 서류”를 말하며, 과세전적부심사청구에 대한 결정서도 국세기본법에서 규정하는 서류에 해당함은 법문상 명백하다. 송달여부가 자유재량인 행위가 아닌 이상 이에 관한 효력발생시기가 무의미하다는 처분청의 의견은 명문규정을 무시한 해석이다.

(나)

「행정심판법」 제2조

제3호에는, “재결(裁決)”이란 행정심판의 청구에 대하여 제6조에 따른 행정심판위원회가 행하는 판단을 말한다고 규정하고 있는바, 과세전적부심사청구에 대한 결정 역시 행정법상 법적 성격을 재결이라고 보아야 한다. 재결이란 행정법상의 법적 분쟁에 대하여 재결청이 일정한 절차를 거쳐서 판단, 확정하는 행위로써 준법률행위의 일종인 확인행위라고 설명되고 있는데, 과세전적부심사 결정도 재결청이 과세예고통지내용의 적법성을 판단, 확정하는 행위이므로 그 성격이 재결이라고 하는 점은 이론이 없다.

「행정심판법」 제48조

제2항에 의하면 “재결은 청구인에게 재결결과가 송달되었을 때 효력이 생긴다”고 규정하고 있다. 따라서, 과세전적부심사결정의 효력은, 국세기본법상 명문규정으로 효력발생시기가 규정되어 있어 재론할 필요도 없는 것이지만, 이론상으로도 과세전적부심사결정인 재결의 결과가 청구법인에게 송달되어야 하고 이 시점이 효력발생일이라는 점은 명백하다.

(다) 조세심판원 선결정례(조심 2012중2669, 2013.1.23.)에서는, “처분청이 과세전적부심사결정서를 통지하기 전에 과세처분을 한 것은 납세고지전권리구제제도를 규정한 위 「국세기본법」을 위반한 처분에 해당한다”라고 하는 한편, “이 건 처분은 과세전적부심사 결정서가 송달된 2012.xx.xx.에 절차적 하자가 치유되었으며, 이 경우 과세 처분의 효과는 하자가 치유된 날부터 발생하고, 이에 대한 불복청구는 과세전적부심사결정서 통지일을 기산일로 인정하여야 할 것인바, 이 건 심판청구는 과세전적부심사결정서 송달일부터 90일 이내에 청구되어 적법한 심판청구이다”라고 판단한 바 있다.

이에 따르면, 본 건 과세처분은 무효이지만, 과세처분 고지 이후에 사후적으로 과세전적부심사결정서가 송달(2022.4.4.)되어 도달되었으므로 고지된 본 건 과세처분의 하자가 치유되게 된다. 따라서 이렇게 본다면 본 건 심판청구는 적법한 기한 내 제출(2022.7.1.)되어 적법하다고 보는 것이 타당하다.

(라) 처분청은 과세전적부심사 결정서의 수령을 청구법인의 대리인이 고의로 회피하였다는 의견이나, 대리인측에서 고의적으로 수령을 회피한 적도 없고, 그럴 이유도 없으며, 청구법인의 대리인(변호사 EEE)은 이 사건 과세전적부심사청구서 송달이 문제가 된 시기인 2022.3.20.부터 4월 초까지, 대통령직 인수위원회 활동으로 인하여 사무실을 자주 비워 둘 수밖에 없었던 상황이었다.

그리고, 수령인의 귀책사유 유무는 송달의 효력에 아무런 영향을 미치지 않는다. 그렇기 때문에, 공시송달과 같은 규정이 마련되어 있는 것이다. 또한, 송달방법으로 전자메일, 교부송달 등 다양한 방법이 있으며, 이 사건의 경우 과세관청은 우편송달이 여의치 않다는 점을 알고 난 이후 전화로 재차 송달지를 문의하여 송달한 바가 있다. 이러한 점은 얼마든지 관심을 기울이면 해결할 수 있는 문제라는 사실을 반증한다.

(2) 청구법인의 쟁점①건물 전대료 과소수취 여부

(가) 청구법인은 2013년 5월 경 쟁점①건물을 취득하여 특수관계법인인 CCC에 임대를 주었다가 2014년 11월 경 쟁점①건물을 매각하고, 동시에 쟁점①건물을 다시 임차한 뒤, CCC에 전대하였다.

조사청은 청구법인이 지급한 임차보증금과 CCC으로부터 지급받은 전대보증금의 차이금액을 자금대여로 보는 한편, 청구법인이 쟁점①건물을 임차하면서 임대차계약에 따라 부담한 종합토지세, 재산세, 환경개선부담금, 교통유발부담금, 도로점용료 등 제세공과금 및 임대차 목적물의 보험료(이하 “쟁점공과금”이라 한다)를 CCC에 전가하지 않고 청구법인이 부담한 것이 부당행위계산부인 적용 대상에 해당하는 것으로 보아 법인세 등을 과세하였다.

(나) 청구법인은 자금 마련을 위하여 부득이 2014.11.19. 쟁점①건물을 매각하고 동시에 쟁점①건물을 임차하였으나, 후에 자금사정이 좋아지면 쟁점①건물을 다시 되찾을 의도로, 우선매수조항을 두었는바, 이는 건물매각대금을 차입금으로 보고, 이에 대한 담보로서 건물의 소유권 이전을 한 경우와 그 실질이 동일하므로 쟁점임차건물의 매매는 사실상의 차입거래로 보는 것이 적절하다.

즉, 청구법인은 자금 마련을 위해 임시적으로 소유권을 이전하고, 기존 임대상황과 동일하게 CCC에 전대한 상황인데, 이는 소유권이전 전후에 CCC으로부터 수령한 보증금?임대료가 유사한 것을 보면 확인 가능하며, 임차보증금은 사실상의 차입거래를 위한 차입보증금으로, 월 임차료는 차입에 대한 이자비용으로 보아야 할 것이다.

만일, 조사청의 주장에 의하면 청구법인은 쟁점임차건물을 매각하자마자 CCC에 곧바로 전대료를 연 OOO원 이상 인상하는 것이 경제적 합리성에 부합한다는 것이 되나, 쟁점①건물의 매수인과 청구법인간 임대차계약은 정상적인 임대차거래가 아니라 자금을 투자하는 대신 임대보증금을 다소 고액인 OOO원으로 요구한 것인 점, 교통유발부담금이나 재산세 등은 매매계약 이전부터 청구법인이 계속 부담하고 있었던 점 등에 비추어 조사청의 주장은 부당하다.

(다) 쟁점①건물은 CCC에서 건물의 시설유지 및 보수, 보안, 미화(청소) 및 주차관리 등 일체의 관리업무를 대행하여 왔는바, CCC은 2016~2020년 기간 동안 이와 관련하여 OOO원을 지출하였고, 이는 원래 임대인이 부담하는 것이 일반적이므로 조사청이 산정한 과소수취 금액에서 위 비용을 공제할 경우 청구법인이 과소수취한 것으로 볼 수 없고, 따라서 청구법인이 전대료 등을 과소수취한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(3) 청구법인의 쟁점②건물 임차료 과다지급 여부

(가) 조사청은 쟁점②건물에 대하여 청구법인이 제출한 소급 감정평가(이하 “쟁점②건물 감정평가”라 한다) 자료를 근거로, 청구법인이 임차료를 과다지급하였다고 판단하고 과세하였으나, 임차료의 시가는 유사한 주변 빌딩의 임차료 시가를 통해 판단하여야 하고, 위 소급 감정평가 자료 또한 문제가 있어 적용하는 것이 부적절하다.

이 건 세무조사 진행 중에 청구법인이 소급감정을 의뢰한 이유는 조사청이 여러 다른 방식의 과세 방식 적용을 고려하는 가운데, 얼마 남지 않은 조사 기간 등 궁박한 상황에서 납세자가 자구책으로 제시한 것에 불과하다. 그러나 과세는 조세법률주의에 따라 이루어져야 하므로, 당사자가 어떠한 주장과 자료를 제출하더라도 과세관청은 이에 구속될 것이 아니라, 법률에 정한 과세요건에 따라 처분을 해야 한다.

(나) 쟁점②건물 감정평가서에는 임대사례비교법보다 적산법이 합리적이라고 되어 있으나, 「감정평가에 관한 규칙」제22조는 ‘감정평가법인등은 임대료를 감정평가할 때에 임대사례비교법을 적용해야 한다’고 규정하고 있고, 적산법이 객관적으로 적용이 가능한 시가를 대체할 수는 없으므로 부당행위 계산 부인의 기준이 되는 시가로 사용되어서는 아니되며, 쟁점②건물 감정평가는 통상적으로 각 층마다 달리 책정이 되는 상업 빌딩 임대료의 특성을 무시하고 전체 면적 중 청구법인이 임차한 면적에 비례하여 임대료를 기계적으로 대입하였다.

또한 청구법인이 계약하여 공용으로 사용하는 면적 부분(지하 1층 및 1층, 도합 면적 OOO㎡)에 대하여는 입주한 계열사별로 정확히 안분하여 부당행위계산부인 규정을 적용해야 하는데, 청구법인에게만 배분된 것은 과세의 정확성에 문제가 있다.

(다) 2016년 쟁점②건물 감정평가는 비교사례 건물을 OOO건물(이하 “비교①건물”이라 한다)로 하였고, 2016년 감정평가서에는 비교①건물 대비 쟁점②건물의 가치형성요인 비교치가 0.701로서 쟁점②건물이 비교①건물에 비하여 약 30% 정도 열세하다고 기재되어 있다. 하지만 객관적 지표라고 할 수 있는 토지 개별공시지가의 차이는 쟁점②건물(OOO원)이 비교①건물(OOO원)보다 약 16.5% 열세하지만, 쟁점②건물이 비교①건물보다 16년 정도 더 신축 건물이다.

