조심 2021구4932 (2022.12.20)

심판청구를 기각한다.

1.처분개요 가.청구법인은 2018.3.14. OOO에서 화장품 제조.판매 등을 주업으로 설립된 법인으로, 「조세특례제한법」제6조 제1항의 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업에 해당한다고 보아 2018∼2019사업연도 법인세 신고시 50% 세액감면을 적용하여 신고하였다. 나.처분청은 OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 청구법인이 2019.10.30. OOO(이하 “쟁점사무소”라 한다)에 지점 또는 사업장을 설치하였으므로, 2019사업연도 법인세에 대한 「조세특례제한법」(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제6조 제1항에 따른 창업중소기업세액감면 대상이 아니라는 과세자료를 통보받고, 2021.5.6. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2021.7.29. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 (1)청구법인이 2019.10.30. 수도권에 지점 또는 사업장을 설치하였다고 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 위법.부당하다. (가)이 건 처분의 근거가 되는 「조세특례제한법 시행령」(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특령”이라 한다) 제5조 제24항(이하 “쟁점 시행령 규정”이라 한다)은 동일한 내용의 규정을 기본통칙에서 시행령으로 옮긴 것에 불과하고, 개정문 등을 보더라도 특별히 언급된 바가 없는 점, 쟁점 시행령 규정을 창설적 규정으로 볼 경우 법률의 위임 근거 없이 시행령 규정만으로 새로운 과세요건을 창설하는 것으로서 조세법률주의에 위반하여 위법한 점 등을 고려할 때, 이는 확인적 규정에 해당한다. 처분청은 기본통칙에 법규적 성격이 없다는 점을 강조하나, ‘수도권 과밀억제권역 내 지점(사업장)을 설치한 것으로 보아 세액감면을 부인할 수 있는가’의 문제에 관하여는 종래에도 법령상 명확한 규정이 없어 행정해석인 ‘조세특례제한법 기본통칙’ 6-0...1 제4항(이하 “쟁점통칙”이라 한다) 등으로 운영되어 왔다고 보는 것이 타당하며, 만약 처분청 의견과 같이 쟁점 시행령 규정의 신설로 비로소 해당 문제에 관한 법적인 근거가 생겼다고 본다면(이른바 창설적 규정설), 과거 수도권 내 설치한 지점(사업장)이 문제가 되어 창업중소기업세액감면을 배제한 수많은 과세처분들은 모두 다 법적 근거 없이 행하여진 것이므로 무효에 해당한다. (나)쟁점 시행령 규정을 확인적 규정으로 보는 한, 창업중소기업 세액감면이 부인되는 “지점”은 종전 유권해석 및 심판례에 따라 해석하여야 할 것인데, 종전의 유권해석은 ‘지점을 설치하고, 경영진이 상주하여 사실상 본사를 수도권 내로 이전하였다고 볼 수 있는 경우’에 한하여 창업중소기업 세액감면을 적용받을 수 없다(재정경제부 조세지출예산과-100, 2007.2.9.)고 해석하고 있는 점, 공동대표이사를 두면서 본사(수도권 외)의 대표이사는 연구용역, 계측분석업무, 제조활동을, 지점(수도권 내)의 대표이사는 수주 및 영업활동을 하였던 사안에서 국세심판원은 본사와 지점 각각의 목적, 활동, 규모, 투자금액, 상주인원 등에 비추어 보아 ‘당해 사업과 관련 없는 다른 사업을 추진할 목적이 아니고 자재구매와 연구용역수주 및 생산된 제품판매 등 당해 사업을 원활히 수행하기 위하여 대도시 지역에 지점을 설치한 경우에는 계속 조세감면대상으로 보는 것이 타당’하다(국심 2001전322, 2001.8.13.)고 판단한 바, 위 유권해석 및 심판례에 따르면 창업중소기업 세액감면 규정상 수도권과밀억제권역 내에 지점이나 사업장을 이전 혹은 설치하였다고 하기 위하여는, 본사와 지점(혹은 사업장) 각각의 목적, 활동, 규모, 투자금액, 상주인원 등에 비추어 보아 사실상 본사를 수도권 내로 이전하였다고 볼 정도가 되어야 한다. 