국심2000서1957 (2001.02.09)

1. 영등포세 무서장이 2000.5.1 청부법인에게 한 1998사업연도(1998.1.1～1998.12.31) 법인세 152,921,174,910 원 및 농어촌특별세 127,790,580원의 부과처분은, 청구법인이 1998사업연도 특별손실(전기손익 수정손실)로 계상한 1,558,771,504,066원 중 1995사업연도 이후 청구법인의 각사업연도 분식결산금액을 재조사하여 이월결손금을 확정한 후 그 과세표준과 세액을 경정한다. 2. 청구법인이 1999.3.31자로 1991～1997사업연도 법인세 과세표준을 감액경정청구 또는 결손금을 증액경정청구한 것과 관련하여 남광주세무서장이 이를 경정결정하지 아니한 것에 대한 청구법인의 심판청구는1. 1991～1994사업연도는 이를 각하하고, 2. 1995사업연도부터 1997사업연도는 청구법인의 주장을 심리할 실익이 없어 이를 기각합니다.

1. 사 실 가. 1998사업연도에 대한 부과처분 부분 1998.4.15 청구법인에 대한 법원의 회사정리절차개시결정이 있은 후, 청구법인은 1991사업연도부터 1997사업연도까지 법원에서 분식결산금액으로 승인받은 1,558,771,504,066원을 기업회계기준 제58조에 의하여 1998사업연도 손익계산서에 특별손실(전기손익수정손실)로 계상하였으며, 위 분식결산금액에 상당하는 금액을 포함한 1,586,064,819원의 채무면제익은 1998사업연도 결손금처리계산서에 기타 자본잉여금에 가산하여 결손금보전에 충당하고 위 채무면제익을 익금산입으로 세무조정하여 1998사업연도 법인세를 신고하였다. 영등포세무서장은 청구법인이 1998사업연도에 특별손실(전기손익수정손실)로 계상한 1,558,771,504,066원 중에서 1997사업연도분 171,612,000,000원은 과세보류하고 나머지 1,387,159,504,066원을 손금불산입하여 2000.5.1 청구법인에게 1998사업연도(1998.1.1～1998.12.31) 법인세 152,921,174,910원 및 농어촌특별세 127,790,580원을 결정고지하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2000.7.5 심판청구를 제기하였다. 나. 1991～1997사업연도에 대한 경정청구부분 청구법인은 1991～1997사업연도의 법인세 과세표준 신고를 법정기한내에 이행하였는데, 동 사업연도의 소득금액을 분식결산을 통하여 과대신고하였다고 하면서 1991사업연도 소득금액은 8,897,852,753원에서 △3,839,610,646원으로, 1992사업연도 소득금액은 5,614,914,718원에서 △100,758,686,352원으로, 1993사업연도 소득금액은 4,823,101,297원에서 △174,348,227,162원으로, 1994사업연도 소득금액은 △8,895,472,417원에서 △369,671,179,551원으로, 1995사업연도 소득금액은 1,329,221,496원에서 △311,545,075,217원으로, 1996사업연도 소득금액은 △14,431,965,332원에서 △378,798,340,890원으로, 1997사업연도 소득금액은 △363,904,603,113원에서 △537,082,554,185원으로 각각 조정하여 각사업연도의 과세표준 또는 결손금을 조정하여 주도록 1999.3.31 처분청에 경정청구하였고, 처분청은 경정청구일로부터 60일이 경과한 날까지 이에 대한 경정결정을 하지 아니하였는 바, 청구법인은 위 경정청구에 대하여 남광주세무서장이 거부처분한 것으로 보아 1999.8.27 심사청구를 거쳐 2000.3.2 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장과 처분청 및 국세청장의 의견 가. 1998사업연도 부과처분에 대한 청구법인주장 및 처분청의견 (1) 청구법인 주장 ① 법인세법 제9조 및 같은법시행령 제9조 에서 규정하고 있는 결손금이란 법인세법에 의한 손금이 익금을 초과하는 경우에 발생하는 실체법상의 개념이고 과세표준의 신고나 결정에 의하여 확정되는 절차법적인 개념이 아니라고 할 것이므로, 당해 사업연도에 결손금이 있는 경우에 법인의 신고나 과세관청의 조사 결정이 있다고 하더라도 그로서 당해사업연도의 소득금액이나 결손금을 확정하는 효력이 없어 신고나 결정에 관계없이 실제 결손금이 발생하였다면 이를 결손금으로 인정(대법 93누3677, 1993.11.12 및 대법 95누12842. 