이에 더하여, 쟁점②건물은 비교①건물보다 OOO역에서 가까우므로 접근성 측면에서 우위에 있다고 보아야 함에도 쟁점②건물 감정평가는 가치형성요인 비교치 비고에 쟁점②건물이 “대중교통(OOO역)과의 접근성에서 열세하며”라 기재되어 있어, 이러한 접근조건이 반영이 되어 있다고 보기가 어렵다.

그리고 2020년 쟁점②건물 감정평가의 경우에는 비교사례 건물을 OOO건물(이하 “비교②건물”이라 한다)로 하였는데, 2020년 비교②건물 대비 쟁점②건물의 가치형성요인 비교치는 0.803으로서 본건이 임대사례에 비하여 약 20% 정도 열세하다고 기재되어 있다. 하지만 2020년 쟁점②건물의 토지 개별공시지가는 OOO원인데 반해, 비교②건물의 개별공시지가는 OOO원으로서 오히려 쟁점②건물이 비교②건물보다 무려 약 46% 우세하고, 건물 역시 쟁점②건물이 17년이나 더 신축건물임에도 쟁점②건물이 비교②건물보다 20%나 열세하다고 보기 어렵다.

또한 2020년 쟁점②건물 감정평가는 가치형성요인 비교치의 산정 시 주차장유무 및 부지면적의 차이로 쟁점②건물이 22%나 열세하다고 기재하였다. 쟁점②건물은 지하층에 주차장이 있으며, 토지면적 또한 비교②건물이 약 392평, 쟁점②건물은 약 590평으로 다소 차이가 있으나, 층별 임대료 비교에서 유의미한 차이를 보이는 수준은 아닌바, 비교②건물보다 22% 열세하다고 볼 수 없다.

(라) OOO상업용 부동산 임대동향 조사 통계와 비교하여 보면, 2016년은 약 3배, 2020년은 약 2배 이상 차이가 나는 것을 알 수 있다.

＜표1＞ 연도별 상업용부동산 임대동향조사통계

(마) 쟁점②건물에 대하여 2009년에 감정평가를 하였을 때에는, 연 임대료(OOO원) 및 관리비(OOO원)의 합계 금액이 OOO원으로 평가되었음을 고려하면, 당해 감정평가 금액[연 임대료(OOO원) 및 관리비(OOO원), 합계 OOO원]은 납득하기 어렵다.

그리고 쟁점②건물과 유사한 OOO빌딩의 연 임대료(OOO원) 및 관리비(OOO원)의 합계 금액(OOO원)을 보더라도, 쟁점②건물 감정평가의 임대료 가액은 지나치게 낮음을 알 수 있다.

(바) 처분청은 2016년에 대한 과세 이외에도 2017년, 2018년, 그리고 2019년도에 이르기까지 2016년 쟁점②건물 감정평가 결과를 그대로 사용하고 있다. 그러나 연도별로 임대료가 변동될 수밖에 없으므로, 해당 연도에 부합하는 시가나 감정결과 등을 사용해야 함에도 불구하고, 조사청이 2016년 감정가액을 타 과세연도에도 일률적으로 적용한 것은 합리적이지 않다.

(4) 청구법인의 대표이사에 대한 대여금 회수금액을 원본 변제로 보아야 하는지 여부

대표이사에 대한 대여금은 원본이 아닌 이자부터 변제되어야 하므로, 이에 반하는 과세처분은 취소되어야 한다.

처분청은 회사가 회계처리를 통해 원본부터 변제한 정황을 전제로 과세를 하였으나, 대표이사와 청구법인은 일부 변제에 대하여 변제 순서에 대하여 합의한 사항이 없으며, 일부의 변제를 원본의 전입으로 묵시적으로 허락할 이유도 존재하지 않는다.

청구인과 청구법인은 금전소비대차 계약서상 변제 순서에 대해 합의하고 있지 아니하며, 계약서 제4조 2항에서는 계약서에서 명시되지 않은 부분에 대하여는 관련 법규 및 상관습을 따르기로 하고 있는바, 변제 순서에 대한 합의가 없었던 경우,

「민법」 제479조

에 따라 비용, 이자, 원본의 순서로 충당되어야만 한다.

한편, 납세자가 한 회계처리를 기준으로 과세여부를 판단하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 아니한다. 이를 허용하면 납세자의 행위에 과세여부가 좌우되기 때문이다. 회계처리와 무관하게 법률적으로 판단하여야 한다는 것이 조세법률주의의 핵심이며, 이런 이유로 법원도 신의성실원칙을 납세자에게는 거의 적용하지 않고 있다.

따라서, 대표이사의 변제를 청구법인이 임의로 원본변제로 회계처리하였다고 하여도, 이는 법령에 따라 이자 변제에 우선 충당되어야만 하는 것이므로, 이에 따른 과세가 이루어져야 할 것이다.

(5) 청구법인의 용역대가 과소수취 여부

(가) 조사청은 청구법인이 2016~2020사업연도에 계열사와의 업무위탁계약을 통하여 물류센터 용역 및 지원부분(경영관리, IT, 법무 등) 용역(쟁점용역)을 제공하고 수취한 대가가 적정대가보다 과소하다고 판단하였으나, 이는 아래와 같은 이유로 타당하지 않다.

청구법인 내에는 경영관리팀, IT팀, 자금회계팀, 인사팀, 교육담당팀, 총무팀, 법무팀 등의 부서가 있고, 이들은 청구법인의 고유업무뿐만 아니라 계열사의 업무도 일정 부분 담당하고 있기 때문에, 계열사들과 업무위탁계약을 체결하고 업무위탁수수료를 지급받아 왔다.

다만, 계열사별 업무위탁수수료액을 정함에 있어서, 청구법인 내 담당직원이 계열사 업무를 처리하는데 소요되는 시간을 정확히 산출한다는 것은 객관적으로 곤란하였기 때문에, 청구법인에서는 개략적인 비율로 계열사별 업무위탁수수료액을 안분하여 청구하였던 것이다.

조사청은 청구법인이 계열사들에게 용역을 제공하고 수취한 대가가 과소하다고 판단하고 있으나, 청구법인으로서는 조사청이 어떤 근거로 과소수취액을 판단하였는지 납득하기 어렵다. 이 건과 같이, 청구법인내 일부 부서직원들이 청구법인 내 고유업무와 함께 계열사의 업무도 같이 처리하였던 경우, 해당 직원이 계열사업무를 처리하는데 소요된 원가를 어떤 방식으로 계산할 지 여부에 대하여는 아직 확립된 방식이 없는 것으로 보인다.

청구법인이 계열사와 업무위탁계약을 체결하고 수취하는 대가의 시가가 얼마인지, 그 근거는 무엇인지에 대한 과세관청의 구체적인 주장ㆍ입증이 없는 이상, 청구법인이 계열사들로부터 용역대가를 과소수취하였다는 것을 전제로 한 과세처분은 취소되어야 한다.

(나) 조사청이 최종 선정한 비교대상기업 중 FFF㈜는 선박관련 서비스를 제공하는 곳으로서 검증대상 용역거래와 산업이 확연히 다르므로 배제하여야 하고, GGG㈜ 또한 반도체 테스트 기업으로서, 소속된 산업의 차이가 크므로 배제되어야 한다.

또한 청구법인의 경영관리나 IT, 법무 등 부서의 역할은, 능력있는 프로페셔널을 전문적인 컨설팅을 제공하는 것이라기보다는 일상적인 경영자문 활동을 제공하는 활동이다. 따라서, 전문적인 컨설팅 서비스를 제공하고 있는 ㈜HHH 및 OOO은 비교대상에서 배제되어야 한다.

(6) 청구법인이 지급한 쟁점부동산 임차료가 업무무관비용인지 여부

(가) 청구법인이 대표이사 소유의 쟁점부동산을 임차하고 지급한 보증금과 임차료가 업무무관비용이라고 단정할 수 없다.

청구법인은 월드컵 기간에 판매를 위하여 붉은 색 응원티를 대량으로 제작하였으나, 예상과는 달리 재고가 너무 많이 쌓여서, 판매되지 않은 다량의 응원티 박스를 쟁점부동산 소재 창고에 보관하여 왔다.

청구법인은 2018.1.31. OOO III(이하 “III”라 한다) 창고에서 보관중이던 응원티 중 약 1,250박스를 양산 물류창고로 배송한 증빙이 확인되는바, 이를 보더라도 쟁점부동산은 청구법인의 업무와 관련하여 사용되고 있었음을 알 수 있다.

(나) 조사청은 청구법인의 창고 부지 이외의 도로용 공장용지 및 임야에 대한 임차를 경제적 합리성이 결여된 부동산 임차계약으로 보고 있으나, 창고 부지 이외의 토지를 추가로 임차한 것은 창고에 대한 진입로 및 확장을 위한 것이다.

III 창고에 대한 임대를 하더라도 공도에 연결되는 진입로를 확보하지 못하면 해당 창고는 맹지에 위치하게 되어, 제3자 간에 계약이라면 여러가지 복잡한 임료의 지급 및 통행에 대한 문제가 발생하게 되고, 이를 방지하기 위한 차원에서 추가로 공장용지 및 임야를 임대하게 된 것이다. 하기 사진에서 보면, 제3자에 의해 III OOO좌측 임야가 배추밭으로 이용이 되고 상황에서 OOO임야를 확보하지 않으면, III 창고 진입 및 창고의 확장에 애로사항이 발생할 수 있기 때문에, 토지 취득에 따른 효익의 부담자인 청구법인이 해당 보증금과 임차료를 부담하는 것이 경제적으로 합리적이다.