처분청은 종래 ‘지점’으로만 규정되어 있던 것을 ‘지점 또는 사업장’으로 규정한 것에 특별한 의미가 있으므로 기존의 유권해석 및 심판례를 원용할 수 없다고 하나, 처분청 스스로도 ‘지점’과 구분되는 ‘사업장’에 어떠한 의미를 담을 수 있을지 적극적으로 밝히지 못하고 있다. (다)위와 같은 기준과 청구법인의 다음과 같은 사정①청구법인은 2019 사업연도 중 OOO에 위치한 본사에서 제품개발.마케팅.영업 등 회사 기능 및 인사.총무.재무 등 경영지원활동을 전부 수행하였고, 쟁점사무소에는 본사 인원(45인) 대비 소수(3인)의 인원만 일시적으로 머물며 제품개발업무 중 일부만을 수행한 점, ②청구법인이 2019.10.1. 대표이사로 영입한 AAA은 2019년 말까지 대부분 OOO에서 머물며 업무를 수행한 점, ③쟁점사무소는 대표이사 AAA 영입 이후 접객공간으로 임차한 것으로, 상가건물이 아닌 주택건물로 면적 또한 60여평에 불과한 점, ④2019사업연도 말 청구법인의 유형자산(비품) 취득가액은 대부분 OOO에 위치한 본사에 속하고, 쟁점사무소를 비롯하여 그 전에 임차하였던 OOO 소재 사무소의 유형자산(비품)취득가액 합계액은 전체의 5%에 불과한 점, ⑤2019사업연도 쟁점사무소에서 발생한 비용은 OOO원에 불과하고, 그 중 OOO원이 임대인에 지급하는 차임 및 관리비로 본사에서 발생한 비용과 비교할 수 없는 점 등을 고려하면, 쟁점사무소를 창업중소기업 세액감면을 부인할만한 지점에 해당한다고 볼 수 없다. (2)쟁점 시행령 규정을 확인적 규정으로 보는 한, 청구법인의 소득금액을 구분경리하여 쟁점사무소에 귀속되는 소득금액에 대해서만 창업중소기업 세액감면을 부인하여야 한다. (가)조세심판원은 창업중소기업세액감면을 받던 회사가 기존 사업체를 합병한 경우 이 사건과 마찬가지로 세액감면 전체가 부인되는지 여부가 문제된 사건에서 합병된 사업체 외의 구분경리된 소득금액에 대해서는 세액감면을 받는 것이 타당하다(조심 2013광1587, 2014.5.15.)고 본 바 있고, 국내 고정사업장에 해당하는 이른바 정킷방에 대한 과세범위가 문제시된 사건에서 대법원은 해당 정킷방에 귀속되는 구분소득에 대해서만 과세함이 타당하다고 판시한 바 있다(대법원 2020.6.25. 선고 2017두72935 판결). (나)나아가 조특법 제6조 가 창업중소기업세액감면 적용의 요건으로 수도권과밀억제권역 외에서 창업할 것을 요구하는 것은 국토의 균형적인 발전을 기하고 수도권 인구집중을 억제하기 위한 것인바, 쟁점사무소를 수도권과밀억제권역에 지점 혹은 사업장을 설치한 것에 해당한다고 볼 수 있다손 치더라도 해당 사무소에 귀속되는 소득에 대해서만 창업중소기업세액감면 혜택이 부인되어야 하고, 청구법인이 창출한 고용의 대부분을 차지하고, OOO 지역경제에 이바지한 OOO 본사에 귀속되는 소득에 대해서는 창업중소기업세액감면 혜택이 여전히 유지되어야 한다. (다)한편, 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고시 OOO 본사에 귀속되는 소득에 대해서만 구분경리하여 해당분에 대해서만 창업중소기업 세액감면신청을 한 바, 이를 부인한 이 건 처분은 쟁점 시행령 규정이 창설적 규정임을 전제로 하는 것으로서 「조세특례제한법」 제143조 에 반하여 위법하다. (3)가사 이 건 처분 중 본세에 관한 부분이 적법하다 하더라도 가산세 부분에 관하여 이를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다. (가)처분청이 보조적인 기능만 수행한 쟁점사무소를 창업중소기업세액감면이 부인되는 “지점” 또는 “사업장”에 해당한다고 보아 한 이 건 처분은 ‘창업중소기업에 해당이 되어 세액감면을 적용받던 중 수도권과밀억제권역에 본점의 보조적인 역할을 하는 지점을 설치한 경우 그 설치일이 속하는 사업연도부터 동 규정에 의한 세액감면을 적용받을 수 없다’는 국세청 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-2183, 2006.10.27.)에 근거한 것으로 보이나, 본점의 보조적인 역할을 하는 지점을 설치한 경우 (당해연도부터) 창업중소기업세액감면을 받지 못한다는 해석은 위 사례가 유일하고, 이는 앞서 본 재정경제부조세지출예산과-100(2007.2.9.) 및 국심2001전322(2001.8.13.)