1996.9.24 같은 뜻임) 하여야 한다. ② 분식결산한 결과 과세표준과 세액을 과다하게 신고하였다 하더라도 조세는 실제로 발생한 소득에 대하여 과세하여야 하기 때문에 과세관청이 실제소득금액을 조사 확정하여야 할 의무가 있다는 점에서 달리 취급되어야 할 이유가 없고(관련예규 법인 46012-916, 1996.3.22), 과세관청의 경정권은 납세의무자가 과다납부한 사실이 밝혀진 경우에 경정할 수 있는 자의를 허용한 것이 아니라 반드시 경정하여야 하는 기속재량적인 취지로 해석하여야 하며, 또한 이러한 과다신고금액이 납세자의 분식결산의 결과로 발생한 것이라 하더라도 달리 볼 것은 아니므로(국심97서1154, 1998.1.21 같은 뜻임), 과세관청은 청구법인이 1998사업연도에 전기손익수정손실로 계상한 금액 1,558,771,504,066원중 1,387,159,504,066원을 1998사업연도의 손금으로 부인하고 1991사업연도부터 1996사업연도까지의 귀속사업연도 손금으로 인정하지 않는 것은 부당하다. ③ 청구법인과 같은 정리회사의 경우는 분식결산한 금액에 대한 재무제표를 법원이 확정하고, 법원이 회사갱생을 위하여 채권채무 관계를 조정하는 권한을 갖는 등 일반법인과는 다른 법률관계를 가지고 있으며, 우리나라의 법인세법 제15조 제2항에서도 이월결손금의 보전에 충당된 채무면제익은 그 발생시기에 제한을 두지 않고 전액 익금불산입하고 있고, 일본의 경우에도 회사정리법상 법인세특례조항을 두어 법인세법상 결손금이아닌 결손금(정리절차과정에서 밝혀진 과세당국에 적법하게 신고되지 아니한 결손금)도 모두 채무면제익과 상계하도록 하고 있는 점으로 보아 정리회사의 결손금은 기간제한없이 이월결손금으로 인정하여야 한다. ④ 또한, 정리회사의 채무면제익은 채권자들로 하여금 회사갱생을 위하여 거의 강제적으로 채권을 포기하게 함으로서 발생하는 바, 분식결산수정으로 인한 결손금을 세무상 결손금으로 인정하지 않을 경우에는 채무면제익이 익금에 산입되어 법인세가 과세되므로 채무면제의 실익이 없어지나. 따라서 분식결산을 바로잡은 결과 발생한 1991사업연도부터 1996사업연도 해당분 전기손익수정손실액 1,558,771,504,066원은 각 연도의 손금으로 인정하여야 한다. (2) 처분청 의견 ① 법인세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 내국법인의 각사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 하는 것이며, 국세기본법 제45조의2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 신고한 자로서 과세표준신고서에 기재된 결손금이 신고하여야 할 결손금액보다 미달하게 신고한 때에는 법정신고기한 후 1년 이내에 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있으므로, 이건 청구법인의 1991사업연도부터 1997사업연도까지 실제로 발생한 비용은 해당 각 사업연도의 손금으로 계상하여야 하는 것이며, 청구법인이 이를 분식결산함으로서 결손금을 과소계상하여 법인세신고를 하였다면 각 사업연도별로 경정청구를 하여야 하는 것이다. 그러므로 1991사업연도부터 1997사업연도기간중에 귀속되는 결손금 과소 계상액을 법인세법 시행령 제37조의 2 에 근거하여 1998사업연도의 손금으로 계상할 수는 없다. ② 국세기본법 제22조 제1항에서는 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제10조의 2 에서 법인세는 납세의무자가 신고기한내에 신고함으로서 납세의무가 확정되는 조세라고 규정하고 있는 바, 이건 1991사업연도부터 1997사업연도까지의 법인세는 청구법인의 신고로 확정된 조세로서 과세관청에서 달리 행정처분을 한 바 없고, 1998사업연도는 손금귀속의 잘못에 대한 경정결정으로서 다른 사업연도에 대한 과세관청의 경정의무가 발생하는 것도 아니며, 또한 납세의무자가 과세관청으로 하여금 어떤 행정행위를 하여줄 수 있는 것을 요구할 수 있는 법규상의 어떤 권리가 존재하는 것도 아니다. ③ 법인세법 제15조 제2항에 의하면 이월결손금의 보전에 충당된 채무면제익은 익금불산입 항목으로 규정되어 있으나, 이건 1991사업연도부터 1997사업연도기간의 쟁점결손금 과소계상액이 세무계산상 인정된 결손금이 아니므로 이건 채무면제익은 익금불산입 할 수 없는 것이다. 