＜그림1＞ III 공장용지 지도

(7) 청구인의 쟁점③건물 임대료 과소수취 여부

(가) 쟁점③건물 임차료는 기본적으로 청구인과 DDD이 체결한 계약에 따르는 것이 응당하며, 계약 당시의 시가를 토대로 임차료를 산정하고 조정한, 가장 합리적인 가격이다. 유사한 주변 빌딩의 임차료 시가에 대한 확인을 통하여 검증하면 충분하였으나, 청구인이 참고자료로 제출한 소급 감정평가(이하 “쟁점③건물 감정평가”라 한다) 결과를 통해 과세하는 것은 합리적이지 않다.

(나) 쟁점③건물 감정평가서에는 임대사례비교법과 적산법이 제시되어 있으나, 건물의 임대 형태(패션관, 식당가, 영화관) 특수성을 감안할 때 일반 업무용 사무실 또는 상업용 상가에 사용되는 임대사례법 감정평가 방법은 적절하지 않고, 쟁점③건물의 경우 지하 1층~지상 7층 판매시설, 지상 7층~17층 판매 및 문화시설로 사용되고 있음에도 이러한 특성 등을 반영하지 않는 오류를 범하고 있다.

(다) DDD은 쟁점③건물을 청구인으로부터 임차하여 제3자에게 수수료 매장 임대형식으로 대여하고 있는데, DDD은 조사대상 기간 동안 영업손실이 발생하고 있는바, DDD의 매출이익이 충분하지 않은 상황에 처분청이 제시한 과도한 임대료를 부과하라는 것은 오히려 세법상 부당한 행위에 해당한다.

청구인은 적정 임대가액을 판단하기 위해 2017년 감정평가를 받았으나, 사업초기의 공실률 우려 및 임차인의 초기 영업손실을 고려하여 감정평가보다 낮은 가액으로 계약하였으나, 임차인의 영업손실은 오히려 악화되었다.

대법원도 특수관계자 사이의 토지 및 건물 거래에서 잔금을 미지급한 사건에 대하여, 매수인의 경제적 사정을 고려하여 부당행위계산의 부인이 적용되지 아니한다고 판시하였는바(대법원 2007.7.27. 선고 2007두9198 판결 참조), OOO광역시 하단역 인근의 높은 공실률과 임차인의 사정을 고려한 임대료 약 8~10% 정도의 감액은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성에 기인한 경영 의사결정으로 보아야 한다.

(라) 쟁점③건물 감정평가는 2017, 2018년, 2019년 각 다른 부동산을 비교사례로 하여 쟁점③건물의 가치를 평가하였다.

＜표2＞ 쟁점③건물 감정평가의 비교사례

(2017년 감정평가) 쟁점③건물이 비교사례에 비하여 지하철 접근성 측면 8% 우세, 건물 노후도에서 5% 우세, 기타 개별적 요인으로 8% 우세하여 종합 22.5% 우세하다고 하였으나, 개별적 요인 8% 우세는 인정하기 어렵다. 특히, 쟁점③건물의 경우 대지면적이 비교사례에 비하면 열세하고, 토지 형태 또한 쟁점③건물은 전면보다 후면이 매우 넓은 부정형 토지로서 열세하다.

(2018년 감정평가) 쟁점③건물이 비교사례보다 대중교통 이용편의성 등 접근성 측면 14% 우세, 건물은 대규모 상가인 점에서 10% 열세, 기타 개별적 요인 동등하여 종합적으로 2.6% 우세하다고 하였으나, 비교사례도 지하철역 출구와 근접하여있어 쟁점③건물이 14% 우세라 보기 어렵고, 개별적요인을 동등하다고 판단한 점은 쟁점③건물 대지면적이 약 1,167평으로 비교사례보다 열세하고, 형상 또한 사례는 세장형이나 본건은 전면보다 후면이 매우 넓은 부정형 토지로 더 열세하여 받아들일 수 없다.

(2019년 감정평가) 쟁점③건물이 비교사례보다 도로의 연계성 측면 9% 열세, 건물은 대규모 상가인 점에서 18% 열세, 기타 개별적 요인 동등하여 종합적으로 25.4% 열세하다고 하였으나, 비교사례와 쟁점③건물은 인접하여 각지 조건만으로 9% 열세하다고 볼 수 없고, 건물 18% 열세 또한 과다한 측면이 있다. 다만, 개별적요인을 동등하다고 판단한 점은 쟁점③건물 대지면적이 약 1,167평으로 비교사례보다 열세하고, 형상 또한 비교사례는 “ㄱ”자 사다리형이나 본건은 전면보다 후면이 매우 넓은 부정형 토지로 더 열세하여 받아들이기가 어렵다.

상기 내용을 종합해보면 쟁점③건물은 비교사례보다 전반적으로 열세하나, 사례보다 무려 25.4%씩이나 열세하다고 본 점은 오히려 과한 측면이 있는데 이런 결과를 도출하게 된 과정을 보면 선택한 임대사례의 임대료 수준이 선택하지 않은 다른 임대사례들에 비하여 지나치게 높기 때문임을 알 수 있다. 이런 사례는 특이한 거래로 임대사례 선택 시 배제되어야 했음에도 이를 선정한 오류가 있다고 판단된다.

또한 비교사례들은 은행이나, 병ㆍ의원이 입주한 건물로서 쇼핑몰 및 영화관으로 사용되는 쟁점③건물과 용도가 달라 비교사례로 적절하지 않다.

(마) 쟁점③건물은 DDD에서 건물의 시설유지 및 보수, 보안, 미화(청소) 및 주차관리 등 일체의 관리업무를 대행하여 왔다. 원래 건물의 유지보수 등 관리업무는 임대인이 해야 하는데, 임차인이 이를 대신하였다면, 그에 상응하는 만큼 임대료가 감면되는 것은 당연한 이치이므로, DDD이 쟁점 건물의 관리를 위해 지출한 금액만큼은 청구인이 DDD으로부터 받는 임대대가에 포함되어야 할 것이며, 이 경우 청구인의 과소수취액은 인정되지 않는다.

＜표3＞ DDD이 지출한 관리비 반영 시 임대료 과소수취 여부

(단위 : 천원)

나. 처분청 의견

(1) 쟁점처분의 무효 여부

(가) 과세전적부심사는 과세관청이 납세자에게 의견진술 기회 등을 부여하여 사전에 스스로 적정성 여부를 검증하고 보정 할 수 있도록 하는 권리구제제도이며, 그 절차적 기회가 보장되는 한 납세자의 절차적 권리를 부당하게 침해하였다고 평가할 수 없다. 게다가 과세전적부심사결정 자체는 행정처분에 해당하지 않아 납세자는 그 결정 자체를 다툴 수도 없다. 과세전적부심사결정의 이러한 법적 성격을 고려하면 납세자에 대한 과세전적부심사 결과 통지는 비권력적 사실행위에 불과하여, ‘과세전적부심사 결정서가 송달된 때’가 과세전적부심사 ‘결정이 있은 때’라는 청구법인의 주장은 법리를 오해한 잘못된 주장이다.

판례 역시 과세전적부심사와 관련하여 ‘그 불채택 결정으로 인하여 납세자의 권리의무에 직접 어떠한 영향을 미치는 것은 아니다’(창원지방법원 2016.3.22. 선고 2015구합293 판결, 서울행정법원 2011.6.3. 선고 2011구합12023 판결 참조)라고 하였으며, 그 결정에 대해 ‘과세처분 이전 단계에서의 과세관청의 행위이므로 법적구속력이 없다’고 판시하고 있다(대법원 2010.5.13. 선고 2010두2555 판결 참조).

즉, 납세자가 과세전적부심사 결정서를 송달받은 날이 아닌 납부고지서를 송달받은 날이 ‘처분이 있음을 안 날’로서 납세자는 그 날로부터 불복여부를 결정할 수 있다. 송달제도의 법적 의의는 납세자가 서류를 송달받은 후 불복여부를 결정할 수 있는 선택권이 있을 때 송달 시점을 그 기산점으로 삼아 청구기간을 명확히 하려는 데 있다. 그런데 국세기본법은 과세전적부심사결정에 대한 기속력을 인정하고 있지 않아 채택결정이 되든 불채택결정이 되든 과세관청은 부과처분을 할 수 있다. 납세자는 비로소 그 부과처분이 있으면 그 송달받은 날부터 조세심판원에 청구할 수 있을 뿐, 과세전적부심사 결정서를 송달받은 날부터 불복여부를 결정할 어떠한 권한이 발생하는 것은 아니다.

(나) 「국세기본법」 및 판례에서 보듯이 세액의 결정은 ‘과세전적부심사 결정 전’까지 유보되는 것이지 ‘과세전적부심사결정서 송달 전’까지 유보되는 것이 아니므로, 과세전적부심사 결정이 있은 후 한 고지처분은 적법하다.

「국세기본법 시행령」 제63조의15

제4항에서는 과세전적부심사 청구를 받은 지방국세청장에게

「국세기본법」 제81조의15

제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 또는 세액의 결정이나 경정을 유보하도록 하고 있고, 이 건에서 OOO지방국세청장은 2022.3.18. 불채택 결정을 하였는바, 그 결정일자는 과세전적부심사결정서를 통해 명확히 확인되므로, 「국세기본법」에서 말하는 ‘결정이 있을 때’란 2022.3.18.을 의미하는 것이다.

