조심 2013광1587 (2014.05.15)

1. OOO세무서장이 2012.12.10. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분 OOO원의 각 부과처분은 합병전 청구법인의 시설투자에서 발생한 소득금액 구분경리분〔피합병법인인 OOO에서 발생한 소득금액 제외)이 구분경리 내용의 사실여부 및 합병전 청구법인이

「조세특례제한법」제6조

에 의한 창업중소기업세액감면 요건에 적합한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2012.5.31.부터 2012.9.26.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 2009사업연도에 과소계상한 OOO(분할 후 법인으로 이하 “OOO”라 한다) 주식수증이익 OOO원을 익금산입하고, 2007∼2010사업연도 창업중소기업에 대한 세액감면(이하 “창업중소기업세액감면”이라 한다)으로 신고한 OOO원을 감면배제하고 대신 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “중소기업특별세액감면”이라 한다)을 적용한 OOO원을 추가로 공제하는 등의 경정을 하도록 처분청에 통보하였다.

나. 처분청은 2012.12.10.〈표1〉및〈표2〉와 같이 2007∼2011사업연도 법인세 및 농어촌특별세 OOO원을 청구법인에게 고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.4. 심판청구를 제기하였다.

〈표1〉자산수증이익 증가에 따른 법인세 추징세액

〈표2〉 창업중소기업세액감면 부인에 따른 법인세 추징액

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 증여주식 평가시 과거 3년간 순손익액을 해외현지법인 주식가치를 제외한 순자산가액비율로 안분하였으나 이를 부인하고 재평가한 처분은 위법·부당하다.

(가) 분할 시 각 사업부의 비상장법인 주식가치를 평가함에 있어 순손익가액은 OOO에서 분할법인의 분할전 순손익액이 사업부문별로 구분되지 아니하는 경우에는

「상속세 및 증여세법 시행규칙」제10조의2

제1항을 준용하여 분할전 순손익액을 분할전법인의 순자산가액에서 분할 후 각 법인의 순자산가액의 비율로 안분하도록 명시하고 있다.

(나) 청구법인은 OOO의 물적분할 당시 한 회사로 관리되던 회계자료를 각 분할법인별로 구분하여 순손익가치를 산정하려면 분할로 인한 재무팀 인력을 새로이 정비해야 하는 등 순손익가치에 대하여 각 분할법인별로 구분하는데 있어 상당한 시간과 노력이 필요하였는바, 당시의 현실적인 사정을 고려하여 편의상 각 분할법인별로 순손익가치의 구분이 불분명한 경우로 보아 분할전 순손익가액을 순자산가액 비율로 안분하여 주식가치를 평가하였으나, OOO가 소유하고 있던 지분법적용투자주식인 OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 순자산가액에서 제외하였다.

전체 순자산가액에서 차지하는 비율이 OOO%에 달하지만 분할전 3년간의 순손익액에 반영된 손익이 없는 OOO을 지주사업의 순자산가액에 포함시켜 분할전 순손익가액을 안분하는 경우에는 비록 순손익액의 구분이 불분명하다하더라도 순손익액의 발생과 무관하면서 전체 자산가액에서 차지하는 비중은 커 그 자산가액을 포함하여 각 분할법인별 순자산가액의 비율에 따라 분할전 순손익액을 안분하는 것은 각 분할법인별 실질적인 주식가치를 심하게 왜곡하는 결과가 초래되고「상속세 및 증여세법」에 따른 과거 3개년의 손손익가치와 순자산가치를 가중평균하여 실제 가치에 근접한 가액을 산정하려는 비상장주식의 보충적 평가방법의 취지에도 벗어나는 것이라 할 수 있다.

주식가치 평가시 OOO(분할 전 법인으로 이하 “OOO”라 한다)에서 분할된 OOO가 분할하면서 보유하게 된 OOO은 OOO(지주회사)의 주식평가시 순자산가치에 이미 반영되어 있고 순손익가치를 산정하는 데 있어서는 OOO은 물적분할 이전인 2006년에 OOO가 OOO% 투자한 것으로 이로 인한 배당금이나 주식처분에 따른 이익이 전혀 발생하지 않았고 해당 주식이 분할법인의 특정 사업부의 수익을 추구하기 위한 직접적인 자산이 아닌 사업부의 수출 등을 위한 공통자산으로 볼 수 있으며, 세법상 지분법 평가손익에 대하여 각사업연도 손익에서 부인하고 있어 실질적으로 분할 이전 각 사업부의 세법상 순손익액과 무관한 자산임이 분명하게 확인된다.