나. 1991～1997사업연도 경정청구 부분에 대한 청구법인주장 및 국세청장의견 (1) 청구법인 주장 ① 법인세법상 과세관청의 경정권은 납세의무자가 과다납부한 사실이 밝혀진 경우에 경정할 수 있는 자의를 허용한 것이 아니라 반드시 경정하여야 하는 기속재량적인 취지로 보아야 하며 과세관청이 이러한 경정의무를 이행하지 않을 때에는 납세의무자가 경정청구를 할 수 있다고 할 것인 바, 회사정리법에서는 정리회사의 갱생을 위하여 정리회사의 재산상태를 조사하여 실질적인 결손금을 확정하고 이를 보전하기 위하여 채권단으로 하여금 채권을 포기하게하는 등의 회사정리계획안을 마련하도록 한 후 법원에서 이를 인가하도록 규정하고 있으므로 일반법인의 경정청구권과 정리회사의 경정청구권은 서로 다르다고 할 것이고, 따라서 법원에 의하여 정리회사의 분식결산이 확정되는 경우에는 회사정리법에 따라 과거 분식결산분을 경정청구할 수 있다고 할 것이다. 이와같이 해석하지 않을 경우에는 세무계산상 결손금이 없는 우량회사에게 채권단으로 하여금 채무면제를 하게 하여 이익이 발생되게 한 후 그 자금으로 법인세를 납부하게 하는 불합리한 결과가 발생하게 된다. ② 또한, 법인세법 제15조 제2항에서도 이월결손금 보전에 충당한 채무면제익은 과세표준계산상 결손금 발생연도에 따른 공제기간인 5년의 규정에 불구하고 익금불산입 하도록 하고 있으므로 국세부과의 제척기간에 관계없이 과거의 모든 사업연도의 결손금에 대한 경정청구를 인정하여야 하며, 설령 위와 같이 이월결손금이 효과가 미치는 사업연도에 대한 경정청구를 할 수 없다고 하더라도 법인이 기업회계기준에 의한 전기손익수정손익을 당해사업연도의 익금 또는 손금으로 산입한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액계산상 익금불산입 또는 손금불산입 하여야 하고 당초귀속연도에 따라 국세기본법 제45조의 2 에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있다고 할 것(법인 46012-663, 1998.3.17 같은 뜻임).이므로, 1997사업연도분에 대한 경정청구는 법인세 신고기한으로부터 1년 이내에 제기되었으므로 적법하고 나머지 사업연도는 국세기본법 제45조의 2 제2항 제1호 또는 동법 시행령 제25조의 2 제4호의 기타사유에 의한 후발적 경정사유에 해당하여 적법한 경정청구권이 존재한다고 할 것이다. ③ 심사결정에서 청구법인의 분식결산후 경정청구가 신의성실의 원칙에 위반된다고 하나, 처분청은 분식결산을 신뢰하고 어떠한 행위를 한 것이 아니라 납세자가 분식결산을 수정하여 스스로 장부에 반영하자 이의 귀속이 잘못되었다고 부인한 것이므로 보호대상이 되는 신뢰에 기인한 행위가 없다고 할 것이고, 법인세법상 납세의무는 과세요건을 충족하여야 발생하는 것인데, 분식결산한 경우에는 과세요건이 처음부터 충족되지 아니하여 이로 인한 납세의무가 존재하지 아니하므로 처분청이 신고를 신뢰한 행위로 인한 경제적 불이익이란 있을 수 없어 이 건 경정청구에는 신의성실의 원칙이 적용되지 않는다고 보아야 한다.