따라서 과세전적부심사 결정이 있은 후 2022.3.24. 송달된 쟁점처분은 적법하다. 청구인들은 2022.7.1. 이 건 심판청구를 제기하였으므로 통상적인 경우 본 건 심판청구는 청구기간을 지났다고 볼 수 있다. 다만 다음와 같은 사정이 존재한다.

(다) OOO지방국세청장은 청구인들에게 과세전적부심사에 대한 결정서를 통지하기 위하여 다음과 같이 최선을 다하였으나 청구인들 대리인의 폐문부재로 바로 송달되지 못하였다. OOO지방국세청장은 과세전적부심사를 마친 후 그 결정문을 결정(2022.3.18. 금요일) 즉시 배달증명으로 청구법인이 당초 기재한 대리인 주소지에 발송(2022.3.22. 화요일)하였으나 2차례에 걸친 우체국의 배송 및 안내에도 대리인의 지속적인 폐문부재로 인해 송달이 지연된 것이다.

설령 청구인들 주장과 같이 절차적 하자가 존재한다고 가정하더라도 쟁점처분 고지 이후에 사후적으로 과세전적부심사 결정서가 송달(2022.4.4.)되어 도달하였으므로 그 하자는 치유되었다고 볼 수 있다. 청구인들이 과세전적부심사를 청구하고, 심사위원회에서 진술할 수 있는 절차적 기회를 제공받은 뒤, 과세관청의 귀책사유 없이 사후적으로 통지가 반송된 사정만으로 절차적 하자가 존재한다거나 그 하자가 중대하고 명백하다고 보기 어렵다.

(2) 청구법인의 쟁점①건물 전대료 과소수취 여부

(가) 건물 임차 후 전대는 임차료 이상의 수익을 보전받을 목적으로 하는 것이므로 전대 계약은 최초의 임차료 외에 추가 수익이 발생하도록 하는 것이 일반적이다. 그러나 청구법인은 보증금 환산액까지 고려할 경우 청구법인이 부담한 임차료보다 낮은 가액으로 CCC에 전대를 하였는바, 청구법인의 전대차계약은 건전한 사회통념 및 상거래 관행으로 보면 경제적 합리성이 결여된 계약으로 청구법인이 CCC을 부당하게 지원하는 결과를 초래하였다. 이는 자금이 부족한 CCC에 대한 자금지원 목적이라고 볼 수밖에 없으며, 실제로 CCC은 건물을 직접 임차하는 대신 특수관계인인 청구법인으로부터 시가보다 낮게 전대함으로써 보증금 차이 상당액만큼 자금을 대여한 것과 동일한 결과를 얻고 있다.

＜표4＞ 쟁점①건물 임차내역 및 전대차 내역

(단위 : 천원)

청구법인은 비특수관계인에게 임차한 쟁점 임차건물 전체를 특수관계인인 CCC에 전대하였으므로 특수관계인 간 거래와 유사한 상황에서 비특수관계인과 거래한 가격을 시가로 인정하는

「법인세법 시행령」 제89조

제1항에 따라 전대거래의 시가는 최초 임대차 계약의 임차료라고 볼 수 있다.

또한 청구법인이 임대건물 전체를 시가보다 낮은 가격에 CCC에 전대하면서도 제세공과금은 청구법인이 부담하는 것은 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 전대하는 경제적 합리성이 결여된 계약이다. 청구법인은 관련 제세공과금을 CCC에게 미청구한 것을 인지하고 2020년 귀속분에 대해서는 CCC에게 청구하였는바, 이는 청구법인도 제세공과금을 과소수취한 사실을 인정하는 것으로 판단된다.

(나) 청구법인은 쟁점①건물에 대한 임대차계약 시 설정한 우선매수권을 근거로 차입거래임을 주장하나 이 건 우선매수권은 일반적인 법률관계에서 사용하는 우선매수권과 그 성격이 달라 동 거래를 차입거래로 볼 수는 없고, 계약서 조항을 살펴보면 임대차기간동안 건물을 양도하고자 하는 경우, 먼저 경쟁 입찰을 통해 선정한 우선협상대상자와 계약 조건 등을 합의하고, 그 조건을 청구법인에게 제시하여 매수의향을 물어본 후 청구법인이 이 조건에 동의하면 제3자보다는 청구법인에게 우선적으로 매수 기회를 부여하는 것일 뿐, 청구법인의 소유권이 온전히 보장되는 차입거래와는 성격이 다르므로 이는 해당 거래의 실질이 차입거래임을 뒷받침하는 근거가 될 수 없다.

＜표5＞ 쟁점①건물 임대차계약서 제14조 임차인의 우선매수권 내역

청구법인은 쟁점①건물의 유지보수, 관리비용을 CCC이 부담하였기 때문에 전대료가 적정하다고 주장하지만, 청구법인은 당초 쟁점임차건물 임대인에게 관리비를 부담하는 조건으로 계약하여 관리비를 차감한 가액을 임대료로 책정한 것이므로 위 주장은 타당하지 않고, 청구법인이 제시한 판례는 ‘관리비는 임대인이 부담하고 제3자 임차인은 임대료만 납부하고 있던 상황에서, 특수관계인이 새롭게 건물을 임차하면서 임대료뿐만 아니라 관리비까지 부담할 경우 해당 관리비 부분을 고려하여 임대료의 시가를 판단해야 한다’는 취지이며, 이 건과는 사실관계가 다르다.

(3) 청구법인의 쟁점②건물 임차료 과다지급 여부

(가) 조사청이 확인한 바에 따르면, 쟁점②건물을 제3자에게 임대한 이력은 존재하지 않았고, 주변 빌딩을 탐문한 결과 쟁점②건물과 입지나 규모 등이 비슷한 빌딩의 사례 또한 찾을 수 없었다. 또한 조사청은 청구법인에게 임대차계약 당시 대가를 산정한 근거를 요청하였으나 청구법인은 제출하지 않았고, 이 사건 조사가 진행하는 중에 합리적인 시가를 소명하기 위해 청구법인이 직접 소급감정을 의뢰하여 감정평가서를 제출한 것이다.

(나) 청구법인은 계열사와 공용으로 사용하는 면적부분(지하 1층 및 1층)에 대하여는 계열사별로 정확히 안분하여 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 하는데, 이러한 고려 없이 청구법인에게만 배분된 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 제출한 쟁점②건물의 임대차계약서 상 건물의 공통사용면적을 포함하여 전부 청구법인이 임차하는 것으로 되어있으므로 해당면적의 임차료 부담 주체는 청구법인이며, 만약 청구법인 주장대로 해당공간을 공동으로 사용하고 있다면, 그 배분의 문제는 청구법인과 입주 계열사 간 별도의 계약에 따라 수수료 형식으로 청구하여 해결해야 할 문제이다.

(다) 청구법인은 임대사례가를 조사한 뒤 필요하다면 차이조정을 통하여 적정임대료를 산출하여야 한다고 주장하나, 「법인세법」 및 같은 법 시행령 어디에도 조사청에게 임의로 유사빌딩의 임대공급가액 등을 임대사례가액으로 선정할 권한 및 차이조정 할 권한을 부여하고 있지 않다. 만약 조사청이 법적 근거 없이 임의로 청구법인의 주장과 같은 방법을 사용하여 시가를 산정했다면 그것이 오히려 주어진 권한을 넘어선 것으로 명백히 조세법률주의를 위반한 처분이 될 것이다.

(라) 청구법인은 감정가액이 참고자료에 불과하므로 이에 구속되지 않고 처분해야 한다고 하면서, 스스로 제출한 감정가액이 문제가 있음을 주장하고 있으나,

「법인세법 시행령」 제89조

제2항에서는 시가가 불분명한 경우 감정평가업자가 감정한 가액이 있다면 이를 최우선으로 시가로 보도록 규정하고 있을 뿐, 조사청이 임의로 감정가액의 정확성을 판단하거나 평가하여 채택 여부를 결정하도록 하고 있지 않다.

「법인세법」은 권한있는 감정평가업자가 감정한 가액의 전문성 및 공정성을 인정하여 그 가액을 시가로 보도록 하고 있는데 만약 조사청에서 그 가액의 적정성을 스스로 평가하여 시가로 인정하지 않았다면 오히려 근거법을 위반한 처분이 될 것이다. 청구법인은 조세법률주의의 엄격성을 주장하면서도 지속적으로 조사청이 법률에 근거 없는 처분을 했어야 한다고 주장하는 모순을 보이고 있다.

권한 있는 감정기관이 적법하게 평가·제출한 감정평가액에 중대한 오류가 있다고 판단될 경우 다른 기관에 재감정을 받아 그 가액의 합리성을 비교해 볼 수 있으나, 적법한 권한도 전문성도 갖추지 못한 개인이 임의로 평가서의 합리성을 판단하여 적정성을 부인하는 것은 법적 근거 없이 객관적 증빙의 효력을 무시하는 주장으로 이해된다.

(마) 청구법인은 2016년 감정가액을 2017∼2019년에도 그대로 적용한 것은 적정하지 않다고 주장하나, 만약 2016년 감정가액을 인정하지 않는다면 2017∼2019년도 적정임대가액은

「상속세 및 증여세법」 제61조

에 따라 계산한 가액을 활용하여 평가하여야 한다.