(다) 청구법인은 세무조사시 조사청 의견에 소명하기 위하여 OOO상의 원칙적인 방법에 따라 물적분할 당시 각 사업부별로 각 분할법인의 분할이전 손익을

「법인세법」제113조

및 같은 법 시행령 제156조 제1항에 따라 각 사업부(분할법인)별로 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분경리하여 같은 법 기본통칙 113-156…6에 따라 계산하였고, 분할이전 3년간의 각 매출에 대하여 품목별로 매출액을 구분하여 각 분할법인(사업부)의 실제 사업과 관련된 매출과 매출원가를 구분하였고 이자비용과 같은 사업부의 공통경비 등에 대하여 각 사업부별로 구분한 매출액 비율에 따라 안분하여 계산한 결과 OOO의 1주당 주식가치를 OOO원으로 평가하여 구체적인 각 사업부별 구분손익 계산내역과 주당순손익 평가내역을〈표3〉과 같이 제출하였다.

〈표3〉

이는 2009년 분할 당시 순손익액을 OOO을 제외한 순자산 가액 비율에 따라 평가한 주식가치인 OOO원의 차이로 약 OOO%정도의 오차범위를 보이고 있어 비상장주식 가치를 평가할 때 순손익액을 순자산가액 비율에 따라 평가한 방법이 불합리한 평가방식이 아닌 것이고 당시 구분하여 평가가 힘들었던 상황에서 세법에 따라 합리적인 방법으로 평가한 것으로 볼 수 있으므로 이번에 새로이 평가한 가액인 OOO원은 세법에 따라 원칙적으로 평가한 금액이므로 조사청이 주당평가액을 OOO원으로 평가하여 자산수증이익 OOO원을 익금산입하여 경정한 처분은 위법·부당한 것으로 이를 취소하여야 한다.

당초 분할이전에도 OOO사업은 각각 OOO사업으로 구분되어 있었기 때문에 분할 전 각 사업부별 순손익액을「법인세법」의 구분경리 규정에 따라 실질대로 구분하여 분할전 사업부별 순손익가치를 산정하고 이에 따라 수증받은 분할법인의 주식평가액을 과세관청에 제시하였음에도 신고시 회사사정에 따라 순손익액을 구분하지 않고 분할 당시 합리적인 순자산가액 비율에 따라 순손익가치를 안분계산하였다는 이유만으로 이를 무시하고 각 사업부문별 순손익액을 구분하는 것이 이론적·현실적으로 불가능하다고 판단하고 있는 조사청의 주장은 근거자료를 토대로 계산된 주식평가액을 왜곡하여 부인하고 있는 것이며,

이는

「법인세법」제4조

제2항에서 법인세 과세소득의 계산에 관한 규정은 소득·수익 등의 명칭이나 형식에도 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 세무조사시 제출한 주식평가액은 각 사업부별 순손익액을 그 실질에 따라 구분경리한 것임에도 불구하고 과세관청에서 주식평가액을 인정하지 않는 것은 법 규정이나 취지에도 위반되는 부당한 처분이다.

(2) 창업중소기업세액감면 적용을 배제한 처분은 위법·부당하다

(가) 자동차부품 제조업체인 청구법인은

「중소기업법 시행령」제3조

제1항 제1호에서 명시한 상시 근로자 수(300명), 자본금(80억원) 등의 규모기준 이내이고 2010년 매출액이 OOO원을 초과하여 중소기업 졸업 기준에 충족하였으나 중소기업유예가 적용되며, 같은 법 제2호의 실질적 독립성 요건에 해당하지 않고

「조세특례제한법 시행령」제2조

의 중소기업의 범위에 해당하며,

「조세특례제한법」제6조

제1항에서 명시한 수도권과밀지역 외의 지역인 OOO에서 창업을 하였고, 청구법인이 신고한 업종은 한국표준산업분류상 기타자동차부품 제조업(343000)으로

「조세특례제한법」제6조

제3항 제2호에서 열거한 제조업에 해당된다.

(나) 청구법인은 창업중소기업 배제 사유인

「조세특례제한법」제6조

제6항의 각 호에 해당되지 않는다.

1) 청구법인은

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호의 합병 등으로 종전 사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 하는 경우로 볼 수 없다.

청구법인은 2004.9.9. OOO를 설립 후 신규 사업(OOO에 자동차관련 부품을 납품하는 사업으로 이하 “쟁점사업”이라 한다)을 하기 위하여 OOO로 이전하였고 이후 시너지효과를 위해 비슷한 사업을 하고 있던 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 합병하였으며, 합병이후 세액감면을 이유로 구분경리하여 합병으로 흡수한 OOO사업을 제외하고 쟁점사업에서 창출된 수익에 대해서만 창업중소기업 세액감면을 신청하였고 창업중소기업을 받기 위한 창업일(기준일)인 2004.9.9.을 기준으로 적용하였다.