(대법91누9848, 1992.4.28 같은 뜻임). (2) 국세청장 의견 ① 경정청구제도는 납세의무자 스스로가 신고한 세액을 착오로 신고했거나 환급세액을 과소하게 신고한 경우 등을 발견한 때 또는 법정신고기간 경과 후 후발적 사유의 발생으로 최초의 신고·결정·경정이 납세의무자에게 불이익한 결과를 초래한 경우에 납세의무자 측으로 하여금 이를 그에게 이익이 되도록 그 변경·시정을 청구할 수 있도록 권한을 부여하는 제도로서 세법을 해석·적용함에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자 재산권이 부당히 침해되지 않도록 하여야 하며 확장해석이나 유추해석을 하여서는 아니된다고 할 것인 바, 이 건의 경우에 있어서 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 거부 또는 경정하는 통지를 일정기간(60일)이 경과하도록 하지 아니한 것이 불복청구의 대상이 되는 부작위에 의한 거부처분이 된다고 하기 위해서는 청구법인의 경정청구에 따른 행정행위를 하여 줄 것을 요구할 수 있는 법규상 또는 조리상의 권리가 있어야 하며, 이러한 권리에 의하지 아니한 청구법인의 경정청구를 처분청이 받아 들이지 아니하고 거부한 경우에는 이로 인하여 청구법인의 권리나 법적 이익에 어떠한 영향을 주는 것이 아니므로 그 부작위에 의한 거부행위를 가리켜 불복청구대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없는 것(대법원95누13081,1996.5.14 같은 뜻임)이다. ② 국세기본법에 국세부과제척기간제도를 두는 취지는 일정한 권리를 일정기간 내에 행사하도록 하고 그 기간이 경과하면 모든 사람에 대한 관계에 있어서 그 권리를 소멸시켜 법률관계를 안정시키는 데 있으므로 그 진행기간에는 중단이나 정지제도가 없는 바, 국세기본법 제26조의 2 에서 법인세의 경우에 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있어 그 제척기간이 만료한 이후에는 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정(또는 경정)도 할 수 없다고 할 것이어서 부과제척기간이 경과한 이후에는 과대(소) 익금 또는 손금산입되었다 하더라도 각사업연도의 소득금액을 조정할 수 없다 할 것이다. ③ 종국적으로 청구법인이 분식결산한 금액 중 1991사업년도부터 1993사업연도까지는 국세기본법상 경정청구의 근거조항이 없을 뿐 아니라 부과제척기간이 경과하여 심리대상이 될 수 없고, 1994사업연도는 경정청구에 대한 근거조항이 없으며 1995～1996사업연도는 경정청구기간의 경과로 각하대상이다. 1997사업연도의 경우에는 청구법인이 경정청구 기한내 에 경정청구를 하였으나, 분식결산을 근거로 법인세를 신고 납부한 사실이 과세관청이나 더 나아가 정부가 강제하여 이루어진 것이 아닐 뿐 아니라, 경정청구의 입법취지에 비추어 볼 때에도 청구법인이 주주 등 이해관계자를 기만하기 위한 목적으로 스스로 분식결산하여 신고하였으므로 이러한 경우까지 경정청구의 대상에 포함되는 것은 아니라고 할 것이다. 3. 쟁점 및 판단 가. 쟁점 (1) 청구법인의 분식결산으로 인한 1991사업연도부터 1996사업연도까지의 결손금 과소계상액을 세무계산상 이월결손금으로 인정할 것인지 여부 (2) 청구법인이 1991사업연도부터 1997사업연도의 분식결산을 수정하여 각사업연도의 과세표준 또는 결손금을 조정하여 줄 것을 경정청구한 것이 경정청구대상에 해당하는지 여부 나. 관련법령 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제9조(각 사업연도의 소득) 제1항에서는 “내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고, 같은조 제4항에서는 “내국법인의 각사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 각사업연도의 결손금으로 한다”고 규정하고 있으며, 같은법 제15조 (익금불산입) 제2항에서는 “무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 대통령령이 정하는 이월결손금의 보전에 충당된 금액은 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 이를 익금에 산입하지 아니한다”고 규정하고, 같은법 제17조 (손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산) 제1항에서는 “내국법인의 각사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 “내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있다. 