그러나

「상속세 및 증여세법」 제61조

에 따른 평가방법은 다른 시가가 없는 경우 보충적으로 활용하는 가액이며 실제 계산결과 그 가액은 2016년 감정가액과도 큰 차이가 있었기에 비교적 더욱 합리적인 가액인 감정 평가액을 적용하였고, 2017∼2019년까지 쟁점②건물에 가격이 변동될 만한 특별한 사정을 찾아볼 수 없는 상황에서 조사당시 청구법인 측에서도 2016년 감정평가액을 2017∼2019년 시가로 적용하는 것에 대해 특별한 이견이 없어 2016년 감정평가액을 시가로 활용하여 과세한 것으로, 이는 가장 합리적인 과세방안이었다.

만약 청구법인이 연도별 감정가액이 상이하다고 생각했다면 연도별 감정평가서를 별도로 제출하였을 것이나, 실제 청구법인은 조사기간 동안 2016∼2019의 적정 임대가액에 큰 차이가 없음을 인지하고 2016년 감정평가서만을 제출하였다. 지금이라도 청구법인이 연도별 감정가액이 상이하다고 주장하며 조사청의 합리적인 과세방안을 부인하고자 한다면, 해당 연도에 대해 별도의 감정평가서를 제출하여야 할 것이다.

(4) 청구법인의 대표이사에 대한 대여금 회수금액을 원본 변제로 보아야 하는지 여부

(가) 청구법인은 청구인과 금전소비대차계약에 따라 자금거래(대여 및 회수)를 하면서 당좌대출이자율로 이자를 수령하기로 약정하고 매년 해당 금액을 미수이자(이하 “쟁점미수이자”라 한다)로 계상하고 있다.

청구법인의 가지급금 인정이자 조정명세서(갑)과 가지급금 및 미수이자 계정별원장에 의하면, 청구법인은 각 사업연도 말 청구인에 대한 금전대여액을 업무무관 가지급금(이하 “쟁점가지급금”이라 한다)으로 보아 가지급금 인정이자를 계산하여 이를 이자수익 및 미수이자로 계상하였다.

청구법인은 매년 말 쟁점미수이자에 대한 세무조정 시 기초 잔액 전액에 대하여 익금산입(유보) 조정 후 기말 잔액에 대하여 전액 익금불산입(△유보) 조정을 하였다. 즉 쟁점미수이자는 2020.3.10.에 일부 회수된 금액을 제외하고는 회수된 회계처리 내역이 없으므로 계속하여 익금불산입 처리되었으며, 금전소비대차계약에 따른 이자수익의 귀속시기가 도래하였음에도 해당 금액을 익금산입하지 않았다.

조사청은 쟁점미수이자에 대하여 ①

「법인세법」 제40조

및 같은 법 시행령 제70조에 따라 귀속시기가 도래하였으나 익금산입 하지 않은 부분에 대하여 조정하였으며, 이후 ②

「법인세법 시행령」 제11조

제9호의2 나목에 따라 회계상의 쟁점 미수이자를 손금산입하여 자산 감액조정 후 동 금액을 익금산입하여 대표자에게 상여처분 하였다. 또한 ③ 2020.3.10.에 일부 회수된 쟁점 미수이자에 대하여 손금산입 조정하였다.

(나) 청구법인은 청구인과 일부 변제에 대하여 변제 순서에 합의한 사항이 없으며, 묵시적 합의도 없었다고 주장하나, 청구법인이 ‘지속적으로 원본의 회수로 회계처리를 한 사실’은 법인이 명시적으로 회계처리방식에 대한 의사를 표시한 것이므로 ‘일방의 지정이 있었던 것’으로 볼 수 있고, 이에 대해 법인의 대표이사인 청구인이 수 년 동안 이의를 제기하지 않았으므로 묵시적인 합의가 있었다고 보아야 한다.

청구법인은 청구인 외 다른 특수관계인들에 대한 가지급금의 경우 이자부터 회수한 것으로 회계처리 하였으나 대표이사인 청구인에 대해서는 수년에 걸쳐 지속적으로 원본을 우선하여 회계처리 하였다. 만약 한 해에만 원본 우선 회수 하였다면 단순 착오로 볼 여지도 있을 수 있으나, 지속적으로 동일한 회계처리를 하였다면 청구법인은 실질적으로 청구인에 대해서는 원본 우선회수의 의사를 가지고 회계처리를 하고 있었다고 보아야 할 것인바,

「민법」 제479조

에 따른 법정충당의 순서와는 달리 원본부터 회수된 것으로 인정되어야 하고, 대법원은 변제충당에 있어 묵시적인 합의가 되었다고 보이는 경우에는 그 법정충당의 순서와는 달리 충당의 순서를 인정하고 있다(대법원 2009.6.11. 선고 2009다12399 판결 참조).

(5) 청구법인의 용역대가 과소수취 여부

(가) 청구법인은 업무위탁계약을 통해 특수관계인(계열사)에게 ① 물류센터 용역 및 ② 지원 용역(경영관리, IT, 법무 등)을 제공하고 있으며 물류 센터 용역에 대하여는 매월 고정금액을 청구하였고, 지원 용역은 용역대가로 각 부문별로 발생된 비용(인건비 및 4대 보험료)을 집계하여 인건비에 대하여만 이윤(3~4%)을 가산하고 나머지는 발생원가만을 계열사에 청구하고 있다.

(나) 물류센터 용역의 경우, 청구법인은 OOO에 소재하는 OOO물류센터를 계열사와 함께 사용하고 있고, 층별 사용 현황은 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ OOO물류센터 층별 사용 현황

조사청은 청구법인이 특수관계인인 계열사와의 용역거래 과정에서 수취한 대가가

「법인세법」 제52조

부당행위계산부인 규정에 의거 과소하다고 판단하여 물류센터에서 발생한 제3자 위탁 비용은 발생원가로 집계하고, 물류센터에서 발생한 직접비에 대하여는 총원가가산율 10% 적용한 금액을 집계한 후, 계열사의 사용면적 비율로 안분하여 적정 청구금액(시가)을 산정하였다.

＜표7＞ OOO물류센터 관련 적정 시가 및 과소 청구액 산정

(단위 : 원)

(다) 청구법인은 계열사에 경영관리, IT, 법무 등의 지원 용역을 제공하고, 용역대가로 각 부문별로 발생된 비용(인건비 및 기타 보험료 등 )을 집계하여 인건비에 대하여만 이윤율(3~4%)을 가산하고 나머지는 발생원가만을 계열사에 청구하고 있는바, 조사청은 청구법인이 지원 용역에 대하여 적정 대가보다 과소 수취하였다고 판단하여 ＜표8＞과 같이 과소 수취액을 산정하였다.

＜표8＞ 과소 수취 금액 산정

(단위 : 원)

(라) 청구법인이 계열사에 청구한 금액과 관련하여 조사청은 대가 산정에 대한 적절성을 판단하기 위해 근거 자료를 요청하였으나 청구법인은 제시하지 못하였다. 이에 조사청은 적정 거래가격(시가)을 찾고자 청구법인이 특수관계인 외의 자와 물류센터 용역 및 지원 용역과 유사한 용역을 수행한 사례를 탐색하였으나 찾을 수 없었고, 용역거래의 특성상 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이나 감정평가법인의 감정가액 및 상증세법 규정을 준용하여 평가한 가액 또한 확인할 수 없었다.

이에 조사청은

「법인세법 시행령」 제89조

제4항 제2호에 따라 용역 제공자의 발생원가에 일반적인 용역거래 시 발생하는 수익률을 곱하여 이를 발생원가와 합한 금액을 시가로 산정하려 하였으나, 「법인세법」상에는 제3자간 일반적인 용역제공거래에서 발생하는 수익률을 계상하는 구체적인 방법이 규정되어 있지 않아 이에 대한 대안으로 합리성이 충분히 검증된 현행 「국제조세조정에 관한 법률」의 정상가격 산출방법을 준용하였다.

외부적 비교가능회사의 선정을 위해 Kis-Line 데이터베이스를 사용하여 한국표준산업분류 체계에서 적절한 산업을 선택하였고, 선택된 산업 하의 회사들의 상품 및 제품, 재무제표, 회사 개요, 회사의 연혁, 주주 상황, 수행기능 등에 대한 자세한 정보를 바탕으로 양적 및 질적 측면의 분석을 통해 상이한 회사들을 배제시켰으며, 이를 통해 청구법인과 계열사 간 거래와 거래상황이 유사한 회사들을 비교가능회사로 선정하였는바, 이를 통해 계산한 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률은 ＜표9＞와 같고, 2016년에서 2020년까지의 중위값 평균이 10.33%이었는바, 조사 당시 청구법인과는 중위값 평균을 적정 수익률로 정하는 것에 이견이 없었기에 최종적으로 10%를 수익률로 결정한 것이다.

＜표9＞ 적정 총원가가산율(10%) 산정 근거

(6) 청구법인이 지급한 쟁점부동산 임차료가 업무무관비용인지 여부

(가) 청구법인은 2011년 청구인과 임대차 계약을 체결하여 보증금과 임차료를 지급하고 있고, 2016~2020년 사용현황은 아래 ＜표10＞과 같으며, 조사청은 청구법인이 청구인에게 쟁점 부동산 임차료 명목으로 지급한 금액에 대하여 법인의 업무에 직접 사용하고 있지 아니하며 수익창출에도 기여하지 못하는 업무무관비용으로 보아 손금불산입하고, 보증금은 업무무관가지급금으로 보아 지급이자 손금불산입 및 인정이자 익금산입으로 처분하였다.