청구법인이 합병 등으로 종전 사업을 승계하는 경우로 보아 창업중소기업에서 배제된다 하더라도

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호 단서인 「종전의 사업에 사용되던 자산가액의 합이 사업개시 당시 사업용 자산의 총가액에서 차지하는 비율이 OOO% 미만(

「조세특례제한법 시행령」제5조

제14항에서 대통령령으로 정하는 비율을 100분의 30으로 규정함)인 경우에는 제외한다」고 규정하고 있는바,〈표4〉와 같이 OOO의 사업에 사용되던 자산가액의 합이 청구법인의 사업개시 당시 사업용 자산인 토지OOO 및 사업시설(임시투자세액공제 기준 약 OOO)의 합계인 총자산가액OOO에서 차지하는 비율이 OOO% 미만인 OOO%에 불과하여 합병으로 종전사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 하는 경우에 해당하지 않는다.

〈표4〉

합병 후 청구법인의 매출은 새롭게 시작한 OOO 등의 부품 생산에서 발생하였고 청구법인이 신고한 소득구분계산서상 매출액을 살펴보더라도 OOO가 생산하던 봉고, 군용차량 등의 부품의 수요가 감소되어 매출이 감소된 것이지, 청구법인이 OOO가 하던 제품을 생산하여 OOO의 매출액이 감소된 것이 아니라는 것을 확인할 수 있고, 또한 OOO가 생산하는 부품과 호환이 불가능한 OOO 등의 수요 증가로 청구법인의 매출이 증대된 것이며, 실제 청구법인과 OOO의 소득 및 생산라인이 확연히 구분되므로 청구법인은 실질적으로 중소기업을 설립하여 사업을 개시한 것이고 그 사업을 개시함으로써 사회적으로 새로이 일자리를 창출하는 효과가 있어

「조세특례제한법」제6조

의 실질적인 창업에 해당되는 것이다.

청구법인이 종전의 사업을 인수하거나 합병하지 않고 신규로 토지 및 설비 매입과 신규인력 고용창출을 하였으며, 다만 OOO로 등록되어 있지 않음에 따라 기존에 이미 등록되어 있던 OOO을 통해 납품하였을 뿐이고 특수관계법인인 OOO을 통해 납품한다고 해서 창업중소기업을 배제한다는 어떠한 근거도 없는 것이며, 청구법인은 합병 이전부터 지속적으로 영위하던 사업을 하고 있으므로 합병전의 창업중소기업에서 발생하는 소득에 대하여는 잔존 감면기간동안 계속하여 세액감면을 받을 수 있는 것이므로 청구법인이 쟁점사업에서 발생하는 소득에 대하여 창업중소기업세액감면을 받는 것은 적법한 것이다.

2) 청구법인은

「조세특례제한법」제6조

제6항 제2호의 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우와 같은 법 제6조 제6호 제3호의 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 해당되지 않는다.

3) 청구법인은

「조세특례제한법」제6조

제6항 제4호의 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우로 볼 수 없다.

「조세특례제한법」제6조

제6항 제4호에 열거한 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등에 대하여 시행령 등에 그 요건이나 범위를 구체적으로 열거하고 있지 않아 중소기업창업의 정의 및 예규.판례에 따라 새로운 사업의 개시로 보기 곤란한 경우의 의미는 기존의 사업을 영위하면서 기존의 사업을 기준으로 동종사업은 사업의 확장으로, 이종사업은 다른 업종의 추가로 판단OOO하는 것이고,

「조세특례제한법」제6조

제6항의 창업으로 보지 않는 사유로 창업시 출자관계 등에 대해 법 규정이 없고 단지 중소기업 판단시 특수관계 법인과의 실질적 독립성을 판단으로 중소기업에 해당하는 것이면 충분하며,「중소기업기본법」및「조세특례제한법」에 따라 중소기업으로 판단되었다면 같은 법 제6조 제6항의 창업의 실질에 대한 판단만이 필요한 것으로 OOO에서도 실질적인 창업인지에 따라 세액감면을 판단하고 있다.