과 상반되는 점, 과세전적부심사과정에서 처분청은 본점의 역할 중 일부를 수행하는 정도의 사무소가 설치되었다면 창업중소기업감면 배제대상으로 볼 수 있다고 하였으나 어느 세법에 의하더라도 “지점” 또는 “사업장”에 관하여 이와 같이 해석한 예가 없는 점 등을 고려할 때, 창업중소기업세액감면 혜택을 배제하는 수도권과밀억제권역 내 “지점” 또는 “사업장”의 의미에 관하여는 해석상 의의(疑義)가 있다고 할 것이다. (나)또한 청구법인은 2019사업연도 중 쟁점사무소의 임차 및 법인등기부상 본점 이전과 관련하여 창업중소기업세액감면을 적용 받을 수 있는지에 대해 OOO회계법인의 자문을 받았고, 자문결과 청구법인이 본점 주소를 쟁점사무소로 이전하더라도 동일 사업연도인 2019년도 이내에 이를 다시 OOO로 되돌린다면 2019사업연도 법인세에 관하여 창업중소기업 세액감면을 받을 수 있다’는 취지의 회신을 받은 점, 처분청 또한 이 건 처분의 과세예고통지에 있어 2020.10.7. 청구법인에게 “사실관계 및 법령 등을 검토 중이나 추가 검토할 사항이 있어 2개월 이내 결정하기 어려운바 처리기한이 연장됨을 법인세 사무처리규정 제78조에 의거하여 알려드립니다”라는 공문을 발송한 점 등을 고려할 때, 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고시 창업중소기업감면 대상이 아닌 것으로 보아 신고하기를 기대하는 것은 무리라고 보아야 한다. 나.처분청 의견 (1)청구법인이 2019.10.30. 수도권에 지점 또는 사업장을 설치하였다고 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. (가)청구법인은 쟁점 시행령 규정을 창설적 규정으로 보게 되면 조세법률주의 위반으로 무효라고 주장하나 이는 아래와 같은 이유로 타당하지 않다. 1)과세관청 내부의 행정규칙에 불과한 ‘기본통칙’은 대외적 구속력, 즉 법규성이 없는 바, 법률과 시행령 규정에 우선하는 기본통칙이라는 것은 있을 수 없고, 설령 법률과 시행령 등 법규의 신설, 개정에도 불구하고 과거 기본통칙이 개정되지 않았다면 그 기본통칙은 아무런 의미가 없다고 보아야 한다. 2)쟁점통칙은 창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점을 설치한 경우 등에는 그 설치일이 속하는 과세연도 이후부터는 감면을 적용받을 수 없고, 다만 잔존감면기간 중 수도권지역에 설치한 지점을 폐쇄하는 경우 등에는 세액감면을 받을 수 있다고 규정하고 있으나, 쟁점 시행령 규정은 창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치한 경우 등에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 해당 창업중소기업은 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업으로 본다고 규정하고 있는바, 위와 같은 내용을 종합하여 보면, 쟁점 시행령 규정은 쟁점통칙과 달리 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이 창업 후에 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치한 경우에는 (“잔존감면기간 중 수도권외 지역으로 다시 이전하거나 수도권지역에 설치한 지점을 폐쇄하였는지 여부”와 무관하게) 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 수도권과밀억제권역에서 창업한 중소기업으로 법률상 간주하도록 정하고 있다고 해석된다. 즉, 쟁점 시행령 규정의 신설로 인해, 구법 당시에는 기본통칙에 따라 실무상으로 가능하다고 볼 수 있었던 ‘잔존감면기간 중 수도권외 지역으로 다시 이전하거나 수도권 지역에 설치한 지점을 폐쇄한 경우에는 세액감면을 받을 수 있다’는 논리가 더 이상 성립할 수 없게 되었다고 새기는 것이 법체계적ㆍ논리적 해석상으로 타당한 해석이다. (나)청구법인은 구법상의 유권해석과 심판례에 따라 쟁점 시행령 규정의 “지점”의 의미를 해석하여야 한다고 주장하나, 쟁점 시행령 규정의 “지점” 또는 “사업장”을 오직 구법상의 “지점”으로 한정하여 해석할 이유가 없고, 청구법인이 제시하는 종전 유권해석 및 심판례 역시 청구법인의 주장을 뒷받침하는 자료가 될 수 없다. 1)쟁점 시행령 규정은 과거 규정상의 “지점”만이 아니라 “사업장”을 수도권과밀억제권역에 설치한 경우에도 (쟁점통칙처럼 다시 수도권과밀억제권역 외에 지점을 옮기거나 해당 지점을 폐쇄하였는지 여부를 불문하고) 법인세 감면의 혜택을 부여하지 않겠다는 입법자 결단의 산물이므로 오로지 구법(과 유권해석)에서 말하는 “지점”을 세운 경우만이 법인세 감면 혜택을 제한할 수 있는 사유에 해당한다는 취지의 청구법인 주장은 아무런 법적 근거가 없다. 2)청구법인은 재정경제부 조세지출예산과-100(2007.2.9.)