＜표10＞ 조사대상기간 쟁점부동산 사용현황

(단위 : 원)

(나) 청구법인은 창고에 한정하여(III OOO) 업무무관비용이 아님을 주장하나, 쟁점부동산은 III OOO이외에도 OOO이 있고 이와 관련되어 지출된 비용이 훨씬 크며, 실제 사업을 위해 해당 토지를 사용하였음을 확인할 수 있는 자료 등이 존재하지 않는 이상, 사주인 청구인에게 이익을 분여하기 위한 목적으로 임차한 것임이 명백하다.

(다) 청구법인은 2018.1.31.자 화물인수증 한 장만을 근거로 2018년에 월드컵티셔츠 보관을 위해 쟁점부동산을 사용하였을 뿐만 아니라, 조사대상기간(2016~2020년) 동안 계속하여 쟁점부동산을 실제로 업무용도로 사용하였다고 주장하나 관련 정황 등으로 보아 해당 증빙만으로 업무관련 사용여부를 인정하기 어렵다.

만약 쟁점부동산을 실제로 창고로 사용하고 있었다면 상품 도난 방지를 위해 CCTV나 기타 보안 장치를 통해 관리할 것임이 당연하나 청구법인은 관련 자료를 제시하지 못하였고, 재고 관리를 위해 재고실사를 주기적으로 하고 화물차 출입 및 물량 운반 시 화물인수증 등이 계속하여 구비되어야 하나 이와 관련한 자료 또한 제출하지 못하였다.

쟁점부동산의 사진에서 보이는 바와 같이 쟁점부동산 내부는 폐기물만 가득하였고 오랫동안 사용하지 않은 흔적들이 곳곳에 존재하였으며, 현지 출장 진행 당시에도 매월 쟁점부동산 관련 임차료가 지출되고 있었기에 동행한 청구법인 측 직원에게 어떠한 사유로 현재까지도 임차료가 지출되고 있는지 물었으나 답하지 못하였다.

(7) 청구인의 쟁점③건물 임대료 과소수취 여부

(가) 청구인은 2017년 쟁점③건물에 대한 감정평가를 의뢰하여 감정평가법인이 2017.5.12. 실지조사를 통해 산출한 적정임대료와 관리비에 대한 감정평가서를 제출받았음에도 불구하고 아무런 합리적 이유 없이 낮은 가액으로 관계사인 DDD으로부터 임대료를 지급받고 있었다.

또한 청구인은 주변 상권의 침체에 따른 공실률 증가와 DDD 경영 악화 등에 따른 시세 변동에 대한 합리적으로 반영이 필요하다고 주장하면서 세무조사 중 직접 감정을 의뢰하였고 2021.11.10. 2018~2019년 임대료에 대해 소급감정 후 그 가액을 제출하였다.

이에 조사청은 주변 시세를 보다 합리적으로 반영하기 위해 청구인이 제출한 각 사업연도에 대한 소급감정 가액을 인정한 것이다. 실제로 조사청이 수용한 쟁점③건물에 대한 적정임대료의 감정가액이 2017년 OOO원 2018년 OOO원 2019년 OOO원으로 감소하고 있다.

또한 공신력 있는 감정기관에서 부동산의 입지여건, 이용상황, 제반현황 등을 종합적으로 참작하여 감정한 가액을 부실감정으로 볼 만한 별도의 사정이나 근거가 없음에도 비전문가가 임의로 판단하여 가액의 적정성을 부인하는 것은 감정가액을 시가로 보도록 규정한

「법인세법 시행령」 제89조

제1항을 위반하는 것이다.

(나) 청구인은 ① 임차인인 DDD이 제3자 임대매장에 수수료를 수취하고 있으므로 이를 시가로 보아야 하고, ② DDD이 적자인 상황을 감안하여 임대료 시세에 반영해야 한다고 주장한다.

하지만 쟁점③건물 전체를 임대한 청구인과 DDD 간의 단순 임대차계약과 임차한 부동산을 실제 사용 용도에 따라 나누어 시설별로 다수의 입점 업체에게 수수료 등을 받는 DDD과 건물 입주업체간의 임대계약은 그 성격이 전혀 다르고, 합리적인 경제인이라면 임차인이 적자로 인하여 임차료를 부담하기 어려운 경우 임차인 변경, 사용용도 전환 등을 통하여 적정임대료를 유지하려고 할 것이지 임차료를 낮게 받아 손실을 부담하리라고 보기 어렵다.

청구인이 직접 감정평가법인에 의뢰하여 제출한 각 사업연도에 대한 감정평가서 상 평가액은 각 사업연도 별 평가대상 부동산의 입지적 여건, 이용상황, 제반 공법상의 제한 등을 종합적으로 참작하여 결정되었으므로 합리적인 시가로 볼 수 있으며, 이 외에 시가로 볼만한 다른 가액은 없다. 따라서 감정평가액을 시가로 보아 실제 수취한 금액과의 차이에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 정당하다.

그리고 청구인은 사업초기의 공실률 우려 및 임차인의 초기 영업손실을 고려하여 감정평가가액 보다 낮은 가액으로 계약하였다고 주장하나, 감정가액을 무시하고 그보다 저가로 임대할 만큼 공실률 및 영업손실을 우려한 특별한 사정이 있었는지 등에 대한 어떠한 근거도 제시하지 못하였다.

(다) 청구인은 조사청이 임의로 유사성 있는 빌딩을 선정하여 부동산 임대공급 가액내역 등을 임대사례가로 확인하고 필요하면 차이조정을 해야한다고 주장하나, 이는 법적근거가 없는 시가산정방법이고, 조사청이 법적 근거 없이 임의로 청구인의 주장과 같은 방법을 사용하여 시가를 산정하게 된다면 그것이 오히려 주어진 권한을 넘어선 조세법률주의를 위반한 처분이 될 것이다.

(라) 청구인은 감정가액이 참고자료에 불과하므로 이에 구속되지 않고 처분해야 한다고 주장하면서, 스스로 제출한 감정가액에 오류가 있음을 주장하고 있으나,

「법인세법 시행령」 제89조

제2항에서는 시가가 불분명한 경우에는 감정평가업자가 감정한 가액이 있다면 이를 최우선으로 시가로 보도록 규정하고 있을 뿐, 조사청이 임의로 감정가액의 정확성을 판단하여 채택여부를 결정하도록 규정하고 있지 않다.

(마) 청구인이 제시한 시설관리 도급계약서 등을 살펴보면 시설관리에 투입된 인원이 약 20명, 보안 약 15명, 청소 약 25명, 주차 약 34명으로 통상적 건물관리 인원을 초과한다. 특히 2018년 ㈜JJJ에서 청구한 용역비에는 보안 15명, 서비스 12명으로 쇼핑몰 운영에 필요한 계산원이 포함되어 청구되었고, KKK(주)와 체결한 청소관련 업무에는 2018년 10월부터 영화관 OOO청소 도급도 포함되어 청구되었다.

위와 같이 청구인이 제시한 시설관리 비용 등은 통상의 상업용 건물관리비가 아닌 임차인 DDD이 해당 건물을 쇼핑몰 운영으로 사용함에 따라 발생하는 비용이므로 임차인이 부담할 비용이다. 설령 청구인 주장대로 임차인이 부담한 비용을 고려한다고 하면 청구인은 당초 책정한 관리비 OOO원보다 더 많은 금액을 청구하여야만 관리비 측면에서 손실이 발생하지 않을 것이다. 따라서 청구인의 주장처럼 임차인 DDD이 부담한 비용을 고려하여 임대대가를 판단할 필요가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 과세전적부심사 결정 후 결정서가 통지되기 전에 청구법인에게 법인세 등을 고지한 처분의 당부

② 청구법인이 특수관계자에게 건물을 전대하면서 전대료 및 제세공과금을 과소수취한 것으로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분의 당부

③ 청구법인이 대표이사 소유의 건물을 임차하면서 임차료를 과다지급한 것으로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부

④ 청구법인이 대표이사에 대한 대여금 중 일부금액을 회수한 경우, 청구법인의 회계처리를 근거로 동 회수금액을 원본 변제로 볼 수 있는지 여부

⑤ 청구법인이 계열사들에게 용역을 제공하면서 대가를 과소수취한 것으로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분의 당부

⑥ 청구법인이 대표이사 소유의 부동산을 임차하면서 지급한 임차료 및 보증금을 업무무관비용 및 업무무관가지급금으로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분의 당부

⑦ 청구인이 본인 소유의 건물을 특수관계자에게 임대하면서 임대료를 과소수취한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 종합소득세 및 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지3＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점처분과 관련한 과세전적부심사 결정서 및 납세고지서 발송.송달일자는 ＜그림2＞와 같다.

＜그림2＞ 과세전적부심사 결정서 및 납세고지서 발송.송달일자

(2) 쟁점②와 관련하여, 조사청이 쟁점①건물 전대 보증금 등 청구법인의 과소수취액을 산정한 내역은 ＜표11＞~＜표14＞와 같다.

＜표11＞ 청구법인이 지급한 연간임차료 내역(보증금 환산액 포함)

(단위 : 천원)

＜표12＞ 청구법인이 수취한 연간전대료 내역(보증금 환산액 포함)

(단위 : 천원)

＜표13＞ 청구법인 임차료·전대료 비교

(단위 : 천원)

＜표14＞ 청구법인의 과소수취액 산정

(단위 : 천원)

(3) 쟁점③, ⑦과 관련하여, 쟁점②건물 및 쟁점③건물에 대한 각 감정평가서를 청구법인 및 청구인이 의뢰하여 조사청에 제출한 것이라는 점에 대하여는 청구법인ㆍ청구인과 처분청 간 다툼이 없다.