(다) ① OOO과 청구법인은 주주가 특수관계자 일뿐 별개의 주주로 청구법인과 OOO이 하나의 회사로 볼 수 없는 다른 법인격을 가진 점, ② 한국표준산업분류상의 세분류는 기타의 자동차부품으로 동일하지만 실질은 각각 다른 차종에 따른 전용(호환불가능) 제품을 생산하고 OOO의 사업을 인수하여 사업하고 있지 않은 점, ③ 청구법인은 창업시 OOO에서 사업을 시작하며 신규로 인력을 채용하고, 토지를 매입OOO하고, 생산설비를 신규투자(임시투자세액공제 기준 OOO원)한 것으로 OOO이 인적, 물적자원을 출자하거나 금전적으로 투자를 하지 않은 점 등을 미루어 볼 때 기존회사인 OOO이 청구법인의 이름으로 사업을 확장한 것이 아니고 별개의 독립된 중소기업 법인으로 새로이 사업을 개시하는 실질적인 창업을 한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 증여주식 평가시 과거 3년간 순손익액을 해외현지법인 주식가가치를 제외한 순자산가액비율로 안분하였으나 이를 부인하고 재평가한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

(가) 청구법인은 OOO의 주식을 수증받을 당시 2번에 걸쳐 OOO 주식평가서를 수취한 것으로 확인되는바 평가서에 따르면 청구법인도 분할 전 순손익액에서 분할 후 OOO의 순손익액을 구분하는 것이 실무적으로 불가능하므로 당해 주식평가에 대해 OOO에 따라 순자산가액비율로 안분하여 산출하였음을 확인할 수 있다.

첫번째 평가서에서는 순손익액을 안분할 OOO의 순자산가액 계산시 OOO가액을 포함하여 산출하였으며, 청구법인의 내부서류에서도 OOO가액 포함 여부에 따라 OOO의 순자산가액 비율이 OOO%로 낮아지므로 이에 대해 OOO에 질의 중이며, 일단 OOO가액을 포함해서 신고한 후 OOO에서 포함하지 않는 것으로 회신되면 경정청구하는 것으로 검토 하였다가 최종 주식평가서에서는 특별한 이유 없이 OOO가액OOO을 제외한 순자산가액의 비율로 순손익액을 안분하여 OOO 주식을 1주당 OOO원을 과소평가하였다.

청구법인은 OOO가 보유한 OOO은 배당금이나 주식처분에 따른 이익을 위한 지분법주식으로 분할 전 과거 3개 사업연도의 순손익과 무관한 자산이므로 OOO의 순자산가액을 계산시 제외하는 것이 타당하다고 주장하나, 순자산가액은

「상속세 및 증여세법 시행령」제55조

에 의한 순자산가액을 의미하는 것이 분명한바, ‘과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미한다.’라는 OOO에 비추어 볼 때에도 OOO을 포함하는 것이 당연하다.

(나) 세무조사시 청구법인은 각 사업부별로 매출액, 공통경비 등을 안분하여 OOO 주식을 주당 OOO원으로 평가하여 제출하였는바, OOO의 평가기준일 현재 최근 3년간의 순손익액을 구하기 위해서는 분할 전 OOO의 순손익액을 지주사업, OOO 사업으로 각각 구분하여야 하나, 분할 전 OOO는 지주사업이라는 것을 하지도 않았고 할 수도 없는 상태였으며, 지주회사인 OOO의 순손익액을 구분하려면 지주회사의 주요 수입원인 배당금수입, 브랜드수입 및 경영관리용역수입 등을 OOO의 순손익액에 반영하여야 할 것임에도 청구법인이 조사기간 중에 제출한 OOO의 과거 3년간 순손익액 구분내역을 보면 OOO의 매출액은 3년 내내 OOO이고 단지 판매관리비와 영업외손익만 구분하였을 뿐이다. 각 사업부문별로 구분경리를 하지 않았음에도 불구하고 사업부문별 순손익액을 구분한다는 것은 이론적·현실적으로 불가능할 뿐 아니라 청구법인도 OOO에 대한 주식평가서에서 OOO의 과거 3년간 순손익액 구분이 실무적으로 불가능하다는 사실을 이미 인정한 바 있다.

(2) 창업중소기업세액감면 적용을 배제한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

(가) 창업중소기업세액감면은 중소기업의 설립을 촉진하고 성장기반을 조성하여 중소기업의 건전한 발전을 통한 건실한 산업구조의 구축에 기여함을 목적으로 중소기업이 창업한 경우 발생소득의 일정액을 감면하는 제도로서 중소기업의 창업을 적극 지원하는 한편,

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호에서 창업으로 보지 아니하는 경우를 열거함으로써 법률적.형식적으로 창업에 해당하더라도 그 실질이 창업에 해당하지 않는다면 조세감면의 특혜를 배제하겠다는 것을 분명이 하고 있다. 따라서, ‘감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다’.는 OOO의 취지에 따라 창업중소기업세액감면에 있어서도 창업으로 보지 않도록 별도 규정한

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호를 엄격히 적용하여야 한다.