같은법시행령 제9조 (이월결손금)에서는 “① 법 제15조 제2항 및 법 제43조 제5항에서는 ‘이월결손금’이라 함은 법 제9조 제4항의 규정에 의한 결손금으로서 그 후의 사업연도의 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니하거나 법 제8조 제1항 제1호 및 법 제53조 제1항 제1호의 규정에 의하여 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액을 말한다. ② 제1항 및 제8조 제1항 제1호와 법 제53조 제1항 제1호의 규정에 의한 이월결손금은 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다. ③ 제1항 및 법 제8조 제1항 제1호와 법 제53조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 법 제15조 제2항의 규정에 의하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금은 손금에 산입된 것으로 본다.”고 규정하고 있고, 같은영 제36조(손익의 귀속사업연도) 제1항에서는 “법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다. 1. 각 사업연도에 있어서 상품(부동산을 제외한다)·제품 또는 기타의 생산품을 판매함으로써 생긴 판매손익의 귀속사업연도는 그 상품·제품 또는 생산품의 인도일이 속하는 사업연도로 한다. 2～8(생략)“라고 규정하고 있으며, 같은영 제37조의 2(기업회계기준의 적용배제등) 제1항에서는 ”법 제17조 제3항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 경우’라 함은 다음 각호에 해당하는 경우를 말한다. 1～4(생략) 5. 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 제36조 제1항에 규정하는 귀속사업연도와 다르게 된 경우“라고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제22조 (납세의무의 확정) 제1항 및 같은법시행령 제10조의 2 (납세의무의 확정)에 의하면 법인세는 당해국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때에 확정된다고 규정하고, 같은법 제15조 (신의·성실)에서는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있으며, 같은법 제26조의 2 (국세부과의 제척기간)제1항 제3호에서는 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 국세부과 제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하고, 같은법 제55조 (불복) 제1항에서는 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있다. 같은법 제45조의 2 (경정등의 청구) 제1항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.(94.12.22 신설)”고 규정하고 있고, 그 제2항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 2～4(생략) 5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때“라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제25조의 2 (후발적 사유)에서는 “법 제45조의 2 제2항 제5호에서 ‘대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다. 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때 2. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때 3. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때 4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때“라고 규정하고 있다. 다. 심리 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다 ① 불복에 이르게 된 경위를 살펴보면 다음과 같다. 1997.10.24 : 청구법인 회사정리절차 개시결정 신청 1998. 4.15 : 회사정리절차 개시결정 및 관리인 선임 6.30 : 관리인에 의하여 확인된 분식결산금액을 청구법인의 장부상에 수정하는 회계처리를 함. 10.19 : 현대자동차에 낙찰됨 10.31 : 회사정리 계획안 제출 12.28 : 회사정리계획 인가결정이 남에 따라 채권단 채무면제확정 1999.3.24 : 서울지방법원 제1파산부에 분식결산 금액을 각 귀속연도에 반영하여 1991-1997재무제표 수정승인 요청 3.25 : 법원이 분식회계 수정재무제표를 승인 3.31 : 분식회계수정에 따른 각 사업연도 비용을 인정해 달라는 경정청구서를 처분청에 제출 5.20 : 남광주세무서장이 경정청구에 대하여 거부 8.27 : 경정거부에 대한 심사청구 12.2 : 심사청구 각하 및 기각 2000.2.19 : 경정청구에 대한 심판청구 5. 1 : 영등포세무서장은 1998사업연도 결산서상의 특별손실(전기손익수정손실로 1997사업연도 171,162,000,000원은 부과 보류)을 손금불산입하여 1998 사업연도 법인세 152,921,174,910원 및 농어촌특별세 127,790,580원을 고지함 7. 5 : 1998사업연도분 고지처분에 대한 심판청구 ② 청구법인은 1991년부터 결손금이 많이 발생하자 분식결산을 통하여 결손금을 과소하게 표시하였으나, 1998.4.15 회사정리절차 개시결정이 있은 후 법원에 의하여 선임된 관리인이 법원에 회사정리법상 재산상황보고를 위한 재산목록작성 과정에서 청구법인이 1991사업연도부터 1997사업연도까지 분식결산한 사실이 확인되자 청구법인은 1998.6.30 아래와 같은 분식결산금액 1,387,159,504,066원을 전기수정손실(특별손실)로 수정회계처리를 하였고, 1999.3.25 회사정리법에 따라 법원(서울지방법원 파산1부)으로부터 위 분식결산을 수정한 수정제무제표에 대하여 승인을 받았으며, < 연도별 분식결산 금액 >

1998.12.28 청구법인의 부채 중 1,586,064,819,990원을 탕감하는 법원의 회사정리절차인가가 있어 청구법인은 이를 자본계정인 기타자본잉여금으로 처리한 후 결손금보전에 충당하였고, 법인세 신고시에는 이를 익금산입하였으며, 위 전기손익수정손 1,558,771,504,066원은 특별손실로 손금에 계상하여 동액의 범액내에서 서로 상쇄되었다. 그런데 기업회계기준에 의하면 전기손익수정손익은 수정한 당해연도의 특별손실로 계상하여야 하나 청구법인이 1998사업연도에 전기손익수정손으로 손금산입한 금액은 세무계산상으로는 구 법인세법 시행령 제37조의 2 제1항 제5호의 규정에 의하여 동 사업연도의 손금이 아니므로 1998사업연도 과세표준계산상 이를 손금불산입한 처분은 정당하다고 할 것이고, 단지 분식결산수정으로 인한 손금이 1991년부터 1997년까지의 각사업연도에 귀속될 손금으로 볼 수 있는지의 문제라고 할 것이다. ③ 먼저 관련규정인 법인세법 제17조 제3항과 시행령 제36조 제1항 및 제37조의 2 제1항 제5호에 의하면, 익금과 손금의 귀속사업연도는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하나 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도와 다르게 된 경우에는 위 기업회계기준에 의하지 아니하고 익금과 손금이 발생된 연도에 속하는 사업연도의 익금 및 손금으로 보도록 규정하고 있으므로 청구법인의 1998년 특별손실로 계상한 전기손익수정손실은 그 손실이 발생한 각 귀속사업연도의 손금으로 인정되어야 할 것이고, 이러한 관점에서 볼 때 청구법인의 경우와 같이 분식결산으로 인하여 전기오류수정손실이 발생한 경우에도 그 손실이 발생한 연도의 손금으로 인정될 수 밖에 없고 따라서 그 손금의 인정으로 인하여 기왕에 납부한 세액이 초과납부된 경우에는 경정청구기한내의 기간중에 있다면 당연히 경정청구에 의하여 초과납부세액을 환급받을 수 있다 할 것이나 경정청구기한이 지난 경우에는 초과납부세액을 환급받을 수 없다고 해석하여야 할 것이고 재경부예규(법인 46012-178, 2000.11.13)도 같은입장을 취하고 있다. 