(4) 쟁점③과 관련하여, 쟁점②감정평가의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 2016년 쟁점②건물 감정평가는 쟁점②건물과 비교①건물과의 가치형성요인을 비교하여 임대사례비교법에 의한 쟁점②건물의 연간실질임료를 OOO원으로 산정하고, 적산법(공시지가기준법에 따라 토지 가치를, 원가법에 따라 건물 가치를 계산한 후, 기대이율을 적용하여 연간실질임료 산정)에 의한 쟁점②건물의 연간실질임료는 OOO원으로 산정하였으며, 적산법에 의한 임료 가액에 합리성이 인정된다는 점을 근거로 두 가액 중 적산법에 의한 임대료를 감정평가액으로 결정하였다.

＜그림3＞ 2016년 쟁점②건물 감정평가서 내용 일부(임대사례비교법)

＜그림4＞ 2016년 쟁점②건물 감정평가서 내용 일부(적산법 및 감정평가액 결정)

(나) 2020년 쟁점②건물 감정평가의 경우, 2016년 쟁점②건물 감정평가와 유사한 방식으로 임대사례비교법에 의한 연간실질임료를 OOO원, 적산법에 의한 연간실질임료를 OOO원으로 산정한 후, 적산법에 의한 연간실질임료를 감정평가액으로 결정하였다.

(5) 쟁점④와 관련하여, 쟁점가지급금 관련 청구법인의 미수이자 회계처리 내역은 ＜표15＞와 같고, 쟁점가지급금은 2017~2020년 기간 동안 ＜표16＞과 같이 증가ㆍ회수되었으나, 청구법인은 2020.3.10. OOO원 외에는 미수이자를 회수한 것으로 회계처리한 바는 없는 것으로 확인된다.

＜표15＞ 청구법인의 쟁점미수이자 관련 회계처리 내역

(단위 : 원)

＜표16＞ 쟁점가지급금 변동 내역

(단위 : 원)

(6) 쟁점⑤와 관련하여, 처분청이 비교대상기업을 선정한 과정은 ＜표17＞~＜표19＞와 같고, ＜표18＞에 적시된 66개 업체의 기타 질적 검색 제외 사유는 ＜별지2＞와 같으며, 청구법인은 비교대상기업의 용역 성격이 청구법인이 제공한 용역과 다르다는 청구주장과 관련하여, ＜그림5＞의 비교대상기업 홈페이지 자료 등을 제출하였다.

＜표17＞ 양적기준(Kis-Value 데이터 베이스)을 통한 비교가능성이 높은 업종 선정

＜표18＞ 비교대상업체 선정 기준

(단위 : 개)

＜표19＞ 최종 선정 비교대상기업

＜그림5＞ FFF(주) 및 GGG(주) 홈페이지 사진(청구법인 제출)

(7) 쟁점⑥과 관련하여, 청구법인과 처분청이 제출한 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점부동산이 실제 창고 등으로 활용되었다는 청구주장과 관련하여 쟁점부동산에서 OOO시 소재 물류창고로 제품을 운송한 제품출고 인수증, 화물기사 확인서, 거래명세표, 화물인수증 등의 증빙을 제출하였다.

＜그림6＞ 제품출고 인수증, 거래명세표

(나) 처분청은 쟁점부동산이 폐기물 등으로 가득하여 실제 업무에 사용된 것으로 보기 어렵다는 의견을 제시하면서, ＜그림7＞과 같은 쟁점부동산 현장사진을 제출하였다.

＜그림7＞ 쟁점부동산 현장사진

(8) 쟁점⑦과 관련하여, 쟁점③건물 감정평가의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 2017년 쟁점③건물 감정평가는 쟁점③건물과 비교건물OOO과의 가치형성요인을 비교하여 임대사례비교법에 의한 쟁점③건물의 연간실질임료를 OOO원으로 산정하고, 적산법(공시지가기준법에 따라 토지 가치를, 원가법에 따라 건물 가치를 계산한 후, 기대이율을 적용하여 연간실질임료 산정)에 의한 쟁점③건물의 연간실질임료는 OOO원으로 산정하였으며, 두 가액 중 임대사례비교법에 의한 임대료를 감정평가액으로 결정하였다.

＜그림8＞ 2017년 쟁점③건물 감정평가서 내용 일부(임대사례비교법)

＜그림9＞ 2017년 쟁점③건물 감정평가서 내용 일부(적산법 및 감정평가액 결정)

(나) 2018년 쟁점③건물 감정평가의 경우, 2017년 쟁점③건물 감정평가와 유사한 방식으로 임대사례비교법에 의한 연간실질임료를 OOO원, 적산법에 의한 연간실질임료를 OOO원으로 산정한 후, 임대사례비교법에 의한 연간실질임료를 감정평가액으로 결정하였다.

(다) 2019년 쟁점③건물 감정평가의 경우, 2017년 쟁점③건물 감정평가와 유사한 방식으로 임대사례비교법에 의한 연간실질임료를 OOO원, 적산법에 의한 연간실질임료를 OOO원으로 산정한 후, 임대사례비교법에 의한 연간실질임료를 감정평가액으로 결정하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 세액의 결정은 ‘과세전적부심사 결정 전’까지 유보되는 것이지 ‘과세전적부심사결정서 송달 전’까지 유보되는 것이 아니므로, 과세전적부심사 결정이 있은 후 한 고지처분은 적법하다는 의견이나,

「국세기본법」 제8조

는 ‘이 법 또는 세법에서 규정하는 서류는 그 명의인의 주소, 거소(居所), 영업소 또는 사무소에 송달한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제12조 제1항은 ‘제8조에 따라 송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다’고 규정하고 있는바, 위 규정에 따라 과세전적부심사의 결정도 그 결정서가 송달받아야 할 자에게 도달한 때에 효력이 발생한다고 보아야 할 것이고, 따라서 과세전적부심사 결정서가 청구법인에게 송달된 2022.4.4.보다 먼저 송달된 쟁점처분은 과세전적부심사 결정이 있기 전 이루어진 과세 처분으로서 절차상 하자가 있는 위법한 처분에 해당한다고 할 것이다.

다만, 조사청은 2022.4.4. 과세전적부심사 결정서를 청구법인에게 송달하였는바, 과세전적부심사 결정서 송달일 기준으로 부과제척기간이 경과하지 않은 2017~2020사업연도 법인세, 2017년 제1기~2020년 제2기 부가가치세, 2016~2020년 귀속 소득금액변동통지는 과세전적부심사 결정서 송달일인 2022.4.4. 위와 같은 절차적 하자가 치유된 것으로 보는 것이 합리적이라고 판단되고, 2022.4.4. 기준으로 부과제척기간이 경과한 2016사업연도 법인세는 하자 치유의 대상으로 보기 어려우므로 이는 취소되어야 할 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점①건물의 양도 및 임차는 건물매각대금을 차입금으로 보고 이에 대한 담보로서 건물의 소유권 이전을 한 경우와 그 실질이 동일하므로 쟁점임차건물의 매매는 사실상의 차입거래로 보아야 하는 것이고, 또한 CCC에서 지출한 건물의 시설 유지비등을 처분청이 산정한 과소수취 금액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 쟁점①건물 임대차계약서의 내용을 살펴보면, 임대차기간동안 건물을 양도하고자 하는 경우, 먼저 경쟁 입찰을 통해 선정한 우선협상대상자와 계약 조건 등을 합의하고, 그 조건을 청구법인에게 제시하여 매수의향을 물어본 후 청구법인이 이 조건에 동의하면 제3자보다는 청구법인에게 우선적으로 매수 기회를 부여하는 것일 뿐이므로 이를 청구법인의 소유권이 온전히 보장되는 차입거래로 보기는 어려운 점, 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정 적용 시, 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 시가로 볼 수 있고, 청구법인은 쟁점①건물을 비특수관계자로부터 임차하였는바, 청구법인이 지급한 쟁점①건물의 임차료는 시가에 해당하는 것으로 보이며, 이 경우 청구법인은 특수관계자인 CCC에 시가보다 낮은 가액으로 쟁점①건물을 전대한 것으로 판단되는 점, 청구법인이 주장하는 바와 같이 건물의 유지보수와 관련된 비용을 CCC이 부담하였다 하더라도, 이는 청구법인이 건물 소유주로부터 건물을 임차할 때 이미 임차료에 반영되었을 것으로 보이므로, 이를 다시 전대료에 반영하여 과소수취 금액에서 공제하는 것은 적절하지 않은 것으로 판단되는 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점②건물의 임차료 산정과 관련한 감정평가에 잘못이 있으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 감정인의 감정 결과는 그 감정방법 등이 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등 현저한 잘못이 없는 한 이를 존중하여야 하는 것으로(대법원 2009.7.9. 선고 2006다67602 판결, 같은 뜻임), 임대사례비교법에 의한 쟁점②건물의 연간실질임료 및 적산법에 의한 쟁점②건물의 연간실질임료를 산정한 후 적산법에 의한 임료 가액에 합리성이 인정된다는 점을 근거로 두 가액 중 적산법에 의한 임대료를 감정평가액으로 결정한 쟁점②건물 감정평가에 합리성이 없는 등 현저한 잘못이 있다고 보기 어렵고, 그 외 감정평가액의 산정에 오류가 있다고 볼만한 특별한 사정이 없는 점 등을 종합하면, 처분청이 감정평가액을 쟁점②건물의 임차료 시가로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구인의 가지급금 상환액은 가지급금이 아닌 쟁점미수이자를 먼저 상환한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 비용, 이자, 원본에 대한 변제충당과 관련하여