(나)〈표5〉와 같이 청구법인과 관계회사들(이하 청구법인과 관계회사들을 합하여 “OOO”라 한다)은 OOO 부근에 회사를 설립하고 샤시, 연료탱크 및 페달모듈 등을 OOO에 납품하고 있다.

〈표5〉

OOO는 OOO의 요청 등 사전 합의에 따라 새로이 납품이 개시되는 OOO 부근에 새로운 법인을 설립하고 있는바, 설립된 법인이 기존의 OOO와 전혀 다른 사업을 하는 것이 아니며, 생산 품목도 OOO의 모델이나 설계 변경 등으로 조금씩 변경되는 수준이지 전혀 새로운 품목을 생산하는 것도 아니다.

특히, 청구법인의 공장 소재지인 OOO 토지는 종전에 OOO가 보유하던 토지를 청구법인이 매입한 것으로, 이는 토지 매매 단계에서부터 청구법인이 생산할 부품을 OOO에 납품할 것이 확정적이지 않으면 불가능했을 것으로 추정되는바 청구법인이 거래의 불확실성에 불구하고 기존 OOO 납품공장과 멀리 떨어진 곳에 토지를 매입하고 공장을 설립할 하등에 이유가 없고 OOO의 주요 협력업체인 청구법인이 OOO 설치와 생산계획 등에 대하여 OOO와 사전에 긴밀히 협조하지 않고서는 중소기업인 청구법인이 거액의 투자를 할 리가 없을 것으로 판단된다.

(다) 청구법인은 종전의 사업을 인수하거나 합병하지 않고 신규로 토지 및 설비를 매입하고 신규인력을 고용하였으므로 창업에 해당된다고 주장하나,

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호에 따르면 ‘합병.분할.현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계한 경우’ 창업으로 보지 않는 것인바,

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호에서 규정한 ‘종전 사업의 승계 여부’는

「조세특례제한법 시행령」제5조

제15항에 의해 한국표준산업분류상 세분류에 따라 구분하는데 청구법인이 영위하는 업종은 OOO가 기존에 영위하던 업종과 세분류가 동일하다.

(라) 청구법인이 창업중소기업세액감면과 중소기업특별세액감면 중복공제에 대하여 OOO세무서에 소명한 공문에 따르면, 청구법인은 2005.12.29. 봉고, 군용차량 부품을 생산 납품하는 OOO를 합병한 회사로서 합병 후 새로운 사업에 대해서는 창업중소기업세액감면을 기존 OOO 관련 사업에 대해서는 중소기업특별세액감면을 구분하여 감면받았으므로 중복공제가 아니라는 취지로 소명한 바 있다.

그러나, 합병 전 OOO의 2005사업연도 매출액OOO과 합병 후 청구법인의 2006사업연도 매출액OOO을 비교해 보면〈표6〉과 같이 청구법인이 합병 후 새로운 사업을 창업하였다고 보기는 어려우며, 청구법인이 제출한 2006년 근로소득지급내역을 보면 청구법인에 근무한 OOO명은 OOO(OOO 근무이력이 있는 자 포함)에서 근무한 이력이 있고 OOO명은 청구법인을 제외한 OOO에서 근무한 이력이 있는 자로 합병 전에 청구법인에서 계속 근무했거나 신규채용한 인원은 OOO명에 불과하다.

〈표6〉

(마) 합병으로 종전의 사업을 승계한 경우에는, 자산 인수비율 OOO%이하의 경우 창업으로 보도록 한

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호 단서 조항을 적용할 수 없다.

「조세특례제한법」제6조

제1항에서는 창업중소기업에 대해서는 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 OOO%를 감면하도록 규정하면서 같은 법 제6조 제6항에서는 창업중소기업세액감면을 적용할 때 창업으로 보지 아니하는 경우를 구체적으로 열거하고 있는바, 그 중 1호 본문에서 창업으로 보지 아니하는 경우는 크게 다음 2가지 경우로 구분할 수 있는데 ⓐ합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우와 ⓑ종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우로, 같은 호 단서에서는 위 2가지 경우 중 ⓑ의 경우로서 자산인수비율이 OOO%이하인 경우에는 창업으로 보도록 예외를 두고 있다.