를 “지점을 설치하고, 경영진이 상주하여 사실상 본사를 수도권 내로 이전하였다고 볼 수 있는 경우에 한하여 창업중소기업세액감면을 적용받을 수 없다고 함”라고 제시하나, 위 유권해석은 ‘수도권과밀억제권역외 지역에서 창업한 중소기업이 수도권과밀억제권역 내에 지점을 설치하고, 경영진이 상주하여 사실상 본사를 수도권 내로 이전하였다고 볼 수 있는 경우’에는 원칙적으로 창업중소기업세액감면을 적용받을 수 없다는 취지의 너무나도 당연한 내용을 확인한 것으로, 청구법인 주장과 같이 ‘지점을 설치하고, 경영진이 상주하여 사실상 본사를 수도권 내로 이전하였다고 볼 수 있는 경우에 한하여 창업중소기업세액감면을 적용받을 수 없다’고 한정하여 해석하고 있지 않다. 3)청구법인은 국심 2001전322(2001.8.13.) 심판례를 “본사와 지점 각각의 목적, 활동, 규모, 투자금액, 상주인원 등에 비추어 보아 “당해 사업과 관련 없는 다른 사업을 추진할 목적이 아니고 자재구매와 연구용역수주 및 생산된 제품판매 등 당해 사업을 원활히 수행하기 위하여 대도시 지역에 지점을 설치한 경우에는 계속 조세감면대상으로 보는 것이 타당”하다고 판단한 사례라고 제시하나, 위 심판례는 구 「조세감면규제법」(1994.12.22. 법률 제4825호로 개정된 것) 제6조가 적용되는 사례로, 구「조세감면규제법」은 농어촌지역 이외에 지점을 설치하였는지 여부에 따라서 조세감면의 혜택을 달리하거나 제한하도록 규정하지 않았으므로 위 심판례는 당해 청구법인이 농어촌지역에서 창업한 제조업으로서 구 「조세감면규제법」 제6조 의 규정에 의한 조세감면대상 법인으로 인정될 뿐만 아니라, 서울에 지점을 설치하였다고 하여 구「조세감면규제법」상 달리 볼 이유가 없다는 이유에서 심판청구를 인용하는 결정을 하였을 뿐이므로, 이 건과 사안을 달리하므로 이를 원용할 수 없다. (다)쟁점사무소는 청구법인이 수도권과밀억제권역에 설치한 “지점” 또는 “사업장”에 해당한다. 1) 조특법 제6조 에서 수도권과밀억제권역 밖에서 중소기업을 창업하는 경우에 세액감면을 적용하도록 규정한 취지는 인구와 산업이 지나치게 집중되는 것을 막고 전 국토의 균형적 발전과 창업 초기의 열악한 경영여건 개선 및 안정적 성장지원에 있다 할 것이고, 이와 같은 감면제도를 ‘편법’ 내지 ‘우회’하는 방법을 통하여 악용하는 것을 방지하기 위하여 쟁점 시행령 규정은 창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치하는 경우에는 해당사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 창업중소기업감면을 배제하고 있다. 2)위와 같은 쟁점 시행령 규정은 ‘수도권과밀억제권역 내에 그 어떤 성격의 사무소도 설치되어서는 안 된다’는 의미는 아니고, ‘수도권과밀억제권역 내에 설치된 사무소’에서 수행하는 업무의 중요성과 역할 등을 기준으로 구분할 수 있는 본점 ＞ 지점 또는 사업장 ＞ 연락사무소 중에서, 본점의 설치는 물론이고 지점 또는 사업장의 설치의 경우에도 감면을 배제하되, 그 역할이 상당히 제한적이고 미미하다고 볼 수 있는 연락사무소의 설치 정도의 수준에 대해서만 예외적으로 감면을 허용한다는 의미로 해석함이 타당하다. 3)그리고 ①쟁점사무소는 2019.11.26. 본점으로 등기되었다가 2019.12.20. OOO로 본사이전 등기 후, 2020.2.12. 본사로 재등기된 바 있으며 그 사이에 폐쇄된 적이 없고 2019년부터 현재까지 청구법인의 서울지사로 채용공고를 하고 있는 점, ②주주총회를 개최하기도 한 쟁점사무소를 단순업무 수행장소로 보기 어려운 점, ③쟁점사무소에서 제품개발본부.법무/윤리강령팀.전략경영본부등의 직원이 근무하면서 제품개발.법무.경영전략 관련 업무를 수행한 것으로 보이는 점, ④2019.9.30.∼2020.12.30. 기간 동안 청구법인의 대표이사로 재직한 AAA의 법인카드사용내역을 보면, AAA은 OOO에서 주기적으로 주유하는 등 2019.10.31.∼2019.12.31. 