문제는 경정청구기한이 지난 경우에 전기오류수정손실이 발생하여 이를 발생연도의 손금으로 신고한 경우에 이를 배척할 것이냐가 문제인데 법인세법시행령 제137조의 2 제1항 제5호의 규정이 전기오류수정손실을 그 발생연도의 손실로 본다고 규정하고 있으므로 그 발생연도의 손실로 인정할 수 밖에 없다 할 것이고 이와 같은 손금의 발생으로 이월결손금이 발생한 경우에도 위에서 말한 재경부예규에 의하면 경정청구에 의하여 그 후의 사업연도의 소득금액계산에서 손금산입받거나 과세표준계산시 공제받을 수 있는 것으로 해석할 수 밖에 없는 바, 경정청구제도가 도입되기 이전의 대법원판례와 우리국세심판원의 선결정례도 이를 지지하고 있다. ④ 먼저 대법원판례를 보면, 구 법인세법 제9조 제4항에서 규정하고 있는 결손금은 법인세법에 의한 각 사업연도의 손금이 익금을 초과하는 경우에 발생하는 것으로서 비록 청구법인의 법인세 신고에 의하여 납세의무가 확정된다 하더라도, 추후 과세표준과 세액을 과다하게 신고한 사실이 밝혀지고 실제 결손금이 발생하였다면 납세자의 신고나 과세관청의 조사결정이 있다고 하더라도 그로서 당해사업연도의 결손금이 확정되었다고 할 수 없고 납세자의 신고나 정부결정에 관계없이 과세관청은 정확한 과세표준을 조사결정할 의무가 있다고 할 것으로서 실제 발생한 결손금을 조사하여 그 소득금액을 조사확정하여야 할 것이며(대법 93누3677, 1993.11.12 같은 뜻임), 이러한 과세관청의 조사결정의무는 납세자가 과세표준과 세액을 과소신고한 경우에는 물론이고 과다신고한 경우에도 구분없이 적용되어야 할 것이라고 하고 있다. 또한, 법인세와 같이 납세의무자의 자진신고납부에 의하여 납세의무가 확정되는 경우 그 신고내용에 오류나 탈루가 있을 때는 법정신고기한 경과후 6월이내에 과세표준수정신고서를 제출하여 구제를 받을 수 있도록 구 국세기본법 제45조 에서 규정하고 있으나, 법인세를 과다신고납부한 납세자가 구 국세기본법 제45조 제1항에 의한 기한내에 감액수정신고를 하지 아니한 경우에도 과다납부한 사실이 법인세법의 규정에 의하여 확인되면 과세관청은 같은법 제26조의 2 에 규정된 부과제척기간내(5년)에는 이를 경정할 수 있다고 하고 있으므로(재경원 기법 46019-326, 1995.10.12·재무부 세조46068-45, 1993.4.23, 같은 뜻), 이는 결손금을 조정하여 경정할 수 있는 시기에 대하여 처분청에게 자의를 허용하는 것이 아니라 납세자의 과표준수정신고일로부터 상당한 기간 또는 적어도 부과제척기간내에는 이를 조정하여 경정하여야 하는 기속재량적인 취지로 해석하는 것이 조세법의 기본원칙으로서의 자의의 금지를 의미하는 조세평등주의와 실질과세원칙 및 납세자의 재산권보장에도 부합한다 할 것(국심 97서1154, 1998.1.21 같은 뜻임)이라고 하고 있다. ⑤ 위 대법원판례와 우리국세심판원의 선결정례에 의하면, 부과제척기간이 경과되기전의 전기오류수정손실은 그 발생연도의 결손금으로 인정해야 한다는 것으로 되어 있어 경정청구기간이 지난 후에도 그후의 사업연도 소득금액계산시 또는 과세표준계산시 차감해야 한다고 주장할 여지가 있으나, 그렇게 해석하면 경정청구를 과세표준신고기한 후 일정기간내에 하도록 한 경정청구제도의 본래의 취지에 어긋나기 때문에 이를 받아들이기 어렵다 할 것이다. 