즉, 위 ⓐ의 경우에 대해서는 단서규정이 적용되지 아니함에도 청구법인은 마치 ⓐ의 경우에 대해서도 단서규정(창업으로 보는 규정)이 적용되는 것으로 법리를 오해하고 있고 위 ⓐ,ⓑ가 구분되고 단서규정이 ⓑ에 대해서만 적용된다는 것은 2004.12.31. 기획재정부의 개정요강을 보면 명확히 알 수 있으며, 단서규정은 ‘현물출자·사업양수 또는 개별자산의 인수.매입을 통하여 취득한 자산 가액이 OOO% 이하인 경우’에만 적용되므로 합병 및 분할은 단서규정의 적용 자체가 불가하고, 현물출자·사업양수의 경우에도 단순히 자산만을 인수한 것이 아니라 종전의 사업을 승계하는 경우에는 단서규정을 적용하지 아니함이 타당하다.

(바) 조사청에서 청구법인을 조사하면서 확인한 자료에 따르면, 청구법인과 그 계열사들은 판매처별, 자재번호별, 차종별, 품목별, 품명별로 매출내역을 관리하고 있는 바, 조사청은 세무조사 기간 중에 수차례에 걸쳐 합병 전.후 청구법인과 OOO의 매출내역을 제출하도록 요구하였음에도 청구법인은 당시 자료가 존재하지 않는다고 하면서 어떠한 관련자료도 제출하지 않고 오직 소득구분계산서를 근거로 청구법인과 OOO의 생산품목이 다른 소득에 대해서만 창업중소기업세액감면을 적용하였다고 주장할 뿐 청구법인이 합병 후 감면소득과 감면외소득의 구분 자체가 불분명하여 청구주장을 받아들일 수 없다.

(사) 새로운 사업을 개시하는 것으로 보는 경우는

「조세특례제한법 시행령」제5조

제15항 규정에 따라 종전의 사업과 새로운 사업의 업종이 한국표준산업분류상의 세분류를 달리하는 업종을 개시하여야 하는 것으로 본 사건의 경우 청구법인이 새로운 업종을 개시하는 것이었다면, 당연히 창업중소기업세액감면 대상이 되었을 것이나, 청구법인이 비록 법인 설립등기를 통해 종전 계열사의 사업장 외 새로운 장소에 공장을 신축하였지만, 이는 새로운 업종을 개시한 것이 아니므로 창업중소기업세액감면이 적용되는 창업에 해당하지 않는다. 이는 OOO에서 새로운 장소에 별개의 사업자등록을 한 경우라도 종전과 동일한 사업을 영위하거나 사업을 확장하는 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 창업으로 보지 아니하다고 명확히 하고 있으며, OOO에서도 이와 같은 취지로의 결정OOO이 다수 있으므로 청구법인이 창업중소기업의 모든 요건을 충족하였다는 주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 증여주식 평가시 과거 3년간 순손익액을 해외현지법인 주식가치를 제외한 순자산가액비율로 안분하였으나 이를 포함하여 재평가한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

② 창업중소기업 세액감면 적용을 배제한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법 시행령

제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인(

「소득세법 시행령」제158조

제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

제56조【1주당 최근 3년간의 순손익액의

계산방법】제54조

제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 해당 법인이 일시우발적 사건으로 해당 법인의 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 제1호의 가액으로 하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령으로 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 할 수 있다. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다.

1. 다음의 산식에 의하여 계산한 가액

1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액＝[(평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×3)＋(평가기준일 이전 2년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×2)＋(평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×1)]×1/6

(2) 상속세 및 증여세법 시행규칙

제10조의2【분할합병시 주식평가】① 영 제28조 제6항을 적용함에 있어서 분할합병을 하기 위하여 분할하는 법인(이하 이 조에서 "분할법인"이라 한다)의 분할사업부문에 대한 합병직전 주식가액은 다음의 산식에 의한다.

(3) 법인세법

제113조【구분경리】④ 내국법인이 적격분할합병하는 경우 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 분할법인등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 분할합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

(4) 법인세법 시행령

제156조【구분경리】① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(5) 법인세법 시행규칙

제75조【구분경리의 범위】① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

(6) 조세특례제한법

제6조【창업중소기업등에 대한 세액감면】① 2012년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과

「중소기업 창업지원법」제6조

제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

2. 제조업

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

(7) 조세특례제한법 시행령

제5조【창업중소기업등에 대한 세액감면】⑭ 법 제6조 제6항 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 100분의 30을 말한다.

⑮ 법 제6조 제6항을 적용할 때 동종의 사업의 분류는 한국표준산업분류에 따른 세분류를 따른다.