기간 동안 법인카드 사용금액의 81.9%를 OOO에서 사용하는 등(OOO 사용금액 비중 6%) 쟁점사무소에서 주로 업무를 수행한 것으로 보이는 점 ⑤AAA이 청구법인의 대표로서 방문판매업 수당지급과 관련된 고소사건에 대응한 것은 「방문판매 등에 관한 법률」을 적용받은 사업자인 청구법인 입장에서 “순이익의 결정에 영향을 미치는 영업활동”이라고 보아야 하는 점, 주식회사의 필요적 상설기관인 대표이사가 상시 상주하면서 주요 업무를 수행한 쟁점사무소를 단순한 연락사무소로 볼 수 없는 점, ⑥월임대료가 OOO원(VAT별도)에 달하는 쟁점사무소를 단순히 임시체류를 위한 장소로 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점사무소는 수도권과밀억제권역 내의 지점 또는 사업장에 해당한다. (2)쟁점사무소에 귀속되는 소득으로 구분경리된 금액에 대해서만 창업중소기업세액감면을 부인하여야 한다는 청구법인의 주장은 법적 근거가 없다. 1)쟁점사무소가 조특법 제6조 제1항 제1호 나목 및 쟁점 시행령 규정의 수도권과밀억제권역 내의 “지점” 또는 “사업장”에 해당하는 한, 청구법인은 2019사업연도부터 수도권과밀억제권역 내에서 창업한 창업중소기업에 해당하는 것으로 간주되므로, 청구법인이 적용받은 감면은 전면적으로 배제될 뿐 쟁점사업장과 관련하여 구분경리되는 소득에 대해서만 세액감면을 부인하여야 할 법적 근거는 전혀 없다. 2)청구법인이 인용한 조심 2013광1587(2014.5.15.) 심판례는 ①창업중소기업세액감면을 받던 회사가 기존 사업체를 합병한 사례에 관한 것으로서 이 건과 같이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치한 사례에 관한 것이 아닌 점, ② 조특법 제6조 제1항 제1호 각 목 내지 쟁점 시행령 규정이 신설되기 전의 심판례인 점, ③2018년 신설된 쟁점 시행령 규정에 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치하는 것에는 “합병.분할.현물출자 또는 사업의 양수를 포함한다”라는 괄호의 명문 규정이 추가됨으로 말미암아, 더 이상 선례로서 기능할 수 없는 점, ④위 심판례의 정확한 내용은 “피합병법인의 생산라인에서 생산된 매출액을 제외한 청구법인이 투자한 생산설비에서 생산된 매출액에 대해서는 창업중소기업 세액감면을 적용하는 것이 타당해 보이므로, 청구법인이 각 생산라인별로 생산제품을 구분경리하였다고 주장하며 자료의 신빙성 여부 등을 제조사하여 그에 따르는 것이 타당하다”라는 것으로서 그 결론은 ‘청구법인이 합병 회사마다 구분경리를 하였다고 주장하니 그 신빙성을 살펴보고 판단하라’는 재조사결정인 점, ⑤청구법인이 구분경리에 관한 자료가 전혀 제출한 바 없는 점 등을 고려하면, 위 심판례는 청구법인에게 유리한 선례로 작용할 수 없다. 3)청구법인이 제시한 대법원 2020.6.25. 선고 2017두72935 판결은 조세조약에 따라 고정사업장에 귀속되는 이윤에 대해서만 법인세를 과세할 수 있다는 점을 확인하였고, 특히 외국법인의 고정사업장이 인정되더라도 국내 매출 전부에 대해 부가가치세 납세의무가 있는 것은 아니라는 점을 확인하였다는 점에서 의미가 있으나, 조특법 제6조 제1항 제1호의 적용 여부가 문제되는 이 건과는 아무런 관련이 없고 ‘구분경리’에 관한 주장의 근거로 삼을만한 판례가 아니다. 4) 조특법 제143조 제1항은, 조특법에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 구분하여 경리하여야 한다고 정하고 있으나, 이 건은 청구법인이 세액감면을 적용받는 사업과 구별되는 다른 사업을 겸영한 사안이 아니므로, 조특법 제143조 제1항에 따라 구분경리 하여야 할 건이 아니다. (3)비록 조특법에 지점 또는 사업장의 정의에 관하여 구체적으로 규정되어 있지 않다고 하더라도, 쟁점 시행령 규정이 신설된 취지 등에 비추어 보면, 창업중소기업세액감면이 배제되는 "사업장 또는 지점"의 범위를 합리적이고 합목적적으로 해석할 수 있는바, 청구법인이 주장하는 이유만으로는 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 3.심리 및 판단 가.