「민법」제479조

는 변제충당의 순서를 정하고 있지만, 당사자 사이에 특별한 합의가 있는 경우이거나 당사자의 일방적인 지정에 대하여 상대방이 지체없이 이의를 제기하지 아니함으로써 묵시적인 합의가 되었다고 보여지는 경우에는 그 법정충당의 순서와는 달리 충당의 순서를 인정할 수 있는바(대법원 2009.6.11. 선고 2009다12399 판결 같은 뜻임), 청구법인은 가지급금 인정이자를 쟁점미수이자로 계상한 후 대부분 아무런 회계처리도 하지 않다가 1년 뒤 가지급금 원금에 산입하였고, 청구법인이 청구인에게 지급.회수한 금액은 2020.3.10. OOO원을 미수이자 회수로 회계처리 한 것 외에는 이를 모두 가지급금의 증감으로 회계처리하였으므로 청구법인이 쟁점미수이자의 변제액이라고 주장하는 금원은 쟁점미수이자가 아닌 가지급금의 변제에 먼저 충당된 것으로 보이는 점, 청구인은 청구법인의 대표이사로서 청구법인의 회계처리를 충분히 알 수 있는 지위에 있었고 이에 대하여 수년 동안 이의를 제기하지 아니한 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2020중1482, 2021.1.15. 같은 뜻임).

쟁점⑤에 대하여 살피건대, 처분청은 「법인세법」상에는 제3자간 일반적인 용역제공거래에서 발생하는 수익률을 계상하는 구체적인 방법이 규정되어 있지 않아 「국제조세조정에 관한 법률」의 정상가격 산출방법을 준용하여 적정 수익률을 산정한 후, 적정 용역대가를 계산한 것이므로 이 건 처분은 적법하다고 주장하나, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 대한 주장.증명책임은 부당행위계산 부인의 대상에 해당됨을 주장하는 과세관청에게 있는 것으로(대법원 2012.10.25. 선고 2012두12006 판결, 같은 뜻임), 처분청이 적정 수익률 산정을 위해 선정한 비교대상기업 중 FFF㈜는 선박관련 서비스를 제공하는 기업이고, GGG㈜는 반도체 테스트를 주로 수행하는 기업으로서 청구법인과 다른 산업 분야에 속해 있는 것으로 보여 위 기업들을 적절한 비교대상기업에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 제시한 비교대상기업들이 구체적으로 어떠한 용역을 제공하고 있는지, 그리고 그 용역의 내용이 청구법인이 제공하는 용역과 동일한지 여부 등에 대한 입증이 충분하지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 처분청이 4개의 비교대상기업을 선정하고 그 평균수익률을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

쟁점⑥에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산에서 OOO시 소재 물류창고로 제품을 운송한 내역 등에 비추어 쟁점부동산이 실제 창고 등으로 활용되었음이 확인되므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청이 제출한 쟁점부동산의 사진을 보면, 쟁점부동산 소재 창고에 폐기물이 다수 확인되는 등 이를 실제 청구법인의 업무에 사용하였다고 보기 어렵고, 청구법인이 쟁점부동산을 실제로 창고로 사용하고 있었다면 상품 도난 방지를 위한 CCTV, 기타 보안 장치 등의 관리 내역이나 주기적인 화물차 출입 내역 및 화물인수증 등이 구비되어야 할 것으로 보이나, 청구법인은 이러한 증빙을 제출하지 못한 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

마지막으로 쟁점⑦에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점③건물의 임차료 산정과 관련한 감정평가에 잘못이 있으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 감정인의 감정 결과는 그 감정방법 등이 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등 현저한 잘못이 없는 한 이를 존중하여야 하는 것으로(대법원 2009.7.9. 선고 2006다67602, 67619 판결 참조), 임대사례비교법에 의한 쟁점③건물의 연간실질임료 및 적산법에 의한 쟁점③건물의 연간실질임료를 산정한 후 두 가액 중 임대사례비교법에 의한 임대료를 감정평가액으로 결정한 쟁점③건물 감정평가에 합리성이 없는 등 현저한 잘못이 있다고 보기 어렵고, 그 외 감정평가액의 산정에 오류가 있다고 볼만한 특별한 사정이 없는 점 등을 종합하면, 처분청이 감정평가액을 쟁점③건물의 임차료 시가로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 처분청 및 청구세액 내역

□ OOO세무서장의 청구법인에 대한 법인세ㆍ부가가치세 경정ㆍ고지 및 소득금액변동통지 내역

(단위 : 원)

□ OOO시장 외 28의 청구법인에 대한 법인지방소득세 경정ㆍ고지 내역

(단위 : 원)

□ OOO세무서장 및 OOO세무서장의 청구인에 대한 종합소득세ㆍ부가가치세 경정ㆍ고지 내역

(단위 : 원)

＜별지2＞ (쟁점⑤ 관련) 조사청의 비교대상업체 제외 사유

＜별지3＞ 관련 법령

[쟁점① 관련] 쟁점처분의 무효 여부

국세기본법

제8조(서류의 송달) ① 이 법 또는 세법에서 규정하는 서류는 그 명의인(그 서류에 수신인으로 지정되어 있는 자를 말한다. 이하 같다)의 주소, 거소(居所), 영업소 또는 사무소[정보통신망을 이용한 송달(이하 “전자송달”이라 한다)인 경우에는 명의인의 전자우편주소(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 명의인의 사용자확인기호를 이용하여 접근할 수 있는 곳을 말한다)를 말하며, 이하 “주소 또는 영업소”라 한다]에 송달한다.

제10조(서류 송달의 방법) ① 제8조에 따른 서류 송달은 교부, 우편 또는 전자송달의 방법으로 한다.

③ 교부에 의한 서류 송달은 해당 행정기관의 소속 공무원이 서류를 송달할 장소에서 송달받아야 할 자에게 서류를 교부하는 방법으로 한다. 다만, 송달을 받아야 할 자가 송달받기를 거부하지 아니하면 다른 장소에서 교부할 수 있다.

④ 제2항과 제3항의 경우에 송달할 장소에서 서류를 송달받아야 할 자를 만나지 못하였을 때에는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람에게 서류를 송달할 수 있으며, 서류를 송달받아야 할 자 또는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람이 정당한 사유 없이 서류 수령을 거부할 때에는 송달할 장소에 서류를 둘 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 서류를 송달하는 경우에 송달받아야 할 자가 주소 또는 영업소를 이전하였을 때에는 주민등록표 등으로 이를 확인하고 이전한 장소에 송달하여야 한다.

제12조(송달의 효력 발생) ① 제8조에 따라 송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다. 다만, 전자송달의 경우에는 송달받을 자가 지정한 전자우편주소에 입력된 때(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 저장된 때)에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달한 것으로 본다.

제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,

「감사원법」 제33조

에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1.

「국세징수법」 제9조

에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

[쟁점②, ③ 관련] 청구법인의 쟁점①건물 전대료 과소수취 여부, 청구법인의 쟁점②건물 임차료 과다지급 여부

(1) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」 제38조

ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및

「조세특례제한법」 제101조

를 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」 제63조

제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,

「상속세 및 증여세법」 제63조

제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(3) 감정평가에 관한 규칙(국토교통부령)

제2조(정의) 이 규칙에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

6. “적산법(積算法)”이란 대상물건의 기초가액에 기대이율을 곱하여 산정된 기대수익에 대상물건을 계속하여 임대하는 데에 필요한 경비를 더하여 대상물건의 임대료[(賃貸料), 사용료를 포함한다. 이하 같다]를 산정하는 감정평가방법을 말한다.

8. “임대사례비교법”이란 대상물건과 가치형성요인이 같거나 비슷한 물건의 임대사례와 비교하여 대상물건의 현황에 맞게 사정보정, 시점수정, 가치형성요인 비교 등의 과정을 거쳐 대상물건의 임대료를 산정하는 감정평가방법을 말한다.

제12조(감정평가방법의 적용 및 시산가액 조정) ① 감정평가법인등은 제14조부터 제26조까지의 규정에서 대상물건별로 정한 감정평가방법(이하 “주된 방법”이라 한다)을 적용하여 감정평가해야 한다. 다만, 주된 방법을 적용하는 것이 곤란하거나 부적절한 경우에는 다른 감정평가방법을 적용할 수 있다.

제22조(임대료의 감정평가) 감정평가법인등은 임대료를 감정평가할 때에 임대사례비교법을 적용해야 한다.

[쟁점④ 관련] 청구법인의 대표이사에 대한 대여금 회수금액을 원본 변제로 보아야 하는지 여부

(1) 법인세법

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 법인세법 시행령

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

9의2. 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

나. 제87조 제1항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자

(3) 민법

제479조(비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서) ① 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

[쟁점⑤ 관련] 청구법인의 용역대가 과소수취 여부

(1) 법인세법 시행령

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

제89조(시가의 범위 등) ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

(2) 국제조세조정에 관한 법률

제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

5. 거래순이익률방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

[쟁점⑥ 관련] 청구법인이 지급한 쟁점부동산 임차료가 업무무관비용인지 여부

(1) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 법인세법 시행령

제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

제53조(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입) ①법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

[쟁점⑦ 관련] 청구인의 쟁점③건물 임대료 과소수취 여부

(1) 소득세법

제41조(부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란

「국세기본법 시행령」 제1조의2

제1항, 제2항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는

「법인세법 시행령」 제89조

제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.