제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (…중략…) 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "

「조세특례제한법 시행령」제2조

제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

(8) 중소기업창업지원법

제1조【목적】이 법은 중소기업의 설립을 촉진하고 성장 기반을 조성해 중소기업의 건전한 발전을 통한 건실한 산업구조의 구축에 기여함을 목적으로 한다.

제2조【정의】1. "창업"이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

3. "중소기업"이란

「중소기업기본법」제2조

에 따른 중소기업을 말한다

(9) 중소기업창업지원법 시행령

제2조【창업의 범위】①「중소기업창업 지원법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1호에 따른 창업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 것으로서 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것을 말한다.

1. 타인으로부터 사업을 승계하여 승계 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우. 다만, 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이나 그 외의 자가 사업을 개시하는 경우로서 지식경제부령으로 정하는 요건에 해당하는 경우는 제외한다.

2. 개인사업자인 중소기업자가 법인으로 전환하거나 법인의 조직변경 등 기업형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우

3. 폐업 후 사업을 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 경우

② 제1항 각 호에 따른 같은 종류의 사업의 범위는

「통계법」제22조

제1항에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)상의 세분류를 기준으로 한다. 이 경우 기존 업종에 다른 업종을 추가하여 사업을 하는 경우에는 추가된 업종의 매출액이 총매출액의 100분의 50 미만인 경우에만 같은 종류의 사업을 계속하는 것으로 본다.

제3조【중소기업의 범위】①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) OOO(분할 전 법인)는 1987.5.27. 설립된 자동차부품 제조업체로 2009.1.2. 자동차부품 사업부문 중 OOO 사업부는 ㈜OOO로 OOO 사업부는 OOO로 물적분할 하였고 분할 후 법인은 지주회사(OOO)로 개편하였다.

(나) 청구법인은 2009.9.25. OOO 주주 OOO 등으로부터 OOO 주식 OOO주를 수증받고「상속세법 및

증여세법 시행령」제54조

(비상장주식의 평가)에 따라 평가한 1주당 가액OOO에 주식수를 곱한 금액OOO을 주식수증이익으로 계상하였다.

청구법인은 OOO의 순손익가치 산정시〈표7〉,〈표8〉,〈표9〉와 같이 분할 전 법인의 과거 3년간 1주당 순손익액OOO을 OOO가 OOO% 보유한 OOO OOO원을 제외한 OOO의 순자산가액OOO 비율로 안분하여 1주당 OOO원으로 평가한 내용이 조사청이 제출한 세무법인 OOO의 ‘2009.6.30. 현재 OOO의 주식가액 산정 보고서에 나타난다.

〈표7〉

〈표8〉

〈표9〉

(다) 조사청은 청구법인이 OOO의 순자산가액 계산시 OOO을 제외하고 계산한 사실을 확인하고, 이를 포함하여 순손익가치를 재산정한 결과〈표10〉,〈표11〉,〈표12〉와 같이 1주당 OOO원이 과소평가된 것으로 보아 주식수증이익 과소계상분 OOO원을 익금에 산입하였다.

〈표10〉

〈표11〉

〈표12〉

(라) 청구법인은 세무조사시 각 사업부문별 매출 및 매출원가 구분하고 공통경비 등을 매출액 비율로 구분하여 OOO의 1주당 주식가치를 OOO)으로 재평가하여 조사청에 제출하였으나, 조사청은 분할 전 OOO는 지주사업부분을 하지 않았고 각 사업부문별로 구분경리를 하지 않았음에도 불구하고 사업부문별 순손익액을 구분한다는 것은 이론적.현실적으로 불가능하며, 지주회사의 순손익액을 구분하려면 지주회사의 주요 수입원인 배당금수입, 브랜드수입 및 경영관리용역수입 등이 반영되어야 하나 이 또한 반영되지 않은 사유 등을 들어 청구법인이 재평가한 OOO의 1주당 주식가치를 부인하였다.