쟁점 ①청구법인이 수도권과밀억제권역 내에 지점 또는 사업장을 설치하였다고 보아 창업중소기업 세액감면을 부인하고 법인세를 부과한 처분의 당부 ②쟁점사무소의 소득금액에 대하여만 구분경리하여 세액감면을 부인하여야 한다는 청구주장의 당부 ③가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다.사실관계 및 판단 (1)처분청과 청구법인이 제출한 이 건 심리자료에 따르면, 다음과같은 사실이 나타난다. (가)청구법인은 별개의 사업자인 대리점들에게 청구법인의 제품을 판매하고 각 대리점을 사업장 소재지로 둔 방문판매사업자(카운셀러)들이 대리점에서 상품을 받아 일반 소비자를 상대로 상품을 판매하는 방식으로 사업을 영위하고 있다. (나)2019사업연도 전후 청구법인의 본점 소재지 변경이력은 아래OOO과 같고, 설립시부터 현재까지 등기된 지점은 없는 것으로 나타난다. (다)청구법인은 위 OOO의 변경이력 중 2019.11.26. 쟁점사무소를 본점으로 하여 등기한 것과 관련하여, 청구법인이 「방문판매 등에 관한 법률」위반 혐의로 고발된 건에 대해 OOO검찰청이 아닌 OOO검찰청에서 수사 받고자 잠시 본점 주소를 쟁점사무소로 변경한 것이고, 2019.12.2. 주임검사 지정 통보를 받은 후 같은 달 20일 본점 주소를 OOO 본사로 다시 변경한 것이라면서 주임검사 지정 통보 문자내역을 제출하였다. (라)청구법인이 OOO내에 사무소용 공간으로 임차한 내역은 아래 OOO와 같다. (마)쟁점사무소 개소 이후 당시 대표이사의 주 근무장소가 어디인지와 관련하여 청구법인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. 1)청구법인은 OOO 숙소임차내역과 OOO타임라인.개인카드 사용내역.하이패스 이용내역 등을 정리한 자료를 제출하였고, 이에 따르면 당시 대표이사는 2019.11.1.∼2019.12.31. 기간 동안 주말을 제외한 43일 중 27일을 OOO에 소재하였던 것으로 나타난다. 2)처분청은 당시 대표이사의 법인카드 사용내역을 아래 OOO와 같이 제출하고, 대표이사 주유내역을 제출하였는데, 그 주유내역을 보면 당시 대표이사의 자택과 쟁점사무소의 중간에 위치한 주유소에서 2019.10.6.∼2019.12.30. 기간 동안 18회, 평균 OOO원 가량 주유한 것으로 나타난다. (바)청구법인 직원 중 2019사업연도에 주소지가 수도권인 직원은 총 6명으로 나타나고, 청구법인이 이들에게 지급한 급여내역은 아래 OOO와 같다. (사)BBB 과장은 2019사업연도 말 청구법인의 조직도상 상품개발팀 소속으로, 제품개발과 관련하여 쟁점사무소에 근무한 것으로 나타나고, 처분청은 BBB 과장이 업무상 주고받은 이메일을 제출하였으나, 모두 쟁점사무소 임차 전에 작성된 것(2019.8.6., 2019.9.11.)으로 나타난다. (아)청구법인은 2019사업연도 아래 OOO과 같이 2차례 쟁점사무소를 근무지로 하여 신규채용을 공고하였다. (자)처분청이 2020.7.15. 쟁점사무소를 현지확인한 결과는 아래 OOO과 같다. (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 법률의 위임없이 시행령에서 세액감면의 배제요건을 규정하고 있으므로 쟁점 시행령 규정은 무효이고, 또한 쟁점사무소는 단순 연락사무소에 불과하여 쟁점 시행령 규정의 “지점 또는 사업장”에 해당하지 않으므로, 쟁점 시행령 규정을 이유로 세액감면을 부인한 것은 부당하다고 주장하나, 조특법 제6조 제1항 제1호 나목에서 ‘수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우’를 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상으로 규정하고 있고, 제12항에서 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면을 신청하여야 한다고 규정하고 있으며, 이에 따라 쟁점 시행령 규정 제2호에서 ‘수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 창업 이후 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치한 경우에는 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업으로 본다’고 규정하고 있으므로 청구주장과는 달리 법률의 위임이 없다고 보기 어렵고, 쟁점 시행령 