다만 법인세법 제15조 제2항의 규정에 의하면 이월결손금보전에 충당한 채무면제익은 과세표준계산상 익금에 불산입하도록 규정하고 있는 바, 위 법규정은 법인에게 이월결손금이 있는 경우 재무구조개선을 위하여 채무면제를 받거나 증여를 받음으로써 수증익이 있는 경우에는 이를 이월결손금보전에 충당한 경우에 채무면제익을 익금에 산입하지 아니하도록 규정한 것으로서 채무면제익에 충당하기 위한 이월결손금은 경정청구기한이 지났다 하더라도 이를 소득금액계산시 손금에 산입하거나 과세표준계산시 소득금액에서 차감하여야 할 것으로 보이는데 분식결산의 경우에도 이를 일반적으로 인정할 것이냐에 관하여는 분식결산의 폐해등을 고려할때 일반적으로 인정하기는 어렵다 할 것이다. 그러나 청구법인의 경우에는 분식회계수정에 따른 분식결산금액 1,558,771,504,066원을 회사정리법에 의한 회사정리절차 개시 후 관할법원에서 분식회계수정재무제표를 승인받아 인정된 금액으로 회사정리법에 의한 정리회사가 아닌 일반회사가 스스로 분식회계를 수정하여 각연도의 손금인정을 사후에 청구하는 경우와 동일하게 보기는 어려운 점이 있고, 법인세법 제15조 제2항에서 이월결손금의 보전에 충당한 채무면제익은 익금불산입하도록 규정하고 있으며, 법인세법에서 일반회사와 달리 회사정리법에 의한 정리회사에 대하여 특칙을 두고 있지 아니하나 정리회사의 경우에는 회사갱생을 위하여 법원이 채권채무관계를 조정하는 권한을 갖고 채권자들로 하여금 정리회사에 대한 채권을 포기하게 하여 채무면제익이 발생하게 되는 바, 관할법원에서 청구법인의 분식결산 수정으로 인하여 발생한 결손금 1,558,771,504,066원과 1998사업연도 예상결손액을 고려하여 청구법인의 채무면제익 1,586,064,819,990원을 결정하였는데 그 채무면제익만을 익금산입하는 것은 채무면제익의 상당부분을 조세로 부과하는 결과가 되어 회사갱생을 위한 채무면제의 실익이 없어지므로 회사정리법 및 구조조정의 취지에 어긋난다 할 것이다. ⑥ 위의 내용을 종합하여 판단하건대, 고의적인 분식결산에 대하여 사후에 감액경정을 인정할 경우에는 분식결산을 하더라도 세법상으로 항상 구제가 가능하다는 것이 일반화되어 분식결산을 더욱 조장하는 결과가 되고 성실납세풍토에 역행할 우려가 있으나, 청구법인과 같이 회사정리법에 의한 정리회사의 경우에는 법원에서 분식결산의 수정을 승인하였고 회사정리법의 취지 및 과다(소)납부에 대한 과세관청의 기속재량적인 경정의무등을 고려할 때 청구법인의 분식결산으로 발생된 결손금 과소계상액을 각귀속연도의 세무계산상 이월결손금으로 인정하여야 할 것인 바, 다만, 이 경우에 권리를 일정기간내에 행사하게 하고 그 기간이 경과하면 모든 사람에 대한 관계에 있어서 그 권리를 소멸시켜 법률관계를 안정시키려는 부과제척기간제도의 취지에 비추어 부과제척기간이 경과한 1991사업연도부터 1994사업연도에 대하여는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. ① 청구법인이 심판청구한 “1998사업연도에 대한 부과처분의 건”(2000.5.1 청구한 청구번호 2000서1958호)과 “1991사업연도부터 1997사업연도까지에 대한 경정청구의 건”(2000.2.19 청구한 청구번호 2000서605호)은 그 심판청구일자가 다른 별도의 청구건이나 그 내용상으로 볼 때 각각 주청구와 예비적 청구의 관계에 있다고 판단되는 바, ② 청구법인은 1991～1997사업연도의 법인세 과세표준신고를 법정기한내에 이행한 후 위 사업연도의 소득금액을 분식결산을 통하여 과대신고하였다고 주장하면서 각사업연도의 과세표준 또는 결손금을 조정하여 주도록 1999.3.31 금천세무서장에게 경정청구를 한 데 대하여는, 앞에서 본 바와 같이 쟁점①부분에서 청구법인의 주장이 받아들여진 1995사업연도 이후 연도에 한해서는 쟁점②에 대한 심리의 실익이 없어 이를 판단하지 아니한다. 다만 쟁점①부분에서 부과제척기간이 경과하였다고 본 청구법인의 1991～1994사업연도에 대한 경정청구부분에 대하여 살펴보면, 1991～1993사업연도분은 국세부과제척기간이 경과되어 심리대상이 될 수 없고 1994사업연도는 국세기본법상 경정청구의 근거규정이 없어 부적법한 청구이므로 청구법인의 경정청구 주장을 받아들이기 어렵다. 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 각호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.