(마) 살피건대, 청구법인은 해외현지법인인 OOO의 경우 물적분할 이전 2006년에 OOO가 OOO% 투자한 것으로 이로 인한 배당금이나 주식처분에 따른 이익이 전혀 발생하지 않았고 세법상 지분법 평가손익에 대하여 각사업연도 손익에서도 부인하고 있어 실질적으로 분할 이전 각 사업부의 세법상 순손익액과 무관한 자산임을 내세워 증여주식 평가시 분할 후 법인인 OOO의 순자산가액에서 OOO을 제외하고 평가한 것은 타당하다고 주장하나, 순손익액에 기여하는 사업부에만 순손익가치가 반영되는 것이 보다 실질에 맞는 주식가치 평가방법이라는 주장은 법적 안정성과 형평성을 침해할 소지가 다분할 뿐만 아니라, 지주사업부분의 순자산가액을 계산할 때 해외현지법인 주식가액(지분법적용투자주식)을 제외하도록 한 법률적 근거가 없는 점, 세무조사시 순손익액을 각 사업부문별로 안분계산하여 소명자료를 제출하였으나, 분할전 순손익액에서 분할전에는 영위한 사실이 없는 지주사업부문의 순손익액을 산출하기 어렵고 구분경리하지 않았음에도 사업부문별로 구분한다는 것은 이론적.현실적으로 불가능하며, OOO의 과거 3년간 순손익액 구분이 불가능하다는 사실은 이미 OOO의 외부 주식평가서에도 인정하고 있는 점 등으로 보아 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 심리자료에 의하면 청구법인은 자동차부품 제조업으로〈표13〉과 같이 2004.9.9. OOO에서 설립하여 2005.6.20. OOO로 사업장을 이전하였고 2005.12.29. 자동차부품 제조업체인 OOO를 흡수합병하였으며, 피합병법인인 OOO는 2003.11.24. OOO에서 설립하여 2004.2.28. OOO에 자동차 부품을 납품하던 OOO(부도업체)을 인수하고 2004.3.5. 사업장을 OOO로 이전한 것으로 나타난다.

〈표13〉

(나) 청구법인은 2007∼2010사업연도 법인세 신고시 창업중소기업세액감면 OOO원을 신고하였으나, 조사청은 동 기간동안 창업중소기업세액감면 전액을 배제하고 중소기업특별세액감면 OOO원을 적용하였다.

(다) 청구법인이 신고한 소득구분계산서상 구분경리한 창업중소기업세액감면과 중소기업특별세액감면 대상 매출액이〈표14〉와 같이 나타나나, 추가로 제출한 청구법인의 매출현황 자료에 따르면 청구법인과 피합병법인인 OOO의 생산설비별로 구분경리한 각각의 매출액은 기신고한 소득구분계산서상 매출액과는 다르게 기재되어 있다.

〈표14〉

(라)〈표15〉와 같이 2004.12.31. OOO의 개정요강에는

「조세특례제한법」제6조

제6항 제1호의 단서조항인 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우’를 현물출자.사업양수 또는 개별자산의 인수.매입을 통하여 취득한 종전사업에 사용되던 자산 가액으로 규정하고 있어 합병을 통하여 종전의 사업을 승계하는 경우를 제외하고 있는 것으로 나타난다.

〈표15〉

(마) 살피건대, 처분청은 청구법인이 피합병법인인 OOO를 합병하여 그 사업을 그대로 승계하였고 청구법인이 영위하는 업종이 OOO가 기존에 영위하던 업종과 세분류가 동일하며 동희계열사의 법인설립 형태가 유사하다는 사유 등을 들어 창업이 아닌 것으로 보아 창업중소기업세액감면 전액을 부인하였으나, 청구법인은 OOO 협력업체로서 2004년 9월 OOO에서 설립되어 2005년 6월 OOO 토지를 구입하여 사업장을 이전하였고 당해 소재지에 자동차부품 생산설비를 구축한 이후에 2005년 12월 피합병법인인 OOO를 합병하여 OOO의 생산설비를 2006년 1월에 동 사업장으로 이전한 사실이 나타나고 생산라인별로 각각의 다른 차종에 따른 호환이 불가능한 제품을 생산한다고 주장하는 점, 청구법인과 피합병법인의 생산설비에서 발생한 매출액에 대해 각각 구분경리한 자료를 제출한 점, 동희계열사 법인들의 설립형태가 유사하다고 하나 OOO 협력업체로서의 긴밀한 협력관계, 규모의 경제, 납품의 편리성 및 경영의 효율성 등이 고려되어야 할 것인바 별개의 독립된 중소기업 법인으로 새로이 사업을 개시하는 창업으로 보아 피합병법인인 OOO의 생산설비에서 발생한 소득을 제외하고 구분경리한 합병전 청구법인의 시설투자에서 발생한 소득에 대해서는 창업중소기업세액감면 적용대상으로 봄이 타당하므로, 구분경리한 합병전 청구법인의 시설투자에서 발생한 소득의 사실여부 및 합병전 청구법인이

「조세특례제한법」제6조

에 의한 창업중소기업세액감면 요건에 적합한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.