규정에 대하여 대법원이 무효로 판단한 사실도 없는 점, 청구법인은 형사고발된 사건에 대한 대응을 위한 것이라고 하나, 청구법인 그 스스로 쟁점사무소를 본점으로 하여 등기를 하였고, 쟁점사무소를 OOO지사로 하여 채용공고를 하였으며, 법인카드도 주된 사용지가 OOO로 나타나는 이상, 대표이사가 쟁점사무소에서 업무를 수행한 사실을 배제하기 어려울 뿐만 아니라, 특히 청구법인은 제품을 위탁생산하고 별도의 사업자(방문판매원)를 통해 판매하고 있어 제품개발이 사업의 중요한 부분을 차지한다 할 것인데, 상품개발팀 소속 BBB 과장이 쟁점사무소에서 근무하면서 관련업체와 의견조율 등을 한 것으로 나타나, 적어도 제품개발의 일부는 쟁점사무소에서 이루어진 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점사무소는 쟁점 시행령 규정이 정한 “지점 또는 사업장”에 해당하는 것으로 보이므로, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 설령 세액감면을 부인하더라도 쟁점사무소의 소득금액에 대하여만 구분하여 이를 부인하여야 한다고 주장하나, 관련 규정은 그 내용상 사업을 구분하여 세액감면 중 해당 일부만을 부인하는 것으로는 보이지 않을 뿐만 아니라, 쟁점사무소와 본사가 별개의 사업을 영위하였다거나 또는 이를 전제로 구분경리 한 것으로 보이지도 않는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다)마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 쟁점사무소를 쟁점 시행령 규정이 정한 지점 또는 사업장에 해당하지 않는다고 보아, 창업중소기업세액감면을 적용하여 법인세를 신고한 것은 단순한 법령오인 내지 부지에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라)결국 처분청이 쟁점사무소를 수도권과밀억제권역에 위치한 지점 또는 사업장에 해당한다고 보아 쟁점 시행령 규정 등에 따라 청구법인에게 한 이 건 법인세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1)조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제6조 [창업중소기업 등에 대한 세액감면] ① 2021년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율 나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50 ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다. 1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우 나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우 2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우 3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우 4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 제143조 [구분경리] ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2)조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것) 제5조 [창업중소기업 등에 대한 세액감면] (24) 법 제6조 제1항·제5항·제6항 및 제7항을 적용할 때 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 창업 이후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 해당 창업중소기업은 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업으로 본다. 1. 창업중소기업이 사업장을 수도권과밀억제권역으로 이전한 경우 2. 창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치(합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 포함한다)한 경우